[주 문]

OOO세무서장이 2014.9.11. 청구법인에게 한 2010사업연도 법인세 OOO원의 경정청구 거부처분은 주식회사 OOO의 OOO 개수설계용역 공급과 관련하여 국내 고정사업장에 배분될 손금을 조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 주식회사 OOO(이하 “해외본점”이라 한다)는 일본에 본점을 두고 건축설계, 건축 관련 기술서비스, 도시 및 환경 컨설팅 업무 등을 영위하는 법인으로, 해외본점은 2008.1.1. 청구법인을 설립하여 청구법인과 용역지원계약을 체결하고 그 계약에 따라 해외본점은 매년 청구법인에서 발생하는 총 비용에 10%를 가산(Mark-up)한 금액을 용역대가로 청구법인에 지급하였고, 청구법인은 원천징수 및 법인세․부가가치세를 신고·납부하였다.

나. 해외본점은 2010.3.23. OOO 개수설계용역(이하 “쟁점용역”이라 한다)을 체결하고, 쟁점용역과 관련하여 발생하는 국내원천소득을 신고하기 위하여 2010.4.14. 청구법인과는 별도로 OOO 소재지에 OOO라는 국내 고정사업장(이하 “OOO설계사업장”이라 한다)을 등록하였으며, 국내에서 쟁점용역을 수행하는 과정에서 발생한 국내원천소득과 관련하여, 청구법인과 OOO설계사업장은 국내원천소득을 합산하여 신고하지 아니하고 국내원천소득에 대해 2010사업연도 법인세 OOO원을 각각 신고·납부하였다.

다. 청구법인은 청구법인과 OOO설계사업장의 2010사업연도 법인세 과세표준 신고․납부는 주된 사업장인 청구법인이 하여야 하고, 쟁점용역과 관련하여 해외본점에서 발생한 직․간접 발생비용은 「법인세법」상 국내 고정사업장의 손금으로 배분되어 청구법인의 과세표준을 경정하여야 한다는 취지로 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

라. 처분청은 청구법인이 해외본점의 고정사업장에 해당하지 않고 단순 연락사무소이므로 법인세의 납세지에 해당하지 않는다고 보아, 2014.9.11. 청구법인에게 경정청구 거부통지를 하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2014.11.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 청구법인은 단순한 연락사무소가 아닌 지점에 해당하는바, 연락사무소란 실질적인 사업활동을 수행하는 지점과 내국법인으로 활동하는 외국인 투자법인과는 달리 본사만을 위하여 단순한 연락업무, 광고선전, 정보수집 등과 같은 사업의 예비적․보조적인 활동만을 수행하는 장소로 국내원천소득에 대한 납세의무가 존재하지 않는 반면, 지점은 국내에서 외국의 본사를 위하여 수익을 발생시키는 영업활동을 수행하는 사업장을 의미하는 것으로 국내원천소득에 대하여 각 사업연도에 납세의무가 있다.

  (가) 청구법인의 경우에는 2008.1.1. 등록시점부터 해외본점의 국내 지점으로 등록하였고, 그에 따라 사업자등록이 되어 형식적으로 적법한 지점에 해당하고, 「법인세법」제94조 제2항 제1호, 한일조세조약 제5조 제1항 및 제2항에 따라 특별한 사정이 없는 한 해외본점의 국내고정사업장을 구성하는바, 이에 고정사업장에 귀속되는 해외본점의 국내원천 각 사업연도 소득에 대한 법인세 신고·납부의무의 이행을 위한 납세지이고, 해외본점은 청구법인을 설립할 당시 지점의 형태로 설립할 것인지 아니면 단순 연락사무소의 형태로 설립할 것인지를 검토하여 주된 업무의 목적을 사업지원 서비스로 하는 ‘지점’의 형태로 설립하기로 결정한 것이다.

  (나) 지점의 업무가 외국법인의 예비적·보조적 업무에 한정되는 것에 불과한 경우에는 그 지점이라는 명칭 여하에 상관 없이 이는 고정사업장을 구성한다 볼 수 없을 것(「법인세법」제94조 제4항, 한일 조세조약 제5조 제4항, 대법원 2011.4.28. 선고 2009두19229 판결 등)이나, 지점이 수행하는 업무가 해외법인의 업무 중 본질적인 주요한 부분에 해당하는 경우에는 그 지점을 고정사업장이라고 보아야 하는바, 청구법인은 해외본점의 주된 사업인 건축설계 및 건축 관련 기술서비스업이 아닌 해외본점의 주된 사업수행을 위한 “사업지원 서비스업”을 주된 업종으로 하여 지점으로 등록하고 업무를 수행하였고, 해외본점을 위하여 사업지원 서비스업의 본질적이고 중요한 영업활동을 수행하였는바, 해외본점의 국내 영업에 단순 연락 이상의 업무지원을 한 이상 고정사업장인 지점으로서의 실체가 있는 것이다.

  (다) 한편, 국제적 조직을 가진 기업이 대리인 등을 두고 사업수행을 하는 국가에 소위 관리사무소를 설치하고 그 사무소가 다른 부문을 감독하고 조정하는 기능을 갖는다면 통상적으로 국내사업장이 존재하는 것으로 보는 것이고, 이 때 해외 기업운영의 일부만을 담당한다고 하더라도 관리기능은 기업의 핵심적인 부분을 구성하며, 어떠한 경우에도 예비적․보조적인 성격을 가진 활동으로 간주될 수 없는바(OECD 모델 조세조약 주석서 제5조 26), 청구법인 또한 사업지원 서비스업을 통해 한국에서의 사업 전체를 총괄·관리하고 지원하는 업무를 하는 이상 이는 단순 연락사무소가 아닌 고정사업장에 해당한다.

  (라) 청구법인이 해외본점의 사업활동을 지원하기 위하여 상시 근무인력을 배치하고, 국내 고객사와의 용역 계약 체결 등을 위한 정보 제공, 해외본점과 국내 고객사와의 의사소통 지원업무, 관련 문서의 번역 및 제공, 동종 업계의 동향 파악 등 해외본점의 국내사업 수행을 위한 활동을 지원하고, 그에 대한 용역 수수료를 지급받는 것은 사업지원 서비스업의 본질적인 내용에 해당하므로 해외본점과 청구법인이 용역지원 계약을 체결하여, 해외본점이 국내법인과의 설계용역 등의 계약을 체결할 경우 해외본점의 지시에 따라 국내법인과 계약사항에 대한 협의를 진행한 후 협의사항을 해외본점에게 전달하는 등 계약체결과 관련한 지원업무를 수행한 것이다.

  (마) 사업지원 서비스업(business support service)이란 한국표준산업분류표(제9차)상 코드번호 76에 해당하는 사업으로 소분류상 인력공급 및 고용알선업, 여행사 및 기타 여행보조 서비스업, 경비, 경호 및 탐정업, 기타 사업지원 서비스업을 포함하고, 그 중 기타 사업지원 서비스업은 문서작성업, 복사업, 사무지원 서비스업 등을 포함하고 있는바, 청구법인은 설계·감리업무에서도 총괄적으로 사업지원활동 전반을 수행하였고, 설계·감리업무의 경우에도 직접 그 업무를 수행하지는 아니하였으나 청구법인으로서는 항구적으로 설계․감리업무를 수행 절차에 따라 국내외를 오가면서 업무를 수행하고, 그 과정 전 단계에서 발주처의 세부적인 요구사항들을 업무에 반영하여 그에 부수되는 모든 업무들을 지원하는 서비스들을 총괄적으로 수행하는 인력들을 두고 실제 7여 년간 해당 업무를 수행하였고, 일본인 설계감리 담당자와 국내 사업에 필요한 고객들과의 업무수행 과정에서의 세부적인 커뮤니케이션 등을 통해 간접적으로 설계․감리업무에도 관여하고 있으며, 그 외 국내 고객사와의 용역계약 체결을 위한 정보 제공(영업), 본점과 국내 고객사 간 의사소통지원, 관련 문서의 번역 및 제공, 동종 업계 동향파악 등 사업지원활동 전반을 수행하고 그에 대한 수수료를 수취하였다.

  (바) 청구법인은 외국법인의 주된 고정사업장으로 종로에 소재하는 지점인 청구법인과 설계․감리가 이루어지는 OOO설계사업장의 소득금액을 합산하여 경정청구를 한 것이고, 청구법인이 OOO설계사업장과 같이 설계․감리업무를 하지 않았다 하더라도 국내에서의 설계감리에 관련된 비용을 손금산입하여야 하는바, 청구법인은 국내에서의 설계․감리업무 과정에서 고객과 설계감리 전문가의 관계를 위해 필요한 지원업무를 총괄적으로 제공하는 고정사업장이고, OOO설계사업장은 OOO 개보수 작업이 수행되는 용역수행지로서의 고정사업장에 해당하므로 이와 같이 고정사업장이 둘 이상 존재하는 외국법인의 경우 고정사업장의 영업내용에 대한 구분과 관계없이 국내원천소득을 총괄하여 주된 고정사업장 소재지에서 신고․납부하여야 한다.

 (2) 이 건 거부처분은 신의성실의 원칙을 위반한 위법한 처분인바, 처분청은 청구법인의 2008.1.1. 사업자등록신청을 수리하였고, 2014년까지 외국법인의 국내사업장으로서 국내원천소득에 대한 청구법인의 법인세 신고납부를 수리한 것은 청구법인이 단순한 연락사무소에 해당하지 않는다는 구체적인 판단을 한 것이므로 이를 일반론적 견해표명에 불과하다 볼 수 없다.

  (가) 신의성실의 원칙이 적용되는 ‘공적인 견해표명’이란 행정청의 행정지도, 「행정법」상 확약, 행정계약, 행정규칙 등이 포함되고 반드시 명시적이고 적극적인 언동일 것을 요하지 않으며, 이에 반하여 ‘일반론적인 견해표명’이라 함은 관계 행정상의 일반적인 원칙을 제시할 뿐 그에 대한 구체적인 견해표명을 유보한 경우를 의미한다.

  (나) 청구법인의 신고내역을 검토하고 사업장 현황조사 등의 업무수행을 하는 처분청이 7년간 사업자등록과 법인세․부가가치세 신고를 검토하고 이를 수리한 후 부인을 하지 않은 것은 결국 단순한 연락사무소로 볼 수 없다는 공적 견해표명이 있었던 것이고, 또한 청구법인은 외국법인의 고정사업장에 해당한다는 기존의 공적 견해표명에 반하는 거부처분을 함으로써 「국세기본법」제15조에서 정하는 신의성실의 원칙에 반한다는 것을 주장하는 것이므로, 비과세 관행에 반하여 소급과세를 할 수 없다는 「국세기본법」제18조 제3항의 규정에 기초로 비과세 관행이 없었으므로 신의성실의 원칙에 반하지 않는다는 처분청의 주장은 양자를 혼동한 것이다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구법인은 외국법인 국내지점으로 2008.1.1. 기타 사업지원 서비스업으로 사업개시하였고, 해외본점을 위한 한국내의 정보수집, 번역, 프로젝트지원을 하면서 발생하는 비용을 해외본점에 청구하고 있으며 청구법인의 2010년 법인세 표준손익계산서상 임차료, 급여, 여비교통비, 기타판매관리비(지급수수료, 건물관리비, 통신비) 등은 매출액의 91%에 이르는바, 청구법인은 해외본점의 본질적인 업무인 설계, 감리 등을 수행하거나 동 용역을 관리감독할 만한 권한 및 인적 구성을 갖추고 있지 않다.

  (가) 외국법인의 국내사업장은 외국법인의 종업원을 통한 활동 및 전체 사업활동 내용, 국내 고정된 사업장소·시설의 존재 여부, 국내대리인의 활동 등을 근거로 판단하는 사항으로 한일조세조약 제5조에 의하면 비록 지점 등록하였다고 하더라도 사업활동 수행에 따라 판단하는 것으로서 청구법인은 해외본점을 위하여 사업지원 서비스업을 제공하는 것에 불과하므로 설계․감리용역에 지출한 인건비 등 본점경비 배분대상이 되는 국내 주된 고정사업장으로 볼 만한 근거가 없으며, 또한 청구법인이 한국에서의 사업 전체를 총괄, 관리, 지원하는 업무를 수행하고 있었다고 주장하면서도 OOO설계사업장에 대한 감독활동 업무 등 기업의 주된 사업을 수행했다고 볼 만한 근거가 없다.

  (나) 청구법인이 국내 고정사업장에 해당하더라도 청구법인의 국내원천소득의 손금 배분내역을 보면 직접 인건비 등 비용산정시 실제 발생한 원가가 아닌 표준원가 등을 이용하여 산출하였고, 간접 경비배분 내역에는 국내원천소득의 발생에 합리적으로 관련되지 아니하는 경비인 일본내 접대비, 감가상각비, 퇴직금, 조세공과금 등을 배분하고 있으므로 경정청구 내역이 과다하여 이를 받아들일 수 없다.

 (2) 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해의 표명이 있어야 하며, 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하지만 묵시적으로 표시가 있다고 하기 위해서는 과세관청이 상당기간 과세되지 않은 상태에서 과세하지 않겠다고 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 하고, 특히 과세관청의 의사표시가 일반론적인 견해표명에 불과한 경우에는 신의성실의 원칙이 적용되지 않는바, 과세관청은 납세의무자가 당초 신고한 내용 또는 처분청의 경정처분에 오류 또는 탈루가 있는 사실이 확인된 경우에는 경정권을 통하여 다시 경정할 수 있는 것이므로 이를 신의성실의 원칙에 위반되는 것으로 보기는 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 청구법인이 해외본점의 고정사업장에 해당하지 아니하는 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

 ② 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부

나. 관련 법령

 (1) 법인세법 제9조【납세지】② 외국법인의 법인세 납세지는 국내사업장의 소재지로 한다. 다만, 국내사업장이 없는 외국법인으로서 제93조 제3호 또는 제7호에 따른 소득이 있는 외국법인의 경우에는 각각 그 자산의 소재지로 한다.

③ 제2항의 경우 둘 이상의 국내사업장이 있는 외국법인에 대하여는 대통령령으로 정하는 주된 사업장의 소재지를 납세지로 하고, 둘 이상의 자산이 있는 법인에 대하여는 대통령령으로 정하는 장소를 납세지로 한다.

  제94조【외국법인의 국내사업장】① 외국법인이 국내에 사업의 전부 또는 일부를 수행하는 고정된 장소를 가지고 있는 경우에는 국내사업장이 있는 것으로 한다.

② 제1항에 따른 국내사업장에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 장소를 포함하는 것으로 한다.

1. 지점, 사무소 또는 영업소

4. 6개월을 초과하여 존속하는 건축 장소, 건설·조립·설치공사의 현장 또는 이와 관련되는 감독 활동을 수행하는 장소

④ 제1항에 따른 국내사업장에는 다음 각 호의 장소는 포함되지 아니한다.

1. 외국법인이 자산의 단순한 구입만을 위하여 사용하는 일정한 장소

2. 외국법인이 판매를 목적으로 하지 아니하는 자산의 저장이나 보관만을 위하여 사용하는 일정한 장소

3. 외국법인이 광고, 선전, 정보의 수집 및 제공, 시장조사, 그 밖에 그 사업수행상 예비적이며 보조적인 성격을 가진 사업활동을 하기 위하여 사용하는 일정한 장소

4. 외국법인이 자기의 자산을 타인으로 하여금 가공하게 할 목적으로만 사용하는 일정한 장소

 (2) 법인세법 시행령 제6조【납세지의 범위】① 법 제9조 제1항 단서에서 "대통령령으로 정하는 장소"란 당해 단체의 사업장소재지를 말하되, 주된 소득이 부동산임대소득인 단체의 경우에는 그 부동산의 소재지를 말한다. 이 경우 2 이상의 사업장 또는 부동산을 가지고 있는 단체의 경우에는 주된 사업장 또는 주된 부동산의 소재지를 말하며, 사업장이 없는 단체의 경우에는 당해 단체의 정관 등에 기재된 주사무소의 소재지(정관 등에 주사무소에 관한 규정이 없는 단체의 경우에는 그 대표자 또는 관리인의 주소를 말한다)를 말한다.

② 제1항에서 "주된 사업장 또는 주된 부동산의 소재지"라 함은 직전 사업연도의 제11조 제1호의 규정에 의한 사업수입금액(이하 "사업수입금액"이라 한다)이 가장 많은 사업장 또는 부동산의 소재지를 말한다.

  제129조【국내원천소득금액의 계산】① 법 제92조에 따라 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득의 총합계액을 계산함에 있어서 익금과 손금의 계산은 법과 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 따른다.

1. 법 제14조의 규정에 의한 손금은 법 제93조의 규정에 의한 국내원천소득과 관련되는 수입금액·자산가액과 국내원천소득에 합리적으로 배분되는 것에 한한다.

 (3) 한일조세조약 제5조

1. 이 협약의 목적상 "고정사업장"이라 함은, 기업의 사업이 전적으로 또는 부분적으로 수행되는 고정된 사업장소를 말한다.

2. "고정사업장"이라 함은 특히 다음의 것을 포함한다.

가. 관리장소

나. 지점

다. 사무소

라. 공장

마. 작업장

바. 광산·유전·가스정·채석장 또는 기타 천연자원의 채취장소

3. 건축장소, 건설·설치공사 또는 이와 관련된 감독활동은 그러한 장소, 공사 또는 활동이 6월을 초과하여 존속하는 경우에만 고정사업장을 구성한다.

4. 이 조 전항들의 규정에 불구하고 "고정사업장"은 다음을 포함하지 아니하는 것으로 본다.

가. 기업 소유의 재화 또는 상품의 저장·전시 또는 인도만을 목적으로 한 시설의 이용

나. 저장·전시 또는 인도만을 목적으로 한 기업 소유의 재화 또는 상품의 재고 보유

다. 다른 기업에 의한 가공만을 목적으로 한 기업 소유의 재화 또는 상품의 재고 보유

라. 기업을 위한 재화 또는 상품의 구입 또는 정보의 수집만을 목적으로 한 고정된 사업장소의 유지

마. 기업을 위한 기타 예비적 또는 보조적인 성격의 활동만을 수행하는 것을 목적으로 한 고정된 사업장소의 유지

바. 이 항 가목 내지 마목에 규정된 활동의 복합만을 위한 고정된 사업장소의 유지. 다만, 이러한 복합으로부터 초래되는 고정된 사업장소의 전반적 활동이 예비적이거나 보조적인 성격의 것이어야 한다.

5. 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고, 제6항의 규정이 적용되는 독립적 지위를 가지는 대리인외의 인이 타방체약국의 기업을 위하여 일방체약국에서 활동하며 일방체약국에서 그 기업의 이름으로 계약체결권을 상시적으로 행사하는 경우, 그 기업은 동 인이 그 기업을 위하여 수행하는 활동에 관하여 일방체약국안에 고정사업장을 가지는 것으로 본다. 다만, 동 인의 활동이 고정된 사업장소를 통하여 행하여진다 하더라도 이 고정된 사업장소가 제4항에 언급된 고정사업장으로 되지 아니하는 활동에 한정되지 아니하는 경우이어야 한다.

 (4) 국세기본법 제15조【신의성실】납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 해외본점은 일본에 본점을 두고 설립되어 건축설계, 건축 관련 기술서비스, 도시 및 환경 컨설팅 업무 등을 영위하는 법인으로 2008.1.1. OOO에 청구법인을 설립하고 사업자등록을 하였는바, 주요 사실관계는 다음과 같다.

  (가) 청구법인의 주된 사업은 사업지원 서비스로 해외본점과 국내 고객과의 설계용역 등에 대한 계약을 체결하는 경우 해외본점의 지시에 따라 국내 고객과의 사전 협의를 통해 해외본점에게 계약 조건 등을 전달하거나 해외본점을 위한 각종 자료들의 번역 업무 등의 지원서비스를 제공하고 있고, 해외본점은 상기 사업지원 서비스에 대하여 매년 청구법인에서 발생하는 총 비용에 대하여 10%를 가산하여 용역대가로 청구법인에 지급하였다.

  (나) 청구법인은 동 사업지원 서비스로부터 발생하는 수익에 대하여 법인세 및 부가가치세를 신고·납부하였고, 2010사업연도에는 OOO원의 법인세를 신고·납부하였다.

  (다) 해외본점은 쟁점용역을 제공하는 계약을 체결하였는바, 이는 1987년에 준공된 OOO의 개·보수를 위한 개수설계(改修設計)이고, 해외본점은 (주)OOO 종합건축사 사무소와 업무분담을 하여 서류작성 및 제출 등의 업무는 OOO 종합건축사 사무소가 담당하였으며, 기술검토, 개수항목 결정, 기본설계 등의 업무는 해외본점이 담당하여 일본에서 용역을 수행하였고, (주)OOO 담당자와의 미팅 및 업무 협의를 위하여 해외본점의 소속 직원이 출장의 형태로 관련 용역의 일부분을 국내에서 수행하기도 하였다.

  (라) 해외본점은 2010.4.14. 쟁점용역에 따라 발생하는 국내원천소득을 신고하기 위하여 청구법인과는 별도로OOO의 소재지에 OOO설계사업장을 등록하였는바, 청구법인과 고정사업장에서 신고한 법인세 내역은 아래의 <표1>과 같다.

OOO

 (2) 청구법인은 청구법인이 국내의 고정사업장에 해당하고, 2010사업연도 법인세 신고분에 대해 청구법인과 OOO설계사업장의 손익을 통산하여 쟁점용역과 관련하여 국내에 배분될 손금을 반영하여 과세표준 및 세액을 경정하여야 한다는 주장인바, 주요 주장내용은 다음과 같다.

  (가) 해외본점은 OOO설계사업장의 2010사업연도 법인세로 OOO원을 신고·납부하였고, 여기에는 쟁점용역을 수행하는 과정에서 일본에서 발생한 비용 및 청구법인의 법인세 내역은 포함되지 아니하였는바, 쟁점용역을 일본에서 수행함에 따른 해외본점 필요경비를 국내 고정사업장에 배분하여 손금산입하여야 하고, 이에 따른 과세표준 및 차감납부세액의 내역은 아래의 <표2>와 같으며, 경정청구 대상 세액은 당초 납부한 OOO원이다.

OOO

  (나) 국내원천소득과 관련되는 수입금액, 자산가액과 국내원천소득에 합리적으로 배분되는 비용은 그 비용의 지출이 국내건 국외이건 간에 상관없이 국내원천 사업소득에 대한 손금에 산입할 수 있는 것이고, 또한 국내원천소득과 직접 대응되는 경비는 전액을 그리고 간접적으로 대응되는 경비는 합리적인 기준에 따라 배분하여 국내원천소득에 대한 법인세 신고시 손금에 산입하여야 한다.

  (다) 청구법인이 경정청구를 통한 손금산입한 비용 내역은 아래 <표3>과 같다.

OOO

    1) 위 내역 중 직접인건비, 직접경비, 직접 외주비는 본점과 지점에 배분될 성질의 비용이 아니라, 그 전액이 오로지 지점의 비용으로 손금산입이 되어야만 하는 비용에 해당한다.

    2) 처분청은 나머지 간접인건비, 간접경비 합계 OOO엔에 대해 ‘일본 내 접대비, 감가상각비, 퇴직금, 조세공과금 등’이 포함되어 있으므로 손금으로 인정할 수 없다는 의견이나, 본점경비 중 지점과 관련하여 발생한 비용 OOO을 손금산입하고, 이에 대응하여 위 접대비, 퇴직급여충당부채, 세금과공과금을 손금불산입한 내역을 오해한 데 따른 의견이다.

    3) 한편 본점의 경영비 및 일반관리비 중 공통경비로 국내사업장의 국내원천소득의 발생과 합리적으로 관련된 경비는 국내사업장의 비용으로 배분 계산할 수 있는 것으로(국일 22601-250, 1988.6.24. 등), 본점만의 고유업무를 수행함으로써 발생하는 경비, 본점 등 특정부서나 특정지점만을 위해 지출한 경비, 기타 국내원천소득의 발생과 합리적으로 관련되지 아니하는 경비라면 이를 국내사업장의 경비로 배분할 수 없다(「법인세법 시행령」제130조 제3항).

    4) 청구법인이 경정청구한 간접인건비와 간접경비는 사무담당이나 아르바이트 등 현업부서에 관계되어 있고 직접 작업에 속하지 않는 비용으로 본․지점 업무에 공히 제공되어 직접 인건비로 볼 수 없는 비용(간접인건비)과 임대료 등 현업 부서에 관계되어 있고 직접 작업에 속하지 않는 비용으로 모두 OOO 개보수 업무와 합리적 관련성이 인정되는 비용이다.

    5) 청구법인이 간접경비와 간접인건비를 배분한 방식은 전체 공통 인건비(경비)를 총 직접인건비(경비) 중 쟁점용역에 관한 직접인건비(경비)가 차지하는 비율에 따라 안분한 금액을 통해 지점인 청구법인에 귀속될 손금으로 배분한 것이고 이는 실제 각 경비 및 법인 특성에 따라 자산별, 수익별, 인건비 비율별 배분 등 합리적인 방법에 따른 배분방식으로 인정받을 수 있다.

    6) OOO설계사업장의 경우 수입금액 전액을 국내 고정사업장의 국내원천소득으로 보아 익금으로 신고하였으나 쟁점용역을 수행하는 과정에서 발생한 직·간접 발생비용은 손금으로 전혀 반영하지 아니하였는바, 수입금액이 있다면 그에 대응되는 비용이 반드시 존재함에도 불구하고 처분청은 손금을 전액 부인하고 있다는 점에서도 이 건 거부처분은 위법하고, 한편, 처분청은 실제발생원가가 아닌 표준원가를 이용하여 산출하였으므로 손금으로 인정할 수 없다는 의견이나, 표준원가는 다수의 기업에서 내부 원가관리 목적으로 채택하고 있는 원가 산정방식으로 일반적으로 널리 활용되고 있으며, 청구법인의 해외본점 또한 내부 관리목적상 기중에는 표준원가에 따라 산정한 후 각 분기별로 실제 발생원가와 표준원가의 차이를 조정하여 실제 장부상에는 표준원가가 아닌 실제원가가 계상된다는 점에서 처분청의 의견은 부당하다.

  (라) 청구법인은 손금대상이 되는 비용의 산정 또한 표준원가의 방식으로 비용을 산정한 후 실제원가와 표준원가와의 차이를 직접 인건비 조정 등의 항목으로 반영하여 실제 손금산입대상 금액은 실제 발생원가를 기준으로 산출한 것이고, 이를 기초로 한 세액을 경정청구한 것이므로 손금으로 인정하여야 한다.

 (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

  고정사업장이 둘 이상 존재하는 외국법인의 경우 고정사업장의 영업내용에 대한 구분과 관계 없이 국내원천소득을 총괄하여 주된 고정사업장 소재지에서 신고․납부하여야 하는 것인 바, 청구법인은 해외본점의 주된 사업수행을 위한 사업지원 서비스업을 주된 업종으로 하여 해외본점의 국내 지점으로 설립되었고, 청구법인에 상시 근무인력을 배치하여 국내 고객사와의 용역계약 체결 등을 위한 정보제공, 해외본점과 국내 고객사와의 의사소통 지원업무, 쟁점용역의 제공과 관련한 문서의 번역․제공 및 동종 업계의 동향 파악 등 해외본점의 국내사업 수행을 위한 활동을 지원하고 그에 대한 용역 수수료를 해외본점으로부터 지급받아 2008.1.1. 사업자등록 이후부터 법인세 및 부가가치세를 신고․납부하여 온 점, 청구법인은 고정사업장인 지점으로서의 실체가 있고 국내의 사업을 총괄·관리 및 지원하는 업무를 하고 있는 점 등에 비추어 청구법인은 해외본점의 고정사업장에 해당하는 것으로 판단된다.

  다만, 외국법인의 각 사업연도 국내원천소득을 계산함에 있어 합리적으로 배분된 국내원천소득 관련 경비 등은 이를 손금에 산입할 수 있는 것이나, 처분청이 쟁점용역과 관련하여 청구법인에 배분될 손금을 구체적으로 검토한 사실이 없으므로 처분청은 청구법인이 제시하는 지출금액 및 경비의 사용내역 등을 토대로 이를 재조사하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

 (4) 다음으로, 쟁점②는 쟁점①의 청구주장이 받아들여져 심리의 실익이 없으므로 그 심리를 생략한다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.