[주 문]

  OOO세무서장이 2014.7.14. 청구인에게 한 2012년 귀속 양도소득세 OOO의 부과처분은 양도소득금액 산출시 장기보유특별공제를 적용하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 1. 처분개요

가. 청구인은 1996.12.6. 취득한 경기도 OOO를 2012.11.8. 김OOO 및 여OOO에게 양도한 후 2012.12.14. 장기보유특별공제액 OOO을 공제하고 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면신청을 하여 양도소득세를 신고하였다.

나. 처분청은 청구인이 쟁점토지를 8년 이상 자경하지 아니한 것으로 보아 양도소득세 감면신청을 배제하고 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제한 후, 2014.7.14. 청구인에게 2012년 귀속 양도소득세 OOO을 경정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2014.9.17. 이의신청을 거쳐 2015.1.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 쟁점토지는 청구인이 직접 농사를 짓기 위해 집OOO에서 반경 6㎞ 가량 떨어진 곳에 구입한 절대농지로, 청구인은 가족과 친지들에게 자가소비할 쌀을 공급하기 위하여 쟁점토지 소재지 관할 OOO구청장으로부터 농지취득자격증명을 발급받은 후 1996.12.6. 쟁점토지를 취득하여 다음해부터 직접 벼농사를 짓기 시작하였고, 2010.5.20. 쟁점토지를 포함한 답 4,224㎡의 토질형질변경(영농을 위한 성토 : 답→전)을 위해 개발행위허가를 받아 성토공사(2010.11.12. 준공검사) 후 2011년부터 밭농사를 시작하였으나 논농사에 비해 밭농사가 힘이 많이 들어 양도하게 되었다.

  쟁점토지가 청구인의 집과 6㎞ 이내의 거리에 위치하고 있는 점, 청구인이 1998.5.22. 쟁점토지 경작을 위하여 사업장을 쟁점토지에서 반경 1.3㎞에 위치한 OOO로 이전한 점, 청구인은 2006년 및 2007년에는 쌀직불금을 수령OOO하였다가 전업농만이 쌀직불금을 받을 수 있는 것으로 잘못 알고 2008년 10월경 기수령한 쌀직불금을 자진 반납하였고, 이에 대하여 OOO구청장이 쟁점토지를 청구인이 직접 농업경영에 이용하지 아니한 부적격 판정농지로 보아 2009.6.16. 청구인에게 쟁점토지를 처분하라는 통지를 하였으나 청문 실시결과 쟁점농지가 농업경영에 이용된 사실이 인정된다고 보아 처분의무통지대상에서 제외한 사실이 있는 점, OOO구청장이 발급한 농지원부에 2002.4.2. 최초로 쟁점토지가 기재되고, 경작구분에 ‘자경’, 주재배작물에 ‘벼’라고 기재OOO되어 있으며, 2009.5.4. OOO에 조합원으로 가입(자급자족을 위해 농사를 지어 조합원 가입에 대하여 잘 알지 못하여 늦게 가입함)한 점, 2008년과 2009년에 당수정미소에서 작성한 도정확인서상 청구인이 80㎏ 가마로 15～20가마(통계청 자료에 의하면 청구인 농지에 대한 백미 수확량이 30가마 정도이나, 자가소비를 위해 친환경으로 농사를 지었고, 통계청 자료는 쌀 9분도 기준이나 청구인 쌀은 12분도여서 통계청 자료보다 수확량이 적음)의 백미를 도정한 것으로 나타나는 점, 2001년부터 2009년까지 청구인 외에 누구도 쟁점토지에 대한 쌀직불금을 신청한 사실이 없는 점 등으로 청구인이 쟁점토지를 직접 경작한 사실이 충분히 확인된다.

 (2) 처분청은 청구인의 사업장 수입금액이 1996년부터 2012년까지 연간 OOO에 이르고, 거래처 수 및 종업원 수 등 사업의 규모와 청구인 소유의 농지 면적 등을 감안할 때 청구인이 쟁점토지의 경작에 전념하였다고 보기 어렵다고 하나, 청구인이 영위하는 개인사업체는 냉난방용 팬을 생산하는 업체로 거래처로부터 fax로 주문을 받아 팬을 생산․납품하는데 그 공정은 단순한 철공소에 불과하고, 직원은 평균 8명(사무직 1명, 생산직 7명)으로 청구인의 친동생인 이OOO(청구인 사업체의 공장장)이 종업원 관리를 전담하고 있으며, 거래처의 대부분이 오래된 고정거래처로 청구인과 이OOO이 함께 관리하여 청구인은 사업장에 상시 주재할 필요가 없이 자유롭게 쟁점토지를 오가며 물대기, 제초작업 등 농사일을 병행할 수 있었고, 청구인은 수확한 작물을 판매할 목적이 아니라 가족과 친지들이 자가소비하기 위해 쟁점토지를 취득․경작하여 화학비료나 농약을 거의 사용하지 않았을 뿐, 1998년 9월에 OOO에 정미기를 구입하여 1998년부터 2007년까지는 직접 쌀을 도정하고OOO, 퇴비, 비료, 모종, 중모 등을 구입하여 직접 벼농사를 지었고, 이는 2008.1.1.부터 2013.5.5.까지 퇴비, 비료, 모종 등 OOO 가량의 농자재를 구입한 내역, 2009.4.13. 중모 125상자를 공급받은 내역, 2008.10.30., 2009.10.18. 백미 각 20가마, 15가마를 도정한 내역 등에 의해 확인되며, 이앙기나 콤바인 같은 농기계는 보유한 사실이 없으나 콤바인 등은 인근 주민인 강OOO에게 부탁하여 이앙기나 콤바인 등을 이용한 모내기와 수확을 하였고, 삽․낫․제초기․농약살포기 등의 농기구는 청구인이 직접 취득하여 사업장 창고에 보관하다가 농사일을 할 때마다 농기구를 들고 가서 경작을 하였으므로 청구인이 쟁점토지에서 직접 농작물을 경작한 사실을 인정하여야 한다.

나. 처분청 의견

  청구인은 쟁점토지 취득 이후 쟁점토지에 벼농사를 경작하였다고 주장하나, 쟁점토지의 항공사진에 의하면 2010년까지만 쟁점토지에 벼농사가 경작되고 있었던 점, 쟁점토지(1,580평, 약 8마지기) 정도 면적의 논에서 쌀이 통상 16가마 가량 생산되는데 비해 청구인이 제출한 도정확인서상 2008년 20가마, 2009년 15가마의 쌀이 도정된 것으로 나타나는 점, 2010년 4월 항공사진상 쟁점토지가 “논”으로 사용하고 있었고, 2011년 3월 항공사진상 쟁점토지가 복토상태(밭고랑 등이 전혀 없음)였다가 2012년 4월 항공사진상 “밭”으로 나타나 쟁점토지가 2012년부터 밭농사로 사용된 것으로 확인되는 점, 청구인에 대한 2006년～2007년 쌀직불금이 환수되었고, 2008년 쌀직불금이 미지급(미지급 사유 : 비자경)된 것으로 나타나는 점, 농기계 임차에 대한 대금증빙서류(통장계좌이체)의 제시가 없이 OOO 가 제출한 확인서만 제출하고, 농자재 등 구입내역 또한 소액의 간이영수증 만을 제출하고 있는 점, 청구인은 1988.4.10. 개업한 현대 팬(개업일 : 1988.4.10, 업종 : 제조/펜)을 경영하면서 약 25년간 사업을 운영하며 연평균 수입금액이 OOO 이상이고, 거래처가 100개 업체를 초과하는 등 사업의 규모와 거래처 수 및 청구인 소유의 농지면적에 비추어 청구인이 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력으로 쟁점토지를 자경하기 어려웠을 것으로 보이는 점 등을 고려할 때 청구인이 쟁점토지를 8년 이상 자경하지 아니한 것으로 보아 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정의 적용을 배제하고, 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면 및 장기보유특별공제의 적용을 배제하고 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

 (1) 조세특례제한법

 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상(생 략) 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

 (2) 조세특례제한법 시행령

 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제15조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{「지방자치법」 제3조 제4항에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍·면 지역 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제15조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍·면 지역은 제외한다}에 있는 농지 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의

가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 "대규모개발사업"이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우

나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우

다. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다)

2. 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」 제162조의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.

1. 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우 : 매매계약일 현재의 농지 기준

2. 환지처분 전에 해당 농지가 농지 외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정 후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우 : 토지조성공사 착수일 현재의 농지 기준

3. 「광산피해의 방지 및 복구에 관한 법률」, 지방자치단체의 조례 및 지방자치단체의 예산에 따라 광산피해를 방지하기 위하여 휴경하고 있는 경우 : 휴경계약일 현재의 농지 기준

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

 (3) 소득세법

 제95조【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

 제104조의3【비사업용 토지의 범위】① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논ㆍ밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

나. 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시지역(「지방자치법」 제3조 제4항에 따른 도농 복합형태인 시의 읍ㆍ면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 호에서 같다)에 있는 농지. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하며 스스로 경작하던 농지로서 특별시ㆍ광역시 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다.

 (4) 소득세법 시행령

 제168조의6【비사업용 토지의 기간 기준】법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

 제168조의8【농지의 범위 등】② 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 본문에서 "소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지"라 함은 농지의 소재지와 동일한 시·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 연접한 시·군·구 또는 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내에 있는 지역에 주민등록이 되어 있고 사실상 거주(이하 "재촌"이라 한다)하는 자가 「농지법」 제2조 제5호의 규정에 따른 자경(이하 "자경"이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다.

 (5) 농지법

 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

4. "농업경영"이란 농업인이나 농업법인이 자기의 계산과 책임으로 농업을 영위하는 것을 말한다.

5. "자경"이란 농업인이 그 소유 농지에서 농작물 경작 또는 다년생식물 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력으로 경작 또는 재배하는 것과 농업법인이 그 소유 농지에서 농작물을 경작하거나 다년생식물을 재배하는 것을 말한다.

 제10조【농업경영에 이용하지 아니하는 농지 등의 처분】① 농지 소유자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 되면 그 사유가 발생한 날부터 1년 이내에 해당 농지(제6호의 경우에는 농지 소유 상한을 초과하는 면적에 해당하는 농지를 말한다)를 처분하여야 한다.

1. 소유 농지를 자연재해·농지개량·질병 등 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 자기의 농업경영에 이용하지 아니하거나 이용하지 아니하게 되었다고 시장(구를 두지 아니한 시의 시장을 말한다. 이하 이 조에서 같다)·군수 또는 구청장이 인정한 경우

② 시장·군수 또는 구청장은 제1항에 따라 농지의 처분의무가 생긴 농지의 소유자에게 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 처분 대상 농지, 처분의무 기간 등을 구체적으로 밝혀 그 농지를 처분하여야 함을 알려야 한다.

 (6) 농지법 시행령

 제55조【청문】농림수산식품부장관, 시장·군수 또는 자치구구청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 하려면 청문을 하여야 한다.

1. 제10조 제2항에 따른 농업경영에 이용하지 아니하는 농지 등의 처분의무 발생의 통지

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인이 제시한 부동산매매계약서, 부동산등기부등본 등에 따르면 청구인은 1996.12.6. OOO로 분할된 후 2012.11.8. 쟁점토지를 김OOO 및 여OOO에게 OOO에 양도한 것으로 나타난다.

 (2) 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 청구인이 2012.12.14. 양도소득세를 신고하면서 장기보유특별공제액을 OOO, 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면세액을 OOO으로 하여 양도소득세를 신고한 데 대하여, 처분청은 2014.3.20.부터 2014.4.11.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 청구인이 8년 이상 자경요건(자신의 노동력으로 50% 이상 경작)을 갖추지 못한 것으로 보아 감면세액 및 장기보유특별공제를 부인하여 청구인에게 양도소득세 OOO을 경정․고지한 것으로 나타나고, 처분청의 양도소득세 조사결과는 다음과 같다.

  (가) 처분청은 8년 이상 자경 여부와 관련하여, 청구인이 구입한 농기계(경운기 등)가 전혀 없는 것으로 확인되는 점, 조사당시 콤바인 등 농기계 임차에 대한 대금증빙서류(통장계좌이체)의 제출이 없이 OOO 명의로 작성된 확인서만 제출하는 등 농기계 임차에 대한 객관적인 증빙자료가 없는 점, 청구인 소유의 농지 규모(5,213㎡)에 비해 청구인이 제출한 비료 등 농자재 구입금액이 소액OOO으로 나타나는 점, 청구인이 2006년～2007년 기간 중 수령한 쌀직불금이 전액 환수된 것으로 나타나는 점, 청구인이 개인사업체(개업일 : 1988년, 업종: 제조/일반목적용 기계)를 운영하면서 2006년～2012년 연평균 수입금액이 OOO 이상이고 거래처가 100개 업체를 초과하는 것으로 확인되는 점 등에 비추어 청구인이 2010년 이전에 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작하지 아니하였다고 판단한 것으로 나타난다.

  (나) 처분청은 장기보유특별공제 적용 여부와 관련하여, 쟁점토지의 항공사진상 2010년, 2011년에는 밭농사를 한 흔적이 나타나지 아니하고, 2012년 4월 항공사진에만 밭고랑 등이 나타나는 점, 청구인이 2006년 및 2007년에 수령한 쌀직불금이 환수되었고, 2008년에는 쌀 직불금을 수령하지 아니한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 청구인이 2008년 이후 2012년 1년만 쟁점토지를 사업용으로 사용하였다고 판단한 것으로 나타난다.

 (3) 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 청구인은 1988.4.10. 서울특별시 OOO에서 일반목적용기계(냉난방용 팬) 제조업체인 OOO을 개업하여 1998.5.22. 쟁점토지에서 1.3㎞ 떨어진 경기도 OOO로 사업장을 이전한 이후 현재까지 쟁점토지 인근OOO에서 사업을 계속하고 있고, 1996년부터 2012년까지 연간 소득금액이 다음 <표1>과 같이 나타난다.

 (4) 청구인은 쟁점토지 취득 이후 계속하여 쟁점토지에 벼농사를 경작하다가 2010년에 쟁점토지를 복토한 이후 지목을 전으로 변경하여 2011년부터 쟁점토지에 밭농사를 경작하였고, 처분청은 청구인이 사업소득이 발생하였다는 점만을 들어 청구인이 쟁점토지를 자경하였다는 사실을 부인하였으나 청구인이 운영하는 사업장은 철공소 수준의 작은 사업체로 친동생이 공장장으로서 업체관리, 수금, 자재구입, 직원관리 등 사업운영을 도와주어 0.5㎞～1㎞ 가량 떨어진 쟁점토지를 자유로이 왕래하며 농사를 지을 수 있었다고 주장하며 다음과 같은 심리자료를 제출하였다.

  (가) 농지원부, OOO 조합원증명서 등에 따르면, 2002.4.2. 청구인이 경기도 OOO를 자경(주재배작물 : 벼)하는 것으로 하여 농지원부가 최초 작성된 후 2006.3.10. 청구인이 경기도 OOO 5,213㎡를 자경(주재배작물 : 벼)하는 것으로 농지원부가 작성되었고, 청구인이 2009.5.4. OOO의 조합원으로 가입된 것으로 나타난다.

  (나) 청구인은 쌀소득등보전직접지불제에 따른 보조금으로 2006년 OOO, 2007년 OOO을 수령하였다가 2009년 전액 환수되었으나(2008년에는 쌀직불금을 수령하지 아니함), 이는 근로나 사업소득이 없는 전업농만이 쌀직불금 수령자격이 있는 것으로 잘못 알고 이를 자진반납한 것일 뿐 비자경을 이유로 직권환수된 것이 아니라고 주장하여 우리 원에서 OOO구청장에 청구인의 쌀직불금 수령내역 및 환수내역을 요청한 결과, OOO구청장은 청구인이 2006년 OOO, 2007년 OOO의 쌀직불금을 수령하였고, 경작사실 입증으로 환수사항 없다고 회신OOO한 것으로 나타난다.

  (다) 쌀직불금 신청 부적격 판정농지 청문실시 결과보고, 청문실시결과에 따른 처분의견서에 따르면, OOO구청장은 쌀직불금 신청농지 특별조사 심사결과 쟁점토지가 자경농지에 해당하지 아니한다는 이유로 2009.6.16. 청구인에 대하여 농지처분의무를 통지하였으나, 청문 실시결과 OOO구청장은 2009.8.3. 청구인이 OOO에 대하여 자경한 사실을 인정하여 농지처분대상에 해당하지 아니한다고 결정한 것으로 나타난다.

  (라) 재산세 정기과세내역서, 토지형질변경허가서 등에 따르면, OOO구청장이 청구인에게 OOO에 대하여 2010.5.20.～ 2011.5.19.간 영농을 위한 토지형질변경(성토 : 답 → 전)을 허가하여 2010.11.12. 준공검사하였고, 같은 날 동 토지의 지목이 “답”에서 “전”으로 변경된 것으로 나타난다.

  (마) 도정확인서, 육묘공급계약서, 농자재 구매내역 등에 따르면, 청구인이 2008년 및 2009년에 당수정미소에서 백미 20가마(2008.10.30.), 백미 15가마(2009.10.18.)를 도정한 사실, 2009.5.20～2009.5.25. 기간 중 OOO(주)로부터 중모 125상자OOO를 공급받은 사실, 2008년～2013년간 다음 <표2>와 같이 총 OOO 가량의 비료, 퇴비, 모종 등을 구매한 사실 등이 나타난다.

  (바) 이OOO의 소득금액증명원 등에 따르면, 청구인의 동생인 이OOO이 1989년부터 현재까지 청구인의 사업장에서 근무하면서 OOO의 소득이 발생하고 있는 것으로 나타난다.

  (사) 청구인은 통계청의 경기도 논벼 재배시 노동력 투입시간 통계자료를 제출하며 청구인이 벼 재배를 위한 농작업(묘판 및 온상, 파종, 기경 및 정지, 이양, 관리, 시비, 제초, 병충해방제, 수확, 운반, 탈곡, 콤바인, 건조, 기타 작업) 중 묘판 및 온상, 관리, 시비, 제초, 수확, 건조, 기타 작업 등을 하여 다음 <표3>과 같이 논벼 재배를 위한 작업의 55% 내지 77%에 달하는 작업을 직접 하였다고 주장하였다.

  (아) 청구인은 트랙터 등을 이용하여 청구인의 경작을 도와주었다는 강OOO의 확인서 및 청구인이 쟁점토지에 벼를 직접 경작하는 것을 보았다는 취지의 남OOO 등 동네 주민, 직원, 친척 15인의 확인서 등을 제출하였다.

  (자) 우리 원에서 실시한 현지확인 당시 청구인의 동네 주민 남OOO를 만나 문답한 결과, 남OOO는 청구인이 쟁점토지에서 벼농사를 직접 경작하는 것을 수시로 보았고, 청구인 소유의 정미기를 받은 사실이 있다고 진술하였고, 남OOO의 비닐하우스에 98년형 정미기라고기재되어 있는 정미기가 있었으며, 청구인의 사업장에는 농약 살포기, 삽 등의 농기구가 비치되어 있고, 청구인의 현사업장OOO에서 쟁점토지까지는 도보로 10분 가량, 청구인의 구사업장OOO에서 쟁점토지까지는 자동차로 5분 가량 소요된 바 있다.

 (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지를 8년 이상 자경하였다고 주장하나, 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정은 농업에 종사하는 자가 장기간 농업에 종사할 수 있도록 하여 농촌 인구의 감소를 방지하고 농업을 육성하고자 하는 정책을 조세부과의 측면에서 지원하기 위한 것으로 다른 직업에 전념하면서 농업을 간헐적으로 경영하는 경우에는 자경농민에 해당한다고 보기 어려운 바, 청구인은 1988년 이후부터 평균 연간 수입금액이 OOO 이상인 냉난방용 팬 제조업을 영위하고 있어 자경농민에 대한 조세지원을 위해 마련된 동 제도의 취지에 부합하지 아니하는 점, 청구인이 제출한 농자재 구매 관련 증빙자료에 의하면 2008년 이후의 농자재 구매내역을 확인할 수 있을 뿐 그 이전에 쟁점토지를 경작하였다는 점을 확인하기에는 부족해 보이는 점, 청구인이 제시한 도정기 사진 및 청구인의 동네 주민의 확인서 만으로 청구인이 1998년부터 쟁점농지에 벼농사를 지으면서 도정기를 사용해 직접 탈곡하였다는 점을 인정하기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지의 양도에 대하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정의 적용을 배제한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

  다만, 비사업용 토지에 대한 장기보유특별공제 배제의 취지는 투기로 인한 이득을 세금으로 흡수하여 과세형평을 도모하고 부동산 투기를 차단하기 위한 것인바, 청구인은 쟁점토지 소재지에서 거주하면서 15년 이상 쟁점토지를 보유하여 청구인이 투기를 위하여 쟁점토지를 보유하였다고 보기는 어려워 보이는 점, OOO구청장이 2009.8.3. 청구인의 자경사실을 인정한 것으로 나타나는 점, 청구인이 2009.5.4. OOO의 조합원으로 가입한 사실이 나타나는 조합원증명서(2009.5.4.), 2006.3.10. 쟁점토지의 모번지에 대하여 청구인이 자경하는 것으로 작성된 농지원부 및 2008년부터 2012년까지의 농자재 구입내역 등에 의하면 청구인이 적어도 2006년경부터는 쟁점토지를 자경한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구인이 양도일 직전 5년 중 3년이상의 기간, 양도일 직전 3년 중 2년이상의 기간 이상 쟁점토지를 자경한 사실을 인정할 수 있어 보이므로 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.