주 문

OOO세무서장이 2014.2.10. 청구법인에게 한 2011년 제1기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 OOO 주식회사가 양수한 OOO 신축사업장의 건물 시가를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO에 소재한 OOO에 의거 설립된 OOO의 비영리 지점법인으로서 PF대출 등을 통하여 수익사업을 영위한 사업자인바, 2009.6.29. OOO에 소재한 OOO 신축사업장 토지를 OOO 주식회사(이하 “신탁사”라 한다)에 신탁하면서 우선수익권을 교부받기로 하는 타익신탁계약을 체결하고, 시행법인인 주식회사 OOO(이하 “시행법인”이라 한다)에 PF대출을 하여 사업장을 관리하였다.

나. 그러나, 시행법인의 채무불이행 사유가 발생하여 청구법인과 제2순위 우선수익자인 OOO 유한회사는 OOO가 100% 출자한 특수관계법인인 OOO 주식회사(이하 “OOO”라 한다)를 매수인으로 지정하면서 신탁사에 OOO 신축사업장(이하 “쟁점부동산”이라 한다)의 처분을 요청하였고, 2010.11.12. 주식회사 OOO과 2010.12.7. 주식회사 OOO이 평가한 감정가액(표1)의 평균액인 OOO원(이하 “매매대금”이라 한다)으로 하는 신탁재산처분 매매계약을 체결하고, 쟁점부동산의 소유권을 OOO에게 이전하면서 청구법인은 신탁사의 배당표에 따라 대출금을 상환 받으면서 쟁점부동산의 건물분에 대하여 우선수익권자인 청구법인 명의로 매출세금계산서를 발행하였는바, 청구법인은 건물분 매매대금을 부가가치세 포함가액으로 보고 건물분에 대해 공급가액 OOO원의 매출세금계산서(이하 “쟁점매출세금계산서”라 한다)를 동연레저에 교부하고, 부가가치세를 신고․납부하였다.

OOO

다. 처분청은 위 감정평가액 중 건물가액 OOO원을 쟁점건물의 시가로 보고 청구법인이 특수관계법인인 OOO에게 교부한 쟁점매출세금계산서상의 공급가액과의 차액 OOO 상당을 저가 양도한 것으로 보아 2014.2.10. 청구법인에게 2011년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2014.3.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 쟁점부동산 매매계약서에 공급가액과 부가가치세를 별도로 명기하여 실지거래가액을 표현하였으며, 부가가치세는 건물가액에 부과되는 것이므로 쟁점부동산 중 건물가액이 OOO원임을 충분히 알 수 있고, 토지가액은 매매대금에서 건물가액을 차감한 OOO원이므로 토지와 건물가액이 분리되어 표현된 것이다.

 (2) 청구법인은 시행사에 PF대출을 하였으나, 시행사의 채무불이행으로 쟁점부동산을 담보신탁 형태로 수탁한 신탁사에게 처분하도록 요청한 것이기 때문에 청구법인의 장부에는 쟁점부동산을 계상하지 않았고, 배당 역시 매매대금의 일부분만을 수령하였다.

 (3) 쟁점부동산에 가처분, 각종 소송 및 압류 등이 존재하고 있는 상태에서 매매계약서 제6조 내지 제8조에 양수인인 OOO는 각종 제한물건에 대한 발생비용 및 모든 소송을 수행하며 하자에 대한 권리를 일체 주장하지 않는다고 명시하였고,

 (4) 쟁점부동산의 감정평가는 OOO은 “재조달원가법”을, OOO은 “원가법”을 적용하였는바, 이는 동일한 건물을 다시 건축한다고 가정할 때 원가가 얼마인지를 측정하는 방법으로 제한물권 등의 제한사항이 고려되지 않았으며, 쟁점부동산의 양수도시 OOO는 제한물권에 대하여 일정금액 이상을 부담하여야 할 위험이 상당히 높아 매매대금은 경제적 합리성을 고려한 정상적인 가격이라 할 수 있다.

 (5) 또한, OOO는 재향군인회의 특수관계인이므로 매입세액은 바로 환급되어 OOO의 입장에서 부가가치세를 부당하게 감소시킬 이유가 없었으며, 현재 OOO는 지난 3년간 네 차례 정도 매수가액보다 낮은 가격에라도 매각을 시도하였지만 쟁점부동산에 대한 물리적인 하자도 상당부분 존재하여 단 한 개의 호수도 매각이 이루어지지 않았고, 전체 부동산에 대해 OOO원에도 매각이 이루어지지 않고 있는 실정이다.

 (6) 처분청은 OOO가 청구법인의 대출손실 등 사후부담 등의 손실을 전부 떠넘기기 위한 법인이라고 하면서 이 건은 저가 양도에 따른 과세를 하고 있어 상반된 주장을 하고 있다. 즉, 청구법인의 손실을 OOO에 부담하기 위해서는 오히려 OOO가 고가에 쟁점부동산을 취득하여야만 할 것이다.

 (7) 처분청이 청구법인의 비영리법인 본점인 OOO에게 한 2012사업연도 법인세 과세예고통지 중으로 법인세 과세부분에 대하여 OOO는 2015.5.18. 특수관계법인 OOO에 부동산 저가 양도한 거래는 부당행위계산 부인에 해당되지 않는다는 경정청구를 제출하여 법인세 과세분에 대하여 인정한 것은 아니다.

나. 처분청 의견

 (1) 신탁재산처분매매계약서 제1조(목적부동산)에서는 ｢본 매매계약의 목적부동산은 OOO 및 위지상 구분건축물 일체(건축물에 부착된 공작물, 부착물, 부대시설물 및 설비 등 포함)｣로 기재되어 있고, 제2조(매매대금)에서는 ｢①매매대금은 감정평가OOO를 근거로 하여 우선수익자 전원이 합의 요청한 OOO으로 한다.｣로 기재되어 있어 토지가액, 건물가액과 건축물에 부착된 공작물, 부착물, 부대시설물 및 설비에 대한 가액 구분이 매매계약서상에 구체적으로 표시되어 있지 않으며,

 (2) 청구법인은 쟁점부동산에 대하여 토지 및 건물로 장부상 계상하지 않고 PF자금 대여에 대해 대여금 등으로 장부 처리하다가 OOO에 쟁점부동산을 양도하면서 대여금 등을 소멸시키고 미수금으로 자산 계상한바, 상기 계약서상의 토지 및 건물가액이 실지거래가액으로 인정받기 위해서는 건축비 등 상당액과 토지의 취득가액 등을 종합 비교하여야 하나, 청구법인은 토지 및 건물로 장부상 계상하지도 않았기 때문에 공급가액이 불분명한 것으로 보아 결국 두 감정평가법인의 토지 및 건물 감정평가액의 평균액이 각각 토지 및 건물가액으로 되어야 한다.

 (3) 압류 및 가처분, 각종 소송 등의 영향으로 인한 매매가액 조정에 대한 세부적 근거자료를 제출하지 않으면서 단순히 쟁점부동산에 압류 등의 영향이 있어서 토지 및 건물가액을 감정평가액보다 낮게 실지거래가액으로 매매계약 하였다고 주장하나, 압류 등의 영향으로 인한 것이라면 두 감정평가법인의 감정평가시 감정평가액에 반영되어야 하는 것이며, 또한 압류 등의 영향으로 인한 가액이 건물 부가가치세 상당액만큼 금액이라는 주장은 감정평가액을 근거로 하면서 건물가액에 부가가치세가 포함된 금액으로 착오 계산한 오류를 덮기 위한 주장에 불과하다.

 (4) 쟁점부동산의 양수자인 OOO는 OOO의 100% 출자법인으로 청구법인이 쟁점부동산 PF대출 손실에 대한 위험 부담을 회피하고자 당해 목적을 위해 설립한 법인으로 청구법인 소속 직원인 강OOO이 대표자로 되어 있어 일반적인 부동산 매매계약과 다르게 사후 위험부담에 대한 손실을 전부 떠넘기기 위해 설립한 법인으로 보인다.

 (5) 현지확인시 두 감정평가법인으로부터 감정평가서를 제출받으면서 쟁점부동산 감정평가에 부가가치세가 포함되어 있는지 여부를 회신 받은바, 두 감정평가법인은 통상 상업용 건물을 평가할 때 부가가치세를 고려하지 않고 평가한다는 구두상 통화와 공문으로도 부가가치세를 포함하지 않는다고 회신하였으며, 국세청적부 2002-1*** (2002.10.15.)에서도 ‘쟁점부동산의 감정가액에는 건물분 부가가치세가 포함된 것으로 볼 수 없으므로 청구법인이 동 부가가치세 상당액을 양도가액에서 차감한 것은 부가가치세 상당액만큼 저가로 쟁점부동산을 양도한 것으로 부당행위계산 부인대상임’으로 되어 있고, 청구법인의 비영리법인 본점인OOO에게 한 2012사업연도 법인세 과세예고통지 중으로 법인세 과세부분도 고려되어야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

 특수관계법인인 OOO에게 쟁점부동산을 저가 양도한 것으로 보아 부당행위계산 부인으로 부가가치세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

 (1) 부가가치세법(2011.12.31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것) 제13조【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액을 합한 금액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우 : 그 대가

2. 금전 외의 대가를 받는 경우 : 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우 : 자기가 공급한 재화의 시가

4. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우 : 자기가 공급한 용역의 시가

5. 폐업하는 경우 : 재고재화의 시가

⑤ 제1항부터 제4항까지에서 규정한 사항 외에 과세표준의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (2) 부가가치세법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23595호로 개정되기 전의 것)

 제50조【시가의 기준】① 법 제13조 제1항 각 호에 규정하는 시가는 다음 각 호에 정하는 가격으로 한다.

1. 사업자가 특수관계에 있는 자(｢소득세법 시행령｣ 제98조 제1항 각호 또는 ｢법인세법 시행령｣ 제87조 제1항 각 호에 규정된 자를 말한다. 이하 같다)외의 자와 당해 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격

2. 제1호의 규정에 의한 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 ｢소득세법 시행령｣ 제98조 제3항 및 제4항 또는 ｢법인세법 시행령｣ 제89조 제2항 및 제4항의 규정에 의한 가격

 제48조의2【과세표준의 안분계산】④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호에 정하는 바에 의한다.

1. 토지와 건물 등에 대한 ｢소득세법｣ 제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 ｢부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률｣에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다.

 (3) 법인세법 시행령 제89조【시가의 범위 등】② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. ｢부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률｣에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.

2. ｢상속세 및 증여세법｣ 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 ｢조세특례제한법｣ 제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 ｢상속세 및 증여세법｣ 제63조 제1항 제1호 다목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, ｢상속세 및 증여세법｣ 제63조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

  (가) 처분청은 쟁점부동산에 대하여 2011년 제1기 부가가치세 과세기간에 쟁점부동산의 매매가액에 부가가치세가 포함된 것으로 하여 쟁점매출세금계산서를 발행하였으나, 감정가액에는 부가가치세가 포함되지 않아 부가가치세액에 상당하는 OOO원을 특수관계법인인 OOO에게 저가로 양도하였다고 하여 부가가치세 OOO원을 경정․고지한 내용이 부가가치세 경정결의서와 현지확인 종결보고서로 확인된다.

  (나) 쟁점부동산에 대한 감정평가를 실시한 주식회사 OOO의 감정평가액은 앞의 <표1>과 같으며, 주식회사 OOO은 2013.12.18. 처분청에 건물분에 대한 감정평가액에 부가가치세는 포함되지 않았다고 회신한 내용이 나타난다OOO 제2013-0*-1***호).

  (다) OOO세무서장의 주식회사 OOO에 대한 거래질서관련 조사종결보고서에 따르면, 대출 및 사업약정에서 정한 채무불이행사유가 발생하는 경우 사업시행권 포기 및 양도각서에 따라 OOO와 관련된 사업시행권 포기를 최고하여 우선수익권이 있는 청구법인에게 타익신탁으로 실질적 통제권이 이전된 것으로 보아 쟁점부동산 양도와 관련하여 주식회사 OOO에게 부가가치세를 과세한 내용이 나타난다.

  (라) 청구법인이 제시하고 있는 계약서에 의하면, 다음의 내용이 나타난다.

   1) 차주 주식회사 OOO와 대주 청구법인 간의 2008.9.3.자 “사업 및 대출약정서” 제13조에 차주에게 채무불이행 또는 기한이익의 상실 사유가 발생하는 경우 대주는 차주에게 사업시행권 이전을 서면으로 통지할 수 있고, 차주는 별도의 다른 절차 없이 사업시행권을 대주 또는 대주가 지정하는 자에게 이전되도록 한다.

   2) 위탁자 주식회사 OOO와 수탁자 OOO주식회사의 2009.6.29.자 “부동산담보신탁계약서” 제3조에서 수익자를 1순위 청구법인(수익한도금액 OOO원), 2순위 OOO 주식회사(1순위 우선수익자 OOO원 초과금액의 OOO원), 3순위 청구법인(1순위와 2순위 충족 후 잔액의 OOO원)으로 정하고 있으며, 특약사항 제12조에서는 “채무자 및 위탁자의 우선수익자에 대한 채무변제가 불가능한 경우” 신탁기간 종료 전에도 우선수익자는 수탁자에게 신탁부동산의 처분을 요청할 수 있고, 청구법인은 2010.12.31. OOO에 쟁점부동산의 처분을 요청하고 있다.

   3) 신탁자인 ㈜OOO와 수탁자인 OOO주식회사(갑) 간에 2009년 6월 29일 체결된 부동산담보신탁계약서(이하 “신탁계약서”라 한다)상 제1순위 우선수익자인 OOO와 제2순위 우선수익자인 OOO(유)는 위탁자의 중대한 귀책사유 발생으로 위탁자와 체결한 사업약정 및 대출약정상의 기한의 이익 상실을 원인으로 하여 신탁계약서 특약사항 제12조에 의거 담보신탁부동산에 대한 우선수익자 전원의 합의로 OOO㈜(이하 “을”이라 한다)를 매수인으로 지정하여 “갑”에게 환가처분을 요청한바, 이에 따라 “갑”과 “을”은 “갑”을 매도인으로 하고 “을”을 매수인으로 하는 담보신탁부동산에 대한 처분매매계약을 체결하는 2011.1.12.자 “신탁재산처분 매매계약서”의 주요 내용은 다음과 같으며, 별지로 총 29건 OOO원의OOO 보전처분 및 소송현황을 기재하고 있다.

OOO

  (마) OOO는 OOO가 발행주식을 100% 소유한 특수관계인에 해당하며, 쟁점부동산의 감정가액을 시가로 본 경우 건물의 부가가치세 과세표준 산정과 관련된 다툼은 없다.

  (바) OOO 주식회사는 쟁점부동산을 OOO원에 처분하여 신탁비용, 부가가치세, 납입분양금환급예정액을 공제한 OOO원을 우선수익자의 배당금으로 하면서 1순위 청구법인에 OOO원, 2순위 OOO(유)에 OOO원을 정산한 것으로 나타난다.

  (사) 청구법인은 OOO의 출자회사(OOO) 소유 부동산에 대한 매각공고문을 제시하면서 OOO의 쟁점부동산을 매각하기 위해 노력하고 있음을 주장한다.

  (아) 청구법인은 쟁점부동산에 가처분, 각종 소송 및 압류 등이 존재하고 있는 상태에서 매매계약서 제6조 내지 제8조에 양수인인 OOO가 각종 제한물건에 대한 발생비용 및 모든 소송을 수행하며, 하자에 대한 권리를 일체 주장하지 않는다는 것이고, OOO가 부담한 비용을 다음과 같이 제시한 반면, 처분청은 청구법인이 OOO가 부담한 비용을 구체적으로 제시하지 않았다는 의견이다.

   1) OOO의 계정별원장에 의하면, 세금과공과 3건 OOO원, 지급수수료 46건 OOO원 합계 OOO원을 부담하고 있으며,

   2) 청구법인과 OOO를 상대로 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)이 OOO원의 도급공사 계약을 사유로 제기한 소송(OOO법원 OOO지원 2011.10.13. 선고, 2011가합3289 건물인도사건)은 대법원(2013.4.11. 선고, 2012다101664 판결)에서 OOO의 승소로 확정됨에 따라 쟁점부동산의 1층 제101호～제132호를 OOO에게 인도할 의무가 발생한 것으로 나타난다.

  (자) 청구법인의 비영리법인 본점인 OOO는 이 건과 관련하여 처분청이 부과한 2012사업연도 법인세 과세처분에 대하여 2015.5.18. 법인세 경정청구서를 제출한 사실이 나타난다.

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 주식회사 OOO의 감정가액 중 건물에 대한 감정가액에는 부가가치세가 포함된 것으로 보기 어려우므로 매매금액에 건물분 부가가치세가 포함된 것이라는 청구주장을 받아들이기 어려우나, 우선수익자인 청구법인이 OOO를 매수인으로 지정하여 신탁사가 체결한 쟁점부동산의 매매계약서에 쟁점부동산과 관련된 손해배상 및 비용을 매수자인 OOO에서 부담하도록 하고 있어 일반적으로 매도부동산에 대한 손해배상이나 비용은 매도자의 부담으로 하여 매매가액에서 차감하는 거래방식과 달리하고 있으므로 OOO가 부담한 비용은 매도자인 청구법인이 부담하였어야 할 비용으로서 일종의 부담부 양도에 해당하는 것으로 볼 수 있는 점, 따라서, 쟁점부동산의 평가가액에서 매수인이 부담하는 비용을 차감하여 쟁점부동산의 시가를 산정하는 것이 합당한 것으로 볼 수 있는 점, 처분청은 청구법인이 손해배상 및 비용을 구체적으로 제시하지 못하였다고 하나 쟁점부동산과 관련하여 OOO가 OOO원을 지출하고, OOO에게 쟁점부동산의 1층 제101호～제132호를 인도할 의무가 대법원 확정 판결로 확인되고 있는 점 등에 비추어 쟁점부동산의 시가를 재조사하여 그 결과에 따라 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.