주 문

심판청구를 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 1996.3.6. 설립되어 OOO을 영위하는 법인사업자로, ｢조세특례제한법｣상 중소기업 적용을 받아 법인세를 신고해 오던 중 2010사업연도 결산상 매출액이 OOO원을 초과하였으나, 같은 법 시행령 제2조 제2항의 규정에 따라 중소기업 유예기간 적용을 받는 것으로 보아 2013사업연도 법인세를 신고․납부하였다.

나. OOO(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인이 2013.3. 14. 설립된 OOO”라 한다)의 주식등 OOO로서 청구법인과 OOO가 2013사업연도말 기준 ｢중소기업기본법 시행령｣ 제2조 제3호․제3조 제2호 다목에 따른 관계기업에 해당하여 2013사업연도부터 중소기업 유예기간 적용이 배제되는 것으로 보아 ｢조세특례제한법｣ 제30조의4의 규정에 따른 중소기업 고용증가 인원에 대한 사회보험료 세액공제를 배제하는 한편, 일반기업의 접대비 한도액을 적용하여 접대비 한도초과액을 재계산한 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2015.2.5. 청구법인에게 2013사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.4.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

  (1) 2014.3.14. 기획재정부령 제406호로 ｢조세특례제한법 시행규칙｣이 개정되면서 제2조 제8항에 영 제2조 제4항에 따른 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호 다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단은 과세연도 종료일 현재를 기준으로 한다는 규정이 신설되었으므로 동 규정이 시행되기 전에는 ｢조세특례제한법｣ 제2조 제2항 제3호에서 중소기업 유예기간 적용배제 대상으로 규정된 관계기업에 대해서는 ｢중소기업기본법｣ 및 같은 법 시행령을 준용하고 있고, ｢중소기업기본법 시행령｣ 제2조 제3호 및 제3조의2에서 직전연도 말일 현재를 기준으로 관계기업 여부를 판단하도록 규정하고 있었으므로 ｢조세특례제한법｣상 중소기업 유예기간 적용배제 대상인 관계기업 여부도 직전연도 말일 현재를 기준으로 판단하여야 할 것이므로 2012년말 당시 OOO가 설립되기 전으로서 청구법인은 이 당시 중소기업 유예기간 적용배제 대상인 관계기업에 해당되지 아니하므로 2013사업연도에 중소기업 유예기간 적용대상 기업에 해당되는 것으로 보아야 하고, 위 개정된 규정을 적용하여 과세한 처분은 소급과세금지원칙에 위배되어 부당하다.

  (2) 2013사업연도말 기준으로 중소기업 유예기간 적용배제 대상인 관계기업 여부를 판단한다 하더라도 OOO는 2013년 설립되어 2013.12.31. 현재까지 매출액 및 종업원이 없는 등 인적․물적 시설을 갖춘 실체적인 회사가 아니므로 실질과세원칙상 지배 또는 종속의 관계에 있는 관계기업으로 볼 수 없다.

나. 처분청 의견

  (1) ｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조의3에서 상시 근로자수 등의 판정시점에 대해 직전 사업연도말을 기준으로 하다고 규정하고 있는바, ｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조 제1항 제3호에서 ‘실질적인 독립성이 ｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조 제1항 제2호에 적합할 것’이라고 규정하고 있을 뿐, ｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조의3 등을 직접 인용하고 있지 않아 ｢조세특례제한법 시행령｣에서 ｢중소기업기본법 시행령｣상의 판정시점을 인용하고 있다고 볼 수 없고, ｢조세특례제한법 시행규칙｣ 제2조 제5항에서도 중소기업 판정과 관련하여 자산총액은 과세연도 종료일 현재 기준으로 판정하도록 규정하는 등 관계기업 해당 여부 판정시에만 직전연도 말일로 판정하게 되면 모순이 발생하여 불합리한 결과가 초래되는 등 ｢조세특례제한법｣에서 관계기업 해당 여부에 대한 판단은 과세연도 종료일 기준으로 판정하는 것으로 해석하여야 할 것이고, 과세관청은 중소기업 판정시 관계기업 판단시점에 대해 과세연도 종료일을 기준으로 한다는 취지로 수차례 회신한바 있고, 2014.3.14. 기획재정부령 제406호로 ｢조세특례제한법 시행규칙｣ 개정시 신설된 제2조 제8항에서 영 제2조 제4항에 따른 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호 다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단은 과세연도 종료일 현재를 기준으로 한다는 규정은 창설적 규정이 아닌 기존해석을 보다 명확히 하기 위한 것에 불과하여 이 건 과세처분이 소급과세금지원칙에 위배된다는 청구주장은 타당하지 않다.

  (2) OOO는 계속사업자로 등록된 법인으로 사업 초기라서 매출이 발생하지 않고 있는 것이고, 2013사업연도 중 법률사무소 및 법무사사무소, 감정평가법인 등으로부터 용역을 제공받고 부가가치세를 환급받은 사실이 있는 등 영업활동이 존재하며 관계기업에서 배제할 정당한 사유가 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

  청구법인이 ｢조세특례제한법｣상 중소기업 유예기간 적용배제 대상인 관계기업에 해당되는 것으로 보아 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

다. 사실관계 및 판단

  (1) 청구법인이 2010사업연도부터 ｢조세특례제한법｣상 중소기업 규모기준 중 매출액 기준OOO을 초과한 사실에 대해서는 처분청과 청구법인 간에 다툼이 없다.

  (2) OOO의 현황은 다음과 같다.

  (3) 청구법인의 2013사업연도 종료일 당시 적용되던 2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정된 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조 제1항 제3호에서 실질적 독립성이 ｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조 제1항 제2호에 적합한 것을 중소기업의 요건 중 하나로 규정하면서, ｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조 제4항 및 같은 법 시행규칙 제2조에서 중소기업 판단기준인 상시 종업원수, 자기자본, 매출액, 자산총액 및 자본금에 대하여 당해 과세연도 종료일 현재로 판단하도록 규정하고 있었으나, 또 다른 중소기업 판단기준인 관계기업 판단시점에 대하여는 ｢조세특례제한법 시행령｣에서 명시적으로 규정하지 않다가, 2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정된 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조 제4항 및 같은 법 시행규칙 제2조 제8항에서 관계기업에 속하는 기업인지의 판단은 ‘과세연도 종료일 현재’를 기준으로 하는 것으로 규정하였는데, 그 개정이유는 중소기업 판단시 관계기업 판단시점을 과세연도 종료일로 함을 명확히 하기 위한 것이라고 2013년 간추린 개정세법 해설책자(기획재정부 발간)에 나타난다.

  (4) 2011.12.28. 대통령령 제23415호로 개정된 ｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조 제1항 제2호에서 중소기업 요건 중 소유와 경영의 실질적 독립성 기준에 관하여 규정하고 있고, 제2조 제3호에서 관계기업이란 외부감사대상기업이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말하는 것으로 규정하면서, 제3조의2 제1항에서 지배 또는 종속의 관계란 ‘직전 사업연도 말일 현재’ 기준으로 판단하는 것으로 규정하고 있다.

  (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,

   (가) 청구법인은 ｢조세특례제한법｣상 중소기업 유예기간 적용배제 대상인 관계기업 여부는 직전연도 말일 현재를 기준으로 판단하여야 하고, 2014.3.14. 기획재정부령 제406호로 개정된 ｢조세특례제한법 시행규칙｣을 적용하여 과세한 처분은 소급과세금지원칙에 위배된다고 주장하나, ｢중소기업법｣은 ‘직전 사업연도 종료일’을 기준으로 중소기업에 해당하는 기업을 선별하여 당해 사업연도 중 각종 지원사업 등을 시행하기 위한 것이나, ｢조세특례제한법｣은 당해 과세기간의 법인세에 대해 세제혜택을 부여하기 위한 것으로 ‘당해 과세연도 종료일’을 기준으로 중소기업 요건을 판단하는 것이 타당해 보이는 점, 종래 ｢조세특례제한법 시행령｣ 및 같은 법 시행규칙에서 관계기업 해당 여부 외의 다른 중소기업 판단 요건인 매출액, 자산총액, 자기자본, 자본금 규모에 대하여 ‘당해 과세연도 종료일’ 기준으로 판단하는 것으로 규정하고 있었는바, 관계기업 요건에 대한 판단 기준일만 타 요건과 다르게 정할 만한 사유가 없는 것으로 보이는 점, 2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정된 ｢조세특례제한법 시행령｣ 및 2014.3.14. 기획재정부령 제406호로 개정된 같은 법 시행규칙에서 관계기업 판정도 ‘당해 과세연도 종료일’ 기준으로 하도록 규정하면서 그 개정이유로 관계기업 판단시점을 명확히 하기 위한 것이라고 되어 있는 점 등에 비추어 청구법인이 2013사업연도 중소기업 유예기간 적용배제 대상인 관계기업에 해당하는지 여부는 2013사업연도 법인세 과세기간 종료일(2013.12.31.) 현재를 기준으로 판단하는 것이 타당하고, 소급과세금지원칙에 위배된 처분이라는 청구주장을 받아들이기 어렵다 할 것이다.

   (나) 또한, 청구법인은 OOO는 2013년말 당시 매출액 및 종업원이 없는 등 인적․물적 시설을 갖춘 실체적인 회사가 아니어서 실질과세원칙상 관계기업으로 볼 수 없다고 주장하나, OOO는 2013.3.14. 설립되어 2013사업연도 중 법률사무소 및 법무사사무소, 감정평가법인 등으로부터 용역을 제공받고 부가가치세를 환급받은 사실이 나타나는 점 등에 비추어 인적․물적 실체가 없다는 청구주장도 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

   (다) 따라서, 처분청이 2013사업연도말 기준으로 청구법인이 ｢조세특례제한법｣상 중소기업 유예기간 적용배제 대상인 관계기업에 해당되는 것으로 보아 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.