주 문
OOO세무서장이 2014.1.28. 청구법인에게 한 법인세 2010사업연도분 OOO원, 2011사업연도분 OOO원 합계 OOO원(2008․2009사업연도는 결손금을 신고)의 각 부과처분은 「법인세법」 제29조 제2호 규정에 따른 집합투자기구로부터의 이익에 대한 고유목적사업준비금의 경우 「소득세법」 제17조 제1항 제5호의 규정 등에 따라 계산된 배당소득금액을 적용하고, 그에 따라 산출된 고유목적사업준비금을 손금에 산입하여 과세표준 및 세액을 경정한다.
이 유
1. 처분개요
가. 청구법인은 공무원 생활안정과 복리증진 등을 목적으로 「대한지방행정공제회법」에 의해 1952년 설립된 비영리법인으로 회원들의 회비 및 차입 등을 통해 조달된 재원으로 주식투자․PF대출(Project Financing, 이하 “PF”라 한다)․부동산임대․공무원 대여사업 등을 영위하고 있고, 2008~2011사업연도 기간 동안 「소득세법」 제17조 제1항 제5호의 집합투자기구에 해당하는 증권에 투자하여 발생한 수입금액(처분이익, 수입이자)을 <표1>과 같이 100% 설정대상으로 분류하여 고유목적사업준비금을 설정하였다.
<표1> 집합투자기구 증권투자로 발생한 수입
(단위 : 백만원)
나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2013.11.20.~2014. 1.15. 기간 동안 청구법인에 대해 법인세 통합조사를 실시하여 2008~2011사업연도 기간 동안 고유목적사업준비금 설정을 위해 집합투자기구에 해당하는 증권에서 발생한 배당소득금액 산정시 <표1>의 수입금액에서 <표2>와 같이 발생한 투자손실(이하 “쟁점투자손실”이라 한다)을 통산하여야 함에도 쟁점투자손실을 통산하지 아니하여 고유목적사업준비금을 과다설정한 것으로 보아 청구법인의 고유목적사업준비금 설정액을 재계산하여 처분청에 과세자료를 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2014.1.28. 청구법인에게 법인세 2010사업연도분 OOO 원(2008․2009사업연도는 결손금을 신고)을 각 경정․고지하였다.
<표2> 집합투자기구 증권투자에서 발생한 쟁점투자손실
(단위 : 원)
다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.4.9. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
「법인세법」(2011.12.31. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제29조 제1항 제2호에서 「소득세법」 제17조 제1항 제5호에 따른 집합투자기구로부터 각 호에 따른 배당소득의 금액은 전액에 대하여 고유목적사업준비금을 설정할 수 있다고 규정하고 있는바, 고유목적사업준비금 설정대상인 배당소득은 「소득세법」상 개념으로 배당소득금액의 계산시 쟁점투자손실은 다른 배당소득과 통산하지 아니하는 것(소득-4849, 2008.12.22., 재소득-188, 2009.3.24.)으로 보아야 할 것임에도 처분청이 고유목적사업준비금 설정시 쟁점투자손실을 통산하여 배당소득금액을 산정하여야 하는 것으로 보아 과세한 처분은 부당하다.
나. 처분청 의견
「법인세법」 제29조 제1항 제2호에서 비영리내국법인의 고유목적사업준비금 100% 설정대상으로 「소득세법」 제17조 제1항 제5호에 따른 집합투자기구로부터의 이익을 열거하고 있는바, 고유목적사업준비금 설정시 집합투자기구로부터의 이익은 당해 연도에 발생한 이익에서 손실 발생분을 차감한 금액을 의미하는 것으로 보아야 할 것이고, 이는 주가연계증권(ELS)에서 발생한 배당소득이 있는 비영리내국법인이 다른 ELS에서 손실이 발생한 경우 배당소득금액 계산시 그 손실을 차감하여 계산하는 취지의 기획재정부 예규(법인세제과-344, 2011.4.21.)와도 일맥상통하는 것이다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
비영리법인인 청구법인이 집합투자기구에 투자하여 발생한 이익과 손실을 통산하여 고유목적사업준비금 한도액을 재산정한 후 법인세를 과세한 처분의 당부
나. 관련 법령 등
(1) 법인세법(2011.12.31. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제3조【과세소득의 범위】③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.
1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것
2. 「소득세법」 제16조 제1항에 따른 이자소득
3. 「소득세법」 제17조 제1항에 따른 배당소득
4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입
6. 「소득세법」 제94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 생기는 수입
7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것
제29조【고유목적사업준비금의 손금산입】① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업년도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.
1. 「소득세법」 제16조 제1항 제1호부터 제10호까지의 이자소득의 금액
2. 「소득세법」 제17조 제1항 제1호ㆍ제2호ㆍ제5호 및 제6호의 배당소득의 금액. (후단 생략)
3. 특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액
4. 제1호 내지 제3호 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50
(2) 법인세법(2015.12.15. 법률 제13555호로 개정된 것) 제29조【고유목적사업준비금의 손금산입】① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업 등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액(제4호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호부터 제3호까지의 소득금액을 합한 금액에서 그 결손금을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다.
1. 「소득세법」 제16조 제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액
2. 「소득세법」 제17조 제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 같은 법 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식 등으로부터 발생한 배당소득금액은 제외한다.
3. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액
4. 제1호부터 제3호까지에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업 등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액
(3) 법인세법 시행령
제56조【고유목적사업준비금의 손금산입】③ 법 제29조 제1항 제4호에서 “수익사업에서 발생한 소득”이라 함은 당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 법 제24조 제2항 및 「조세특례제한법」 제73조 제1항의 규정에 의한 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제29조 제1항 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 금액 및 법 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금과 법 제24조 제2항 및 「조세특례제한법」 제73조 제1항의 규정에 의한 기부금을 차감한 금액을 말한다.
(4) 소득세법 제17조【배당소득】① 배당소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 내국법인으로부터 받는 이익이나 잉여금의 배당 또는 분배금과 「상법」 제463조에 따른 건설이자(건설이자)의 배당
2. 법인으로 보는 단체로부터 받는 배당금 또는 분배금
3. 의제배당
4. 「법인세법」에 따라 배당으로 처분된 금액
5. 국내 또는 국외에서 받는 대통령령으로 정하는 집합투자기구로부터의 이익
6. 외국법인으로부터 받는 이익이나 잉여금의 배당 또는 분배금과 해당 외국의 법률에 따른 건설이자의 배당 및 이와 유사한 성질의 배당
7. 「국제조세조정에 관한 법률」 제17조에 따라 배당받은 것으로 간주된 금액
8. 제43조에 따른 공동사업에서 발생한 소득금액 중 같은 조 제1항에 따른 출자공동사업자의 손익분배비율에 해당하는 금액
9. 제1호부터 제7호까지의 규정에 따른 소득과 유사한 소득으로서 수익분배의 성격이 있는 것
③ 배당소득금액은 해당 과세기간의 총수입금액으로 한다.(후단 생략)
(5) 소득세법 시행령
제26조의2【집합투자기구의 범위 등】① 법 제17조 제1항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 집합투자기구”란 다음 각 호의 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 집합투자기구를 말한다.
1. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구
2. 해당 집합투자기구의 설정일로부터 매년 1회 이상 결산·분배할 것
3. 금전으로 위탁받아 금전으로 환급할 것
제26조의3【배당소득의 범위】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증권 또는 증서로부터 발생한 수익(「상법」 제469조 제1항 제3호에 따른 사채로부터 발생한 수익을 포함한다)은 법 제17조 제1항 제9호에 따른 배당소득에 포함된다.
1. 증권시장 또는 이와 유사한 시장으로서 외국에 있는 시장에서 매매거래되는 특정 주권의 가격이나 주가지수의 수치의 변동과 연계하여 주권 또는 금전(그 주권·증권 또는 증서의 가치에 상당하는 금전을 말한다)의 지급청구권을 표시하는 증권 또는 증서
(6) 소득세법 시행규칙 제13조【집합투자기구로부터의 이익에 대한 과세표준 계산방식 등】① 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구(이하 "집합투자기구"라 한다)의 결산에 따라 영 제26조의2에 따른 집합투자기구로부터의 이익을 분배받는 경우 투자자가 보유하는 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자증권(이하 "집합투자증권"이라 한다)의 좌당 또는 주당 배당소득금액(이하 이 조에서 "좌당 배당소득금액"이라 한다)은 다음 각 호의 금액으로 한다.
1. 영 제26조의2 제5항 제3호 또는 제4호에 해당하는 집합투자증권 : 집합투자기구가 투자자에게 좌당 또는 주당 분배하는 금액(영 제26조의2 제4항 각 호 외의 부분 본문에 따라 집합투자기구로부터의 이익에 포함되지 아니하는 손익은 제외한다)
2. 제1호 외의 집합투자증권 : 집합투자증권의 결산 시 과세표준기준가격(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제238조 제6항에 따른 기준가격에서 영 제26조의2 제4항 각 호 외의 부분 본문에 따라 집합투자기구로부터의 이익에 포함되지 아니하는 손익을 제외하여 산정한 금액을 말하며, 같은 법 제279조 제1항에 따른 외국 집합투자증권으로서 과세표준기준가격이 없는 경우에는 같은 법 제280조 제4항 본문에 따른 기준가격을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 매수 시(매수 후 결산·분배가 있었던 경우에는 직전 결산·분배 직후를 말한다) 과세표준기준가격을 뺀 후 직전 결산·분배 시 발생한 과세되지 아니한 투자자별 손익을 더하거나 뺀 금액. 이 경우 영 제26조의2에 따른 집합투자기구로부터의 이익으로서 집합투자기구가 투자자에게 분배하는 금액을 한도로 한다.
② 집합투자증권의 환매 및 매도 또는 집합투자기구의 해지 및 해산(이하 이 조에서 "환매 등"이라 한다)을 통하여 집합투자기구로부터의 이익을 받는 경우 집합투자증권의 좌당 배당소득금액은 다음 각 호의 금액으로 한다.
1. 영 제26조의2 제5항 제3호 또는 제4호에 해당하는 집합투자증권 : 환매 등(집합투자증권의 매도는 제외한다)이 발생하는 시점의 과세표준기준가격에서 직전 결산·분배 직후의 과세표준기준가격(최초 설정 또는 설립 후 결산·분배가 없었던 경우에는 최초 설정 또는 설립 시 과세표준기준가격을 말한다)을 뺀 금액
2. 제1호 외의 집합투자증권 : 환매 등이 발생하는 시점의 과세표준기준가격에서 매수 시(매수 후 결산·분배가 있었던 경우에는 직전 결산·분배 직후를 말한다) 과세표준기준가격을 뺀 후 직전 결산·분배시 발생한 과세되지 아니한 투자자별 손익을 더하거나 뺀 금액
③ 증권시장에 상장된 집합투자증권(영 제26조의2 제5항 제3호 또는 제4호에 해당하는 집합투자증권은 제외한다)을 증권시장에서 매도하는 경우의 좌당 배당소득금액은 제2항 제2호에도 불구하고 같은 호에 따라 계산된 금액과 매수·매도 시의 과세표준기준가격을 실제 매수·매도가격으로 하여 같은 호에 따라 계산된 금액 중 적은 금액으로 한다.
④ 투자자별 배당소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.
(제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 좌당 배당소득금액 × 결산·분배시
보유하고 있는 좌수·주수 또는 환매 등이 발생하는 좌수·주수) - 영
제26조의2 제6항에 따른 각종 수수료 등
⑤ 제4항을 적용할 때 같은 계좌 내에서 같은 집합투자증권을 2회 이상 매수한 경우 매수 시의 과세표준기준가격은 선입선출법에 따라 산정하고, 투자자별 배당소득금액은 같은 시점에서 결산·분배 또는 환매등이 발생하는 집합투자증권 전체를 하나의 과세단위로 하여 계산한다.
⑥ 같은 계좌 내에서 같은 상장지수집합투자증권(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 상장지수집합투자기구의 집합투자증권을 말하며, 이하 이 조에서 "상장지수집합투자증권"이라 한다)을 증권시장에서 2회 이상 매수한 경우 매수 시의 과세표준기준가격은 제5항에도 불구하고 이동평균법에 따라 산정하고, 투자자별 배당소득금액은 같은 시점에서 결산·분배 또는 환매등이 발생하는 상장지수집합투자증권 전체를 하나의 과세단위로 하여 계산한다. 다만, 같은 날 매도되는 상장지수집합투자증권은 전체를 하나의 과세단위로 하여 투자자별 배당소득금액을 계산한다.
⑦ 영 제26조의2 제1항 제2호 나목에 따른 집합투자재산의 평가이익은 집합투자재산으로 인식되지만 실제로 귀속되지 아니한 이익으로서 이미 경과한 기간에 대응하는 집합투자재산의 이자, 미수 배당금, 미수 임대료 수입 등을 포함한다.
⑧ 제5항 및 제6항에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "선입선출법"이란 먼저 매수한 집합투자증권부터 차례대로 환매등이 발생하는 것으로 보아 집합투자증권의 좌당 또는 주당 과세표준기준가격을 산정하는 방법을 말한다.
2. "이동평균법"이란 집합투자증권을 매수할 때마다 집합투자증권의 과세표준기준가격의 합계액을 집합투자증권의 좌수 또는 주수의 합계액으로 나누는 방법으로 좌당 또는 주당 평균 과세표준기준가격을 산출하고 그 중 가장 나중에 산출된 평균 과세표준기준가격에 따라 집합투자증권의 좌당 또는 주당 과세표준기준가격을 산정하는 방법을 말한다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 처분청 경정시 2008~2011사업연도 고유목적사업준비금 설정을 위한 소득별 분류에 따라 집합투자기구로부터의 이익 및 손실금액 산정에 대해서는 처분청과 청구법인 간에 다툼은 없다.
(2) 처분청은 고유목적사업준비금 100% 설정대상인 집합투자기구의 배당소득금액 산정시 투자손실금액을 통산하여 계산하여야 한다는 의견인바, 주요 논거는 다음과 같다.
(가) 관련 유권해석
(나) 「법인세법」 제3조 제3항 제3호에서 비영리법인의 과세대상소득으로 「소득세법」 제17조 제1항에 따른 배당소득을 열거하고 있는바, 이는 과세대상 소득의 종류를 준용한 것이지 배당소득금액의 계산방법을 준용한 것은 아니고, 만약 계산방법까지 준용하는 취지였다면 ‘배당소득금액’으로 규정하였어야 한다.
(다) 「법인세법 시행령」 제2조 제3항에서 채권매매를 수익사업으로 하되, 채권 등의 매각손실을 차감하도록 규정하고 있는 점에 비추어 볼 때 열거된 수익사업 소득의 소득금액계산시 모든 각 소득의 손실을 소득에서 차감하도록 되어 있으나, 배당소득에 대해서만 이를 인정하지 않을 경우 비영리법인과 영리법인 간의 과세형평을 저해하는 것이다.
(라) 「소득세법 시행규칙」 제13조에서 집합투자기구 이익을 계산할 때 투자자별 배당소득금액은 같은 시점에서 결산분배 또는 환매 등이 발생하는 집합투자증권 전체를 하나의 과세단위로 하여 계산하고, 손익을 차가감 통산하여 분배받은 금액으로 계산하도록 규정하고 있다.
(3) 청구법인은 고유목적사업준비금 100% 설정대상인 집합투자기구의 배당소득금액 산정시 발생된 손실금액을 통산하지 않고 계산하여야 한다고 주장하는바, 주요 논거는 다음과 같다.
(가) 처분청이 제시한 예규①은 각 호별로 산출된 소득금액을 합산하는 방법에 대한 해석으로 각 호별 소득금액 자체의 산정방법과 관련된 이 사건 쟁점과 무관한 예규이고, 예규②는 주가연계증권의 고유목적사업준비금 설정률이 100%인지 아니면 50%인지에 대한 것으로 이 건 쟁점과는 무관하다.
(나) 현행 「법인세법」 제29조 제1항 제2호는 ‘배당소득의 금액’이라고 표현하고 있으나 2008.12.26. 법률 제9267호로 개정되기 전에는 배당소득금액이라고 규정하고 있었고, 동 개정법률에 대한 개정세법 해설에서도 해당 문구수정에 대해 별다른 언급이 없으며, 현행 규정 동호 단서에서는 여전히 배당소득금액이라는 표현을 사용하고 있는바, 배당소득의 산정방법은 「소득세법」상 배당소득금액을 의미하는 것으로 해석하여야 한다.
(다) 「법인세법 시행령」 제2조 제3항은 비영리법인의 각 사업연도소득금액 계산에 관련된 규정으로 이는 고유목적사업준비금 한도 계산을 위한 배당소득금액의 계산과 관련이 없는 규정이다.
(라) 「소득세법 시행규칙」 제13조 제5항은 수회에 걸쳐 동일한 종류의 집합투자증권을 취득한 경우 매수건별로 과세소득을 계산할 것인지, 아니면 동일한 집합투자증권 전체를 하나의 과세단위로 하여 과세소득을 계산할 것인지 여부에 대한 것으로 후자 방식으로 과세소득을 계산하겠다는 내용으로 이 건과 직접 관련이 없는 규정이다.
(마) 배당소득금액은 「소득세법」상 개념으로 고유목적사업준비금 설정시 동 법의 문리해석을 그대로 준용하여야 할 것이고, 처분청 논리대로라면 이자소득금액의 경우에도 관련 채권의 회수불능에 따른 대손상각비나 관련 차입금의 이자비용을 통산하여야 한다는 것과 같은 의견이어서 타당하지 아니하다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 「법인세법」 제29조 제1항 제2호에서 비영리내국법인의 고유목적사업준비금 100% 설정대상으로 규정하고 있는 「소득세법」 제17조 제1항 제5호 규정에 따른 집합투자기구로부터의 이익을 산정함에 있어 집합투자기구로부터 발생한 이익과 손실이 있는 경우 이를 통산하여야 한다는 의견이나, 「법인세법」 제29조 제1항 본문에서 비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 제1호 내지 제4호에서 규정한 소득금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하도록 규정하면서 제2호에서 「소득세법」 제17조 제1항 제5호에 따른 배당소득의 금액(국내 또는 국외에서 받는 집합투자기구로부터의 이익) 전액을 고유목적사업준비금 설정대상으로 규정하고 있을 뿐 달리 그 소득금액 산정에 관하여 별도의 규정을 두고 있지 아니하므로 고유목적사업준비금 설정대상인 배당소득의 금액에 대하여도 「소득세법」상 소득의 종류에 따른 소득금액 산정방식을 준용하여야 할 것인바, 「소득세법」 제17조 제3항에서 배당소득금액은 해당 과세기간의 총수입금액으로 한다고 정하고 있으므로 고유목적사업준비금 설정대상 배당소득금액은 집합투자기구로부터의 이익의 합계액을 의미하는 것으로 보아야 할 것인 점, 「법인세법 시행령」 제56조 제3항에서 “법 제29조 제1항 제4호에서 ‘수익사업에서 발생한 소득’이라 함은 당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액에서 법 제29조 제1항 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 금액 및 법 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금과 법 제24조 제2항 및 「조세특례제한법」 제73조 제1항의 규정에 의한 기부금을 차감한 금액을 말한다”고 규정하고 있는바, 쟁점투자손실은 「법인세법」 제29조 제1항 제4호에 해당하는 수익사업에서 발생한 소득으로 볼 수 있을 것인 점 등에 비추어 처분청이 집합투자기구로부터의 이익과 쟁점투자손실을 통산하여 고유목적사업준비금 한도액을 재산정하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.