주 문

OOO세무서장이 2013.6.28. 청구법인에게 한 2009사업연도 법인세 경정청구 거부처분은 OOO주식회사로부터 지급받은 의제배당액 OOO원을 ｢법인세법(2009.5.21. 법률 제9673호로 개정되기 전의 것)｣ 제18조의3 제1항 제1호의 수입배당금 익금불산입 규정 적용대상으로 하고, ｢조세특례제한법｣ 제10조에 따른 연구․인력개발비에 대한 세액공제 대상금액을 재조사하여 그 결과에 따라 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO을 영위하는 법인으로, 2004사업연도 중 OOO이라 한다)가 발행한 상환우선주 10,927주를 OOO에 취득하였다가, 2009사업연도 중 OOO으로부터 동 상환우선주 1,364주에 대한 감자대가로 OOO원을 지급받음에 따라 발생한 의제배당액 OOO원(이하 “쟁점의제배당액”이라 한다)에 대해 ｢법인세법｣ 제18조의3 제1항에 따른 수입배당금 익금불산입 규정을 적용하지 아니하였고, ｢조세특례제한법｣ 제10조 등의 규정에 따라 산정되는 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하지 않고 2009사업연도 법인세를 신고하였다.

나. 청구법인은 2013.4.1. 처분청에 쟁점의제배당액 중 ｢법인세법｣ 제18조의3 제1항의 수입배당금 익금불산입 규정을 적용하여 산정된 OOO원은 익금불산입 대상이고, ｢조세특례제한법｣ 제10조 등의 규정에 따라 다음 <표1>과 같이 산정된 연구 및 인력개발비 세액공제액 OOO원을 적용하여 달라는 취지의 경정청구를 하였고, 처분청은 2013.6.28. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.9.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

  (1) 쟁점의제배당액은 다음과 같은 근거로 ｢법인세법｣ 제18조의3 제1항에 따른 수입배당금 익금불산입 규정 적용대상이다.

   (가) OOO은 2004.5.17. 다중 신용불량자(이하 “개별채무자”라 한다)에 대한 국가적 차원의 신용회복 지원방안인 OOO 프로그램(Bad Bank Program)의 일환으로 대부업을 영위하는 「상법」상의 주식회사 형태로 설립되었고, 설립 이후 개별채무자에게 약정체결을 통해 신규대출을 실행하였으며, 청구법인을 포함한 채권금융기관은 개별채무자로부터 기존 채권 전액을 상환받음과 동시에 채권자로서 가지는 이자채권 등 부수되는 권리를 OOO에 양도하였고, 이에 따라 청구법인과 개별채무자간의 기존 대출에 관한 법률관계는 완전히 소멸되어 청구법인은 채권추심 등 채권과 관련한 어떠한 추가적인 권리도 행사할 수 없었는바, 쟁점금액을 채권의 추심이익과 동일한 성격으로 보는 것은 부당하다.

   (나) OOO은 청구법인을 포함한 채권금융기관이 취득한 우선주와 관련하여 주주총회 특별결의 등 ｢상법｣에서 정하는 절차에 따라 매년 유상소각하고 있고, 이 건 심판청구와 관련한 유상감자는 2008.3.27. 개최된 OOO 정기주주총회 및 2008.9.25. 개최된 임시주주총회 특별결의에 따라 이루어졌으며, 이 때 청구법인이 주주로서 보유한 우선주의 자본감소가 이루어짐에 따라 적법하게 유상감자 대가를 수령한 사실을 관련 자료 및 당사자간 회계처리에서 명확히 확인할 수 있고, 또한 과세관청에서도 기존 유권해석(서면2팀-1579, 2004.7.26.)을 통해 채권금융기관이 보유한 후배주를 매각하여 손실이 발생하는 경우 ‘대출채권’이 아닌 ‘유가증권 매각손실’로 처리하도록 입장을 표명하였는바, 쟁점의제배당액은 청구법인이 주주의 지위에서 수령한 감자대가임이 분명하다.

   처분청의 의견과 같이 실질과세원칙을 적용하기 위해서는 첫째, 조세의 부담을 회피할 목적이 있어야 하고, 둘째, 과세요건사실에 관하여 통상인의 관점에서 부자연스럽고 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우 등의 요건을 모두 갖추어야 하나(대법원 전원합의체 2012.1.19. 선고, 2008두8499 판결, 같은 뜻임), OOO 프로그램은 개별채무자의 신용불량정보등록을 해제시켜 궁극적으로 서민 경제를 안정화시키기 위한 정부정책의 일환으로서 조세회피목적과는 명백히 무관하며, 청구법인이 직접 기존 대출금을 회수할 경우보다 OOO 프로그램에 참여할 경우 실제 채권회수액이 더 커지는 점 등을 감안할 때 청구법인이 OOO 프로그램에 참여한 사실이 부자연스럽고 비합리적이라 할 수 없는바, 처분청이 실질과세원칙을 적용하여 청구법인과 OOO간 거래를 부인하고 청구법인이 개별채무자로부터 기존 대출금을 직접 회수한 것으로 보는 것은 부당하다.

   (다)「법인세법」제18조의3 제1항의 수입배당금의 익금불산입 규정을 적용함에 있어서는 같은 조 제2항과 같은 법 시행령 제17조의2 제11항에 해당되는 경우에만 그 적용이 배제되는데 OOO은 그 중 어떠한 경우에도 해당하지 아니하고, 처분청의 의견과 같이 감자대가로 지급한 금액에 대하여 실제로 법인세가 과세되었는지 여부는 동 규정 적용에 영향을 미치지 아니하며, 또한 「법인세법」제18조의3 규정의 적용가능 여부는 법 소정의 적용요건을 충족하였는지 여부를 살펴서 판단함이 타당하고 다른 법인의 세무처리 방식이나 관련 당사자의 진술 내용 등은 고려할 사항이 아니다.

  (2) ｢조세특례제한법｣(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제10조 제1항 등의 규정에 따라 산정한 청구법인의 2009사업연도 연구 및 인력개발비 세액공제 대상금액은 OOO원이나, 해당 금액을 당초 법인세 신고 당시 세액공제 적용을 하지 아니하였는데도 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

  (1) 쟁점의제배당액은 다음과 같은 근거로 ｢법인세법｣ 제18조의3 제1항에 따른 수입배당금 익금불산입 규정 적용대상으로 볼 수 없다.

   (가) 2008년 중 OOO의 감자시 수취한 금액은 의제배당으로서 「법인세법」상 수입배당금 익금불산입 규정을 적용하여야 한다는 청구주장에 대하여 보면, 「배드뱅크 설립․운영에 관한 채권금융기관 협약」(이하 “쟁점협약”이라 한다) 제13조 제1항에서 채권금융기관은 부실채권을 OOO에 인도시 수취한 금액 외에 채무자의 상환실적에 따라 추가 배분받을 권리가 있다고 언급하고, 같은 조 제3항에서 추가 배분받을 금액은 당해 채권금융기관이 출자한 부실채권 중 회수한 금액에서 기 배분받은 금액을 제외한 금액(총 유상소각 재원에서 안분한 금액)이라고 규정하고 있으므로 감자대상 주주가 감자주식수에 비례하여 감자의 대가를 수취하는 것이 아니고, 당해 채권금융기관이 출자한 부실채권 중 회수한 금액에 상당하는 금액을 감자시점에서 수취하고 있는 것이므로 청구법인이 감자시 수취한 쟁점의제배당액은 청구법인이 OOO에 인도한 부실채권 중 OOO에서 회수한 금액을 청구법인에게 지급한 것으로서, 채권금융기관별로 주당 지급한 금액이 다른 것OOO으로 보아 단순히 지급 시점이 감자 시점일 뿐 이를 감자의 대가로 볼 수는 없는 것이다.

   (나) 청구법인은 감자 시점에서 수취한 현금 중 우선주의 취득가액을 초과하는 금액을 배당소득이라고 주장하고 있으나, 청구법인은 부실채권을 OOO에 인도하고, 인도한 채권가액과 인도시 수취한 현금의 차액을 우선주 및 후배주로 교부받았으며, OOO은 청구법인에게서 인수한 채권 중 추가 회수되는 금액(총회수금액 중 인수시 지급한 현금과 수수료 등 제외금액)을 청구법인에게 지급하도록 약정되어 있으므로 OOO에게 채권을 인도한 후에도 동 채권 중 초과 회수되는 금액의 실 귀속자는 청구법인이라 할 것이고, 청구법인이 OOO으로부터 교부받은 우선주 및 후배주 취득가액 전액을 감액손실 처리한 이 건은 OOO에 인도한 부실채권을 감액손실(후배주를 양도하였을 경우에는 처분손실) 처리한 것과 실질이 동일한 것이며, OOO의 감자시 청구법인이 수취한 금액은 기 감액손실(또는 처분손실)로 손금계상한 부실채권에 대한 추심이익이라 봄이 타당하다.

   (다) OOO이 감자 시점에 지급하는 금액의 재원은 잉여현금으로서, OOO의 수입금액은 대출채권에 대한 이자금액이므로 감자 시점에 청구법인에게 지급한 대출채권의 회수금액은 동 법인의 법인세 신고시 수입금액 및 과세표준에 산입되어 법인세 등이 과세된 금액이 아니어서(OOO은 수수료 상당액만을 익금으로 계상) 청구법인이 수취한 금액에 대하여 지급자에게 법인세 등 과세사실이 없으므로 이중과세의 여지도 없고, OOO의 감자 시점에 수취한 금액에 대해 청구법인 외에 OOO 등 10개 법인들은 배당에 해당하지 않는 것으로 보아 익금불산입 세무조정 없이 전액 익금산입하여 과세표준 및 세액을 신고한 것으로 확인되며, 특히 OOO 내에 설립된 별도 법인이고 부실채권 회수 및 회계처리 등의 업무를 OOO에 전적으로 위임하여 진행하는 실정으로서, OOO이 감자 시점에 지급하는 금액의 성격을 가장 정확하게 인식하고 있는 OOO의 경우, 동 수취금액에 대하여 ‘배당금’ 계정이 아닌 ‘구조조정자산 회수이익’이란 별도계정으로 전액 익금산입한 것으로 확인되고, 쟁점금액의 지급자인 OOO에서도 쟁점금액에 대해 채권금융기관에게서 인도받은 채권의 회수액 중 기 지급액을 초과하는 금액을 감자 시점에 지급하는 것일 뿐 감자의 대가가 아니라고 답변하고 있다.

  (2) 처분청은 청구법인의 경정청구 이후 두차례에 걸쳐 세부명세 및 관련자료 제출을 서면으로 요구하였음에도 경정청구 통지일까지 관련 입증자료를 제출하지 아니하여 ｢조세특례제한법｣ 제10조에 따른 연구 및 인력개발비 세액공제 적용대상인지 여부를 확인하지 못하여 경정청구를 거부한 것이다.

 3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

  ① 청구법인이 OOO으로부터 수취한 쟁점의제배당액에 대하여 수입배당금 익금불산입 규정을 적용할 수 있는지 여부

② 청구법인이 주장하는 연구 및 인력개발비가 세액공제 적용 대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

  (1) 법인세법(2009.5.21. 법률 제9673호로 개정되기 전의 것)

  제16조(배당금 또는 분배금의 의제) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액은 법인으로부터 이익을 배당받았거나 잉여금을 분배받은 금액으로 보고 이 법을 적용한다.

  1. 주식의 소각, 자본의 감소, 사원의 퇴사․탈퇴 또는 출자의 감소로 인하여 주주․사원 또는 출자자(이하 “주주등”이라 한다)가 취득하는 금전과 그 밖의 재산가액의 합계액이 주주등이 해당 주식 또는 출자지분(이하 “주식등”이라 한다)을 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액

  제18조의3(수입배당금액의 익금불산입) ① 내국법인(제1조 제2호의 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 해당 법인이 출자한 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액(제18조의2를 적용받는 수입배당금액은 제외한다) 중 제1호와 제2호에 따라 계산한 금액의 합계액이 제3호에 따라 계산한 금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다.

  1. 내국법인이 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50(주권상장법인의 경우에는 100분의 30)을 초과하여 출자한 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액. 다만, 발행주식 총수 또는 출자총액 전액을 출자한 경우에는 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액 전액에 상당하는 금액을 말한다.

  2. 내국법인이 제1호에서 정한 비율 이하로 출자한 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액에 100분의 30을 곱하여 산출한 금액

  3. 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자가 있는 경우에는 제18조의2 제1항 제3호를 준용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액

  (2) 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인[도박장·무도장·유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

 1. 중소기업 : 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

   가. 해당 과세연도에 발생한 연구·인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액

   나. 해당 과세연도에 발생한 연구·인력개발비에 100분의 25를 곱하여 계산한 금액

  2. 제1호 외의 내국인 : 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액. 다만, 해당 과세연도의 수입금액(「법인세법」 제43조에 따른 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율이 직전 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율보다 높거나 같을 때 또는 해당 과세연도의 연구·인력개발비가 직전연도보다 높거나 같을 때에는 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액과 다목에 해당하는 금액 중에서 선택하는 금액으로 한다.

   가. 해당 과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구·인력개발비(이하 "중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비"라 한다)가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액

   나. 해당 과세연도에 발생한 연구·인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비 외의 연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비 외의 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액

   다. 해당 과세연도에 발생한 연구·인력개발비에 다음 산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다)을 곱하여 계산한 금액

  ② 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 따른 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액의 구분 및 계산 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  ③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

  (3) 상법

  제344조(종류주식) ① 회사는 이익의 배당, 잔여재산의 분배, 주주총회에서의 의결권의 행사, 상환 및 전환 등에 관하여 내용이 다른 종류의 주식(이하 “종류주식”이라 한다)을 발행할 수 있다.

  ② 제1항의 경우에는 정관으로 각 종류주식의 내용과 수를 정하여야 한다.

  ③ 회사가 종류주식을 발행하는 때에는 정관에 다른 정함이 없는 경우에도 주식의 종류에 따라 신주의 인수, 주식의 병합·분할·소각 또는 회사의 합병·분할로 인한 주식의 배정에 관하여 특수하게 정할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

   (가) 처분청은 OOO의 감자시 청구법인이 수취한 금액은 감자의 대가가 아닌 기 감액손실 등으로 손금계상한 부실채권에 대한 추심이익이라 봄이 타당하다면서, OOO과 관련하여 아래와 같은 심리자료를 제시하였다.

    1) OOO은 2004.5.17. OOO, 은행, 보험사, 카드사, 기타 금융기관 등 620개 기관이 참여하는 협약에 따라 설립되었으며, 신용불량자의 신청으로 기존 채무를 장기저리의 분할상환 대출로 대환하여 신용불량 등록을 해지함으로써 개별채무자의 신용회복을 지원하고 금융기관 보유 부실채권의 효율적 정리 업무를 수행하고 있다.

    2) OOO은 금융업을 영위하는 영리내국법인으로 사업자등록되어 있으며, 대환대출로 발생한 채권의 이자를 수입금액으로 신고(채권회수비용이 수입이자를 초과하여 2004년부터 2012년까지 계속 결손신고)하고, 채권원금의 회수액(채권금융기관에 지급한 평가액을 초과하는 금액)은 당해 채권을 출자한 채권금융기관에게 지급하였다.

    3) OOO은 대환대출로 인수한 채권금융기관의 부실채권 중 채권 인수시 지급한 금액(부실채권 평가액)을 제외한 금액을 출자금으로 인식하고, 상환우선주(액면가액 OOO원, 차액은 주식발행초과금으로 인식) 및 후배주를 교부하였고, 8년 한시 운영 예정(이후 3년 연장)으로 설립되어 매년 8분의 1의 주식을 감자 형식으로 소각(후배주는 감자대상 아니며 경제적 가치가 없음)하고 있으며, 각 채권금융기관으로부터 인수한 채권 중 회수한 채권에 대하여는 OOO의 수수료, 제비용, 대환대출시 금융기관에 지급한 금액을 공제한 후의 잉여현금을 감자 시점에 당해 금융기관에 지급하고 있다.

   (나) 청구법인은 쟁점의제배당액이 OOO 주주의 지위에서 수령한 감자대가라고 주장하며, 재정경제부(현 기획재정부)가 2004년 3월 발행한 팜플렛 및 보도 참고자료, 2004.8.13. 작성한 ‘제6차 경제민생점검회의 토의안건 - 서민․중산층 대책 추진현황과 향후 정책방향’, OOO의 정관 및 2008년 우선주 감자 관련 이사회 회의록․주주총회 의사록 사본 등을 제출하였으며, 그 내용은 다음과 같다.

    1) 재정경제부가 2004년 4월 발행한 팜플렛은 ‘신용불량자 문제, 이렇게 해결해 나가겠습니다’라는 제목 하에 ‘2. 이미 발생한 신용불량자에 대하여는 다양한 신용회복의 기회를 마련하겠습니다. ▸ 현재 금융권에서는 신용불량자를 대상으로 장기 분할상환을 전문적으로 취급하는 OOO의 설립을 추진중입니다. • 각 금융기관은 OOO와 협약을 체결하여 개별채무자를 확정한 후, 개별채무자에게 안내통지를 할 예정 ※ 금융기관간 논의를 거쳐 구체적인 대상자 선정 기준을 정할 예정(예 : 일정기간 이상 연체자 중 OOO원 미만의 다중 신용불량자)’라고 기재되어 있고, 신용불량자 현황 및 대응방향 보도 참고자료에는 일정기간(예 : 3개월, 6개월) 연체, OOO원 미만의 다중 신용불량자를 대상으로 장기분할상환을 전문 취급하는 OOO 설립을 추진하는 것으로 기재되어 있다.

    2) 재정경제부가 2004.8.13. 작성한 ‘제6차 경제민생점검회의 토의안건 - 서민․중산층 대책 추진현황과 향후 정책방향’에는 ‘2004.3.10. 발표한 신용불량자 종합대책을 차질없이 추진, OOO는 2004.5.20. 620개 금융기관 공동으로 출범 이후 8.11. 현재 11.3만명 신청(9.1만명 선납금 납부)’이라고 기재되어 있다.

    3) 협약 제7조(기존 대출채권의 원금상환) 제1항은 ‘채권금융기관이 회사로부터 제6조 제5항 단서 및 동조 제6항에 의하여 기존 대출채권을 상환받은 경우에는 채권금융기관의 개별채무자에 대한 기존 대출채권의 원금채권은 확정적으로 상환되는 것으로 한다’고 규정하고 있고, 제11조 제3항은 ‘회사가 각 채권금융기관에게 발행하는 우선주는 이익배당 및 잔여재산분배에 관하여 보통주 및 후배주보다 우선권을 가지고, 의결권부, 비누적적, 비참가적 우선주로 하되 각 채권금융기관별로 서로 다른 종류의 우선주를 발행하기로 한다’로 규정하고 있으며, 제13조(자본감소 및 배당에 관한 사항) 제1항은 ‘채권금융기관은 회사와 채무자간에 대부약정 체결시 회사로부터 별지 현금지급율 Table에 따라 다음 각 호에 기재된 방식으로 현금을 지급받으며, 채무자의 대부채권 상환실적에 따라 본 조에서 정한 바에 의하여 추가수익을 배분받을 권리를 가진다’로 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 ‘회사는 주주총회의 특별결의 및 우선주, 보통주, 후배주주별로 각 종류 주주 총회의 특별결의로써 자본감소를 결의할 수 있다’고 규정하고 있으며, 같은 조 제3항은 ‘우선주주에 대한 자본감소는 합작투자자에 대한 회사의 총 차입금 상환이 종료된 시기부터 시작하여 전체 채무자에 대한 회수액의 총 합계액에서 회사가 지급하는 수수료 등 제비용의 총 누계액, 합작투자자에 대한 회사의 차입금 총 상환금액 및 유상소각시 지급된 총 금액을 차감한 금원을 재원으로 하여 다음 각 호에 의해 계산한 방법에 따라 임의유상 소각하기로 한다’고 규정하고 있다.

    4) OOO의 정관 제43조(자본 감소) 제1항은 ‘회사는 주주총회의 특별결의 및 우선주, 보통주, 후배주주별로 각 종류주주 총회의 특별결의로써 자본감소를 결의할 수 있다’고 규정하고 있고, 같은 조 제3항은 ‘본조에 따른 자본감소를 위한 주주총회 및 주식소각에 관한 사항은 상법이 정한 바에 따른다’고 규정하고 있다.

    5) OOO의 2008년 우선주 감자관련 이사회 회의록에는 2008.2.27. ‘의안3 : 제2008-1차 유상감자 실시의 건 가결’ 및 2008.9.2. ‘의안2 : 제2008-2차 유상감자 및 배당실시의 건 가결’의 건이 상정된 것으로 기재되어 있고, 주주총회 의사록에는 2008.3.27. ‘제4기 정기 주주총회 2호 안건 : 제2008-1차 유상감자 실시의 건’ 및 2008.9.25. ‘제2회 임시 주주총회 1호 안건 : 제2008-2차 유상감자 및 배당 실시의 건’이 원안통과된 것으로 기재되어 있다.

   (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 출자한 채권금액에 대하여 동일한 비율로 우선주를 발행하였음에도 채권금융기관별 1주당 지급액이 다르고, 「상법」상 각 주주가 출자한 재원에 따라 상이한 배당률을 적용하는 우선주의 발행이 가능하다는 규정이 없으며, 쟁점의제배당액에 대하여 수입배당금 익금불산입 규정을 적용할 경우 동일한 재원에 대하여 이중 손금계상을 허용하여 결과적으로 조세회피를 초래할 수 있는 점 등을 감안할 때 쟁점의제배당액은 배당으로 볼 수 없고 그 실질이 채권 추심이익에 해당하므로 그 실질내용에 따라 과세한 처분이 정당하다는 의견이나, OOO이 채권회수에 있다기 보다는 신용불량 해제를 통한 개별채무자의 신용회복을 지원하고 금융기관 보유 부실채권의 효율적 정리라는 정책 목표달성에 있고 청구법인이 이러한 국가정책 목표달성을 위해 OOO 프로그램에 참여한 점, 협약 제7조 제1항에서 채권금융기관이 기존 대출채권을 상환받은 경우에는 채권금융기관의 개별채무자에 대한 기존 대출채권의 원금채권은 확정적으로 상환되는 것으로 한다고 규정되어 있고, 협약에 따라 청구법인은 개별채무자로부터 기존 대출금을 상환받고 OOO에 채권을 양도한 이상, 청구법인 입장에서는 채권자로서의 지위를 상실하였다고 볼 수 있는 점, OOO은 대환대출로 인수한 채권금융기관의 부실채권 중 채권 인수시 지급한 금액(부실채권 평가액)을 제외한 금액을 출자금으로 인식하여 우선주 등을 청구법인에게 교부하였고, 이 때「상법」에 따라 각 채권금융기관별로 내용이 서로 다른 종류의 우선주를 발행한 것이며, 쟁점의제배당액은 「상법」 및 협약 제13조에 따라 우선주 감자절차를 준수하여 적법하게 이루어진 유상감자의 대가인 점, 「상법」제344조 제1항에서 회사는 이익의 배당, 잔여재산의 분배, 주주총회에서의 의결권의 행사, 상환 및 전환 등에 관하여 내용이 다른 종류의 주식을 발행할 수 있다고 규정하고 있고, 협약 제11조 제3항에서 OOO은 각 채권금융기관별로 서로 다른 종류의 우선주를 발행하는 것으로 규정하고 있으며, OOO이 인수한 부실채권금액이 각 채권금융기관별로 상이하므로 1주당 지급액이 다를 수 있는 점, 이 건 거래의 실질을 채권의 현물출자로 보는 경우 채권의 소유권을 가진 OOO이 청구법인을 대위하여 채권을 회수하고 그 금액을 청구법인에게 반환한 것으로 보는 것은 논리적으로 무리가 있어 보이는 점, 청구법인은 개별채무자의 기존 채권을 상환받는 시점에서 대손충당금을 환입하여 익금산입하였고, 우선주와 후배주는 별개의 것으로서 후배주의 처분손실인식과 우선주 배당의 익금불산입을 이중 손금계상이라고 보기 어려운 점, 명문의 규정없이 이중과세의 문제가 없다 하여 수입배당금 익금불산입을 배제하는 것은 조세법률주의에 반하는 점 등에 비추어 청구법인이 감자의 대가로서 쟁점금액을 수취한 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이다(조심 2014서2727, 2015.3.19. 조세심판관 합동회의, 같은 뜻임).

   따라서, 청구법인이 2009사업연도 중 OOO으로부터 지급받은 쟁점의제배당액에 대해 ｢법인세법｣ 제18조의3 제1항에 따른 수입배당금 익금불산입 규정을 적용해 달라는 취지로 제기한 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이라고 판단된다.

  (2) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

   (가) 청구법인이 경정청구시 제시한 2009사업연도 연구 및 인력개발비 세액공제 산정내역은 다음과 같다.

   (나) 청구법인은 2005사업연도의 연구 및 인력개발시 세액공제 대상금액 관련 행정소송을 진행하던 중 서울고등법원으로부터 2014.11.28. 청구법인과 처분청OOO이 조정권고안을 제시받아 이를 수용함에 따라 처분청이 2015.1.15. 감액경정을 한 결과로 인해 청구법인이 2009사업연도 연구 및 인력개발비 세액공제 적용 대상금액을 다음과 같이 재산정하였고, 그 사유는 서울고등법원의 2014. 11.28. 조정권고안에 따라 위탁연구개발비 중 재위탁 여부 및 재수탁업체의 전담부서 보유 여부와 관계 없이 연구개발비 세액공제 대상에 포함한 것으로 보인다.

   (다) 청구법인은 2009사업연도 위탁연구개발비 발생액 중 전담부서를 보유한 수탁업체에 대한 발생액 OOO원, 전담부서를 보유한 재수탁업체에 대한 발생액 OOO원이 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이라 주장하며, 업체명, 발생액, 발주 용역명, 전담부서 보유기간 명세를 제시하였다.

   (라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2005사업연도의 연구 및 인력개발비 세액공제 대상금액에 대하여 불복소송이 진행 중이어서 2009사업연도의 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하지 아니한 채 법인세를 신고․납부하였는바, 청구법인이 ｢조세특례제한법｣ 제10조에 따른 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이라며 2009사업연도의 위탁연구비 발생액 내역을 제시하여 처분청이 2015.1.15. 청구법인에게 2005사업연도의 연구 및 인력개발비 세액공제 대상금액을 추가로 인정하여 감액경정을 하자 2009사업연도의 위탁연구비 발생액 내역을 재산정하여 제시한 증빙자료만으로는 연구 및 인력개발비 세액공제 대상금액을 확정하기가 어려우므로 처분청이 ｢조세특례제한법｣ 제10조에 따른 연구․인력개발비에 대한 세액공제 대상금액을 재조사하여 그 결과에 따라 그 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

 4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.