주 문

OOO세무서장이 2015.3.10. 청구인에게 한 2011년 귀속 종합소득세 OOO원의 부과처분은 OOO 소재 상가건물 중 <별지>에 기재된 부동산의 취득가액 및 분양대행수수료 지급내역 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 2008.8.9.부터 OOO에서 ‘OOO’이라는 상호로 부동산매매업을 영위하는 개인사업자로, OOO에 상가건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하고 2011년 중 3차례(2011.5.31., 2011.11.8. 및 2011.12.19.)에 걸쳐 <별지> 기재와 같이 상가를 분양하면서 2011.11.30.「소득세법」제65조에 따른 중간예납신고를 하였으나, 같은 법 제69조에 따른 토지 등 매매차익 예정신고는 이행하지 아니하였다.

나. 국세청의 OOO국세청에 대한 기관감사(2014.11.3.～2014.11.20.)에서 청구인이 토지 등 매매차익예정신고를 누락한 것을 확인하여 관련 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2015.3.10. 청구인에게 2011년 귀속 종합소득세(무신고가산세 및 납부불성실가산세) OOO원을 결정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2015.6.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 청구인은「소득세법」제69조에서 규정한 부동산매매업자의 토지 등 매매차익예정신고를 누락하였으나, 대신 매매차익예정신고 기한 내에 중간예납신고를 이행하여 2011.5.31. 양도한 부분을 제외하고는 세법상 정해진 기한 내에 매매차익과 그 세액을 신고한 것과 다름없으므로 토지 등 매매차익예정신고를 누락했다고 하여 가산세를 부과한 것은 부당하다.

 「소득세법」제69조에서는 매매차익과 그 세액을 예정신고하고 같은 법 제65조 제8항에서는 종합소득과세표준과 그 산출세액 및 중간예납 추계액을 신고하도록 규정하고 있는바, 토지 등 매매차익예정신고도「국세기본법」제2조 제14호의 과세표준에 따른 신고에 해당한다고 보는 것이 타당하므로 두 개의 신고가 그 내용을 달리한다고 볼 수 없는바, 청구인의 입장에서는 예정신고 기한 내에 중간예납신고를 통하여 예정신고에서 요구하는 매매차익과 그 세액을 충분하게 신고한 상태이기 때문에 굳이 중복하여 예정신고를 할 필요가 없었던 것이다.

  한편,「소득세법」제65조 제3항에 의하면 중간예납 추계액이 중간예납 기준액의 30%에 미달하는 경우에는 중간예납 추계액을 중간예납세액으로 하여 신고할 수 있도록 규정하고 있는바, 청구인은 이러한 요건을 갖추지 못했음에도 불구하고 굳이 중간예납신고를 통해 매매차익 등을 자진신고한 것을 보더라도 청구인은 매매차익예정신고를 일부러 누락하려고 한 것이 아니라 중간예납신고를 통하여 처분청에서 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 할 수 있도록 충분하게 신고가 이루어졌다고 판단하였기 때문에 토지 등 매매차익예정신고를 하지 않은 것일 뿐이고, 이는 가산세 부과가 부당하다는 것을 정당시 할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 충분히 있었다고 볼 수 있는 것이다.

 (2) 처분청이 중간예납신고를 토대로 과세표준과 세액을 결정한 것은 청구인의 중간예납신고 내용에 근거하여 예정신고에서 요구하는 매매차익과 그 세액을 충분히 파악할 수 있었다는 것이고, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 의무를 위반한 경우에 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상 제재로서 청구인이 신고기한 내에 예정신고 대신 중간예납신고를 이행했다고 하여 처분청이 부동산의 매매에 따른 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하는데 있어서 어떠한 방해를 초래한 것이 없었다할 것이다.

  추가적으로 2011.5.31. 양도한 것은 세법상 예정신고 기한을 경과하여 중간예납신고가 이루어진 것이므로 이를 제외하더라도 예정신고 기한 내에 중간예납신고가 이행된 2011.11.8. 및 2011.12.19. 양도한 것에 대한 가산세는 취소하여야 한다.

 (3) 2011년 중간예납기간(2011.1.1.～2011.6.30.)의 쟁점건물에 대한 분양가액은 OOO원에 매매차익은 OOO원으로 중간예납산출세액이 OOO원이었으나, 당시 수시부과사유가 발생되어 조기에 채권을 확보하기 위해 2011년 11월 분양가액 OOO원(매매차익 OOO원)과 2011년 12월 분양가액 OOO원(매매차익 OOO원)을 중간예납 추계액 신고시 포함하여 2011년 귀속 분양수입금액을 OOO원(중간예납 산출세액 OOO원)으로 신고하였고, 이후 처분청은 여러 차례 중간예납에 대한 무납부 경정 및 수시부과 결정 등을 하였으며 비록 부동산 매매차익예정신고절차를 통해 예정신고를 하지 않았다 하더라도 실제로 2011년 11월과 2011년 12월의 분양금액의 매매차익이 중간예납 종합소득금액에 포함되어 신고하였으므로 동일 소득에 대해 가산세를 부과하는 처분은 이중과세에 해당한다.

 (4) 쟁점건물에 대한 부동산 매매차익 계산시 양도비용 OOO원이 필요경비로 계상되지 않았고, 건물취득가액도 OOO원이 과소계상되어 매매차익이 OOO원 과대계상되었다.

  처분청은 쟁점건물의 취득가액을 건물 총 원가에 분양면적을 기준으로만 안분계산하여 평당 취득가액이 층별 차등없이 일률적으로 동일한 반면, 분양가액은 층별 차등을 두고 분양되어 건물의 취득가액이 원가계상의 목적 적합성과 기간 손익계산의 적정화 및 수익비용대응의 원칙에 부합되지 않고, 처분청이 부동산 매매차익 계산시 양도비용을 필요경비로 계상하지 않고 매매차익이 과대계상 되었는바, 구체적인 내역은 아래 <표1>과 같다.

OOO

나. 처분청 의견

 (1)「소득세법」제65조와 같은 법 제69조의 신고조항이 엄격히 분리되어 있고 각 조항에 해당하는 자는 이를 법에 따라 이행할 의무가 있는바, 청구인은 토지 등 매매차익예정신고 기한 내에 예정신고에서 요구하는 매매차익과 그 세액이 중간예납추계신고를 통하여 충분히 신고가 이루어진 상태이기 때문에 굳이 중복하여 토지 등 매매차익예정신고를 할 필요가 없었던 것이라고 주장하나, 이러한 주장은 관련 법 조항에 대하여 충분히 알고 있었다는 의미로 가산세 감면의 정당한 사유로 볼 수 없다.

 (2) 청구인은 종합소득세 중간예납신고를 하였고 처분청은 2012년 초에 중간예납세액을 경정한바 있으며, 토지 등 매매차익예정신고의 누락에 대하여 중간예납신고 내용을 토대로 충분히 파악할 수 있었다고 주장하나, 처분청의 종합소득세 경정고지가 토지 등 매매차익예정신고 누락에 대한 가산세 감면의 정당한 사유가 되지 않고, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고․납세 등의 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 과실은 고려되지 않는다.

  더욱이 이 건은 세무공무원의 별도 의사표시가 없었을 뿐만 아니라 납세의무자가 세무공무원의 잘못된 설명으로 그 설명을 믿고 신고납부의무를 이행하지 아니하였다 하더라도 그것이 관계 법령에 어긋나는 것임이 명백한 때에는 그러한 사유만으로 정당한 사유가 있다고 볼 수 없어 가산세를 부과한 당초 처분은 정당하다.

 (3) 청구인은 수시부과사유가 발생하여 중간예납추계신고시 신고기간(2011.1.1.～2011.6.30.) 이외의 기간에 발생한 부동산 매매차익까지 반영하여 신고의무를 이행하였으므로 토지 등 매매차익예정신고에 대한 무신고 가산세 등의 부과처분은 이중과세에 해당된다고 주장하나, 무신고가산세 등의 부과처분은 토지 등 매매차익예정신고 의무불이행에 따른 행정상 제재 성격의 부과처분으로 의무불이행에 대한 제재를 통해 세법상 의무이행을 담보하려는 취지의 처분으로 가산세는 동일소득이라 하더라도 상이한 세법상 의무위반이 있는 경우 각각의 의무위반에 대하여 부과되는 것이다.

  청구인은 가산세 감면사유로 2011년 11월 및 2011년 12월의 매매차익을 중간예납 종합소득금액에 포함하여 신고하였음을 근거로 제시하였으나,「소득세법 시행령」제148조에 따른 수시부과는 거주자에게 일정한 사유가 발생하여 조세를 포탈할 우려가 있다고 인정되는 경우 과세관청이 거주자에 대하여 소득세를 결정하는 제도이고 자진신고 시에 적용되는 원칙이 아니므로 청구주장은 사실관계를 오인한 것으로 판단된다.

  청구인은 실질과세원칙을 가산세 부과결정의 부당성에 대한 근거로 제시하였으나, 실질과세원칙은 거래의 내용 및 경제적 실질 등에 비추어 볼 때 그 형식과 실질이 상이한 경우 실질에 따라 과세해야 한다는 국세부과의 원칙으로 당초 과세물건 및 관련 납세의무에 대한 형식과 실질이 상이하다 볼 수 없다.

 (4) 부동산 매매차익에 대한 취득가액 및 양도비용 계상누락 여부 및 계상의 적정성은 이를 주장하는 납세자가 입증하여야 하나, 청구인이 제출한 부동산 매매차익 계산내역에는 각 호수별 양도비용 내역을 구분하여 기재되어 있을 뿐 청구주장에 대한 구체적인 사유 및 각 사유별 금액이 기재되어 있지 않는 등 필요경비의 과소계상 내역 및 증빙이 첨부되지 않았고, 양도비용 등에 대한 입증자료의 제시가 없어 청구주장을 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  ① 종합소득세 중간예납신고를 한 경우「소득세법」제69조의 토지 등 매매차익예정신고를 이행한 것으로 볼 수 있는지 여부

  ② 쟁점건물의 부동산 매매차익계산시 건물취득가액이 과소계상되었고 분양대행수수료 등의 양도비용이 필요경비로 계상되지 않았다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률

 (1) 소득세법(2012.1.1. 법률 제11146호로 개정되기 전의 것) 제65조【중간예납】① 납세지 관할 세무서장은 종합소득이 있는 거주자(대통령령으로 정하는 소득만이 있는 자와 해당 과세기간의 개시일 현재 사업자가 아닌 자로서 그 과세기간 중 신규로 사업을 시작한 자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여 1월 1일부터 6월 30일까지의 기간을 중간예납기간으로 하여 직전 과세기간의 종합소득에 대한 소득세로서 납부하였거나 납부하여야 할 세액(이하 "중간예납기준액"이라 한다)의 2분의 1에 해당하는 금액(이하 "중간예납세액"이라 한다)을 납부하여야 할 세액으로 결정하여 11월 30일까지 그 세액을 징수하여야 한다. 이 경우 납세지 관할 세무서장은 중간예납세액을 납부하여야 할 거주자에게 11월 1일부터 11월 15일까지의 기간에 중간예납세액의 납세고지서를 발급하여야 한다.

③ 종합소득이 있는 거주자가 중간예납기간의 종료일 현재 그 중간예납기간 종료일까지의 종합소득금액에 대한 소득세액(이하 "중간예납추계액"이라 한다)이 중간예납기준액의 100분의 30에 미달하는 경우에는 11월 1일부터 11월 30일까지의 기간에 대통령령으로 정하는 바에 따라 중간예납추계액을 중간예납세액으로 하여 납세지 관할 세무서장에게 신고할 수 있다.

⑤ 중간예납기준액이 없는 거주자가 해당 과세기간의 중간예납기간 중 종합소득이 있는 경우에는 11월 1일부터 11월 30일까지의 기간에 대통령령으로 정하는 바에 따라 중간예납추계액을 중간예납세액으로 하여 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

⑥ 제3항이나 제5항에 따라 신고한 거주자는 신고와 함께 그 중간예납세액을 11월 30일까지 납세지 관할 세무서, 한국은행(그 대리점을 포함한다. 이하 같다) 또는 체신관서에 납부하여야 한다.

⑩ 제69조에 따라 부동산매매업자가 중간예납기간 중에 매도한 토지 또는 건물에 대하여 토지등 매매차익 예정신고·납부를 한 경우에는 제1항에 따른 중간예납기준액의 2분의 1에 해당하는 금액에서 그 신고·납부한 금액을 뺀 금액을 중간예납세액으로 한다. 이 경우 토지등 매매차익예정신고·납부세액이 중간예납기준액의 2분의 1을 초과하는 경우에는 중간예납세액이 없는 것으로 한다.

제69조【부동산매매업자의 토지등 매매차익예정신고와 납부】① 부동산매매업자는 토지 또는 건물(이하 "토지등"이라 한다)의 매매차익과 그 세액을 매매일이 속하는 달의 말일부터 2개월이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 토지등의 매매차익이 없거나 매매차손이 발생하였을 때에도 또한 같다.

② 제1항에 따른 신고를 "토지등 매매차익예정신고"라 한다.

③ 부동산매매업자의 토지등의 매매차익에 대한 산출세액은 그 매매가액에서 제97조를 준용하여 계산한 필요경비를 공제한 금액에 제104조 제1항 각 호에서 규정하는 세율을 곱하여 계산한 금액으로 한다. 다만, 토지등의 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제104조제1항제2호 및 제3호에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

④ 토지등의 매매차익에 대한 산출세액의 계산 및 결정·경정에 관하여는 제107조 제2항 및 제114조를 준용한다.

 (2) 국세기본법 제48조【가산세 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) OOO국세청장이 처분청에 시달한 감사처분(현지시정)에 따른 자료통보(2014.12.15.) 공문 등에 의하면,「소득세법」제69조 제1항, 제2항 및 같은 법 시행령 제129조 제3항의 규정에 따르면 부동산매매업자는 토지․건물의 매매 시 매매일이 속하는 달의 말일부터 2개월 내에 납세지 관할 세무서장에게 매매차익예정신고 및 납부하도록 되어 있고 매매차익예정신고를 누락한 경우 2010.1.1.부터「국세기본법」제47조의2 제1항 및 제47조의4 제1항의 규정에 의해 무신고 및 납부불성실 가산세를 부과하게 되어 있으므로 각 세무서는 시달되는 매매차익예정신고 누락자에 대하여 즉시 수정신고안내 또는 과세예고통지 등 경정조치 후 결과를 보고하도록 지시한 것으로 되어 있다.

 (2) 청구인의 쟁점건물의 분양 및 공매에 대한 2011년 귀속 토지 등 매매차익 결의서의 주요내용은 아래 <표2>와 같다.

OOO

 (3) 청구인의 주장 및 관련 증빙은 다음과 같다.

  (가) 2011년 중간예납추계액 신고서를 보면, 청구인은 2011.11.30. OOO원의 종합소득세 중간예납추계신고를 하였고, 처분청의 2011년 귀속 종합소득세 경정결의서에 의하면 처분청은 2012.4.2. 청구인의 2011년 귀속 종합소득세 OOO원을 환급경정한 것으로 나타난다.

  (나) 청구인은 심판청구과정에서 쟁점건물의 양도차익이 잘못 산정되었다는 주장을 추가하며, 이에 대한 근거로 처분청의 부동산 매매차익 계산내역, 청구인의 분양예정가액 및 공사원가 배분명세서 등을 제출하였다.

  (다) 심판청구과정에서 추가로 제출한 분양대행 용역계약서(2009.11.9.)를 보면, 청구인은 주식회사 OOO와 쟁점건물에 대해 OOO가 분양대행 용역을 수행(분양대행수수료는 분양가의 8%)한다는 내용의 계약을 체결한 것으로 되어 있고, 분양대행계약 승계계약서(2009.11.13.)를 보면 주식회사 OOO이 청구인의 지위를 수탁하여 관리한 것으로 되어 있으며, 분양대행수수료에 대한 주식회사 OOO가 발행한 매입세금계산서 내역(총 공급가액 OOO원) 및 수탁자(주식회사 OOO)가 지급한 분양대행수수료 내역(총OOO원) 등을 제출하였다.

 (4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

 청구인은 2011.11.8., 2011.12.19. 쟁점건물의 분양분에 대해서는 토지 등 매매차익예정신고기한 내에 분양에 따른 매매차익과 그 세액을 중간예납신고를 통해 신고를 하였고, 토지 등 매매차익예정신고와 종합소득세 중간예납신고가 그 내용을 달리한다고 볼 수 없으므로 토지 등 매매차익예정신고를 누락하였다고 하여 가산세를 부과한 것은 부당하다고 주장하나,「소득세법」제65조와 같은 법 제69조의 신고조항이 엄격히 분리되어 있는 점, 청구인은 「소득세법」제69조에 따른 신고의무를 이행하지 아니하였고 가산세 부과에 있어 법령의 부지 또는 착오는 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하는 점 등에 비추어 청구인이 토지 등 매매차익예정신고를 누락한 것에 대해 2011년 귀속 종합소득세(무신고가산세 및 납부불성실가산세)를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

 (5) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

  상가건물의 경우 분양수입금액 비율로 취득원가를 배분하는 것이 원가계산의 합목적성과 기간손익계산의 적정화 및 수익․비용 대응원칙에 부합되는 측면이 있는 것인바, 처분청의 부동산 매매차익 계산내역에 의하면 쟁점건물의 공사원가를 분양면적비율로 안분계산하여 각 호실의 취득가액을 산출한 것으로 나타나는 점, 청구인이 심판청구과정에서 추가로 제출한 분양대행 용역계약서, 세금계산서 및 관련 금융거래내역에서 청구인이 쟁점건물을 분양함에 있어 분양대행수수료를 지출한 내역이 확인되는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점건물의 취득가액과 분양대행수수료 지급내역 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정함이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.