주 문

심판청구를 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가.청구인의 부친 OOO는 자신 소유의 OOO 전 187㎡, 같은 리 119-1 전 1,537㎡, 같은 리 119-9 전 392㎡ 및 같은 리 130-3 임야 1,236㎡(이하 각 “119토지”, “119-1토지”, “119-9토지” 및 “130-3토지”라 하고, 이를 합하여 이하 “쟁점토지①”이라 한다)와 같은 리 산35 임야 34,924㎡ 및 같은 리 산74-1 임야 22,434㎡(이하 각 “산35토지” 및 “산74-1토지”라 하고, 이를 합하여 이하 “쟁점토지②”라 하며, 쟁점토지①과 합하여 이하 “쟁점토지”라 한다)를 2013.12.19. 수용을 원인으로 OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)에게 양도한 후, 2014.2.28. 쟁점토지를「조세특례제한법」(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제77조에 따른 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면대상에 해당하는 것으로 보아 감면액을 같은 법 제133조의 양도소득세 감면 종합한도규정에 따라 OOO원(농어촌특별세 과세대상)으로 하여 양도소득세를 신고․납부하였으며, 2014.9.26. 사망하였다.

나.OOO은 2014년 11월 보상금 이의재결을 이유로 OOO의 상속인인 청구인 외 2명에게 추가보상금을 지급하였고, 청구인은 당초 OOO가 쟁점토지의 양도소득세를 신고하면서 취득가액을 잘못 산정하였으며, 쟁점토지가「조세특례제한법」제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상에 해당함에도 같은 법 제77조에 따른 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면대상으로 하여 감면을 신청하였는바, 감면액을 OOO원(농어촌특별세 비과세대상)으로 산정하여야 한다며 2014.12.26. 2013년 귀속 양도소득세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다.

다.처분청은 2015.2.25. 취득가액 산정이 잘못되었다는 청구주장을 인정하여 2013년 귀속 양도소득세 OOO원을 환급하기로 하였으나, 쟁점토지를 8년 이상 자경한 사실이 확인되지 않는다 하여 나머지 경정청구를 거부하였다.

라.청구인은 이에 불복하여 2015.5.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1)처분청은 쟁점토지①에 대해서는 검토하지 않은 채 쟁점토지②를 자경한 사실이 확인되지 않는다 하여 청구인의 경정청구를 거부하였으나, 쟁점토지①의 경우 양도(수용) 당시 농지였고, OOO가 고령(1928년생)인 이유로 최근에는 직접 경작하지 않았으나, 40여년의 보유기간 동안 쟁점토지① 소재지 인근 지역OOO에 재촌하면서 8년 이상 경작한 사실이 농지원부에서 확인된다.

  쟁점토지②는 공부상 지목이 ‘임야’인바, 농지원부를 작성하지는 않았으나, 2013년도 토지 정기과세내역서에서 현황상 지목이 과수원으로 나타나고, OOO도 과수원으로 보아 재산세를 과세하여 왔으며, 조림대장에서 1972년 9월부터 밤나무가 식재되어 있고(밤나무는 1년 내내 노동력을 들여 경작하는 작물이 아니므로, 1년 중 1일 정도만 인부들을 고용하여 비료를 주고 가지치기하면 관리가 가능함), 쟁점토지 소재지 이장 및 농지위원 등의 농지이용 경작확인서에서 OOO가 오랜 기간 동안 쟁점토지②에서 밤나무를 경작하여 왔음이 확인된다.

  한편, OOO이 쟁점토지를 수용하면서 농작물에 대한 보상을 하지 않았으나, 이는 보상가액을 낮추기 위해 OOO이 일방적으로 수용 당시 OOO가 농사를 짓지 않은 것으로 본 것일뿐, 위의 전체 보유기간 중 8년 이상 자경하였고, 양도 당시 쟁점토지가 농지에 해당하기 때문에「조세특례제한법」제69조의 감면규정을 적용함이 타당하다.

 (2)설령, 쟁점토지를 8년 이상 자경하지 않은 것으로 본다 하더라도 동 토지의 보유기간 동안 경작한 사실이 확인되는바, 8년 이상이라는 경작기간의 제한 없이 농어촌특별세를 비과세하는「농어촌특별세법」(2014.1.1. 법률 제12165호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조 제2호 및 같은 법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25205호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조 제1항 제1호에 따라 이 건 농어촌특별세는 환급되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1)청구인은 처분청이 쟁점토지①의 자경여부에 대해 검토하지 않았다고 주장하나, 경정청구 검토서의 기재 내용과 같이 쟁점토지①의 경우 2006년부터 타인이 경작하고 영농손실보상을 받은 사실이 확인되고 있으며, OOO의 직업(1960년초부터 OOO으로 재직, 1987년부터 2000년까지 OOO 운영)이나 연령(1928년생) 등에 비추어 자경 내용을 입증할 만한 객관적인 서류(논갈이, 씨앗의 구매, 파종, 비료․농약의 사용, 잡초 제거 및 농작물의 수확․판매 등을 입증할 수 있는 증빙자료)의 제시 없이 농지원부만 제출되었는바, 경작 사실이 입증되지 아니하여「조세특례제한법」제69조의 감면을 배제한 것이다.

  쟁점토지②와 관련하여 1970년대에 밤나무가 식재된 토지로서, 양도 당시 농지에 해당하며, 지방자치단체에서 과수원으로 분리과세대상으로 분류하고 재산세 등을 환급하였다는 청구주장을 인정한다 하더라도, 취득하여 양도할 때까지 OOO가 8년 이상 경작하였다는 객관적인 서류(비료 등의 구입, 비료주기․가지치기시 인부들에게 지급한 노무비 내역 및 밤의 수확․판매 등을 입증할 수 있는 증빙자료)의 제시가 전혀 없고, 이장 및 농지위원 등의 농지이용 경작 확인서는 자경의 객관적인 증빙자료로 볼 수 없는바,「조세특례제한법」제69조의 감면을 배제한 처분은 정당하다.

 (2)쟁점토지를 실제 경작한 사실이 확인되지 아니하므로, 이를 농어촌특별세 비과세대상으로 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

①피상속인인 청구인의 부친이 쟁점토지를 8년 이상 직접 경작하였다는 청구주장의 당부

 ②설령, 청구인의 부친이 쟁점토지를 8년 이상 직접 경작하지 않은 것으로 본다 하더라도, 8년 이상 경작기간의 요건이 필요 없는 농어촌특별세는 감면되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1)조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것)

  제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상(괄호 생략) 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나「도시개발법」또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

  제77조(공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2015년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 20(괄호 생략)에 상당하는 세액을 감면한다.

1.「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

2.「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역은 제외한다)의 토지등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

3.「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따른 토지등의 수용으로 인하여 발생하는 소득

⑨ 제1항 및 제2항을 적용하는 경우 상속받거나「소득세법」제97조 제4항이 적용되는 증여받은 토지등은 피상속인 또는 증여자가 해당 토지등을 취득한 날을 해당 토지등의 취득일로 본다.

  제133조(양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도) ① 개인이 제33조, 제43조, 제69조, 제69조의2, 제70조, 제77조, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 과세기간별로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액

 가. 제33조, 제43조, 제70조, 제77조(100분의 20 및 100분의 25의 감면율을 적용받는 경우에 한한다), 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

 나. 제33조, 제43조, 제69조, 제69조의2, 제70조, 제77조, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

 (2)조세특례제한법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정되기 전의 것)

  제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년(괄호 생략) 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재「소득세법」제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」제15조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구 안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(괄호 생략) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{「지방자치법」제3조 제4항에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍·면 지역 및「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」제15조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍·면 지역은 제외한다}에 있는 농지 중「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

 가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 "대규모개발사업"이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우

 나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우

 다.「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다)

2.「도시개발법」또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는「소득세법 시행령」제162조의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.

1. 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우 : 매매계약일 현재의 농지 기준

2. 환지처분 전에 해당 농지가 농지 외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정 후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우 : 토지조성공사 착수일 현재의 농지 기준

3.「광산피해의 방지 및 복구에 관한 법률」, 지방자치단체의 조례 및 지방자치단체의 예산에 따라 광산피해를 방지하기 위하여 휴경하고 있는 경우 : 휴경계약일 현재의 농지 기준

⑥「소득세법」제89조 제1항 제2호 및 법 제70조의 규정에 의하여 농지를 교환·분합 및 대토한 경우로서 새로이 취득하는 농지가「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수·수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우에 있어서는 교환·분합 및 대토전의 농지에서 경작한 기간을 당해 농지에서 경작한 기간으로 보아 제1항 본문의 규정을 적용한다.

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(多年性)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

 (3)농어촌특별세법(2014.1.1. 법률 제12165호로 개정되기 전의 것)

  제4조(비과세) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.

2. 농어업인(「농어업·농어촌 및 식품산업 기본법」제3조 제2호의 농어업인을 말한다. 이하 같다) 또는 농어업인을 조합원으로 하는 단체(「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합법인, 농업회사법인 및 영어조합법인를 포함한다)에 대한 감면으로서 대통령령으로 정하는 것

  (4)농어촌특별세법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25205호로 개정되기 전의 것)

  제4조(비과세) ① 법 제4조 제2호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 감면을 말한다.

1.「조세특례제한법」제66조부터 제70조까지, 제72조 제1항(제1호 및 제5호의 법인은 제외한다), 제77조[「조세특례제한법」제69조 제1항 본문에 따라 대통령령으로 정하는 거주자가 직접 경작한 토지(8년 이상 경작기간은 이를 적용하지 아니한다)에 한정한다] 및 제102조, 제104조의2, 제120조 제1항 제13호(「농업협동조합법」에 따른 조합이 양수한 재산에 한정한다)ㆍ제15호(「수산업협동조합법」에 따른 조합이 양수한 재산에 한정한다)에 따른 감면

다. 사실관계 및 판단

(1)청구인 및 처분청이 제출한 자료에 대하여 살펴본다.

  (가)쟁점토지의 등기부등본, 토지대장 및 임야대장 등에 따르면, 쟁점토지① 중 119․119-1․119-9토지는 1977.7.1. OOO에게, 130-3토지(1992.9.24. OOO에서 분할됨)는 1973.1.4. OOO에게, 쟁점토지②는 1973.1.4. OOO에게 각 소유권이전등기되었다가 2013.12.19. OOO에게 소유권이전등기된 것으로 나타난다.

  (나)처분청이 청구인에게 송부한 ‘경정청구 거부 통지’ 문서(2015.2.25.)에 따르면, 처분청이 쟁점토지의 양도와 관련하여 당초 환산취득가액 적용 착오로 인해 취득가액이 과소계상되었던 부분에 대한 경정청구의 경우 증액보상금을 기초로 취득가액을 재계산함이 적법한 것으로 판단되어 인용되었고, 쟁점토지②의 자경농지에 대한 양도소득세 감면신청은 자경사실이 입증되지 아니하는 등의 이유로 거부되었음을 통지한다고 기재되어 있다.

  (다)처분청 소속 세무공무원의 경정청구 검토서(2015년 2월)의 주요내용은 다음 <표1>과 같다.

<표1>경정청구 검토서의 주요내용

  (라)OOO이 처분청에 송부한 ‘농업손실보상 내역서 등 제출’ 문서(2015.2.2.)의 주요내용은 다음 <표2>와 같고, OOO은 2013년 12월 OOO에게 쟁점토지에 대해 OOO원, 지장물(쟁점토지② 중 산35토지에 위치한 밤나무․살구나무 등 수목)에 대해 OOO원 합계 OOO원의 보상금을 지급하였다가 2014년 10월 보상금이 이의재결됨에 따라 쟁점토지에 대해 추가로 OOO원을 보상한 것으로 나타난다.

<표2>농업손실보상 내역서의 주요내용

  (마)OOO과 OOO이 작성한 용지 등의 매매계약서, OOO의 농업손실보상금 신청을 위한 경작사실 확인서(2014.1.7.) 등에 따르면, OOO은 쟁점토지① 중 119․119-1․119-9토지를 OOO로부터 임차하여 경작하였는바, 경작물에 대해 OOO로부터 OOO원의 보상금을 수령한 것으로 나타난다.

  (바)2009.7.27. 최초작성된 OOO의 농지원부에 따르면, 쟁점토지① 중 119․119-1․119-9토지의 공부지목은 ‘전’, 실제지목은 ‘전’ 또는 ‘답’이고, 주재배작물은 ‘벼’, ‘서류’, ‘채소’이며, 경작구분은 ‘자경’으로 기재되어 있다.

  (사)쟁점토지 소재지 이장 OOO, 농지위원 OOO․OOO의 농지이용 경작확인서(2007.8.20.)에 따르면, OOO 외 2명은 OOO가 쟁점토지②를 1973년 1월부터 1983년 6월까지 경작하였음을 확인하였다.

  (아)2002～2006년 세입지방세환급(충당)통지서, 2013․2014년도 토지 정기과세내역서 및 2007～2013년 재산세 물건별 세액계산 내역 등에 따르면, 쟁점토지②는 2006년까지는 ‘임야’로 구분되어 종합합산과세대상토지로 종합토지세․재산세가 부과되었다가 분리과세대상토지로 수정되어 2002～2006년 종합토지세․재산세 일부가 환급되었고, 2007년부터 2013년까지는 공부지목이 ‘임야’, 현황지목이 ‘과수원’인바, 분리과세대상토지로 재산세가 부과된 것으로 나타난다.

 (2)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,「조세특례제한법」제69조의 입법 취지는 농촌의 균형발전을 지원하기 위해 자경농민에게 조세정책상 특혜를 주기 위한 것으로서, 그 특례를 해석함에 있어 엄격하게 해석하여야 할 것이고, 그에 따른 입증책임은 납세의무자에게 있다 할 것이며, 양도소득세를 감면받기 위해서는 농지소유자가 영농에만 전념하는 전업농민이거나 비록 전업농민은 아니라 하더라도 농업 외 타 직업활동이 객관적으로 보아 일시적․부수적 활동이어야 할 것인바, 피상속인 OOO는 1960년초부터 OOO으로 재직하였고, 1987년부터 2000년까지 OOO를 운영하였으며, 쟁점토지를 직접 경작하였음을 입증할 수 있는 증빙자료(씨앗의 구매, 파종, 비료․농약의 사용, 잡초 제거 및 농작물의 수확․판매 등의 서류)가 제시되지 않고 있는 점, OOO의 농업손실보상 내역서, OOO과 OOO 간의 매매계약서 등에 따르면, OOO은 OOO가 쟁점토지① 중 119․119-1․119-9토지를 실제 경작하지 않았고, 나머지 쟁점토지①(130-3토지) 및 쟁점토지②는 임야라는 이유로 OOO에게 쟁점토지에 대해 농업손실보상금을 지급하지 않았으며, 임차인 OOO이 쟁점토지① 중 119․119-1․119-9토지에 대해 위 보상금을 수령한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 쟁점토지를 직접 경작한 사실이 확인되지 않는다는 등의 이유로 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.