1. 처분개요

가. 청구법인은 「방위산업법」에 따라 방위산업체로 지정되어 군함 등 특수선을 건조하고 「조세특례제한법」제105조 제1항 제1호에 의하여 부가가치세 영세율을 적용하여 방위산업청 등에 인도하고 있다.

청구법인의 협력업체들도 특수선 건조와 관련하여 청구법인에게 용역을 제공하고 청구법인에게 제공한 용역에 대하여 부가가치세 영세율을 적용하였으나 협력업체 13개사는 2010년 제1기부터 2014년 제2기까지 OOO% 세율을 적용해야 하는 용역 공급에 대하여 영세율세금계산서를 발급하였고, 이에 협력업체들은 잘못 발행된 영세율세금계산서에 대하여 청구법인에 수정세금계산서를 발급하였다.

나. 청구법인은 협력업체들로부터 수취한 수정세금계산서를 근거로 2015.5.14. 2011년 제2기～2014년 제2기 부가가치세에 대하여 경정청구를 하였다.

다. 처분청은 「부가가치세법 시행령」 제59조의 개정으로 시행된 2012.7.1. 이전 발생분인 2011년 제2기 부가가치세 OOO원 및 2012년 제1기 부가가치세 OOO원의 경정청구에 대하여는 2015.7.13. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2015.11.25. 이의신청을 거쳐 2016.2.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

  수정세금계산서 발급사유로 「부가가치세법 시행령」에는 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우 등을 열거하고 있었으나 2012.2.2 같은 영의 개정으로 세율을 잘못 적용하여 발급한 경우를 추가하였고, 부칙에서 2012.7.1. 이후 최초로 수정세금계산서 발급사유 발생분부터 적용하도록 규정하고 있다.

 2012.7.1. 이전 발급된 세금계산서에 대하여 「부가가치세법 시행령」에 영세율 적용대상 여부에 착오가 있는 경우에 이를 바로 잡기 위해서 수정세금계산서를 발행할 수 있는지에 대해서는 명문규정이 없다.

 국세청(부가가치세과-1030, 2012.10.11.)은 사업자가 OOO% 세율이 적용되는 거래에 대하여 영세율세금계산서를 발급한 경우 2012.7.1. 이전에 수정세금계산서 발급사유가 있는 경우에는 수정세금계산서를 발행할 수 없다고 하였으나, 대법원(2013.10.17. 선고 2010두12972 판결)은 위 유권해석과 달리 영세율 적용대상 여부에 착오가 있는 경우도 필요적 기재사항인 공급가액과 부가가치세액에 관한 착오에 해당하여 「부가가치세법 시행령」 제59조 제1항 제5호 규정에 따라 수정세금계산서를 발행할 수 있다고 판시하였다.

  따라서 청구법인의 협력업체들은 2012.7.1. 이전에 영세율 적용에 착오가 있었던 용역공급에 대해서 수정세금계산서의 발행이 가능하며 청구법인은 발행된 수정세금계산서를 근거로 「국세기본법」에 따라 경정청구가 가능하므로 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

  청구법인은 「부가가치세법 시행령」 제59조 제1항 제5호에 의거 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우에 해당하므로 경정청구에 대한 거부처분은 부당하다고 주장하나,

 「부가가치세법 시행령」 제59조 제1항 제9호(세율을 잘못 적용하여 발급한 경우)가 2012.2.2. 신설되었고, 부칙 규정에 따라 2012.7.1. 이후 최초로 수정세금계산서 발급사유 발생 분부터 적용되는 것으로 규정하고 있으며, 예규(법규과-1043. 2012.9.11., 재정경제부 부가가치세제과-700, 2007.10.4.) 또한 수정세금계산서 발급사유에 해당하지 않는 것으로 해석하고 있으므로 이 건 경정청구 거부처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

   2012.7.1. 개정법령 시행 전 일반세율 과세거래에 대하여 영세율세금계산서를 발급한 경우 「부가가치세법 시행령」 제59조 제5호의 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우로 보아 수정세금계산서를 교부할 수 있는지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

  (1) 처분청이 과세근거로 제시한 국세청 및 재정경제부 예규 내용은 아래와 같다.

   (가) 국세청(과세기준자문 법규과-1043, 2012.9.11.)은 사업자가 OOO％ 세율이 적용되는 거래에 대하여 영세율세금계산서를 발급한 경우 수정세금계산서를 발급할 수 없는 것이고, 2012.2.2. 개정된 「부가가치세법 시행령」 제59조 제1항 제9호는 부칙에 따라 2012년 7월 1일 이후 최초로 수정세금계산서 발급사유가 발생한 분부터 적용하는 것이므로 2012년 7월 1일 전에 수정세금계산서 발급사유가 발생한 경우에는 적용할 수 없는 것으로 해석하고 있다.

   (나) 기획재정부(부가가치세제과-298, 2015.4.9.)는 사업자가 영세율이 적용되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하면서 영세율세금계산서를 교부한 경우에는 「부가가치세법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23595호로 개정되기 전의 것)」제59조 제1항의 규정에 의한 수정세금계산서를 교부할 수 없는 것이라고 해석하고 있다.

  (2) 2012.2.2. 개정된 「부가가치세법 시행령」 제59조의 개정취지는 전자세금계산서 제도 시행으로 공급받는 자 확인 등이 어려워 잘못 기재된 세금계산서가 발급되고 있는 상황에서 조세불만의 해소를 위한 것으로 설명하고 있다.

  (3) 청구법인은 대법원의 판례에 따라 처분청의 유권해석과 달리 영세율 적용대상 여부에 착오가 있는 경우도 필요적 기재사항인 공급가액과 부가가치세액에 관한 착오에 해당하여 「부가가치세법」 제59조 제1항 제5호 규정에 따라 수정세금계산서를 발생할 수 있다고 판시하였는바, 필요적 기재사항에 해당하는 세액의 착오로 인한 수정세금계산서의 발행은 2012.2.2. 개정된 「부가가치세법 시행령」의 적용시기와 관련하여 달리 적용받은 이유가 없다고 주장한다.

  (4) 청구법인이 제시한 대법원 판례(2013.10.17. 선고 2010두12972 판결)의 주요 내용은 아래와 같다.

  (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,

  2012.2.2. 개정 전 「부가가치세법」 제16조 제1항에서 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다고 규정하고 있고, 다음 각 호 중 제3호에서 공급가액과 부가가치세액을 규정하고 있으며, 단서에서 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다고 규정하고 있다.

  이 건의 경우, 처분청은 2012.7.1. 개정 법령의 시행 이전에 일반세율이 적용되는 재화 또는 용역을 공급하면서 영세율세금계산서를 교부한 경우에는 그 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 OOO%의 세율을 적용한 수정세금계산서를 교부할 수 없다는 의견이나,

  2012.2.2. 법령개정 이전에도 영세율 적용대상 여부에 착오가 있는 경우에 대하여 「부가가치세법 시행령」 제59조 제1항 제5호에서 정하는 필요적 기재사항인 ‘공급가액과 부가가치세액’에 관하여 착오가 있는 경우에 해당한다고 보이는 점(대법원 2013.10.17. 선고 2010두12972 판결, 같은 뜻임), 납세자와의 다툼의 소지를 제거하기 위한 취지로 2012.2.2. 「부가가치세법 시행령」 제59조 제1항 제9호를 신설하여 세율을 잘못 적용하여 발급한 경우에도 수정세금계산서를 발급할 수 있는 것으로 개정한 점 등에 비추어 이 건 영세율 적용대상 여부에 착오가 있는 경우에도 수정세금계산서를 발급할 수 있다고 봄이 타당하다(조세심판관합동회의 2015부4859, 2016.5.31., 같은 뜻임).

  따라서 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

 (1) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부 개정된 것)

  제16조[세금계산서] ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항

  (2) 부가가치세법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23595호로 개정된 것)

  제59조 [수정세금계산서 발급사유 및 발급절차] ① 법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우 : 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다.

가. 세무조사의 통지를 받은 경우

나. 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우

다. 세무서장으로부터 과세자료 해명안내 통지를 받은 경우

라. 그 밖에 가목부터 다목까지에 따른 사항과 유사한 경우로서 경정이 있을 것을 미리 안 것으로 인정되는 경우

6. 필요적 기재사항 등이 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우 : 재화 및 용역의 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 세금계산서를 작성하되, 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급한다. 다만, 제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다.

9. 세율을 잘못 적용하여 발급한 경우 : 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급한다.

  부칙(2012.2.2. 대통령령 제23595호로 개정된 것)

  제1조[시행일] 이 영은 공포한 날부터 시행한다.

  제7조[수정세금계산서 발급사유 및 발급절차에 관한 적용례] 제59조 제1항의 개정규정은 2012년 7월 1일 이후 최초로 수정세금계산서 발급사유가 생기는 분부터 적용한다.