주 문

1. OOO세무서장이 OOO 청구인에게 한 2006년 귀속 농어촌특별세 OOO원의 부과처분은 OOO원을 초과하는 부분은 이를 취소한다.

2. 나머지 심판청구는 각하한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO 무허가건물(공부상은 나대지로, 이하 “종전주택”이라 한다)을 취득하여 보유하다가, 주택재개발사업에 따라 종전주택을 멸실한 후 OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득하고, OOO 신축주택을 OOO원에 양도한 후 OOO 양도소득세 과세표준 예정신고시 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3 규정에 따라 2006년 귀속 양도소득세 OOO원 전부를 감면세액으로 하여 2006년 귀속 농어촌특별세 OOO원을 신고․납부하였다.

나. 처분청은 조특법 제99조의3 규정을 적용함에 있어 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득은 감면소득에 해당하지 않는 것으로 보아, OOO 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세를 OOO원으로 증액하고, 농어촌특별세를 OOO원으로 감액하며, 지방소득세를 OOO원으로 증액하는 것으로 각 경정․고지(이하 “1차경정”이라 한다)하였고,

  청구인이 무허가건물 확인원을 제출하며 건물분 취득가액을 재산정하여 양도소득세를 경정하여 줄 것을 요청함에 따라, OOO 위 1차경정 세액 중 양도소득세를 OOO원으로 감액(OOO원 감액)하고, 농어촌특별세를 OOO원으로 증액(OOO원 증액)하며, 지방소득세를 OOO원으로 감액(OOO원 감액)하는 것으로 하여 각 경정(이하 “2차경정”이라 한다)하였다.

다. 청구인은 OOO 처분청의 1차경정에 따른 양도소득세 등 부과처분이 부당하다는 이유로 이의신청(이하 “1차 이의신청”이라 한다)을 하였고, 처분청은 OOO 이를 기각하였으며, 청구인은 1차 이의신청에 대한 기각결정을 통보받고 90일 이내에 조세심판 등을 제기하지 않았다.

라. 대법원은 최근 기존 주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득과 신축주택의 취득일부터 양도일까지의 양도소득을 구분할 필요없이 신축주택의 양도에 따른 양도소득세 전액을 감면하여야 한다는 취지의 판결(대법원 2014.12.11. 선고 2013두2273 판결)을 하였고, 청구인은 위 판례를 이유로 OOO 처분청에 1차경정에 따른 양도소득세 등의 과세처분을 취소하여 줄 것을 요청하는 고충신청을 하였다.

마. 처분청은 위 고충신청에 대하여, “청구인의 고충민원은 양도소득세 부과제척기간의 기산일인 OOO부터 5년이 경과하였고, 국세부과제척기간이 경과한 후에 처분청의 양도소득세 감액경정결정이 있었다는 주장을 검토한바, OOO 중에 결정(2차경정)된 것으로 확인된다”는 이유로 OOO 고충처리 제외대상임을 통지하였다.

바. 청구인은 OOO 처분청이 2차경정한 양도소득세․농어촌특별세․지방소득세 과세처분이 당연무효라는 이유로 처분청에 각 이의신청을 하였고, 처분청은 OOO 청구인의 이의신청을 각하하였다.

사. 청구인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

   처분청이 OOO 2차경정한 양도소득세․농어촌특별세․지방소득세 과세처분은 국세부과제척기간 마지막 날 결정하면서 납세고지서를 발급하지 않았고, 납세의무자에게 그 사실을 알리지도 않았으므로, 과세처분에 절차 및 내용상 중대하고도 명백한 하자가 있어 무효이다.

  가사, 증액된 농어촌특별세만 무효라고 보더라도 「민법」 제137조에 따라 법률행위의 일부분이 무효인 때에는 그 전부가 무효라 할 것이어서 2차경정된 양도소득세․농어촌특별세․지방소득세 과세처분 전부 무효이다.

나. 처분청 의견

「국세기본법」 제22조의2 제2항에서 세법에 따라 당초 확정된 세액을 감소시키는 경정은 그 경정으로 감소되는 세액 외의 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리․의무관계에 영향을 미치지 아니한다고 규정하고 있고, 처분청의 2차경정은 감액경정으로서 「국세기본법」 제22조의2 제2항에 해당하는 것인바,

  1차경정 세액은 납세고지서가 OOO 등기우편으로 정상적으로 송달완료되어 적법하게 확정이 되었고, OOO 2차경정으로 감액되었다 하더라도 그 감소되는 세액 외의 권리․의무관계에 영향을 미치지 않는 것이므로 청구주장을 받아들이기 어렵다.

나. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심리자료에 의하면 처분청의 과세처분 경위는 다음과 같다.

  (가) 청구인은 OOO 신축주택을 양도한 후 OOO 양도소득세 과세표준 예정신고시 조특법 제99조의3을 적용하여 청구인이 산출한 2006년 귀속 양도소득세 OOO원 전부를 감면세액으로 신고하였고, 그에 따라 농어촌특별세 OOO원을 신고․납부하였다.

  (나) 처분청은 OOO 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원 및 지방소득세 OOO원을 각 경정․고지(1차경정)하면서, 농어촌특별세 OOO원을 감액경정․고지하였다.

  (다) 처분청은 OOO 위 1차경정 세액 중 양도소득세를 OOO원으로 OOO원 감액하고, 지방소득세를 OOO원으로 OOO원을 감액하는 것으로 각 감액경정(2차경정)하면서, 2006년 귀속 농어촌특별세 OOO원을 증액경정하였으나, 이에 대하여 청구인에게 납세고지서를 송달하였다는 증빙자료는 확인되지 아니한다.

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 처분청이 OOO 양도소득세․농어촌특별세․지방소득세를 2차경정하면서 납세고지서를 발급하지 않았고, 납세의무자에게 경정결정에 대해 알리지 않았으므로 과세처분에 절차 및 내용상 중대․명백한 하자가 있어 무효이며, 법률행위의 일부분이 무효인 이상 「민법」 제137조에 따라 그 전부가 무효이므로 과세처분 전부가 무효라고 주장하나,

  감액경정의 경우 처음의 과세표준에서 결정된 과세표준과 세액의 일부를 취소하는데 지나지 아니하는 것이므로 처음의 과세처분이 감액된 범위 내에서 존속하게 되고 이 처분만이 쟁송의 대상이 되며 감액경정처분 자체는 불복의 대상이 되지 아니하는 것(국심 2001중327, 2002.7.12., 조세심판관합동회의 결정)인 점, 따라서, 이 건 양도소득세 및 지방소득세는 처분청의 OOO자 감액경정(2차경정)이 아니라 OOO 청구인에게 적법하게 송달완료된 1차경정 처분이 불복의 대상이 된다 할 것인 점, 1차경정처분에 대하여 청구인이 OOO 1차 이의신청을 제기하였고 OOO 기각결정을 받았으나, 그로부터 90일 이내에 심판청구 등을 제기하지 아니한 점 등에 비추어 이 건 심판청구 중 양도소득세 및 지방소득세에 대한 부분은 부적법한 것으로 판단된다.

  다만, 2차경정시 증액된 농어촌특별세의 경우 청구인에게 적법하게 납세고지가 이루어지지 않은 것으로 보여 과세처분에 하자가 존재하는 것으로 보이나, 이 건 양도소득세․농어촌특별세․지방소득세는 세목과 과세근거가 다른 별개의 처분에 해당하고, 여기에 청구주장과 같이 「민법」상 일부무효법리가 그대로 적용되는 것으로 보기 어려운 점, 당초 신고 또는 경정처분이 있고 난 이후 동일 귀속연도의 소득에 대하여 다시 증액경정이 이루어진 경우에는 불복청구의 이유로서는 당초 확정행위의 하자를 포함한 모든 과세요건사실의 하자를 그 대상으로 하되, 다만 청구세액은 “당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다”라고 규정한 「국세기본법」 제22조의2 제1항에 따라 당초의 확정된 세액을 초과하는 부분만이 그 대상이 되어야 할 것(조심 2008부853, 2008.10.1. 등, 같은 뜻임)인 점 등에 비추어 OOO자 양도소득세 과세표준 예정신고 및 OOO자 1차경정으로 확정된 농어촌특별세액(OOO원)을 초과하여 증액된 OOO원의 부과처분에는 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

  이 건 심판청구는 심리결과 심판청구가 부적법하거나 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제1호, 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.