OOO세무서장이 2013.7.25. 청구법인에게 한 <표2> 기재의 법인세 합계 OOO원 및 부가가치세 합계 OOO원의 부과처분은 OOO 외 3필지 소재 공장, 같은 리 24-10 외 1필지 소재 공장 및 OOO 소재 공장에 대하여 저가임대로 보아 익금산입한 OOO원과 기계장치 무상임대로 보아 익금산입한 OOO원을 익금불산입 및 부가가치세 매출누락액에서 제외하고, 기계장치에 대한 임시투자세액공제 배제액 OOO원을 세액공제하며, 특수관계법인들에 대한 부자재 저가매출로 보아 익금산입한 OOO원을 익금불산입 및 부가가치세 매출누락액에서 제외하여 그 과세표준 및 세액을 각 경정한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1983.5.16. 개업한 사무용가구와 실험실가구 등을 제조하는 업체로 특수관계법인인 주식회사 OOO라 하고, 3개 업체를 합하여 “쟁점법인들”이라 한다)로부터 가구 임가공용역을 제공받고 있다.

나. OOO국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시하여 OOO외 3필지 소재 공장(목재가구 생산 공장으로서 이하 “OOO1공장”이라 한다), 같은 리 24-10외 1필지 소재 공장(고급중역 도장가구 생산 공장으로서 이하 “OOO2공장”이라 한다) 및 OOO 소재 공장(생산된 가구에 대한 우레탄 접착가공 공장으로서 이하 “OOO공장”이라 하며, OOO을 합하여 “쟁점공장들”이라 한다)을 쟁점법인들에게 저가로 임대(쟁점공장들 전체면적 중 33.5%는 정상임대로 보고 나머지 66.5% 및 공장 부속토지에 대하여 무상임대로 봄)하고, 쟁점공장들 내 기계장치를 쟁점법인들에게 무상임대한 것으로 보아 저가 및 무상임대에 따른 부당행위계산 부인, 기계장치에 대한 임시투자세액공제 배제, 청구법인의 특수관계법인인 OOO(이하 “특수관계법인들”이라 한다)에게 자재의 저가매출에 따른 부당행위계산 부인 등을 하여 아래 <표1>과 같은 조사적출내용을 처분청에 통보하였다.

다. 처분청은 이에 따라 <표2>와 같이 2013.7.25. 청구법인에게 법인세 합계 OOO원 및 부가가치세 합계 OOO원을 각 경정․고지하였다.

라. 이에 청구법인은 2013.10.22. 이의신청을 거쳐 2014.10.5. 심판청구를 제기하였다(이의신청 결정에 따라 접대비성 수수료에 대하여 판매수수료로 보아 인용결정하여 아래 <표2>와 같이 경정하였고, 청구법인은 미술품 당기비용부인을 제외한 나머지에 대해 불복하여 심판청구를 제기함).

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 청구법인이 공장․기계장치를 쟁점법인들이 사용토록 한 것은 쟁점법인들의 생산노하우와 노동력으로 청구법인의 제품을 임가공하기 위한 것으로 일반적인 임대와 구분되고, 일반적인 위수탁생산과 다르다 하여 저가(무상)임대의 부당행위 판단요건이 될 수 없으며, 위탁(하청)/재위탁(재하청)은 세법․상관행상 통용되고 쟁점법인들이 법률상․세법상 법인격 또는 제반 납세의무 이행내용이 부인된 사실이 없다.

 그리고, 청구법인이 쟁점법인들과 임대차계약을 체결한 것은 ｢산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률｣ 위반시 형사처벌 등을 면하기 위해 형식적으로 일부 면적에 대해 체결한 것으로 적정임대료를 산정하기 위한 것은 아니고, 조달납품을 위해 제조중소기업의 요건을 갖추며, 적정임대료 수수 시 임가공료를 더 지급해야하는 등 쌍방의 실익이 전혀 없어 저가(무상)임대를 비정상적인 거래로 볼 수 없다(심사법인2011-52, 2011.11.7.).

 (2) 기계장치의 수익적 지출 성격의 소모품 교체나 수선비는 임가공업체가 우선 부담하고, 동 비용은 임가공료에 반영되어 상계된 것으로 보아야 하며, 기계장치는 청구법인의 제품생산에 생산입고실적 기준으로 89.8%를 사용하도록 하여 주문제품을 전량 납품받았으므로 청구법인의 기계장치 투자목적을 완성하여 임시투자세액공제 입법 취지에 부합하고, 쟁점법인들의 자체 제품생산에 10.13%를 사용한 것에 불과하므로, 청구법인이 쟁점 기계장치 투자 후 이를 처분하거나 임대료를 받기 위한 목적인 일반적인 임대업에 전용한 사실이 없어 임시투자세액공제 배제는 부당하다.

 (3) 저가판매 대상은 청구법인의 매출액 또는 자재 매출액 대비 그 규모가 미미하고, 동일한 품목에 대해 특수/비특수관계자를 불문하고 환율 급등락에 따른 수입원가 상승에 관계없이 일정한 가격으로 판매함에 따라 저가판매 거래OOO가 있었던 반면, 수입원가 하락에 따른 고가판매 거래OOO가 이루어지기도 하여 특수관계법인들에게만 부당하게 이익을 분여하기 위한 저가판매가 아니며, 이와 같은 거래는 청구법인이 쟁점법인 제품의 제조용으로 판매하는 것(판매유형1)과 청구법인의 제품 임가공 협력사들(비특수관계자)에게 유상사급에 의한 판매거래(판매유형2)로서, 유상사급 후에 유상사급 판매가격에 별도의 임가공료 및 이윤을 더한 가격으로 재매입하므로 유상사급으로 판매(판매유형2)한 단가와 특수관계자에게 판매(판매유형1)한 단가를 고저가 판매 부당행위 판단에 있어 달리 볼 이유는 없다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 적정임대료 수취 시 가공비가 추가로 지출되고, 공장등록을 위한 형식적인 임대차계약 사유만으로는 저가(무상)임대의 경제적 합리성을 설명할 수 없는 것으로 청구법인은 임가공료와 임대료를 별도의 계약을 체결하여 산정하는바, 청구법인이 가공비 산정 시 적정한 임대료를 계산하여 반영하지 않고 임의적으로 가공비만을 별도로 산정한 점, 임가공료 조정 시 ‘매출증가 및 생산효율 증대에 따른 가공비 조정’을 사유로 가공비 단가를 합리적인 이유 없이 임의적으로 조절한 점에 비추어 처음부터 청구법인은 조달납품 유지 목적 이외에는 적정 임대료를 수취하고자 하는 의도가 없었으며, 청구법인이 직접 쟁점공장 내․외부 제품 생산임가공업체와 용역계약을 체결할 수 있음에도 조달납품 유지를 위하여 쟁점법인들을 임가공업체 중간에 넣어 재위탁생산 방식을 취함으로써 추가비용이 발생하여 쟁점공장의 저가(일부)임대행위는 경제적 합리성이 결여된 부당행위계산 부인의 대상이 된다.

 또한, 청구법인이 쟁점법인들에게 지급한 가공비에 쟁점기계장치 사용대가를 반영한 사실이 없어 특수관계법인에게 기계장치의 무상임대로 경제적 합리성이 결여되어 부당행위계산 부인 대상이다.

 (2) 청구법인이 임시투자세액공제를 받은 자산을 외주임가공계약을 체결한 수탁가공업체에게 임대한 경우 ① 자산의 유지․관리비용을 위탁업체가 부담한 경우, ② 자산을 위탁업체의 제품생산에만 사용토록 한 경우, ③ 생산된 제품을 전량 납품받는 경우를 모두 충족한 경우에만 위탁업체가 동 자산을 직접 사용한 것으로 보아 임시투자세액공제를 받는 것이나, 청구법인은 쟁점법인들에게 무상임대하면서 기계장치 수선비 등의 부담내역이 확인되지 아니하고, 협력업체가 임가공생산한 쟁점법인들의 제품 중 일부만을 청구법인에게 납품하여 임시투자세액공제 요건을 갖추지 못한 것으로 보아 부과한 처분은 정당하다.

 (3) 청구법인은 총평균법에 의하여 자재매입액을 누적관리함에도 판매당시 재매입가격을 고려하지 않은 가액으로 부자재를 판매한 것은 정상적인 경제인의 경제활동이라 할 수 없고, 유상사급으로 자재 판매 후 제품을 재매입하는 제품임가공 제조협력사의 부자재 거래가액은 청구법인이 특수관계법인들에게 부자재를 판매 후 동 법인들이 구매한 부자재를 제3자에게 판매하여 비교가능한 시가로 볼 수 없으므로 특수관계법인들에 대한 부자재 저가매출에 대하여 부당행위계산 부인규정을 적용하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인이 쟁점법인들에게 쟁점공장들의 저가임대와 기계장치의 무상임대를 한 것에 경제적 합리성이 있는지 여부

 ② 쟁점법인들에게 기계장치의 무상임대를 사유로 임시투자세액공제를 배제한 처분의 당부

 ③ 특수관계법인들에게 부자재를 저가매출한 것에 경제적 합리성이 있는지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 일반 내용이 확인된다.

  (가) 청구법인은 1983년 5월 설립한 사무용가구 전문 제조업체로 2008～2011사업연도 전체 매출액 중 정부조달 매출은 아래 <표3>과 같이 27～39%를 차지하고 있다.

(나) 청구법인은 ① 청구법인이 협력업체와 직접 위탁생산 계약을 체결하여 생산하거나, ② 청구법인이 쟁점법인들과 위탁생산 계약 후 다시 쟁점법인들이 협력업체와 위탁생산계약을 체결하여 생산하며, 쟁점법인들은 ②의 방식에 따라 쟁점공장들에서 청구법인 및 쟁점법인들의 제품을 동시에 생산하고 있다.

  (다) 쟁점법인들 중 OOO은 청구법인에서 1999년 10월 물적분할(청구법인 지분율 100%)하여 OOO에서 목재가구를 제조․판매 및 임가공을 하다가 2009년 11월 청구법인에 다시 흡수합병되었고, 청구법인의 상시 근로자 수를 아래 <표4>와 같이 조정한 것은 청구법인의 중소기업 1년 연장(2011년)이 목적이었으며, 이후 OOO에 사업을 승계하였고, OOO은 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)에서 2007년 1월 물적분할(OOO 지분율 100%)하여 생활가구의 판매를 전담하다가 2008년 12월 OOO공장과 2009년 10월 OOO공장에서 생활가구를 제조하면서 OOO의 임가공 부분을 인수하였다가 OOO공장은 2010년 12월에, OOO공장은 2011년 6월에 각 폐업하고OOO에 공장을 이전한 후 생활가구 등의 판매만 하였으며,

   OOO는 2010년 12월 청구법인에서 인적분할(청구법인 지분율 12.23%)하여 OOO이 사용하던 쟁점공장들에서 정부조달 품목인 교육용 가구를 제조․판매하고, 원천징수이행상황신고서 등에 의한 청구법인과 쟁점법인들의 연도별(12월말 기준) 직원 수는 다음 <표5>와 같이 나타난다.

(라) OOO는 청구법인과 OOO을 자회사로 하여 2012.10.29. 지주회사로 전환되었다.

  (마) 쟁점공장들의 임대 현황은 아래 <표6>과 같다.

(바) 조사청은 청구법인에게 2008～2012사업연도 법인세 합계 OOO원 및 부가가치세 합계 OOO원을 각 경정․고지하였다가 이의신청에서 접대비성 용역수수료가 인용결정되어 법인세 OOO원과 부가가치세 OOO원을 각 감액 경정한 것으로 나타난다.

 (2) 먼저, 쟁점①의 쟁점공장들의 저가임대 및 기계장치 무상임대에 대하여 살펴본다.

  (가) 처분청은 청구법인이 쟁점법인들에게 쟁점공장들을 저가로 임대한 것으로 보아 ｢법인세법 시행령｣ 제89조 제4항 제1호의 규정에 따라 산정한 적정임대료 가액과 신고임대료 차액 합계 OOO원 및 기계장치의 무상임대 합계 OOO원에 대하여 부당행위계산 부인하였다.

  (나) 청구법인은 쟁점공장들에 대하여 쟁점법인들과 동일한 기준으로 임대차계약을 체결하였고, OOO공장에 대한 임대차계약서의 주요내용을 다음 <표7>과 같으며, OOO원을 월임대료로 계산하고 있다.

  (다) 이의신청 결정문에 다음의 내용이 나타난다.

  (라) 조사청은 청구법인이 쟁점공장들을 모두 사용하면서도 저가(무상)사용에 따른 임가공료 계산시 이를 반영한바 없다는 의견의 증빙으로 다음을 제시하고 있다.

   1) 청구법인이 쟁점공장들에 대해 전용으로 사용하는 공간이 없고, 공장 내에서 생산되는 제품에 대해 재단, 프레스, 접착, 세공, 곡면가공, 절곡, 도장 등 공정단위별로 공장 전체를 사용하며, 쟁점법인들의 제품과 청구법인의 제품을 동시에 생산하고 있다는 취지의 쟁점공장의 현장사진 5매를 제출하고 있다.

   2) 청구법인과 OOO공장은 제품 임가공계약을 체결하였으며, 주요내용은 다음 <표8>과 같다.

   3) OOO 합병관련 고정자산 처리 기준안에 청구법인 이전대상 자산에 대하여 향후 OOO에 임대하며 임가공료 계산시 반영(임가공료 계산시 직접 반영 또는 별도 임대료 계산)하는 것으로 기재되어 있다

   4) 청구법인의 임가공료 산정 품의서(2010.3.31.과 2010.12.10.) 등에 임가공료 산정기준은 기본적으로 “(자재비/가상매입가율) - 자재비” 방식이고, 임가공료 조정은 ‘매출증가 및 생산효율 증대’에 따라 가상매입가율을 조정하는 방식이며, 임대료는 별도의 임대차계약을 체결하였다.

  (마) 청구법인은 이에 대하여 다음의 증빙을 제시하면서 임가공료 결정 요소에 임대료를 포함하지 않아 상계처리하였다고 주장한다.

   1) 2004.12.30.자 “자재통합구매로 인한 업무변경에 따른 재고매각/매출변경에 관한 건” 및 “OOO 상품의 청구법인 제품화에 관한 건”의 품의서에 OOO 상품 매입에서 제품 임가공 처리로 변경하게 되고, 가공비를 ‘(기존 매입가 - 원자재비) × 0.95’로 정하여 임대료가 제외되었다.

   2) OOO의 2010년 1월～2월의 월별손익계산서는 임대료 등이 포함되지 않은 구분손익자료를 기초로 임가공료를 변경한 것으로 조사청이 제시한 품의서는 임가공업체가 OOO에서 OOO로 변경됨에 따라 당초 OOO과의 거래가격을 이관한 것에 불과하다.

   3) 청구법인은 생산실적 비례 산정방식 도입을 통한 협력사별 제조의욕 앙양 및 생산성 향상을 목적으로 한 2010.10.5.자 “사내협력사 용역비 산정기준의 표준화에 관한 건”에서는 세부 공정별 단가 산정을 통한 용역비 산정 기준의 합리성 제고를 내용과 사내협력사 공정별 세부단가 내역이 있으며, 참고자료로 제시된 OOO공장의 2012.12.1.자 “사내협력사(명도실업) 개별 임가공 단가 결정건”에서는 사내협력사 임가공단가 산정시 평균임률을 이용하여 단가(임률×실공수)를 정하고 있다.

   4) 신뢰와 협력관계를 구축하여 신속하고 정확한 납세서비스를 적기에 제공함으로써 법인의 세무문제에 대한 확실성과 예측가능성을 제고하는데 목적인 OOO국세청과 청구법인 및 OOO의 “성실납세 이행 협약서(2014.4.23.)”를 제시하고 있다.

   5) OOO공장에 대한 OOO의 공장등록대장, 공장설립 등의 완료신고서, 공장등록변경신청서 및 OOO공장의 산업단지 입주 계약 신청서를 제시하고 있다.

  (바) 청구법인의 주장과 조사청의 의견은 다음과 같다.

   1) 청구법인의 주장은 다음과 같다.

    가) 이 건 행위․거래의 본질은 청구법인이 소유한 공장․기계장치 등을 쟁점법인들이 사용토록 하여 쟁점법인들의 생산노하우와 노동력에 의해 청구법인 제품을 임가공하는 것으로 일반적인 부동산임대와 동일하게 취급할 수 없어 저가(무상)임대 여부를 논하는 것은 부적절하다.

 임대목적은 아니나 청구법인이 임대료를 수취한 이유는 쟁점법인들이 ｢산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률｣에 의한 공장등록 미필이라는 요건위반 시 형사처벌을 면하고, 공장등록을 필한 중소 제조업체에 한하여 중소기업청 등에서 경영자금지원, 인력지원, 기술지원, 경영지원 등의 중소기업지원혜택을 부여하며, 조달청 입찰에 참가하는 경우 (제조업)공장등록증이 없으면 참가 기본자격에서 제외되기 때문에 형식적으로 공장건물 임대차계약을 체결(<표9> 참조)할 수밖에 없었고, 쟁점법인들이 공장별로 전체의 공장과 기계장치 등을 임가공에 사용함에도 일부의 공장면적만을 임차한 것으로 계약한 것은 청구법인이 공장과 기계장치 등을 청구법인 제품제조에 전용토록 하여 생산의 효율성 및 수익성 증대를 도모할 목적임에도 임대료를 낮게 받거나(공장건물) 받지 않은 것(기계장치등)을 탓하여 경제적 합리성이 없는 부당행위로 봄은 부적절한 것이다.

나) 조사청의 과세논리에 따르면, 임대료 상당액에 상응하는 임가공료를 청구법인이 쟁점법인들에게 지급하여야 하나, “임대료 수입”과 “임가공료 비용”의 증감은 청구법인에서 쟁점법인들로 경제적 이익(영업이익)이 전가․분여되는 것이 아니라, 각 법인 자체내에서 영업이익이 변동 없는 상수(常數)와 같아 실익이 전혀 없는 것이고, 조달을 위해 제품원가를 낮춰야 하는 청구법인에 있어 임대료는 영업외이익으로 분류되어 제품원가를 상승시켜 결국 경영원칙에 반하며, 임가공료 산정의 근거가 없다는 등의 사유로 경제적 합리성이 결여되었다는 의견은 설득력이 없다.

    다) 기업은 그의 유지․발전과 경영효율화 및 수익성 증대를 위해 다양한 성장전략을 구사하며 이중에 하나가 기업분할(물적․인적)인바, 청구법인은 쟁점공장별로 특화된 시설과 공정 즉, 목재가구를 생산하는 OOO공장, 고급중역 도장가구를 생산하는 OOO공장, 우레탄 접착가공 전문 OOO공장 등 각 공장에서 제품별 생산의 효율성 및 수익성 증대와 중소기업 요건 유지 등을 위하여 경영정책적 판단 하에 법인을 OOO, OOO, OOO 등으로 분할하였고, 분할법인과 공장에 필요한 인력과 규모를 재배치하여 발령하였으며, 각 분할법인의 책임과 계산 하에 청구법인이 주문하는 제품의 생산전문성 등을 도모하여 임가공 생산토록 하는 것이 시장경제 하에서 자연스러운 것임에도 청구법인이 조달납품 유지를 위해 쟁점법인들을 분할하여 임가공업체 중간에 끼워넣고 위탁/재위탁 생산하면서 조세를 부당하게 감소, 특수관계자에게 이전시킨 비정상적인 행위․거래로 본 것은 자의적이고 과세지향적 논리이다.

    라) 조사청은 임대료와 임가공료 상계ㆍ정산 근거가 없다는 이유로 경제적 합리성이 결여되었다고 의견이나, 쟁점법인들이 사용하는 전체 공장과 시설․기계장치에 대한 합리적인 임대료를 산정할 의사나 필요성이 원천적으로 없었던 상태에서 법률적으로 독립적인 법인격과 세법상 사업자인 쟁점법인들에게 청구법인이 받고 있는 임대료와 동일한 금액의 임가공료를 지급할 필요가 없기 때문에 쟁점법인들에 제공하는 임가공료는 현실적으로 일정금액이상 최소한 보장해 주어야 하므로 이를 위해 제조원가 중 무상사급에 의한 자재비 점유비중을 감안한 가상매입가율을 정하여 ‘(자재비/가상매입가율) - 자재비’로 임가공료를 1차 산정하고 쟁점법인들의 임가공부문 구분손익에 의한 이익률을 다시 고려하여 최종 임가공료를 산정한 것이며, 특수한 쟁점사안에 있어 관련 사업자별로 재무구조와 인건비, 생산성 등 사업 여건이 달라 공장 일부의 임대료 수준 등을 종합 고려한 세무상 또는 상관행상 합리적이거나 과학적인 임가공료를 산정하기도 곤란한 것이 현실이나, 조사청이 적정한 임가공료 수준을 제시함도 없이 (사실상 실익도 없는) 임대료와 임가공료 상계ㆍ정산 근거가 없다는 사유로 경제적 합리성이 결여된 저가임대로 본 처분은 부당하다.

 또한, 적정임대료를 수수하면 임가공료를 더 지급해야 하는 등 쌍방 실익이 전혀 없는 경우, 저가(무상)임대를 비정상거래로 볼 수 없다는 심사결정례(법인2011-52, 2011.11.7.)에서 보듯이, 경제적 실익이 없고 조세의 부담을 부당하게 전가, 분여한 결과가 없는 경우에는 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없는 것이다.

    마) 청구법인이 부당하게 이익을 분여하였다는 처분청의 저가임대료 상당액 OOO원(2008년～2011년)은, 동 기간의 청구법인 전체 매출액의 0.15%에 불과하고, 화재보험료를 제외한 순수한 저가임대료상당액은 OOO원으로 전체 매출액의 0.045%에 불과한 것으로 쟁점법인들에게 조세회피 목적으로 부당하게 이익을 분여하기 위한 특별한 의도를 가진 거래로 볼 수 없다.

    바) 조사청은 분할한 쟁점법인들을 내세워 위탁/재위탁의 형식을 취하여 쟁점법인들에게 임가공료를 추가로 지급함으로써 불필요한 비용이 발생하였기 때문에 저가(무상)임대행위를 경제적 합리성이 결여된 부당행위로 보아야 한다는 의견이나, 청구법인은 분할․합병 및 관계회사간 종사직원 조정 등을 통해 정부 조달매출 확보를 위한 중소기업 기준을 유지하고, 생산ㆍ관리 효율화를 위해 가구소재별․품목별로 생산노하우가 많은 쟁점법인들에 임가공의뢰/재임가공한 것이며, 쟁점법인들은 순이익의 대부분이 쟁점 임가공외 부분에서 발생한 것이므로 쟁점 거래에서 특별히 이익을 분여한 사실이 없음에도 조사청이 기타공통비용 등의 감안 없이 단순 임가공료만 고려한 판단 오류를 범하고 있다.

2) 조사청의 의견은 다음과 같다.

    가) 일반적으로 수탁업체가 직접 위탁업체의 제조설비 등을 무상으로 사용하는 관행이 있으나(소사장 제도), 청구법인의 제품생산 방식은 쟁점법인들과 임가공을 체결한 후 재차 쟁점법인들이 제품생산 협력업체와 용역계약을 체결하여 협력업체가 청구법인 및 쟁점법인들 제품을 동시에 생산하는 방식(쟁점법인들은 임가공생산에 일종의 도관 역할)으로 위탁업체와 수탁업체가 위․수탁계약을 체결하여 직접 위탁업체의 제품만을 생산하는 방식과 달리 쟁점법인들은 청구법인의 제품뿐만 아니라 쟁점법인들 자신의 제품도 생산하는 등 청구법인이 주장하는 임가공생산의 일반적인 형태로 볼 수 없으며, 도관형태의 임가공생산으로 쟁점공장들 저가임대 OOO원과 기계장치 무상임대 OOO원의 이익분여가 있어 부당행위계산 부인으로 과세한 것이다.

 청구법인이 주장하는 공장등록 미필 요건 위반으로 인한 형사처벌 등을 면하기 위하여 형식상 임대차계약을 체결하였다는 청구법인의 사정과 성실납세이행 협약은 경제적 합리성의 사유가 될 수 없고, 조달납품을 위하여 선택한 경제활동의 경제적 합리성을 주장하기 위해서는 ① 쟁점공장들 및 기계장치의 사용료를 적정하게 수령하였는지 여부, ② 임가공료 산정․조정 시 쟁점공장들 및 기계장치의 사용대가를 정당하게 반영하였는지 여부, ③ 청구법인이 직접 쟁점공장들 내․외부업체에게 위탁하지 않고 쟁점법인들을 통한 재위탁 생산으로 쟁점법인들에 대한 이익분여 여부 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것인바,

 ① 쟁점공장들을 실질적으로 쟁점법인들이 공장 전부를 임차하여 임가공생산뿐만 아니라 자신들의 제품생산에도 사용하여 임대료 산정 시 공장전체에 대한 적정 임대료를 수령하지 않았고, 일부 면적에 대한 임대료만을 수령한 사실, ② 쟁점공장들의 임대료는 받으면서 공장 내 설비 및 기계장치 사용료는 무상으로 사용하게 한 사실, ③ 청구법인이 작성한 내부 서류에는 단순히 (자재비/가상매입가율)-자재비를 임가공료로 산출하였을 뿐, 임가공료 산정 시 쟁점공장들 및 공장 내 기계장치 사용료를 고려하지 않고 임가공료를 산정한 사실, ④ 청구법인이 쟁점법인들의 임가공료 조정 시에 “매출증가 및 생산효율 증대에 따른 가공비 조정”을 사유로 가공비 단가를 합리적인 이유 없이 임의적으로 조정한 사실, ⑤ 청구법인이 쟁점법인들을 통한 재위탁 생산방식이 아닌 쟁점공장들 내․외부제품 생산임가공업체와 직접 용역계약을 체결하여 제품을 생산할 수 있음에도, 청구법인은 조달납품 유지를 위하여 쟁점법인들을 임가공업체 중간에 끼워 넣어 재위탁 생산방식을 취함으로써 아래 <표10>의 추가비용(쟁점법인들에게 지급한 가공비 - 쟁점법인들이 용역업체에 지급한 가공비 - 쟁점법인들에 이전된 쟁점공장들의 인건비)을 쟁점법인들에게 지출함으로써 추가비용 상당의 이익을 쟁점법인들에게 분여하면서 일감을 몰아 준 사실 등을 종합할 때 청구법인의 쟁점공장들에 대한 저가 (일부)임대행위는 경제적 합리성이 결여된 행위이다.

    나) 청구법인이 계산한 임가공 및 임가공 외의 매출총이익률을 입고실적비율로 임의 안분한 것으로 쟁점법인들의 임가공료 매출총이익율은 아래와 같이 △7.5%～17.2%임을 감안할 때 가공비 산정시 임대료를 반영하지 않아 이익을 분여한 것이고, 대표이사 급여 등은 임가공 여부에 발생되는 고정비 성격으로 안분대상이 되지 않는 등 매출총이익을 임의로 안분하여 신빙성이 없다.

(사) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점①에 대하여 살피건대, 조사청은 쟁점법인들에 대한 쟁점공장들의 저가임대와 기계장치 등 무상임대는 경제적 합리성이 결여되어 부당행위계산 부인대상이라는 의견이나, 과세관청도 제조업을 영위하는 법인이 외주가공업자에게 동 법인의 제품만을 가공하는 조건으로 기계장치를 무상으로 대여하고 이를 감안하여 적정한 외주가공비를 지급하기로 서로 약정한 경우에는 정상적인 상거래로 보아 부당행위계산 부인대상이 아닌 것으로 해석하여 왔던 점(국세청 법인 46012-332, 1997.2.1.),

 쟁점법인들이 쟁점공장들을 전체를 사용하고 있으나, 쟁점법인들과의 임대차계약은 ｢산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률｣ 위반시 형사처벌 등을 면하기 위해 일부 면적만 형식적으로 체결한 것일 뿐 실질적으로는 쟁점법인들의 생산노하우와 인력(노동력)에 의해 청구법인의 제품을 임가공하여 제품별 생산의 효율성 및 수익성을 증대하기 위해 공장과 기계장치 등을 제공한 것으로서 일반적인 임대수입 목적의 임대가 아니므로 부당행위계산 부인의 대상이 되는 저가임대 또는 무상임대와 동일하게 보기 어려운 점,

 청구법인은 쟁점법인들과의 임가공 계약 시 공장시설과 설비를 무상으로 사용하되 임가공 단가는 적정이익을 붙여 결정하도록 하였는바(임가공계약서 제5조 및 제8조), 청구법인은 제품원가(임가공비)를 낮추기 위해 원자재 및 부자재 등을 쟁점법인들에게 공급하고 공장시설과 설비 등을 무상으로 활용하도록 한 것으로, 조사청과 같이 임대료를 수취하고 임가공료를 추가로 지급하는 경우 당기순이익에는 변동이 없으나, 영업외이익인 임대료는 제품원가를 상승시키는 결과를 초래하므로 임대료와 임가공료를 서로 상계하여 순액법으로 제품원가를 낮추었다는 청구주장에 합리성이 있어 보이는 점,

 임대료와 임가공료를 상계하는 것이나 임대료를 수취하고 임가공료를 추가 지급하는 것에는 경제적 실질이 같고, 과세소득을 분여하는 결과도 발생하지 아니하여 부당하거나 또는 비정상적인 거래로 보기 어려운 점,

 조사청은 청구법인이 쟁점법인들을 통하지 아니하고 하청업체에게 직접 임가공을 의뢰할 수 있음에도 청구법인과 하청업체 사이에 청구법인에서 분할된 쟁점법인들을 둔 것은 도관으로 경제적 합리성이 없다는 의견이나, 쟁점법인들을 도관으로 본 구체적인 증빙이나 근거 및 과세사실 등이 확인되지 아니하는 점,

 임가공계약서에서 기계장치를 청구법인의 제품 제조가공에만 사용하고 무상으로 활용하도록 하였으며 동 기계장치가 청구법인의 제품생산에 생산입고실적 기준으로 89.8%가 사용된 것으로 나타나 기계장치 무상사용의 효익을 청구법인이 향유한 것으로 보이므로 경제적 합리성이 결여되었다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구법인과 쟁점법인들 간의 실질계약내용 등을 고려하여 그 경제적 합리성 유무를 판단하여야 함에도 단순히 형식적인 임대계약내용에 근거하여 청구법인이 쟁점법인들에게 쟁점공장들과 기계장치를 저가 또는 무상임대한 것으로 보아 부당행위계산 부인규정을 적용하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

 (3) 다음으로 쟁점②의 임시투자세액 불공제가 타당한지에 대하여 살펴본다.

  (가) 조사청은 청구법인이 쟁점공장내 기계장치를 쟁점법인들에게 무상임대하여 투자완료일로부터 2년이 경과되기 전에 임시투자세액공제 대상 자산을 임대한 것으로 보아 임시투자세액공제 OOO원을 배제하였다.

  (나) 쟁점공장들에 대한 임시투자세액공제 내역은 다음과 같다.

  (다) 청구법인의 주장과 조사청의 의견은 다음과 같다.

   1) 청구법인의 주장은 다음과 같다.

    가) 연구개발세액공제 적용 시 연구용역을 위탁받은 수탁업체가 타 법인에 재위탁 시 재위탁 여부 및 재수탁업체의 연구전담부서 보유 여부에 관계없이 세액공제 대상으로 판시(대법원 2014두7718, 2014.8.28. 선고)함으로써 그 동안 세법규정에 반한 무리한 해석과 과세논리가 취소되었듯이 위탁/재위탁 또는 하도급/재하도급은 기업 간의 기술력 분담․원가절약 등의 필요에 따른 경제활동이다.

    나) 조세특례제한법 제26조의 임시투자세액공제는 투자 및 고용촉진을 통한 경기조절을 위한 제도로서 임대는 당초 감면대상 업종인 제조업에 사용하지 아니하고 기계장치 임대업에 전용하는 것을 의미하므로 입법취지 등 요건 위반에 해당하여 처분(매각․증여 등)과 마찬가지로 추징대상으로 규정하고 있으나, 제조업을 영위하는데 필수적인 공정을 임가공하기 위해 수탁업체 또는 해당기업에 설치하고 이를 임대하는 것은 실질적으로 해당 기업의 제조업에 사용한 것으로 임대업에 전용한 것과는 달리 투자세액공제와 관련되어 그동안 상반된 유권해석이 존재함에 따라 법 적용의 일관성 유지를 위해 기획재정부 ‘국세예규심사위원회’에서 상기의 논리로 심의하여 통일된 유권해석을 다음과 같이 생산한바 있으며,

     상기 유권해석에 따라 국세청에서는 기본통칙을 2011.2.1. 신설하였다.

    다) 청구법인은 쟁점법인들에게 자재 무상사급에 의해 임가공을 의뢰하고, 기계장치 등을 무상사용하게 한 후 쟁점법인들이 다시 협력업체에 임가공을 의뢰하며, 협력업체는 청구법인(제품 입고기준 89.87%)이 의뢰한 제품 및 쟁점법인(10.13%)의 자체의뢰 제품을 임가공 납품한 경우에

     ① 자산의 유지․관리비용을 위탁업체가 부담하였는지 여부

      계약에 의해 쟁점법인들이 수선비 및 수익적 지출액 OOO원을 부담하였으나, 이는 소소한 부품교체와 수선비용에 불과하고, 일반 상관행에 따라 기계장치를 실제 임가공에 사용하는 수익자부담 차원일 뿐, 청구법인의 소유인 공장과 기계장치 가동에 따른 전기세․수도세․가스료, 수선비, 감가상각비 등 OOO원을 청구법인이 부담하는 등 시설물을 총괄 관리하고 있으며, 설령, 유지․관리비용의 극히 일부분을 청구법인이 부담하지 아니하였더라도 사실상의 무상임대와 같고, 청구법인 제품사용에 사용되는 기계장치인 것으로서 경제적 실질이 “동 유지․관리 비용을 임대료 또는 가공료 등에 반영, 상계”한 것과 동일하므로(심사법인2011-52, 2011.11.7. 같은 취지) 조세특례제한법 기본통칙 146-0…2 요건①에 해당한다.

     ② 자산을 위탁업체의 제품생산에만 사용토록 하였는지 여부

      청구법인의 OOO 1･2공장내 기계장치를 쟁점법인들의 자체제품을 협력업체가 임가공하는데 일부 사용(생산입고 기준으로 10.13%)하였으나, 청구법인의 제품 제조에 대부분을 사용(89.87%)한 것이므로 청구법인 제품제조에 주로 사용한 것으로 보아 입법 취지 상 임시투자세액공제 적용이 타당하다.

 조사청은 생산입고실적비율 외 쟁점공장들과 기계장치 사용정도를 나타낼 수 있는 다른 기준을 언급함이 없이 막연히 동 비율로 쟁점공장들과 기계장치의 사용정도를 유추할 수 없다고 하는 의견이나, 생산입고실적비율은 쟁점공장과 기계장치에서 생산된 제품의 공장도가격을 청구법인의 ERP시스템상에서 확인하여 산출한 비율로, 쟁점공장들과 기계장치에서 생산되는 제품의 중요도, 원재료투입, 기타용역투입 및 부가가치 등이 고려된 청구법인의 모든 생산ㆍ재고ㆍ판매ㆍ유통ㆍ사업계획 등 기업운영 사용되는 객관적인 자료임에도 불구하고 이를 부인함은 부당하고, 쟁점법인들이 청구법인의 기계장치를 사용하여 청구법인이 주문하는 제품은 전량을 임가공 제조 납품받았으므로 청구법인은 기계장치 투자(설치)목적을 달성한 것이며, 다만 짜투리 시간을 이용하여 쟁점법인들의 자체제품 임가공에 일부(10.13%) 사용하는 것은 상관행상 비정상적인 것으로 볼 수 없다.

     ③ 생산된 제품을 전량 납품받는 경우인지 여부

      청구법인 소유의 기계장치를 쟁점법인(협력업체 포함)들이 사용하되, 쟁점법인들에게 임가공 의뢰한 제품 전량은 청구법인이 납품받았으므로 ③ 요건을 충족함에도 쟁점법인들의 도관을 통해 납품받았다는 이유를 들어 청구법인이 직접 납품받지 않은 것이라는 조사청의 의견은 위수탁계약에 의한 임가공거래 관계를 도외시한 처분이다.

    라) 결론적으로, 무상 사급에 의한 임가공계약에 의해 쟁점법인(협력업체 포함)들이 생산인력과 생산노하우를 투입하여 청구법인 소유의 쟁점공장과 기계장치 등을 청구법인의 가구제품 제조에 주로 사용하고, 동 기계장치를 처분하거나 임대료 수입목적의 일반적인 임대업에 전용한바 없어 입법 취지에 따라 임시투자세액이 공제되어야 한다.

   2) 조사청의 의견은 다음과 같다.

    가) 청구법인이 OOO 합병 시 이전대상자산에 대해 향후 OOO에 임대하여 임가공료 계산시 반영(임가공료 계산시 직접 반영 또는 별도 임대료 계산)하기로 하였으나, 쟁점법인들에게 지급한 가공비에 쟁점공장들 및 기계장치 사용대가를 반영한 사실이 없어 쟁점①과 같이 쟁점법인들에게 기계장치를 무상임대한 행위는 경제적 합리성이 결여된 것이다.

     ① 자산의 유지․관리비용을 위탁업체가 부담하였는지 여부

      임가공계약서 제5조에 기계장치를 포함한 공장내 시설과 설비 등은 무상으로 사용하면서, 수선 및 수익적 지출은 쟁점법인들이 하도록 하여 청구법인이 전액 유지․관리비용을 부담하지 않았다.

 즉, 청구법인은 감가상각비와 쟁점공장들의 수선비는 부담하였으나 아래 쟁점법인들의 제조원가명세서상 수선비 계정에 연도별로 OOO원 이상을 부담하여 기계장치의 유지․관리비용을 청구법인이 부담하지 않았고, 임대료와 임가공료를 상계처리하였다는 주장만 하고 있다.

     ② 자산을 위탁업체의 제품생산에만 사용토록 하였는지 여부

      협력업체들이 기계장치를 사용하여 청구법인뿐만 아니라 쟁점법인들의 제품을 납품한 것으로 쟁점법인들은 청구법인에게 직접 납품한 것이 아닌 도관형태(생산관리)에 불과한 것이다.

     ③ 생산된 제품을 전량 납품받는 경우인지 여부

      OOO공장과는 달리 청구법인이 쟁점법인들로 하여금 기계장치를 무상으로 임대 사용하게 하면서 쟁점법인들은 협력업체를 이용하여 쟁점법인들의 제품 제조에도 사용하게 하였고, 이에 쟁점법인들이 청구법인의 제품생산에만 기계장치를 전적으로 사용하고 전량 생산납품하지 않았다.

 재정경제부해석(조세지출예산과-398, 2005.11.2.)과 조세특례제한법 기본통칙 146-0…2가 의미하는 전량 납품이란 투자기업의 제품생산에만 사용하고, 그 생산된 제품전량을 투자기업에 납품하는 경우이므로 입고실적이 많고 적음을 기준으로 임시투자세액공제여부를 판단하는 것이 아니다.

 청구법인이 쟁점법인들을 이용하여 조달납품을 유지한 이상, 이에 따른 세법상의 과세문제에 있어서 공장임대가 형식에 불과하다든지, 임가공 의뢰한 제품 전량을 납품받았다든지 하여 관련 세제상 혜택까지 줄 수 없다.

    나) 청구법인의 경우 조달납품을 유지하기 위하여 분할 신설된 쟁점법인들에게 기계장치 등 투자자산을 무상임대 하였으며, 이를 기초로 쟁점법인들은 재차 협력업체에 임가공계약을 체결하여 협력업체가 청구법인 및 쟁점법인들의 제품을 동시에 생산한바, 청구법인이 비록 기계장치의 감가상각비 등 유지․관리비용을 부담하였더라도 이는 임대에 공하는 자산에 대한 유지․관리비용으로 보아야 하며, 이들 비용에 대하여 임대료 또는 가공비 등에 반영하지도 않았다.

 생산관리(공장장 등 주요 생산관리책임자는 모두 쟁점법인들의 직원들로서 청구법인 소속 직원들도 쟁점법인들의 소속직원들과 함께 이들의 통제 하에 생산관리)를 담당하는 쟁점법인들은 협력업체의 직접 생산을 관리하고, 협력업체들이 실제 기계장치를 사용하여 쟁점법인들에게 청구법인의 제품과 쟁점법인들의 제품을 쟁점법인들에게 전량 납품하였으나, 협력업체가 청구법인의 투자자산을 이용하여 생산된 제품 전량을 청구법인에게 직접 납품한 사실(쟁점법인들의 도관을 통해 납품)이 없다.

 청구법인과 협력업체의 도관에 불과한 쟁점법인들은 협력업체가 전량 납품한 제품의 일부인 청구법인의 제품을 임가공 생산형태로 청구법인에게 납품한바, 쟁점법인들이 기계장치 등 투자자산을 이용하여 청구법인의 제품생산에만 직접 사용하여 청구법인에게 전량 납품하지 않았다.

 청구법인은 쟁점공장들에서 생산된 생산입고비율을 두고 청구법인의 제품을 직접 생산하였다고 주장하나, 이는 쟁점공장들의 운영실태를 도외시하고 단지 산출물량만을 기준으로 직접 생산의 기준으로 삼아야 한다는 것으로 심사․심판이 일반적인 임가공형태까지 인정하는 직접 생산의 취지와 전혀 다른 것이며, 청구법인이 OOO공장(협력업체와 청구법인 사이에 도관에 불과한 쟁점법인들이 없이 협력업체가 직접 임가공 납품)에 투자한 기계장치 등에 대해서는 임시투자세액 공제액을 정당한 것으로 인정한 것과 구분된다.

    다) 분할된 기업들이 독립기업으로서 청구법인이 중소기업을 유지한 것이 세법상 탓을 할 수 없다 하더라도, 청구법인의 경우 소규모 영세업체도 아닌 쟁점법인들을 직접 생산에 담당하는 임가공 협력업체의 중간에 임가공 생산의 도관형태(생산관리)로 정부조달납품의 중소기업을 유지하기 위해 끼워 넣어, 청구법인은 통상적으로 발생되는 감가상각비 등 유지․관리비용 외에 쟁점법인들에게 투자자산의 무상임대를 한 후 임가공과 재임가공의 차액에 상당한 추가비용까지 부담하는 등 청구법인의 임가공 생산형태는 기존의 심사․심판사례에서 인정한 투자자산의 임대에도 불구하고 세액공제를 인정하는 취지의 범위를 넘은 것이며, 임시투자세액공제제도는 기업의 신규투자촉진을 통한 성장잠재력 확충을 위해 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에 사업용 자산에 대한 투자금액의 일정비율에 대해 세액을 공제하도록 한 제도로서, 청구법인의 투자자산의 취득과 운용형태는 이 제도의 본래의 취지와는 거리가 있을 뿐만 아니라, 중소기업 유지를 위해 분할된 쟁점법인들을 이용한 재임가공생산에 제공된 투자자산에 대해 일반적인 임가공 직접생산으로 보아 세액공제 대상이라는 것은 임시투자세액공제의 법리를 오해한 것으로 청구주장은 이유 없다.

    라) 청구법인은 OOO을 흡수합병한 후 OOO이 OOO공장을 운영한 형태와 별다른 차이 없이 OOO에 업무를 이관하였으나, OOO이 흡수합병 이전에는 실제 기계장치를 사용하는 OOO이 기계장치 등에 대한 투자를 하고 임시투자세액을 공제받은 반면, OOO에 업무를 이관 후에는 OOO이 투자자산을 취득하여 임시투자세액공제를 받지 않고, 청구법인이 임시투자세액공제를 받았다.

 OOO 합병 시 청구법인에 이전대상 자산에 대해 향후 OOO에 임대하여 임가공료 계산 시 반영(임가공료 계산 시 직접반영 또는 별도 임대료 계산)하기로 하였으나, 기계장치에 대해 임가공료 계산 시 반영하지 않았으며, 별도 임대료 계산도 하지 않았다.

 한편, 청구법인이 쟁점공장들 등에 투자한 기계장치 등에 대하여는 OOO공장처럼 협력업체가 청구법인의 제품을 전량 생산 납품하는 것과는 달리, 쟁점법인들이 무상으로 기계장치를 임대사용하면서 쟁점법인들이 제조 생산하는 제품의 제조에도 사용하는 등 청구법인의 제품생산에만 기계장치를 전적으로 사용하여 전량 생산납품하지 않아 쟁점공장들에 대한 임시투자세액공제를 배제한 것이다.

  (라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점②에 대하여 살피건대, 쟁점①에서와 같이 청구법인이 기계장치를 쟁점법인들에게 무상임대한 것은 제품원가(임가공비)를 낮추기 위한 차원으로 경제적 합리성이 있다고 판단한 점,

 임가공 계약서상 청구법인이 임가공 물품생산에 필요한 원자재 및 부자재 등을 공급하고 쟁점법인들은 청구법인의 제품을 가공함에 있어 쟁점공장 시설과 설비 등을 무상으로 활용하되 동 제품 제조가공에만 사용하도록 정하였으며, 생산입고실적 기준으로 쟁점법인들이 쟁점공장들의 기계장치를 이용한 생산제품의 89.8%를 청구법인에게 납품하여 청구법인이 기계장치를 투자한 것은 청구법인의 제품생산을 위한 것으로 임대수입을 목적으로 기계장치를 임대에 전용한 것으로 볼 수 없는 점,

 청구법인은 기계장치에 대한 자본적 지출, 감가상각비, 전기․수도․가스료 등(OOO원)을 부담하였고, 쟁점법인들이 기계장치에 대한 수선 및 수익적 지출(OOO원)을 부담하였으나 임가공단가를 가공공정 등을 고려하여 관리적 경비 및 이익을 붙여 협의하도록 하여 쟁점법인들이 부담한 수선 및 수익적 지출은 임가공료로 청구된 것으로 볼 수 있는 점, 쟁점법인들이 부담한 수선 및 수익적 지출분을 청구법인에게 청구하지 아니하여 발생될 세무상 문제에 대한 처분청의 처분이 없었던 점 등에 비추어 청구법인이 기계장치의 유지․관리비의 대부분을 부담하였고, 쟁점법인들이 동 자산을 청구법인의 제품생산에 대부분 사용하여 납품하였으므로 동 자산의 투자금액에 대하여 임시투자세액공제를 적용하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

 (4) 마지막으로 쟁점③의 부자재 저가매출에 대하여 살펴본다.

  (가) 부자재 판매 형태는 2가지로 ① 청구법인이 쟁점법인들 제품생산에 필요한 부자재를 일괄 구매하여 판매만하는 형태와 ② 청구법인의 제품을 임가공하는 협력업체에 유상사급으로 판매한 후 제품을 다시 매입하는 형태가 있는바, 이 건 부자재 저가판매와 관련된 것은 ①형태의 거래이다.

  (나) 청구법인이 특수관계법인들에게 구입가격 이하로 제공한 내역은 아래 <표11>과 같다.

  (다) 청구법인이 제출한 부자재 저가판매 명세에 의하면, 2008년～2012년에 특수관계법인들에게 판매한 동일한 품목에 대하여 비특수관계법인인 ㈜OOO 등 15개 거래처에도 동일한 매출단가로 거래한 내용이 나타나며, 연도별 집계는 아래 <표12>와 같다.

  (라) 청구법인이 제출한 연도별 월평균 환율 최저․최고 비교 내역은 아래 <표13>과 같다.

  (마) 청구법인의 주장과 조사청의 의견은 다음과 같다.

   1) 청구법인의 주장은 다음과 같다.

    제3자 거래처는 조사청이 주장하는 판매영업 대리점이 아니라 청구법인의 제품 임가공제조 협력사들이고, 쟁점자재거래는 특수관계자와 비특수관계자 여부 또는 환율변동에 따른 수입원가 급등락에 관계없이 일정한 가격으로 거래하였으므로 이익분여를 위한 부당행위 계산 부인대상으로 볼 수 없다.

    가) ｢법인세법｣상 시가는 해당거래와 유사한 상황에서 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격으로서 동 시가를 기준으로 저가거래에 따른 부당행위계산 부인규정을 적용하는바, 청구법인이 특수관계법인들에게 5년간(2008～2012) 저가판매액으로 본 OOO은 동 기간 청구법인의 총매출액(OOO원)의 0.0396%이고, 자재 전체매출규모에 건수(86,097,044건) 대비 0.20%, 금액(OOO원) 대비 3.84%에 불과할 정도로 미미한 금액으로서, 매일 매일의 환율변동에 따른 수입원가를 일일이 반영하여 그에 따라 (세법의 부당행위를 고려할 경우) 판매가액을 수시로 변동시키는 사업자는 없을 것이며, 이 경우 별도로 필요한 인력을 충원하고 시스템 등에 의해 관리를 하여야 하므로 이에 소요되는 예산은 상당할 것이고, 2008년 하반기 리먼브라더스사태 등으로 환율이 급격히 큰 폭으로 등락(년중 9%～48%)하는 불안정한 상황에서 수입매입단가가 크게 상승 또는 하락을 반복하여 청구법인이 경영정책적 판단 하에 가격리스크를 감수한 채 특수관계 여부를 불문하고 모든 거래처에 불안정한 수입매입단가를 즉각 반영하지 않고 판매한 것은 상대적으로 규모가 큰 대기업과 그 반대의 영세소기업간에 원자재의 안정적 수급에 의해 영세소기업의 경영안정과 신뢰유지 등 상호 윈윈할 수 있는 결과를 가져오는 측면에서 경제적 합리성 또는 정상적인 상관행이다.

    나) 조사청이 특수관계자에게 수입원가보다 저가판매하였다는 품목의 경우, 특수관계 유무 또는 외주가공거래처 여부와 상관없이 쟁점거래와의 동일품목에 대해 환율급등에 따른 수입원가 상승액을 즉시 반영하지 아니한 채 판매함으로써 환율급등에 따른 수입원가 대비 저가판매한 결과가 된 것이고, 이와는 반대로 환율 일시 하락시 수입원가 하락액을 반영하지 않음으로써 특수/비특수관계자 불문하고 다음 <표14>와 같이 수입원가 대비 고가판매한 것에 대하여 부당한 이익분여 또는 경제적 합리성이 결여된 거래로 볼 수 없다.

    다) 따라서, 특수관계자와 비특수관계자 또는 환율 급등락에 불구하고, 일정의 안정적인 가액에 판매한 청구법인의 경영정책은 특수관계자에게 부당하게 부당한 이익을 분여하기 위해 저가판매하지 않은 것으로 특수관계자에 대한 이익의 분여로 본 처분은 부당하다.

   2) 조사청의 의견은 다음과 같다.

    판매당시의 재매입가격을 고려하지 않은 가액으로서, 경제적 합리성이 있다 볼 수 없으며, 거래형태가 다른 제품임가공 제조협력사의 거래가액을 비교가능한 시가로 볼 수 없다.

    가) 청구법인은 총평균법에 의한 자재매입액을 누적관리함에도 판매당시의 재매입가격을 고려하지 않은 가액으로 정상적인 거래로 볼 수 없고, 청구법인의 주장처럼 대외적인 변동 등의 원인으로 매입단가와 매출단가를 즉각적으로 변동시키는 것이 불가능하다는 것은 저가판매에 대한 합리적인 사유가 될 수 없으며, 부자재 판매 시 재매입가격을 고려하여 판매하는 것이 정상적인 경제인의 경제활동이라 할 것이나, 청구법인이 재매입가액을 고려하지 않고, 특수관계법인들에게 당초 매입가액 이하로 판매한 가액은 정상가액으로 볼 수 없다.

    나) 또한, 청구법인이 특수관계법인들에게 자재만을 판매하는 거래 형태와 청구법인이 제품임가공 제조협력사에게 자재를 유상사급 판매 후 제품을 매입하는 거래형태는 서로 달라 제조협력사의 자재 판매 가액을 비교가능한 시가로 볼 수 없는바, 특수관계법인들에 대한 자재 저가매출에 대하여 부당행위계산 부인규정을 적용하여 과세한 처분은 정당하다.

  (바) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점③에 대하여 살피건대, ｢법인세법 시행령｣ 제88조 제3항에서 시가와 거래가액의 차액이 OOO원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 적용되는 것으로 규정하고 있는바, 2008～2012사업연도 자재 매출액OOO원) 중 저가매출해당분(OOO원)은 3.84%이고 저가매출액(OOO원)은 1.05%로 그 비중이 미미한 점,

 부자재의 판매에 있어 특수관계자와 비특수관계자를 불문하고 동일단가를 적용한 점,

 이 건 부자재의 저가매출은 환율 급등 시에 따라 수입원가 이하로 판매한 것으로 이와는 반대로 환율 하락시에 고가매출한 경우도 있고, 청구법인이 모든 거래처에 불안정한 수입단가를 반영하지 않고 가격리스크를 감수하여 거래처의 신뢰유지, 경영안정을 도모한 것으로 부당한 이익을 분여하였거나 경제적 합리성이 결여된 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 동 저가매출에 대하여 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 법인세 등을 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.