1. 처분개요

가. 청구법인은 2008.1.1.부터 현재까지 OOO에서 도매 및 서비스업(컴퓨터 관련업, 시트설계업) 등을 영위하고 있는 법인사업자로, 2011～2013사업연도 연구전담인력(2명)의 인건비 OOO원(이하 “쟁점연구인력개발비”라 한다)이 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제10조에 따른 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이나 법인세 신고시 이를 누락하였다 하여 2014.8.31. 처분청에 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

나. 처분청은 이에 청구법인에 대한 현장확인을 실시하여 「조세특례제한법 시행령」(이하 “조특령”이라 한다) 제9조에 의한 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서, 연구 및 인력개발비 명세서, 연구개발계획서 등 관련 서류 미비 등을 이유로 2014.12.29. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.3.18. 이의신청을 거쳐 2015.7.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 청구법인은 자동차 시트설계, 의장설계, 선루프설계 등 주로 OOO의 1차 협력업체와 관련된 설계업무를 하고 있는 기술혁신형 중소기업으로, 자동차부품 설계분야에서 오랜 기간 실무로 축적된 노하우와 끊임없는 연구개발을 통해 우수한 설계인력을 확보하여 고객사에 고품격의 설계용역을 제공하고 있으며, 업종 특성상 소속직원들에게 자동차 설계에 대한 기본지식, 기존 설계에 대한 기술개선 및 새로운 설계방법 연구 등에 대한 지속적인 교육이 필수적이다.

 (2) 청구법인에게 연구개발이 가장 중요함에도 설립 초기에는 전담연구원과 일반 직원들이 혼재되어 현장 설계업무와 연구개발을 병행하는 등 체계적인 관리가 부족하였으나, 회사의 규모가 커지고 인력이 증가함에 따라 2010년 1월 연구개발전담부서를 별도로 분리하여 연구전담요원들이 연구개발과 직원교육을 체계적으로 전담하도록 하였으며, 기존에는 현장설계를 하면서 쌓은 노하우와 기술개선이 개인에 국한되었으나 연구전담요원을 별도로 두고 연구개발과 직원교육을 전담하도록 한 이후에는 노하우가 축적되고, 회사전체가 그 노하우를 공유함으로써 기존 설계에 대한 기술개선과 함께 새로운 설계방법 연구까지 지속적인 발전을 이루었으며, 신규직원들에게 자동차 기본설계에 대한 지식도 체계적으로 전달할 수 있어서 타사와의 경쟁에서 우위를 점할 수 있게 되었다.

 (3) 청구법인은 자동차 설계용역에 대한 영업과 연구개발에만 역량을 집중하다 보니 세법에 대해서는 무지하여 연구전담요원의 인건비가 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이 된다는 사실을 2014년 8월에야 알게 되어 법인세 경정청구를 하였으나, 처분청은 기업부설연구소, 연구전담요원, 기존 설계에 대한 기술개선 및 새로운 설계방법 연구 등 연구 및 인력개발비 세액공제의 요건을 확인하였음에도, ‘청구법인의 연구개발 활동이 새로운 것을 창조하거나, 발명과는 관련 없는 일반적인 업무활동의 연장에 속하고, 연구 및 인력개발비 명세서와 연구개발계획서 등 관련 서류가 없다’는 등의 이유로 이를 거부하였다.

 (4) 청구법인의 연구전담요원들이 지속적으로 기존 설계에 대한 기술개선 및 새로운 설계방법을 연구하였다는 사실에 대하여는 처분청이 인정하면서도 조특령 제8조 제2항 제1호에서 말하는 ‘일반적인 관리 및 지원활동’에 해당한다고 판단하였으나, 동 일반관리 및 지원활동이라 함은 기업부설연구소에서 연구개발과 직접 관련이 없는 서무․경리 업무 등 일반적인 행정관리업무와 관련된 것을 말하는바,

 기존 설계에 대한 기술개선 및 새로운 설계방법 연구는 조특법 제9조 제5항에 해당하는 ‘연구개발 활동’에 속하며, 이러한 연구개발을 통해 연구전담요원들이 습득한 기존 설계에 대한 기술개선과 새로운 설계방법을 현장설계자들에게 교육을 통해 기술과 노하우를 전수하는 것은 ‘인력개발 활동’에 해당하므로 조특법 제9조 제5항의 연구개발에 속하는 것이 명확하다.

 청구법인은 지속적인 연구개발을 통해 벤처기업 인증, OOO 지역혁신거점육성사업 성과보고회 매출상 수상 등의 성과를 얻을 수 있었던 것으로, 만약 청구법인들이 근시안적으로 생산성을 중시하여 현장설계에만 집중하였다면 단편적인 설계업무의 한계를 벗어나지 못해 도태되고 말았을 것이다. 이상과 같이 청구법인들은 독립된 연구공간을 갖추고, 전담연구원이 연구활동에 전념하였으므로 쟁점연구인력개발비에 대하여 조특법 제9조 제5항에 따른 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구법인은 연구전담요원들이 지속적으로 기존설계에 대한 기술개선 및 새로운 설계방법 등을 연구하였다고 주장하며 이를 조특법 제9조 제5항에 해당하는 “연구개발 활동”에 속하며, 이러한 활동을 통해 습득한 기존설계에 대한 기술개선과 새로운 설계방법을 현장설계자들에게 교육을 통해 기술과 노하우를 전수하는 것은 인력개발 활동에 해당한다고 주장하나,

 OOO에 제출하는 연구개발활동조사표를 보면, 연구개발과제수행내역은 그 시기에 발행된 매출세금계산서상 품목과 동일하고 사용한 연구개발비 구성이 2011년 신제품개발 100%, 2012년, 2013년 신제품 80%, 기존제품개선 20%로, 신제품개발 사실 없이 형식상 작성된 것으로 보이며, 확인서에 연구원의 업무내용은 현장설계 작업의 피드백 관련하여 현장설계자들에게 설계도면의 하자 등에 대해 수정방향을 제시하는 것으로서, 이는 연구개발 활동에 포함하지 아니하는 것의 하나로 일반적인 관리 및 지원활동, 또는 매출과 관련한 활동으로 보인다.

 (2) 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제와 관련하여 조특령 제9조 제9항에는 연구개발계획서 등 증거서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 하도록 규정하고 있으나, 연구개발계획서, 연구성과 결과보고서, 성과평가서 등 연구개발을 확인할 수 있는 객관적 증빙서류는 보안문제 등으로 인해 작성하지 않았음을 확인할 수 있다.

 (3) 2010.1.21. OOO에 연구개발전담부서로 인증 받은 사무실은 사장실 옆 방으로 문을 열면 화이트보더가 걸려있고 두 열로 총 컴퓨터 6대가 설치되어 2명의 연구원이 연구만을 전담하는 장소로는 보기 어려우며, 연봉근로계약서 및 정산기준으로 해당 연구원의 근로계약서상 근로조건에 ‘근무장소는 당사 소재지로 하며, 회사는 필요에 따라 파견근무를 명할 수 있다’라고 명시되어 있고, 연구에 대한 언급도 전혀 없어 연구직원으로 고용하였는지 확인할 수 없으며, 해당업체의 연봉 산정/정산 기준에도 외근자, 자사사무실, 경영지원(관리), 기술지원, 영업 등의 타부서에 대한 기준은 정해져 있지만 연구전담부서나 연구성과에 대한 규정도 없이 연봉계약이나 성과금 지급기준이 근무시간으로 하여 실질상 전업적으로 연구개발 관련 업무에 종사하는 직원이 존재하는 것으로 보이지 않는다. 따라서, 조특법에서 규정하는 증빙서류 없이 형식상 OOO에 연구개발전담부서로 인증받은 것만으로 연구활동을 수행하였다고 보기 어렵다.

 (4) 결론적으로, 청구법인이 주장하는 기존 설계에 대한 기술개선, 새로운 설계방법 연구, 현장 설계자들에게 기술과 노하우 전수 등은 조특령 제8조 제2항 제1호에서 말하는 ‘일반적인 관리 및 지원활동’으로 매출활동에 직접적으로 제공되는 경우에 해당되며, 연구원들은 연구활동 이외의 일반 매출부서의 영업활동과 구분되지 않고 연구활동을 실질적이고 지속적으로 수행한 것으로 볼 수 없으므로 조특법에서 규정한 과학기술분야의 지식을 축적하거나 새로운 운영방법을 찾아내기 위한 것으로 시제품 설계, 제작 및 시험 등 기업화 이전까지의 모든 과정에서 개발업무를 수행하는 활동으로 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

  쟁점연구인력개발비가 조특법 제10조에 따른 연구 및 인력개발비 세액공제 대상인지 여부

나. 관련 법령

 (1) 조세특례제한법(2011.7.25. 법률 제10907호로 개정되기 전의 것) 제9조(연구·인력개발준비금의 손금산입) ① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구·인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구·인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(「법인세법」 제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.

제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

 1) 중소기업인 경우 : 100분의 25

 2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 : 다음의 구분에 따른 비율

  가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 : 100분의 15

  나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지 : 100분의 10

 3) 1) 및 2)의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우 : 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다)

100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

 (2) 조세특례제한법 시행령(2012.1.25. 대통령령 제23535호로 개정된 것) 제8조(연구 및 인력개발준비금의 범위 등) ① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발활동 및 인력개발활동을 위한 비용으로서 [별표6]의 비용을 말한다.

② 제1항의 연구개발활동에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.

1. 일반적인 관리 및 지원활동

2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험

3. 반복적인 정보수집 활동

4. 경영이나 사업의 효율성을 조사·분석하는 활동

5. 특허권의 신청·보호 등 법률 및 행정 업무

6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사·탐사하는 활동

7. 위탁받아 수행하는 연구활동

제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) ⑨ 법 제10조 제1항을 적용받으려는 내국인은 과세표준신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서, 연구 및 인력개발비명세서 및 연구개발계획서 등 증거서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 (3) 조세특례제한법 시행규칙(2010.12.31. 기획재정부령 제182호로 개정되기 전의 것) 제7조(연구 및 인력개발비의 범위) ① 영 제8조 제1항에 따른 영 [별표 6]의 제1호 가목에서 "전담부서"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "일반연구인력개발 전담부서"라 한다)를 말한다.

1. 「기술개발촉진법 시행규칙」제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소와 같은 규칙 제8조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서

③ 영 제8조 제1항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목①에서 "기획재정부령이 정하는 자"란 일반연구인력개발 전담부서에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다.(1.～3. 생 략)

 (4) 기술개발촉진법(2009.4.22. 법률 제10445호로 개정되기 전의 것) 제2조 (정의)이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. "기술개발"이라 함은 산업기술의 연구 및 그 성과를 이용하여 재료·제품·장치시스템 및 공정 등에 적용할 수 있는 새로운 방법을 찾아내는 활동을 말하며, 시범제작 및 공업화 중간시험의 과정까지를 포함한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

  (가) 청구법인은 2008.1.1. 주식회사 OOO에서 분리되어 OOO 내 개업하였고, 자동차 1차 협력업체들을 대상으로 하여 자동차시트 설계업 등을 영위하는 법인사업자이다.

  (나) 청구법인이 처분청에 제출한 2011～2013사업연도 법인세 경정청구 내역은 아래 <표1>과 같고, 계정별 원장에는 경상연구개발비(연구원 급여 등) 계정과목으로 OOO원이 각 계상되어 있다.

OOO

  (다) 처분청의 현장확인 결과보고서(2014.12.19.)에 의하면, 조특법에서 규정하는 증빙서류 없이 형식상 OOO에 연구개발 전담부서로 인증받은 것만으로 연구활동을 수행하였다고 보기 어려우며, 설령 청구법인이 주장하는 설계업무 프로세스 향상, 기존 설계에 대한 기술개선, 새로운 설계방법 연구 등을 수행하였다 하더라도 이는 매출활동에 직접적으로 제공되는 경우로서 조특법에서 규정한 과학기술분야의 지식을 축적하거나 새로운 운영방법을 찾아내기 위한 것으로 시제품 설계, 제작 및 시험 등 기업화 이전까지의 모든 과정에서 개발업무를 수행하는 활동으로 볼 수 없다는 내용이 나타난다.

  (라) OOO이 2012.4.4. 발행한 연구개발전담부서 인정서를 보면, 전담부서명은 연구전담부서(소속기업명 : 청구법인), 소재지는 OOO, 신고연월일은 2012.4.3.(최초인정일 2010.1.21.)로 기재되어 있다.

  (마) 청구법인의 조직․인력 현황(2011.12.15.)을 보면, 청구법인 경영지원팀(3명), 영업팀(2명), 기술팀(1명), 제품설계1팀․2팀(13명), 차량분석팀(4명), 연구개발전담부서(2명)로 구성되어 있으며, 청구법인의 인사발령서에는 2010.5.1.자 함OOO 전문, 연구보조), 2011.2.1.자 장OOO 자동차공학 학사, 연구원)이 각 연구전담부서 연구원으로 보직변경된 것으로 나타난다.

  (바) 청구법인의 항변서(2015.9.2.)에 의하면, 처분청 의견에 대하여 다음과 같이 반박하고 있다.

   1) OOO에 제출하는 연구개발활동조사표의 경우, 실제 연구활동이나 연구실적을 구체적으로 반영하여 작성하지 않고 귀찮은 업무라고 생각하여 단순 보고용으로 간단히 작성하여 제출하였던 것이다.

   2) 연구개발전담부서 평면도와 같이 실제 연구개발전담요원 2명이 독립된 공간에서 연구를 하고 있으며, 컴퓨터 6대가 설치된 것은 기존설계에 대한 기술개선 및 새로운 설계방법 연구내용을 신규 및 경력 설계직원들에게 기술을 전수하기 위한 교육장으로 사용하기 위한 것이다.

   3) 연구원의 근로계약서에서 연구전담부서나 연구성과에 대한 규정이 없는 것은 청구법인의 특성상 단기적인 연구성과 또는 특허 및 신기술개발 등 가시적인 연구성과를 기대하기 어려워 지속적인 기술개발과 직원교육을 중시하는 방향으로 성과금을 산정한 것이다.

 (2) 한편, 청구법인의 대리인은 2015.9.16. 개최된 조세심판관회의에 출석하여 “처분청 현장조사시 연구성과에 대한 동영상 자료 등을 제시하였으나 처분청이 이를 인정하지 아니하였고, 자동차시트 설계업무의 특성상 보안성이 매우 높아 연구성과를 자료화하는 데에 다소 미진한 점이 있었다”고 진술하면서 아래 <표2>와 같은 연구성과 목록 등을 제시하였고 이에 대한 증빙으로 관련 연구내용이 담긴 동영상을 직접 시연하였다.

OOO

 (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2010.1.21. 사무실과는 구분된 연구전담부서를 설치(한국산업진흥협회장 인정)하여 연구전담요원 2명(연구원, 연구보조원)을 배치하고 자동차시트 설계 관련 연구개발 및 직원교육 업무를 전담하고 있는 점, 청구법인이 조세심판관회의에서 제시한 자동차시트 설계 관련 연구성과 목록과 그에 대한 증빙(동영상 등)이 신빙성이 있어 보이는 점, 조특법 제9조 제5항에서 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동을, 인력개발은 임원이나 사용인을 교육․훈련시키는 활동을 말하는 것으로 하고 있는바, 청구법인의 연구전담요원들이 수행하는 기존설계에 대한 기술개선과 새로운 설계방법 연구 및 설계업무 종사직원에 대한 교육활동은 조특령상 연구인력개발 활동으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 연구전담요원들이 매출활동에 직접 제공되는 일반적인 관리 및 지원활동을 한 것으로 보아 쟁점연구인력개발비에 대하여 조특법 제10조에 따른 연구․인력개발비 세액공제 적용을 배제하고 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.