주 문

OOO세무서장이 2016.1.7. 및 2016.2.17. 청구인에게 한 2008년 귀속 종합소득세 OOO원 및 OOO원의 부과처분은 무신고가산세 및 납부불성실가산세를 제외하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다)에서 2006.7.24.부터 2008.5.6.까지 대표이사로 재직하였고, 2008.6.5. 자신이 보유하던 쟁점법인의 발행 주식 25,000주(액면가액은 OOO원이며, 전체 지분의 25%이고 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 쟁점법인에게OOO원에 매도하기로 계약한 후 2008.6.13. 주식을 양도하였으며, 2008.9.1. 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. OOO국세청장은 2012년 10월 처분청에 대한 감사시 쟁점법인이 청구인으로부터 쟁점주식을 자기주식으로 취득한 것은 「상법」상 자기주식 취득요건을 충족하지 못하여 무효이므로 쟁점주식 매매대금 OOO원을 업무무관가지급금으로 보아야 한다는 지적을 하였고,

 처분청은 이에 따라 업무무관가지급금으로 본 매매대금 OOO원에 대하여 2008년～2011년에 해당하는 인정이자 과소신고액 OOO원을 익금산입하여 2012.12.6. 쟁점법인에게 법인세를 경정·고지하였고, 2012.12.7. 이를 청구인에 대한 배당으로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

다. 쟁점법인은 위 처분에 불복하여 2013.3.26. 심판청구를 제기하였으나 우리 원은 2013.6.20. 청구기간이 경과한 후에 제기된 것이라 하여 각하결정하였다(조심 2013중1521).

라. 쟁점법인은 소득처분된 인정이자와 관련하여 2013.1.10. 및 2013.2.12. 아래 <표1>과 같이 청구인의 2008년～2011년 귀속분 배당소득세 OOO원을 원천징수하여 납부하였고, 2012년·2013년 귀속분 인정이자 상당액 각 OOO원을 배당으로 소득처분하여 2013.3.31. 각 OOO원을 신고·납부하였다(이와 같이 원천징수한 배당소득세는 총 OOO원이다).

OOO

마. 청구인은 2013.8.30. 당초 신고한 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 고충민원을 제기하여 2013.9.6. 처분청으로부터 환급받았다.

바. 한편, 쟁점법인은 2013.11.15. 청구인을 상대로 기지급한 쟁점주식 매매대금 OOO원의 반환을 구하는 민사소송을 제기하였고, OOO법원은 2014.11.27. “쟁점주식 매매계약은 쟁점법인 총 주식의 25%를 소유한 주주이자 대표이사였던 피고(청구인)와 다른 대주주들 사이에 쟁점법인의 경영을 둘러싼 분쟁이 발생하여 위 분쟁을 근원적으로 해결하기 위하여 쟁점법인이 피고 소유의 쟁점법인 주식 전부를 양수하여 이를 소각하기 위한 목적으로 체결되었다는 점을 충분히 인정할 수 있고, 달리 이를 뒤집을 만한 증거가 없다”고 하여 쟁점주식 매매계약이 무효가 아니라고 판결하였다(사건번호 2013가합19454).

사. 쟁점법인은 2015.2.9. 위 판결을 근거로 「국세기본법」제45조의2 제2항의 후발적 사유에 의한 경정청구를 제기하였고, 처분청은 이를 받아들여 2015.12.6. 및 2015.12.7.에 쟁점법인에게 한 법인세 과세처분 및 소득금액변동통지처분을 취소하였다.

아. 한편, 처분청은 쟁점주식 매매거래가 소각 목적의 자기주식 거래이므로 매매대금 OOO원에서 취득가액 OOO원을 차감한 OOO원을 의제배당으로 보아 2016.1.7. 청구인에게 2008년 귀속 종합소득세 OOO을 경정·고지하였고, 2016.2.17. 2008년 귀속 종합소득세로서 납부불성실가산세 OOO원을 추가로 가산하면서 쟁점법인이 청구인으로부터 원천징수한 OOO(환급가산금 포함)을 공제한 나머지인 OOO원을 추가로 경정·고지하였다.

OOO

자. 청구인은 이에 불복하여 2016.4.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 청구인은 쟁점법인의 대표이사였으나 2008년 4월경 다른 주주들과의 경영권 분쟁으로 다른 주주들로부터 대표이사직의 사임을 요구받았고, 25%의 지분을 보유하였던 청구인은 이들의 요구를 수용할 수밖에 없었으며, 분쟁을 해결하기 위해 쟁점주식을 매매하기로 하였으나 기존 주주들은 자금부족으로 매수할 수 없었고 이에 청구법인에게 주식을 양도하게 되었다. 2008.4.30. 새로 쟁점법인의 대표이사에 취임한 이OOO는 2009.11.9. 자기주식으로 있던 쟁점주식 중 5,000주를 OOO원에 취득하였고 나머지 20,000주는 청구법인이 자기주식으로 보유하여 왔다.

 (2) 쟁점주식은 주식소각이 아닌 단순한 매매에 의해 양도한 것이므로 과세처분을 취소하여야 한다.

  청구인은 다른 주주들과의 경영권 분쟁으로 쫓겨나다시피 쟁점주식을 매도하고 쟁점법인을 떠나온 것이고, 당시 임시주주총회의사록에도 기록되어 있듯이 기존 주주들이 자금이 부족하여 일시적으로 자기주식으로 인수한 후 5년 이내에 기존 주주들이 인수하기로 하고 5년이 지나서도 인수하기 어려우면 그 후에 주식을 소각하기로 한 것이며, 실제로 쟁점법인의 새로운 대표이사 이OOO가 2009.11.9. 5,000주를 인수하였고, 주식소각에 따른 일련의 절차로 볼 수 있는 어떠한 정황도 없으므로 쟁점주식은 당초 신고대로 단순히 매매한 것으로 보아야 한다.

 (3) 쟁점법인의 대표자 이OOO가 쟁점주식 중 5,000주를OOO원에 양수하여 이 부분은 주식소각이 아니므로 의제배당 OOO원에서 OOO원을 감액하여 과세처분을 경정하여야 한다.

 (4) 처분청의 새로운 종합소득세 과세처분은 중복처분에 해당하므로 과세처분을 취소하여야 한다.

  청구인은 정상적으로 쟁점주식을 매매한 후 양도소득세를 신고·납부하였으나 OOO국세청장의 감사지적으로 인하여 양도소득세 대신 인정이자에 상당하는 배당소득세를 납부하여 왔는바, 처분청은 이 건 과세처분은 쟁점주식 양도로 인하여 발생한 하나의 소득에 중복하여 이루어진 것이므로 중복처분에 해당하여 위법하다(대법원 2002.12.26. 선고 2001두627 판결).

 (5) 가산세와 관련하여 청구인은 정당한 사유가 있으므로 무신고가산세 및 납부불성실가산세를 취소하여야 한다.

  청구인은 쟁점주식을 처분하고 양도로 판단하여 규정대로 양도소득세를 신고·납부하였고, 그 후 소득처분에 따른 소득세도 성실히 납부하였음에도 가산세를 부과한 처분은 부당하다. 특히, 납부불성실가산세의 무납부기간을 당초 주식거래의 신고·납부일의 다음날로 하여 과도한 부담을 지운 것은 상식적으로도 납득되지 아니한다.

  처분청은 당초 가산세 OOO원을 가산하여 종합소득세를 과세예고통지를 하였다가 청구인이 과세전적부심사를 제기하자 오히려 가산세를 추가하여 고지하였는바, 이는 조세불복의 일반원칙인 불이익변경 금지원칙을 정면으로 위배한 것이다.

  소득분류를 잘못하여 신고한 경우에는 가산세를 부과하지 아니한 것이고, 청구인의 경우도 양도소득과 배당소득의 구분에 따른 문제임에도 처분청이 부당한 가산세를 적용한 것은 잘못이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점주식 양도가 소각목적이 아니고 단순한 양도라고 주장하나 다음과 같이 이유 없다.

  (가) 청구인은 쟁점법인의 주식대금반환소송(2013가합19454)에서 ‘자기주식 소각목적’으로 쟁점법인이 청구인의 보유주식을 취득하였다고 주장하면서 주식매매계약서, 주주총회결의서, 공증된 이사회회의록 등을 제시하여 인천지방법원으로부터 승소판결을 받았으면서도 의제배당금에 대한 소득세 과세예고통지 후 쟁점법인에게 단순 매매목적으로 쟁점주식을 양도하였다고 주장하는 것은 신빙성이 없다.

  (나) 쟁점법인에서 쟁점주식이 자기주식으로 실제로 소각되지 아니하였으나 청구인은 2008년 6월 퇴사시점에 쟁점법인에게 보유주식을 매매하고 퇴사한 것으로 확인되므로 퇴사로 인하여 주주가 받은 재산가액이 당해 주식의 취득가액을 초과하는 경우에 해당한다. 따라서 쟁점주식의 양도로 인한 소득은「법인세법」제16조 제1항 및 「소득세법」 제17조 제1항 제3호에서 규정하는 의제배당에 해당하므로 양도소득세가 아닌 배당소득으로 종합소득세가 과세되어야 한다.

 (2) 청구인은 의제배당금액을 감액하여야 한다고 주장하나, 의제배당액은 감자(소각) 및 퇴사·탈퇴로 인하여 주주가 받은 대가(OOO원)에서 해당 주식의 취득가액(OOO원)을 차감한 금액(OOO원)으로 산정하는 것이고, 쟁점인의 대표이사 이OOO가 쟁점법인으로부터 취득한 주식 5,000주(OOO원)는 청구인의 의제배당과 별도의 사안이므로 청구주장은 이유 없다.

 (3) 가산세를 감면하여야 한다는 청구주장은 다음과 같이 받아들일 수 없다.

  (가) 의제배당은 당해 법인의 소득금액의 변동 없이 관련 주주의 소득만 증가하는 것이므로 소득금액변동통지 대상이 아니다. 따라서 청구인이 쟁점주식 매매대금을 실제로 수령한 2008년을 기준으로 하여 그에 대한 종합소득세 신고기한의 다음날부터 가산세를 적용한 처분은 잘못이 없다.

  (나) 처분청이 2016.2.17. 과세한 가산세 OOO원은 당초 과세전적부심사와는 별건으로 추가 가산세에 대하여는 국세심사위원회에서 다룬바 없고, 추가로 과세예고를 하였으나 이에 대한 과세전적부심사청구도 없었으므로 불이익변경의 금지에 해당하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 주식소각을 위하여 쟁점주식(25,000주)을 양도한 것으로 보아 의제배당으로 종합소득세를 과세한 처분의 당부 및 처분청이 산정한 의제배당액에서 OOO원(다른 주주가 매입한 5,000주 상당)을 차감하여야 하는지 여부

 ② 중복처분에 해당하므로 과세처분을 취소하여야 한다는 청구주장의 당부

 ③ 가산세와 관련하여 청구인에게 정당한 사유가 있으므로 이를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인이 쟁점주식을 단순양도하였다면서 제시한 쟁점법인의 임시주주총회 의사록(2008.5.15.)의 내용은 아래와 같다.

OOO

 (2) 청구인이 2008.6.13. 쟁점주식을 쟁점법인에게 OOO원에 양도한 사실 및 신임 대표이사인 이OOO가 2009.11.9. 쟁점주식 중 5,000주를 쟁점법인으로부터 매입한 사실은 관련 계약서 등에 의해 확인된다.

 (3) 쟁점법인이 청구인을 상대로 쟁점주식 매매대금 OOO원의 반환을 청구한 민사소송과 관련한 OOO법원의 판결(2014.11.27. 선고 2013가합19454)은 아래와 같고, 패소한 쟁점법인이 항소하지 아니하여 이 판결은 확정되었다.

OOO

 (4) 쟁점법인은 쟁점주식 25,000주(대표이사 이OOO에게 매도한 5,000주를 다시 매입하여 자기주식으로 보유) 전부를 2015.3.10. 소각한 사실이 법인등기부등본에 의하여 확인된다.

 (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 주식의 매도가 자산거래인 주식의 양도에 해당하는가 또는 자본거래인 주식의 소각 내지 자본의 환급에 해당하는가는 법률행위 해석의 문제로서 그 거래의 내용과 당사자의 의사를 기초로 하여 판단하여야 할 것이지만, 실질과세의 원칙상 당해 계약서의 내용이나 형식과 아울러 당사자의 의사와 계약체결의 경위, 대금의 결정방법, 거래의 경과 등 거래의 전체과정을 실질적으로 파악하여 판단하여야 할 것(대법원 2013.5.9. 선고 2012두27091 판결 같은 뜻임)인바,

 경영권 분쟁 등의 쟁점주식 양도 원인 및 과정에 비추어 2008.6.13. 쟁점주식 양도당시 청구인의 입장에서는 소각 여부를 떠나 쟁점주식을 양도하여 분쟁을 해소하려 하였으므로 쟁점주식을 단순히 양도한 것으로 볼 측면이 있기는 하나 쟁점법인이 쟁점주식을 취득하면서 개최한 이사회 의사록에 자기주식으로 취득하는 쟁점주식을 소각할 계획을 논의한 사실이 나타나는 점, 쟁점법인과의 민사소송에서 청구인이 쟁점주식을 소각할 목적으로 양도계약을 체결하였다고 주장하여 승소한 점, 실제로도 쟁점법인이 2015.3.10. 쟁점주식 전부(쟁점법인 대표이사 이OOO가 쟁점법인으로부터 취득하여 다시 쟁점법인에게 양도한 5,000주 포함)를 소각한 사실이 확인된 점 등에 비추어 처분청이 쟁점주식 양도를 소각목적으로 보아 의제배당으로 하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없어 보이고, 쟁점주식 중 5,000주에 상당하는 OOO원을 의제배당에서 차감하여야 한다는 청구주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다.

 (6) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 이 건 과세처분이 중복처분에 해당한다고 주장하나, 처분청이 쟁점법인이 제기한 후발적 사유에 의한 경정청구를 받아들이면서 종전의 처분을 취소하고, 청구인에게는 위 <표2>와 같이 쟁점법인이 청구인에게서 원천징수한 세액을 모두 환급(환급가산금을 포함하여 고지세액에 충당)한 사실이 심리자료에 의해 확인되므로 청구주장을 받아들이기 어렵다 하겠다.

 (7) 다음으로, 쟁점③에 대하여 살피건대, 「국세기본법」제48조 제1항은 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니하도록 규정하고 있는바, 청구인은 2008.9.1. 쟁점주식 양도를 단순양도로 보아 2008년 귀속 양도소득세를 자진하여 신고·납부한 사실이 확인되고, 이와 같은 신고내용은 이 건 과세처분처럼 종합소득세 과세대상이 되는 의제배당과 소득의 구분이 다르기는 하나 청구인이 조세부담을 경감받기 위해 고의로 사실과 다르게 신고한 것으로 보이지 아니하는 점 등에 비추어 처분청이 의제배당으로 종합소득세를 과세하면서 무신고가산세 OOO원을 가산한 처분은 잘못이라고 보인다.

 또한, 처분청은 2008년에 양도한 쟁점주식에 대한 종합소득세 신고기한의 다음 날인 2009.6.1.부터 2015.6.30.까지의 기간에 상응하는 납부불성실가산세 OOO원을 가산하여 이 건 종합소득세를 고지하였는바, 청구인이 2008년에 이미 신고하여 양도소득세를 납부한 사실이 있고, OOO국세청에서 2012년 10월 처분청을 교차감사하면서 쟁점주식 양도가 「상법」상 무효에 해당한다는 지적을 하여 처분청이 청구인의 신고내용을 부인하면서 쟁점주식 매매대금 OOO원을 쟁점법인이 청구인에게 지급한 업무무관가지급금으로 보아 2012년 12월 쟁점법인에 대하여 법인세 경정 및 소득금액변동통지처분을 하였으며, 이후 불복기간 경과 등으로 이러한 처분이 확정되어 청구인은 쟁점법인을 통해 배당소득에 대한 원천세를 납부하여 왔고, 쟁점법인은 위 (3)의 민사판결에 기하여 후발적 사유에 의한 경정청구를 제기하였으나 청구인은 아무런 청구도 하지 아니하여 종전의 과세처분이 확정된 상태로 있었던 점 등에 비추어 대구지방국세청의 교차감사로 확정된 처분청의 종전 과세처분(쟁점주식 양도가 무효이므로 그 매매대금은 업무무관가지급금이 되고 그 이자상당액은 인정배당으로 원천세가 과세됨)을 이행하여 온 청구인으로서는 이 건 처분청의 종합소득세 납세고지가 있기 전까지 스스로 쟁점주식 양도와 관련한 의제배당으로 종합소득세를 신고하여 이와 관련한 세액의 납부의무를 이행할 것으로 기대하기 어려우므로 청구인에게 부과된 납부불성실가산세는 이를 전액 감면하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.