[주 문]

    OOO세무서장이 2014.9.30. 청구법인에게 한 부가가치세 합계 OOO원OOO의 환급을 구하는 경정청구에 대한 거부처분은 청구법인의 사업장인 OOO의 건물OOO의 전용면적에 대한 과세사용면적, 면세사용면적 및 과․면세 겸용사용면적을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2009.9.1.부터 OOO에서 OOO로부터 위 소재의 건물(OOO㎡, 이하 “쟁점사업장”이라 한다)을 임차하여 ‘OOO’이라는 상호로 개업하여 현재까지 도매 및 소매업을 영위하고 있고 주식회사 OOO의 지점법인이다.

나. 청구법인은 2011년 제1기∼2013년 제2기 부가가치세 신고시 쟁점사업장의 임차료 전체OOO를 사업장 전체의 공통매입세액으로 보아 신고하였다가, 2014.7.25. 임차건물의 총면적에서 과세사업에 사용되는 면적(이하 “과세면적”이라 한다)의 매입세액은 전액 공제하고, 과․면세사업에 공통으로 사용되는 면적(이하 “공통면적”이라 한다)의 매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 안분계산하여 부가가치세 합계 OOO원OOO을 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 제기하였다.

다. 처분청은 이에 대해 쟁점사업장 임차료 전액이 실지 귀속이 불분명하다 하여 2014.9.30. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2014.12.24. 이의신청을 거쳐 2015.4.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 2012년 「부가가치세 집행기준」17-61-6은 과세사업 면세사업이 혼재하는 건축물의 매입세액 계산방법은, 먼저, 과세사업에만 전적으로 사용되는 면적이 전체면적에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 매입세액은 전액 공제하고 면세사업에만 전적으로 사용되는 면적이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 매입세액은 전액 불공제하며, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 면적에 대해서는 안분기준에 따라 공제액을 계산하여야 한다고 규정하고 있고, 동 집행기준에 의하면 건축물 등이 과세사업에만 전적으로 사용되는지 여부에 따라 실지 귀속여부가 결정되고 공제되는 매입세액의 산정은 층별 효용 등을 고려하지 않고 단지 면적만을 기준으로 하여야 하는바, 본 건에도 동일하게 적용하여야 할 것이다.

 (2) 「부가가치세법」에는 무엇이 ‘실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액’인지에 관하여는 자세히 서술하고 있지 않아, 이에 대하여는 판례에 의하여 보충하여야 하고, 대법원 2013.1.17. 선고 OOO 판결에 따르면 법적 안정성을 위하여 법률은 사용된 문언의 통상적인 의미에 충실하게 해석하는 것이 원칙이며, 그것만으로 부족할 경우에는 법률의 입법의 취지, 제․개정 연혁 등으로 보충될 수 있다고 판시하고 있다. 실지의 사전적 의미는 ‘실제의 처지나 경우’이므로, 문언의 통상적인 의미상 「부가가치세법」상 실지귀속의 구분이란, 매입재화가 과세사업과 면세사업 중 실제로 어느 사업에 사용되었는지 여부를 구분한다는 의미라 보아야 할 것이다. 또한 「국세기본법」제14조의 실질과세원칙이나, 같은 법 시행령 제61조 제1항의 문언을 참고하여 체계적, 보충적인 해석에 의하면 실제 사용여부를 기준으로 ‘공통으로 사용 = 구분불가, 개별적으로 사용 = 구분가능’ 의 기준에 의하여 판단하여야 할 것이다. 본 건의 경우에 쟁점사업장이라는 재화는 건축물로서 그 재화 내의 일부분이 특정되어 임대차거래, 전세 등의 거래 객체가 될 수 있는 것이므로 쟁점사업장의 특정부분 OOO㎡(경정청구과세면적에서 창고면적을 제외한 면적, 이하 “이 건 과세사업면적”이라 한다)가 과세기간 동안 과세사업에만 사용된 것이라면, 그 부분은 ‘개별적으로 사용’된 것이므로 구분이 가능한 것이라 보아야 할 것이다.

 (3) 건물 전체를 임차한 경우 건물 일부분만의 임차료를 명확히 산정할 수 있는 것인지에 대해 의문이 있을 수 있으나, 집행기준에 따르면 층별․위치별 효용비 등을 감안하지 않고 면적만을 기준으로 하여 산정된 임차료를 기준으로 공제되는 매입세액이 산정되어야 할 것이다. 다만, 실질과세원칙 등을 고려할 때 면적만을 기준으로 건물 일부분의 임차료․매입세액을 산정하는 것은 현저히 불합리하므로 현실에 따라 층별 효용을 반영한 임차료 산정이 필요하다고 판단되어 집행기준과 달리 공제되는 매입세액이 산정되어야 할 경우라면, 객관적인 시장가치를 반영하는 감정평가에 의하여 임차료를 산정하여야 할 것이며, 이럴 경우에도 청구법인이 경정청구한 금액보다 더 많은 금액이 환급되는 것으로 계산된다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구법인의 주장에 따르면 청구법인은 지상 층은 과세매출, 지하 1층OOO은 농수산물은 면세매출, 공산품은 과세매출이라 주장하여 실지귀속이 명확하므로 면적기준에 따라 과세사업에 귀속된 매입세액은 전액 공제하고, 나머지 공통매입세액은 안분계산하여 면세분 매입세액만 불공제하는 것이 타당하다고 주장하였으나, 청구법인이 주장하는 임차료 중 어떤 부분이 과세매출분에 귀속되는지, 어떤 부분이 공통매입분에 귀속되는지를 명확하게 파악할 수 없으므로 당초 신고내역은 적정하다.

 (2) 청구법인이 주장하는 바에 따라 사용면적비율로 안분하는 경우는 「부가가치세법 시행령」제81조 제4항에 의하면 건물 또는 구축물을 신축 또는 취득하여 과세·면세사업에 제공하는 경우에 한하여 적용하는 것이다. 이는 건물 또는 구축물을 신축하여 공급가액을 파악할 수 없을 때 적용하기 위함인데 청구법인은 총공급가액 및 면세공급가액을 명확히 파악할 수 있으므로 면적기준이 아닌 공급가액 기준으로 안분계산 하는 것이 합당하다 할 것이다. 또한 「부가가치세법 시행령」제81조 제4항에 의하면 공급가액이 없거나 과세·면세 어느 한 쪽 공급가액이 없는 경우에만 예상사용면적기준을 적용할 수 있다. 청구법인은 과세·면세 공급가액이 각각 있기 때문에 예상사용면적기준을 적용할 수 없고 공급가액 기준으로 안분한 당초 신고내역이 적정하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 쟁점사업장에 대한 과세사업 관련 매입세액의 실지 귀속이 불분명하다고 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령

 (1) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것)

 제17조[납부세액] ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2의2. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 포함한다)을 공급받으면서 세금계산서를 발급받은 경우의 매입세액. 다만, 해당 재화 또는 용역을 공급한 사업자가 제1항의 납부세액을 모두 납부한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액

 (2) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부개정된 것)

 제40조[공통매입세액의 안분] 사업자가 과세사업과 면세사업 등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업 등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

 (3) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 전부개정되기 전의 것)

 제61조[매입세액의 안분계산] ① 사업자가 과세사업과 면세사업(비과세사업을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의2에서 같다)을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의2에서 같다)의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 해당 재화 또는 용역의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.

1. 해당 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 100분의 5미만인 경우의 공통매입세액. 다만, 공통매입세액이 5백만원 이상인 경우는 제외한다.

2. 해당 과세기간중의 공통매입세액이 5만원 미만인 경우의 매입세액

3. 제48조의2 제3항 제3호의 규정이 적용되는 재화에 대한 매입세액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각 호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

 (4) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 전부개정된 것)

 제81조[공통매입세액 안분 계산] ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업 등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업 등에 관련된 매입세액은 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 재화 또는 용역의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.

1. 해당 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 5퍼센트 미만인 경우의 공통매입세액. 다만, 공통매입세액이 5백만원 이상인 경우는 제외한다.

2. 해당 과세기간 중의 공통매입세액이 5만원 미만인 경우의 매입세액

3. 제63조제3항 제3호가 적용되는 재화에 대한 매입세액

④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업 등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업 등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업 등에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업 등에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업 등에 관련된 예정사용면적의 비율

 (5) 국세기본법

 제14조[실질과세] ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인은 2011년 제1기부터 2013년 제2기까지의 기간의 부가가치세 신고시 쟁점사업장의 임차료 전체를 사업장 전체의 공통매입세액으로 보아 면세매출분을 안분계산하여 공제받지 못할 매입세액으로 신고하였다가, 실제 과세사업에 사용된 면적에 대하여는 매입세액 공제하여야 한다는 취지로 경정청구하였으며, 그 내역은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 청구법인의 경정청구내역

(단위 : 백만원)

◯◯◯

 (2) 청구법인 쟁점사업장의 임차료는 전체 건물에 대하여 세금계산서 1장으로 발급받았고, 경정청구한 과세기간 동안의 임차료는 아래 <표2>와 같다.

<표2> 청구법인의 임차료

(단위 : 백만원)

◯◯◯

 (3) 청구법인이 제출한 쟁점사업장의 사용면적 내역은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 쟁점사업장의 사용면적

(단위 : ㎡)

◯◯◯

 (4)「부가가치세법 시행령」제61조 제1항, 제4항 제3호는 제1항에 의하면, 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 안분 계산하고 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산함에 있어 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율을 적용하도록 규정하고 있다.

 (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

  (가) 처분청은 쟁점사업장과 같은 건물의 임차료는 층별로 단위면적당 임차료가 상이하므로 청구주장이 부당하다는 의견이나, 임차료가 통상 층별 효용성을 가지고 있으나 OOO 건물전체의 임차를 1개로 보아 계약한 경우에는 층별 효용성을 구분할 필요성이 크지 않은 것으로 보이고, OOO 건물 특성상 판매를 위한 전용면적(판매․영업시설 등)과 전용면적 사용에 따른 공용면적(전용면적 외의 면적)으로 구분할 수 있으며, 공용면적은 전용면적 사용에 따라 부수적으로 사용되는 것으로 보아야 할 것이므로 해당 임차료는 전용면적에 귀속되는 것으로 보아 안분하는 것이 합리적이라 하겠다.

  (나) 또한, 쟁점사업장의 전용면적의 과세사용에 대한 매입세액은 공제하는 것으로, 면세사용에 대한 매입세액은 불공제하는 것으로, 겸용사용에 대한 매입세액은 총공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율로 안분하여 적용함이 타당하다 하겠다.

  (다) 다만, 청구법인이 제시한 증빙만으로는 쟁점사업장의 전용면적에 대한 사용유무를 확인할 수 없으므로 처분청이 쟁점사업장의 전용면적에 대하여 과세사용, 면세사용 및 과․면세 겸용사용을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하되, 경정청구한 세액 범위 내에서 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.