주 문

심판청구를 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 2010.1.1.부터 사업자단위과세제도를 신청하여 주사업장과 종사업장의 과세자료를 사업자단위로 신고․납부하고 있고, 주사업장 산하 8개 지부 중 4개 지부OOO는 주사업장 소유인 OOO을 사용하고 있으며, 2010년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기간에 쟁점건물에 대한 부가가치세 공통매입세액(수리비 등) 안분계산시 쟁점종사업장에서 관리하고 있는 민간아파트단지 내 공무원임대아파트(이하 “쟁점임대아파트”라 한다)에 대한 면세수입금액(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 공통매입세액 안분계산시 총매입가액 및 면세매입가액에 포함하여 신고하였다가 2014.1.10. 쟁점금액을 총매입가액 및 면세매입가액에서 제외하거나, 이를 사용면적 기준으로 안분하여야 한다는 취지로 경정청구를 제기하였다.

나. 처분청은 청구법인이 경정청구한 안분계산 방법은「부가가치세법」에서 규정한 안분계산방식으로 볼 수 없다 하여 2014.1.21. 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.4.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 사업자단위과세사업자가 각 사업장에서 동일한 업종의 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 공통매입세액은 각 사업장별로 안분계산한 후, 본점 또는 주사업장에서 이를 합산하여 신고하는 것이므로OOO, 청구법인의 쟁점종사업장의 경우 해당 사업장에서 발생한 공통매입세액을 안분함에 있어서 해당 사업장에서 발생한 과세자료만을 기초로 계산하여야 할 것임에도, 타사업장이라 할 수 있는 쟁점임대아파트 관리과정에서 발생한 과세자료를 포함하여 부가가치세를 신고․납부하였으므로(공통매입세액 안분시 쟁점임대아파트 관련 과세자료가 총매입가액과 면세매입가액에 반영), 쟁점임대아파트와 관련한 쟁점금액을 공통매입세액 안분계산시 총매입가액과 면세매입가액에서 제외하여야 한다.

 (2) 청구법인의 쟁점종사업장의 경우 과세사업에 사용되는 면적의 비율은 과세기간별로 거의 변화가 없음에도 총매입가액에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율로 안분하다보니 특별한 사정이 있는 경우(과세사업 또는 면세사업에 대한 매입가액이 대폭 상승 또는 감소) 안분비율의 차이가 많이 발생함으로 사용면적기준으로 안분하는 것이 합리적이다.

나. 처분청 의견

 (1) 실제 쟁점임대아파트의 입주계약․동호수 배정․회계처리 등 일련의 임대아파트 업무수행에 필요한 중요한 관리 및 주된 의사결정이 종사업장 건물에서 이루어지고 있고, 쟁점임대아파트는 공무원 임대아파트로서 공무원의 주거안정을 위해 공무원연금공단에서 특수하게 운영하는 제도로서 입주자가 임의로 분양․매매를 할 수 없으며, 쟁점건물에 필연적으로 부수되어 운영되는 사업장으로 보아야 하므로, 쟁점건물에 대한 공통매입세액(엘리베이터 수리비 등) 안분계산시 쟁점임대아파트 관련 매출․매입가액(쟁점금액)을 포함하여 신고하여야 한다OOO.

 (2) 공통매입세액 안분계산시 총공급가액에 대한 면세공급가액 비율로 계산하는 것이 원칙이나, 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업 등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 있어서의 공통매입세액 안분계산은 「부가가치세법 시행령」에서 규정한 각 호의 순OOO에 따라 계산하는 것이다. 청구법인은 면세 공급가액이 불분명하여 공급가액 비율로 안분계산할 수 없으므로「부가가치세법 시행령」에서 규정한 각 호의 순서 중 매입가액 비율로 계산하여야 하고, 건물을 신축 또는 취득한 경우에 해당되지 아니하므로 예정사용면적 비율로 계산할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 공통매입세액 안분계산시 쟁점금액을 총매입가액과 면세매입가액에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

 ② 공통매입세액 안분계산시 면적별로 안분하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관계법령

(1) 부가가치세법

 제17조[납부세액] ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2의2. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 포함한다)을 공급받으면서 세금계산서를 발급받은 경우의 매입세액. 다만, 해당 재화 또는 용역을 공급한 사업자가 제1항의 납부세액을 모두 납부한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액

 (2) 부가가치세법 시행령

 제61조[매입세액의 안분계산] ① 사업자가 과세사업과 면세사업(비과세사업을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의2에서 같다)을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의2에서 같다)의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

② 삭제 <1980.12.31.>

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 해당 재화 또는 용역의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.

1. 해당 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 100분의 5미만인 경우의 공통매입세액. 다만, 공통매입세액이 5백만원 이상인 경우는 제외한다.

2. 해당 과세기간 중의 공통매입세액이 5만원 미만인 경우의 매입세액

3. 제48조의2 제3항 제3호의 규정이 적용되는 재화에 대한 매입세액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각 호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

⑥ 제4항 각 호 외의 부분 단서에 따라 토지를 제외한 건물 등에 대하여 같은 항 제3호를 적용하여 공통매입세액 안분계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 산식에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항 제3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제61조의2 제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 당초 신고내역과 경정청구내역은 아래 <표1>․<표2>․<표3>․<표4>와 같다.

<표1> 2010년 제1기 부가가치세 과세기간 면세매입가액

OOO

<표2> 2010년 제1기 부가가치세 과세기간 공통매입세액 안분내역

OOO

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 첫째, 청구법인은 쟁점임대아파트와 관련한 쟁점금액을 부가가치세 공통매입세액 안분계산시 총매입가액 및 면세매입가액에서 제외하여야 한다고 주장하나,「부가가치세법 시행령」제61조 제1항은 사업자가 과세사업 및 면세사업을 겸영하는 경우에 매출세액에서 공제하지 아니하는 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액의 경우에는 원칙적으로 총공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율에 따라 공통매입세액을 안분하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하도록 규정하고 있고, 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 이를 안분계산함에 있어 어느 과세사업과 면세사업만에 관련된 공통매입세액으로의 세분이 가능한 경우에는 그 공통매입세액과 관련된 사업단위(부분)별로 구분하여「부가가치세법 시행령」제61조 제1항의 산식에 따라 이를 안분계산하여야 할 것인바, 청구법인이 쟁점임대아파트에 대하여 별도 사업장으로 신고하지 아니한 점, 쟁점임대아파트의 입주계약․동호수 배정․회계처리 등 일련의 업무수행에 필요한 중요한 관리 및 의사결정이 종사업장 건물에서 이루어지고 있는 점으로 보아 종사업장의 목적과 관련 없는 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점임대아파트를 별도 독립된 사업장으로 보아 쟁점금액을 총매입가액 및 면세매입가액에서 제외하기는 어렵다고 판단된다.

   둘째, 청구법인은 특별한 사정이 있는 경우 안분비율이 차이가 많이 발생하여 변동이 없는 사용면적 기준으로 안분하는 것이 합리적이라고 주장하나,「부가가치세법 시행령」제61조 제4항 본문에서 규정된 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 ① 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율, ② 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율, ③ 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율의 순으로 하도록 규정하고 있고, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 ③을 ① 및 ②에 우선하여 적용하도록 규정하고 있는바, 청구법인의 경우는 이에 해당되지 아니하므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.