[주 문]

  OOO세무서장이 2014.5.13. 청구법인에게 한 법인세 2010사업연도분 OOO원, 2011사업연도분 OOO원 합계 OOO원(2012사업연도분 OOO원 환급) 및 부가가치세 2012년 제1기분 OOO원, 2012년 제2기분 OOO원 합계 OOO원(2011년 제2기분 OOO원 환급)의 각 부과처분은 청구법인의 OOO에 대한 공사미수금 미화 OOO 달러에 대한 ｢국제조세조정에 관한 법률｣ 제5조에 따른 정상이자율을 재조사하여 그 결과에 따라 각 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 경정하고, 청구법인이 주식회사 OOO로부터 대물변제로 취득하였다가 임대한 OOO아파트 20채의 공급가액 OOO원을 2012년 제2기 부가가치세 과세표준에서 제외하여 그 과세표준 및 세액을 경정하며, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2000.12.27. 주식회사 OOO의 건설부문의 인적분할로 설립되어 토목사업(도로, 철도 등 사회간접자본시설 건설), 건축사업(오피스, 오피스텔, 주상복합 등을 건설), 주택사업(아파트 등) 등을 영위하고 있다.

나. 청구법인은 2011～2013사업연도 중 구OOO 등 임직원 14명이 업무수행 과정에서 ｢특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률｣ 위반(횡령) 혐의로 피소되자 동 형사소송 사건(이하 “쟁점소송사건”이라 한다) 수행에 대한 소송비용 OOO원 및 해당 부가가치세 OOO원 합계 OOO원을 아래 <표1>과 같이 지급하였는바, 2011․2012사업연도에 지급한 형사소송비 OOO원을 해당 사업연도의 손금에 산입하는 한편, 관련 부가가치세 OOO원을 매입세액 공제액에 포함하여 해당 과세기간의 부가가치세를 신고하였고,

<표1> 청구법인의 형사소송비용 대납 내역

2007년 해외 특수관계자인 OOO(이하 OOO”라 한다)와 사이판에서 골프리조트 건설공사도급계약을 체결하면서 공사대금 지급 지연시 6.8%의 지연이자를 지급받기로 하였다가 2009.11.18. 회원모집률이 50%에 미달하는 경우 지연이자를 면제하는 내용으로 변경계약을 체결하였고, 2010년말 공사대금 미회수액 미화 OOO 달러(이하 “쟁점공사대금”이라 한다)에 대해 2010.1.1.부터 2011.10.3.까지 기간에 리보금리를 적용한 이자상당액을 2011․2012사업연도에 익금산입하여 법인세를 신고하였으며, 2012년 9월 주식회사 OOO로부터 도급받아 시공한 OOO아파트의 공사 미수채권에 대해 대물변제로 국민주택 규모를 초과하는 아파트 56채(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 취득하여 건물 관련 매입세액을 부가가치세 신고시 공제한 후 2012년 이후 쟁점아파트 전부를 임대하였다.

다. OOO은 2013.8.30.부터 2014.1.24.까지 기간 동안 청구법인에 대해 법인세 통합조사를 실시하여 청구법인이 임직원의 형사소송비용 대납액 OOO 및 관련 부가가치세 OOO원 합계 OOO원을 업무무관 경비로 보아 손금불산입하는 한편, 부가가치세 매입세액 OOO원은 매입세액 불공제 대상으로 분류하였고, 쟁점공사대금에 대해 OOO와 체결한 당초 공사도급계약서상 지연이자율(연 6.8%)을 정상이자율로 보아 리보금리를 적용하여 산정한 이자와의 차액 OOO원(2010년 OOO원, 2011년 OOO원)을 익금산입하였으며, 2012년 제2기 부가가치세 과세기간 중 임대된 쟁점아파트 공급가액 OOO원을 과세표준에 산입하여 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2014. 5.12. 청구법인에게 법인세 2010사업연도분 OOO원, 2011사업연도분 OOO원 합계 OOO원을 각 경정․고지(2012사업연도분 OOO원 환급)하였고, 부가가치세 2012년 제1기분 OOO원, 2012년 제2기분 OOO원 합계 OOO원(2011년 제2기분 OOO원 환급)을 각 경정․고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2014.7.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

  (1) ｢법인세법｣ 제19조 제2항에서 손금의 범위에 대해 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다고 규정하고 있는바, 쟁점소송비용은 해당 임직원들이 개인적인 용무나 사적이익을 취하고자 행했던 행위가 아니라 업무수행 과정에서 ｢건설산업기본법｣ 등 법률을 위반한 혐의로 피소 또는 고발을 당한 것으로 청구법인 사업과 직접 관련성이 있는 것으로 보아야 할 것인 점, 동 임직원들에게 실형이 선고될 경우 ｢건설산업기본법｣상 행위자인 종업원의 업무상 위법행위와 관련하여 그 사업주인 청구법인에 대해서도 업무행위에 대한 책임을 물어 처벌하도록 되어 있어 청구법인은 건설업 등록 말소(제83조), 영업정지 또는 과징금 부과(제82조의2) 등의 처벌을 받게 되고, ｢국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률｣ 제27조 규정에 따른 부정당업자로 인정될 경우 입찰 참가자격이 제한되는 등 청구법인 입장에서 막대한 손해가 발생하게 되므로 청구법인은 동 소송 결과의 직접적인 수혜자의 지위 및 임직원들을 고용한 사업주로서의 법률적 책임을 부담하기 위해 쟁점소송비용을 부담한 것인 점 등에 비추어 쟁점소송비용은 청구법인의 업무와 관련된 비용으로 손금산입 대상이다.

  (2) 처분청이 당초 계약서에 따른 지연이자율(6.8%)을 정상이자율로 보아 과세한 처분은 다음과 같은 이유로 부당하다.

   (가) 국외 특수관계자의 거래에서 발생된 매출채권을 회수함에 있어서 거래상대방의 자금사정 등으로 불가피하게 그 회수가 지연되는 등 매출채권의 회수가 지연되는데 정당한 사유가 있다고 인정되는 경우에는, 당해 매출채권의 지연에 따른 연체료 상당액을 받기로 한 경우에도 당해 매출채권이 업무와 관련 없는 가지급금으로 전환된 것으로 보지 아니하며 인정이자 계산대상이 아니라고 할 것(대법원 2000두5494, 2000.11.14., 조심 2009중2974, 2010.10.19. 등)인바, 청구법인의 쟁점공사대금 회수가 지연된 사유를 보면 2008년말 OOO 사태에서 촉발된 세계적 금융위기로 골프회원권, 콘도회원권 시세가 급락하여 2009년말까지 사이판 골프리조트 분양률이 19.7%에 불과하였고, 여행 수요도 급감하여 OOO는 2009년부터 매년 4백만 달러 이상의 영업손실이 발생하는 등 결손이 누적되어 심각한 자금부족 상황에 직면하게 되었으며, 당시 OOO의 청산가치가 쟁점공사대금 잔액에도 미치지 못한 상태로 청구법인은 OOO를 파산시키기보다는 계속기업으로서의 회생가능성을 높여 투자손실을 줄여나가는 것이 유리하다고 판단하여 2011년 10월 쟁점공사대금을 부득이하게 출자전환하는 등 쟁점공사대금 회수 지연에 정당한 사유가 있다.

   (나) 국외 특수관계자와의 매출채권을 정당한 사유 없이 지연회수한 것에 대해서는 해당 통화에 대한 국제금융시장의 실세금리(LIBOR)를 적용하여 인정이자를 계산하여야 할 것(조심 2011서642, 2011.11.29.)인 점, ｢국제조세조정에 관한 법률｣ 제4조 제1항에서 국외특수관계자와의 국제거래에서 그 거래가격이 정상가격보다 낮거나 높은 경우에는 정상가격을 기준으로 과세표준 및 세액을 결정․경정할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제6조 제7항에서 거주자와 국외특수관계인의 국제거래에서 적용되는 자금거래의 정상이자율은 특수관계인이 아닌 자 간의 통상적인 자금거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 이자율로 한다고 규정하고 있어 처분청이 이 건 정상이자율로 적용한 6.8%는 청구법인이 특수관계에 있는 OOO와 변경계약 체결 전의 지연이자율로서 정상이자율로 볼 수는 없는 점, 처분청이 이 건 정상이자율 산정을 위한 비교대상 거래로 제시한 계약체결 건의 경우 OOO와의 국외거래에 대한 비교대상 거래로서 국내공사계약건 중 지연이자율이 6.8%를 초과하는 사례만을 발췌한 것으로 국내거래와 국제거래 간의 경제상황 및 시장상황에 대한 합리적이고 구체적인 차이 조정에 대한 근거의 제시도 없는 점, 국외 공사계약건에 있어서 지연이자의 청구 조항은 실제 지연이자를 수취하려는 목적보다는 발주자가 공사대금 지급의무를 보다 성실히 이행하도록 하기 위한 간접적인 장치에 불과하고, 실제 공사대금의 납입이 다소 지연되었다고 하더라도 거래당사자간 지연이자는 묵시적 합의에 의해 수취하지 않는 것이 대부분인 점 등에 비추어 처분청이 쟁점공사대금의 정상 지연이자율을 6.8%로 보아 과세한 처분은 부당하다.

  (3) 국민주택 규모 초과 아파트를 대물변제 받았다가 분양이 될 때까지 일시적, 잠정적으로 임대한 것은 면세전용에 해당되지 않는 것(조심 2014서3402, 2015.4.16.)인바, 청구법인은 대물변제로 취득한 쟁점아파트를 제3자에 매각하여 공사대금을 회수하기 위한 것으로 주택임대사업을 영위하기 위한 별도의 사업부서 없이 사업팀 담당 및 모델하우스 직원 등이 임시적으로 임대업무를 처리한 점, 청구법인은 쟁점아파트를 임대부동산이 아닌 매각예정-부동산 계정으로 분류하고 있었고, 외부감사인도 감사보고서에 위 계정분류를 적정한 것으로 인정한 점, 청구법인은 쟁점아파트를 조기에 매각하기 위해 할인분양을 추진하였으나 입주자대표회의 등에서 시세 하락을 우려하여 민원을 제기함에 따라 매각이 지연된 점, 청구법인은 쟁점아파트를 잠정적으로 임대하면서 임차인과의 계약서에 매각 진행 중인 아파트로서 제3자 매각에 이의를 제기하지 않고 협조하여야 한다는 내용을 명시한 점, 쟁점 아파트는 최초 분양시 시행사에서 분양가를 높은 수준으로 책정하여 다량의 미분양이 발생하였고, 현재도 같은 사유로 매각이 원활치는 않은 상황이나 2015년 7월 쟁점아파트 중 2채를 매각하는 등 매각을 위한 노력을 지속하고 있는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점아파트를 임대한 것은 일시적, 잠정적인 것인데도 처분청이 쟁점아파트 임대 시점에 자가공급으로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

  (1) ｢법인세법｣ 제19조 제2항에서 원칙적으로 손비는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다고 규정하고 있는바, 여기서 일반적으로 용인되는 통상적인 비용이라 함은 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하고 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 할 것(대법원 2009.11.12. 선고 2007두12422 판결, 같은 뜻임)인데 특별한 사정이 없는 한 사회질서에 위반하여 지출된 비용은 여기에서 제외된다고 할 것인바, 쟁점소송비용은 구OOO 등 청구법인의 임직원 14명이 청구법인이 시공하는 토목공사(경의선 전동차 등 50개 현장)와 관련하여 하도급․설계․조사용역업체(OOO 주식회사 등 66개 업체)로부터 리베이트를 수수하여 ｢특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률｣ 위반(횡령) 혐의로 검찰수사 및 법원의 재판을 받는 과정에서 발생한 비용으로 해당 임직원들이 검찰수사를 받게 된 경위를 보면 하도급업체 등과 통정하여 ‘리베이트 및 리베이트 조성비용(리베이트의 15%)’만큼 부풀려진 허위 계약서를 작성 후 외주공사비 및 설계용역비 명목으로 가공의 세금계산서 OOO원을 수취하여 관련 대금을 지급한 후 리베이트 조성비용 등을 제외한 OOO원을 하도급업체 등으로부터 되돌려 받아 이를 비자금으로 관리하면서 원청업체 등에 리베이트 등의 용도로 사용된 것으로 쟁점소송비용은 사회질서에 위반된 행위와 관련된 지출로서 동종 사업을 영위하는 다른 법인 내지 합리적인 경제주체가 통상적으로 취할 행위라고 보기 어려워 일반적으로 인정되는 통상적인 지출로 인정하기 어려운 점, 임직원들의 허위 계약서 작성, 불법 리베이트 수취 등 불법행위와 관련된 쟁점소송비용은 ｢법인세법 시행령｣ 제50조에서 업무와 관련 없는 비용으로 규정한 뇌물 등을 공여하기 위한 행위와 관련된 지출액으로서 업무와 관련된 지출로 보기는 어려운 점 등에 비추어 쟁점소송비용을 손금불산입하여 과세한 처분은 정당하다.

  (2) 청구법인은 사이판의 골프장리조트공사 이외에 강원도 춘천시, 경상북도 영천시 등에서 특수관계 없는 자에게 골프장 공사용역을 제공한 바 있고, 제3자와 계약한 연체이자율은 모두 6.8% 이상인 사실이 나타나는 점, 청구법인은 해외 건설공사를 해오고 있으나 특수관계 없는 제3자와 공사계약 체결시 10% 전후의 지연이자율을 지급받는 조건이었던 사실이 나타나는 점, 청구법인이 분양률 50% 미만시 지연이자를 지급받지 않기로 변경계약을 체결한 것은 청구법인에 일방적인 손해로 제3자 간에는 이루어질 수 없는 계약변경으로 보이는 점, 골프장 및 리조트 건설업은 통상 사업초기의 투자손실이 크고 장기간에 걸쳐 투자수익을 회수하는 것이 일반적으로 청구법인은 특수관계에 있는 OOO의 재정상태를 사업초기부터 미리 예측할 수 있었는데도 2010년부터 분양률이 50% 미만일 경우 지연이자를 수수하지 않는 계약변경을 정상적으로 보기 어려운 점 등에 비추어 OOO에 대한 쟁점공사대금의 정상 지연이자율을 6.8%로 적용하여 과세한 처분은 정당하다.

  (3) 판매목적으로 취득한 후 임대로 전환하여 사용하는 쟁점아파트의 경우 면세사업 전용으로 자가공급에 해당하여 부가가치세 과세대상에 해당되는 것으로서 과세재화의 면세사업 전용 예외에 해당하는지에 대한 판단은 엄격하게 제한적으로 해석되어야 할 것인바, 청구법인의 쟁점아파트 임대기간이 모두 2년 이상으로 청구법인은 2007년부터 2009년까지 쟁점아파트와 동일하게 대물변제로 취득한 다른 아파트의 임대계약일에 면세전용에 따른 부가가치세를 납부한 사실이 나타나는 등 쟁점아파트의 경우 취득시점에 분양이 어렵다는 사실을 충분히 예측가능한 상황이어서 임대전환이 불가피하였을 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점아파트 임대 시점에 자가공급으로 보아 청구법인에게 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  ① 쟁점소송비용을 청구법인의 손비로 인정할 수 있는지 여부

  ② 국외 특수관계자에 대한 쟁점공사대금의 정상 지연이자율을 6.8%로 보아 과세한 처분의 당부

  ③ 대물변제로 취득한 쟁점아파트를 임대에 사용하였다 하여 자가공급으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

<쟁점① 관련>

 (1) 법인세법

 제19조【손금의 범위】①손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

②제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

 제27조【업무와 관련 없는 비용의 손금불산입】내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

2.제1호 외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 것

 (2) 법인세법 시행령 제50조【업무와 관련 없는 지출】①법 제27조제2호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

4.해당 법인이 공여한 ｢형법｣ 또는 ｢국제상거래에 있어서 외국공무원에 대한 뇌물방지법｣에 따른 뇌물에 해당하는 금전 및 금전 외의 자산과 경제적 이익의 합계액

<쟁점② 관련>

 (1) 국제조세조정에 관한 법률 제4조【정상가격에 의한 과세조정】① 과세당국은 거래 당사자의 어느 한 쪽이 국외특수관계자인 국제거래에서 그 거래가격이 정상가격보다 낮거나 높은 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다. 이하 이 장에서 같다)의 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정할 수 있다. 다만, 제5조에 따른 정상가격 산출방법 중 동일한 정상가격 산출방법을 적용하여 둘 이상의 과세연도에 대하여 정상가격을 산출하고 그 정상가격을 기준으로 일부 과세연도에 대한 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정하는 경우에는 나머지 과세연도에 대하여도 그 정상가격을 기준으로 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정하여야 한다.

② 납세자가 제2조 제1항 제8호 다목 및 라목에 따른 특수관계에 해당하지 아니한다는 명백한 사유를 제시한 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

 (2) 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제6조【정상가격 산출방법의 보완 등】⑦ 거주자와 국외특수관계인의 국제거래에서 적용되는 자금거래의 정상이자율은 특수관계인이 아닌 자 간의 통상적인 자금거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 이자율로서 다음 각 호의 사항을 고려하여 계산하여야 한다. 이 경우 거주자와 국외특수관계인의 자금거래는 통상적인 회수기간 및 지급기간이 지난 채권의 회수 및 채무의 지급 등 사실상의 자금거래를 포함한다.

1. 채무액

2. 채무의 만기

3. 채무의 보증 여부

4. 채무자의 신용 정도

<쟁점③ 관련>

 (1) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전면개정되기 전의 것)

 제6조【재화의 공급】① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도(引渡) 또는 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

② 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기의 사업을 위하여 직접 사용하거나 소비하는 경우 대통령령으로 정하는 것은 재화의 공급으로 본다.

③ 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기나 그 사용인의 개인적인 목적 또는 그 밖의 목적으로 사용ㆍ소비하거나, 자기의 고객이나 불특정 다수인에게 증여(贈與)하는 경우 대통령령으로 정하는 것은 재화의 공급으로 본다.

 제12조【면세】① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

12. 주택과 이에 부수되는 토지의 임대 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

 제17조【납부세액】② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

3. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액

 (2) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 전면개정되기 전의 것)

 제15조【자가공급의 범위】① 법 제6조 제2항에 따라 재화의 공급으로 보는 것은 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 위하여 사용 또는 소비되는 재화(법 제17조 제2항에 따라 매입세액이 공제되지 아니하는 것은 제외하되, 법 제6조 제6항 제2호에 따른 사업양도에 의하여 사업양수자가 양수한 자산으로서 사업양도자가 법 제17조 제1항 각 호의 세액을 공제받은 재화를 포함한다)

 제34조【주택과 이에 부수되는 토지의 임대용역의 범위】① 법 제12조 제1항 제12호에 규정하는 주택과 이에 부수되는 토지의 임대는 상시주거용(사업을 위한 주거용의 경우를 제외한다)으로 사용하는 건물(이하 "주택"이라 한다)과 이에 부수되는 토지로서 다음 각 호의 면적 중 넓은 면적을 초과하지 아니하는 토지의 임대를 말하며, 이를 초과하는 부분은 토지의 임대로 본다.

1. 주택의 연면적(지하층의 면적, 지상층의 주차용으로 사용되는 면적 및 ｢주택건설기준 등에 관한 규정｣ 제2조 제3호의 규정에 따른 주민공동시설의 면적을 제외한다)

2. 건물이 정착된 면적에 5배(｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣ 제6조의 규정에 따른 도시지역 밖의 토지의 경우에는 10배)를 곱하여 산정한 면적

다. 사실관계 및 판단

  (1) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

   (가) 처분청은 “쟁점소송비용이 직원의 형사사건 검찰수사 및 법원재판 관련 소송비용으로서 판매관리비로 계상하여 차감된 법인세 및 부가가치세 매입세액의 경정 및 해당 금액을 임직원들의 상여로 소득처분한 데 대하여 이의가 없다”는 내용으로 청구법인이 작성한 확인서를 제시하였다.

   (나) 청구법인 토목사업본부 본부장으로 재직하였던 구OOO은 ｢특정경제범죄가중처벌 등에 관한 법률｣ 위반(업무상 배임 등) 혐의로 기소되어 대구지방법원은 2013.5.24. 구OOO에게 징역 1년을 선고(2012고합1377)하였는바, 판결서의 주요내용은 다음과 같다.

   (다) 청구법인은 쟁점소송비용이 청구법인의 업무와 관련된 것으로 손금에 산입대상이라고 주장하는바, 주장의 논거는 다음과 같다.

 1) 쟁점 형사사건의 피고가 청구법인이 아니라 임직원들 개인인 이유는 해당 위법행위가 청구법인의 사업상 행위라도 그 임직원을 처벌하는 ｢형법｣상의 특성에 기인된 것이므로 청구법인 임직원들의 행위가 법인의 업무와 무관하다거나 쟁점소송비용이 청구법인의 업무와 관련성이 없다고 볼 수 없다.

    2) 청구법인은 업계 현실상 턴키공사 수주를 위해 150여명으로 구성된 수주 심의위원들에 대한 사전 접대활동을 해왔고, 임직원 구OOO 등 14명은 수주활동비 마련을 위해 비자금을 조성한 혐의로 검찰에 의해 기소된 것으로 임직원들의 과실행위는 회사차원의 행위로서 이해득실의 당사자 또한 청구법인으로 보아야 한다.

    3) 쟁점 형사사건의 처벌 수준에 따라 청구법인도 다음과 같이 관련 법률에 따라 영업정지 등 처벌을 받게 되므로 쟁점 소송사건에 대한 법률적 대응은 청구법인의 업무상 행위이다.

    4) 처분청은 쟁점소송비용이 업무와 관련 없는 비용으로 규정한 뇌물 등을 공여하기 위한 행위와 관련된 지출이므로 손금으로 인정되어서는 안된다고 주장하나, 업무무관 비용은 ｢법인세법 시행령｣ 제50조에서 규정한 ‘뇌물로 지출되는 금전 자체’를 의미할 뿐 형사소송 비용을 ‘뇌물’로 볼 수는 없고, 쟁점소송비용은 형사적 문제로 인한 법인의 순자산 감소를 줄이기 위한 비용으로 손금에 해당한다.

    5) 처분청이 과세처분의 근거로 제시한 판례(대법원 2003.5.30. 선고 2002도235 판결)의 피고는 학교법인의 대학교 총장으로서 노동쟁의 등 분쟁과정에서 상대방인 전 이사장에 대한 허위사실을 유포하는 등 전 이사장에 대한 명예훼손죄 등으로 기소된 사건으로 법인의 사업상 행위라기보다는 법인의 사업목적 및 의사와 동떨어진 내부적인 권력다툼 과정에서 발생한 소송으로 이 건과 사실관계가 다르다.

   (라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점소송비용과 관련된 임직원들의 형사사건 소송결과에 따라 영업정지 등 처벌을 받을 수 있으므로 쟁점소송비용을 청구법인의 업무와 관련된 손비로 인정하여야 한다고 주장하나, ｢법인세법｣ 제19조 제2항에서 원칙적으로 손비는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다고 규정하고 있는바, 여기서 일반적으로 용인되는 통상적인 비용이라 함은 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하고 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 할 것인데 특별한 사정이 없는 한 사회질서에 위반하여 지출된 비용은 여기에서 제외된다고 할 것(대법원 2009. 11.12. 선고 2007두12422 판결, 같은 뜻임)인바, 쟁점소송비용은 청구법인의 임직원들이 하도급업체에 공사대금을 과다하게 세금계산서를 발행한 후 정상 공사금액과의 차액을 되돌려 받아 이를 수주활동에 불법적으로 사용하여 업무상 배임죄로 기소된 형사사건에 대한 소송비용으로서 청구법인의 사업과 관련하여 일반적으로 용인되는 통상적인 지출로 보기 어려운 점, 쟁점 형사사건의 피고인은 청구법인이 아닌 임직원 개인들로서 법인의 사업과 직접 관련된 것으로 보기 어려운 점, 쟁점소송비용은 사회질서에 반하는 행위에 관련된 지출인 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점소송비용을 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

  (2) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

   (가) 청구법인이 2007.12.6. SLDI와 체결한 ‘공사도급계약서’ 및 ‘공사도급계약 일반조건’과 2009.11.18. 체결된 ‘변경계약서’의 주요내용은 다음과 같다.

   (나) 처분청은 청구법인의 국내외 공사도급계약시 통상적인 지연이자율이 6.8%를 상회한다며 관련 공사계약서를 제시하였는바, 지연이자율 내역은 다음과 같다.

<표2> 처분청 제시 국내외 공사도급계약서 내역

   (다) 청구법인은 쟁점공사대금 지연회수율을 6.8%를 적용하여 과세한 처분은 부당하다고 주장하며 다음과 같은 자료를 제시하였다.

    1) 청구법인이 쟁점공사대금을 계약서에 따른 지급시기에 회수하지 못한 것은 OOO의 영업손실로 인한 결손금 누적으로 자금사정이 악화되었기 때문으로 원금조차 회수가 불투명한 상황으로 부득이하게 2011년말 쟁점공사대금을 출자전환하였는바, 이는 쟁점공사대금 지연회수에 정당한 사유가 있는 것으로 인정이자 과세는 부당하다고 주장하며 다음과 같은 자료를 제시하였다.

     가) 2008년말 세계적 금융위기 이후 OOO의 골프회원권 및 리조트 분양률 부진 및 영업손실이 지속되어 자금부족 사태에 직면하였다고 주장하는바, 연도별 분양률 현황 및 영업손실 발생내역은 다음과 같다.

<표3> 연도별 회원권 분양률

(단위 : USD)

<표4> 연도별 영업손실 및 누적결손금 내역

(단위 : 천USD)

     나) OOO의 결손금 누적 등으로 순자산가치(청산가치)가 청구법인의 쟁점공사대금 잔액에 크게 미달하였으나 당장 청산하기보다는 계속기업으로서의 회생가능성을 높여 투자손실을 줄여나가는 것이 유리하다고 판단하여 지연이자율 감면 및 쟁점공사대금을 출자전환 하였다고 주장하였는바, OOO의 순자산가치 대비 쟁점공사대금 잔액은 아래 <표5>와 같다.

<표5> OOO의 순자산가치 대비 쟁점공사대금 잔액

(단위 : 천USD)

    2) 쟁점공사대금의 지연회수는 국제간 자금거래로서 청구법인이 국제실세금리인 리보금리를 적용한 인정이자를 익금산입하여 신고한 것은 정당하다고 주장하는바, 주요 논거는 다음과 같다.

     가) 다수 선결정례(조심 2010부2514, 2012.3.30., 조심 2011서642, 2011.11.29., 국심 2003서2099, 2004.10.1. 등)에 의하면 국외 특수관계자와의 매출채권을 정당한 사유 없이 지연회수 한 것에 대해서는 해당 통화에 대한 국제금융시장의 실세금리(LIBOR)를 적용하여 인정이자를 계산하는 것이 타당한 것으로 되어 있다.

     나) 정상가격(시가)에 대한 입증책임은 그 과세사실을 주장하는 과세관청에 있는 것(대법원 2012두14712, 2012.12.13. 외 다수)으로, 시가를 산정함에 있어서 특수관계자 외의 자에게 제공한 거래를 비교대상 거래로 하여 산정하여야 하고, 특수관계자와의 자체 거래가액을 그대로 적용하는 것은 타당하지 아니한 것(서울고등법원 2012.10.18.선고 2011누46165 판결 등)으로서 이 건 처분청이 정상이자율로 제시한 6.8%는 청구법인과 특수관계에 있는 SLDI와 체결한 당초 계약서에 의한 지연이자율이어서 정상이자율로 적용할 수 없다.

     다) 국내거래가 국제거래와의 비교대상 거래로 채택되기 위해서는 국가별 경제여건 차이, 물가지수, 금리상황, 금융시장 관행, 지리적 차이 등 양적, 질적요소의 차이를 고려하여 국제거래와의 차이를 제거할 수 있을 만한 합리적인 조정을 반영한 경우에 한해 비교대상거래로 채택할 수 있는 것(대법원 2013.2.28. 선고 2012두25491 판결)으로 처분청은 SLDI와의 국외거래에 대한 비교대상 거래로서 국내공사계약건 중 지연이자율이 6.8%를 초과하는 사례들을 제시하였을 뿐, 국내거래와 국제거래간 경제상황 및 시장상황에 대한 합리적이고 구체적인 차이 조정 없이 국내거래 이자율을 그대로 원용하였으므로, 이는 비교대상이 될 수 없다.

     라) 처분청은 청구법인이 6.8%를 초과하는 지연이자율을 지급받은 조건으로 체결된 3건의 공사계약서를 제시하였으나 해당 공사계약서는 청구법인이 국내외에서 체결한 공사계약의 일부로서 지연이자율 6.8% 이하로 체결된 다수의 사례가 있다고 주장하며 4건의 공사계약서 사본을 제시하였다.

    마) 국외 공사계약에 있어 지연이자 청구 규정은 실제 지연이자를 수취하려는 목적보다는 발주자가 공사대금 지급의무를 보다 성실히 이행하도록 하기 위한 간접적인 장치로서 실제 공사대금의 납입이 다소 지연되더라도 묵시적 합의에 의해 수취하지 않는 것이 일반적이다.

   (라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점공사대금 지연회수에 정당한 사유가 있다고 주장하나, ｢국제조세조정에 관한 법률｣상 정당한 사유가 있을 경우 정상가격에 의한 과세조정을 실시하지 않는다는 명문규정이 없는 점, 골프장 및 리조트 분양사업의 경우 장기간에 걸쳐 투자수익을 회수하는 구조로서 사업초기 단계인 OOO를 회생이 어려운 부실기업으로 단정하기는 어려워 쟁점공사대금에 대한 지연이자를 면제할 만한 정당한 사유가 있는 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점공사대금의 지연이자에 대한 정상가격에 의한 과세조정을 통한 부과처분은 타당한 것으로 보아야 할 것이다.

  그리고, 처분청은 쟁점공사대금의 지연이자에 대한 정상이자율을 6.8%를 적용하였으나, 처분청이 제시한 자료만으로는 쟁점공사대금의 지연이자율 6.8%를 ｢국제조세조정에 관한 법률｣ 제5조 등의 규정에서 정한 합리적인 정상가격으로 보기 어려운 점, 청구법인은 해외 특수관계법인에 대한 쟁점공사대금 정상 지연이자율로 LIBOR금리를 적용하는 것이 합리적이라고 주장하나, ｢국제조세조정에 관한 법률 시행령｣ 제6조 제7항에서 거주자와 국외특수관계인의 국제거래에서 적용되는 자금거래의 정상이자율은 특수관계인이 아닌 자 간의 통상적인 자금거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 이자율로서 채무액, 채무의 만기, 채무의 보증 여부, 채무자의 신용정도 등을 고려하여 계산하도록 규정하고 있는바, 청구법인이 적용한 LIBOR금리는 국제 금융시장의 우량은행 간의 자금거래에 적용되는 금리로서 청구법인이나 해외특수관계법인의 신용도 등이 고려되지 아니하여 이를 그대로 적용하는 것은 타당하지 아니한 것으로 보여 ｢국제조세조정에 관한 법률｣ 제5조 등의 규정에 따라 쟁점공사대금의 합리적인 정상이자율을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

  (3) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다.

   (가) 청구법인이 부가가치세 과세기간별 쟁점아파트를 임대로 전환한 내역은 다음과 같다.

<표6> 쟁점아파트 임대전환 내역

(단위 : 원)

  (나) 청구법인은 쟁점아파트를 잠정적으로 임대하면서 임차인과의 계약서에 매각 진행 중인 아파트임을 명시하였다고 주장하며, 임대차계약서 사본을 제시하였는바, 주요내용은 다음과 같다.

   (다) 청구법인이 쟁점아파트 중 2채를 2015년 7월 중 매각한 내역은 다음과 같다.

<표7> 쟁점아파트 매각내역

(단위 : 백만원)

   (라) 청구법인은 쟁점아파트를 조기에 매각하기 위해 할인분양을 추진하였으나 쟁점아파트 입주자대표회의의 민원제기로 실제 할인분양을 할 수 없었다고 주장하며 입주자대표회의에서 2014.10.24. 청구법인에 미분양 잔여세대(시공사 보유분) 할인분양 및 할인전세에 반대한다는 내용으로 청구법인 대표이사의 면담을 신청한 공문 사본을 제시하였다.

   (바) 청구법인은 쟁점아파트를 재고자산 중 ‘매각예정부동산’ 계정으로 분류하고 있는 사실에 대해서는 처분청과 청구법인 간에 다툼이 없다.

   (마) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 주택임대에 사용하고 있던 아파트를 취득하거나 국민주택규모 초과 아파트를 구입하여 부가가치세 매입세액을 공제받은 후 주택임대업에 사용하는 것은 과세재화의 면세전용으로서 관련 매입세액을 불공제하거나 간주매출로 과세한 처분은 정당하다는 의견이나, ｢부가가치세법｣상 자가공급으로 인정되어 부가가치세를 부과하기 위해서는 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산, 취득한 재화를 자기 사업을 위하여 주택임대 등 부가가치세가 면제되는 사업에 직접 사용, 소비하는 경우이어야 되고, 그 취지는 사업자가 그 사업과 관련하여 생산, 취득한 재화를 자신이 직접 사용, 소비함으로써 매출세액이 발생하지 아니하여 부가가치세 부과에 어려움이 있을 경우에 그 재화의 사용․ 소비 그 자체를 공급으로 보아 원래의 부가가치세 기본원리를 유지하려고 함에 있다고 할 것(대법원 1984.1.24. 선고 83누30 판결, 같은 뜻임)이므로, 사업자가 분양목적으로 건축한 건물이 경기침체 등으로 분양되지 아니하여 일부를 분양될 때까지 일시적․잠정적으로 임대한 것이라면, 이러한 일시적․잠정적 임대행위까지 사업자가 자기 사업을 위하여 직접 사용, 소비하는 이른바 자가공급에 해당한다고는 볼 수 없다 할 것(대법원 1990.10.12. 선고 90누2383 판결 등, 같은 뜻임)인바, 청구법인은 건설업 등을 주업으로 영위하는 법인으로서 주택임대업을 주업으로 영위하는 법인에 해당하지 아니하는 점, 청구법인은 부동산 경기악화 및 고분양가 책정으로 장기간 미분양이 계속됨에 따라 대물변제로 쟁점아파트를 취득하였으나 임대업을 영위할 별도의 조직을 갖추고 있지 아니한 점, 청구법인은 결산상 쟁점아파트를 판매목적인 재고자산으로 분류하면서 2015년 중 2채를 매각하였고, 임대차계약서에도 임대차계약 기간 중이라도 언제든지 매매될 수 있다는 사실이 명시되어 있는 점 등에 비추어 쟁점아파트는 매각을 포기한 채 주택임대사업에 사용한 것이라기보다는 매각시까지 일시적․잠정적으로 임대한 것으로 보이므로 처분청이 쟁점아파트 임대전환일이 속하는 과세기간의 자가공급으로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3에 의하여 주문과 같이 결정한다.