주 문

심판청구를 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 사모투자전문회사인 ☆☆☆주식회사(이하 ☆☆☆이라 한다)가 100% 출자하여 ‘사업경영 및 관리자문업’(업종코드 741400)을 주업으로 하여 2012.6.7. 설립한 법인으로, 2012.7.27.부터 2012.12.31.까지 △△△주식회사(휴대폰 등에 사용되는 2차 전지 배터리 제조업을 영위하는 코스닥등록법인으로, 이하 △△△이라 한다) 발행주식의 OO.OO%(OO,OOO,OOO주, OOO,OOO백만원, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 취득함에 있어 2012년 제2기 내지 2013년 제1기 과세기간 중 아래 [표1]과 같이 용역을 제공받고 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취한 후, 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였다.

[표1] 쟁점세금계산서 내역

나. 처분청은 부가가치세 환급 현지조사를 하여, 청구법인이 부가가치세가 과세되지 아니하는 주식투자와 관련하여 쟁점세금계산서를 수취한 것으로 보고 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 청구법인에게 2013.5.7. 2012년 제2기 부가가치세 O,OOO,OOO원, 2013.10.10. 2013년 제1기 부가가치세 OO,OOO,OOO원을 각 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.11.18. 심판청구를 제기하였다. (2012년 제2기 부가가치세 부과처분에 대하여는 2013.7.10. 이의신청을 거쳤다).

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 처분청으로부터 2012년 제2기 부가가치세 부과처분에 대한 이의신청결정서를 2013.8.13. 송달받고 2013.10.24. 택배로 심판청구서를 발송하였으나 수취인 연락안됨을 이유로 2013.11.18. 청구서가 반송되어 청구법인은 2013.11.18.에야 이를 다시 등기우편으로 송부하게 되었던 사정을 감안하여 이 건 청구를 적법한 것으로 인정함이 타당하다.

 (2) 청구법인은 국내유망기업의 경영권을 취득하여 지배할 목적으로 설립된 법인으로 주식의 공급을 사업으로 하지 않으며, 쟁점주식도 △△△을 지배하기 위해 취득한 것이고 쟁점세금계산서는 △△△의 경영권을 인수하여 경영권을 행사하거나 △△△에게 경영자문을 하기 위하여 지출한 비용이므로 청구법인의 과세사업 관련 매입액임에도 이를 주식취득 관련 매입으로 보아 그 매입세액을 매출세액에서 불공제한 처분은 부당하다.

    청구법인의 주주가 사모투자펀드라 하더라도 이는 청구법인과 △△△의 관계와는 상관없는 사항이며, 청구법인은 단기간에 쟁점주식을 양도할 계획이 없음에도 처분청이 청구법인의 주주에 대한 편견을 바탕으로 청구법인을 투자회사로 오인하고 한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인 주장에 따르면 청구법인은 2013.8.13. 이의신청결정서를 송달받았다는 것인바, 택배는 「국세기본법」 제61조 제3항에서 정하고 있는 송달방법이 아니므로 청구법인이 택배로 심판청구서를 제출하는 경우 반송 등의 사정을 감안하였어야 하고, 택배반송 등을 이유로 청구기간을 도과한 것에 청구기간의 예외를 인정할 수 없다. 따라서 청구법인이 이의신청결정서를 송달받은 2013.8.13.로부터 90일이 경과하여 제기한 이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하여 각하되어야 한다.

 (2) 청구법인은 사모투자전문회사가 100% 출자하여 사실상 특정투자대상기업에 대한 사모투자 업무를 담당하기 위해 설립한 특수목적법인으로 청구법인이 쟁점주식을 인수하면서 OOOOO등으로부터 제공받은 자문용역의 보고서에 의하면 청구법인이 쟁점주식을 취득하는 최종 목적은 주식매각차익이며 청구법인의 주 사업목적은 기업가치 제고를 통해 주식매각차익을 또는 배당을 통해 이익을 얻는 것임이 확인되며, 이는 부가가치세가 과세되지 아니하는 사업이므로 청구법인이 그와 같은 사업을 영위하기 위해 쟁점주식을 인수하면서 제공받은 용역 관련 매입세액을 불공제 대상으로 본 처분은 잘못이 없다.

   청구법인은 △△△주식을 공개매수한 후 자진상장폐지하였는데, 이는 3～5년의 투자기간 동안 기업리모델링을 한 후 재상장․해외상장․지분매각 등으로 수익을 실현하는 사모펀드의 일반적인 ‘비상장화 투자기법(go private)'의 일환으로 이루어진 것이며, 청구법인의 주된 사업목적이 주식매각차익임을 알 수 있다. 청구법인이 쟁점주식을 보유하는 기간 동안 △△△에게 경영자문용역을 제공하고 수수료를 수취함으로써 부가가치세 과세대상 수입을 얻을 수도 있지만, 이는 기업가치를 높이는 과정에서 발생하는 부수적인 수입일 뿐이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 청구기간을 도과한 부적법한 청구인지 여부

  ② 쟁점주식을 취득하면서 지출한 자문용역비가 부가가치세 매입세액 공제 대상인지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제5조【기한의 특례】

① 이 법 또는 세법에서 규정하는 신고, 신청, 청구, 그 밖에 서류의 제출, 통지, 납부 또는 징수에 관한 기한이 공휴일, 토요일이거나 「근로자의 날 제정에 관한 법률」에 따른 근로자의 날일 때에는 공휴일, 토요일 또는 근로자의 날의 다음날을 기한으로 한다.

(2) 국세기본법 제61조【청구기간】

① 심사청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.

② 이의신청을 거친 후 심사청구를 하려면 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다. 다만, 제66조 제6항 후단에 따른 결정기간 내에 결정의 통지를 받지 못한 경우에는 결정의 통지를 받기 전이라도 그 결정기간이 지난 날부터 심사청구를 할 수 있다.

③ 제1항과 제2항 본문의 기한까지 우편으로 제출(제5조의2에서 정한 날을 기준으로 한다)한 심사청구서가 청구기간을 지나서 도달한 경우에는 그 기간의 만료일에 적법한 청구를 한 것으로 본다.

(3) 국세기본법 제68조【청구기간】

① 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.

② 이의신청을 거친 후 심판청구를 하는 경우의 청구기간에 관하여는 제61조 제2항을 준용한다.

(4) 부가가치세법(2013.7.1. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것) 제1조【과세대상】

① 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 부과한다.

    1. 재화 또는 용역의 공급

    2. 재화의 수입

② 제1항에서 "재화"란 재산 가치가 있는 모든 유체물(有體物)과 무체물(無體物)을 말한다.

③ 제1항에서 "용역"이란 재화 외의 재산 가치가 있는 모든 역무(役務) 및 그 밖의 행위를 말한다.

(5) 부가가치세법(2013.7.1. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것) 제17조【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

    1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

    6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액

(6) 부가가치세법 시행령 제1조【재화의 범위】

① 「부가가치세법」(이하 "법"이라 한다) 제1조제2항에 규정하는 유체물에는 상품·제품·원료·기계·건물과 기타 모든 유형적 물건을 포함한다.

② 법 제1조 제2항에 규정하는 무체물에는 동력·열 기타 관리할 수 있는 자연력 및 권리등으로서 재산적 가치가 있는 유체물이외의 모든 것을 포함한다.

③ 재화를 공급하는 사업의 구분은 통계청장이 고시하는 당해 과세기간 개시일 현재의 한국표준산업분류를 기준으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) ☆☆☆은 주식을 인수하는 방법으로 △△△의 경영권을 인수하여 그 기업가치를 증대시킨 후 다시 그 주식을 양도하여 수익을 얻을 목적으로 2012.6.7. 100% 출자하여 청구법인을 설립하였다.

(2) 청구법인의 법인등기부에는 청구법인의 목적사업이 타 회사 주식 또는 지분의 취득・투자・보유・처분, 이를 위하여 필요한 다양한 차입 또는 유사한 금융약정, 이와 직․간접적으로 관련되거나 부수되는 모든 사업활동 등으로 기재되어 있고, 청구법인의 대표이사는 ☆☆☆의 파트너인 OOOOO, 김OO등이 겸임하여 왔다.

 (3) 청구법인은 설립된 직후 O,OOO억원 상당의 자금을 투입하여 △△△의 유통주식을 공개매수한 다음 △△△을 자진 상장폐지하는 한편 △△△의 기존 대주주 김OO등으로부터 △△△ 주식을 현물출자받아 2012사업연도말 현재 △△△ 주식의 92.33%를 보유하게 되었다.

 (4) 청구법인이 △△△주식을 공개매수하면서 제출한 공개매수신청 및 설명서(2012.6.27.)에는 청구법인이 이를 공개매수하는 목적에 대해 △△△주식을 공개매수한 다음 △△△을 자진 상장폐지를 하고 △△△의 현 경영진과 공동으로 △△△을 경영하고자 하며, 공개매수한 주식은 단기간에 양도할 계획은 없지만 재무적 투자자로서 장기적인 관점에서 다양한 투자금 회수방안을 모색하고자 한다’는 취지로 기재되어 있다.

 (5) 2012사업연도말 현재 청구법인의 발행주식총수는 O,OOO,OOO주, 자본금은 O,OOO,OOO,OOO원이며, 청구법인의 출자자는 ☆☆☆이 운용하는 사모투자펀드(OO%)와 △△△의 기존 대주주(OO%)로 구성되어 있다.

 (6) ☆☆☆은 위와 같이 청구법인을 설립하여 △△△을 인수함에 있어 2012.5.21. OOO증권회사 서울지점과 사이에 △△△주식 인수 관련 재무자문용역을 O,OOO,OOOUSD에 제공받기로 하는 계약을 체결한 다음 청구법인을 설립한 후에는 그 계약당사자를 청구법인으로 변경하고 청구법인으로 하여금 2012.11.2. 그 수수료를 지급하도록 하였으며, 청구법인은 그 밖에도 2012.8.2. OO투자증권에게 쟁점주식 공개매수 대리 수수료를, 2013.2.25. OOO법률사무소에 2012.3.1.부터 2013.1.15.까지 제공받은 △△△주식 인수 및 인수 후 지배구조 구축 관련 자문용역의 수수료를 각 지급하였다.

 (7) 한편, △△△은 청구법인이 △△△주식을 인수할 즈음을 전후로 하여 2012.6.5.(1차), 2012.6.19.(2차), 2012.7.19.(3차) 임직원을 상대로 워크샵을 실시하여 경영자문사인 ◎◎◎컴퍼니로부터 일본진출, 조직구조개편 등을 통한 수익구조개선에 대한 구체적인 방향을 제시받았다.

 (8) 청구법인은 △△△주식을 인수한 다음 2013년경부터 △△△에게 일본고객에 대한 마케팅 등의 자문용역을 제공하고 △△△으로부터 연간 O억원 상당의 수수료를 받은 것으로 신고하였으며, 실제로 청구법인의 대표이사가 △△△의 이사를 겸임하는 등으로 △△△의 경영에 참여하여 △△△의 조직을 변경하고 매출처를 일본 등으로 확대하여 그 수익구조를 개선하였다.

 (9) 청구법인은 단순히 주식투자만을 목적으로 하는 것이 아니라 △△△의 경영지배 및 경영자문을 목적으로 하며 이를 위해 월 1회 이사회를 개최하여 △△△경영 관련 의사결정을 하였다고 주장하며 이사회 안건 목록 등을 제출하였고, 2013년 4월경부터는 2명의 감사실 직원과 1명의 총무팀직원을 채용하여 상시적으로는 △△△ 감사업무를 하였다고 주장하며 급여대장 등을 제출하였다.

 (10) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

 「국세기본법」 제61조 제2항 및 제68조 제1항, 제2항에 따라 이의신청을 거친 후 심판청구를 제기하는 경우는 이의신청에 대한 결정 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 하는 것이나, 같은 법 제5조 제1항에서 심판청구 등의 기한이 공휴일 등인 경우는 그 다음날을 기한으로 본다고 규정하고 있고, 같은 법 제61조 제3항 및 제68조 제1항, 제2항에서는 기한 내에 우편으로 제출한 심판청구서가 청구기간을 지나서 도달한 경우에는 청구기간의 만료일에 적법한 청구를 한 것으로 본다고 규정하고 있는바, 이 건 심판청구서는 청구법인이 이 건 부과처분에 대한 이의신청결정서를 등기우편으로 송달받은 날(2013.8.19.)로부터 92일째인 2013.11.19. 우리원에 도달하였으나, 이의신청결정서 송달일로부터 90일이 되는 날(2013.11.17.)이 일요일이고 청구인이 그 다음날 이 건 심판청구서를 등기우편으로 발송하여 그 다음날 청구서가 우리원에 도달하였으므로 청구법인은 심판청구기한 내에 심판청구를 한 것으로 간주되어 적법한 심판청구로 판단된다.

 (11) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

  청구법인의 설립된 경위, 쟁점세금계산서를 수취한 경위, 청구법인의 영업활동, 매입매출내역, 법인등기부 기재 등에 비추어 사모투자전문회사인 ☆☆☆이 사모투자의 대상을 △△△으로 정한 다음 △△△의 주식을 인수하는 방법으로 그 경영권을 취득하여 중장기간 그 기업가치를 증대시킨 후 △△△주식을 양도하여 수익을 얻을 것을 주된 목적으로 하는 특수목적법인인 청구법인을 설립한 다음 청구법인을 통해 △△△에 대한 투자를 실행한 것으로 보이고, 청구법인이 그러한 투자대상 선정, 투자대상 (기업)주식의 인수, 투자대상의 구조개선 등을 위해 경영자문사 등으로부터 제공받은 용역은 위와 같이 부가가치세가 과세되지 아니하는 사업활동인 주식 등의 투자업을 영위하기 위해 제공받은 것으로 볼 수 있으며, 청구법인이 투자대상법인을 인수한 후 투자대상법인에게 경영자문용역을 제공하고 연간 O억원 정도의 수수료를 받고 있기도 하지만 이는 청구법인의 투자규모나 주식투자로 인한 기대수익의 규모에 비추어 주된 사업활동에 부수되는 것에 불과한 것으로 보인다.

  따라서, 처분청이 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 부가가치세가 과세되지 아니하는 사업 관련 매입세액으로 보고 매출세액에서 불공제한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.