가. 원고는 2004. 7. 1. 개업하여 서울시 OO구 OOO동 OOO번지에서 상하수도 공사업을 영위하고 있는 법인 사업자이다.

나. 원고는 2011년 3월경 서울특별시 CC구로부터 하수도구조물보수 및 재해복구공사(이하 ‘이 사건 공사’라 한다)를 수주하여 그 자재 매입과 관련하여 소위 주식회사 DD(이하 ‘DD’이라 한다)로부터 2011년 1기분 매입세금계산서 3매(공급가액 합계 OOOO원) 및 2011년 2기분 매입세금계산서 4매(공급가액 합계 OOOO원)를, 소외 EE 주식회사(이하 ‘EE’이라 한다)로부터 2011년 2기분 매입세금계산서 5매(공급가액 합계 OOOO원)를 각 교부받아(위 매입세금계산서 12매를 통틀어 이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다) 해당 과세기간에 대한 부가가치세 신고 시 이 사건 세금계산서상의 매입세액을 매출세액에서 공제하였고, 2011 사업연도 법인세 신고 시 이 사건 세금계산서상의 공급가액을 손금으로 계상하였다.

다. 피고는 2013. 9. 23.부터 2013. 11. 3.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하고, 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 자료상으로부터 수취한 가공세금계산서라고 보아, 해당 매입세액을 불공제하고 매출원가를 손금불산입하여 원고에게 ① 2013. 12. 1. 2011년 1기분 부가가치세 OOOO원(가산세 OOOO원 포함) 및 2011년 2기분 부가가치세 OOOO원(가산세 OOOO원 포함)을, ② 2013. 12. 2. 2011 사업연도 법인세 OOOO원(가산세 OOOO원 포함)을 각 경정․고지하고, ③ 2013. 12. 1. 소득금액 OOOO원을 원고의 실질대표자인 소외 정BB에게 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다(위 ① 내지 ③ 처분을 이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2014. 2. 18. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2014. 8. 13. 기각 결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제8호증의 1 내지 7, 갑 제9호증의 1 내지 5, 갑 제11, 12호증, 을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 공사 대부분을 소외 FF 주식회사(이하 ‘FF’라 한다)에 하도급 주었고, FF와의 하도급대금 직불합의에 따라 FF가 자재 납품거래처임을 확인한 DD 및 EE로부터 세금계산서를 받아오면 해당 자재의 도착을 확인하고 두 업체에 직접 대금을 송금하였으며, 위와 같이 공급받은 자재를 사용하여 이 사건 공사를 마쳤다. 따라서 이 사건 세금계산서는 실물거래에 기초한 것이므로, 이 사건 처분 중 피고가 이 사건 세금계산서상의 거래가 가공거래에 지나지 않는다는 이유로 원고에 대한 부가가치세를 경정하면서 구 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것) 제22조 제3항 제3호(재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서를 발급받은 경우) 소정의 가산세1)를 부과하고, 법인세부과처분 및 소득금액변동통지를 한 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

설령 이와 달리 보더라도, 원고는 도급업자로서 이 사건 공사에 전혀 관여하지 않아 DD 및 EE가 실제로 자재를 납품하였다는 FF의 말을 믿고 대금을 지급할 수밖에 없었으므로, 이 사건 처분 중 부가가치세 가산세 부분은 이를 면제할 정당한 사유가 있고, 나머지 법인세 및 소득금액변동통지 부분 역시 원고에게 책임을 물을 만한 기대가능성이 없으므로, 이러한 점에서도 피고의 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령의 기재와 같다.

다. 판 단

1) 이 사건 세금계산서가 실물거래에 기초한 것인지

납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 과세관청에 의해 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 그것이 실지비용인지의 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었다면, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 대하여는 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2014. 12. 11. 선고 2012두20618 판결 등 참조).

이 사건에 관하여 보건대, 을 제4, 7, 8, 12호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 이 사건 세금계산서에 기재된 매입처 중 DD는 2011년 제1기~2012년 제1기 과세기간에 가공매출세금계산서 OOOO원(공급가액)을 교부하고 가공매입세금계산서 OOOO원(공급가액)을 수취함으로써 자료상으로 확정되어 조세범처벌법 위반으로 고발된 사실, ② DD에 대한 조사 당시 원고는 DD로부터 시멘트, 모래, 배관 파이프 등 건설자재를 매입하였다고 주장하였으나, 위 매출에 상응하는 DD의 매입은 발견되지 아니한 사실, ③ DD는 매입액에 비해 매출액이 과다한 기형적인 구조를 지닌 전형적인 자료상으로서 2011년 제2기 과세기간의 매출액이 OOOO원인 반면, 매입액은 OOOO원에 불과한 사실, ④ 특히 2011년 제1기 DD의 매입액 OOOO원 중 가공거래로 확정된 OOOO원을 제외한 나머지 OOOO원은 같은 기간 원고에 대한 매출액 OOOO원의 57.1%에 불과하고, 2011년 제2기 DD의 매입액 OOOO원은 같은 기간 원고에 대한 매출액 OOOO원의 0.1%에 불과한 사실, ⑤ 원고가 DD에 송금하였다고 주장하는 금액은 송금 당일 또는 수일 이내에 즉시 현금으로 인출되는 전형적인 자료상의 자금흐름 형태를 보이는 사실, ⑥ 이 사건 세금계산서에 기재된 매입처 중 EE는 2011. 7. 이후 사업장이 존재하지 않는 것으로 확인되어 2011. 7. 31. 직권 폐업조치된 사실, ⑦ EE는 2011년 제1기~2011년 제2기 과세기간에 가공매출세금계산서 OOOO원(공급가액)을 교부하고 가공매입세금계산서 OOOO원(공급가액)을 수취함으로써 자료상으로 확정되어 조세범처벌법 위반으로 고발된 사실, ⑧ EE는 야적장을 보유하고 있지 않고, 2011년 제1기, 제2기 매입액이 전부 가공거래로 확정된 사실, ⑨ 원고가 EE에 송금하였다고 주장하는 금액 역시 당일 또는 수일 이내에 즉시 현금으로 인출되는 전형적인 자료상의 자금흐름 형태를 보인 사실, ⑩ FF가 작성한 투입원가보고서에서도 DD 및 EE 매입분에 대한 실거래는 확인되지 않은 사실이 인정되는바, 위 인정 사실에 의하면 이 사건 세금계산서상 공급자인 DD 및 EE는 원고에게 위 세금계산서상의 자재를 공급한 사실이 없다고 봄이 타당하다.

이러한 경우 원고로서는 세금계산서상의 공급자가 아닌 다른 공급자로부터 자재를 공급받아 비용을 지출하였음을 증명하여야 하는데, 이 사건에서 원고가 제출한 갑 제1호증 내지 갑 제7호증의2, 갑 제10호증의 각 기재만으로는 이러한 사실을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다(원고에 대한 조세범처벌법위반 피의사건에서 혐의없음 처분이 내려진 이유는 DD와 EE로부터 허위 세금계산서를 수취한 행위자가 원고가 아닌 FF이기 때문일 뿐 세금계산서 내용대로 매입이 이루어졌다거나 세금계산서 매입액만큼 다른 공급자로부터 매입이 이루어졌음이 인정되었기 때문이 아니다).

2) 정당한 사유 내지 기대가능성의 존부에 관하여

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우가 아닌 한 세법상 의무의 불이행에 대하여 부과되어야 한다(대법원 2011. 2. 10. 선고 2008두2330 판결 등 참조).

이 사건에 관하여 보건대, 원고가 2004. 7. 1. 개업한 법인 사업자로서 실물거래에 따른 정상적인 매입세금계산서 수취의 중요성을 충분히 파악하고 있었을 것으로 보이는 점, 원고가 자신의 명의로 된 세금계산서의 발급을 용인한 이상 위 세금계산서의 기재사항이 실제와 일치하는지에 관해 확인할 의무도 부담한다고 보아야 하는 점, 그럼에도 원고가 ‘하도급업체를 신뢰하였다’는 것 외에 위와 같은 의무 이행을 위해 어떠한 노력을 하였는지 밝히고 있지 못한 점 등을 종합해 볼 때, 원고에게 위와 같은 ‘정당한 사유’가 있었다고 볼 수 없고, 같은 이유에서 ‘기대가능성의 부존재’에 관한 원고 주장도 받아들일 수 없다.

따라서 원고의 이 부분 주장도 모두 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.