주 문

OOO세무서장이 2014.6.18. 청구법인에게 한 매입자발행세금계산서 발행을 위한 거래사실 확인불가 통지처분은 이를 취소한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 토목건축공사 등을 영위하는 법인으로 OOO 주식회사(이하 “하도급사업자”라 한다)와 OOO 중 건축공사(계약금액 OOO원, 이하 “OOO”라 한다)계약, 2014.1.27. 공사변경 계약(계약금액 OOO원)을 체결한 후 건축공사 용역을 제공받고 대금을 지급하였으며, 당초 공사계약금액에 대해서는 대금의 지급 조건에 따라 기성부분에 대하여 2013년 5월부터 9월까지 대금을 지급 후 세금계산서(5장)를 발행받았고, 공사계약 변경에 대하여 2013년 10월부터 12월까지 세금계산서 3장 공급가액 OOO원(이하 “쟁점세금계산서”이라 한다)을 발행받았으나, 청구법인은 하도급사업자가 쟁점세금계산서를 임의로 발행하였다 판단하여 하도급사업자에게 최종 기성금 공급가액 OOO원(이하 “쟁점거래”라 한다)을 지급한 2014.2.18.자로 발급해 줄 것을 요청하였지만, 하도급사업자는 이미 세금계산서를 발행하였다는 이유로 세금계산서를 발행해 주지 아니하였다.

나. 청구법인은 2014.5.2. 추가공사에 대해 용역의 공급시기에 매입세금계산서를 수취하지 못한 것으로 판단하여「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제126조의4의 규정에 의한 매입자발행세금계산서 발행을 위하여 처분청에 기성금지급액에 대하여 거래사실의 확인을 신청하였고, 처분청은 관할 세무서장인 OOO세무서장이 2014.6.2. 하도급사업자가 추가공사금액에 대해 2013년 제2기 매출세금계산서를 이미 발행하였다는 사유로 거래사실 확인이 불가하다는 내용을 처분청에 통보함에 따라 처분청은 2014.6.18. 청구법인에게 거래사실 확인불가통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.6.20. 이의신청을 거쳐 2014.10.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 세금계산서는 재화 또는 용역의 공급시기에 발급하는 것인바, 청구법인은 공사진행에 따라 하도급사업자가 기성청구를 하여 대금지급하였기에 그 시기를 거래시기로 하여 매입세금계산서를 발행받는 것이 정당하고, 공급자가 실제 거래시기와 달리 이미 세금계산서를 발행하였다고 하여 매입자발행세금계산서 거래사실확인에 대하여 확인불가 통지한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

조특법 제126조의4에서 규정한 매입자발행세금계산서 제도는 세금계산서 교부의무가 있는 사업자(일반과세자)가 재화 또는 용역을 공급하고 그에 대한 세금계산서를 발행하지 않는 경우, 재화 또는 용역을 공급받은 사업자(매입자)가 관할세무서장의 확인을 받아 세금계산서를 발행할 수 있는 제도로 매입자보다 경제적으로 우월한 지위에 있는 재화․용역의 매출자가 과세표준 노출 등을 이유로 세금계산서 발급을 거부하는 사례를 방지하는 동시에 매입자의 세액공제를 허용하자는 취지이므로 매출자가 이미 세금계산서를 발행한 경우는 신청대상이 아닌 것으로 판단되므로 거래사실 확인불가통지는 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 매입자발행세금계산서 발행을 위한 거래사실확인신청에 대하여 확인불가 통지한 처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인과 하도급사업자는 OOO 계약을 체결(준공일 : OOO월, 계약금액 : OOO원)하였고, 2014.1.27. 아래와 같이 건설공사 변경계약을 체결하였으며,

 청구법인과 하도급사업자간의 세금계산서 수수 및 신고 내역은 아래 <표1>․<표2>와 같다.

<표1> 세금계산서 수수 내역

<표2> 세금계산서 신고 내역

 (2) 청구법인이 2014.5.2. 처분청에 쟁점거래에 대한 거래사실확인신청서를 제출하여 처분청이 이를 하도급사업자 관할인 OOO세무서장에게 통보한바, OOO세무서장은 하도급사업자가 청구법인과의 건설공사계약내용에 따라 세금계산서를 기교부한 것으로 확인되며, 교부한 세금계산서의 공급시기 적정여부는 거래사실 확인신청 대상에 해당하지 않는다고 하여 2014.6.2. 거래사실 확인불가를 통보하였다.

 (3) 청구법인은 공사완성도의 결정은 기성청구와 이에 대한 확인으로 권리의무가 확정되고 공사대금의 지급의무가 발생하는 것인바, 하도급사업자는 2013년말에 쟁점세금계산서로 일방적인 의사표시를 하였으나 공사금액이 확정되지 아니하고 공사준공일도 명시하지 않은 상태여서 하도급사업자의 일방적인 청구권을 인정하지 않고 2014.1.27. 에서야 당사자간 공사변경에 대한 금액과 잔여공사 일정에 합의하고 공사변경계약서에 서명하게 되었으며, 2014.2.18. 하도급사업자는 공사변경계약서 내용대로 공사를 완공하고 동 일자로 OOO원을 기성청구서에 표기하여 청구법인에 제출하였는바, 변경공사금액이 확정되지 아니하고, 잔여공사일정에 합의하지도 아니한 상태에서 일방적으로 발급된 쟁점세금계산서는 그 발급시점에 법률적으로 청구권이 발생할 수 없으며,

 또한「부가가치세법」상 건설용역의 공급시기는 완성도기준이나 공사기성고가 불분명하거나 대금지급확정이 불분명한 경우 공사완료일이나 준공검사일로 보도록 하고 있는바, 쟁점세금계산서보다 이후에 작성된 공사변경계약서 및 공사완료일에 제출된 기성청구서 등을 보면 쟁점세금계산서 발급일에는 공사기성고에 의한 대금지급의무가 확정되지 않았다고 할 수 있고, 공사완료여부도 불분명한 경우에 해당한다고 할 수 있으므로 쟁점세금계산서에 대한 용역의 공급시기는 공사완공시점이 되는 것이고 동 시점에 청구법인은 정상적인 세금계산서를 발급받지 아니한 것이므로 단지 세금계산서가 이미 발행되었다는 이유로 거래사실 확인불가 통지를 한 것은 부당하다며, 하도급기성청구서 및 지급 증빙, 직접지불 리스트 등을 증빙으로 제출하였다.

 (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 「부가가치세법」 제16조에 따른 세금계산서 교부시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 재화 또는 용역을 공급받은 자는 관할세무서장의 확인을 받아 세금계산서를 발행할 수 있도록 조특법 제126조의4에서 규정하고 있고, 신청인이 보정요구에 응하지 아니하거나 신청기간을 넘긴 것이 명백한 때 및 거래당시 미등록사업자 등과 거래한 경우에는 거래사실의 확인을 거부하는 결정을 할 수 있도록 같은 법 시행령 제121조의4 제5항에서 규정하고 있는바, 청구법인은 하도급사업자와 공사의 진행과정에 따른 완성도기준지급조건부의 형태로 OOO 하도급계약을 체결한 사실이 당초 계약서 및 변경계약서, 세금계산서 발행 내역 및 지급증빙 등에 의하여 확인되고, 2013년 제2기 부가가치세 과세기간에 추가공사계약서 작성 및 최종분 기성청구가 이루어지기 전에 쟁점세금계산서를 발급받았다가 2014.2.19. 공사완료 후 하도급사업자가 쟁점세금계산서가 과다하게 발급된 사실을 확인하고 OOO원의 차감세금계산서를 발급한 사실이 있는바, 공사변경이 있었음에도 하도급사업자가 일방적으로 세금계산서를 발행한 것으로 보이는 점, 하도급사업자가 2014.2.18. 잔여금 기성청구 요청을 하였고 변경계약에 따른 지급일자가 2014.2.20.로 확인되는 점 등에 비추어「부가가치세법」에 따른 공급시기는 2014년 제1기 부가가치세 과세기간인 것으로 보이므로 처분청이 하도급사업자가 이미 세금계산서를 발행하였다는 이유로 청구인의 매입자발행세금계산서 발행을 위한 거래사실확인신청에 대하여 확인불가 통지한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별첨> 관련 법령

 (1) 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

 (2) 조세특례제한법(2014.5.14. 법률 제12570호로 개정되기 전의 것) 제126조의4【매입자발행세금계산서에의한 매입세액 공제 특례】①「부가가치세법」제32조에도 불구하고 납세의무자로 등록한 사업자로서 대통령령으로 정하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 「부가가치세법」 제34조에 따른 세금계산서 발급 시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 재화 또는 용역을 공급받은 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장의 확인을 받아 세금계산서(이하 "매입자발행세금계산서"라 한다)를 발행할 수 있다.

② 제1항에 따라 발행한 매입자발행세금계산서에 기재된 그 부가가치세액은 대통령령으로 정하는 바에 따라「부가가치세법」제37조, 제38조 및 제63조 제3항에 따라 공제할 수 있는 매입세액으로 본다.

③ 제1항 및 제2항 외에 매입자발행세금계산서의 발급대상, 발급방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (3) 조세특례제한법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정되기 전의 것) 제121조의4【매입자발행세금계산서의 발행대상 사업자 및 매입세액공제 절차 등】① 법 제126조의4 제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업자"란 「부가가치세법」 제32조에 따른 세금계산서 교부의무가 있는 사업자(「부가가치세법」 제61조 제1항에 따른 간이과세자를 제외하며, 「부가가치세법 시행령」 제73조 제3항 및 제4항에 따라 세금계산서 교부의무가 있는 사업자를 포함한다)를 말한다.

② 법 제126조의4 제1항에 따른 매입자발행세금계산서를 발행하려는 자(이하 이 조에서 "신청인"이라 한다)는 「부가가치세법」 제34조에 따른 세금계산서 교부시기부터 3개월 이내에 기획재정부령이 정하는 거래사실확인신청서에 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 서류를 첨부하여 신청인의 관할세무서장에게 거래사실의 확인을 신청하여야 한다.

⑤ 신청인이 제4항의 기간 이내에 보정요구에 응하지 아니하거나 다음 각 호에 해당하는 경우에는 신청인의 관할세무서장은 거래사실의 확인을 거부하는 결정을 하여야 한다.

1. 제2항의 신청기간을 넘긴 것이 명백한 경우

2. 신청서의 내용으로 보아 거래당시 미등록사업자 및 휴·폐업자와 거래한 것이 명백한 경우

⑦ 제6항에 따라 신청서를 송부받은 공급자 관할세무서장은 신청인의 신청내용, 제출된 증빙자료를 검토하여 거래사실여부를 확인하여야 한다. 이 경우 거래사실의 존재 및 그 내용에 대한 입증책임은 신청인에게 있다.

⑧ 공급자 관할세무서장은 신청일의 다음달 말일까지 거래사실여부를 확인하여 다음 각 호의 구분에 따른 통지를 공급자와 신청인 관할세무서장에게 하여야 한다. 다만, 공급자의 부도, 일시 부재 등 기획재정부령이 정하는 불가피한 사유가 있는 경우에는 거래사실 확인기간을 20일 이내의 범위에서 연장할 수 있다.

1. 거래사실이 확인되는 경우 : 공급자 및 공급받는 자의 사업자등록번호, 작성연월일, 공급가액 및 부가가치세액 등을 포함한 거래사실 확인 통지

2. 거래사실이 확인되지 아니하는 경우 : 거래사실 확인불가 통지

⑨ 신청인 관할세무서장은 공급자 관할세무서장으로부터 제8항의 통지를 받은 후 즉시 신청인에게 그 확인결과를 통지하여야 한다.

⑩ 신청인 관할세무서장으로부터 제8항 제1호에 따른 거래사실 확인 통지를 받은 신청인은 공급자 관할세무서장이 확인한 거래일자를 작성일자로 하여 매입자발행세금계산서를 발행하여 공급자에게 교부하여야 한다. 다만, 신청인 및 공급자가 관할세무서장으로부터 제8항 제1호의 통지를 받은 경우에는 매입자발행세금계산서를 교부한 것으로 본다.

⑪ 제10항에 따라 매입자발행세금계산서를 교부한 신청인은「부가가치세법」제48조에 따른 예정신고 및 같은 법 제49조에 따른 확정신고 또는「국세기본법」제45조의2 제1항에 따른 경정청구시 기획재정부령이 정하는 매입자발행세금계산서합계표를 제출한 경우 매입자발행세금계산서에 기재된 매입세액을「부가가치세법」제37조, 제38조 및 제63조제3항에 따라 해당 재화 또는 용역의 공급시기에 해당하는 과세기간의 매출세액 또는 납부세액에서 매입세액으로 공제받을 수 있다.