이 유
1. 처분개요
가. 청구법인은 OOO 제조 및 도매업을 영위하는 법인으로, 아래 <표1>과 같이 2010사업연도부터 매출액이 OOO원 이상이 되었으나,「조세특례제한법 시행령」제2조 제2항에 따라 2013사업연도까지 중소기업유예기간이 적용되는 것으로 보아 중소기업관련 연구 및 인력개발비 세액공제와 기업의 어음제도개선을 위한 세액공제를 적용하여 법인세를 신고하였다.
나. 처분청은 (주)OOO이 2013.6.26. 청구법인의 발행주식 중 30%를 취득하여 2013사업연도부터 관계기업에 해당하므로「조세특례제한법 시행령」제2조 제2항 단서의 규정에 따라 청구법인이 2013사업연도부터 중소기업에 해당되지 않는 것으로 보아 중소기업관련 연구 및 인력개발비 세액공제와 기업의 어음제도개선을 위한 세액공제 적용을 배제하여 2014.12.8. 청구법인에게 2013사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.2.26. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 처분청은 관계기업 기준을 적용하는 경우 지배 또는 종속관계는 해당 사업연도 종료일을 기준으로 판단하여 청구법인이 2013년부터 관계기업에 해당한다고 보았으나,「중소기업기본법」상 관계회사 제도는 2009.3.25. 관계기업 제도를 도입하여 1년 9개월의 시행유예를 거쳐 2011.1.1.부터 시행되었고,「조세특례제한법」에서도 중소기업 범위의 일관성 유지를 위해 2010.12.30.「조세특례제한법 시행령」제2조 제1항 제3호 개정으로 1년의 시행유예를 거쳐 2012.1.1. 이후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용하도록 개정하였다.
(2) 2014.3.14. 기획재정부령 제406호로 개정 전의「조세특례제한법 시행령」제2조 제4항에서 “상시 사용하는 종업원수ㆍ자기자본ㆍ자본금ㆍ매출액ㆍ자산총액 및 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다”라고 규정하였으나,「조세특례제한법 시행규칙」제2조에서 관계기업 판단기준에 대한 언급이 전혀 없는 반면, 「중소기업기본법」제2조, 제3조, 제3조의2에서 “지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 "지배기업"이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 "종속기업"이라 한다)의 관계를 말한다”라고 명확하게 규정 되어 있으므로 관계기업의 판단시점을 직전사업연도 말일을 기준으로 하는 것이 타당하다.
나. 처분청 의견
(1) 청구법인은「중소기업기본법 시행령」에 따라 직전사업연도 종료일인 2011사업연도를 기준으로 지배․종속관계를 판단하는 것으로 주장하나, 관계기업 판단기준에 대하여「조세특례제한법 시행령」제2조 제1항 제3호에 따른 중소기업 판정시「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호 다목의 관계기업에 대한 요건은 매출액, 자산총액 등 다른 일반적인 규모기준과 동일하게 해당 과세연도 종료일을 판단기준일로 하고 있고, 2014.2.24.「조세특례제한법 시행령」제2조 제1항 개정 및 2014.3.14. 같은 법 시행규칙 제2조 제8항 신설은 관계기업 적용 여부의 판단시점에 대한 명시규정이 없어 이를 명확하게 하기 위한 것일 뿐으로, 세법 개정 전「조세특례제한법 시행령」제2조 제1항 제3호에 따라「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호 다목의 관계기업 적용요건은 법률 개정 전까지 일관되게「조세특례제한법 시행령」제2조 제4항의 매출액, 자산총액 등 다른 일반적인 규모기준과 동일하게 해당 과세연도 종료일을 기준으로 판단하였는바, 청구법인의 관계기업 해당여부는 해당 과세연도 종료일을 기준으로 판단하여야 하는 것이므로 중소기업에 해당하지 아니하는 것으로 보아 과세한 처분은 정당하다.
(2) 이 건 처분이 청구법인의 주장과 달리 2014.3.14. 개정된 세법에 근거하여 관계기업을 판단한 것이 아니므로 소급과세에 해당되지 아니한다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
중소기업 해당여부의 판정기준일을 당해 사업연도말이 아니라 직전사업연도 종료일로 보아야 한다는 청구주장의 당부
나. 관련 법령 등
(1) 국세기본법
제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】 ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.
② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.
③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.
⑤ 세법 외의 법률 중 국세의 부과ㆍ징수ㆍ감면 또는 그 절차에 관하여 규정하고 있는 조항은 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때에는 세법으로 본다.
(2) 조세특례제한법 시행령
제2조【중소기업의 범위】①「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다.
다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.
1. 상시 사용하는 종업원수ㆍ자본금 또는 매출액이 업종별로「중소기업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것
3. 실질적인 독립성이「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호에 적합할 것. 이 경우「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 "「조세특례제한법 시행령」제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다
1.「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업 외의 기업과 합병하는 경우
2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우
3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당되는 경우
4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우
③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본다.
④ 제1항 각호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 상시 사용하는 종업원수ㆍ자기자본ㆍ자본금ㆍ매출액ㆍ자산총액 및 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.
(3) 조세특례제한법 시행규칙
제2조【중소기업의 범위】①「조세특례제한법 시행령」(이하 "영"이라 한다) 제2조 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "기획재정부령으로 정하는 사업"이란 자기가 제품을 직접 제조하지 아니하고 제조업체(사업장이 국내 또는 「개성공업지구 지원에 관한 법률」 제2조 제1호에 따른 개성공업지구에 소재하는 업체에 한한다)에 의뢰하여 제조하는 사업으로서 그 사업이 다음 각 호의 요건을 충족하는 경우를 말한다.
1. 생산할 제품을 직접 기획(고안·디자인 및 견본제작 등을 말한다)할 것
2. 해당 제품을 자기명의로 제조할 것
3. 해당 제품을 인수하여 자기책임하에 직접 판매할 것
② 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호에 따른 상시 사용하는 종업원수는 해당 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자[주주인 임원,「소득세법 시행령」 제20조에 따른 일용근로자, 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조 제1항 제2호에 따른 기업부설연구소 및 연구개발전담부서의 연구전담요원 및 「근로기준법」 제2조 제1항 제8호에 따른 단시간근로자(이하 이 항에서 ‘단시간근로자’라 한다) 중 1개월간의 소정근로시간이 60시간 미만인 근로자는 제외한다] 수로 한다. 이 경우 종업원수는 해당 과세연도의 매월 말일 현재의 인원을 합하여 해당 월수로 나눈 인원을 기준으로 하여 계산하며, 단시간근로자 중 1개월간의 소정근로시간이 60시간 이상인 근로자 1명은 0.5명으로 하여 계산한다.
③ 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 자기자본은 과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 재무상태표(이하 이 조에서 "재무상태표"라 한다)상의 자산에서 부채를 차감한 금액으로 한다.
④ 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호에 따른 매출액은 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액으로 한다. 다만, 창업·분할·합병의 경우 그 등기일의 다음 날(창업의 경우에는 창업일)이 속하는 과세연도의 매출액을 연간 매출액으로 환산한 금액을 말한다.
⑤ 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 자산총액은 과세연도 종료일 현재 재무상태표상의 자산총액으로 한다
⑥ 영 제2조 제1항 제1호에 따른 자본금은 다음 각 호의 금액으로 한다.
1.「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제15항 제3호에 따른 주권상장법인과 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업의 경우에는 재무상태표상의 자본금과 자본잉여금을 합한 금액
2. 제1호 외의 기업인 경우에는 재무상태표상의 자본금과 재무상태표상의 자산에서 부채를 차감한 금액중 큰 금액
⑦ 영 제2조 제4항에 따른 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여는「국제조세조정에 관한 법률 시행령」제2조 제2항을 준용한다.
(4) 중소기업기본법 시행령
제2조【정의】 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
3. "관계기업"이란 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 "외부감사대상기업"이라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다.
제3조【중소기업의 범위】①「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.
1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.
가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업
나. 자산총액이 5천억원 이상인 기업
다. 자기자본이 1천억원 이상인 기업
라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업
2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업
가.「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 회사
나.제1항 제1호 나목에 따른 법인(외국법인을 포함하되, 제3조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식 등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식 등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식 등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식 등의 간접소유 비율에 관하여는「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제2조 제2항을 준용한다.
1) 주식 등을 소유한 자가 법인인 경우 : 그 법인의 임원
2) 주식 등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우 : 그 개인의 친족
다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자수등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업
제3조의2【지배 또는 종속의 관계】 ① 지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 "지배기업"이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 "종속기업"이라 한다)의 관계를 말한다. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제9조 제15항에 따른 주권상장법인으로서「주식회사의 외부감사에 관한 법률」제1조의2 제2호 및 같은 법 시행령 제1조의3에 따라 연결재무제표를 작성하여야 하는 기업과 그 연결재무제표에 포함되는 국내기업은 지배기업과 종속기업의 관계로 본다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인은 OOO 제조 및 도매업을 영위하는 법인으로, 2010사업연도부터 매출액이 OOO원 이상 등으로 중소기업을 졸업하여 2011사업연도부터 중소기업에 해당하지 아니하지만「조세특례제한법 시행령」제2조 제2항에 따른 3년간의 유예규정에 따라 2013사업연도까지 중소기업으로 유예기간을 적용받는 법인으로, 2013.6.26. 주식회사 OOO이 청구법인의 지분 30%를 취득하여 주식회사 OOO이 최다출자자가 되었다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 2013사업연도에 주식회사 OOO이 청구법인의 지분 30%를 취득하여 주식회사 최대출자자로서 관계기업의 지배․종속관계가 성립된 사실에 다툼이 없는 점,「중소기업기본법」제2조 제3항은 중소기업이 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에도 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년 동안 중소기업으로 본다고 규정하면서 단서 및 같은 법 시행령 제9조 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 유예기간을 적용하지 아니한다고 규정하고 있는 점, 2014.2.24.「조세특례제한법 시행령」제2조 제1항 개정규정 및 2014.3.14. 같은 법 시행규칙 제2조 제8항의 신설규정은 관계기업 적용 여부의 판단시점을 명확하게 하기 위하여 개정 또는 신설된 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인의 2013사업연도 종료일을 기준으로 2013사업연도부터 중소기업에 해당하지 않는 것으로 보아 중소기업 유예기간의 적용을 배제하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.