주 문

  OOO장이 2016.6.13. 청구인에게 한 2012년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 OOO 외 1필지 토지 중 2,027.11㎡ 지상에 추진중인 대형판매시설 신축개발사업과 관련한 사업권의 양도소득금액 계산시 컨설팅비용 OOO원을 필요경비에 산입하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO 외 1필지 토지 중 2,027.11㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO 주식회사(이하 “매수인”이라 한다)에 매각한 후 2011.11.22. OOO의 조정OOO에 따라 쟁점토지상에 추진중인 대형마트 신축 개발사업과 관련한 (승계)사업권(이하 “쟁점사업권”이라 한다)을 매수인에게 OOO원에 양도하고, 2012.5.31. 쟁점사업권의 양도소득에 대하여 「소득세법」제21조 제1항 7호에 따른 영업권의 양도로 보아 기타소득으로 종합소득세를 신고․납부하였다.

나. 처분청은 2013.5.31. 쟁점사업권의 양도소득을 「소득세법」제94조 제1항에 따른 사업용 고정자산과 함께 양도하는 영업권에 해당되는 것으로 보아 쟁점토지의 양도소득과 합산하여 2011년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였고, 청구인은 이에 불복하여 심판청구를 거쳐 현재 행정소송을 진행 중이다.

다. 한편, 처분청은 위 소송 진행 중 쟁점사업권의 양도시기를 최종 잔금청산일이 속하는 2012년으로 보아 당초 고지한 2011년 귀속 양도소득세를 결정취소(OOO원 환급결정)하고 2015.12.23. 청구인에게 2012년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정하였으며, 2016.4.19. 2012년 귀속 양도소득세 OOO원(OOO원은 기납부세액으로 차감)을 재경정 결정하고 청구인에게 과세예고통지를 하였다.

라. 청구인은 2015.12.23. 결정한 2012년 귀속 양도소득세 OOO원에 불복하여 2016.3.21. 심판청구를 제기하였고, 심판청구 계류중인 2016.6.13. 위 재경정한 2012년 귀속 양도소득세 OOO원에 대한 납세고지서를 수령하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

< 주위적 청구 >

 청구인이 양도한 쟁점사업권은 토지매매와는 별개로 당사자 간의 새로운 계약에 따라 사업권의 취득 및 양도행위가 이루어진 것으로 양도소득이 아닌 「소득세법」제21조 제1항 제7호에 따른 기타소득에 해당한다.

 (1) 쟁점사업권은 부동산을 취득할 수 있는 권리에 해당되지 않는다.

  「소득세법」에서 양도소득세의 대상이 되는 양도란 ‘자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것’을 말하고, 「소득세법」제94조 제1항 제2호 가목에서 규정한 “부동산을 취득할 수 있는 권리”는 부동산 자체의 취득을 주목적으로 하는 권리로서 부동산의 취득을 권리의 직접 대상으로 하거나, 그렇지 않다 하더라도 적어도 그 권리를 취득하는 사실상의 주된 목적이 부동산 자체의 취득에 있어 향후 추가적인 요건을 구비하거나 일정한 절차를 거친다면 그 부동산을 취득할 수 있게 되는 권리를 의미한다고 할 것인바, 「소득세법」상 양도소득세의 대상인 “부동산을 취득할 수 있는 권리”란 부동산 취득을 직접 대상으로 하는 권리이거나, 종국적으로 부동산 취득을 목적으로 하는 권리를 말한다. 따라서, 쟁점사업권은 쟁점토지와는 별개의 권리로서 쟁점토지 지상에 대형마트를 건축하는 내용의 사업을 추진할 수 있는 권리이지, 쟁점토지의 취득을 대상으로 하거나 쟁점토지의 취득을 목적으로 하는 권리가 아니므로 부동산을 취득할 수 있는 권리에 해당되지 않는다.

 (2) 쟁점사업권은 사업용고정자산과 함께 양도하는 영업권에 해당되지 않는다.

  (가) 사업용고정자산이란 「조세특례제한법 시행령」제28조 제2항에서 당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산(1981년 1월 1일 이후에 취득한 부동산으로서 기획재정부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산의 판정기준에 해당되는 자산을 제외한다)을 말한다고 규정하고 있는바, 쟁점토지 및 쟁점사업권의 거래와 관련하여 청구인에게 개인사업 등의 영위와 관련하여 사업용고정자산이 존재하지 않고, 쟁점토지에서 부동산임대업이나 별도의 사업을 위하여 고정자산으로 사용된 자산이 없다. 따라서 처분청이 판단하고 있는 「소득세법」제94조 제1항 제4호 가목에 따른 영업권과 함께 양도된 사업용고정자산이 없다.

  (나) 쟁점토지와 쟁점사업권의 양도는 별도의 거래이고, 거래시기 또한 다르다.

　 1) 청구인과 매수인은 2009.4.7. 매수인이 2009.5.31.까지 잔대금을 지급하지 못하거나 부동산처분신탁등기 이후 1년 이내에 토지거래허가를 얻지 못하는 경우 청구인이 매수인으로부터 받은 매매대금을 반환하고 타인소유 부동산에 대해 매수인이 계약상의 지위를 승계할 수 있도록 약정하였고, OOO의 조정에서는 청구인이 매수인에게 이 사건 개발사업 대상 부동산에 대한 개발사업(승계) 사업권을 양도하기로 조정이 성립되었는바, "계약을 승계" 또는 "개발사업(승계) 사업권의 양도"로 표현되어 있어서 그 합의와 조정내용의 이해에 다소간 혼란이 있으나, 청구인과 매수인간의 그 동안 거래 및 이에 따른 여러 차례에 걸친 합의의 내용과 조정조서의 내용 등을 보면, 매수인이 2009.5.31.까지 잔대금을 지급하지 못하거나 부동산처분신탁등기 이후 1년 이내에 토지거래허가를 얻지 못하는 등 매매계약을 제대로 이행하지 못하는 경우 청구인이 그 동안 받은 매매대금을 반환함으로써 이 건 매매계약은 체결되지 않았던 상태로 원상회복시킴과 아울러, 매수인은 이로 말미암아 청구인이 입었거나 입게 될 손해를 보전하여 주는 차원에서 그 동안 추진하여 오던 개발사업에 관련된 권리를 청구인에게 양도하기로 합의가 이루어졌던바, 매수인은 2009.6.1. 청구인에게 잔대금을 모두 지급하기는 하였으나 토지거래계약에 관한 허가 등 개발에 수반되는 제반 절차가 제대로 진행되지 아니함에 따라 분쟁이 일어난 끝에 2011.11.22. (승계)사업권 양도계약 및 조정에서 청구인이 위 2009.4.7.자 합의에 따라 취득하였던 이 건 개발사업에 관련된 권리를 취득할 수 있는 일종의 기대권을 매수인에게 양도하고, 매수인은 그 대가로 OOO원과 그 동안 그와 같은 권리의 실현이 지연되었던 것에 대한 위약금으로 OOO원을 지급하기로 조정이 성립되었던 것이다. 쟁점토지는 청구인, OOO, 그 외 수인의 공동 소유이며, 이 건 개발사업을 위한 사업부지에는 쟁점토지 뿐만 아니라 다른 사람들의 소유의 여러 토지가 포함되어 있다. 그런데, 법원에 의한 위 조정 및 승계사업권 양도계약서의 당사자는 모두 청구인과 매수인에 한정되어 있고, 위 OOO 등에게는 아무런 구속력을 갖지 못한다. 따라서, 쟁점사업권이 고정자산과 함께 양도되는 영업권이라면 쟁점사업권으로써 사업부지 전체에 대한 권리를 취득하거나 사업부지 전체에 대한 영업권이 되어야 하는데 실상은 그러하지 아니하다.

   2) 청구인은 쟁점토지의 양도에 대하여 2012.4.30. 이를 2009년 귀속 양도소득세로 신고․납부하였다. 청구인은 2008.2.4. 및 2009.11.9. 두 차례에 걸쳐 매수인과 쟁점토지를 OOO원에 각 매도하는 매매계약(이하 “제1차 매매계약” 및 “제2차 매매계약”이라 한다)을 체결하였고, 2009년 중 양도대금이 모두 지급되었다. 쟁점토지에 대한 토지거래허가 등의 개발절차가 지연되고 있던 중인 2009.4.7. 청구인과 매수인 간에 매수인이 그때까지 지급하지 못하고 있던 제1차 매매계약상의 잔대금의 지급을 5.31.까지 연기하되 매수인이 그 때까지 잔대금을 지급하지 못하는 경우는 물론, 부동산처분신탁등기 이후 1년 이내에 토지거래허가를 얻지 못하는 경우 청구인은 자신과 매수인 간의 매매계약을 해제하고, 쟁점토지 외 다른 개발사업 대상 토지에 대해 매수인이 계약상의 지위를 승계할 수 있도록 하되, 그 경우에는 청구인이 그 동안 매수인으로부터 받은 쟁점토지의 매매대금을 전액 반환하기로 합의서를 작성하였다. 이후 2009.6.1. 매수인이 쟁점토지의 매매대금을 청구인에게 모두 지급하고, 2012.2.20. 관할 구청장으로부터 토지거래허가를 받게 되자, 청구인은 2012.3.20. 매수인 명의로 쟁점토지의 소유권이전등기를 경료하여 주고, 2012.4.30. 쟁점토지의 양도에 대하여 양도소득과세표준 신고를 하였다.

   3) 한편, 쟁점사업권의 양도와 관련하여 2012.5.31. 이를 2011년 귀속 기타소득으로 종합소득세를 신고․납부하였다. 청구인과 매수인 간에 쟁점토지의 매매계약 해제 및 개발사업과 관련된 사업권의 양도 등을 둘러싸고 여러 가지 분쟁이 야기된 끝에 매수인과 청구인 간에 (승계)사업권 양도계약이 2011.11.22. 체결되었고, 청구인과 매수인 간의 토지사용승낙 가처분(OOO) 및 가처분이의 사건(OOO)에서 2011.11.22. 조정이 성립되었는바, 양도계약과 조정조서의 주요내용은 청구인은 쟁점사업권을 매수인에게 양도하고, 청구인 소유 부동산의 매매계약 해제와 관련된 일체의 주장을 철회하며, 매수인은 청구인에게 위 양도 등 명목으로 OOO원을 지급하되 그 중 OOO원은 쟁점사업권 양도대금으로, 나머지 OOO원은 사업권승계 지연위약금으로 지급하기로 하였다. 따라서, 쟁점토지와 쟁점사업권의 거래시기는 서로 상이하다.

  (다) OOO은 “소송 계속 중 사용자가 근로자에게 일정 금액을 지급하되 근로자는 그 나머지 청구를 포기하기로 하는 내용의 소송상 화해가 이루어졌다면 이러한 화해금의 성질은 근로자가 해고무효확인청구를 포기하는 대신 받기로 한 분쟁해결금으로 보아야 하고 비록 그 화해금액을 산정함에 있어 근로자의 임금 등을 기초로 삼았다 하더라도 이를 임금 또는 퇴직금 등으로 볼 수는 없으며, 유추해석이나 확장해석을 불허하는 조세법규의 엄격한 해석상 이를 「소득세법」제25조 제1항 제9호 소정의 계약의 위약 또는 해약으로 인하여 받는 위약금과 배상금이라고 보기 어려울 뿐더러 이에 관한 「소득세법 시행령」제49조 제3항의 규정취지에 비추어 위 법조 소정의 계약은 재산권에 관한 계약을 의미하고 근로계약은 이를 포함하지 않는 것으로 보아야 하는 것이므로 결국 위 화해금은 분쟁해결금으로서 「소득세법」상 과세대상이 되는 근로소득, 퇴직소득, 기타소득 중의 어느 것에도 해당되지 아니한다”고 판시한바, 청구인은 당시 매수인으로부터 일정 금액을 지급받으면서 매수인에 대한 소송 및 가처분 신청을 하였으므로 이러한 분쟁해결금 성격의 쟁점사업권에 대한 대가가 양도소득세의 과세대상이 되기는 어렵다. 또한, 청구인이 매수인과 간에 체결한 (승계)사업권 양도계약 및 조정조서에 의하여 매수인에게 양도한 것은 2009.4.7.자 합의에 따라 취득하게 된 쟁점토지의 개발사업에 관련된 권리이고, 아무리 광의로 보더라도 청구인이 매수인에 대하여 보유하는 1차적, 부분적인 채권적 청구권에 불과한바, 이는 양도소득세 과세대상이 될 수 없다.

  청구인은 이 건 개발사업의 타당성 검토를 위한 컨설팅, 사업권의 획득을 위해 법무비용을 비롯하여 대형 마트운영자인 롯데 및 홈플러스와 공동사업전략, 은행권의 PF조달 등을 위해 많은 투자를 하였는바, 이러한 과정을 통하여 형성된 영업권의 매매를 기타소득으로 적법하게 신고․납부한 것이므로 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

< 예비적 청구 >

 (3) 설령 쟁점사업권의 양도를 양도소득으로 본다 하더라도 청구인이 쟁점사업권과 관련하여 직접 지출한 제반비용은 양도소득의 필요경비로 공제되어야 한다.

  (가) 청구인은 사업시행 관련 컨설팅 및 쟁점사업권 획득을 위한 소송비용 등의 명목으로 아래와 같이 지출한 사실이 있는바, 동 지출액은 「소득세법」상 적격증빙을 갖추고 개인에 대하여는 원천징수를 이행하여 원천징수세액을 납부하였고 소득귀속자는 당해 사업연도 종합소득세를 신고․납부한 사실이 있으며, 법무법인 등 법인사업자에 대한 지출액은 세금계산서를 수취하였으며 위 지출금액에 대한 지출증빙은 송금확인증 등으로 실제 지출사실이 확인되고 있다.

  (나) 또한, 지출근거는 계약서 등에 의해 지출사유가 확인되는바, 동 지출액은 청구인이 양수자와 합의한 추가합의서를 근거로 청구인이 취득할 권리를 이행받기 위하여 지출한 소송비용과 승계취득한 쟁점사업권의 사업시행을 위한 사업타당성 검토 등 용역수행 대가이다.

  따라서, 동 지출액은 청구인의 사업권 보존과 사업시행을 위한 지출액임이 명백한 상황에서 과세관청이 쟁점사업권을 고정자산과 함께 양도하는 영업권에 해당된다고 판단하였다면, 해당 사업권의 개발 및 확보를 위하여 청구인이 지출한 비용은 「소득세법」제97조 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제163조 제3항 제2호 및 제3호에 따라 당연히 필요경비로 공제하여야 한다.

나. 처분청 의견

< 주위적 청구 >

 (1) 쟁점사업권의 양도로 발생한 소득이 기타소득이 아닌 양도소득에 해당되는 사유는 기 심판결정서(조심 2014서603, 2014.12.29.)에 명시된 내용처럼 영업권이 사업용고정자산과 함께 양도되었는지 별도로 양도되었는지 여부는 양도시기 뿐만 아니라 최종 매수인이 누구인지 여부는 물론 양도계약이 체결된 경위와 매매대상 물건의 범위 및 대가 지급방법 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 사항으로 이 건과 관련된 사업용고정자산에는 양도소득 과세대상에 해당하는 쟁점토지가 포함된다고 보이는 점, 지급대가의 시기 차이도 토지거래계약 허가구역 안에 있는 토지라는 특수성에 기인하는 점, 쟁점사업권 양도계약의 효력이 2009.4.7. 작성한 합의서 제5항의 효력이 소멸되고 기체결한 쟁점토지에 대한 매매계약의 유효함을 확인하는 것인바, 쟁점사업권에 대한 대가의 실질이 쟁점토지의 양도대가와 크게 다르지 않다고 보이는 점 등에 비추어 쟁점사업권의 양도로 발생한 소득을 양도소득으로 보아 과세한 처분은 정당하다.

< 예비적 청구 >

 (2) 쟁점사업권을 양도소득으로 볼 경우 지출한 비용을 양도소득 필요경비로 공제가능한 지 여부에 대하여

  (가) 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 「소득세법」제97조에서 규정하는 자산의 취득과 관련된 비용과 보유기간 중에 지출한 자본적 지출액, 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용(양도비)을 말하는바, 소송비용은 「소득세법 시행령」제163조 및 유사 심․판례에 따라 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권 등을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용․화해비용 등의 금액을 필요경비로 공제할 수 있는데 비해, 이 건은 2008.2.4. 최초 쟁점토지 매매계약서 체결이후 2009.4.7. 청구인과 매수인 사이 작성된 매매계약 관련 추가합의(양수인이 2009.5.31.까지 잔금을 미지급하거나 부동산처분신탁등기 이후 1년 이내 토지거래허가를 얻지 못하는 경우 청구인은 매매대금을 반환하고 타인소유 부동산에 대한 양수인의 매수인으로서의 계약상 지위를 청구인에게 승계함) 불이행에 따른 소송비용으로 「소득세법」제97조에서 규정하는 필요경비의 범위에 해당하지 아니하며,

  (나) 컨설팅 비용의 경우, 청구인은 쟁점사업권의 사업추진 관련 비용이라고 하면서 자본적 지출의 성격인 필요경비에 해당된다고 주장하나, 청구인이 대형할인점 신축사업의 주체로서 관련 사업을 개시한 바가 없는 점 등으로 보아 소유권 취득 후 재산적 가치를 증가시키는 자본적 지출로 보아야 한다는 청구인의 주장은 무리가 있어 보인다.

  (다) 청구인이 당초 제기한 심판청구에 대한 결정서(조심 2014서603, 2014.12.29.)상 청구인이 지출한 변호사 비용과 컨설팅 비용은 쟁점사업권과 관련되어 쟁점토지 매수인과의 법적분쟁에 대한 대응 및 자문, 매수인과의 협상전략, 부지의 개발타당성 검토 등에 관한 비용이라고 기술되어 있는바, 이는 쟁점사업권을 취득하기 위한 비용이라 볼 수 없고 이 건과 별개인 쟁점토지 매매계약해제와 사업권승계에 관한 민사소송으로 「소득세법」제97조 및 같은 법 시행령 제163조에 따른 양도와 관련된 자본적 지출액 또는 양도와 관련된 직접 비용이라고도 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  ①(주위적 청구) 쟁점사업권의 양도로 발생한 소득이 기타소득에 해당한다는 청구주장의 당부

  ②(예비적 청구) 쟁점사업권과 관련하여 지출한 경비(컨설팅 및 소송비용)는 양도소득의 필요경비에 해당한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

 (1) 소득세법 제21조(기타소득) ① 기타소득은 이자소득·배당소득·사업소득·근로소득·연금소득·퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

7. 광업권·어업권·산업재산권·산업정보, 산업상 비밀, 상표권·영업권(대통령령으로 정하는 점포 임차권을 포함한다), 토사석(土砂石)의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발·이용권, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금품

제88조(양도의 정의) ① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 "양도"란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(負擔附贈與)(「상속세 및 증여세법」제47조 제3항 본문에 해당하는 경우는 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자(受贈者)가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다.

제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산(이하 이 장에서 "기타자산"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

 가. 사업용 고정자산(제1호 및 제2호의 자산을 말한다)과 함께 양도하는 영업권(영업권을 별도로 평가하지 아니하였으나 사회통념상 자산에 포함되어 함께 양도된 것으로 인정되는 영업권과 행정관청으로부터 인가·허가·면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함한다)

제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가

 나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

제105조(양도소득과세표준 예정신고) ① 제94조 제1항 각 호에서 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조 제2항에 따라 계산한 양도소득과세표준을 다음 각 호의 구분에 따른 기간에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월. 다만,「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제117조 제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 양도할 때 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2개월로 한다.

 (2) 소득세법 시행령 제163조(양도자산의 필요경비) ① 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서 "취득에 든 실지거래가액"이란 다음 각 호의 금액을 합한 것을 말한다.

2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권 등을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관한 경우를 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용

 가. 「증권거래세법」에 따라 납부한 증권거래세

 나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용

 다. 공증비용, 인지대 및 소개비

 라. 가목부터 다목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용

 (3) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제117조(허가구역의 지정) ① 국토교통부장관 또는 시·도지사는 국토의 이용 및 관리에 관한 계획의 원활한 수립과 집행, 합리적인 토지 이용 등을 위하여 토지의 투기적인 거래가 성행하거나 지가(地價)가 급격히 상승하는 지역과 그러한 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역에 대해서는 다음 각 호의 구분에 따라 5년 이내의 기간을 정하여 제118조제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역(이하 "허가구역"이라 한다)으로 지정할 수 있다.

1. 허가구역이 둘 이상의 시·군(광역시의 관할 구역에 있는 군을 포함한다) 또는 구의 관할 구역에 걸쳐 있는 경우: 국토교통부장관이 지정

2. 허가구역이 동일한 시·군 또는 구 안의 일부지역인 경우: 시·도지사가 지정

제118조(토지거래계약에 관한 허가) ① 허가구역에 있는 토지에 관한 소유권·지상권(소유권·지상권의 취득을 목적으로 하는 권리를 포함한다)을 이전하거나 설정(대가를 받고 이전하거나 설정하는 경우만 해당한다)하는 계약(예약을 포함한다. 이하 "토지거래계약"이라 한다)을 체결하려는 당사자는 공동으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 시장·군수 또는 구청장의 허가를 받아야 한다. 허가받은 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

⑥ 제1항에 따른 허가를 받지 아니하고 체결한 토지거래계약은 그 효력이 발생하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

  (가) 청구인은 2008.2.4. 매수인 OOO(주)와OOO 토지 중 2015.8㎡를 매매대금 OOO원에 매매하는 계약을 체결하였고, 매수인의 사업부지 중 49㎡가 OOO에 수용됨에 따라 2009.11.9. OOO 토지 중 100㎡(청구인 지분 9분의 2)를 추가로 매매하기로 매수인과 합의서를 체결하였으며, 위 토지가 분할된 이후인 2012년 3월 전체 매매대금을 OOO원(추가 매매대금 OOO원 포함)으로 하는 부동산매매 수정계약서를 체결하였다.

  (나) 청구인이 2008.11.29. 및 2009.4.7. 매수인과 작성한 합의서 등에 의하면, 부동산매매계약의 잔금기일이 도래하였으나 사업부지에 대한 건축 인허가 및 토지거래허가의 지연으로 잔금 지급기한을 2009.5.31.까지로 연장하고, 이때까지 토지거래허가를 득하지 못할 경우 잔금 지급과 동시에 매매대상 토지를 신탁회사로 부동산처분신탁등기하며, 잔금지급 및 부동산처분신탁이 이루어진 이후 매수인의 사정으로 토지거래허가를 받지 못하여 소유권이전등기를 경료하지 못하는 경우에도 매수인은 위 금액의 반환을 청구하지 못하는 것으로 약정하였다. 또한, 매수인이 2009.5.31.까지 잔금을 지급하지 못하는 경우에는 2010.5.31. 이후 부동산처분신탁등기 이후 1년 이내 토지거래허가를 득하지 못하는 경우에는 1년 이후에 기존에 처분신탁된 토지 및 건물(사업부지내 타인 소유 부동산)에 대하여 청구인은 매수인으로부터 계약을 승계할 수 있고, 이 경우 청구인은 매수인으로부터 받은 매매대금 전액을 반환하는 것으로 하였다.

  (다) OOO의 조정조서OOO상 매수인의 신청이유를 보면, 청구인은 쟁점토지의 매도 이후 매수인이 무허가 건물 명도를 완료하여 개발의 가능성이 높아져 토지가격이 상승하고 청구인이 다른 부동산 개발업체로부터 더 높은 가격의 매수 제안을 계속 받자 쟁점토지의 매매금액에 대하여 불만을 가지게 되었고, 이에 청구인이 사업부지 전체를 매수하여 직접 개발하거나 설사 직접 개발을 하지 않더라도 매수인으로부터 추가의 금원을 얻어 내기 위한 방안을 강구하였으며, 그 결과 개발행위허가 신청절차에의 협력 의무의 이행 거절을 볼모로 사업부지 전체에 대한 승계권 조항을 추가할 것을 요구하였는바, 청구인의 토지사용승낙 철회로 인하여 개발행위허가 신청이 불허될 경우 매수인은 이미 지출된 사업비 약 OOO원 및 금융비용 약 OOO원의 손실이 발생하므로 2009.4.7. 합의서를 작성할 수밖에 없었고, 청구인이 2011.1.7. 토지사용승낙을 철회한 것은 거액의 합의금 내지 사업권 및 사업부지에 대한 권리를 헐값에 취득하고자 함이라고 기재되어 있다.

  (라) OOO은 2011.11.22. 청구인이 쟁점사업권을 매수인에게 양도하고, 매수인은 청구인에게 위 양도 등 명목으로 OOO원을 지급하되, 그 중 OOO원은 쟁점사업권 양도대금으로, 나머지 OOO원은 사업권 승계 지연 위약금으로 지급하라고 조정하였다OOO.

  (마) 청구인이 2011.11.22. 매수인과 작성한 (승계)사업권 양도계약서에 의하면, 매수인이 쟁점토지의 신탁등기일(2009.6.1.)부터 1년이 경과하도록 토지거래허가를 득하지 못하여 청구인이 2010.6.22. 매수인과의 합의서에 따라 사업권을 승계하겠다는 의사를 표시하였고, 청구인은 일체의 (승계)사업권 및 권한을 OOO원(사업권 양도대금 OOO 및 사업권 승계 지연 위약금 OOO원)에 매수인에게 양도하는 계약을 체결하였으며, 위 계약서상 제6조와 제8조의 내용은 아래와 같다.

  (바) 청구인은 2012.2.20. OOO으로부터 쟁점토지에 대한 토지거래계약허가 신청에 따른 허가증을 교부받았고, 쟁점토지는 2012.3.20. 신탁계약 해지일인 2012.3.15. 매매를 원인으로 매수인에게 소유권이전등기가 경료되었다.

  (사) 청구인의 양도소득세 및 종합소득세 신고서에 의하면, 청구인은 2012.4.30. 쟁점토지의 양도에 대하여 양도가액을 OOO원으로 하여 양도소득세를 신고하였고, 2012.5.31. 쟁점사업권의 양도에 대하여 이를 기타소득으로 보아 총수입금액을 OOO원, 필요경비를 OOO원으로 하여 종합소득세를 신고하였다.

  (아) 처분청은 2013.5.31. 쟁점사업권의 양도소득을 「소득세법」제94조 제1항에 따른 사업용고정자산과 함께 양도하는 영업권에 해당되는 것으로 보아 쟁점토지의 양도소득과 합산하여 2011년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였고, 청구인은 이에 불복하여 심판청구를 거쳐 행정소송을 진행하던 중 쟁점사업권의 양도시기를 최종 잔금청산일이 속하는 2012년으로 보아 2011년 귀속 양도소득세를 결정취소OOO하고 2015.12.23. 청구인에게 2012년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정하였으며, 2016.4.19. 청구인에게 2012년 귀속 양도소득세 OOO원(OOO원은 기납부세액으로 공제)을 재경정․고지하였다.

  (자) 청구인은 쟁점사업권 취득 및 양도와 관련하여 컨설팅 비용 및 소송비용을 지출하였다고 주장하면서 관련 지출증빙, 계약서 등을 제출하였다.

   1) 컨설팅 비용 관련

   2) 소송비용 관련

   3) 청구인과 매수인 등과의 분쟁내역

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 영업권이 사업용 고정자산과 함께 양도되었는지 별도로 양도되었는지 여부는 그 양도시기나 최종적인 매수인이 누구인지 여부는 물론 그 양도계약이 체결된 경위와 매매대상 물건의 범위 및 대가 지급방법 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것인바, 「소득세법」제94조 제1항 제4호 가목에서 사업용 고정자산은 같은 항 제1호 및 제2호의 자산을 말한다고 규정하고 있으므로 여기서 사업용 고정자산에는 양도소득 과세대상에 해당하는 쟁점토지가 포함된다고 보이는 점, 쟁점토지에 대한 매매대금과 쟁점사업권에 대한 대가가 지급시기에 차이가 있다고 하더라도 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제117조 제1항의 규정에 의한 토지거래계약허가구역 안에 있는 토지의 경우 토지거래계약에 관한 허가를 받지 아니하고 체결한 토지거래계약은 토지거래계약에 관한 허가를 받기 전까지 그 효력이 발생하지 아니하고, 매수인이 청구인에게 쟁점사업권에 대한 대가를 지급하게 된 경위가 쟁점토지에 대한 토지거래계약허가를 약정한 기한 내에 득하지 못한 것에 기인하는 점, 청구인이 지출한 변호사 비용 및 컨설팅 비용 등은 쟁점토지 매수인 등과의 법적분쟁에 대한 대응 및 자문, 매수인과의 협상전략, 부지의 개발타당성 검토 등에 관한 것으로 청구인이 대형할인점 신축사업의 주체로서 관련 사업을 개시한 바가 없는 점, 쟁점사업권의 양도계약서상 쟁점사업권에 대한 대가를 수령함에 따른 청구인의 의무가 대부분 쟁점토지 소유자로서의 권리에 관한 사항이고, 쟁점사업권 양도계약의 효력이 2009.4.7. 작성한 합의서 제5항의 효력이 소멸되고 기체결한 쟁점토지에 대한 매매계약의 유효함을 확인하는 것인바, 쟁점사업권에 대한 대가의 실질이 쟁점토지의 양도대가와 크게 다르지 않다고 보이는 점 등에 비추어 쟁점사업권의 양도로 발생한 소득을 양도소득으로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

 (3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 「소득세법」제97조 제1항 및 같은 법 시행령 제163조 제1항 및 제3항에서 양도자산의 필요경비를 취득에 관한 쟁송이 있는 자산 및 양도자산 취득 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권 등을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용․화해비용이나 양도자산의 용도변경․개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용 등으로 규정하고 있는바, 청구인이 지출한 소송비용은 주로 쟁점토지의 거래(매매계약해제)와 관련하여 청구인과 쟁점토지 매수인 및 토지신탁사 등 이해당사자 간의 민․형사상 분쟁 등에 대한 대응이나 통상적인 법률자문에 소요된 비용으로 쟁점사업권의 취득에 관한 쟁송이나 취득 후의 쟁송에 직접 소요된 소송비용이라 보기 어려우나, 컨설팅 비용의 경우 청구인이 쟁점토지 지상에 대형판매시설을 건축하기 위하여 해당 부지의 개발타당성 사전검토, 매수인과의 협상전략 및 개발방법의 장․단점 분석, 사업추진시 도시계획 및 개발행위 인허가사항 등에 관한 용역수행의 대가로서 이는 쟁점사업권의 소유권과 직접 관련된 필요경비로 보이므로 그 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.