주 문

 OOO세무서장이 OOO 및 OOO 청구인에게 한 종합소득세 합계 OOO(2009년 귀속분 OOO, 2010년 귀속분 OOO, 2011년 귀속분 OOO)의 각 부과처분은 청구인이 2009년 제2기부터 2011년 제1기까지의 부가가치세 과세기간 동안 주식회사 OOO로부터 매입한 금액을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

이 유

1. 처분개요

 가. 청구인은 OOO(이하 “쟁점사업장”이라 한다)이라는 상호로 유흥주점을 운영하다가 OOO 폐업한 사업자이다.

 나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”라 한다)은 청구인의 거래처인 주식회사 OOO(이하 “쟁점거래처”라 한다)에 대하여 주류유통과정 추적조사를 실시한 결과, 청구인이 쟁점거래처로부터 2009년 제2기부터 2011년 제1기까지의 부가가치세 과세기간 동안 총 OOO(공급가액, 이하 “쟁점매입금액”이라 한다) 상당의 주류를 공급받았음에도 세금계산서를 수취하지 아니한 것으로 보아 관련 매입누락 자료를 사업장 관할 OOO세무서장에게 통보하였고,

OOO세무서장은 이에 따라 쟁점매입금액을 부가가치율로 환산하여 신고누락 매출액을 산정하여 OOO 청구인에게 부가가치세 합계 OOO을 각 경정․고지한 후 처분청에 종합소득세 과세자료를 통보하였으며,

  처분청은 이에 따라 OOO 청구인에게 종합소득세 합계 OOO을 각 경정․고지하였다.

 다. 청구인은 이에 불복하여 OOO 각 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 처분청은 쟁점거래처의 전산상 잘못 기재된 주류공급내역(매출처원장)에 근거하여 청구인에게 부과처분을 하였는데, 쟁점거래처의 사무착오에 따른 전산상 오류로 인해 청구인이 매입누락한 것이 되어 매출누락으로 과세처분을 받게 된 것이며, 쟁점거래처의 대표이사 OOO은 쟁점사업장에 실제로 주류를 판매하고 주류카드결제 내역과 같이 주류대금을 수령한 사실 등에 대한 확인서를 작성하였다.

 (2) 쟁점거래처의 대표이사 OOO은 거래처별로 실매출 내역을 정확히 기억하기 어려운 점이 있었고, 회계프로그램 OOO의 실매출 자료에 전산상 오류가 있었음을 OOO지방국세청 조사시에 파악하지 못한 상태에서 실매출자료를 정확히 확인하지 않고 당초의 확인서를 작성하였으나, 청구인은 처분청으로부터 쟁점매입금액에 대한 해명자료 제출안내문을 수령한 후 소명하는 과정에서 전산상 오류가 있다는 것을 알게 되었다.

 (3) 또한, 쟁점거래처의 매출처원장의 대부분이 경찰조사 고발서에 기재되어 있지 않으므로 전산파일 내용을 실매출처원장으로 보는 것은 무리가 있으며, 쟁점매입금액은 쟁점사업장이 아닌 다른 사업장의 매입금액으로 청구인의 매입이 아니다.

나. 처분청 의견

  청구인의 매입누락금액은 OOO지방국세청장이 쟁점거래처에 대하여 주류유통과정을 조사할 당시 대표이사의 문답서 및 확인서를 통하여 확인한 것일 뿐만 아니라 구체적인 상세매출내역이 기록되어 실지 장부라 할 수 있는 회계프로그램 매출내역상 기록된 금액인 반면, 심판청구시 청구인이 제출한 쟁점거래처의 대표이사 OOO의 자필 확인서는 세무조사 당시의 확인내용과 상이한 내용으로 당초의 진술내용을 부인하는 객관적 자료로 보기 어렵고, 청구인은 매입누락이 없었다는 별도의 증빙서류를 제출하지 못하고 있어 청구인의 매입누락금액에 근거하여 종합소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점매입금액과 관련한 세금계산서를 미수취한 것으로 보아 관련 신고누락 매출액을 환산하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법률

 (1) 국세기본법 제14조[실질과세] ① 과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 2 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

   제16조[근거과세] ① 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치·기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치·기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 국세를 조사·결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항의 규정에 의하여 기장의 내용과 상이한 사실이나 기장에 누락된 것을 조사하여 결정한 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 부기하여야 한다.

(2) 부가가치세법 제21조[결정 및 경정] ① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

 1. 확정신고를 하지 아니한 때

 2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

 3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

  4. 제1호부터 제3호까지 외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때

② 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서·장부 기타의 증빙을 근거로 하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 추계할 수 있다.

 1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 세금계산서·장부 기타의 증빙이 없거나 그 중요한 부분이 미비인 때

 2. 세금계산서·장부 기타의 증빙의 내용이 시설규모·종업원수와 원자재·상품·제품 또는 각 종 요금의 시가에 비추어 허위임이 명백한 때

 3. 세금계산서·장부 기타의 증빙의 내용이 원자재사용량·동력사용량기타의 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 때

③ 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항과 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류 또는 탈루가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

 (3) 부가가치세법 시행령 제69조[추계결정․경정방법] ① 법 제21조 제2항 단서에 규정하는 추계는 다음 각 호에 규정하는 방법에 의한다.

 1. 기장이 정당하다고 인정되고 신고가 성실하여 법 제21조 제1항의 규정에 의한 경정을 받지 아니한 동일업황의 다른 동업자와의 권형에 의하여 계산하는 방법

 2. 국세청장이 업종별로 투입원재료에 대하여 조사한 생산수율이 있는 때에는 이를 적용하여 계산한 생산량에 그 과세기간 중에 공급한 수량의 시가를 적용하여 계산하는 방법

 3. 국세청장이 사업의 종류·지역 등을 감안하여 사업과 관련된 인적·물적 시설(종업원·객실·사업장·차량·수도·전기등)의 수량 또는 가액과 매출액의 관계를 정한 영업효율이 있는 때에는 이를 적용하여 계산하는 방법

 4. 국세청장이 사업의 종류별·지역별로 정한 다음의 기준 중의 하나에 의하여 계산하는 방법

  가. 생산에 투입되는 원·부재료 중에서 일부 또는 전체의 수량과 생산량과의 관계를 정한 원단위 투입량

  나. 인건비·임차료·재료비·수도광열비 기타 영업비용 중에서 일부 또는 전체의 비용과 매출액의 관계를 정한 비용관계비율

  다. 일정기간동안의 평균재고금액과 매출액 또는 매출원가와의 관계를 정한 상품회전율

  라. 일정기간동안의 매출액과 매출총이익의 비율을 정한 매매총이익률

  마. 일정기간동안의 매출액과 부가가치액의 비율을 정한 부가가치율

 5. 추계결정·경정대상사업자에 대하여 제2호 내지 제4호의 비율을 산정할 수 있는 경우에는 이를 적용하여 계산하는 방법

 6. 주로 최종소비자를 대상으로 거래하는 음식 및 숙박업과 서비스업에 대하여는 국세청장이 정하는 입회조사기준에 의하여 계산하는 방법

② 제1항의 규정에 의하여 납부세액을 계산함에 있어서 공제하는 매입세액은 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서를 관할세무서장에게 제출하고 그 기재내용이 명백한 분에 대한 것에 한한다. 다만, 재해 기타 불가항력으로 인하여 교부받은 세금계산서가 소멸됨으로써 이를 제출하지 못하는 때에는 그러하지 아니하다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인의 부가가치세 신고금액과 조사청의 과세자료 통보내역을 비교하면 아래 <표1>과 같다.

<표1>

 (2)쟁점거래처에 대한 주류유통과정 추적조사 종결보고서에 의하면,

  조사청은 쟁점거래처에게 벌과금 OOO을 통고처분(불이행시 고발)하고, 종합주류도매업 면허를 취소하였으며,쟁점거래처가 컴퓨터에 내장된 전산자료를 통해 신고자료와 실매출자료를 별도 관리한 사실을 확인하고, 쟁점거래처의 대표이사 OOO으로부터 조사대상기간(2009년 제2기 ～ 2012년 제1기) 동안 거래처에 세금계산서를 과다 또는 과소 발급한 사실을 인정하는 확인서 및 전말서를 징취하였다.

 (3) 위와 관련하여 청구인은 쟁점거래처의 대표이사 OOO으로부터 쟁점거래처는 쟁점사업장의 부가가치세 신고내용과 동일하게 매출하고 세금계산서를 발행하였으며, 조사청 조사시 너무 경황이 없었던 나머지 당사의 컴퓨터에 오류로 잘못 내장된 전산자료에 의한 거래관계가 사실이라고 잘못 확인하였다는 내용의 확인서를 제출하였다.

 (4) 또한, 청구인은 OOO경찰서 및 검찰의 수사에서 쟁점거래처의 매출누락혐의가 모두 소명되었다고 주장하면서 제출한 OOO법원의 약식명령(2014고약14063, 2014.10.23.) 및 범죄일람표에는 쟁점사업장에 대한 매출누락이 나타나지 아니하고, 이와 관련하여 쟁점거래처의 대표이사 OOO은 「조세범처벌법」위반으로 벌금 OOO의 약식명령을 받았다.

 (5) 청구인은 쟁점매입금액이 쟁점사업장의 매입금액이 아니라 쟁점거래처의 관리코드 오류에 따른 다른 사업자의 매입금액이라고 주장하면서 아래와 같이 소명하였고, 이를 다른 사업자가 부가가치세 신고 시 신고한 쟁점거래처로부터의 매입금액과 비교해 보면, 아래 <표2>와 같다.

 (6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점거래처의 대표이사가 확인한 전산상 주류공급내역(매출처원장)을 근거로 청구인에게 이 건 종합소득세 부과처분을 하였고, 이에 반해 청구인은 쟁점거래처의 사무착오에 따른 전산상 오류로 인해 전산자료에 의한 거래관계가 사실이 아니라는 내용의 쟁점거래처의 대표이사의 확인서를 제출한 점, 청구인은 처분청으로부터 쟁점매입금액에 대한 해명자료 제출안내문을 수령한 후 소명하는 과정에서 전산상의 오류가 있다는 것을 알게 되었다고 하면서 쟁점매입금액은 쟁점사업장이 아닌 다른 사업장의 매입금액임을 주장한 점, OOO경찰서 및 검찰의 수사에서 위 소명자료로 인하여 쟁점거래처의 대표이사 OOO에 대한 「조세범처벌법」위반 범죄사실에 쟁점매입금액 관련 매출누락이 포함되지 않은 사실로 보아 쟁점매입금액이 다른 사업장의 매입금액일 개연성이 있어 보이나, 다른 사업장에서 부가가치세 신고시 제출한 매입내역과 차이가 있는 것으로 나타나는 점 등에 비추어 쟁점매입금액이 청구인에게 귀속되었는지 불분명해 보이므로 처분청이 쟁점매입금액에 다른 사업장의 매입금액이 포함되어 있는지 여부 등 청구인의 쟁점거래처로부터의 매입액을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.