주 문

OOO장이 2013.3.25. 청구법인에게 한 2007사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 OOO 주식회사가 청구법인에게 제공한 장비유지보수용역에 적용한 유지보수요율과 OOO 주식회사에 제공한 장비유지보수용역에 적용한 유지보수요율의 차이로 인하여 발생한 부당행위계산부인 대상 금액인 OOO원을 손금에 산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 1998.12.28. OOO 주식회사(이하 “쟁점거래처”라 한다)와 계약기간 10년의 OOO 계약(1999.1.1. 계약명을 ‘정보시스템 서비스제공 계약’으로 변경하였고, 이하 “쟁점계약”이라 한다)을 체결하였고, 청구법인 이사회는 2005.12.7. 쟁점거래처와의 계약기간 3년(2006.1.1.～2008.12.31.)으로 계약금액 OOO원 범위 내 OOO 계약과 세부사항을 대표이사에게 위임할 것을 의결하였으며, 2007.12.24. 청구법인이 위 이사회의 결의내용에 따라 2007년 쟁점거래처와 OOO계약을 체결한 후, 그 대금을 정산(총 정산대금 OOO원)하면서 그 중 장비유지보수비를 유지보수 대상장비 취득가액의 OOO%를 적용하여 계산한 OOO원(이하 “쟁점유지보수비”라 한다)을 지급하였다.

나. 처분청은 쟁점거래처가 청구법인에게 2007사업연도에 제공한 장비유지보수용역(이하 “쟁점거래”라 한다)에 적용된 유지보수요율과 특수관계자인 OOO 주식회사(이하 “비교대상법인”이라 한다)에 제공한 장비유지보수용역(이하 “쟁점외거래”라 한다)의 유지보수요율을 비교하여 아래 <표1>과 같이 장비 취득가액에 쟁점거래와 쟁점외거래의 유지보수요율의 차이를 곱한 금액 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 손금부인, 기타사외유출로 소득처분하여 2013.3.25. 청구법인에게 2007사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.

<표1> 처분청 시가산정 내역

다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.6.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

  (1) 「법인세법」상 시가는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 인정되는 가격을 말하는 것으로, 장비유지보수요율이 장비의 특성에 따라 결정되는 것임에도 불구하고, 처분청은 무의미한 평균유지보수요율을 적용하여 시가를 산정하였는바,

  쟁점거래의 평균유지보수요율OOO이 쟁점외거래의 평균유지보수요율OOO보다 높은 이유는 유지보수요율이 높은 OOO의 비중이 비교대상법인에 비해 크기 때문으로, 장비의 특성이 반영된 장비군별 유지보수요율을 비교해 보면, 유사 장비군별 적용된 유지보수요율에 큰 차이가 없고, OOO 서버의 경우 청구법인에게 적용된 유지보수율이 오히려 낮아 유지보수비용이 과다지급되지 않았다. 쟁점거래처가 비교대상법인에게 적용한 유지보수율도 장비의 특성에 따라 다양한 요율이 적용되고 있다.

  「법인세법」상 시가는 해당거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격을 의미하는 것으로, 제공되는 용역의 유사성(성격, 범위, 내용, 규모) 및 대표성이 전제되어야 하는 것이나,

  쟁점거래와 쟁점외거래의 규모를 비교해 보면, 쟁점외거래는 유지보수비 규모면에서 쟁점거래 대비 OOO% 수준, 대상 장비의 기준가격면에서는 OOO%를 하회하는 수준으로 전체적인 규모면에서 쟁점거래의 OOO%에도 미치지 못하는 수준이고, 청구법인과 비교대상법인은 쟁점거래처와 서비스수준약정(이하 “OOO”라 한다)을 통해 일정 수준 이상의 서비스 수준을 유지하도록 약정하고 있으며,

  OOO가 정하고 있는 서비스 수준에 미달하는 경우에는 미달한 부분에 대한 Penalty로 Credit을 제공하도록 약정하고 있는데, Credit은 쟁점거래처가 OOO수준에 미달하는 서비스를 제공하는 경우에 지급해야 하는 금액으로 Credit이 큰 경우 쟁점거래처는 더 높은 수준의 책임을 지는 것으로, 쟁점거래와 쟁점외거래에서 쟁점거래처가 부담하는 서비스 책임수준이 다르므로 쟁점거래와 쟁점외거래는 비교대상에 해당하지 아니한다.

  청구법인의 장비는 B2C업종을 영위하여 통화량 관리, 실시간 빌링 등 엄청난 업무량을 상시 처리하고 있고, 전국에 분포한 OOO명(2007년말 기준)에 달하는 고객과 대리점 직원 등 네트워크 시스템을 이용하는 사용자들이 매우 많은 점, 시스템 에러에 대한 해결이 지연되는 경우 다수의 고객들에게 그 피해가 미치는 점 등에서 시스템을 안정적으로 유지․운용할 필요성이 B2B업종을 영위하여 장비가 처리하는 업무의 사용자가 제한적이며, 훨씬 적은 수준의 업무량을 처리하고 있는 비교대상법인에 비해 더욱 중요하며, 이에 따라 청구법인은 비교대상법인에 비해 더욱 높은 수준의 장비유지보수용역을 제공받고 있는 것이다. 따라서 서비스 수준이 달라 비교대상이 아닌 쟁점거래와 쟁점외거래의 유지보수요율을 평면적으로 비교하는 것은 타당하지 않다.

  설사, 쟁점거래와 쟁점외거래가 유사한 상황이라 하더라도, 「법인세법」상 시가는 특수관계자 이외의 불특정다수인과 계속 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간 거래가격을 의미하는 것인데, 처분청이 쟁점거래의 시가로 본 유지보수요율은 쟁점거래처와 같은 기업집단 소속인 비교대상법인과의 쟁점외거래에서 적용된 것으로, 특수관계자간 거래가액인 쟁점외거래의 유지보수요율은 쟁점거래의 시가에 해당하지 아니한다.

  (2) 이 건 처분은 공정거래위원회의 조사과정에서 파생된 것으로, 공정거래위원회의 조사결과에서는 “유지보수요율을 적용함에 있어 그 정상가격의 구체적인 수준을 합리적으로 산정하기는 어려운데, 이는 유지보수요율이 다양한 수준에서 결정되어 시장 평균의 유지보수요율을 산정하기가 사실상 불가능하기 때문”이라고 적시하면서 정상가격을 산정하지 못하였다.

  그러나 과세관청이 법인과 특수관계자간의 용역거래가 「법인세법」상 부당행위계산 부인의 대상에 해당한다는 사실 및 그 해당여부를 판단함에 있어 적용기준이 되는 “시가”에 관한 주장․증명책임은 모두 과세관청에게 있는 것이며(대법원 2013.2.28. 선고 2012두25491 판결), 당해 거래가격이 시가와 부합하지 아니함을 과세관청이 입증하지 못하면 다른 요소를 고려할 필요없이 경제적 합리성이 있는 행위로 보아 부당행위계산에 해당하지 아니하는 것이므로 시가 산정의 적정성에 대한 어떠한 근거도 제시하지 못하는 처분청의 시가 임의적용에 따른 이 건 처분은 위법하다.

  (3) 유지보수대상 장비의 국산/외산 여부 및 소프트웨어사업을 영위하는 사업자가 적용하는 유지보수요율의 현황을 잘 나타내고 있는 구 지식경제부의 보도자료에 의하면, 장비에 대한 유지보수요율 현황이 외산제품의 경우 OOO% 수준으로 결정되며, 국내기업의 유지관리 가격수준은 OOO% 수준임을 알 수 있다. 청구법인이 쟁점거래처로부터 제공받은 장비유지보수용역의 대상 장비는 대부분 OOO 등의 외산장비인 점, 청구법인의 유지보수 대상 장비가 다양하여 장비별 유지보수요율이 다양하다는 점을 고려할 때, 쟁점거래의 평균유지보수요율 OOO%는 위 지식경제부 보도자료 조사결과에 비해 높은 수준이 아니다.

나. 처분청 의견

  (1) 청구법인은 OS계약(자산의 이전을 포함하여 정보시스템 요소의 전부 또는 일부를 외부 전문업체에 위탁하여 운영하게 하는 장․단기 계약) 관련 유지보수비에 대해 OOO서버의 비중이 높아서 유지보수요율이 높다고 주장하나, 정작 4개 계열사가 비교가능한 단순 저장장치인 Storage를 비교해 보면, 다른 계열사가 규모에 관계없이 모두 OOO%요율임에도 청구법인은 OOO%를 지급한 것으로 나타나고, 기타장비는 전체 장비가의 OOO% 수준(다른 계열사 비슷)으로 단순 유지보수라서 대량일수록 그 율이 낮은 것이 상관행임에도 OOO%보다 높은 OOO%를 지급한 것으로 나타나며,

  청구법인은 고가의 OOO서버의 비중이 높아 요율이 높다고 하였으나, 비교대상법인 요율이 OOO%임에도 청구법인은 OOO%로 나타나고 있어 요율이 높아야 하는 이유와 일치하지 않는 모순이 발생하고 있는 것으로 보아도 청구법인이 제품군별 분류기준이나 요율산정방법의 근거를 정확하게 제시하지 못하는 한 높은 유지보수율의 주장은 논리성이나 합리성이 없는 임시방편의 주장일 뿐, 전체적으로 특별한 이유없이 높은 율로 보수비를 지급한 것으로 보는 것이 타당하다.

  OOO를 보면, 이는 OOO 전체에 대한 서비스 수준을 나타내는 것으로써 유지보수비와 운영비의 구분이 별도로 나타나지 않으며, 이 건 관련 통상 장비 유지보수비는 장비취득가액 대비 일정률로 계약되고, 전산 운영비는 운영 인원 대비로 계약되는 것이 상관행이며, 이 때 유지보수 수준은 높고 낮은 것이 아닌 365일 24시간 정상작동과 장비의 최적상태를 유지하는 것이 계약의 가장 기본적인 범위(정부 각 기관의 계약서 참조 - 인터넷 과업지시서)로 나타나는 반면, 청구주장처럼 높은 서비스 수준은 사람이 하는 것이므로 운영비에 포함되어지는 것이 좀 더 타당하다고 할 것이다.

  전산업계의 상관행이 이러함에도 청구법인은 중요한 다른 수준의 요구에 대한 것이 계약서에 구체적으로 나타나 있지 아니하고, Credit 수준은 고가의 유지보수비 대비 건당 OOO원으로 미비한 것으로 나타나 있으며, 이러한 Credit에 대한 발생건수나 지급액이 제시되지 않는 것을 보아도 ‘중요한 다른 수준의 요구’를 결정하는 것은 Credit 수준이 아닌 운영 인력의 자질이라 할 것이기에 고차원의 서비스 수준을 제공받는 운영인건비에 포함되는 것이 당연하다 할 것이다.

  위 OS계약과 관련하여 청구법인은 하드웨어장비 등의 전산장비에 대한 유지보수비를 산정․지급함에 있어 OOO 계열사들이 쟁점거래처와의 거래에서 적용한 요율보다 높게 적용하였는데, 일반적으로 거래기간이 장기간이고, 거래규모가 큰 일괄계약은 높은 할인율을 적용하는 것이 일반적인 상관행인 것에 반하여, 비계열사 및 타계열사와 계약을 체결할 때는 매년 OOO% 정도의 요율을 적용하면서 계열사 전체 물량에서 차지하는 비중이 가장 큰 청구법인에게는 OOO%의 요율을 적용한 것은 경제적 합리성이 결여된 것이다.

  (2) 공정거래위원회는 청구법인 등 7개 법인이 OOO의 OOO 회장과 그 동생이 OOO%의 지분을 보유하고 있고, 지주회사 OOO의 지분을 OOO% 보유하고 있는 쟁점거래처와 일괄적 OS계약을 체결하고, 위 거래를 통하여 쟁점거래처에 과다한 경제적 이익을 제공한 것으로 판단하여 과징금을 부과(지원성 거래규모의 OOO를 위반금액으로 보아, 과징금 OOO원 부과)하고, 국세청에 자료통보하였다.

  (3) 청구법인은 특수관계자간 거래가액인 쟁점외거래의 유지보수요율은 쟁점거래의 시가에 해당하지 아니한다고 주장하나, 국내 IT 서비스 시장은 계열사간 거래인 그룹내 내부거래와 그 외의 대외거래로 확연히 구분되고, 각 시장에서 요구되는 서비스 수준과 업무범위, 계약형태 등이 엄청난 차이를 보이고 있으며, 쟁점거래처의 경우에도 매출의 OOO%가 그룹내 내부거래에서 발생하고 있어 쟁점거래처가 청구법인에 제공한 용역의 정상가격은 그룹내 시장에서 통용되는 가격으로, 특수관계자간 거래일지라도 비특수관계자간 거래와 유사한 것이라면 시가로 볼 수 있는 것(조심 2010서1477, 2010.10.27. 같은 뜻임)이므로 OOO용역이 이분화된 시장의 특수성에 기인하여 그룹내 시장의 시가는 특수관계자간에 통용되는 가격으로 봄이 타당하다. 따라서 청구법인이 이사회가 승인한 계열사 평균 OOO%의 요율을 적용하지 아니하고, OOO%의 고율을 적용한 것은 부당행위계산부인 대상에 해당한다 할 것이다.

  또한, 청구법인은 ‘OOO 계약(안)에서 장비 유지보수요율 산출방식을 ① 장비 도입후 1년간 무상, ② 취득가액 대비 평균 OOO%를 적용(유지보수요율은 장비/지원 조건에 따라 OOO% 수준)하도록 이사회에 보고하였다가, 실제 적용요율을 OOO%로 변경한 것에 대해 아무런 근거를 제시하지 못하고 있다.

 3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

  청구법인이 OOO 주식회사에게 지급한 유지보수비가 부당행위계산부인 대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

  ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

  (2) 법인세법 시행령 제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우"라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

  7. 금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율·요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우

 (3) 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제23조(불공정거래행위의 금지) ① 사업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 공정한 거래를 저해할 우려가 있는 행위(이하 "불공정거래행위"라 한다)를 하거나, 계열회사 또는 다른 사업자로 하여금 이를 행하도록 하여서는 아니된다.

 7. 부당하게 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 행위를 통하여 특수관계인 또는 다른 회사를 지원하는 행위

   가. 특수관계인 또는 다른 회사에 대하여 가지급금·대여금·인력·부동산·유가증권·상품·용역·무체재산권 등을 제공하거나 상당히 유리한 조건으로 거래하는 행위

   나. 다른 사업자와 직접 상품·용역을 거래하면 상당히 유리함에도 불구하고 거래상 실질적인 역할이 없는 특수관계인이나 다른 회사를 매개로 거래하는 행위

 ③ 불공정거래행위의 유형 또는 기준은 대통령령으로 정한다.

 (4) 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령 제36조(불공정거래행위의 지정) ① 법 제23조 제3항에 따른 불공정거래행위의 유형 또는 기준은 별표 1의2와 같다.

 ② 공정거래위원회는 필요하다고 인정하는 경우에는 제1항의 규정에 의한 불공정거래행위의 유형 또는 기준을 특정분야 또는 특정행위에 적용하기 위하여 세부기준을 정하여 고시할 수 있다. 이 경우 공정거래위원회는 미리 관계행정기관의 장의 의견을 들어야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 대표적인 OOO 서버 중 OOO 서버 제품군에 대하여 2007년 계열회사가 산정한 유지보수요율은 모두 OOO%인데, 청구법인만 OOO%를 지급하였다는 의견으로, 이와 관련하여 아래 <표2>의 주요장비별 유지보수비 계열사간 비교표, <표3>의 2007년 OOO 계열사의 유지보수비 지급현황 자료를 제출하였다.

  <표2> 계열사간 주요장비별 유지보수비 비교표

  <표3> 2007년 OOO 계열사의 유지보수비 지급현황

  (2) 이에 대해 청구법인은 청구법인과 비교대상법인의 장비의 특성이 반영된 장비군별 유지보수요율을 비교하면, 유사 장비군별 적용된 유지보수요율에 큰 차이가 없고, OOO 서버의 경우 청구법인에게 적용된 유지보수율이 오히려 낮다고 주장하며, 청구법인과 비교대상법인의 장비 특성에 따른 구분자료를 다음 <표4>와 같이 제출하였다.

  <표4> 청구법인과 비교대상법인의 장비 특성에 따른 구분

  (3) 청구법인이 제출한 청구법인 및 비교대상법인의 2007년 유지보수비의 정산내역은 아래 <표5> 및 <표6>과 같다.

  <표5> 청구법인의 쟁점유지보수비 정산내역

  <표6> 비교대상법인의 유지보수비 정산내역

  (4) 청구법인은 전체적인 규모면에서 쟁점외거래가 쟁점거래의 OOO%에도 미치지 못하는 수준으로 비교대상에 해당하지 아니한다고 주장하며 제출한 쟁점거래와 쟁점외거래의 규모를 비교한 자료는 아래 <표7>과 같다.

  <표7> 쟁점거래와 쟁점외거래의 규모 비교

  (5) 청구법인은 쟁점거래와 쟁점외거래에서 쟁점거래처가 부담하는 서비스 책임수준이 달라 비교대상이 아닌 쟁점거래와 쟁점외거래의 유지보수요율을 평면적으로 비교하는 것은 타당하지 않다고 주장하며 제출한 쟁점거래와 쟁점외거래의 Credit 수준은 다음 <표8>과 같다.

  <표8> 쟁점거래와 쟁점외거래의 Credit 수준

청구법인은 쟁점거래와 쟁점외거래의 Credit 산정방법은 비슷하나, 쟁점거래의 경우, 쟁점외거래에 비해 서비스성과 수준이 최소서비스 수준에 미달하는 정도에 따라 적용되는 가중치(위의 E)가 존재하며, Credit Pool이 더 커져 Credit이 크게 발생할 수 있다는 주장이다.

  이에 따라 쟁점거래와 쟁점외거래에서 동일한 가중치(위의 D, E)를 적용하였을 경우 발생할 수 있는 Credit의 크기는 아래 <표9>와 같다는 주장이다.

  <표9> 쟁점거래와 쟁점외거래의 Credit

  (6) 청구법인은 쟁점거래와 쟁점외거래에 적용되는 등급별 장비대수를 보면, 아래 <표10>과 같으며, 쟁점거래의 경우 높은 수준의 서비스를 제공받는 반면, 쟁점외거래의 경우 낮은 수준의 거래가 다수 존재한다는 주장이다.

  <표10> 쟁점거래와 쟁점외거래의 서비스 수준 비교(2010년 기준)

  (7) 청구법인이 제출한 구 지식경제부 보도자료에 나타나는 네트워크 장비의 유지보수 비용 현황 및 국내외 기업의 상용 SW 유지관리 가격지침 비교자료는 아래 <표11> 및 <표12>와 같다.

  <표11> 네트워크 장비의 유지보수 비용 현황

  <표12> 국내외 기업의 상용 SW 유지관리 가격지침 비교

  (8) 이 건의 처분근거가 된 공정거래위원회 심판 결정서(공정거래위원회 2012시감0470, 2012.9.3.)에 의하면, 공정거래위원회는 청구법인을 비롯하여 OOO 주식회사 등 피심인들이 시스템 관리 및 IT서비스 위탁거래시 계열회사인 쟁점거래처가 일률적으로 정한 단가 등 쟁점거래처에게 현저히 유리한 거래조건을 그대로 수용함으로써 부당하게 쟁점거래처를 지원하는 행위를 한 것에 대하여 청구법인에게 OOO원 등 피심인들에게 총 OOO원의 과징금을 부과한 사실이 나타난다.

  동 의결서에는 청구법인이 자신의 하드웨어 장비 등 전산장비에 대한 유지보수비 산정시 다른 피심인들에 비해 유지보수요율을 더 높게 적용하였으며, 유지보수요율을 적용함에 있어 그 정상가격의 구체적 수준을 합리적으로 산정하기는 어려운데 이는 및 유지보수요율이 다양한 수준에서 결정되어 시장 평균의 인건비 단가나 유지보수요율을 산정하기란 사실상 불가능하기 때문이라는 취지의 내용이 기재되어 있다.

  (9) 청구법인은 쟁점거래와 관련하여 공정거래위원회의 과징금 부과처분에 불복하여 소송을 제기하여 승소[서울고등법원 2014.5.15. 선고 2012누30440 판결(국패), 대법원 2016.3.10. 선고 2014두8568 판결(국패)]하였는바, 그 주요 판결내용은 아래와 같다.

   (가) 청구법인이 2014.5.15. 쟁점거래처와 일괄적 OS계약을 체결하고 2006.1.1.～2012.7.4. 청구법인이 보유한 전산장비에 대한 유지보수비를 산정․지급하면서 기업집단 OOO 소속 계열회사들이 쟁점거래처와의 거래에서 적용한 유지보수요율보다 높게 적용하는 등의 쟁점거래처에 과다한 경제상 이익을 제공하는 지원행위를 하여 공정거래법을 위배하였다는 이유로 공정거래위원회가 청구법인을 포함한 원고들에게 시정명령과 함께 OOO원의 과징금 납부명령을 한 것에 대하여 공정거래위원회가 청구법인이 다른 계열회사들이 적용한 유지보수요율보다 평균 약 OOO% 높은 유지보수요율을 적용하여 산정한 유지보수비를 쟁점거래처에 지급한 행위는 정상가격보다 현저히 유리한 반대급부를 제공한 경우에 해당한다고 본 과징금 납부명령 처분에 대하여

        서울고등법원은 청구법인의 경우 다른 계열회사들과 비교하여 높은 수준의 단위 업무비율이 높아 업무중요도에 있어 상당한 차이가 있는 것으로 인정되는 점, 청구법인이 다른 계열회사들과 비교하여 고사양 서버 비율이 높아 하드웨어 및 상용 소프트웨어 중요도 역시 상대적으로 높고, 최상위 등급의 유지보수 서비스를 받는 서버의 대수나 비율 또한 높은 점, 공정거래위원회는 OOO의 서비스 등급별 유지보수요율을 청구법인에게 적용할 경우 청구법인이 쟁점거래처에 적용한 유지보수요율이 여전히 현저히 유리한 조건에 해당한다고 주장하나, 청구법인은 주로 OOO 등의 장비를 사용하고 있고, OOO 장비는 사용하지 않아 공정거래위원회의 주장은 그 전제되는 사실에 이미 모순점이 있어 이를 받아들일 수 없는 점,

        또한, 공정거래위원회는 청구법인과 같은 통신회사인 OOO와 비교할 경우 청구법인이 적용한 유지보수요율이 쟁점거래처에 현저히 유리한 조건에 해당한다고 주장하나, 이러한 주장을 뒷받침할 만한 객관적이고 충분한 증거가 제출되지 아니한 점, 공정거래위원회는 청구법인이 쟁점거래처에 부당한 지원을 했다는 증거로 내부문건을 제출하였으나, 이 서류는 쟁점거래처가 내부적으로 검토한 서류에 불과하고, 오히려 청구법인은 2011년～2013년 유지보수요율의 인하를 추진하여 실제 2011년 유지보수요율이 청구법인이 의도한 대로 OOO%로 정해진 사실, 국내기업의 상용 소프트웨어 유지보수요율에 관한 2012.6.26. 지식경제부의 보도자료, OOO 유한회사에 대한 법원의 사실조회 등으로 보아 청구법인이 적용한 유지보수요율이 한국전산원 발표 유지보수요율 등의 범위 내에 있거나 별다른 차이가 없는 점 등과 같은 이유 등으로 청구법인이 쟁점거래처에 유지보수비를 지급함에 있어서 정상가격보다 현저히 높은 유지보수요율을 적용하였다고 단정하기 어려워 공정거래위원회의 처분이 위법한 것으로 판결하였다.

   (나) 대법원도 위 서울고등법원의 판결 취지와 동일하게 공정거래위원회의 처분이 위법한 것으로 판결하였다.

  (10) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 부당행위계산이라 함은 납세자가 정상적인 경제인의 합리적 거래형식에 의하지 아니하고 우회행위, 다단계행위 그 밖의 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 경감 내지 배제시키는 행위계산을 말하고, 「법인세법」제52조에서 부당행위계산부인 규정을 둔 취지는 법인과 특수관계 있는 자와의 거래가 같은 법 시행령 제88조에 정한 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되어 조세법적인 측면에서 부당한 것이라고 보일 때 과세권자가 객관적으로 타당하다고 인정되는 소득이 있었던 것으로 의제하여 과세함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하고자 하는 것인바(대법원 2006.1.13. 선고 2003두13267 판결, 같은 뜻임),

  이 건의 경우 청구법인과 비교대상법인의 보유장비가 다르고, 장비별로 유지보수요율이 다르게 적용될 수 있는 점, 비교대상법인의 보유장비가 규모면에서 청구법인 보유장비의 OOO%에도 미치지 아니하여 그 유지보수요율에 대해 단순 비교하기 어려운 점, 쟁점거래와 쟁점외거래에서 쟁점거래처가 부담하는 서비스 책임수준이 서로 다르고 그 서비스 책임수준에 따라 유지보수요율도 달라지므로 쟁점거래와 쟁점외거래를 비교대상으로 삼기는 적절하지 아니한 점, 공정거래위원회에서도 청구법인의 유지보수요율에 대해 유지보수요율이 다양한 수준에서 결정되어 시장 평균의 유지보수요율을 산정하기가 사실상 불가능하기 때문이라고 하면서 정상가격을 산정하지 못한 점, 구 지식경제부의 보도자료에 나타나는 유지보수요율 현황에 비해 쟁점거래에서의 평균유지보수요율이 높지 않은 점,

  이 건의 처분의 원인이었던 공정거래위원회의 과징금 부과처분에 불복하여 제기한 소송에서 청구법인이 최종적으로 승소하였고 그 판결 취지에서 청구법인이 쟁점거래처에 유지보수비를 지급함에 있어서 정상가격보다 현저히 높은 유지보수요율을 적용하였다고 단정하기 어렵다고 밝히고 있으므로 이를 참작할 필요가 있다고 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점금액에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

 4. 결 론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.