주 문

1. 제1심 판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분에 관한 원고 패소부분을 취소한다. 피고가 2013. 6. 1. 원고에 대하여 한 양도소득세 44,792,500원의 부과처분 중 43,039,750원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송총비용 중 90%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

이 유

1. 제1심 판결 이유의 인용

이 판결 이유는 제1심 판결 이유 중 아래와 같은 내용을 고치거나 추가하는 외에는 제1심 판결 이유와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

① 제2면 제17행의 “보아야 하며”를 “보아야 하며(만일 이렇게 볼 경우 원고는 이 사건 분양권을 2년 이상 보유하였으므로 일반 누진세율 9 ~ 36%가 적용되어야 한다), 설령 그렇지 않더라도 이 사건 사업지구의 다른 생활대책대상자들이 확정통보를 받은 2003. 9. 1.경 원고가 이 사건 분양권을 취득하였다고 봄이 상당하고,”로 고친다.

② 제3면 제21행의 “상당하고”부터 제4면 제3행까지를 아래와 같이 고친다. “상당하므로, 이 사건 분양권의 취득시기를 생활대책안내문 발송일인 2002. 10. 22. 또는 다른 생활대책대상자들이 확정통보를 받은 2003. 9. 1.임을 전제로 하는 원고의 주장은 모두 이유 없다.

(3) 다음 DD와의 영업손실보상금 청구소송의 소송비용 1,800,000원이 양도소득세 계산에서의 필요경비에 해당하는지 살펴본다. 구 소득세법(2007. 12. 31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것) 제97조 제5호는 ‘취득에 소요된 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다’고 규정하고 있고, 그 위임에 따라 구 소득세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19890호로 개정되기 전의 것) 제163조 제1항 제2호는 취득에 소요된 실지거래가액으로서 ‘취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권 등을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용․화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액’을 규정하고 있다.

위 규정에 비추어 보건대, 이 사건 사업시행자인 DD가 수립한 생활대책대상자 선정기준에 의하면, 이 사건 사업지구의 생활대책대상자로 선정되려면 영업자의 경우 영업보상을 받을 것을 전제로 하고 있으므로, 원고로서는 영업보상 대상자로 인정받아야만 생활대책으로서 일정한 상업용지에 대한 분양권을 취득할 수 있다. 따라서 위 영업손실보상금 청구소송은 원고가 영업보상을 받기 위한 것이기도 하지만 동시에 이 사건 상업용지 분양권을 확보하기 위하여도 필요한 것으로 이에 소요된 소송비용 1,800,000원은 구 소득세법 시행령 제163조 제1항 제2호가 정한 ‘취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권 등을 확보하기 위하여 직접소요된 소송비용․화해비용 등의 금액’에 해당한다고 봄이 타당하다(대법원 1989. 8. 8. 선고 88누6672 판결 참조).

(4) 정당한 세액의 계산

앞서 본 바와 같은 이유로 위 영업손실보상금 청구소송의 소송비용 1,800,000원을 양도소득세 계산에서의 필요경비로 인정하면 아래 표와 같이 정당한 세액은 43,039,750원이다.

따라서 이 사건 처분 중 43,039,750원을 초과하는 부분은 위법하다.“

2. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 일부 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하므로 이를 일부 취소하고 원고의 청구를 일부 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.