주 문

심판청구를 기각합니다.

이 유

1. 처분개요

가. 처분청은 청구법인이 2014년 종합부동산세 과세기준일 현재 보유하고 있는 부동산(과세표준 OOO)에 대하여 2014.11.24. 청구법인에게 2014년 귀속 종합부동산세 OOO원(농어촌특별세 OOO)을 결정고지함에 있어 공제할 2014년 귀속 재산세 공제분(OOO)을 「종합부동산세법」 제14조 제3항, 같은 법 시행령 제5조의3 제1항, 제2항 및 같은 법 시행규칙 별지 제3호 서식 부표(2)의 작성방법에 따라 다음 산식에 의하여 계산하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 2015.2.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 「종합부동산세법 시행령」 제5조의3 제1항, 제2항에서 규정한 종합부동산세를 과세함에 있어 공제될 재산세액 산출식의 분모인 ‘대상 부동산분 과세표준에 대하여 대상 부동산분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’이란 당연히 ‘대상 부동산분 과세표준(=과세기준 초과분 공시지가 × 공정시장가액비율) × 재산세 표준세율’로 해석하여야 함에도 처분청은 근거도 없이 ‘(과세기준금액 초과분 공시지가 × 공정시장가액비율) × 공정시장가액비율 × 재산세 표준세율’로 해석하였는바, 처분청 계산방법에 따를 경우 공정시장가액비율이 두 번 적용됨으로 인하여 결국 청구법인이 납부한 재산세 중 그 비율만큼은 공제(재산세액 중 공정시장가액비율 상당액만 공제)되지 않는 결과에 이르게 되는바, 이는 법률의 문언에 명백히 반하는 처분이고, 이중과세이며, 과세관청의 공적인 견해(재정경제부는 2003.9.3. ‘부동산 보유세제 어떻게 달라지나’ 라는 제목의 설명 자료를 통하여 종합부동산세를 과세할 때 지방자치단체에서 과세한 재산세액은 전액 공제되어 이중으로 과세하는 것이 아니므로 위헌의 소지가 없다는 공적견해를 밝힌 바가 있다)에 배치되어 신뢰보호원칙에 반하는 처분으로 부당하다.

나. 처분청 의견

  이 건 처분은 관련 법령에 따른 것으로서 종합부동산세를 부과함에 있어 종합부동산세 과세대상 부동산의 재산세액 전부를 공제하지 아니한다는 이유만으로 부당하다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

  종합부동산세 부과시 공제할 재산세액을 계산함에 있어 공정시장가액비율을 이중 적용함으로써 재산세액의 일부가 공제되지 않았다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

 (1) 종합부동산세법

제13조(과세표준) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

제14조(세율 및 세액) ③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(「지방세법」 제111조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(「지방세법」 제111조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

⑦ 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (2) 종합부동산세법 시행령

제5조의3(토지분 종합부동산세의 재산세 공제) ① 법 제14조 제7항에 따라 토지분 종합합산세액에서 공제되는 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

 (3) 지방세법

제110조(과세표준) ① 토지·건축물·주택에 대한 재산세의 과세표준은 제4조 제1항 및 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

1. 토지 및 건축물 : 시가표준액의 100분의 50부터 100분의 90까지

2. 주택 : 시가표준액의 100분의 40부터 100분의 80까지

제111조(세율) ① 재산세는 제110조의 과세표준에 다음 각 호의 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

  (1) 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액의 범위에 관하여 「종합부동산세법」은 납세의무자별 토지 등 공시가격 중 OOO억원 등을 초과하는 부분에 공정시장가액비율을 곱한 금액을 종합부동산세 과세표준으로 규정한 다음 여기에 세율을 곱하되, 과세표준금액에 대하여 당해 과세대상 토지 등 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 하고 있고, 「지방세법」은 토지 등에 대한 시가표준액에 공정시장가액비율을 곱한 금액을 재산세 과세표준으로 규정한 다음 여기에 세율을 곱하여 재산세를 부과하도록 규정하고 있으므로, 결국 공제되는 재산세액을 계산하는 구체적 산식은 「종합부동산세법 시행령」 및 같은 법 시행규칙이 정하는 바와 같이 “주택 등 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등 과세표준에 대하여 주택 등 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액[= (감면 후 공시가격 - OOO억원 등) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율] ÷ 주택 등을 합산하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”이 된다.

 (2) 청구법인은 위 법률에 따라 종합부동산세액 계산시 공제될 재산세액 산출시 공정시장가액비율을 1회만 곱하는 것이 관련 법령에 부합한다고 주장하나, 만약 그 ‘공정시장가액비율’이 「종합부동산세법」이 정한 종합부동산세 공정시장가액비율을 의미하는 것이라면(즉 재산세 공정거래가액비율은 곱하지 않는다는 취지), 「지방세법」이 재산세의 과세표준을 정함에 있어 ‘재산세 공정시장가액비율’을 곱하도록 한 규정에 반하고, 「지방세법」이 정한 ‘재산세 공정시장가액비율’을 의미하는 것이라면(종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하지 않는다는 취지), 「종합부동산세법」이 과세표준을 ‘공시지가에서 OOO억원 등을 공제한 금액에 공정시장가액비율을 곱한 금액’으로 정하고, 공제되는 재산세액의 기준이 되는 금액을 ‘토지 등 과세표준금액’으로 규정하고 있음에도, 그 공제액을 계산함에 있어 종합부동산세 과세표준 계산시 적용하여야 할 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하지 않아야 한다는 것이어서 이는 「종합부동산세법」이 정한 ‘주택 등 과세표준금액에 대하여’ 라는 문구에 반하게 되므로 청구주장을 받아들이기 어렵다.

 (3) 청구법인은 종합부동산세액 산출시 재산세액의 일부만 공제하는 것이 이중과세금지의 원칙을 위반하여 위법하다고 주장하나, 재산세액 공제제도란 동일재산에 대하여 재산세와 종합부동산세가 이중으로 과세되는 현상을 방지하기 위하여 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 납부할 종합부동산세액에서 공제하여 줌으로써 이중과세를 방지하기 위한 제도인바, 이 같은 이중과세의 문제는 종합부동산세가 부과되는 부분에 대한 재산세액을 납부할 종합부동산세액에서 공제하면 해소되는 것이고, 종합부동산세가 부과되지 않는 부분, 과세기준금액을 초과하는 부분 중 공정시장가액비율을 곱함으로써 과세표준에서 제외된 부분[(공시지가 - OOO억원 등) x (1 - 공정시장가액비율)]에 대한 재산세액은 종합부동산세액을 계산함에 있어 공제할 필요가 없는바, 「종합부동산세법」상 종합부동산세의 세액은 종합부동산세 과세대상 부동산에 대하여 재산세로 부과된 세액을 공제하여 산출하도록 하고 있기 때문에, 종합부동산세와 재산세 사이에 이중과세의 문제는 발생하지 않는다(헌법재판소 2008.11.13. 선고 2006헌바112 전원재판부 결정, 같은 뜻임).

 (4) 또한, 청구법인은 이 건 처분이 과세관청의 공적인 견해표시에 반하여 신뢰보호원칙에 위반된다고 주장하나, 일반적으로 행정상의 법률관계에 있어서 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위하여는, 첫째 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 기초하여 어떠한 행위를 하였어야 하고, 넷째 행정청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는바, 어떠한 행정처분이 이러한 요건을 충족하는 때에는 공익 또는 제3자의 정당한 이익을 현저히 해할 우려가 있는 경우가 아닌 한 신뢰보호의 원칙에 반하는 행위로서 위법한 것(대법원 1999.3.9. 선고 98두19070 판결, 대법원 2006.6.9. 선고 2004두46 판결 등, 같은 뜻임)인바, 재정경제부가 2003.9.3. ‘부동산 보유세제 어떻게 달라지나’라는 제목의 설명자료를 통하여 종합부동산세를 과세할 때 지방자치단체에서 과세한 재산세액은 전액 공제되므로 이중으로 과세하는 것이 아니므로 위헌의 소지가 없다는 공적견해를 밝힌 사실은 인정되나, 앞서 본 바와 같이 「종합부동산세법」의 시행 후에도 종합부동산세가 부과되는 부분에 대한 재산세액은 모두 공제되고 있으므로, 이 부분 주장도 이유 없다.

 (5) 따라서, 처분청이 「종합부동산세법」 제14조 제3항, 같은 법 시행령 제5조의3 제1항, 제2항 및 같은 법 시행규칙 별지 제3호 서식 부표(2)의 작성방법에 따라 산출된 재산세액을 공제하고 종합부동산세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.