주 문

  심판청구를 기각한다.

이 유

1. 처분개요

   가. 청구인은 2002.6.27. 주식회사 OOO(2001.3.1. 창업한 개인 벤처사업체 OOO법인으로 전환된 벤처기업임. 이하 OOO이라 한다.) 설립당시 발기인이자 이사(법인전환 전 개인기업의 종업원이었다)로 참여하면서 1,500주(액면분할 후에는 30,000주)를 최초로 출자한 후 아래 <표1>과 같이 2004.8.17. 유상증자 4,500주(액면분할 후에는 90,000주), 2006.11.1. 무상증자 1,500주, 2006.12.26. 액면분할(주당 OOO) 등을 통하여 330,000주의 주식을 보유하던 중,

   아래 <표2>와 같이 2010.8.17. OOO주식 7,000주를 총 OOO양도하고 양도소득세 OOO2011.1.25.부터 2011.12.23.까지 193,580주를 양도하고 양도소득세 OOO을 2012.8.31. 기한 후 신고․납부하였다.

   나. 청구인은 2014.5.30. 기 양도소득세 신고한 OOO주식이 벤처기업주식으로서 「조세특례제한법」제14조 제1항 제4호에 해당된다는 이유로 양도주식 200,580주 중 100,000주(이하 “쟁점주식”이라 한다)가 양도소득세가 비과세대상이라고 하여 OOO양도소득세 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

   다. 처분청은 위 「조세특례제한법」제14조의 비과세 대상이 되려면 같은 법 시행령 제12조 제1항 제2호가 규정하는 ‘개인이 그와 「소득세법 시행령」제98조 제1항 또는「법인세법 시행령」제87조 제1항의 규정에 의한 특수관계가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자’에 해당되어야 하나, 개인이 법인전환하는 경우에는 그 개인(발기인이며 이사)과 법인은 특수관계에 해당된다고 판단하여 2014.7.31. 청구인에게 경정청구를 받아들일 수 없다는 내용을 통지하였다.

   라. 청구인은 이에 불복하여 2014.9.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

    (1) 「조세특례제한법 시행령」제12조 제1항 제2호는 개인이 특수관계가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자를 비과세 대상으로 규정하고 있으며, 그 의미는 개인의 출자 당시에 개인과 벤처기업 사이에 특수관계에 있지 않아야 한다는 것이지, 출자 후 또는 출자로 인하여 주식을 취득한 후에도 특수관계에 있지 않아야 한다는 것은 아니다.

    즉 법인설립 때를 기준으로 개인과 벤처기업 사이에 특수관계 여부를 새롭게 따져야 할 것이므로 처분청이 개인기업이 법인으로 전환한 경우에 있어서 개인이 특수관계 법인에 출자한 것으로 본 것은 부적법하다.

    (2) 벤처기업인 개인기업이 법인전환 시 개인기업의 종업원이었던 청구인이 OOO설립시 발기인 겸 임원일 경우 OOO설립되는 최초 출자시점에 청구인과 OOO이 「조세특례제한법 시행령」제12조 제1항 제2호 및 「소득세법 시행령」제98조 제1항 제4호의 특수관계인에 해당되지 않으며,

    (3) 또한, 개인이 다른 출자자와 함께 최초 법인설립시의 출자비율과 동일한 비율로, 창업후 3년내 추가 출자한 부분에 대해서는 특수관계인의 지위에서 출자한 것이 아니라 최초 출자의 연장선상에서 최초 출자분의 금액이 증가한 것에 불과하다고 보아야 할 것이므로 청구인이 2004.8.17. 유상증자로 취득한 쟁점주식도 「조세특례제한법」제14조에 규정하는 비과세 대상에 해당된다고 할 것이다.

    (4) 따라서 청구인이 OOO출자한 최초 설립자본금 및 유상증자 자본금과 자본금의 액면분할, 무상증자, 주식배당 등으로 인해 증가한 주식은 「조세특례제한법」제14조 제1항 제4호에 규정하는 양도소득세 과세특례가 적용되는 주식에 해당되어 양도소득세가 비과세되므로 출자주식 100,000주에 대해 기 신고․납부한 양도소득세를 환급하여야 한다.

  나. 처분청 의견

    (1) 청구인은 청구인이 OOO설립시에 취득한 것이어서 OOO과의 사이에 특수관계가 없으며, 쟁점주식은 출자일로부터 5년이 지난 후에 양도된 것이므로 과세특례규정이 적용되어야 한다고 주장하나,

    청구인은 OOO설립 당시부터 이사로 당해 법인의 경영에 사실상 영향력을 행사하고 있어 OOO「법인세법 시행령」제87조 제1항 제1호에서 정하는 특수관계에 있는 자에 해당하므로, 「조세특례제한법」제14조 및 같은 법 시행령 제12조의 과세특례규정이 적용되지 않는다.

    (2) 또한 개인이 다른 출자자와 함께, 최초 법인설립시의 출자비율과 동일한 비율로, 창업후 3년내 추가 출자한 부분에 대해서는 특수관계인의 지위에서 출자한 것이 아니라 최초 출자의 연장선상에서 최초 출자분의 금액이 증가한 것에 불과하다고 보아야 할 것이므로 청구인이 2004.8.17. 유상증자로 취득한 쟁점주식도 「조세특례제한법」제14조에 규정하는 비과세 대상에 해당된다고 주장하나,

    청구인은 OOO설립 당시는 물론, 유상증자 당시인 2004.8.17.에도 이사로 당해 법인의 경영에 사실상 영향력을 행사하고 있어 OOO「법인세법 시행령」제87조 제1항 제1호에서 정하는 특수관계에 있는 자에 해당하므로, 「조세특례제한법」제14조 및 같은법 시행령 제12조의 과세특례규정이 적용되지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

   창업자 등에의 출자에 대한 과세특례 적용 시 벤처기업을 출자(유상증자 포함)하여 설립한 경우 발기인이며 이사인 개인과 벤처기업 사이에 특수관계에 있는지 여부

나. 관련 법령

 (1) 조세특례제한법 제13조【중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세】② 제1항을 적용할 때 출자는 중소기업창업투자회사, 벤처기업출자유한회사·신기술사업금융업자 또는 기금운용법인등이 직접 또는 창투조합등을 통하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 창업자·신기술사업자 또는 벤처기업의 주식 또는 출자지분을 취득하는 것으로 하되, 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

1. 해당 기업의 설립 시에 자본금으로 납입하는 방법

2. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자(有償增資)하는 경우로서 증자대금을 납입하는 방법

3. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 잉여금을 자본으로 전입(轉入)하는 방법

4. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 채무를 자본으로 전환하는 방법

    (2) 조세특례제한법 제14조【창업자 등에의 출자에 대한 과세특례】 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호·제2호·제2호의2·제3호·제4호 및 제6호에 따른 주식 또는 출자지분은 제13조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 취득하는 경우만 해당한다)의 양도에 대해서는 「소득세법」 제94조 제1항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 제1호·제2호·제2호의2·제3호·제4호 및 제6호의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

4. 벤처기업에 출자함으로써 취득(괄호 생략)한 대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분

    (3) 조세특례제한법 시행령 제12조【창업자 등에의 출자에 대한 과세특례】① 법 제14조 제1항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분”이란 제1호 및 제2호의 규정에 적합한 출자에 의하여 취득한 주식 또는 출자지분으로서 그 출자일부터 5년이 경과된 것을 말한다.

1. 창업 후 3년 이내인 벤처기업(「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업을 말한다. 이하 같다) 또는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것

2. 개인이 그와 「소득세법 시행령」제98조 제1항 또는「법인세법 시행령」제87조 제1항의 규정에 의한 특수관계(이하 이 항에서 “특수관계”라 한다)가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자이거나 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제13조의 규정에 의한 조합이 그 조합원과 특수관계가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자일 것. 이 경우「법인세법 시행령」제87조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 동항 제6호 중 “100분의 50”은 각각 “100분의 30”으로 본다.

    (4) 소득세법 제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 “주식등”이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(이하 “주권상장법인”이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 “증권시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

    (5) 법인세법 시행령 제87조【특수관계자의 범위】① 법 제52조 제1항에서 “대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자”라 함은 법인과 다음 각 호의 1의 관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)를 말한다.

1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(「상법」제401조의2 제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족

2. 주주등(소액주주를 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족

3. 법인의 임원·사용인 또는 주주 등의 사용인(주주등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인 외의 자로서 법인 또는 주주등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족

다. 사실관계 및 판단

    (1) 국세통합시스템상 OOO사업자등록현황 및 OOO벤처기업확인서를 보면 아래와 같다.

     (가) OOO사업자등록현황은 아래 <표3>과 같다.

     (나) 벤처기업확인서(2001.9.4. OOO)를 보면 OOO2001.9.4.부터 2003.9.3.까지 OOO으로부터 신기술기업(OOO)으로 하여 벤처기업확인을 받은 것으로 나타난다.

    (2) OOO설립 당시 주주명부는 아래 <표4>과 같고, 청구인은 당시 발기인으로 참여하면서 이사(법인등기부상 2002.6.27. 이사 취임, 2005.6.27. 중임, 2008.3.28. 사임 및 취임하다가 2010.3.26. 사임)였던 것으로 나타난다.

    (3) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살피건대,「조세특례제한법」제13조․제14조 및 같은 법 시행령 제12조에서 중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세는 기관투자자 등이 특수관계 없는 벤처기업의 육성․발전을 위하여 직접 행한 벤처기업의 자본금을 증가시키는 신규 출자에 대하여만 과세특례를 주고자 하는 것이 입법목적임으로 보이는 점, 개인이 특수관계 없는 창업 후 3년 이내인 벤처기업에 대하여 출자한 주식으로 그 출자일로부터 5년이 경과한 후 양도하는 경우에 적용하는 점, 청구인은 OOO법인으로 전환 전 개인기업이었을 때 종업원으로 재직하였고 2002.6.27. OOO설립 시는 물론 쟁점주식 취득 이후 유상증자 시에도 발기인이자 이사로서 당해 법인의 경영에 사실상 영향력을 행사하고 있어「법인세법 시행령」제87조 제1항 제1호의 규정에 따른 특수관계에 있는 자로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 보인다.

    따라서, 처분청이 청구인과 OOO「법인세법 시행령」제87조 제1항 제1호에 따른 특수관계에 해당된다고 판단하여 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.