주 문

OOO세무서장이 2013.11.11. 청구법인에게 한 2008.3.1.～2009.2.28.사업연도 법인세 OOO원과 2009.3.1.～2010.2.28.사업연도 법인세OOO원은 청구법인이 비수익사업의 이자소득에 대하여 신고납부방식을 선택한 것으로 보되, 그 이자소득 중 청구법인이 고유목적사업에 실제 사용한 부분을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 학교관리를 고유목적사업으로 영위하는 비영리법인으로서, 수익사업(부동산임대)에 대한 2008.3.1.～2009.2.28.사업연도(이하 “2009사업연도”라 한다) 및 2009.3.1.～2010.2.28.사업연도(이하 “2010사업연도”라 한다) 법인세를 신고하면서, 비수익사업의 이자소득 OOO원(이하 “쟁점이자소득금액”이라 한다)을 과세표준에 포함하지 않은 상태로 쟁점이자소득금액 원천납부세액명세서를 첨부하고, 원천징수세액 기납부세액으로 하여 2009사업연도 법인세 OOO원 및 2010사업연도 법인세 OOO원(이하 “쟁점원천납부세액”이라 한다)을 환급받았다.

나. 처분청은 2013.9.11.～2013.9.30.의 기간 동안 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시하여 청구법인이 이자소득 원천납부세액을 부당하게 환급받은 것으로 보아, 2013.11.11. 청구법인에게 2009사업연도 법인세 OOO원 및 2010사업연도 법인세 OOO원을 결정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.2.7. 이의신청을 거쳐 2014.6.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인이 교육부에 제출한 법인일반 및 학교교비 회계 관련 재무제표는 유효한 것이고, 고유목적사업준비금 잔액 없이 수익사업에서 생긴 소득을 고유목적사업에 직접 지출한 경우 고유목적사업준비금을 계상하여 지출한 것으로 보아야 하며, 청구법인은 원천납부세액을 선납세액으로 계상하여 법인세 신고서상 공제대상 세액으로 신고하였는바, 청구법인이 쟁점이자소득금액과 관련하여 원천납부세액을 부당하게 환급받은 것으로 보아 법인세를 과세한 이 건 처분은 실질과세원칙에 부합하지 않는다.

나. 처분청 의견

비영리법인은 「법인세법」 제62조 및 같은 법 시행령 제99조에 따라 이자소득에 대해 법인세 신고납부와 원천징수 방법 중 선택할 수 있고 과세표준에 포함하지 않은 이자소득은 원천징수납부(분리과세)로 종결되는 것인바, 쟁점이자소득금액은 2009～2010사업연도 법인세 신고시 과세표준에 포함되지 않았고 이와 관련하여 고유목적사업준비금이 계상된 사실도 없으며, 청구법인이 이미 원천징수방법을 선택하여 법인세 과세표준을 신고한 이상, 쟁점이자소득금액은 고유목적사업준비금을 설정하여 손금에 산입할 수 있는 대상으로 볼 수 없으므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

법인세 신고시 과세표준에 포함하지 않은 비수익사업의 쟁점이자소득을 분리과세 처리한 것으로 보아 이에 대한 원천납부세액 환급을 부인한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

 제29조(고유목적사업준비금의 손금산입) ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다.

1. 「소득세법」 제16조 제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

2. 「소득세법」 제17조 제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 같은 법 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득금액은 제외한다.

3. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

4. 제1호부터 제3호까지에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립․운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50이상의 금액을 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

 ② 비영리내국법인이 제1항에 따라 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 해당 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항을 적용한다.

 ⑦ 제1항을 적용받으려는 비영리내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 준비금의 계상 및 지출에 관한 명세서를 비치․보관하고 이를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 ⑧ 제1항 및 제3항에 따른 고유목적사업의 범위 및 승계, 수익사업에서 발생한 소득의 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 제62조(비영리내국법인의 과세표준신고 특례) ① 비영리내국법인은 제3조 제3항 제2호에 따른 이자․할인액 및 이익(「소득세법」 제16조 제1항 제11호의 비영업대금의 이익은 제외하고, 투자신탁의 이익을 포함하며, 이 조에서 “이자소득”이라 한다)으로서 제73조에 따라 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.

 ② 제1항에 따른 비영리내국법인의 이자소득에 대한 법인세의 과세표준 신고와 징수에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (2) 법인세법 시행령

 제56조(고유목적사업준비금의 손금산입) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 이자소득금액은 법 제29조 제1항 제1호의 금액으로 본다.

1. 금융보험업을 영위하는 비영리내국법인이 한국표준산업분류상 금융보험업을 영위하는 법인에 일시적으로 자금을 예치함에 따라 발생하는 이자소득금액

2. 제2조 제1항 제5호 나목에 따른 사업을 영위하는 자가 자금을 운용함에 따라 발생하는 이자소득금액

3. 「한국주택금융공사법」에 따른 주택금융신용보증기금이 동법 제43조의8 제1항 및 제2항에 따른 보증료의 수입을 운용함에 따라 발생하는 이자소득금액

 ③ 법 제29조 제1항 제4호에서 “수익사업에서 발생한 소득”이란 해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 법 제24조 제2항에 따른 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제29조 제1항 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 금액 및 법 제13조 제1호에 따른 결손금과 법 제24조 제2항에 따른 기부금을 뺀 금액을 말한다.

 ⑤ 법 제29조 제1항에서 “고유목적사업”이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 외의 사업을 말한다.

 ⑥ 법 제29조 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다.

1. 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산취득비용(제31조 제2항에 따른 자본적 지출을 포함한다) 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액

2. 특별법에 의하여 설립된 법인(당해 법인에 설치되어 운영되는 기금중 「국세기본법」 제13조의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체를 포함한다)으로서 건강보험․연금관리․공제사업 및 제2조 제1항 제8호에서 규정된 사업을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액

3. 의료업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 “의료법인”이라 한다)이 의료기기 등 기획재정부령으로 정하는 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액과 기획재정부령으로 정하는 연구개발사업을 위하여 지출하는 금액

 ⑨ 법 제29조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 비영리내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 기획재정부령이 정하는 고유목적사업준비금조정명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

 제99조(비영리내국법인의 과세표준신고의 특례) ① 법 제62조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득 중 일부에 대하여도 과세표준신고를 하지 아니할 수 있다.

 ② 법 제62조 제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고, 기한 후 신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 사실관계를 살펴본다.

  (가) 청구법인은 1948.10.1. 학교법인으로 교육부에 등록되었으며, 처분청은 청구법인이 2009～2010사업연도 법인세를 신고하면서 이자소득 원천납부세액을 부당하게 환급을 받았다고 보아 다음 <표1>과 같이 법인세를 경정하였다.

OOO

  (나) 처분청은 2013.9.11.～2013.9.30.의 기간 동안 청구법인에 대하여 법인세 통합조사를 실시하여, 청구법인은 2009～2010사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서 제출시 첨부한 대차대조표, 손익계산서 및 잉여금처분계산서에 임대수입(OOO원)과 수익사업부문 이자소득OOO원)만 매출액 및 영업외수익으로 계상하였을 뿐 쟁점이자소득금액(OOO원)은 과세표준에 미포함하였고, 쟁점이자소득금액을 고유목적사업준비금 조정명세서에 고유목적사업준비금으로 계상한 사실도 없어 원천징수납부(분리과세)로 종결된 것이므로 청구법인은 이자소득 원천납부세액을 부당하게 환급받은 것이라고 판단하였다.

  (다) 청구법인이 2009～2010사업연도 법인세 신고시 첨부하여 제출한 원천납부세액 명세서 및 2009사업연도 고유목적사업준비금 조정명세서(을)의 각 내용은 다음 <표2> 및 <표3>과 같으며, 2010사업연도의 고유목적사업준비금 조정명세서(을)은 제출되지 않은 것으로 나타난다.

OOO

  (라) 청구법인이 처분청에 2009～2010사업연도 법인세를 신고할 당시 제출한 표준 재무제표 및 법인세 과세표준 및 세액신고서상에는 쟁점이자소득금액이 과세표준에 산입되지 않았고 이에 대한 고유목적사업준비금을 설정한 사실이 없으며, 청구법인이 주무관청인 교육부에 신고하는 법인일반회계 및 학교교비회계상 재무제표에는 쟁점이자소득금액을 수입으로 계상하였고 이에 따라 쟁점원천납부세액을 선납세액으로 계상한 것으로 나타난다.

(2) 청구법인의 주장은 다음과 같다.

  (가) 청구법인은 수입과 지출에 대해 <표4>와 같이 각각의 회계규정에 따라 기장하고, 법인세과세표준신고서상에 과세표준과 기납부세액을 기재하여 신고하였으며, 쟁점이자소득금액은 고유목적에 전액사용되었기 때문에 손금으로 차감하여 과세표준이 0이 된 것으로서, 청구법인의 법인세 신고는 원천납부세액을 기재하고 그 명세서까지 첨부한 적법한 신고에 해당한다.

OOO

  (나) 청구법인은 학교법인의 재무제표를 모두 첨부하여 처분청에 신고하였으므로 이는 적법한 것이며, “비영리법인의 수입이자가 요약재무제표에 포함되지 않았으나 등록관청에 제출된 그 결산서에 의해 내용 확인이 가능한 경우 유효하다”는 심사결정례(심사법인OOO, 2001.3.9.)가 존재하는바, 단지 쟁점이자소득금액을 법인세 과세표준에 포함하여 신고하지 않았다는 이유만으로 법인세 추징한 것은 사실 조사를 제대로 하지 않은 것으로서 부당한 과세이다.

  (다) 처분청의 주장대로 청구법인이 완납적 원천납부방식을 선택했다면 청구법인은 법인세 신고시에 원천납부세액을 기납부세액(환급세액)으로 신고할 이유가 없으므로, 청구법인은 쟁점이자소득금액에 대해 신고납부방식을 따른 것임을 알 수 있다.

  (라) 「법인세법」 제29조 제2항은 “직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 해당 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항을 적용한다”고 규정하고 있는바, 청구법인은 당해연도 이자소득금액 전액을 당해연도 고유목적사업에 사용․지출하였기 때문에 고유목적사업준비금을 설정할 수 없었고, 설정할 이유도 없었다.

(3) 처분청은 이와 같은 청구법인의 주장에 대하여, 비영리법인인 청구법인의 경우 「법인세법」 제62조 및 같은 법 시행령 제99조에 따라 청구법인의 선택에 의해 과세표준에 포함하지 않은 이자소득은 원천징수납부로 종결되는 것이고, 청구법인이 수익사업부문 이자소득만 수익계상하고 쟁점이자소득금액은 과세표준에서 제외한 것과 관련하여 고유목적사업준비금을 계상한 사실도 없어 쟁점이자소득금액은 원천징수납부로 종결된 것으로 보아야 하며, 청구법인이 제시한 “고유목적사업준비금 설정없이 고유목적사업에 직접 지출한 경우 이를 고유목적사업준비금을 계상하여 지출한 것으로 본다”는 예규(법인OOO, 1996.02.16)는 고유목적사업준비금의 설정한도와 관련된 예규로서 이 건과 무관하므로, 청구법인은 쟁점이자소득금액에 대해 신고납부방식을 선택한 것이라는 청구주장을 받아들이기 어렵다는 의견이다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「법인세법 시행령」 제99조 제2항에서 수정신고, 기한 후 신고 또는 경정 등에 의한 이자소득의 사후적인 과세표준 산입을 금지하고 있으므로 신고기한 내의 신고여부가 문제되는 이 건의 경우에 동 규정을 문언 그대로 적용하기 어려운 것으로 보이는 점, 청구법인이 법인세 신고 당시 쟁점이자소득금액에 해당하는 원천납부세액명세서를 첨부하여 환급을 신청하였는바, 이는 신고납부의 취지를 나타낸 것으로 보이는 점, 법인세 신고 당시 첨부된 재무제표 등의 서류를 통해 처분청이 쟁점이자소득금액이 과세표준에서 누락된 것임을 인식할 수 있는 점, 「법인세법」 제29조 제2항은 고유목적사업준비금 잔액이 부족한 경우에도 한도내에서의 고유목적사업 지출인 경우 이를 인정하도록 규정하고 있는 점 등에 비추어 청구법인이 법인세 신고시 쟁점이자소득금액에 대하여 원천징수납부(분리과세)방식을 선택하고도 법인세를 부당하게 환급받은 것으로 보아 법인세를 경정한 처분청의 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단된다.

 다만, 청구법인이 법인세 신고 및 심판청구 과정에서 제출한 자료만으로는 쟁점이자소득금액이 실제로 해당사업연도의 고유목적사업에 사용되었는지 여부를 판단할 수 없는바, 청구법인이 쟁점이자소득에 대하여 신고납부방식을 선택한 것으로 보되, 쟁점이자소득금액이 실제로 고유목적사업에 사용되었는지 여부를 재조사하여 인정되는 금액에 대해서만 이를 각 사업연도의 고유목적사업준비금으로 보아 이 건 법인세의 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.