주 문

1. 피고가 2013. 6. 26. 원고에 대하여 한 경정청구 거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 00시에 본점소재지를 두고 도축업을 하는 법인으로서, 원고가 판매목적

으로 매입한 생우, 생돈의 도축, 가공 및 육류판매업 등 부가가치세 면세사업(이하 자

가도축이라 한다)과 타인의 위탁을 받아 도축가공서비스를 제공하는 부가가치세 과세

사업(이하 위탁도축이라 한다)을 겸영하고 있다.

나. 원고는 피고에게 2010. 제1기 ~ 2012. 제2기 중에 발생한 복리후생비, 수선비,

소모품비, 연료비, 폐기물 처리비, 수선비 등 도축에 따른 공통매입세액 584,191,333

원(이하 이 사건 쟁점매입세액이라 한다)을 공급가액 기준으로 안분계산하여 부가가

치세를 신고하였다.

다. 원고는 2013. 4. 25. 2010. 제1기 ~ 2012. 제2기 부가가치세에 관하여 당초 신

고한 이 사건 쟁점매입세액의 공급가액 비율에 따른 안분계산 방식은 타당하지 아니하

므로 도축두수에 따라 안분계산해야 한다고 주장하면서 기납부한 세액 중

190,334,650원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

라. 피고는 2013. 6. 26. 부가가치세법 시행령 제61조 제1항은 사업자가 과세사업

과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따

라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통

매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하는 것으로 규

정되어 있으므로, 위 규정에 의하여 이 사건 쟁점매입세액은 공급가액비율에 따라 안

분계산하는 것이 원칙이라는 이유로 원고의 경정청구를 거부(이하 이 사건 거부처분이라 한다)하였다.

마. 원고는 2013. 9. 25. 이 사건 거부처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구(원고

는 이 사건 쟁점매입세액 분류착오로 인하여 190,334,650원 중 114,279,500원에 대

하여만 심판청구하였다)를 하였으나, 2013. 12. 18. 그 청구가 기각되었다.

바. 한편 원고의 부가가치세 신고 및 도축두수는 별지 2, 3 기재와 같다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증(가지번호 있는 것은 가지번호 모두 포

함), 을 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 거부처분의 적법 여부에 대한 판단

가. 원고 주장의 요지

과세분 공급가액에는 타인 소유의 소와 돼지를 도축가공하여 주는 대가인 수수료

만 반영되는 반면 면세분 공급가액에는 원고가 매입한 소와 돼지의 구입가격, 도축가

공원가, 관련 이윤까지 포함되게 되므로, 각 공급가액을 기준으로 이 사건 쟁점매입세

액을 안분하는 것은 타당하지 아니하다. 따라서 이 사건 공통매입세액을 공급가액이

아닌 실제 도축두수에 의하여 안분하여야 한다.

나. 관계 법령

별지 1 기재와 같다.

다. 판단

구 부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것) 제17조 제7항

의 위임에 의한 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되

기 전의 것) 제61조는 매입세액의 안분계산에 관하여, 제1항 본문에서 사업자가 과세

사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속

에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는

매입세액(이하 공통매입세액이라 한다)은 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세

액 면세공급가액/총공급가액에 의하여 안분계산한다고 규정되어있는 바, 여기에서

과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 때의 판단기

준은 재화 매입당시도 고려되어야 할 것이므로, 면세재화의 구입, 관리, 제조, 가공과

정의 투입, 제품공정, 제품생산관리 등 제반실태를 고려하여 전체적으로 구분할 수 있

는지 여부를 결정하여야 하고, 재화의 사용량을 구분할 수 없을 때는 물론 사용량을

구분하더라도 그 사용량의 공급가액을 알 수 없는 경우에도 실지귀속을 구분할 수 없

다고 보아야 할 것이다(대법원 1987. 6. 9. 선고 86누251 판결 참조).

위 법리에 비추어 이 사건 쟁점매입세액 중 면세사업과 관련된 매입세액의 계산을

실지귀속에 따라 구분할 수 있는지 여부에 관하여 살피건대, 앞서 든 증거에 의하여

인정되는 다음의 각 사정들, 즉 원고는 생우, 생돈의 도축가공 및 육류판매업 등의

부가가치세 면세사업과 타인의 위탁을 받아 도축가공서비스를 제공하는 부가가치세

과세사업을 겸영하는 사업자로서, 과세사업인 도축가공서비스와 면세사업인 자가도축

이 모두 같은 공정에서 이루어지고, 그 도축이나 가공에 있어 단위당 소요시간에 차이

가 없는 점, 이 사건 쟁점매입세액의 매입재화인 전기료, 폐기물 처리비, 수선비 등

은 원고의 면세사업인 자가도축과 과세사업인 위탁도축에 공통으로 사용되고 있는 점,

이 사건 쟁점매입세액을 공급가액을 기준으로 하여 안분계산할 경우 면세사업분은

원고가 생우, 생돈을 매입하여 도축가공하여 판매한 가액(생우 1두당 6,000,000원, 생

돈 1두당 350,000원)이므로 소와 돼지의 매입가액이 포함되나, 과세사업분은 타인의

소와 돼지를 도축한데 대한 수수료(생우 1두당 87,000원, 생돈 1두당 12,000원)이므

로 소와 돼지의 가액이 포함되지 아니하게 되는 결과가 되어 공급가액 중 면세사업분

과 과세사업분에 포함되는 가액의 성격이 상이하게 되어 공급가액 비율에 의하여 공통

매입세액을 안분하는 것은 불합리다고 보이는 점, 원고는 도축과 관련하여 매월 도

축세(지방세)를 납부하고 있는데 원고가 위탁받아 도축한 물량은 부가가치세 과세대상

세금계산서를 발행하고, 자가 도축물량에 대하여는 직접 매입하여 도축 후 면세매출한

자료를 토대로 전북도축산위생연구소 00지소에 도축물량을 신고하고 있어 별지 3 기

재 도축 두수는 원고 사업장의 도축두수로서 신빙성이 있다고 보이는 점, 이와 같

이 과세분과 면세분의 공급가액은 생우, 생돈의 매입가액 포함 여부에 따라 가액 차이

가 상당하여 원고의 경우 공급가액을 기준으로 면세사업에 관련된 매입세액을 산출하

면 98%에 이르지만, 도축두수를 기준으로 면세사업과 관련된 매입세액을 산출하면

64.6%에 불과한 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 쟁점매입세액 중 면세사업과 관련된

매입세액의 계산을 도축공정 및 가공공정의 공정별 도축두수에 따라 실지귀속을 구분

할 수 있는 경우에 해당한다. 따라서 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 거부처분

은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결

한다.