[주 문] OOO세무서장이 2015.5.8. 및 2015.6.5. 청구인에게 한 종합소득세 OOO원의 각 부과처분은 국고보조금 OOO원을 각 일시상각충당금으로서 필요경비에 산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다. |
[이 유] |
1. 처분개요 가. 청구인은 OOO을 운영하면서 아래 <표>와 같이 OOO로부터 수령한 국고보조금 OOO원(이하 “쟁점국고보조금”이라 한다)과 자비 OOO원으로 2010년 7월 OOO시외버스공용정류장을 리모델링하였고, 리모델링한 건축물을 사업용자산으로 계상한 후 2011년부터 매년 감가상각비(정액법) OOO원을 계상하여 종합소득세를 신고하였다. OOO 나. 처분청은 2015.3.17.부터 2015.4.25.까지 세무조사를 실시하여 청구인이 신고누락한 쟁점국고보조금을 총수입금액에 산입(2009년 및 2010년)하고, 기타 조사내용(업무무관경비 등 OOO원, 2010년 귀속)을 반영하여 2015.5.8. 및 2015.6.5. 청구인에게 종합소득세 OOO원을 각 경정․고지하였다. 다. 청구인은 위 세무조사가 종료된 후인 2015.4.27. 쟁점국고보조금에 대하여 일시상각충당금을 설정하여 이를 필요경비에 산입한 수정신고서를 제출하였으나, 처분청은 경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고한 것으로 보아 이를 적법한 신고로 보지 아니하였다. 라. 청구인은 이에 불복하여 2015.7.22. 이의신청을 거쳐 2015.10.15. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 쟁점국고보조금에 대하여 일시상각충당금을 설정할 수 있으므로 2009년 귀속 종합소득세 과세처분을 취소하고 2010년 귀속 종합소득세는 OOO원을 감액하여 이를 경정하여야 한다. (가) 처분청은 법인세의 경우 명문규정이 있어 신고조정에 의한 일시상각충당금 설정이 가능하고, 종합소득세의 경우에는 그러한 규정이 없으므로 쟁점국고보조금에 대한 일시상각충당금을 설정할 수 없다고 주장하나, 국고보조금에 대하여 일시상각충당금을 설정하도록 허용한 취지(과세이연을 통한 국고보조사업의 지원효과 극대화)에 비추어 종합소득세의 경우만 달리 볼 이유가 없다. (나) 법인세나 소득세의 경우 국고보조금과 관련한 규정이 용어만 다를 뿐 그 내용은 동일하므로 일시상각충당금을 인정하여야 한다. (다) 「소득세법」에 의한 일시상각충당금 설정과 관련한 예규 및 상담사례에서 신고조정이 가능하다고 일관되게 해석하고 있으므로 과세처분은 부당하다. (라) 회계처리방법은 법인이 아닌 개인사업자의 경우에도 동일한 방식으로 적용되므로 법인만 신고조정이 허용되고 개인사업자는 배제된다고 볼 수 없다. (2) 청구인은 과세처분 이전에 수정신고서를 제출하였으므로 이를 근거로 과세처분을 경정하여야 한다. (가) 경정이 있을 것을 미리 알고 과세표준수정신고서를 제출한 경우 이를 배제하는 규정은 「국세기본법」제49조 제2항의 가산세 감면의 배제와 「법인세법 시행령」제106조의 사외유출된 금액의 익금산입하는 경우에만 해당되는 것이므로, 이 건의 경우와 같이 일시상각충당금을 설정하여 수정신고하는 경우에는 해당하지 아니한다. (나) 처분청은 위와 같이 규정을 혼동하여 수정신고를 배제한 것이므로 부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 법인세의 경우 명문규정이 있어 신고조정에 의한 일시상각충당금 설정이 가능하나, 종합소득세의 경우에는 그러한 규정이 없으므로 과세처분은 정당하다. (가) 법인의 경우 일시상각충당금은 실제로 발생한 비용이 아니어서 법인의 장부에 회계처리할 수 없고 이를 회계처리하는 경우에는 기업회계기준과 상충되는 문제가 발생하므로 예외적인 규정(「법인세법」제61조 및 같은 법 시행령 제98조)을 두어 신고조정을 허용하고 있다. (나) 그러나, 개인사업자의 경우는 일시상각충당금의 장부계상이 가능하기에 그러한 특례를 「소득세법」에서 규정하지 아니하였으므로 개인사업자의 국고보조금 사용과 관련한 일시상각충당금 설정을 통한 필요경비 산입은 결산조정 대상으로 보아야 한다. (다) 현행 규정상 신고조정을 할 수 없는 개인사업자는 선택에 의하여 일시상각충당금을 결산조정하거나 통상의 방법으로 감가상각하게 되는바, 청구인은 후자의 방법을 선택한 것이므로 청구주장을 받아들일 수 없다. (2) 세무조사가 종결된 후에 청구인이 제출한 수정신고서는 조사시 확인된 내용을 반영한 것으로서 경정이 있을 것을 미리 알고 제출한 것이므로 적법한 수정신고로 볼 수 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 개업사업자가 사업용자산을 취득하면서 수령한 국고보조금에 대하여 결산조정이 아닌 신고조정에 의하여 일시상각충당금을 설정할 수 있는지 여부 나. 관련 법령 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청은 2009년의 경우 쟁점국고보조금 중 OOO원을 총수입금액에 산입하여 종합소득세 OOO원을 고지하였고, 2010년의 경우 쟁점국고보조금 중 OOO원을 총수입금액에 산입하고 그 밖에 임대료누락․가공경비․업무무관경비 등 OOO원의 경정사항을 반영하여 종합소득세 OOO원을 고지한 사실이 결의서 등에 의해 확인된다. (2) 청구인은 처분청의 세무조사(기간 2015.3.17.～2015.4.25.)가 종료된 후인 2015.4.27. 종합소득세 수정신고서를 제출하였는바 그 내용은 아래와 같다. OOO (3) 청구인은 개인사업자의 경우도 국고보조금에 대하여 신고조정에 의한 일시상각충당금 설정이 가능하다고 주장하면서 아래 국세청 예규(소득 46011-3492, 1997.12.31.)를 제시하였는바, 이에 의하면 개인사업자의 경우도 수정신고나 경정청구를 통하여 신고조정에 의하여 일시상각충당금을 설정할 수 있다고 회신한 것으로 나타난다. OOO (4) 청구인이 제시한 국세청 홈택스에서의 인터넷 상담사례(답변일 2012.11.21.)에서도 아래와 같이 신고조정이 가능하다고 답변한 것으로 나타난다. OOO (5) 청구인이 2010년까지 쟁점국고보조금을 지급받아 OOO시외버스공용정류장을 리모델링사업을 2010년 7월에 완공하였으므로 리모델링한 건축물을 취득시점인 2010년 7월부터 감가상각(2010년의 경우에는 6개월분)을 하여야 할 것이나, 청구인은 2011년부터 정액법에 의하여 감가상각(매년 감가상각비 OOO원)을 한 것으로 나타난다. (6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 국고보조금의 일시상각충당금 설정과 관련하여 법인의 경우에는 「국세기본법 시행령」제25조 제2항 및 「법인세법 시행령」제98조 제2항에 신고조정을 할 수 있는 근거규정이 있으나 종합소득세를 부담하는 개인의 경우에는 그러한 명문규정이 없으므로 신고조정에 의하여 국고보조금을 필요경비에 산입할 수 없다는 의견이나, 고정자산은 감가상각에 의하여 손금화되는 것이 원칙임에도 국고보조금에 대하여 일시상각충당금의 설정 및 손금산입을 허용하는 취지가, 공익사업에 해당하는 자본적 지출에 충당할 국고보조금을 과세소득에 산입하여 일시에 과세하게 되면 그 보조금 중 일부를 세금으로 납부하게 되어 지급취지인 고정자산 등의 취득에 지장이 초래되므로, 동 보조금을 수령한 사업연도에 법인세 또는 종합소득세가 일시에 징수되는 것을 방지함과 동시에 추후 당해 고정자산 등에 대한 감가상각비와 상계처리함으로써 과세를 이연시키는 효과를 달성하려는 데 있으므로, 이러한 취지에 비추어 법인과 개인을 달리 취급할 이유가 없어 보이는 점, 국고보조금에 대한 일시상각충당금 설정 등을 규정한 「법인세법」과 「소득세법」의 관련 조문은 그 체계 및 내용이 거의 동일한 점, 청구인이 위 (3)․(4)에서 제시한 바와 같이 과세관청도 유권해석이나 상담을 통해 개인의 경우에도 신고조정에 의한 일시상각충당금 설정이 가능하다고 회신한 점 등에 비추어 법인의 경우처럼 개인사업자도 신고조정에 의한 일시상각충당금 설정이 가능하다고 보는 것이 타당하다고 판단된다. 따라서, 청구인에게 부과한 이 건 종합소득세는 연도별 쟁점국고보조금 상당액을 일시상각충당금으로서 필요경비에 산입하여 과세처분을 경정하여야 할 것으로 판단된다(다만, 2010년 귀속 종합소득세의 경우 청구인이 쟁점국고보조금 상당액의 사업용자산에 대하여 6개월분의 감가상각을 하지 아니하였으므로 그 감가상각비를 계산한 다음 이를 일시상각충당금과 상계). 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. |