주 문

OOO세무서장이 2013.11.14. 청구인에게 <붙임1>과 같이 한 부가가치세 합계 OOO원 및 종합소득세 합계 OOO원의 각 부과처분은,

1. 「국세기본법」제47조의3 제1항의 일반과소신고가산세를 적용하고, 2010년․2011년도의 종합소득세는 각 과세기간별 증액된 종합소득세액을 한도로 하여 그 세액을 경정하며, 2011년도의 이월결손금은 2012년도에 이월공제하여 2012년 종합소득세 고지세액을 한도로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고,

2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 의류도매업체 밀집지역인 OOO 일대에서 2001.4.20. OOO(이하 “쟁점사업장”이라 한다), 2011.7.8. OOO, 2012.9.1. OOO의 상호로 각 개업하여 여성의류 도매업을 영위하는 개인사업자이다.

나. OOO국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2013.8.20.부터 2013.10.20.까지 청구인에 대한 개인제세 통합조사를 실시하여, 2010년 제1기～2012년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 쟁점사업장 등 3개 사업장에 대한 판매시점정보관리시스템(POS)상의 수입금액 전산자료(이하 “포스매출액”이라 한다)를 확보하여, 포스매출액과 청구인이 신고한 부가가치세 과세표준의 차액(이하 “쟁점매출누락금액”이라 한다)을 매출누락금액으로 확정하여 처분청에 과세자료〔쟁점사업장의 2010년 제1기 및 2011년 제2기(이하 “쟁점과세기간”이라 한다) 부가가치세 과세표준은 각 OOO원(이하 “쟁점수입금액”이라 한다)이 포스매출액 보다 더 많이 신고되어 있음〕를 통보하였다.

다. 처분청은 이에 따라 2013.11.14. 청구인에게 <붙임1>과 같이 부가가치세 합계 OOO을, 종합소득세 합계 OOO을 각 경정․고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2014.2.6. 이의신청을 거쳐 2014.6.24. 심판청구를 제기하였다(이의신청 결정에 따라 처분청은 종합소득세 OOO원임).

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 포스매출액을 근거로 수입금액누락 확정한 금액은 의류구매자가 인적사항을 제시하지 않는 등 사업자인지 소비자인지 구분이 불가능한 경우가 많아 일반적으로 소비자거래로 보아야 함에도 별도의 확인절차 없이 쟁점매출누락금액을 도매업 수입금액으로 보아 세금계산서미발급가산세를 부과한 처분은 실질과세 원칙에 위반된다.

(2) 포스(POS) 도입목적이 직원들의 횡령방지 목적 등 내부통제를 위한 내부자료로 포스(POS)시스템은 장부도 아니고 사업장에서 상시 입력관리가 되고 있어 소득을 고의로 은폐하거나 조작한 것으로 볼 수 없는 등 부정한 적극적인 행위가 수반되지 아니하였는바 부가가치세 및 종합소득세 과세시 적용한 부정과소신고가산세는 이를 일반과소신고가산세를 적용하여야 한다.

 (3) 이의신청 결정에 따른 쟁점사업장의 2010년 수입금액 OOO원 및 2011년 수입금액 OOO원의 감액경정은 당초 과세처분시 증가된 쟁점사업장의 2010년 소득금액(과세표준) OOO원만을 한도로 감액할 것이 아니라, 쟁점수입금액 만큼 2010년 및 2011년의 소득금액(과세표준)을 감액하여야 하는 것이나, 이 건 과세처분시 고지된 세액을 초과하여 취소세액이 계산되므로 증가된 세액을 한도로 취소하여야 하는 것인바, 고지된 세액 중 남아있는 종합소득세 2010년 귀속분 OOO원을 취소하여야 하고, 쟁점수입금액 중 2011년 수입금액 OOO원이 감액되면 청구인의 2011년 전체 총수입금액은 OOO원, 전체 필요경비는 OOO원이 되어 결손금 OOO원이 발생하므로 동 결손금을 2012년 귀속 종합소득세 과세표준 계산시 이월·차감하여 2012년 귀속 종합소득세도 이 건 과세처분시 증가된 고지세액의 범위내에서 동 이월결손금 OOO원에 해당하는 종합소득세 OOO원을 감액경정하여야 한다.

나. 처분청 의견

 (1) 쟁점사업장은 사업자등록상 소매업 등록을 한 사실이 없고, 쟁점사업장은 야간에 개장되는 도매전문 상가로 일반소비자에 대한 단발거래 발생가능성이 거의 없으며, 청구인도 쟁점사업장 개업 이래 소매 매출분으로 과세표준을 신고한 사실이 없고, 또한 포스(POS)자료를 보면 모든 매출처란에 상호가 기재되어 있고 매출처별 반품액, 할인액, 결제구분(현금·통장·외상) 관리가 지속적으로 이뤄지고 있고 과세기간별 거래금액 규모로 보아 일반소비자를 상대로 한 단품·단발거래가 발생한 것으로 볼 수 있는 여지가 없으므로 쟁점매출누락금액에 대하여 소매 매출로 보아야 하므로 세금계산서미발급가산세 적용 대상이다.

 (2) 포스(POS)데이타의 경우 다양한 조건검색 기능으로 판매현황(판매처, 판매금액, 반품금액, 할인금액, 현금거래, 통장거래, 외상거래 등)의 확인이 즉시 가능함에도 해당 자료를 세무대리인에게 제공하지 않아 세무대리인이 사실과 달리 신고용 장부를 기장하도록 하였고, 당해 행위가 수년간에 걸쳐 반복적으로 이루어져 부정과소신고가산세 적용대상이다.

 (3) 청구인의 이의신청에 대하여 쟁점과세기간의 부가가치세 감액청구는 경정청구 대상임을 사유로 각하 결정하였고, 종합소득세 감액청구는 ‘종합소득세의 총수입금액을 청구인이 관리하는 포스매출액으로 하되 부과처분으로 인하여 증액된 세액의 범위 내에서 그 과세표준과 세액을 경정하라’고 결정하여, 종합소득세를 경정함에 있어 쟁점사업장의 총수입금액을 포스매출액의 합계로 하고 소득금액은 ‘증액된 세액의 범위내’인 당초 신고 소득금액으로 하여 과세표준과 세액을 경정한 것이다.

  (가) 이의신청 결정문에서 ‘증액된 세액의 범위내’란 개별사업장인 쟁점사업장의 당초 신고소득 범위내를 말하는 것이지, 청구인의 주장과 같이 쟁점과세기간에 과다신고되었음을 주장하고 있는 수입금액 전부를 경정소득금액에서 차감하여 다른 사업장의 발생소득과 통산하여 적용하라는 취지는 아닌 것이다.

  (나) 쟁점수입금액OOO에 대하여 매출처별세금계산서 과다발행 근거자료를 제시하지 못하였고, 또한 청구주장을 인정할 경우 쟁점과세기간이 포함된 귀속연도에는 원가추인 비용이 매출누락금액을 초과하는 등 수익․비용이 적절한 대응이 이루어지지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 쟁점매출누락금액이 세금계산서미발급가산세 적용대상인지 여부

 ② 쟁점매출누락금액이 부정과소신고가산세 적용대상인지 여부

 ③ 이의신청 결정 내용대로 처분청이 종합소득세를 경정한 것으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령

 (1) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것) 제16조【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항

⑥ 세금계산서를 발급하기 어렵거나 불필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 제1항 및 제2항을 적용하지 아니할 수 있다.

  제22조【가산세】③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액(제2호의 경우에는 그 세금계산서등에 적힌 금액을 말한다)에 대하여 100분의 2에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간(대통령령으로 정하는 경우에는 그 과세기간 말의 다음 달 10일)까지 제16조에 따른 세금계산서를 발급하지 아니한 경우

 (2) 국세기본법 제22조의2【경정 등의 효력】① 세법에 따라 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정(更正)은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다.

② 세법에 따라 당초 확정된 세액을 감소시키는 경정은 그 경정으로 감소되는 세액 외의 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다.

  제47조의3【과소신고·초과환급신고가산세】① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 및 「농어촌특별세법」 에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 과세표준 또는 납부세액을 신고하여야 할 금액보다 적게 신고(이하 이 조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 호에 따른 금액을 가산세로 한다.

1. 부정행위로 소득세, 법인세, 상속세·증여세, 증권거래세 및 종합부동산세(이하 이 항에서 "소득세등"이라 한다)의 과세표준의 전부 또는 일부를 과소신고한 경우 : 다음 각 목의 금액을 합한 금액

 가. 부정행위로 인한 과소신고분 과세표준(이하 "부정과소신고과세표준"이라 한다)이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 40에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "부정과소신고가산세액"이라 한다). 다만, 부정행위로 과소신고(「소득세법」 제70조 및 제124조 또는 「법인세법」제60조, 제76조의17 및 제97조에 따른 신고만 해당한다)한 자가 복식부기의무자 또는 법인인 경우에는 부정과소신고가산세액과 부정과소신고과세표준 관련 수입금액(이하 "부정과소신고수입금액"이라 한다)에 1만분의 14를 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액으로 한다.

2. 부정행위로 부가가치세, 개별소비세, 교통․에너비․환경세 및 주세의 납부세액을 과소신고하거나 환급세액을 초과신고한 경우 : 다음 각 목의 금액을 합한 금액

 가. 부정행위로 인한 과소신고분 납부세액(이하 “부정과소신고납부세액”이라 한다)과 부정행위로 인한 초과신고분 환급세액(이하 “부정초과신고환급세액”이라 한다)을 합한 금액의 100분의 40에 상당하는 금액

 나. 과소신고분 납부세액에서 부정과소신고납부세액을 뺀 금액과 초과신고분 환급세액에서 부정초과신고환급세액을 뺀 금액을 합한 금액(이하 “일반과소신고납부세액등”이라 한다)의 100분의 10에 상당하는 금액

 (3) 국세기본법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24366호로 개정되기 전의 것) 제12조의2【부정행위의 유형 등】① 법 제26조의2 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위”란 「조세범처벌법」제3조 제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다.

 (4) 조세범처벌법(2013.1.1. 법률 제11613호로 개정되기 전의 것) 제3조【조세 포탈 등】① 사기나 그 밖의 부정한 행위로써 조세를 포탈하거나 조세의 환급․공제를 받은 자는 2년 이하의 징역 또는 포탈세액, 환급․공제받은 세액(이하 “포탈세액등”이라 한다)의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.

⑥ 제1항에서 “사기나 그 밖의 부정한 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.

1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장

2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취

3. 장부와 기록의 파기

4. 재산의 은닉, 소득․수익․행위․거래의 조작 또는 은폐

5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작

6. 「조세특례제한법」제24조 제1항 제4호에 따른 전사적 기업자원관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작

7. 그 밖에 위계에 의한 행위 또는 부정한 행위

 (5) 소득세법 제45조【결손금 및 이월결손금의 공제】① 사업자가 비치ㆍ기록한 장부에 의하여 해당 과세기간의 사업소득금액을 계산할 때 발생한 결손금은 그 과세기간의 종합소득과세표준을 계산할 때 근로소득금액ㆍ연금소득금액ㆍ기타소득금액ㆍ이자소득금액ㆍ배당소득금액에서 순서대로 공제한다.

③ 부동산임대업에서 발생한 결손금과 제1항에 따라 공제하고 남은 결손금(이하 "이월결손금"이라 한다)은 해당 이월결손금이 발생한 과세기간의 종료일부터 10년 이내에 끝나는 과세기간의 소득금액을 계산할 때 먼저 발생한 과세기간의 이월결손금부터 순서대로 다음 각 호의 구분에 따라 공제한다. 다만, 「국세기본법」제26조의2에 따른 국세부과의 제척기간이 지난 후에 그 제척기간 이전 과세기간의 이월결손금이 확인된 경우 그 이월결손금은 공제하지 아니한다.

1. 제1항에 따라 공제하고 남은 이월결손금은 사업소득금액, 근로소득금액, 연금소득금액, 기타소득금액, 이자소득금액 및 배당소득금액에서 순서대로 공제한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인은 OOO 소재에서 쟁점사업장(OOO) 등 OOO 내에 3개의 사업장을 두고 의류 판매업을 하는 사업자로, 포스시스템에 의하여 각 사업장의 의류 판매내역(일자, 품명, 수량, 금액, 판매처 등)을 관리하면서 판매처는 구매자의 상호를 약칭으로 등록․관리하였고, 조사청은 청구인에 대한 통합조사를 실시하여 2010년 제1기∼2012년 제2기 과세기간 중 신고매출액이 포스매출액보다 많은 쟁점과세기간은 신고매출액을, 신고매출액이 포스매출액보다 적은 과소신고 과세기간은 포스매출액을 각 사업장의 매출액으로 보아 매출누락 금액에 대해 세금계산서미교부가산세와 과소신고분 과세표준에 대한 부정과소신고가산세 등을 적용하여 아래 <표1>～<표4>와 같이 부가가치세 및 종합소득세를 경정고지 하였다.

OOO

 (2) 청구인의 이의신청에 대하여 재결청은 ① 부가가치세 과세표준 경정감에 대한 이의신청에 대하여는 심의일(2014.3.26.) 현재 경정청구 기각 등 행정처분이 없어 불복청구의 요건 불충족으로 각하 결정하였고, 종합소득세 수입금액 경정감에 대한 이의신청에 대하여는 청구주장을 인용하여 ‘쟁점과세기간의 포스매출액대로 수입금액을 감액·경정함이 타당하므로 경정·고지된 종합소득세액을 한도로 취소하라’는 결정을 하였는바, 청구인은 쟁점과세기간의 부가가치세에 대하여 경정청구 및 국민권익위원회에 고충을 제기하였는바, 그 결과는 다음과 같다.

  (가) 청구인은 쟁점과세기간 중 2011년 제2기의 과세표준에 대하여 실지 매출액은 신고매출액이 아닌 포스매출액이므로 부가가치세 과세표준 OOO원을 감액해줄 것을 경정청구하였고, 처분청은 경정청구 기각 처분에 대한 청구인의 이의신청에 대하여 재결청의 과세표준 OOO원을 감액하는 결정으로 세금계산서불성실가산세 OOO원을 차감 후 부가가치세 OOO원을 직권시정·환급하였다.

  (나) 청구인은 쟁점과세기간 중 2010년 제1기 과세표준 OOO원의 감액과 관련하여 경정청구기간이 도과되어 국민권익위원회에 고충청구를 제기하였고, 국민권익위원회는 처분청에게 감액결정할 것을 권고하여 처분청은 2010년 제1기 과세표준도 실지매출액은 신고매출액이 아닌 포스매출액으로 인정하여 과세표준 OOO원을 감액하여 세금계산서불성실가산세 OOO원을 차감 후 부가가치세 OOO원을 직권시정·환급하였다.

 (3) 쟁점사업장 등 사업장별 수입금액 누락액 및 과소신고 소득금액에 대한 사업장별 종합소득세 경정내역은 <표5>와 같고, 이의신청 결정에 따른 처분청의 각 사업장별 재경정 내역은 <표6>과 같다.

OOO

  (가) 이의신청 결정에 따른 처분청의 2010년 귀속 종합소득세 재경정결의서에 기재된 내용은 아래와 같다.

    1) 증감액란의 수입금액 총계는 OOO원’으로, 경정사유란은 ‘이의신청 결정에 따른 감액경정’으로, 조사내용 및 산출근거란은 ‘OOO사업장의 포스매출데이타에 의거 수입금액경정감하고 당초 부과처분으로 인한 세액 범위내에서 과세표준 경정’으로 기재되어 있다.

    2) 가산세 내역 중 부외매입원가 추인에 따른 증빙불비가산세란은 증빙불비 미수취금액OOO원, 당초 가산세결정액 OOO원, 재결정액 OOO원으로 기재되어 있다.

  (나) 2011년 귀속 종합소득세 재경정결의서에 기재된 내용은 아래와 같다.

    1) 증감액란의 수입금액 총계는 OOO’으로, 경정사유란은 ‘이의신청 결정에 따른 감액경정’으로, 조사내용 및 산출근거란은 ‘OOO사업장의 포스매출데이타에 의거 수입금액 경정감하고 당초 부과처분으로 인한 세액 범위내에서 과세표준 경정’으로 기재되어 있다.

    2) 가산세 내역 중 부외매입원가 추인에 따른 증빙불비가산세란은 증빙불비 미수취금액 OOO원으로 기재되어 있다.

 (4) 청구인은 재결청의 이의신청 결정서의 주문대로 처분청이 종합소득세를 경정하지 아니하여 부당하다는 주장으로 쟁점③에 대한 청구인의 주장내용은 다음과 같다.

  (가) 쟁점매출누락금액과 이 건 과세처분시 결정한 매입원가는 관련이 없을 뿐만 아니라 결정된 부외매입원가의 변경이 없으므로 각 쟁점매출누락금액만큼 청구인의 수입금액 및 과세표준을 감액하여 아래 <표7>과 같이 과세표준을 계산하여야 한다.

OOO

  (나) 청구인의 2011년 수입금액 OOO원이 감액되면 청구인의 사업소득 관련 전체 총수입금액은 OOO원, 전체 필요경비는 OOO원으로 결손금 OOO원이 발생하므로 2012년으로 이월되어 2012년 종합소득세 과세표준 계산시 당초 부과처분시 증가한 소득금액 또는 세액의 범위내에서 차감하여 종합소득세를 재계산하여야 하는바, 이는 「국세기본법」제22조의2 제1항은 “세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다”고 규정하고 있고, 동 규정의 문언내용 및 그 주된 입법취지가 증액경정처분이 있더라도 불복기간의 경과 등으로 확정된 당초 신고나 결정에서의 세액에 대한 불복을 제한하려는 데 있는 점을 고려하면, 확정된 당초 신고나 결정에서의 세액에 관하여는 취소를 구할 수 없고 증액경정처분에 의하여 증액된 세액의 한도내에서만 취소를 구할 수 있다는 대법원 판례(대법원 2011.4.14. 선고 2010두9808 판결, 같은 뜻임)의 취지에도 부합한다.

  (다) 2011년도 이월결손금을 반영한 2012년 종합소득세액을 계산하면 아래 <표8> 및 <표9>와 같다.

OOO

 (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

  청구인은 쟁점매출누락금액에 대하여 이를 도매 매출로 보아 세금계산서미발급가산세를 적용하여 부가가치세를 과세한 처분이 부당하다고 주장하나, 쟁점사업장을 포함한 청구인이 운영한 의류매장은 야간 및 새벽시간에 개장되는 도매전문 상가이고, 포스매출액 자료를 보면 모든 매출처란에 상호가 기재되어 있고 매출처별 반품액, 할인액, 결제구분(현금·통장·외상) 등의 관리가 지속적으로 이뤄지고 있는 점, 청구인이 부가가치세 과세표준을 신고함에 있어 소매분 매출로 신고한 사실이 없는 점 등에 비추어 쟁점매출누락금액은 일반소비자에 대한 소매분 매출이 아닌 사업자에 대한 도매분 매출로 보이므로 처분청이 쟁점매출누락금액에 대해 세금계산서미발급가산세를 적용하여 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

 (6) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

 「국세기본법」제47조의3 및 같은 법 시행령 제12조의2에서 부정과소신고가산세를 일반과소신고가산세와 달리 이중장부의 작성 등 허위기장이나 허위증빙 등의 작성 및 수취, 장부와 기록의 파기, 재산 은닉이나 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작, 사기 그 밖에 부정한 행위 등 적극적인 방법에 의한 악의적인 신고의무위반에 대하여 가산세를 중과하도록 규정하고 있는바, 쟁점매출누락금액의 경우 청구인이 이중장부, 장부․기록의 파기, 거짓 증명․문서, 소득 등의 조작 또는 은폐, 포스시스템의 전산조작, 사기 등의 부정한 행위 등의 적극적인 행위를 하였다기보다는 단순 매출누락으로 보이므로 쟁점매출누락금액의 신고누락에 대하여는 부정과소신고가산세가 아닌 일반과소신고가산세를 적용하여 과세하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

 (7) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다.

  당초 확정된 세액을 증가시키는 경정에 대하여 「국세기본법」에 따라 불복을 하는 경우, 당초 확정된 세액과 경정된 세액의 모든 과세요건의 사유를 대상으로 다툴 수 있는 것이고, 「국세기본법」제22조의2 제1항이 “당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한”이라 하여 경정의 효력이 미치는 범위를 세액을 기준으로 규정하고 있다. 즉, 증액경정이 있는 경우에도 당초에 확정된 세액에 그 경정의 효력이 미치지 못하도록 국한하고 있으므로, 불복청구를 함에 있어서도 당초의 확정된 세액을 초과하는 범위의 세액만이 다툼의 대상이 된다고 하여야 함이 세액을 기준으로 경정의 효력을 정한 위 규정에 비추어 보아 그 타당성이 인정된다 할 것이고, 그러하다면 불복청구의 이유로서는 당초 확정행위의 흠결을 포함한 모든 과세요건사실의 흠결을 그 대상으로 하지만 청구세액은 당초의 확정된 세액을 초과하는 부분만이 그 대상이 되어야 할 것(조심 2010서495, 2010.4.6., 같은 뜻임)인 바, 쟁점사업장의 쟁점과세기간은 처분청 조사시 타 사업장 및 과세기간과 달리 포스매출액보다 신고매출액이 더 많은 경우에 해당하는 것으로 조사되었고, 종합소득세는 거주자를 기준으로 해당 과세기간의 모든 사업장을 대상으로 수입금액 및 소득금액을 합산하는 것인 점, 증액경정처분의 원인 이외의 사유로 당해 증액경정처분에 대한 불복청구는 인정되는 점, 각 과세기간을 기준으로 당초 종합소득세 고지세액의 범위를 한도로 하여 취소 가능한 세액을 산정하는 것인 점 등에 비추어 2010년 및 2011년의 경우 처분청이 쟁점사업장의 증액된 소득금액을 기준으로 과세표준 및 세액을 경정감한 처분은 부당한 것으로 판단된다.

  한편, 2011년의 경우 처분청이 쟁점사업장의 소득금액을 한도로 종합소득세를 감액경정하였으나, 총수입금액 및 종합소득금액에서 감액될 금액은 OOO원이므로 동 금액을 반영한 2011년 종합소득금액은 OOO원인바, 2012년의 종합소득세를 산정함에 있어서는 쟁점사업장 이외의 매출누락분이 있어 고지세액이 있는 이 건의 경우 2011년에 공제되지 아니한 이월결손금을 2012년도에 이월공제하여 감액경정하여야 한다는 청구주장은 타당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.