주 문

OOO장이 2015.8.17. 청구법인에게 한 2009사업연도 법인세 OOO원의 부과처분 및 OOO에 대한 2009년 귀속 OOO원의 소득금액변동통지처분은 2009년도 OOO의 총급여액을 1년분 급여로 환산한 OOO원을 적정 보수금액으로 보고 청구법인이 동 적정보수금액의 범위내에서 지급한 급여 및 퇴직급여의 금액은 이를 손금에 산입하여 그 과세표준과 세액 및 소득금액변동통지금액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 1969.3.28. 설립되어 OOO에 소재한 재래시장인 'OOO'에서 시장관리업, 대점포업, 상품판매업 등을 영위하는 법인으로서, 임직원으로 재직하던 설립자 故OOO과 배우자 OOO, 자녀 OOO, OOO, OOO, OOO, OOO, OOO의 배우자 OOO 및 OOO 등(이하 “쟁점임직원”이라 한다)에게 2009∼2013사업연도 기간 동안 아래 <표1> 및 <표2>와 같이 급여 및 퇴직급여를 각각 지급하였다.

나. OOO장(이하 “조사청”이라 한다)은 2015.3.27.～2015.6.26. 기간 동안 실시한 OOO에 대한 상속세조사(2014.3.8. 청구법인의 지분을 OOO% 보유하던 OOO이 사망하여 보유주식이 배우자 OOO과 자녀 OOO, OOO, OOO, OOO, OOO에게 상속되었다)의 일환으로 2015.6.1.～2015.6.20. 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시하였고, 조사청의 조사결과에 따라 처분청은 OOO 감사에게 지급된 급여액을 적정 보수금액으로 보아 아래 <표1>과 같이 2009∼2013사업연도의 기간 동안 쟁점임직원이 OOO의 급여를 초과하여 지급받은 보수액 OOO원(이하 “쟁점급여”라 한다)을 손금불산입하였으며, 청구법인의 임시 주주총회 의사록(2009.4.2.)에 의한 “임원퇴직금 및 위로금 규정”의 퇴직금 산정기준이 불분명한 것으로 보아 「법인세법 시행령」 제44조 제4항의 임원퇴직금한도를 아래 <표2>와 같이 계산하여 그 초과액 OOO원(이하 “쟁점퇴직급여”라 한다)을 손금불산입하여, 2015.8.17. 청구법인에게 법인세 합계 OOO을 경정․고지하였고, 쟁점퇴직급여를 쟁점임직원에게 각 상여처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

<표1> 쟁점급여 및 손금불산입 내역

<표2> 쟁점퇴직급여 및 손금불산입 내역

다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.10.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점급여는 쟁점임직원의 노고에 대한 정당한 대가로서 적법한 절차와 지급규정에 따라 지급된 것으로, 「법인세법」제26조 과다인건비 손금불산입 규정이나, 같은 법 제52조 부당행위계산부인 규정은 이 사건 처분의 적법한 사유가 될 수 없는바, 쟁점급여를 과다지급급여로 보아 손금불산입한 처분은 부당하다.

  (가) 쟁점급여는 쟁점임직원의 노고에 대한 정당한 대가로서 적법한 절차에 따라 지급되었음에도, 각 법인의 특수한 사정을 고려하지 않고 부동산 임대업 전국 평균 매출 대비 급여 비율만으로 과다, 부당한 인건비라고 단정할 수 없다.

1) 쟁점임직원에 대한 보수가 적정한지 여부는 그 보수가 임직원의 공로에 상응하는지 여부로 판단하여야할 것인데, 처분청이 비교 대상으로 삼은 주변의 다른 임대업체가 현재까지도 공실 상태를 면하지 못하고 있는데 반해, 청구법인의 현재 임대율은 OOO%로, 이는 쟁점임직원들의 각고의 노력에 의하여 만들어졌고, 또 유지되는 것이다.

   2) 적정 보수금액은 각 법인의 사업 내용, 인력 활용 방법, 개인별 담당 업무 등에 따라 모두 다르고, '전국 부동산 임대업 평균'이라는 처분청의 판단기준에는 각 개별 법인의 특수한 사정이 전혀 고려되어 있지 아니하며, 처분청 논리대로라면, 전국 부동산 임대업 법인 중에서 절반 가량은 평균 비율을 넘을 것이므로 모두 인건비 손금불산입 조정이 필요할 것이다.

   3) 전통시장을 운영하고 있는 청구법인은 다른 비용 항목에 비해서 인건비의 비중이 높을 수밖에 없고, 전통시장 관리의 특성상 임차료 수금 및 점포관리, 지속적인 시장 환경 개선 등을 위해 다른 부동산 임대업에 비해서 인력이 많이 소요될 수밖에 없으며, 쟁점임직원들은 수십년간 시장의 발전을 위해서 노력해 왔고 그러한 노력의 결실로서 충분한 실적이 발생하였기 때문에 임직원들에게 그 간의 노력에 대한 정당한 보상을 지급한 것이다.

   4) 청구법인은 1976년 창업 이래 OOO과 배우자 OOO이 그 기틀을 마련하고 쟁점임직원 모두가 업무분장이나 보수액에 관계없이 각고의 노력 끝에 수차례의 위기를 극복하며 성장시켜온 가족기업으로, 쟁점임직원이 지난 40여 년 동안 경비업무를 제외한 모든 청구법인의 경영활동을 함께 처리해 왔다.

   5) 초창기에는 시장에 공실이 많아 청구법인이 직영으로 공실점포를 운영하였는바, 많은 인력이 필요하였고, 이후 시장이 안정을 찾으면서 주변 대형마트 등으로 인한 시장의 쇄락을 막기 위해 시장 내 마트 등 점포유치를 위한 노력 등 쟁점임직원의 노력을 바탕으로 청구법인은 성장할 수 있었다.

   6) OOO은 자금관리를 위하여 매일 출근하고 있으며, 제주도 소재 펜션은 5남매가 공동사업자로서 공동운영하는 사업으로, 순번을 정하여 돌아가며 제주도에 머물러 사업을 관리하고 있고, 사업운영상 OOO이 주민등록을 이전한 것일 뿐, 실제로는 OOO에 거주하고 있으며, 건축물대장에 기재되는 개․보수의 범위가 한정되어 있으므로 건축물대장상 개․보수 이력이 없다는 이유만으로 청구법인 소유 건물을 전혀 개․보수하지 아니하였다고 단정할 수 없는바, 처분청의 의견은 사실과 다르다.

  (나) 임원의 보수는 법인의 재량에 속하는 것으로 경영실적, 재무현황, 지위 및 담당업무 등을 종합적으로 고려하여 자유롭게 정할 수 있는 것(조심 2010부2005, 2010.12.21. 같은 뜻임)이므로, 특별한 사정이 없는 한 법인이 주주총회․사원총회 또는 이사회의 결의로 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 급여 및 상여금은 손금으로 인정하여야 한다(조심 2014전3168, 2014.12.23., 조심 2015서0285, 2015.6.22. 같은 뜻임).

   1) 청구법인은 정관 제33조에서 “임원의 보수 또는 퇴직한 임원의 퇴직금은 주주총회의 결의로 정한다”고 규정하고, 적법하게 개최된 주주총회에서 임원 보수 한도액을 결의하고 그 구체적인 내용을 이사회에 위임하였으며, 관련 이사회에서 각 임원의 업무량과 중요도뿐만 아니라 청구법인의 경영실적, 재무현황 및 청구법인에 대한 과거 및 현재의 기여도 등 여러 가지 요인들을 종합적으로 고려하여 개인별 월 보수액을 구체적으로 결의하였고, 그에 따라 쟁점임직원에 대한 급여 및 상여를 지급하였다.

<표3> 임원 보수한도 결의 내역

   2) 처분청은 임시주주총회에서 급여 한도를 정한 것만으로는 구체적인 급여지급기준을 정한 것으로 인정할 수 없다는 의견이나, 청구법인은 주주총회의 위임에 따라 이사회에서 각 임원의 개인별 월 보수액을 별도로 결의하여 지급하였고, 주주총회에서 전체 임원에 대한 보수 한도를 정하고 이사회에서 각 임원 개인별 보수금액을 정한 경우에는 「법인세법 시행령」 제43조 제2항의 ‘급여지급기준’으로 인정할 수 있는 것이다(조심 2014전3168, 2014.12.23. 같은 뜻임).

  (다) 처분청은 쟁점급여가 청구법인의 지배주주 등인 임원에게 정당한 사유 없이 동일 직위에 있는 지배주주 등 외의 임원에게 지급하는 금액을 초과하여 지급한 경우에 해당한다는 의견이나, 처분청이 적정 보수금액의 기준으로 삼은 OOO은 다른 쟁점임직원과 마찬가지로 지배주주(故 OOO)의 친족으로서 위 규정의 '지배주주 등'에 해당하여 위 규정의 요건에 해당하지 않을뿐더러, 처분청은 정당한 사유 없이 지급한 것인지 여부도 입증한 바 없다.

  (라) 처분청은 청구법인의 쟁점급여 지급이 부당행위계산부인 규정의 적용 대상이라는 의견이나, 쟁점급여의 지급은 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 해당하지 아니하고, 또한, OOO에게 지급된 급여를 적정 보수금액으로 볼 수도 없으므로, 쟁점급여 지급은 부당행위계산부인 규정의 적용 대상이 아니다.

   1) 법인과 특수관계인 사이의 어떤 거래행위의 결과가 부당행위계산부인 규정에 해당한다는 이유로 손금불산입되기 위해서는, 「법인세법 시행령」 제88조 제1항 각 호의 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우 중 어느 하나에 해당하여야 하나, 쟁점급여의 지급은 이 중 어디에도 해당하지 아니한다.

   2) 또한, 부당행위계산부인 규정의 적용을 위해서는 손금불산입의 기준이 되는 ‘시가’가 특정되어야 하나, OOO의 급여는 「법인세법」상 시가가 될 수 없고, 처분청이 이를 시가로 특정한 근거 또한 사실과 다르므로, 이를 시가로 볼 수 없다.

    가) 처분청은 OOO의 업무량 및 중요도가 가장 크다는 점 외에는 어떠한 근거도 없이 OOO에게 지급된 급여를 '시가'로 보아 이를 초과하는 부분을 일률적으로 손금불산입하였고, OOO의 업무량과 중요도가 가장 크다는 처분청의 판단은 OOO이 세무조사시 질문에 대한 답변을 주로 하였다는 사실만으로 추정한 주관적 판단에 불과하며, OOO은 회계학 전공자로 청구법인에서 회계, 재무 업무를 담당하였기 때문에 세무조사에 관여한 것일 뿐이고, OOO과 함께 시장을 일궈내고 수십 년간의 운영 경험으로 청구법인을 운영한 OOO이 재경담당 임원에 불과한 OOO보다 보수를 더 지급받아서는 안된다는 처분청의 과세논리는 근거 없는 부당한 논리이다.

    나) 부당행위계산 부인의 기준이 되는 ‘시가’란, 건전한 사회통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 말하는데, OOO은 청구법인의 임원 또는 사용인으로서 「법인세법」 상 특수관계인에 해당하고, 청구법인이 OOO에게 지급한 급여는 「법인세법」제89조 어디에도 해당하지 아니한바, 시가가 될 수 없다.

    다) 더욱이, 2009년의 경우 OOO은 1.1.부터 6.30.까지 총 6개월만 근무하였는데, 처분청은 6개월치의 급여 그대로를 다른 쟁점임직원의 1년치 적정 보수금액이라고 보아 이 건 처분을 하였는바, 이 건 처분의 근거가 자의적이고 객관성을 결여하였음이 명백하다.

    라) 부당행위계산 부인의 적용기준이 되는 ‘시가’에 대한 주장․입증책임은 부당행위계산 부인을 주장하는 과세관청에게 있는데(대법원 2005.5.12. 선고 2003두15287 판결), 처분청은 왜 OOO의 급여가 ‘시가’가 되는지에 대한 납득할만한 증명을 하지 못하였다.

 (2) 청구법인은 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정에 따라 쟁점퇴직급여를 지급하였는바, 이는 법인세법상 손금에 해당함에도, 「법인세법 시행령」 제44조 제4항의 임원퇴직금한도를 적용하여, 쟁점퇴직급여를 손금불산입한 처분은 위법하다.

  (가) 「법인세법 시행령」 제44조 제4항에 의거, 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정에 의한 퇴직급여는 손금으로 인정되는 것이고, 여기서, ‘정관에 의한 임원퇴직금 지급규정’이란, 「상법」상 의결절차와 의결내용이 정당할 뿐 아니라, 임원의 퇴직 시마다 퇴직금(퇴직위로금 포함)을 임의로 지급할 수 없도록 정한 일반적이고 구체적인 기준으로 법인이 계속적․반복적으로 적용하여 온 규정을 말한다.

  (나) 처분청은 청구법인이 정관의 위임에 따라 2009.4.2.자 임시주주총회결의로 정한 ‘임원 퇴직금 및 위로금 지급규정’이 “평균임금”에 대한 아무런 부기나 설명이 없어 사전에 정해진 급여지급의 기준으로 볼 수 없다는 의견이나, 평균임금이라는 용어는 굳이 그 개념을 별도로 정의하지 아니하더라도 '최근 3개월간의 기본금의 평균액과 최근 1년간의 상여금의 평균액의 합계'라는 개념으로 일반적으로 널리 통용되고 있고, 「근로자퇴직급여 보장법」 제2조 제4호 및 「근로기준법」 제2조 제1항 제6호에서 평균임금을 ‘산정기준일 이전 3개월 동안 그 근로자에게 지급된 임금의 총액을 그 기간의 총일수로 나눈 금액’으로 정의하고 있으며, 이는 청구법인이 퇴직금 산정에 적용한 개념과 동일한 것이며, 청구법인은 설립 이래 일관되게 평균임금을 ‘최근 3개월간의 기본금의 평균액과 최근 1년간의 상여금의 평균액의 합계’로 적용하여 왔고, 2009.4.2. 임시주주총회 결의시 규정의 편의상 이를 그와 동일한 의미로 널리 통용되고 있는 "평균임금"이라는 단어로 대체하였을 뿐인바, 처분청의 의견을 받아들일 수 없다.

  (다) 처분청은 당초 청구법인의 임원퇴직금지급규정이 존재하지 아니하여 법정한도를 초과하여 지급한 퇴직금을 손금에 산입하지 아니하는 것으로 처분하였다가, 심판청구 진행 중에 쟁점임직원 중 일부가 2009년〜2013년 중에 수령한 퇴직금 전액인 OOO원을 퇴직금 수령 시의 퇴직이 현실적인 퇴직이 아니므로 업무무관 가지급금으로 손금불산입하여야 한다는 새로운 의견을 제시한바, 이는 쟁점임직원 중 일부가 퇴사 후 재입사를 하였다는 사실 외에 아무런 객관적인 증거가 없는 의견일 뿐 아니라, 불복청구 도중에 이루어진 위법한 처분사유의 변경이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 가족회사로서 매출액 신장이나 시장건물 리모델링 등 특이할 만한 사항이 없는 사업연도인데도 불구하고 구체적 기준이 없는 임원보수규정을 통해 쟁점급여를 지급함으로서 경제적 합리성을 결여한 채 청구법인의 이익을 쟁점임직원에게 분여하여 조세의 부담을 부당히 감소시킨바, 이를 손금불산입한 처분은 적법하다.

  (가) 청구법인이 임대하는 OOO은 리모델링 내지 수선이 거의 없었음을 OOO 감사로부터 확인한 바 있고, 조사청의 2차례에 걸친 현장 출장으로도 상당히 노후된 재래시장임을 확인할 수 있었으며, 청구법인 소유 부동산의 건축물대장을 모두 확인한 결과 건물 개보수이력은 없었다.

  (나) 쟁점임직원이 청구법인의 대표이사, 이사, 감사를 번갈아가며 맡았던 것으로 법인등기부상 확인되고, 세무조사를 위해 OOO 2층에 위치한 4평 남짓한 청구법인의 사무소를 2회에 걸쳐 방문한 바, 시장 상가의 임대료는 법인계좌로 입금되고 있으며, 일부 상인들이 내는 관리비는 경비원 3인이 직접 수령하여 수기로 정리를 하고 있었고, 청구법인의 대표인 OOO이 임대료와 관리비 정리 업무를 맡고 있어 한 달에 2∼3회 정도 사무실로 출근을 하는 것으로 나타나며, 감사인 OOO은 조사 대상 기간 동안 OOO를 주소지로 두고 OOO에서 거주하며 OOO 소재 펜션(상호 : OOO)을 운영하고 있었다.

  (다) 청구법인은 동종업종에 비해 과다하게 인건비를 지급하였고, OOO을 제외한 쟁점임직원의 업무 분장 상의 수행업무를 고려하더라도 유사한 임무에 대한 다른 기업의 보수수준을 초과하여 지급하였으므로, 쟁점급여를 적법한 손금으로 볼 수 없다.

   1) 아래 <표4>와 같이 청구법인의 매출액 대비 급여액 비율은 동종업종의 전국 평균율에 비해 매우 높을 뿐만 아니라, 아래 <표5>와 같이 청구법인과 유사한 OOO 인근 타시장의 임대법인에 비해서도 매우 높다.

<표4> 청구법인의 급여액/매출액 비율 및 동종업종 평균율과의 비교

<표5> OOO 인근 타시장 임대법인의 급여액/매출액 비율

   2) 청구법인에 대한 세무조사시 공문 발송 및 사업장 현장방문하여, 쟁점임직원의 담당업무 및 업무량을 확인하기 위해 업무분장 내지 성명 및 서명이 들어간 업무서류를 요구하였고, 제출받은 업무분장표의 내용과 실제 업무현황 등에 비추어 쟁점임직원 중 OOO의 업무량 및 업무중요도가 가장 큰 것으로 판단된다.

   3) 청구법인은 업무분장표에 따라 쟁점임직원이 각자의 업무를 실제 담당하였다고 주장하나, OOO을 제외한 임직원의 업무 분장 상의 수행업무의 성질과 책임의 경중, 유사한 임무에 대한 다른 기업의 보수수준을 비교한 결과, 쟁점급여가 ‘일반적으로 용인되는 통상의 비용’의 사업경비로 보이지 아니하여, 조사대상 기간 당시의 청구법인의 대표이자 OOO% 주주인 OOO의 특수관계인인 쟁점임직원에 대한 잉여금처분 성격의 상여금액으로 봄이 타당하다.

  (라) 청구법인은 내부규정에 따라 급여를 지급하였다고 주장하나, 해당 규정은 2008.12.10.과 2013.1.15. 작성된 임시 주주총회 의사록을 말하는 것이고, 이에 의하면, 임원 급여 한도를 각각 OOO원으로 정하였을 뿐, 구체적인 지급기준을 정한 바가 없으며, 「법인세법 시행령」 제43조의 과다보수규정은 본질적으로 실질과세 내지 부당행위계산 부인에 따르는 확인규정이고, 따라서, 동규정은 법인이 내부규정에 따른 정당한 내부절차를 거쳤는지 여부에 상관없이 지배주주등(특수관계인 포함)인 임원에게 동일직위에 있는 임원에게 지급하는 금액을 초과하는 보수를 지급함으로써 법인의 조세부담을 부당하게 경감시키거나 회피하는 행위를 규제하려는 것이므로, 청구법인의 주장은 타당하지 아니하다.

  (마) 청구법인은 OOO의 보수가 시가에 해당하지 아니한다고 주장하나, 관련 법 규정에 의하여도 시가의 산정이 어려워 과세관청이 해당 재화나 용역의 성격, 유사한 재화나 용역에 대한 적정거래가능가격 등 제반 사정을 참작하여 객관적이고 합리적인 방법에 의하여 평가한 것으로 볼 수 있는 가액도 시가로 볼 수 있다.

   1) 세무조사 당시 조사공무원이 수차례에 걸쳐 쟁점임직원의 업무분장과 실제 근무사실을 입증할 서류를 요구한 바 있으나, 청구법인은 업무분장내역서 1매만을 제출하며 다른 서류는 없다고 답변하였고, OOO과 OOO이 모두 OOO의 업무분담이 가장 크다고 진술하였다.

   2) 동일직위에 있는 임원은 법인등기부상 직위에 관계없이 회사내부 조직체계상 실제 종사하는 사실상의 직무를 기준으로, 정당한 사유는 지배주주등인 임원의 경영실적, 담당업무의 성질․중요도․소요시간, 책임의 경중, 법인의 재무현황, 건전한 사회통념이나 상관행 등에 비추어 경제적 합리성을 기준으로 판단하여야 하는바, 조사청은 업무분장내역에 기재된 OOO의 업무성질․중요도․소요시간, 책임의 경중을 감안하여 OOO의 급여액을 타당한 금액이라고 판단하였다.

   3) 조사청은 청구법인의 임원이 수행하고 있는 직무의 내용에 비추어 그 대가로서는 부당하게 고액이라고 인정하여 OOO의 보수를 초과하는 금액을 손금불산입한 것이고, 이를 부당행위계산의 부인으로 이해해도 법적근거가 없는 처분이 아니다.

 (2) 쟁점퇴직급여는 사전에 정해진 퇴직금지급규정에 따라 지급된 것으로 보기 어려워, 「법인세법」 제44조 제4항 제2호의 한도를 초과한 금액은 손금에 산입하지 아니함이 타당하고, 쟁점임직원 중 퇴사 후 재입사한 OOO 외 5명에게 지급한 퇴직급여의 경우 현실적인 퇴직으로 인한 것으로 보기 어려운바, 쟁점퇴직급여를 손금불산입하고 해당 임직원에게 소득처분한 당초 처분은 정당하다.

  (가) 2009.4.2. 작성된 임시 주주총회 의사록을 통해 임원퇴직금 지급규정을 신설하였으나, 퇴직금의 산정에 대한 규정인 임원퇴직금 및 위로금 지급규정 제4조에서 평균임금에 대한 아무런 부기나 설명이 없어, 이를 사전에 정해진 퇴직급여지급기준으로 볼 수 없다.

  (나) 청구법인은 설립 이래 일관되게 평균임금을 ‘최근 3개월간의 기본금의 평균액과 최근 1년간의 상여금의 평균액의 합계’로 적용하여 왔다고 주장하나, 조사청은 청구법인의 사무실을 방문하여 2009.4.2.자 임시주주총회 의사록의 사본을 징취한 바 있고, 청구법인이 심판청구시 제출한 1991.4.20. 및 1997.1.10.자 임원퇴직금 지급규정은 당시 제출된 바 없어, 조사 이후 사후 작성되었을 가능성을 배제할 수 없다.

  (다) 청구법인은 쟁점임직원 간에 업무분장을 엄격하게 구분하기 보다는 가족 일원에게 사정이 생겨 업무를 맡을 수 없을 때에는 다른 가족원이 업무를 대신해주는 등, 업무분장이나 보수액에 관계없이 전 임직원이 나서서 문제를 해결하였고, 가족기업으로서 가족들이 번갈아 임원을 맡는 것이 당연하다고 주장하는 점, 아래 <표6>과 같이, OOO 외 5명은 퇴사일과 재입사일의 시차가 많지 아니하고, <표6>의 내용 외에도 조사대상기간 이전에 쟁점임직원의 퇴사가 7차례 더 있었던 점 등에 비추어 퇴사 직후 재입사한 쟁점임직원들에게 지급된 퇴직급여는 현실적 퇴직으로 인한 퇴직급여로 보기 어렵고, 오히려 퇴사를 가장하여 법인의 잉여금을 법인세 부담 없이 인출한 것이라 할 것이다.

<표6> 비현실적 퇴직 관련 퇴직급여 내역

  (라) 과세처분 취소소송의 소송물은 정당한 세액의 객관적 존부이므로 과세관청으로서는 소송도중이라도 사실심 변론 종결시까지는 당해 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 그 사유를 교환․변경할 수 있는 것이고, 반드시 처분 당시의 자료 만에 의하여 처분의 적법 여부를 판단하여야 하거나, 처분 당시의 사유만을 주장할 수 있는 것은 아니다(대법원 1997.10.24. 선고 97누2429 판결, 같은 뜻임).

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점급여를 쟁점임직원에게 과다지급한 것으로 보아 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분의 당부

 ② 쟁점퇴직급여를 손금불산입하여 법인세를 과세하고, 이를 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 법인세법 제19조【손금의 범위】 ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(손비)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

제26조【과다경비 등의 손금불산입】 다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 인건비

제52조【부당행위계산의 부인】 ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 “특수관계인”이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율․이자율․임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (2) 법인세법 시행령 제43조【상여금 등의 손금불산입】 ① 법인이 그 임원 또는 사용인에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금(제20조제1항 각 호의 1에 해당하는 성과급을 제외한다)은 이를 손금에 산입하지 아니한다. 이 경우 합명회사 또는 합자회사의 노무출자사원에게 지급하는 보수는 이익처분에 의한 상여로 본다.

② 법인이 임원에게 지급하는 상여금중 정관ㆍ주주총회ㆍ사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 금액을 초과하여 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

③ 법인이 지배주주등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 임원 또는 사용인에게 정당한 사유없이 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 사용인에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

⑦ 제3항에서 “지배주주등”이란 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상의 주식 또는 출자지분을 소유한 주주등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 주식 또는 출자지분의 합계가 해당 법인의 주주등 중 가장 많은 경우의 해당 주주등(이하 “지배주주등”이라 한다)을 말한다.

⑧ 제3항 및 제7항에서 “특수관계에 있는 자”란 해당 주주등과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

1. 해당 주주등이 개인인 경우에는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자

  가. 친족(「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항에 해당하는 자를 말한다. 이하 같다)

2. 해당 주주등이 법인인 경우에는 제87조 제1항 각 호(제3호는 제외한다)의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자

제44조【퇴직급여의 손금불산입】 ① 법인이 임원 또는 사용인에게 지급하는 퇴직급여(「근로자퇴직급여 보장법」 제2조 제5호의 규정에 따른 급여를 말한다. 이하 같다)는 임원 또는 사용인이 현실적으로 퇴직(이하 이 조에서 “현실적인 퇴직”이라 한다)하는 경우에 지급하는 것에 한하여 이를 손금에 산입한다.

② 현실적인 퇴직은 법인이 퇴직급여를 실제로 지급한 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 포함하는 것으로 한다.

④ 법인이 임원에게 지급한 퇴직급여 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다.

1. 정관에 퇴직급여(퇴직위로금 등을 포함한다)로 지급할 금액이 정하여진 경우에는 정관에 정하여진 금액

2. 제1호 외의 경우에는 그 임원이 퇴직하는 날부터 소급하여 1년동안 해당 임원에게 지급한 총급여액[「소득세법」 제20조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 금액(같은 법 제12조에 따른 비과세소득은 제외한다)으로 하되, 제43조에 따라 손금에 산입하지 아니하는 금액은 제외한다]의 10분의 1에 상당하는 금액에 기획재정부령으로 정하는 방법에 의하여 계산한 근속연수를 곱한 금액. 이 경우 해당 임원이 사용인에서 임원으로 된 때에 퇴직금을 지급하지 아니한 경우에는 사용인으로 근무한 기간을 근속연수에 합산할 수 있다.

⑤ 제4항 제1호는 정관에 임원의 퇴직급여를 계산할 수 있는 기준이 기재된 경우를 포함하며, 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정이 따로 있는 경우에는 해당 규정에 의한 금액에 의한다.

제88조【부당행위계산의 유형 등】 ① 법 제52조 제1항에서 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율․요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우.(단서 생략)

9. 그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료의 주요 내용은 아래와 같다.

  (가) 청구법인의 조사대상기간(2009〜2013년) 연도별 직원별 총급여 내역 및 처분청이 과다급여로 보아 손금불산입한 내역에 의하면, 쟁점임직원 외 일반직원 내역은 아래 <표7>과 같으며, 쟁점임직원과 달리 일반직원들의 총급여액은 소액으로, 조사대상기간 동안 거의 변동이 없었던 것으로 나타난다.

<표7> 청구법인 일반직원 내역

  (나) 청구법인의 법인등기부등본, 업무분장표 등에 의하면, 쟁점임직원 중 故OOO의 배우자 OOO과 자녀 OOO, OOO, OOO, OOO, OOO 등은 번갈아가며 대표이사와 이사, 감사 등의 직위를 짧게는 수개월에서 길게는 10년 이상의 기간 동안 맡은 것으로 나타나고, 업무분장의 주요 내용은 아래 <표8>과 같다.

<표8> 쟁점임직원 업무분장 내역

  (다) 청구법인의 임시주주총회의사록에 의하면, 2008.12.10. 임원보수한도를 OOO원으로 의결하였고, 2013.1.15. OOO원으로 의결하였으며, 2009.4.2. 임원퇴직금 지급규정 신설의 건이 가결되었고, 신설된 임원퇴직금 지급규정 제4조에 의하면 퇴직금 산정방법을 아래와 같이 규정하고 있다.

  (라) 청구법인 소유 부동산 총7건의 건축물대장에 의하면, 해당 건물에 대한 개보수이력이 기재된 바 없는 것으로 나타나고, OOO은 조사공무원에게 OOO은 1995년에 일부 건물이 도로 수용으로 인해 건물면이 절단되었고, 그 절단부분을 마감하는 공사를 하였을 뿐 큰 공사를 한 적이 없는 노후된 건물이라고 답변한 바 있다.

 (2) 청구법인이 제출한 증빙서류 및 청구주장의 주요 내용은 아래와 같다.

  (가) 청구법인은 OOO이 수차례 위기에도 불구하고 시장 개․보수, 신규매장유치, 분쟁해결 등 쟁점임직원의 노력에 의하여 현재 임대율 OOO%의 성공적인 재래시장으로 자리 잡았다고 주장하며, 토지 수용으로 손상된 OOO 사진, 공탁서, 우선입점확약서, 대수선 허가신청서 및 허가서, 경계복원 측량성과도, 건축물 사용승인신청서 및 사용승인서, OOO 유치 전 평면도, OOO 유치 후 평면도, 공사 당시 사진, 2차 공사 후 평면도, 3차 공사 후 평면도, 생활용품 유치 후 평면도, 주차장 공사 사진, OOO의 현재 사진, 1996.10.30. OOO 약식명령 등을 제출하였다.

  (나) OOO 사업자등록증에 의하면 OOO은 OOO에 위치한 숙박업소로, OOO, OOO, OOO, OOO, OOO가 공동사업자인 것으로 되어있다.

  (다) 소득자별근로소득원천징수부에 의하면, OOO의 2009년 총급여 OOO원은 1월부터 6월까지 6개월간 급여이고, OOO, OOO의 총급여는 1년치 급여인 것으로 확인된다.

  (라) 청구법인은 쟁점급여 및 쟁점퇴직급여는 사전에 정하여진 지급기준에 따라 모두 적법하게 지급한 것이라고 주장하면서, 정관, 임원 보수한도 결의 내역, 법인등기부등본, 1991.4.20.자 임원퇴직금 지급규정, 1997.1.10.자 임원퇴직금 지급규정, 2009.4.2.자 임원 퇴직금 및 위로금 지급규정, 2010.10.25.자 임원 퇴직금 및 위로금 지급규정, OOO 확인서 등을 제출하였고, 그 주요 내용은 아래와 같다.

   1) 1991.4.20.에 가결된 임원퇴직금 지급규정 주요 내용은 아래와 같고, 1997.1.10. 해당 규정중 이사에 대한 퇴직금 지급률을 ‘3’으로 개정하였다.

   2) OOO의 OOO 공인회계사가 날인한 의견서는, OOO이 평균임금에 대하여 청구법인에게 아래와 같이 안내하고 있고, 청구법인의 퇴직금도 같은 기준으로 계산되었다는 내용이다.

  (마) 청구법인은 주변의 다른 임대법인에 비하여 임대실적이 좋고, 이는 쟁점임직원의 공적이므로 주변 다른 임대법인에 비하여 인건비 수준이 높은 것은 정당하다고 주장하면서, 시장 내 공실 발생 예시, 청구법인 인근 소재 임대건물 공실 현황, 점포 'OOO' 사진, 점포 'OOO' 사진 등을 제출하였다.

  (바) 청구법인은 매일 1일 임대료를 현금으로 수령하는 경우가 있고, 따라서 대표이사 OOO은 매일 아침 출근하여 전일 수금한 현금 임대료와 수금일지를 확인하고 이를 청구법인 계좌에 입금하고 있으며, 거의 매일 공과금 납부 등 업무를 수행하기 위하여 은행을 직접 방문한다고 주장하면서, 임대료 수금일지, 청구법인 명의 계좌 거래내역 등을 제출하였다.

  (사) OOO은 청구법인에 근무 중 2009.6.30. 개인사업(부동산업, 건축업)을 위하여 퇴직하였다가, 사업이 여의치 아니하여 2010.11.30. 재입사하였고, 이후 2013.12.27. OOO에서 호스텔 신축사업에 전념하기 위하여 퇴사하였으며, 2014년 故OOO의 사망으로 호스텔 신축사업은 중단되었고, 2015.1.9. 상속업무를 위해 청구법인에 재입사하였다고 주장하면서, 아래와 같은 증빙서류를 제출하였다.

   1) 토지 등기부등본에 의하면, OOO 외 4명은 2012.8.14. OOO 토지를 취득하였고, 2012.10.4. 해당 토지에 채무자를 OOO로, 근저당권자를 OOO으로, 채권최고액을 OOO원으로 하여 근저당권이 설정되었다.

   2) 건축허가서, 개발부담금 부과 통보서, 에너지절약계획서 검토결과 등, 건축허가 동의여부 통보서, 지적측량결과부 등에 의하면, OOO 외 4명을 건축주(사업시행자)로 하여 연면적 2,259.92㎡의 숙박시설(호스텔)의 신축을 위한 각종 인허가가 진행된 것으로 나타난다.

  (아) OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다) 의 법인등기부등본 및 사업자등록증에 의하면, OOO은 2011.2.15. 자본금 OOO원으로 설립되어 2011.3.1. 부동산업을 주업으로 하여 사업자등록하였고, 대표이사는 최초 OOO에서 2013.3.20. OOO(현대표자)으로 변경되었으며, OOO은 2014.2.15. 감사로 등기된 것으로 나타난다.

 (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 OOO의 급여를 적정 보수금액으로 보아 쟁점임직원에게 이를 초과하여 지급한 급여를 손금불산입한 처분은 부당하다고 주장하나, 청구법인은 가족회사로서 쟁점임직원이 업무분장이나 보수액에 관계없이 업무를 처리한다고 주장하면서도, 쟁점임직원간에 급여액에 차이가 발생한 합리적인 사유를 밝힌 바 없는 점, 청구법인이 제출한 업무분장표에 의하면 OOO(총무부)의 담당업무가 가장 중요도 높은 업무로 보이고, OOO은 실질적으로 대표이사를 대리하여 계약체결, 경영․투자관련 의사결정 등 대표이사의 고유 업무를 모두 수행하고 있는 것으로 나타나며, 청구법인은 달리 대표이사를 포함한 쟁점임직원이 OOO의 급여를 초과하여 급여를 지급받을 합리적인 차별기준을 제시하지 못하는 점, 타부동산임대 사업자에 비해 인건비의 비중이 현저히 높고, 조사대상기간 중 경영실적의 현격한 개선, 시장운영에 위기상황 발생, 대대적인 리모델링 등 이를 합리화할 사유가 발생한 것으로 보이지 아니한 점 등에 비추어 OOO의 급여를 기준으로 쟁점임직원에게 그 초과지급한 금액을 과다지급한 것으로 보아 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

  다만, 2009사업연도의 경우 처분청이 적정 보수금액으로 본 OOO의 총급여액은 6개월분 급여에 해당하여, 이를 다른 쟁점임직원의 연간급여와 비교함은 타당하지 아니한바, OOO의 2009년도 총급여액을 1년분 급여로 환산한 OOO원을 적정 보수금액으로 보아, 2009사업연도 과다지급급여 손금불산입금액 및 퇴직급여부인액을 재계산하여, 2009사업연도 법인세 과세표준 및 세액, OOO에 대한 2009년 귀속 소득금액변동통지금액을 경정함이 타당한 것으로 판단된다.

 (4) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정에 따라 쟁점퇴직급여를 지급하였음에도, 임원퇴직금 법정한도를 적용하여 쟁점퇴직급여를 손금불산입한 처분은 위법하다고 주장하나, 임원 퇴직급여지급규정이 근로 등의 대가로서 퇴직급여를 지급하려는 것이 아니라 퇴직급여의 형식을 빌려 특정 임원에게 법인의 자금을 분여하기 위한 방편으로 마련된 것이라면, 이는 「법인세법 시행령」제44조 제4항 제1호 또는 제5항에서 정한 임원 퇴직급여지급규정에 해당하지 아니한다고 볼 것인 점(대법원 2016.2.18. 선고 2015두50153 판결, 같은 뜻임), 청구법인이 2009.4.2. 신설한 임원퇴직금 및 위로금 지급규정 제4조에서 평균임금에 대한 아무런 부기나 설명이 없어, 이를 사전에 정해진 퇴직급여지급규정으로 보기 어려운 점, 청구법인이 제출한 1991.4.20.자 및 1997.1.10.자 임원 퇴직급여지급규정은 처분청의 조사 당시 제출된 바 없는 것으로 확인되는 점 등에 비추어 임원 퇴직급여지급규정이 불분명하므로 쟁점퇴직급여를 손금불산입하여 법인세를 과세하고, 이를 쟁점임직원에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.