주 문

이 건 심사청구는 기각합니다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 2013.3.20. 설립되어 농업을 주업으로 하는 농업회사법인으로 2013사업연도 중에 “ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ***번지 외 7” 소재 답 11,453.4㎡(이하 “쟁점농지”라 한다)를 양도하고 전체를 비사업용 토지로 보아 양도차익에 대하여 특례세율을 적용하여 법인세 ***백만원(이하 “쟁점환급세액”이라 한다)을 추가 납부하였으나, 각 지번별로 토지이용계획을 확인한 결과, 쟁점농지는 법인세법 제55조의2 제2항 제1호 나목에 해당하여 비사업용 토지에서 제외되는 것으로 판단하여, 2014.8.29. 착오로 추가 납부한 법인세의 환급을 경정청구하였다.

나. 처분청은 이에 대해 청구법인이 영농이나 농업을 주된 사업을 하는 농업회사법인이나 경작을 하거나 영농사업 등을 한 사실이 확인되지 아니하므로 양도한 쟁점농지를 비사업용 토지로 보아 당초 법인세 신고한 내용이 적정한 것으로 판단하여 2014.9.29. 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 불복하여 2014.10.14. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

가. 청구법인의 법인등기부등본의 목적사업은 농산물의 유통․가공․판매 등 농업목적사업 뿐만 아니라 부동산매매업도 포함되어 있다.

 1) 청구법인의 결산신고내용을 보면 수입금액이 전부 쟁점농지의 양도로 인한 매출액으로 되어 있어 법인세법 시행령 제92조의5 제5항 제1호에 따라 청구법인의 주업은 농업을 주된 사업으로 하는 법인이 아닌 부동산매매업에 해당된다고 할 수 있다.

 2) 법인세법은 비사업용 토지를 법인세법 제55조의2 제2항 제1호 나목에서 “특별시, 광역시(광역시에 있는 군 지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다), 특별자치시(특별자치시에 있는 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다), 특별자치도(「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제15조제2항에 따라 설치된 행정시의 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시 지역[「지방자치법」 제3조제4항에 따른 도농(都農) 복합형태의 시의 읍·면 지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다] 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조제1호에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 목에서 같다)에 있는 농지”라고 규정하고 있고,

 같은법 시행령 제92조의5 제4항에서 “대통령령으로 정하는 지역"이란 ”「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 녹지지역 및 개발제한구역을 말한다.”고 규정되어 있다.

 3) 일반적으로 도시지역 안에서 개발제한구역과 녹지지역을 제외한 지역은 주거․사업․공업지역을 의미하므로 비사업용 토지에 해당되지 아니하려면 주거․사업․공업지역 이외의 지역에 소재한 농지이여야 한다. 즉 도시지역 밖에 있거나 도시지역 중에서 녹지지역․개발제한구역에 소재하여야 한다.

나. 대통령령으로 정하는 지역에 해당되면 비사업용 토지에서 제외되는 것이지 법인의 목적사업하고는 관련이 없다.

 1) 쟁점농지가 소재한 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ지역은 사실상 농촌지역이며 전체 면적의 30% 이상이 개발제한구역으로 지정되어 2014.7.7. 동지역에서 읍지역으로 행정구역이 변경되었다.

 2) 양도당시 동단위 지역이었지만 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제6조 제1호에 따른 도시지역이 아니다. 위 지역은 농촌지역으로 자연녹지지역일 뿐만 아니라 국가의 공익상 필요에 의한 개발제한구역으로 지정된 지역이다.

 3) 쟁점농지 소재지 중 경기도 이천시 마장면 표교리 267도 도농복합형태의 시지역의 읍․면 지역에 소재하는 농림지역이다.

다. 법인세법 제55조의2 제2항 제1호 나목에 의하면 가목과 달리 주된 사업여부와 관계없이 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제6조 제1호에 따른 도시지역 내 농지 또는 도농복합형태의 시 지역의 읍․면 지역은 제외한다고 규정 되어 있고, 쟁점농지는 이에 해당하지 않으므로 비사업용 토지에 해당하지 않는다.

3. 처분청 의견

가. 청구법인은 ｢농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률｣에 근거하여 설립한 농업회사법인이나, 쟁점농지를 모두 경락받은 후 짧게는 1달 이내, 길게는 6개월 이내 소유하다가 단기 매매하여 양도차익을 노리는 기획부동산업자 또는 부동산매매업자에 해당되어 농업을 주업으로 하는 법인으로 볼 수 없다.

 1) 2013사업연도 법인세 결산서 및 해당 과세기간 부가가치세 신고내역 등을 검토한바, 쟁점농지의 영농경영을 위해 종묘 및 영농자재 등을 매입한 사실이 확인되지 아니하며 실제로 농업경영을 한 이력이 없다.

 * 2013사업연도 법인세 과세표준 신고서상 수입금액 전부는 쟁점농지 농지의 양도금액임

 2) 청구법인의 대표자로부터 받은 확인서에 의하면 청구인이 쟁점농지를 경작한 사실이 전혀 없으며 쟁점농지를 청구인이 취득한 후 윤ㅇ수에게 의뢰하여 경작하였으며 윤ㅇ수는 청구인과 관련 없는 농민임을 기술하였다.

나. 따라서 청구법인은 직접 농업경영이나 농작업 대행 등을 한 이력이 확인되지 않으므로 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이고, 쟁점농지는 관련법령에 의한 판정기준인 기간기준 및 대상토지기준에 모두 충족하여 비사업용 토지로 판단되므로 당초 법인세 결산신고 시 쟁점농지를 비사업용 토지로 보아 토지 등 양도소득에 법인세를 신고․납부 했던 것이 적정하므로 경정청구를 거부함이 타당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁 점

 농업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 양도한 쟁점농지가 비사업용 토지에 해당하는지 여부

나. 관련법령

 1) 법인세법 제55조의2 【토지등 양도소득에 대한 과세특례】(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것)

 ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

  3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

 ② 제1항제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. <개정 2013.1.1>

  1. 논밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

  가. 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만, 「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 농지는 제외한다.

  나. 특별시, 광역시(광역시에 있는 군 지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다), 특별자치시(특별자치시에 있는 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다), 특별자치도(「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제15조제2항에 따라 설치된 행정시의 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시 지역[「지방자치법」 제3조제4항에 따른 도농(都農) 복합형태의 시의 읍·면 지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다] 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조제1호에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 목에서 같다)에 있는 농지. 다만, 특별시, 광역시, 특별자치시, 특별자치도 및 시 지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다.

 ③ 제1항제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

 2) 법인세법 시행령 제92조의3 【비사업용 토지의 기간기준】

 법 제55조의2제2항 각호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. <개정 2009.2.4, 2011.6.3>

  1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

  가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

  나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

  다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

  2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

  가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간

  나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

  다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

  3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.

  가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간

  나. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

 3) 법인세법 시행령 제92조의4 【토지지목의 판정】

 법 제55조의2제2항의 규정을 적용함에 있어서 농지·임야·목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다.

 4) 법인세법 시행령 제92조의5 【농지의 범위 등】

 ② 법 제55조의2제2항제1호가목의 규정을 적용함에 있어 주업은 다음 각 호의 기준에 따라 판정한다.

  1. 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 주업은 사업별 사업수입금액이 큰 사업으로 한다.

  2. 제1호의 규정에 불구하고 당해 법인이 농업에 직접 사용한 농지에서 생산한 농산물을 당해 법인이 제조·생산하는 제품의 원료로 사용하고 그 농업과 제조업 등을 구분하여 경리하는 경우에는 농업을 주업으로 하는 것으로 본다. 이 경우 당해 법인이 생산한 농산물 중 당해 법인이 제조하는 제품의 원재료로 사용하는 것의 비율(이하 이 항에서 "사용비율"이라 한다)이 100분의 50 미만인 경우에는 당해 농지의 면적 중 그 사용비율에 상당하는 면적의 2배 이내의 농지에 한하여 농업을 주업으로 하는 것으로 본다.

 ④ 법 제55조의2제2항제1호나목 본문에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 녹지지역 및 개발제한구역을 말한다. <개정 2011.6.3>

5) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조【농업회사법인 및 어업회사법인의 설립 등】     

 ① 농업의 경영이나 농산물의 유통ㆍ가공ㆍ판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인(農業會社法人)을 설립할 수 있다.

 ② 농업회사법인을 설립할 수 있는 자는 농업인과 농업생산자단체로 하되, 농업인이나 농업생산자단체가 아닌 자도 대통령령으로 정하는 비율 또는 금액의 범위에서 농업회사법인에 출자할 수 있다.

6) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령 제17조【농업회사법인 및 어업회사법인의 설립】

 ① 농업인 및 농업생산자단체는 법 제19조 제1항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농업회사법인을 설립할 수 있다.

  3. 주식회사

7) 농지법 제6조 【농지 소유 제한】

 ① 농지는 자기의 농업경영에 이용하거나 이용할 자가 아니면 소유하지 못한다.

 ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 자기의 농업경영에 이용하지 아니할지라도 농지를 소유할 수 있다. <개정 2013.3.23>

  1. 국가나 지방자치단체가 농지를 소유하는 경우

  2. 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교, 농림축산식품부령으로 정하는 공공단체ㆍ농업연구기관ㆍ농업생산자단체 또는 종묘나 그 밖의 농업 기자재 생산자가 그 목적사업을 수행하기 위하여 필요한 시험지ㆍ연구지ㆍ실습지 또는 종묘생산지로 쓰기 위하여 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 농지를 취득하여 소유하는 경우

  6. 제13조제1항에 따라 담보농지를 취득하여 소유하는 경우(「자산유동화에 관한 법률」 제3조에 따른 유동화전문회사등이 제13조제1항제1호부터 제4호까지에 규정된 저당권자로부터 농지를 취득하는 경우를 포함한다)

  10. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

  가. 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따라 한국농어촌공사가 농지를 취득하여 소유하는 경우

  나. 「농어촌정비법」 제16조ㆍ제25조ㆍ제43조ㆍ제82조 또는 제100조에 따라 농지를 취득하여 소유하는 경우

  다. 「공유수면매립법」에 따라 매립농지를 취득하여 소유하는 경우

  라. 토지수용으로 농지를 취득하여 소유하는 경우

  마. 농림축산식품부장관과 협의를 마치고 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따라 농지를 취득하여 소유하는 경우

  바. 「공공토지의 비축에 관한 법률」제2조제1호가목에 해당하는 토지 중 같은 법 제7조제1항에 따른 공공토지비축심의위원회가 비축이 필요하다고 인정하는 토지로서 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제36조에 따른 계획관리지역과 자연녹지지역 안의 농지를 한국토지주택공사가 취득하여 소유하는 경우. 이 경우 그 취득한 농지를 전용하기 전까지는 한국농어촌공사에 지체 없이 위탁하여 임대하거나 사용대(使用貸)하여야 한다.

다. 사실관계

 1) 청구법인과 처분청 간의 다툼이 없는 사실

  가) 청구법인은 법인세법 시행령 제92조의5 제2항 제1호에 따라 수입금액을 기준으로 주업을 판단함에 있어 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이다.

  나) 청구법인은 쟁점농지를 모두 경락받아서 각 번지별로 1개월에서 6개월 미만 보유하다가 단기 매매하였다.

  다) 청구법인은 쟁점농지를 영농에 사용하기 위하여 종묘 및 영농자재 등을 매입한 사실이 없으며 쟁점농지를 영농에 사용한 기간도 없다.

 2) 청구법인은 2013.3.20. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 의하여 설립된 농업회사법인임이 청구법인이 제출한 청구이유서에 의하여 확인된다.

 3) 청구법인의 주주현황은 다음과 같다.

  * 액면가 1만원, 자본금 2억원

 4) 쟁점농지의 명세는 다음과 같다.

  가) 쟁점농지 중 번호 1～7은 ｢개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법｣에 따른 개발제한구역 내 농지임이 토지이용계획에 의하여 확인된다.

  나) 쟁점농지 중 번호 8의 소재지는 1996.3.1. ㅇㅇ도 ㅇㅇ군에서 ㅇㅇ시로 변경되었음이 ｢경기도 파주시 등 5개 도농복합형태의 시 설치 등에 관한 법률｣(1995.12.6. 법률 제4994호)에 의하여 확인된다.

 5) 청구법인의 2013사업연도 법인세 신고 및 경정청구 세액은 다음과 같다.

(단위 : 백만원)

 6) 청구법인은 2014.8.29. 쟁점환급세액에 대한 경정청구를 하였고, 처분청은 2014.9.29. 거부처분 하였음이 처분청이 제출한 심리자료에 의하여 확인되며, 거부통지 사유는 다음과 같다.

 라. 판단

 청구법인은 비사업용 토지를 판단함에 있어 법인세법 제55조의2 제2항 제1호 나목에 의하면 가목과 달리 주된 사업여부와 관계없이 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제6조 제1호에 따른 도시지역 내 농지 또는 도농복합형태의 시 지역의 읍․면 지역은 제외한다고 규정 되어 있으므로 쟁점농지는 비사업용 토지에 해당하지 않음을 주장하고 있다.

 살피건대, 국세청 관련예규(법인세과-576, 2013.10.25.)에 의하면 “법인이 비사업용 토지를 양도하는 경우에는 법인세법 제55조의2 제1항 제3호에 따라 토지 등 양도소득에 30/100(미등기 토지는 40/100)을 곱하여 산출한 세액을 법인세액에 추가하여 납부하여야 하는 것으로, 비사업용 토지란 같은 법 시행령 제92조의3 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간 동안 법인세법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말하는 것입니다.”라고 해석하고 있다.

 따라서 쟁점농지는 법인세법 제55조의2 제2항 제1호 가목의 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 농지이고, 비사업용 토지란 같은 조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지에 해당하므로 쟁점농지는 비사업용 토지에 해당한다고 판단된다.

5. 결 론

 이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.