주 문

OOO장이 2014.5.1. 청구인에게 한 2008년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 청구인이 2008.1.2. 취득한 OOO(주) 발행 주식 OOO으로부터 취득한 3,000주, OOO으로부터 취득한 OOO주)의 취득가액을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 2008.1.2. 비상장주식인 OOO(주)(이하 “OOO”이라 한다) 발행 주식 OOO으로부터 3,000주, 이하 “쟁점①주식‘이라 한다)를 취득하고 그 대가로 청구인이 보유하고 있던 비상장주식인 ####(주)(이하 ”####“이라 한다) 비상장주식 11,600주와 ****(주) 발행 8,000주(이하 ”대물변제주식“이라 한다)를 대물변제하였고, 또한 같은 날인 2008.1.2. OOO으로부터 OOO 발행 OOO주(이하 ”쟁점②주식“이라 하며, 쟁점①주식과 쟁점②주식을 이하 ”쟁점주식“이라 한다)를 취득하고 그 대가는 이전에 청구인이 대여한 대여금 채권과 상계함]를 취득한 후, 2008.3.30. 쟁점주식 중 ===에게 8,000주, 그의 배우자 !!!에게 1,800주를 1주당 222,850원(총 2,183,930,000원)에 양도한 후, 2010.7.31. 쟁점주식의 양도가액 및 취득가액을 모두 액면가액인 1주당 10,000원으로 하여 양도차익이 없는 것으로 양도소득세를 기한후 신고하였다.

나. 중부지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 쟁점주식의 양도에 따른 양도소득세 조사를 실시하여, 청구인이 쟁점주식을 1주당 222,850원(총 양도가액 2,183,930천원)에 양도한 사실을 확인하고 양도가액은 실제 확인된 2,183,930천원(1주당 222,850원)으로, 취득가액은 쟁점주식이 교환방식에 의한 취득으로 실지거래가액이 불분명하다 하여 2008.1.2. 쟁점주식과 동종의 주식을 @@@, &&&, OOO으로부터 $$$이 5,000주, $$$가 5,200주(이하 “동종주식”이라 한다)를 취득하여 청구인과 동일한 날에 ===에게 양도한 사실 및 $$$과 $$$가 양도소득세 신고시 그 거래가액을 1주당 10,000원(액면가액)으로 신고한 사실을 확인하고, 동 가액(1주당 10,000원)을「소득세법 시행령」제176조의2 제3항 제1호의 쟁점주식의 취득가액으로 볼 수 있는 매매사례가액이라 하여 양도소득금액을 2,080,226천원으로 산정한 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청이 이에 따라 2014.5.1. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2014.7.30. 이의신청을 거쳐 2015.1.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 청구인은 쟁점주식을 2008.1.2. 교환방식으로 취득한 후 3월 이내인 2008.3.30. ===에게 양도하였고, 그 취득가액이 불분명함에 따라 양도소득세 신고시 양도가액과 취득가액 모두를 관행적으로 1주당 10,000원으로 하여 신고한 것임에도 처분청이 동종주식의 양도소득세 신고시의 취득가액을 1주당 10,000원으로 하여 신고한 것을 근거로 쟁점주식의 취득가액을 동 매매사례가액으로 보아 결정한 것은 아래 (1)～(3)과 같은 사유로 부당하므로 쟁점주식의 취득가액을 쟁점주식 평가기준일(취득일) 기준으로 3월 이내 당해 자산의 매매사례가액(1주당 222,850원)이 있으므로 동 가액을 쟁점주식의 취득가액(시가)으로 보든지, 동 가액을 시가로 볼 수 없는 경우라면「소득세법」제99조, 같은 법 시행령 제165조 제9항 및 같은 법 시행규칙 제81조 제4항 규정에 의거 환산가액을 취득가액으로 보는 것이 타당하다.

 (1) 청구인은 쟁점주식(9,800주)을 2008.1.2.에 취득하여 2008.3.30.에 양도하였는바, 양도소득세 신고시 취득가액을 1주당 10,000원으로 한 것은 거래 당시 거래당사자 간에 특별히 교환주식에 대한 평가없어 주식교환하기로 의사가 합치되어 관행에 따라 액면가액으로 수량화하여 양도소득세 및 증권거래세를 신고한 것이고, 동일 자에 동종주식을 $$$과 $$$가 &&&, @@@, OOO으로부터 양수한 후 청구인과 동일하게 ===에게 양도하였는바, $$$은 양도소득세를 신고하지 않았고, $$$는 액면가액으로 취득 및 양도한 것으로 신고하였으나 이는 당시 버스회사들의 주주들이 관행적으로 액면가액으로 신고했던 것이며, 2008.1.2. 취득한 쟁점주식의 취득가액을 타인들의 동종주식을 거래한 후 신고시 기재한 1주당 10,000원을 쟁점주식의 매매사례가액으로 인정하려면 거래된 매매사례가액이 거래당사자들이 각기 경제적 이익의 극대화를 추구하는 대등한 관계에 있는지, 거래당사자들이 거래 관련 사실에 관하여 합리적인 지식을 가지고 있고 강요에 의하지 아니한 자유로운 상태에서 거래를 하였는지 등 거래를 둘러싼 제반 사정을 종합적로 검토하여 결정하여야 할 것(대법원 2007.1.11. 선고 2006두17055 판결)임에도, 조사청의 쟁점주식의 취득가액에 대한 조사내용 및 동종주식 거래자들($$$, $$$)에 대한 조회 및 회신내용을 보면, 2008.2.10. 신고한 비상장주식 양도에 따른 양도소득세신고서에 첨부된 주식매매계약서는 사용한 도장은 당시 실무자들이 도장을 새겨서 일괄적으로 신고서에 날인한 것으로 보아 실지매매계약서가 아닌 세무신고용 형식적인 계약서임을 알 수 있고, 또한 조사청의 조사 당시 거래당사자들로부터 징취한 거래사실확인서의 어디에도 당사자들간에 동종주식을 액면가액 (￦10,000)으로 거래하였다는 내용을 찾아 볼 수 없는바, @@@은 $$$과의 거래에서 매매계약서 없이 양도소득세 신고시 그 당시 버스회사들 주식거래시 실지거래가액에 관계없이 액면가액으로 매매계약서를 법인 실무자가 작성하여 신고하는 관행에 따라 액면가액으로 기재하여 신고한 것으로 진술하고 있고, &&&과 $$$, OOO과 $$$, OOO과 청구인의 거래에서는 곽광천의 양도소득세 신고서에, OOO은 증권거래세 신고서에 각 첨부된 3건의 매매계약서를 살펴보면 각 매수인의 도장들이 각자가 사용하는 도장이 아니고 일시적으로 만들어 날인한 사실을 알 수 있고, 또한 외부주주인 ===과의 100% 지분을 모두 인수인계하는 버스회사의 실질적인 매매계약서와도 비교되며, 당사자들도 각기 신고용 계약서를 별도로 작성한 사실이 없고, 계약서에 날인된 도장도 본인의 도장이 아니라고 주장하고 있음에도 5년이 경과한 현재 청구인이 쟁점주식의 매매계약서를 보관하고 있었다면 제출하지 못할 이유가 없음에도 동종주식의 거래당사자들인 곽광천, $$$, @@@, $$$, OOO․$$$이 액면가액 이상으로 거래하였다는 문답서까지 모두 받은 상태에서 당사자들의 답변을 무시하고 청구인이 매매계약서의 미제출을 트집 잡아 불이익을 주는 것은 처분청이 왜 조사와 관련하여 당사자들로부터 문답서를 받았는지와 청구인이 작성한 사실도 없는 매매계약서를 내놓으라는 것은 잘못이고, 주식거래일로부터 오랜기간이 지난 시점에 주식거래당사자들이 거래금액을 정확하게 해명하지 못한다고 하여 그들의 진술을 부인하고 단지 당시의 신고서에 첨부된 매매계약서만을 근거로 쟁점주식의 취득가액을 삼은 것은 청구인에게 불이익을 강요하는 과세편의주의에 입각한 처분으로 근거과세원칙에 위배되는 부당한 처분이다.

  (2)「소득세법」제97조 및 같은 법 시행령 제176조의2 규정에 의하면, 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우(취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부․매매계약서․영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우, 장부․매매계약서․영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액,「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 평가한 감정가액 등에 비추어 허위임이 명백한 경우)에는 매매사례가액, 감정가액, 환산가액, 기준시가를 순차로 적용하도록 정하고 있는바, 매매사례가액이란 “「소득세법 시행령」제176조의2 제3항에 제1호에서 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액을 말한다”라고 규정되어 있는바, 쟁점주식 발행법인의 2007년말 버스회사의 수입금액과 수익을 결정하는 버스차량은 143대였으나 청구인이 쟁점주식 취득이후 버스 3대를 처분하고 2대를 추가로 취득하여 2008.3.30. 양도일에는 보유차량이 142대로 전혀 변화가 없었다 할 것임에도 청구인이 2008.1.2. 1주당 10,000원에 매입하여 2008.3.30. 1주당 222,850원에 매도하여 88일만에 매일 주당 2,418원씩 액면가액 대비 48.3%씩 올랐다는 비현실적인 차익이 발생된 결과가 도출되고, 아울러 2008.1.1.부터 양도일인 2008.3.30. 현재의 쟁점주식의 재무제표를 정산한 결과 397,451,045원의 결손금이 발행함으로써 취득시점인 2008.1.2. 보다 주당가치가 전혀 증가하지 않은 사실도 확인할 수 있으므로 특별한 사정이 없는 버스회사의 운영상 있을 수 없는 일이고, 아울러 처분청은 답변서에서 “버스회사의 경영권, 노선 영업권 등 전반적인 상황이 모두 고려되어 수십배의 고율로 매각할 수 있었던 것으로 판단됨”으로 기재하고 있으나, 쟁점주식 양수시점(2008.1.2.) 및 쟁점주식 양도시점(2008.3.30.) 모두 지분을 100% 양수․도하였으므로 양도시에만 경영권 등이 특별히 반영된 것이 아니며, 쟁점주식의 매도자인 ***와 OOO은 취득일로터 3개월도 경과되지 않은 기간에 1주당 222,850원에 거래할 주식이라는 것을 뻔히 알고 있었음에도 액면가액인 1주당 10,000원으로 양도하였을 리 없는 것이고, 쟁점주식은 청구인의 취득일 주식가치나 양도일의 주식가치는 기준시가에서도 순자산의 가치는 같은 금액으로 평가되고 있어 쟁점주식의 취득가액은 해당 주식의 평가기준일부터 3개일 이내에 1주당 222,850원에 거래한 사실이 있으므로 동 가액을 쟁점주식의 취득가액으로 보는 것이 타당하다.

 (3) 주식거래가 단순교환거래인 경우에는 특히 목적물의 금전가치를 표준으로 하는 가치적 교환으로서 각 물건에 대한 시가감정을 하여 그 감정가액 상의 차액에 대하여 금전의 보충지급 등 정산절차를 수반한 때에는 그 실지양도가액을 파악할 수 있다고 할 것이나, 이 건과 같이 그렇지 아니한 단순교환거래의 경우에는 그 실지거래가액은 파악할 수 없는 것이라고 할 것(대법원 1994.12.9. 선고 94누6840 판결 외 다수)으로, 다른 주주들의 매매사례가액은 위에서 언급한 바와 같이 실질매매계약서라고 할 수 없으므로 쟁점주식의 취득 당시 시가로 보기 어렵다 할 것이고, 교환에 의하여 취득한 쟁점주식의 취득가액은 사실상 불분명한 것이므로「소득세법 시행령」제176조의2 제3항의 규정에 따라 환산가액으로 결정하여야 하는 것으로, 2007.12.31. 현재 쟁점주식의「상속세 및 증여세법」상 취득일이 속하는 사업연도의 직전사업년도의 기준시가와 취득일의 기준시가 및 양도일의 기준시가 모두가 순자산과 순이익의 가치가 결손에 해당되어 주당가치가 “0”원임을 확인할 수 있으므로 환산취득가액은 2,183,930천원 × = 2,183,930천원으로, 쟁점주식의 양도차익은 2,183,930천원 -2,183,930천원 = 0원으로 계산되어 추가납부세액은 0원으로 계산됨을 알 수 있는바, 처분청이 쟁점주식의 거래일에 양수도한 $$$과 $$$의 동일한 주식거래가액(액면가액 10,000원)을 쟁점주식의 매매사례가액으로 보아 취득가액을 계산하여 양도차익을 산정한 것은 부당하며,

나. 처분청 의견

 청구인이 취득가액을 입증할 만한 명확한 서류를 제시하지 못하고, 청구인 외에 제3자간 계약하고 양도세 신고한 매매사례가액이 존재하는바, 제3자간 작성된 계약서가 실제 거래가액과 다르다는 것이 입증되지 않는 한 제3자간 매매사례가액을 취득가액으로 산정한 당초 처분은 정당하다.

 (1) 청구인은「소득세법 시행령」제176조의2 제3항 제1호의 “양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내....(생략)”라는 규정은 거래당일의 거래를 포함하지 않는 것으로 해석해야 한다고 주장하나, “전후 각 3개월 이내”라 함은 거래 상황의 유사성을 담보하기 위한 기간으로 거래 당일을 포함한 거래일 전후 3월 이내의 모든 기간을 의미한다 할 것이고, 청구인처럼 거래당일의 제3자 간 거래가 있는 경우 그 당일의 거래가액이 비교가능한 가장 합리적인 가액임에도 불구하고 자의적인 해석으로 거래 당일의 제3자 거래가액을 매매사례가액에 포함되지 않는다고 하는 것은 법 규정을 잘못 해석한 것에 불과하며, 청구인은 조사내용을 무시한 과세실적을 위한 편의위주의 문제에 대하여 청구인이 취득한 9,800주중 9,000주는 교환으로 취득(청구인의 소명)하고 OOO주는 매매거래(금전소비대차에 의해 취득한 것으로 소명)에 의해 취득하였으나 객관적 거래가액을 확인할 수 있는 취득계약서 또는 금융증빙이 제시되지 않아 그 취득금액이 불분명한 바, 취득가액 추계결정시 관련 법령에 따라 매매사례가액을 취득가액으로 우선 적용한 것으로, 제3자 간에 작성된 계약서가 있고 신고가액이 있음에도 불구하고 객관적 증빙도 없이 신고된 계약서가 실제 거래가액과 다르게 관행적이고 형식적으로 작성되고 신고되었다는 일방적 주장을 하고 있다.

 (2) 청구인은 판례(대법원 1994.12.9. 선고 94누6840 판결 외 다수)등을 들어 처분청에서 주장하는 매매사례가액이 타당하다는 입증을 하여야 한다고 주장하나, $$$이 &&&으로부터 쟁점주식과 동종의 주식을 주당 10,000원에 양수한 계약서가 존재하고, &&&, @@@, OOO의 양도소득세 신고내용에 의해 매매사례가액이 액면가액과 동일한 10,000원임이 확인되는바, 거래가액이 불분명하다는 청구인의 주장은 타당하지 않으며, 2008.1.1부터 2008.3.31까지의 대차대조표, 손익계산서등을 제시하면서 청구인의 주식은 취득 이후 양도 시까지 주당가치가 전혀 증가하지 않아 환산취득가액 적용 시 양도차익이 발생하지 않는다고 주장하나, 청구인이 주식취득 후 양도시까지 약 3개월의 짧은 보유기간에 취득가액(액면가액)의 약 22배가 넘는 가액으로 양도한 것으로 나타난 것도 청구인(양도자 대표)이 양수인 대표인 ===에게 버스회사 경영권, 노선 영업권 등 전반적인 상황이 모두 고려된 정확한 가치를 반영하여 양도하였기 때문에 수십배의 고배율로 매각할 수 있었던 것으로 판단되는 바, 객관적 증빙없이 청구인은 쟁점주식 뿐만 아니라 $$$과 $$$가 취득한 동종주식의 취득가액이 액면가액 이상이었다는 청구주장은 인정할 수 없으며, 제3자 간의 매매계약서, 동종주식의 양도와 관련된 양도소득세 신고서에 첨부된 매매계약서상 1주당 10,000원을 쟁점주식의 시가로 볼 수 있는 매매사례가액으로 보아 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점주식의 취득가액을 동일자 거래한 매매사례가액(1주당 10,000원)으로 보고 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

 (1) 국세기본법

  제14조【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

  제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】

① 세법의 해석·적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

 (2) 소득세법(2008.12.26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것)

  제96조【양도가액】

① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

  제97조【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

 가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가

 나. 가목 본문의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

  제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지 거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

 (3) 소득세법 시행령

  제163조【양도자산의 필요경비】

⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 “대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액”이라 함은 제176조의2 제2항 내지 제4항의 규정에 의한 가액을 말한다.

  제176조의2【추계결정 및 경정】

② 법 제114조 제5항에서 “대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액”이라 함은 다음 각 호의 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 주식 등이나 법 제94조 제1항 제4호의 규정에 의한 기타 자산의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액

③ 법 제114조 제5항의 규정에 의하여 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호의 규정에 의한 매매사례가액 또는 제2호의 규정에 의한 감정가액이 제98조 제1항의 규정에 의한 특수관계 있는 자와의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주권상장법인 또는 코스닥상장법인의 주식등을 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주식등을 제외한다)에 대하여 2 이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

4. 기준시가

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인의 쟁점주식의 취득경위를 보면, 쟁점주식은 아래〈표2〉와 같이 OOO의 내부주주들 간의 거래로, OOO의 주주와 **** 주주들(OOO과 *** 간)간 불협화음으로 인하여 OOO의 주주 일부가 ****로 가기를 원하여 교환대상 주식에 대한 평가절차 없이 협의에 의하여 쟁점주식과 대물교환주식을 상호 교환하기로 구두로 합의하고 이를 이행한 것으로 나타나고, 쟁점주식의 거래일과 같은 날에 거래한 동종주식의 거래내역을 보면, 2008.1.2. &&&이 4,000주를, @@@이 1,000주를 $$$에게 양도하였고, 2008.1.2. OOO이 5,200주를 $$$에게 양도한 것으로 확인되며, 청구인은 쟁점주식을, $$$과 $$$는 동종주식을 2008.3.30. ===에게 1주당 222,850원에 양도하였으며, 2015.5.27. 조세심판관회의시 청구인은 주식교환 당시 거래가액을 20억원으로 하여 상호교환한 것으로 진술한 바 있다.

〈표1〉청구인의 쟁점주식(9,800주) 취득내역

 (2) 청구인은 2008.1.2. 쟁점주식을 교환방식으로 취득한 후 2008.3.30. ===에게 양도하였는바, 2008.1.2. 쟁점주식의 양도인들과 양수인인 청구인은 당시 신고관행에 따라 취득가액과 양도가액 모두 1주당 10,000원으로 기재하여 양도소득세 등을 신고하였으나, 조사청은 청구인이 2008.3.30. ===에게 양도한 쟁점주식에 대한 조사결과 실제 1주당 222,850원으로 거래한 사실 및 취득가액은 교환거래에 의한 취득으로 인하여 실지거래가액이 불분명하나 동일자 동종주식의 거래 후 한 양도소득세 신고 시 기재한 취득가액이 1주당 10,000원인 사실을 확인하고 이를 쟁점주식의 시가로 볼 수 있는 매매사례가액으로 보아 양도소득세를 경정한 것으로 나타난다.

 (3) 조사청이 쟁점주식의 시가로 선택한 2008.1.12.의 동종주식의 매매사례가액(1주당 10,000원)에 대한 조사․확인내역을 보면, 2008.1.2. &&&과 $$$간에 4000주가, @@@과 $$$간에 1000주의 주식이 거래되었고, 이와 관련하여 당사자들이 양도소득세 신고하였는바, 그 거래가액은 액면가액인 1주당 10,000원으로 매매계약서가 작성되어 첨부되었고, 거래당사자들(&&&, $$$)에 대한 거래사실내용 조회 및 회신내용에 의하면 &&&과 $$$은 오래전 일이라 구체적 거래금액과 객관적 증빙은 없으나 모두 액면가액을 상회한 가액으로 거래였다고 회신한 것으로 나타나고 있고, @@@으로부터 양수받은 $$$은 종전 @@@으로부터 금전채권(약 1천만원) 남짓 있어 주식 1000주를 대물변제받았는바 액면가액보다 높게 거래하였다고 서면으로 회신한 것으로 나타나고 있으며, 조사청은 이에 대하여 거래당사자들의 “액면가액을 상회한 거래였음”이라는 주장은 객관적 증빙이 없는 진술로 신빙성이 없다고 판단하고, 동종주식의 거래 당사자들이 양도소득세 신고시 첨부한 매매계약서상 1주당 10,000원을 쟁점주식의 시가로 본 것으로 나타난다.

 (4) @@@과 $$$의 진술 및 거래(1,000주)내역을 보면, @@@은 2008.2.10. 신고한 양도소득세 신고서에는 양도소득세신고서에만 액면가액으로 기록하여 신고하였을 뿐 주식매매계약서가 첨부되어 있지 않으며, 또한 조사 당시 조사청에서 당사자들로부터 징취한 거래 사실 확인서를 살펴보면 거래내용자체를 명확히 기억하지 못하고 있으며 액면가액으로 거래했다는 내용도 없으며, OOO과 $$$의 거래(5,200주)내역을 보면, 2008.2.10. 양도소득세 신고서에는 주식매매계약서가 첨부되어 있지 않으나 동일자에 신고한 증권거래세 신고서에는 청구인과 $$$에 대하여 주식매매계약서가 각각 같이 첨부되어 있는바, 이 계약서 역시 실지매매계약서로 작성된 것이 아니고 세무신고용으로 작성하여 실무자가 도장을 새겨 일괄적으로 신고서에 날인한 것으로 보이며, 조사 당시 처분청이 당사자들로부터 수취한 거래사실확인서에도 당사자들이 액면가액으로 취득하였거나 양도하였다는 내용을 발견 할 수 없으며 오히려 액면가액 이상으로 거래한 것으로 기억하고 있다고 답변하고 있어 실제 동종주식의 거래가액이 1주당 10,000원인지 불분명한 것으로 나타난다.

 (5) 처분청의 답변내용에 의하면, ***, ***, @@@ 이상 3인은 쟁점주식을 청구인에게 양도하였는바, 청구인은 그 대가를 보유중이던 대물변제주식[(주)신진상운 발행 주식 11,600주 및 (주)**** 발행 주식 8,000주]으로 변제하였고, 청구인의 쟁점주식 교환 취득 당시 청구인이 양도한 주식에 대하여 상증법상 보충적 평가방법을 적용하여 평가한 결과에 의하면, 청구인이 쟁점주식을 취득한 후 양도한 대물변제주식의 가치는 총 66,618,000원 [(주)#### 발행 주식 11,600주로 1주당 5,743원, (주)**** 주식 8,000주는 개업한 지 1년 6개월 밖에 경과되지 않았고, 순자산가치가 “0”로 산출됨에 따라 주식가치는 산출되지 않아 “0원”]으로 산정되는 것으로 나타나며, 쟁점주식 발행법인의 2007년말 수입금액과 수익을 결정하는 버스차량은 143대였으나 청구인이 쟁점주식 취득이후 버스 3대를 처분하고 2대를 추가로 취득하여 2008.3.30. 양도일에는 보유차량이 142대로 특별한 변화가 없었고, OOO의 2007사업연도 결산내용을 보면, 당기순이익은 195,857,277원으로, 당기순이익이 발생한 경위를 보면 유형자산 등 감가상각자산에 대하여 감가상각비(동 감가상각 미계상액이 년간 총 1,619,878,039원) 미계상(결손이 발생되면 국가보조금 수취액이 감액되어 이를 방지하기 위하여 감가상각비를 미계상하였다고 소명함)함에 따른 것이고, 이를 반영하면 당기순손실 1,424,020,762원 발생되며, 2008년 1월～2008년 3월까지 가결산에 의한 결산내용에 의하면, 2008년 당기순이익이 740,412,414원으로, 당기순이익이 발생한 경위를 보면 유형자산 등 감가상각자산에 대하여 감가상각비(감가상각 미계상액이 년간 총 1,467,983,058원) 미계상(결손이 발생되면 국가보조금 수취액이 감액되어 이를 방지하기 위하여 감가상각비를 미계상하였다고 소명함)함에 따른 것이고, 이를 반영한 2008년 당기순손실은 727,570,644원이며, 이를 1～3월까지 기간분 감가상각비를 반영하면 당기순손실 226,231,230원으로 산출되는 것으로 나타나고 있는 등 청구인이 쟁점주식 취득시점인 2008.1.2.과 쟁점주식 양도시점(2008.3.30.로 새로운 경영자라는 ===에게 인계하기 위한 양도시점)간에 OOO의 재무상태가 주가에 영향을 미칠 정도로 특별하게 변동된 사실은 없는 것으로 나타나고 있다.

〈표2〉각 사업연도말 현재 자산․부채 및 당기순이익 변동내용

 (6)「국세기본법」제14조 제1항에서 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용하는 것으로 규정하고 있고,「소득세법」제97조 제1항에 의하면 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 취득가액은 자산의 취득에 소요된 실지거래가액을 원칙으로 하고, 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다)을 적용하도록 규정하고 있으며,「소득세법 시행령」제163조 제12항에서 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 “대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액”이라 함은 제176조의2 제2항 내지 제4항의 규정에 의한 가액[(양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주권상장법인 또는 코스닥상장법인의 주식등을 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액을, 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액(양도당시의 실지거래가액 × 취득 당시 기준시가/ 양도 당시 기준시가), 기준시가]을 적용하도록 규정하고 있다.

 (7) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대,「소득세법」제97조 제1항에 의하면 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 취득가액은 자산의 취득에 소요된 실지거래가액을 원칙으로 하고, 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액[(양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주권상장법인 또는 코스닥상장법인의 주식등을 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액], 감정가액 또는 환산가액을 적용하도록 규정하고 있는바, 청구인이 쟁점주식을 취득한 과정을 보면 거래당사자들간에 상호합의하여 교환대상주식 가치의 평가를 생략(청구인은 20억원으로 보고 교환한 것으로 진술함)하고 매매계약서의 작성도 없이 교환거래에 의하여 취득한 것이라는 점에서 당해 재산의 취득가액이 불분명한 것으로 나타나고 있는 점, 처분청이 동종주식의 매매거래가액을 쟁점주식의 시가로 보았으나 동종주식의 양도자인 &&&, @@@, OOO의 진술에 의하면 동 거래주식을 액면가액 이상으로 거래한 것이고, 처분청이 확보한 매매계약서는 증권거래세 등 신고목적으로 사후에 주식발행회사의 실무자가 관행적으로 액면가액으로 거래한 것으로 작성하여 신고한 것이라고 일관되게 진술 및 확인하고 있는 점 등에 비추어 동종주식의 거래가액인 1주당 10,000원이 실지거래가액인지 불분명하다고 보이는 점, 쟁점주식의 취득일(2008.1.2.) 이후 3개월 이내인 2008.3.30. ===에게 1주당 222,850원에 양도한 사실에 다툼이 없고, 쟁점주식 발행법인의 수입금액과 수익을 결정하는 버스차량을 보면 2007년말 143대였으나 청구인이 쟁점주식 취득 이후 기존 버스 3대를 처분하고 2대를 추가 취득하여 2008.3.30. 쟁점주식의 양도일 현재 보유차량이 142대로 특별한 변화가 없으며, 동 기간 동안 OOO의 재무상태를 보면 쟁점주식의 가격이 88일만에 1주당 10,000원에서 1주당 222,850원으로 급격하게 상승될 만한 특별한 사유를 발견할 수 없는 점 등에 비추어 동종주식의 거래가액이라는 1주당 10,000원을 곧바로 쟁점주식 취득 가액으로 보기 어려운 점에서 처분청이 쟁점주식의 취득가액을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.