주 문

OOO장이 2014.2.12. 청구인에게 한 2011년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 청구인이 양도한 OOO의 양도시기 및 양도가액을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 2004.4.16. 매매를 원인으로 취득한 OOO(2011.5.25. 분할로 인하여 1,317㎡ 중 152㎡가 동소 595-7, 36㎡가 동소 595-10, 393㎡가 동소 595-8, 28㎡가 동소 595-9로 분할되었으며, 2012.6.8. 지목이 전으로 변경됨, 이하 “쟁점①토지”라 한다)를 2011.6.16. 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)과 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)에게 OOO원에 양도계약을 하고, OOO(이하 “쟁점②토지”라 하며, 쟁점①토지와 쟁점②토지를 “쟁점토지”라 한다)를 2011.9.22. OOO과 OOO에게 OOO원에 매도하는 양도계약을 체결한 후 2011.12.30. OOO(이하 “대토농지”라 한다)를 취득하였으며, 2012.5.31. 쟁점토지의 양도와 관련한 양도소득세를 신고하면서 쟁점토지의 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원, 필요경비(취․등록세와 중개수수료 및 마을발전기부금 계상액, 농지전용 부담금 등 포함)를 OOO원으로 하여 양도소득세 과세표준을 OOO원 및 산출세액을 OOO원으로 산정한 후, 농지대토에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여 위 양도소득세 OOO원에 대하여 세액감면을 신청하였다.

나. 처분청은 2013년 10월 청구인의 쟁점토지 양도와 관련된 양도소득세 신고에 대한 실지조사를 실시하여, 청구인이 쟁점토지를 자경한 사실이 없다 하여 농지대토에 대한 양도소득세 감면신청세액을 부인하고, 당초 신고시 취득가액을 계산근거 없이 계상하였기에 취득 당시 개별공시지가로 안분계산한 결과 신고한 취득가액의 계산에 일부 잘못이 있는 사실을 확인하고 쟁점토지의 취득가액을 OOO원으로 정정하였으며, 신고한 필요경비 중 취․등록세와 중개수수료 및 마을발전기부금 계상액, 농지전용 부담금 등의 일부가 근거 없이 계상되어 있다 하여 신고한 필요경비 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 부인하여 OOO원으로 정정하여 2014.2.12. 청구인에게 2011년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2014.5.9. 이의신청을 거쳐 2015.1.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 청구인은 OOO, OOO과 2008.3.26. 양도가계약을 맺고 해당 매수인이 외지인인 관계로 토지거래허가를 위하여 매수인들이 지정한 OOO․OOO와 매매계약서를 작성하게 하였는바, 직접적으로 쟁점토지를 OOO 외 1명 및 OOO 외 1명에게 양도한 사실이 없으므로 청구인의 쟁점토지의 양도시기는 등기부등본상의 2011년이 아닌 2008년으로 보아야 하고, 양도대금도 OOO 채무 변제 금 OOO원과 현물변제 금 OOO원 및 2011.2.23. 이후 청구외 OOO으로부터 받은 OOO원 등 OOO원이 전부이므로「국세기본법」제14조 ‘실질과세원칙’ 규정에 따라 OOO원을 쟁점토지의 양도가액으로 결정함이 타당하다.

 (2) 청구인은 쟁점토지를 취득 후 계속하여 직접 경작하여 왔으며, 취득 후에 농지경작사실을 확인받기 위하여 농지원부를 신청하여 OOO의 현장 확인 후 농지원부를 발급받아 구비하여 왔고, 공부상 쟁점토지의 양도시기인 2011년까지 밭농사를 경작하여 온 사실이 인접농지 경작자들로부터 확인이 가능하며, 대토농지를 취득한 후 현재도 경작하고 있으므로 감면신청요건을 충족하였음에도 이를 부인하고 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

 (3) 쟁점토지의 양도와 관련하여 필요경비에 해당하는 중개수수료, 농지전용부담금을 납부한 사실이 확인되므로 정정금액을 양도소득금액에서 공제되어야 함에도 이를 부인하였기에 청구외 OOO에게 직접 확인하여 해당가액을 필요경비로 인정함이 타당하며, 또한 쟁점토지가 빌라신축부지로 사용되기 위해서는 반드시 쟁점토지에 부수된 도로를 확보하여야 하였기에 OOO(이하 “쟁점①도로”라 한다), 동 소 596-3 도로 45㎡와 동 소 595-7 도로 152㎡(이하 “쟁점②도로”라 하며, 이하 쟁점①도로와 쟁점②도로를 “쟁점도로”라 한다)를 도로로 지목변경하여 쟁점토지의 편익증진을 위하여 사용되는 등 재산적 가치가 감소되었으므로 이에 대한 취득가액 상당액을 필요경비로 인정함이 타당하다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구인은 쟁점토지의 양도시기 및 양수인이 사실과 다르다고 주장하나, 2012.5.31일자 신고내역 및 첨부된 증빙(계약서, 등기부등본 등)에 비추어 청구증빙으로 제출한 OOO, OOO과의 매매계약서 및 합의서만으로 해당 사실관계를 인정할 수 없고, 쟁점토지의 등기부등본 및 매매계약서상 확인되는 양도금액은 OOO원으로 양도가액 중 회수한 금액OOO만으로 양도가액을 삼을 수 없는 것이므로 청구인이 주장하는 양도가액을 인정할 수 없다.

 (2) 청구인이 신청한 농지대토에 대한 감면요건 충족여부에 대해 살펴보면, 청구인은 자경과 관련된 입증자료로 농지원부와 사인이 작성한 확인서 및 작물재배에 필수적인 비료, 씨앗, 농약 등을 구입한 영수증을 제출하였으나 2013.5.20.자 쟁점토지 양도 후의 영수증으로 1건인 점, 청구인은 연립주택에 거주하고 있어 농기계 및 농기구를 보유하고 있지 않은 점, 청구인은 쟁점토지 보유기간 중 OOO의 사업을 영위하고 있었으며, 2011년～2012년에 근로소득이 발생한 점, OOO에서 회신한 쟁점토지의 항공사진(2009년 6월～2012년 5월)을 보면 촬영일 현재 작물을 재배할 수 있는 농지로 볼 수 없는 점으로 보아 대토감면 요건에 충족되지 않는 것으로 보고 감면을 배제하여 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

 (3) 중개수수료 및 마을발전기부금, 농지전용부담금을 납부한 쟁점금액이 쟁점토지 양도 관련 필요경비라는 청구주장에 대해 살펴보면, 청구인이 주장하는 중개수수료 OOO원은 법에서 정한 부동산중개수수료에 비해 많으며, 그렇다 하더라도 실지 지급된 금액은 필요경비에 산입할 수 있으나 중개수수료 등에 대해서 금융증빙 없이 사실확인서만 제출함에 따라 지급여부가 객관적으로 확인되지 않고, 처분청에서 부인한 농지전용부담금인 OOO 외 토지에 대하여 2008.2.18. 납부한 OOO원은 납입확인서상 기재된 대상토지의 번지와 면적으로 보아 2008년에 기 양도한 동소 595, 동소 596 토지와 관련된 것이므로 필요경비를 부인한 것은 달리 잘못이 없다고 판단되며, 또한, 청구인은 쟁점토지의 인접토지 도로제공과 관련된 금액의 필요경비 산입과 관련하여 쟁점토지가 빌라신축부지로 사용되기 위하여는 쟁점토지에 부수된 도로확보를 하여야 하므로 쟁점도로를 지목변경하여 매수자들이 사용함에 따라 경제적 가치가 없어 졌으므로 쟁점도로의 취득가액을 쟁점토지의 양도가액에서 공제하여야 한다고 주장하나, 이에 대해 살펴보면, 쟁점도로는 취득 시부터 지목이 도로였고, 쟁점도로를 쟁점토지의 매수자들에게 소유권이전한 등기도 없었으며, 쟁점도로가 경제적 가치가 없다면 쟁점토지에 포함시켜 도로부지를 양도하거나 증여를 통하여 해당 지방자치단체OOO로 소유권 이전하는 것이 타당한데, ‘도로사용승낙서’만 주고 소유권을 제3자에게 이전하지 않았다는 사실로 미루어 경제적 가치가 없어졌다는 청구인의 주장은 타당성이 결여되어 있으며, 현재 쟁점도로는 사유지로서 개별공시지가가 매년 상승하고 있고, 재개발, 재건축, 공익목적에 의한 수용시 시가보상을 받을 수 있어 경제적 가치가 있으므로 쟁점토지의 취득가액을 필요경비로 인정할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

 ① 쟁점토지의 실지양도가액 OOO원을 초과한 양도소득세는 청구인이 아닌 미등기전매자에게 과세하여야 한다는 청구주장의 당부

 ② 쟁점토지의 양도와 관련 양도소득세는 농지대토에 의한 감면대상이라는 청구주장의 당부

 ③ 대토에 의한 감면대상이 아니라고 하더라도, 쟁점금액을 필요경비로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

 (1) 소득세법

  제88조【양도의 정의】① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 "양도"라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(「상속세 및 증여세법」제47조 제3항 본문에 해당하는 경우를 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다.

②「도시개발법」기타 법률의 규정에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에는 제1항에서 규정하는 양도로 보지 아니한다.

  제97조【양도소득의 필요경비 계산】① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

 가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 든 실지거래가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

  제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산할 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

  제104조【양도소득세의 세율】① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

1. ～ 9. (생 략)

10. 미등기양도자산

    양도소득 과세표준의 100분의 70

② (생 략)

③ 제1항 제10호에서 "미등기양도자산"이란 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 규정하는 자산을 취득한 자가 그 자산의 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 것을 말한다. 다만, 대통령령이 정하는 자산은 제외한다.(이하 생략)

 (2) 소득세법 시행령

  제162조【양도 또는 취득의 시기】① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령이 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부등록부 또는 명부 등에 기재된 등기․등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일(이하 생략)

  제163조【양도자산의 필요경비】① 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서 "취득에 든 실지거래가액"이란 다음 각 호의 금액을 합한 것을 말한다.

1. 제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

④ 삭 제

⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용

 가.「증권거래세법」에 따라 납부한 증권거래세

 나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용

 다. 공증비용, 인지대 및 소개비

 라. 가목부터 다목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용

  제168조【미등기양도제외 자산의 범위 등】① 법 제104조 제3항 단서에서 "대통령령이 정하는 자산"이라 함은 다음 각 호의 것을 말한다.

2. 법률의 규정 또는 법원의 결정에 의하여 양도 당시 그 자산의 취득에 관한 등기가 불가능한 자산

 (3) 소득세법 시행규칙

  제79조【양도자산의 필요경비 계산 등】① 영 제163조 제3항 제4호에서 "기획재정부령이 정하는 것"이라 함은 다음 각 호의 비용을 말한다.

1.「하천법」·「댐건설 및 주변지역지원 등에 관한 법률」 그 밖의 법률에 따라 시행하는 사업으로 인하여 해당사업구역 내의 토지소유자가 부담한 수익자부담금 등의 사업비용

2. 토지이용의 편의를 위하여 지출한 장애철거비용

3. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지 또는 해당 토지에 인접한 타인 소유의 토지에 도로를 신설한 경우의 그 시설비

4. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지에 도로를 신설하여 국가 또는 지방자치단체에 이를 무상으로 공여한 경우의 그 도로로 된 토지의 취득당시 가액

5. 사방사업에 소요된 비용

6. 제1호 내지 제5호의 비용과 유사한 비용

 (4) 조세특례제한법

  제70조【농지대토에 대한 양도소득세 감면】① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 직접 경작한 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지로 대토(代土)함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역․상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역등”이라 한다)에 편입되거나「도시개발법」또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세를 면제한다.

② 제1항에 따라 감면을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

 (5) 조세특례제한법 시행령

  제67조【농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등】① 법 제70조제1항에서 "대통령령으로 정하는 거주자"란 3년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다. 이하 이 조에서 “농지소재지”라 한다)에 거주한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시․군․구(자치구인 구를 말한다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구 안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

② 법 제70조 제1항에서 "직접 경작"이라 함은 거주자가 그 소유 농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

③ 법 제70조제1항에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1이상일 것

 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1이상일 것

 (6) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률

  제117조【허가구역의 지정】① 국토해양부장관은 국토의 이용 및 관리에 관한 계획의 원활한 수립과 집행, 합리적인 토지 이용 등을 위하여 토지의 투기적인 거래가 성행하거나 지가(地價)가 급격히 상승하는 지역과 그러한 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역에 대하여는 5년 이내의 기간을 정하여 제118조 제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역(이하 “허가구역”이라 한다)으로 지정할 수 있다.

⑥ 국토해양부장관은 허가구역의 지정 사유가 없어졌다고 인정되거나 관계 시·도지사, 시장·군수 또는 구청장으로부터 허가구역의 지정 해제 또는 축소 요청이 이유 있다고 인정되면 지체 없이 허가구역의 지정을 해제하거나 지정된 허가구역의 일부를 축소하여야 한다.

  제118조【토지거래계약에 관한 허가】① 허가구역에 있는 토지에 관한 소유권·지상권(괄호 생략)을 이전하거나 설정(괄호 생략)하는 계약(예약을 포함한다. 이하 “토지거래계약”이라 한다)을 체결하려는 당사자는 공동으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 시장·군수 또는 구청장의 허가를 받아야 한다. 허가받은 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

⑥ 제1항에 따른 허가를 받지 아니하고 체결한 토지거래계약은 그 효력이 발생하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

  (가) 쟁점토지의 등기부 및 처분청이 제시한 매매계약서 등에 의한 소유권이전 내역에 의하면, 아래〈표〉와 같이 청구인은 2004.4.16. 매매를 원인으로 쟁점①토지를 취득하여 보유하다가 2011.4.5. OOO과 OOO에게 OOO에 양도하는 것으로 매매계약을 체결한 후 2011.6.16. 동 매수자들 명의로 소유권이전 한 것(원인일 2011.6.1.)으로 나타나고, 또한 2004.4.16. 매매를 원인으로 쟁점②토지를 취득하여 보유하다가 2011.9.20. OOO과 OOO에게 OOO에 양도하는 것으로 매매계약을 체결한 후 2011.9.22. 동 매수자들 명의로 소유권이전한 사실(원인일 2011.9.20.) 및 2011.12.30. 대토농지OOO를 취득한 것으로 나타난다.

〈표〉쟁점토지 및 대토농지 취득 현황

  (나) 청구인의 양도소득세 신고 및 처분청의 처분내역을 보면, 청구인은 쟁점토지 양도와 관련하여 2012.5.31. 쟁점토지의 양도가액을 OOO원으로, 취득가액을 OOO원으로, 필요경비를 OOO원으로, 장기보유특별공제 OOO원으로 하여 양도소득세 산출세액을 OOO원으로 신고하면서 대토농지에 대한 감면규정을 적용하여 양도소득세 OOO원에 대하여 세액감면을 신청한바, 이에 대하여 처분청은 청구인이 자경한 사실을 부인하여 장기보유특별공제 및 필요경비의 일부금액을 부인하여 양도가액을 OOO원으로 하여 산출세액을 OOO원으로 산출한 후 2011년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지한 것으로 확인된다.

  (다) 쟁점토지 양도 관련 청구인의 양도경위 및 쟁점토지 관련 법원의 판결서 내용을 보면, 청구인은 쟁점토지를 2004.4.16. 취득하여 2008.3.26. OOO과 OOO이 쟁점토지 및 인접한 토지OOO에 빌라를 신축하겠다고 하여 이들과 매매가계약을 체결하였으나 쟁점토지를 포함한 지역이 매매계약 이전부터 2012년까지 토지거래허가구역으로 지정되어 실지거주자 증명이 필요함에 따라 OOO․OOO은 빌라건축 명의자를 OOO(청구인의 누나)과 OOO로 지정한 후 청구인이 OOO과 OOO에게 쟁점토지의 일부인 OOO를 양도하는 매매계약서를 작성하게 하여 이를 근거로 토지거래허가를 득한 후 빌라신축을 시작하였으나, 운영자금부족으로 양도토지의 잔금 지급지연에 이어 빌라건축도 제대로 진행되지 않음에 따라 잔금지급을 독촉하면서 해당 토지의 등기부등본을 확인한바, 청구인이 동의하거나 관련 서류를 건네준 사실이 없음에도 대금을 지급하지 않은 나머지 6필지에 OOO․OOO을 채무자로 하고 OOO을 채권자로 한 OOO원의 근저당이 설정된 사실을 확인하고 OOO과 OOO에게 토지대금지급을 하지 않으면 매매계약을 해지하겠다는 내용증명과 OOO에게 근저당권 해제를 요구하는 내용증명을 발송하였으나, OOO(대리인 OOO)은 2009.12.16. OOO과 OOO으로부터 쟁점토지 및 빌라신축에 관한 일체의 권리․의무를 넘겨받아 모든 권한이 본인에게 있으니 조금만 기다리면 나머지 토지에 빌라 4동을 신축․분양하여 토지매수대금을 정산하겠다고 회신하였고, 그러던 중 2011.2.23. 쟁점토지를 매매하여 잔금을 정산할 테니 양도계약을 위한 서류와 토지대금완납확인서를 확인하여 달라고 청구인에게 요구하여 이를 확인하여 주었고, 이후 OOO은 쟁점토지를 쟁점①토지와 쟁점②토지로 나누어 매매계약을 체결함에 따라 동 계약서 및 토지거래확인신청서에 날인하여 주고, OOO에게 당초 OOO과 OOO과의 계약내용대로 청구인에게 토지잔금을 정산․지급할 것을 요구하였으나 OOO은 이미 토지대금완납확인서와 같이 토지대금을 정산 및 거래가 종료되었다고 하면서 거절하여, 청구인이 쟁점토지 양도와 관련하여 실질적으로 받은 금액은 OOO원뿐이라고 주장하였으며, OOO의 판결서(공사업자들이 OOO과 OOO을 상대로 낸 해방공탁금 회수청구권 확인소송 관련 건으로 2013.4.22. 선고 2012가단49678 판결)에 나타난 청구인의 쟁점토지 양도경위를 보면 OOO과 OOO은 2008.3.26. 청구인(피고 OOO의 누나), OOO으로부터 OOO 일대에 다세대주택을 신축하기 위하여 쟁점토지 등을 매수한 후, 건축주 명의를 OOO 명의로 하여 건축허가를 받고 위 다세대주택 신축공사를 진행하였고, OOO, OOO은 2009년 6월경 이 사건 다세대주택 신축공사와 관련하여 원고 OOO 등에게 공사를 의뢰하고 2009년 10월말 해당 공사를 완료하였으나 OOO과 OOO은 원고 OOO 등에게 공사대금 중 일부를 지급하지 아니한 상태에서 2009.12.16. 피고 OOO에게 이 사건 다세대주택 신축공사와 관련된 일체의 권리․의무를 양도하였고, 그 후 OOO은 OOO과 OOO으로부터 위 다세대주택 신축공사와 관련된 사업 일체를 인수받아 이를 진행한 것으로 기재되어 있다.

  (라) 당초 2008.2.11. 가계약이 된 이후 2008.3.26. 청구인과 OOO․OOO 간에 이루어진 쟁점토지의 매매계약을 보면, 청구인 소유이던 OOO 소유이던 OOO를 OOO․OOO에게 OOO원[계약금 OOO(기존대출금 매수인 대위변제 조건), 잔금 OOO원(2차 사업부지 준공 완료시)]에 양도하는 것으로 약정하였으나, 청구인의 주장에 의하면 쟁점①토지는 OOO에 의하여 2011.4.5. OOO과 OOO에게 OOO에 매매계약이 체결 및 매매대금이 OOO에게 귀속된 후 2011.6.16. 소유권이전되었고, 쟁점②토지도 2011.9.20. OOO과 OOO에게 OOO에 매매계약이 체결 및 매매대금이 OOO에게 귀속된 후 2011.9.22. 소유권이전되어 쟁점토지 양도와 관련하여 청구인이 실질적으로 받은 금액은 OOO 청구인 명의 채무 대위변제액 OOO원과 대물변제(신축된 빌라 1세대) OOO원, 2011.2.23. OOO으로부터 받은 OOO원 합계 OOO원뿐이라고 주장하였다.

  (마)「소득세법」제94조 제1항은 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득과 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’의 양도로 인한 소득을 모두 양도소득세 과세대상으로 규정하고 있는바, 여기에서 토지의 양도라 함은 그 등기를 마친 소유권 뿐만 아니라 매수 후 그 대금의 거의 전부를 지급한 사실상의 소유권의 양도도 포함하는 것이나, 토지의 매수인이 계약금만을 지급한 정도로는 그 토지에 대한 사실상의 소유권을 취득하였다고 할 수 없고 이 상태에서 다시 타인에게 양도한 것은 매수인의 권리나 부동산을 취득할 수 있는 권리를 양도한 것에 불과하다 할 것(대법원 1983.6.14. 선고 81누206 판결, 대법원 1992.9.14. 선고 91도2439 판결 등 같은 뜻임)이고,「소득세법」제104조 제1항 및 제3항에 의하면 양도소득세 중과세율의 적용대상이 되는 미등기 양도자산은 ‘그 자산 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 것’을 말한다고 되어 있는바, 토지에 대한 계약금만을 지급한 상태에서 그 부동산을 취득할 수 있는 권리를 양도하는 경우에는 매매 당사자 간에 대금 완급 전이라도 소유권이전등기를 먼저 넘겨주기로 특약을 하는 등 특별한 사정이 없는 한 그 자산의 취득에 관한 등기 자체가 원칙적으로 불가능한 것이므로 이를 양도하였다고 하여「소득세법」 제104조 제3항 소정의 그 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도한 경우에 해당한다고는 볼 수 없는 것이며,「국세기본법」제14조 제1항에서 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고, 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정하고 있다.

  (바) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「소득세법」제88조에서는 “양도란 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다”라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제162조 제1항에서는 ‘양도차익을 산정하기 위한 자산의 취득시기 및 양도시기는 해당 자산의 대금(해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 하되 대금청산일이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일로 한다’고 규정하고 있으며, 이러한 취득시기 및 양도시기에 관한 규정은 자산의 양도차익의 계산을 위한 기준시기가 됨은 물론 과세요건 내지 면세요건에 해당하는지 여부를 가리는 기준시기도 되고, 나아가 법령 적용의 기준시기도 된다고 할 것으로, 일반적으로「소득세법」은 개인의 소득이라는 경제적 현상에 착안하여 담세력이 있다고 보여지는 것에 과세하려는 데 그 근본취지가 있다 할 것이므로 어떤 소득이 부과소득이 되는지 여부는 이를 경제적인 측면에서 보아 현실로 이득을 지배ㆍ관리하면서 이를 향수하고 있고 담세력이 있는 것으로 판단되면 족한 것이나, 토지거래허가를 받지 아니한 사법상 거래는 이른바 유동적 무효의 단계에 있는데, 이를 해결하기 위하여 매수자가 타인을 지정하여 거래함으로써 양도시기 및 양도소득이 달라진다면「국세기본법」상 실질과세원칙에 따르는 것으로, 청구인이 제시한 쟁점토지에 대한 매매계약서를 보면 그 계약일이 2008.3.26.로 OOO의 토지를 포함한 쟁점토지를 총 OOO원에 OOO과 OOO에게 양도한 것으로 나타나고 있고, 청구인과 OOO의 진술 및 OOO의 판결서에 의하면, 청구인이 쟁점토지를 2004.4.16. 취득하여 2008.3.26. OOO과 OOO에게 빌라신축용으로 양도하기로 하였으나 토지거래허가문제로 매수자들이 빌라건축 명의자를 OOO(청구인의 누나)과 OOO로 지정한 후 OOO과 OOO에게 OOO외 3필지 1,625㎡를 양도하는 매매계약서를 작성하게 한 후 토지거래허가를 득하여 빌라신축을 시작하였으나 매수자 OOO과 OOO은 자금부족을 원인으로 OOO(대리인 양재민)에게 2009.12.16. 쟁점토지 및 빌라신축에 관한 일체의 권리․의무를 넘긴 것으로 나타나는 점, OOO은 대금지급 및 빌라신축공사를 미루다가 2011.2.23. 청구인이 양도계약을 위한 서류를 준비하고 양도계약서의 날인에 응한다는 토지대금완납확인서를 청구인에게 요구하여 이를 확인받고 이를 근거로 쟁점토지를 2회에 걸쳐 쟁점①토지와 쟁점②토지로 구분하여 청구인이 새로운 매수자들에게 토지매매계약을 한 것으로 하여 쟁점토지의 소유권이전등기를 한 사실이 있는 점, 매매 후 당초 OOO과 OOO과의 계약내용대로 청구인에게 토지매도대금을 정산․지급할 것을 요구하였으나 OOO은 이미 토지대금완납확인서와 같이 토지대금의 정산 및 거래가 종료되었다고 하면 거절하여 청구인은 쟁점토지 양도와 관련하여 실질적으로 OOO원[OOO 청구인 명의 채무 대위변제액 OOO원과 대물변제(신축된 빌라 1세대) OOO원, 2011.2.23. OOO으로부터 받은 OOO원]만을 수령한 것으로 진술한 점 등에 비추어 청구인이 OOO 등에게 실질적으로 양도한 가액이 불분명하고, 청구인이 2011년도에 양도한 것은 잔금을 받기 위한 하나의 선택일 뿐 실질적으로는 2008년 OOO과 OOO에게 양도가 이루어진 것으로 볼 수도 있는 점 등에서 처분청으로 하여금 그 귀속시기와 양도가액을 재조사하도록 하여 그 결과에 따라 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

 (2) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인이 양도한 쟁점토지 및 대체농지의 취득내역을 보면, 위 (1)의 〈표〉와 같고, 청구인의 쟁점토지 및 대체농지를 실질적으로 자경한 것이므로 쟁점토지의 양도와 관련된 양도소득세는 감면대상이라고 주장하나,「조세특례제한법」제70조 제1항 및 같은 법 시행령 제67조에서는 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전 농지의 양도일로부터 1년 내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우에는 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득에 대하여 양도소득세를 면제한다고 규정하고 있고, 청구인은 쟁점농지를 양도한 후 1년 이내 대토농지를 취득한 것은 사실이나 쟁점토지의 자경을 입증하는 자료로 제출한 농지원부와 OOO의 사실확인서 및 비료, 씨앗, 농약 등을 구입한 영수증을 제출하였는바, 영수증은 2013.5.23. 1건으로 쟁점토지 양도일 이후 발행한 영수증으로 나타나고, 처분청이 OOO으로부터 입수한 2009년 6월～2012년 5월까지의 항공사진상 쟁점토지는 나대지로 판독되는 것으로 나타나고 있는 점, 청구인이 제시한 경작증명서 중 하나인 농지원부를 보면 그 작성일이 2007.6.11.로 자경한 것으로 기록되어 있으나 그 이전에 경작을 하였다는 객관적인 증빙이 없는 점, 쟁점토지 보유기간 중 OOO 등의 사업을 영위하고 있었으며, 2011년 이후에는 근로소득이 발생하고 있는 것으로 나타나는 점 등에 비추어 청구인이 쟁점토지를 2004.4.2. OOO으로부터 취득한 후 실질적으로 3년 이상 경작한 것으로 볼 수 없으므로 처분청이 쟁점토지의 양도에 대하여 농지대토에 대한 양도소득세 감면대상이 아니라고 본 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

 (3) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다.

  (가) 청구인이 필요경비로 주장하는 쟁점금액은 취득세 및 등록세로 OOO원, 중개수수료 및 마을발전기부금 등 OOO원, 농지전용부담금 OOO원, 빌라신축 인접토지의 진입도로사용에 따른 쟁점①,②토지의 가치감소액 OOO원으로, 이 중 빌라신축 인접토지의 진입도로사용에 따른 가치감소액 OOO원의 주장을 보면 쟁점토지가 빌라신축부지로 사용되기 위해서는 반드시 쟁점토지에 부수된 도로를 확보하여야 하였기에 쟁점①도로OOO와 쟁점②도로OOO를 도로로 지목변경하여 쟁점토지의 편익증진을 위하여 사용되었으므로 재산적가치가 감소되었다고 주장하였다.

  (나) 처분청은 청구인이 양도소득세 신고시 계상한 기타 필요경비 OOO원을 조사한 내용을 보면, 취득 당시 취득세 및 등록세의 경우로 청구인은 취득 당시 전체면적을 기준으로 잘못 산정한 것으로 나타남에 따라 처분청이 전체면적 4,211㎡ 중 양도면적인 2,221㎡를 기준으로 산정한 결과 OOO원 감소한 것으로 나타나고, 쟁점중개수수료 및 마을발전 기부금 등 지급액의 경우는 청구인이 주장하는 OOO(2007.7.2. OOO에 대한 중개수수료만 남편통장에서 지급)의 지급사실이 확인되어 인정하고, 나머지 금액(2008.4.21.자 OOO원 OOO비는 농지전용부담금에 포함 인정됨, 2008.4.21.자 OOO원 중개수수료, 2011.9.22.자 OOO원은 그 지급사실 불분명)은 지급사실이 불분명하다고 하여 부인한 것으로 나타나며, 농지전용부담금 OOO원은 인정하였고, 2011.4.18.의 OOO원은 OOO 소유 토지 양도 관련 건으로, 2008.2.18.의 OOO원은 OOO외 토지에 대한 것으로 그 허가자는 OOO으로 이는 2008.7.3. 양도분으로 확인됨에 따라 신고한 필요경비를 부인한 것으로 나타나며, 기타 쟁점토지 빌라신축을 위한 인접토지의 제공과 관련된 필요경비의 주장은 청구인이 쟁점토지를 양도하면서 지목을 변경하는 과정에서 도로로 변경된 토지(총 365㎡)로 OOO는 현재 청구인이 보유하고 있는 토지로 나타나고 있고, 처분청이 쟁점토지의 양수인인 주식회사 OOO 담당자와 유선으로 확인한 바에 의하면, 쟁점도로는 쟁점토지 양수 당시 이미 도로로 지목변경이 되어 있는 상태로 양수할 이유가 없어 사용승낙만 받았다고 진술한 점과 청구인은 쟁점도로에 대해 OOO에게 사용승낙서를 작성해 주었다고 진술한 점, 위 도로는 매년 개별공시지가가 고시되어 있어 추후 공익목적 수용시 보상대상인 가치가 있는 토지라 하여 부인한 것으로 나타난다.

  (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 중개수수료 및 마을발전기부금, 농지전용부담금으로 납부한 쟁점금액을 쟁점토지 양도 관련 필요경비라고 주장하나, 중개수수료 등에 대해서 금융증빙 없이 사실확인서만 제출함에 따라 지급여부가 객관적으로 확인되지 않는 점, 처분청에서 부인한 OOO 외 토지에 대한 2008.2.18. 납부한 OOO원의 농지전용부담금 납입확인서상 기재된 대상토지의 번지와 면적으로 보아 2008년에 기 양도한 동소 595, 동소 596 토지와 관련된 것인 점, 또한, 쟁점도로를 쟁점토지의 매수자들에게 소유권이전한 등기도 없었으며, 쟁점도로가 경제적 가치가 없다면 쟁점토지에 포함시켜 도로부지를 양도하거나 증여를 통하여 해당 지방자치단체OOO로 소유권을 이전하는 것이 타당한데, ‘도로사용승낙서’만 주고 소유권을 제3자에게 이전하지 않은 사실과 개별공시지가가 계속적으로 공시되고 있어 경제적 가치가 없어졌다는 청구인의 주장을 인정하기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점금액를 쟁점토지의 양도와 관련된 필요경비가 아니라고 본 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.