주 문

OOO이 2013.10.10. 청구법인에게 한 2008～2012사업연도 법인세 합계 OOO 및 2011년 제2기～2012년 제2기 부가가치세 합계 OOO의 부과․환급처분은 청구법인이 주식회사 OOO와 2011.12.26. 체결한 자산양도 및 TC이용계약에 따라 발생한 2011사업연도 투자자산 처분손실 OOO원을 손금산입하고, 관련 잡이익 OOO원을 익금산입하며, 2012사업연도 관련 잡손실 OOO원을 손금산입하고, 청구법인의 OOO에 대한 선박미수금채권․매출채권․대여금채권 등에 대한 2008～2012사업연도 지급이자 OOO원 및 관련 대손충당금 OOO원을 각 손금산입하며, OOO는 각 선박별로 과·면세 사업의 비율에 따라 매입세액을 공제하고, 2012년 제2기 부가가치세 과세기간에 (주)OOO와 신조계약을 체결한 선박 2척은 각 선박별로 예정과세공급가액의 비율에 따라 매입세액을 공제하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 1969년 4월 설립되어 OOO에 소재하면서 수산업·원양어업 등을 주업으로 영위하는 법인으로,

 (1) OOO를 주업으로 하는 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)와 2011.12.26. 청구법인이 소유하고 있는 OOO(주)에 대한 투자유가증권 및 수송대행채권 등 OOO원(이하 “쟁점자산”이라 한다)을 양도하고 그 대가로 OOO와 협력관계에 있는 업체가 제공가능한 재화 및 서비스를 할인하여 구매할 수 있는 Trade-Credit(구매할인권, 이하 “TC”라 한다) OOO원(위 쟁점자산 매도가액의 약 OOO%)을 수취하는 ‘자산양도 및 TC이용계약’(이하 “쟁점바터거래계약”이라 한다)을 체결하고 관련 자산매각손실 금액OOO을 손금으로 계상하였으며,

 (2) 참치 선망선 17척, 참치 연승선 21척, 트롤선 2척 등 40척의 조업선(국적선)과 조업선으로부터 어획물을 전재하여 국내․외로 운송하는데 필요한 운반선(나용선) 5척을 운용하는 원양어업을 영위하면서,

  선망선인 OOO를 OOO OOO로부터 2006년과 2008년에 각 신조․취득하고, 트롤선인 OOO를 OOO로부터 2010년에 중고로 취득한 후 곧바로 국내에 반입하지 않고 해외에서 원양어업(선망선 및 트롤선)에 사용하다가 선망선 2척OOO은 2011년 7월, 트롤선OOO은 2012년 1월에 각각 국내로 수입통관하여 세관장으로부터 수입세금계산서를 수취하였고(이하 위 OOO를 합하여 “쟁점선박1”이라 한다), 참치 선망어업에 사용할 목적으로 2012년 제2기 부가가치세 과세기간에 ㈜OOO와 2척(이하 “쟁점선박2”라 하며, 쟁점선박1·2를 합하여 “쟁점선박”이라 한다)의 신조계약을 체결하고 완성도기준지급 내지 중간지급조건부 등의 대금지급조건에 따라 세금계산서를 수취하였으며,

  쟁점선박1에 대하여 수입통관일이 속한 과세기간 동안 어획한 수산물을 전량 수출하여 과세사업에 사용되었다는 이유로 다음 <표1>과 같이 수입통관일이 속한 과세기간의 각 선박의 과세·면세 사업의 비율 및 이후 과세기간의 각 선박의 과세·면세 사업비율을 재산정(OOO%초과 여부)하여 국내 통관시 납부한 매입세액을 공제받았고, 쟁점선박2에 대하여 향후 과세사업(수출용)에만 사용될 예정이라는 이유로 선박 취득 관련 매입세액을 공제받았으며,

<표1> 청구법인의 쟁점선박1·2에 대한 매입세액 공제내역

 (3) 청구법인은 OOO에 소재한 특수관계자(청구법인의 사주인 OOO의 조카 OOO·OOO가 소유)인 OOO(이하 “OOO”라 하고, 청구법인과 지분관계는 없다), OOO(이하 “OOO”라 하고, 청구법인과 지분관계는 없다)에 2008.4.4. 청구법인이 보유 중이던 선망선을 각 5년 장기할부조건으로 각 OOO에 매각하면서 계약금 수령 없이 계약 즉시 소유권을 이전하였고, 선박할부대금은 2008.5.21. OOO․OOO가 각 조업한 어획물에 대한 수매 계약을 체결하여 OOO․OOO로부터 어획물을 매입하고 지급할 구매대금으로 정산·회수하여 왔으며,

  청구법인이 OOO에 설립한 OOO(청구법인이 OOO% 지분 소유, 이하 “OOO”라 한다)에 2011년 10월 선박구입을 위한 자금 OOO를 대여하는 내용의 계약을 체결하고, OOO는 청구법인이 대여한 위 금원으로 선박을 구입한 뒤 2011.10.28. OOO 법인으로 청구법인의 특수관계자(OOO의 여동생 OOO의 배우자인 OOO이 소유)인 OOO(이하 “OOO”라 하고, 청구법인과 지분관계는 없다)에 해당 선박을 5년 장기할부조건으로 매각하는 계약을 체결하였으며,

  OOO·OOO·OOO와 선박·선원관리계약을 체결하여 어망, 어구 등 각종 선용품·유류 구입자금·선원인건비 등의 명목으로 단기로 금원을 대여하거나 관련 비용을 선부담한 후 약정이자를 포함하여 금원을 회수하여 왔다.

나. OOO은 2013.4.25.～2013.8.28. 기간 동안 청구법인에 대한 법인제세 통합조사를 실시하여,

 (1) 청구법인이 OOO와 체결한 쟁점바터거래계약이 실제로는 이면약정을 통하여 세법상 대손처리가 어려운 쟁점자산을 허위로 가장 양도하고 부당하게 손금처리하기 위한 조세회피목적의 가공거래인 것으로 보아 쟁점바터거래계약과 관련된 2011사업연도 투자자산 처분손실 OOO원을 손금불산입하고, 관련 잡이익 OOO원을 익금불산입하며, 2012사업연도 관련 잡손실 OOO원을 손금불산입하고,

 (2) 원양어업 부문의 실질적으로 독립된 사업단위가 개별 선박이 아닌 선단인 것으로 보아, 쟁점선박을 동일 목적 선단 전체의 일부로서 사실상 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되거나 사용할 예정인 것으로 판단하여, 각 쟁점선박 관련 매입세액 중 당해 부가가치세 과세기간에 선단의 총공급가액에서 선단의 면세공급가액이 차지하는 비율만큼 매입세액을 불공제하는 것으로 하여,

  쟁점선박1 중 선망선인 OOO는 수입통관된 과세기간 및 통관 후 4과세기간 동안 사실상 과·면세사업에 공통으로 사용된 것으로 보아 선박구입에 따른 세금계산서 수취분에 대하여 공통매입세액을 안분계산하여 2011년 제2기 부가가치세 OOO원을 과세하고, 2012년 제1기 환급세액 재계산 결과에 따라 부가가치세 OOO원을 추가로 매입세액 공제하며,

  쟁점선박1 중 트롤선인 OOO 역시 수입통관된 과세기간 및 통관 후 4과세기간 동안 사실상 과·면세사업에 공통으로 사용된 것으로 보아 선박구입에 따른 세금계산서 수취분에 대하여 공통매입세액을 안분 계산하여 2012년 제1기 부가가치세 OOO원을 과세하고, 2012년 제2기 환급세액 재계산 결과에 따라 OOO원을 추가로 매입세액 공제하며,

  쟁점선박2는 향후 과․면세사업에 공통으로 사용될 예정인 것으로 보아, 관련 세금계산서 수취분을 공통매입세액 안분계산하여 2012년 제2기 부가가치세 OOO원을 과세하고,

 (3) 청구법인이 OOO·OOO·OOO에 대하여 대여하거나 선부담하고 매출채권으로 계상한 선박 구매대금(미수금), 선용품 및 유류 구입자금, 선원급여, 선박수리비, 법인 운영자금 등을 업무와 관련 없이 사주일가가 소유한 해외 법인에 자금을 지원한 업무무관 가지급금으로 보아 다음 <표2>·<표3>과 같이 2008～2012사업연도 귀속 업무무관 가지급금 지급이자 OOO원 및 관련 대손충당금 OOO원을 손금불산입할 것을 처분청에 통보하였다.

<표2> 업무무관가지급금 지급이자 손금불산입 내역

<표3> 업무무관가지급금 관련 대손충당금 손금불산입 내역

다. 처분청은 이에 따라 2013.10.10. 청구법인에게 2008～2012사업연도 법인세 합계 OOO 및

  2011년 제2기～2012년 제2기 부가가치세 합계 OOO원[2011년 제2기분 OOO원을 각 고지하였다가 2012년 제2기분은 환급가산금을 포함하여 OOO원을 환급하였음(환급가산금을 제외한 환급금은 OOO원임)]을 각 경정·고지하였다가, 그 후 직권으로 부가가치세 2011년 제2기분 OOO원을 각 감액하였다(직권 감액 후 남은 부가가치세 합계는 OOO원이다).

라. 청구법인은 이에 불복하여 2013.12.23. 심판청구를 제기하였다.

1)최소회수가치(MP, Minimum Proceed) : AGS는 청구법인에 이를 현금으로 청구하였음

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) OOO는 부실자산을 전문적으로 거래하는 회사로서 청구법인의 특수관계자가 아닌 독립적인 제3자이고, 쟁점바터거래계약은 부실자산 보유 및 관리에 따른 경영상의 부담 및 비용지출을 최소화하기 위한 합리적인 의사결정에 따라 이루어진 것이며, 회계법인의 자문·평가, 이사회결의 등 정당한 절차를 거친 정상적인 거래이다.

  쟁점바터거래계약과 “자산양도별도계약”은 정상적인 거래과정 및 협상을 통하여 각 체결된 정당한 계약으로 추가적인 이면약정은 존재하지 아니하며, 쟁점바터거래계약을 통해 쟁점자산의 법률상·실질상 모든 권리가 OOO로 이전되었다.

  부실자산의 매각으로 인한 법인세 절감은 쟁점바터거래계약에 따라 파생되는 당연한 결과로서, 단지 법인세가 감소되었다는 이유로 쟁점바터거래계약을 가공거래로 간주하여 법인세를 부과하는 것은 부당하므로, 청구법인의 쟁점자산매각손실 등을 「법인세법」상 손금으로 인정함이 타당하다.

 (2) 청구법인은 1969년 설립 이래 계속하여 각 선박별로 구분하여 관련 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고·납부하여 왔고, 처분청도 40년 이상 청구법인의 부가가치세 신고를 적정한 것으로 인정하여 왔으므로, 청구법인이 실제 발생한 사실대로 신고한 부가가치세 매입세액 공제금액은 인정되어야 하며,

  쟁점선박1의 매입세액은 쟁점선박1의 매입과 관련하여 발생된 금액으로서 실지 귀속이 명확한 매입세액이고, 청구법인은 각 선박별로 구분경리 및 관리를 하고 있으므로 각 선박별 과세사업 및 면세사업의 비율이 명확하게 구분되며, 각 선박의 조업방식, 조업지역, 조업능력은 각 선박의 선장 및 선원에 따라 결정되고 각 선박은 개별적으로 운용되고 있고,

  처분청이 주장하는 선단이라는 것은 단지 각 개별 선박의 어획방식에 따라 구분되는 단어로서 별도의 실체가 없는 것이며, 처분청이 주장하는 선단별 과세·면세 매출금액이라는 것은 각 개별 선박의 과세·면세 매출금액을 단지 합산한 금액일 뿐이므로, 청구법인이 쟁점선박1과 관련된 매입세액을 각 선박별로 실지귀속에 따라 과․면세사업의 비율로 공제금액을 산정하여 신고·납부한 것은 정당하다.

  쟁점선박2의 매입세액과 관련하여, 「부가가치세법」상 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율로 계산하도록 규정되어 있고,

  청구법인은 향후 쟁점선박2 건조완료 후 조업한 어획물을 전량 수출할 계획이므로 과세사업에 사용될 예정공급가액을 확인할 수 있어 예정과세공급가액의 비율에 따라 쟁점선박2에 대한 매입세액을 전액 공제하는 것이 타당하다.

 (3) 청구법인은 OOO·OOO·OOO에 각 선박을 매각한 뒤 이들과 어획물 독점 공급계약 및 선박관리계약을 체결하여 안정적으로 어획물을 확보하고 선박관리업무를 통한 수익을 창출하고 있으며, OOO·OOO에 대한 선박미수금은 이자 OOO%를 포함하여 전액 상환이 되었고, OOO에 선박을 매각하기 위하여 OOO에 대여한 선박구입대금도 OOO%의 이자를 포함하여 상환이 이루어지고 있는바,

  이와 같이 OOO·OOO·OOO에 대한 선박미수금채권 내지 선박구입자금 대여금채권은 청구법인의 사업상 수익증대를 목적으로 안정적인 어획물 확보를 위하여 발생된 채권이므로 청구법인의 업무와 관련이 있고,

  OOO·OOO·OOO에 대한 선박관리업무 수행으로 인한 매출채권은 선박관리업을 정상적으로 영위하고 있는 청구법인이 위 각 회사와의 선박관리계약에 따라 조업선에 필요한 유류, 수리, 소모품, 선용품 등 선박에 필요한 재화나 용역을 전담하여 공급한 뒤 정액수수료 및 재화나 용역의 제공에 따른 일정 수수료를 받는 것으로 약정되어 있는바, 이 역시 청구법인의 사업과 관련된 채권이며,

  OOO·OOO에 대한 각 대여금(2008년 및 2009년 각 OOO씩)은 OOO·OOO와 청구법인이 각 체결한 선박관리계약상 1년 내에 상환하는 조건으로 총 OOO를 초과하지 아니하는 범위 내에서 운영자금을 지원하는 조항이 포함되어 있는 바, 청구법인이 그에 따라 대여한 선박운영자금으로서 업무와 관련이 있는 채권이고,

  대손충당금의 경우 청구법인은 2008～2012사업연도에 OOO·OOO·OOO에 대한 각 업무관련 채권에 대하여 연도말 채권 잔액의 OOO%의 대손충당금을 설정하여 세무신고를 하였던 것이므로 처분청이 위 각 채권을 업무무관 가지급금으로 보아 관련 지급이자 및 대손충당금을 손금불산입한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 정상적인 바터거래는 부실자산과 TC의 (평가가치)교환거래임에도 청구법인은 적절한 평가 없이 대손이 곤란한 부실자산OOO을 이전하면서 TC의 대가를 별도의 현금(MP²⁾)으로 지급하였는바, 이전하는 자산의 가치가 전무한 경우에는 바터거래의 대상이 될 수 없음에도 청구법인은 자산가치가 전무하여 교환(매매)거래의 대상이 되지 않는 투자유가증권을 채권과 혼합하여, 바터거래의 대상으로 포함시켰으며, OOO로부터 소개를 받은 회계법인은 평가자산의 가치를 인위적으로 산출OOO하였는바,쟁점바터거래계약은 실제로는 현금(MP)과 TC와의 교환거래이지 쟁점자산과 TC와의 교환거래가 아니다.

  청구법인은 쟁점자산(채권) 매각 후에도 소송을 통하여 채권추심행위를 수행하였고, 채권회수금액이 MP를 초과하는 경우 초과회수금액은 청구법인에 귀속되는 내용의 이면약정을 체결하였으므로, 쟁점바터거래계약은 청구법인이 채권(자산)에 대한 권리를 계속 보유하면서 대손처리를 위해 행한 조세회피목적의 가장거래에 불과하다.

  부실자산 인수업체인 OOO의 대표자 OOO는 20여개 업체와 가장매매거래를 통해 부당한 대손처리를 공모한 혐의로 「조세범처벌법」에 따라 통고처분되었으며, OOO는 이를 이미 이행하여 확정판결과 같은 효력이 발생하였다.

 (2) 청구법인은 당초부터 내부적으로 수출․내수용 선박을 따로 구분한 바 없고, 수출 또는 내수 거래처 결정은 거래처와 계약내용, 주문량, 어획시기, 주문시기, 가격 및 기후 상황, 선박별 어획량과 품질, 조업선의 위치와 상황(조업 중, 만선여부, 국내 입항, 수리 중, 정박 중), 운반선의 위치(운반선에 전재하는 결과로 내수와 수출이 결정)와 회사 지시에 따른 예상 항로, 각 선박의 어창 내 또는 국내 공장이 보유한 재고량, 상황․시기별 청구법인의 판매 정책 등에 따라 결정되는 것이지, 개별 선박 단위에서 수출․내수재화 판매 여부가 결정되는 것이 아니며,

  오로지 매입세액 공제를 목적으로 쟁점선박1에 대하여만 수입통관 이후 청구법인이 보유하고 있는 다른 조업선이나 운반선의 운용을 특정기간 동안 통제하여 동일선단과 운반선단의 조력을 얻게 한 것에 불과할 뿐 사실상 독립적으로 운용된 것이 아니고, 실지귀속의 판단은 사업운영 형태의 독립성 여부의 판단을 말하는 것인바, 청구법인이 운용하는 선망선단 내 다른 선박이 쟁점선박1의 매입세액 공제를 위하여 회사의 지시·통제에 따라 자신의 면세매출을 늘리고 과세매출을 줄이는 방법으로 기여한 효용은 쟁점선박뿐만 아니라 동일 선단 내 모든 선박에 미친다 할 것이며,

  조업선을 해상에서 지휘하는 선장은 청구법인의 피고용인에 불과하여 판매처와 판매물량을 결정하는 권한이 없고, 회사가 운용하는 다른 조업선과 운반선의 제반 사정에 따라 지시하는 대로 전재작업을 수행하고 있는 점, 선박별 구분 손익(경리)은 회사의 의사결정을 위한 사업부문별 관리목적의 수단에 불과할 뿐 이를 근거로 사업의 독립성 여부를 판단할 수는 없는 점 등을 보더라도 회사 즉 사업부문으로서 독립된 최소 단위는 선박이 아닌 선단이므로 각 선단별로 공통매입세액을 안분함이 타당하다.

  쟁점선박2는 OOO 선망선 척수에 제한을 두기로 한 팔라우약정³⁾에 따라 청구법인의 “노후화된 조업선을 대체”하여 향후 선망어업에 사용 예정인 선박에 불과할 뿐 청구법인이 당초부터 내부적으로 수출용으로 구분한 바 없고, 청구법인은 기존에 운용하던 선망선 모두를 과·면세 사업에 공통으로 사용하고 있었으며, 폐선 또는 양도 예정인 노후선박이 2012년 제2기 이전에 수출용으로만 계속적으로 사용된 사실도 없고, 쟁점선박2의 사용계획서는 조사 종결 이후인 2014년 4월에 비로소 제출되었으므로,

  선망선에 사용될 조업선인 쟁점선박2에 대한 관련 매입세액 공제여부 역시 사업의 실질적인 내용, 운영방식 등을 종합하여 기존 선망선단 전체의 과·면세 공급가액을 기준으로 공통매입세액을 안분계산하는 것이 타당하다.

 (3) OOO·OOO·OOO의 각 설립자본금은 OOO 또는 OOO에 불과하여 독자적인 사업운영능력이 없고, 각 회사의 소유자는 모두 청구법인의 사주 겸 회장인 OOO의 친인척들로서 OOO·OOO의 주주인 OOO·OOO는 OOO의 조카, OOO의 주주 OOO은 OOO의 매제인바, 청구주장 채권의 실질은 청구법인의 업무와 관련이 있는 정당한 채권이 아닌 청구법인의 사주일가에 대한 자금지원에 불과하다.

  청구법인은 OOO·OOO에 각 선박을 매각하면서 계약금 수령 없이 계약 즉시 소유권을 이전하였고, 선박할부대금은 매각에 따른 담보도 없이 어획물 수매 계약에 따라 OOO·OOO로부터 어획물을 매입하고 지급할 구매대금으로 정산·회수하여 왔으며, 해외자회사인 OOO를 설립하고 선박구매자금을 대여하여 OOO가 선박을 취득하도록 한 뒤 OOO가 OOO에 선박을 매각하도록 하는 우회적인 방법으로 관련 선박을 5년 장기할부조건으로 OOO에 이전함으로써 사주일가 소유의 해외법인에 선박구매자금을 지원하였으며,

  해운대리점이라는 명목으로 OOO·OOO·OOO에 유류를 비롯하여 어망, 어구 등 각종 선용품과 선원인건비를 선부담하고 이를 외상매출금으로 회계처리하였고, 동 선부담액 역시 어획물의 구매대금으로 회수하여 왔으며,

  2010년 6월 OOO호의 침몰로 선박미수채권과 어획물 구매대금과의 정산이 불가능하여지자 매출채권의 회수가능성이 없는 것으로 판단하여 선부담채권 OOO를 대손처리하였고, 청구법인의 내부문서(2010.8.16.)에 의하면 OOO 선박 침몰 이후 영업활동이 없는 상태에도 소속 직원의 급여, 사무실임대료, 용역수수료, 회계사무소 수수료 명목으로 매월 OOO를 지원한 것으로 나타나며 OOO로부터도 선박대여금 OOO원, 운영자금 지원액 OOO원을 현재까지 회수하지 못하고 있는바,

  청구법인의 이러한 자금 선부담 행위는 건전한 사회통념 및 상거래 관행상 해운대리점으로서의 영업활동으로 볼 수 없고 명백한 자금지원 행위이며, OOO·OOO·OOO는 사주일가 개인이 소유한 법인으로서 청구법인의 현지법인도 아니다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 청구법인과 OOO 간 체결된 바터거래의 실질을 부실자산의 가장양도로 보아 관련 투자자산처분손실 등을 손금불산입하고 관련 잡이익을 익금불산입한 처분의 당부

 ② 쟁점선박의 공통매입세액을 선단별로 과․면세비율을 안분하여 과세한 처분의 당부

 ③ 해외 특수관계법인에 대한 매출채권 및 대여금채권 등을 업무무관 가지급금으로 보아 관련 지급이자 및 대손충당금을 손금불산입한 처분의 당부

나. 관련법령

<쟁점① 관련>

(1) 법인세법 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 「조세특례제한법」 제100조의18 제1항에 따라 배분받은 결손금은 제1항의 손금으로 본다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제19조의2(대손금의 손금불산입) ① 내국법인이 보유하고 있는 채권 중 채무자의 파산 등 대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권의 금액(이하 “대손금”이라 한다)은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

② 제1항은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 채권에 대하여는 적용하지 아니한다.

1. 채무보증(「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제10조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 채무보증 등 대통령령으로 정하는 채무보증은 제외한다)으로 인하여 발생한 구상채권

2. 제28조 제1항 제4호 나목에 해당하는 것

③ 제1항에 따라 손금에 산입한 대손금 중 회수한 금액은 그 회수한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

(2) 법인세법 시행령

제19조의2(대손금의 손금불산입) ① 법 제19조의2 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 「상법」에 따른 소멸시효가 완성된 외상매출금 및 미수금

2. 「어음법」에 따른 소멸시효가 완성된 어음

3. 「수표법」에 따른 소멸시효가 완성된 수표

4. 「민법」에 따른 소멸시효가 완성된 대여금 및 선급금

5. 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생계획인가의 결정 또는 법원의 면책결정에 따라 회수불능으로 확정된 채권

6. 「민사집행법」 제102조에 따라 채무자의 재산에 대한 경매가 취소된 압류채권

7. 물품의 수출 또는 외국에서의 용역제공으로 발생한 채권으로서 외국환거래에 관한 법령에 따라 OOO 또는 OOO의 장으로부터 채권회수의무를 면제받은 것

8. 채무자의 파산, 강제집행, 형의 집행, 사업의 폐지, 사망, 실종 또는 행방불명으로 회수할 수 없는 채권

9. 부도발생일부터 6개월 이상 지난 수표 또는 어음상의 채권 및 외상매출금(중소기업의 외상매출금으로서 부도발생일 이전의 것에 한정한다). 다만, 해당 법인이 채무자의 재산에 대하여 저당권을 설정하고 있는 경우는 제외한다.

③ 제1항 각 호의 대손금은 다음 각 호의 어느 하나의 날이 속하는 사업연도의 손금으로 한다.

1. 제1항 제1호부터 제7호까지의 규정에 해당하는 경우에는 해당 사유가 발생한 날

2. 제1호 외의 경우에는 해당 사유가 발생하여 손금으로 계상한 날

④ 제3항 제2호에도 불구하고 법인이 다른 법인과 합병하거나 분할하는 경우로서 제1항 제8호부터 제13호까지의 규정에 해당하는 대손금을 합병등기일 또는 분할등기일이 속하는 사업연도까지 손금으로 계상하지 아니한 경우 그 대손금은 해당 법인의 합병등기일 또는 분할등기일이 속하는 사업연도의 손금으로 한다.

⑤ 내국법인이 기업회계기준에 따른 채권의 재조정에 따라 채권의 장부가액과 현재가치의 차액을 대손금으로 계상한 경우에는 이를 손금에 산입하며, 손금에 산입한 금액은 기업회계기준의 환입방법에 따라 익금에 산입한다.

⑦ 법 제19조의2 제2항을 적용받는 채권의 처분손실은 손금에 산입하지 아니한다.

<쟁점② 관련>

(1) 부가가치세법 시행령

제61조(매입세액의 안분계산) ① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액")은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 해당 재화 또는 용역의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.

1. 해당 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 5/100 미만인 경우의 공통매입세액. 다만, 공통매입세액이 5백만원 이상인 경우는 제외

2. 해당 과세기간중의 공통매입세액이 5만원 미만인 경우의 매입세액

3. 제48조의2 제3항 제3호의 규정이 적용되는 재화에 대한 매입세액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각 호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

제62조의2(납부세액 또는 환급세액의 재계산) ① 법 제17조 제5항 및 제6항에 따른 납부세액 또는 환급세액의 재계산은 감가상각자산에 대한 매입세액이 법 제17조 제1항, 이 영 제61조, 제61조의2 및 제63조에 따라 공제된 후 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율과 해당 감가상각자산의 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산한 때에는 그 재계산한 기간)에 적용하였던 비율간의 차이가 5/100 이상인 경우에 한하여 적용한다.

② 제1항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산에 의하여 납부세액에 가산 또는 공제하거나 환급세액에 가산 또는 공제하는 세액은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조 제1항 본문 후단의 규정을 준용한다.

2. 기타의 감가상각자산

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 취득일이 속하는 과세기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 안분계산한 경우에는 증가되거나 감소된 면세공급가액의 비율에 의하여 재계산하고, 당해 취득일이 속하는 과세기간의 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율로 안분계산한 경우에는 증가되거나 감소된 면세사용면적의 비율에 의하여 재계산한다.

④ 제49조의 규정이 적용되는 경우에는 제1항 및 제2항의 규정을 적용하지 아니한다.

⑤ 제2항의 규정에 의한 경과된 과세기간의 수를 계산함에 있어서 과세기간의 개시일 후에 감가상각자산을 취득하거나 당해 재화가 제1항의 규정에 해당하게 된 경우에는 그 과세기간의 개시일에 당해 재화를 취득하거나 당해 재화가 제1항의 규정에 해당하게 된 것으로 본다.

<쟁점③ 관련>

(1) 법인세법

제28조(지급이자의 손금불산입) ① 다음 각 호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 해당 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)

 나. 제52조 제1항에 따른 특수관계인에게 해당 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령으로 정하는 것

제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 “특수관계인”이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

(2) 법인세법 시행령

제53조(업무무관자산 등에 대한 지급이자의 손금불산입) ① 법 제28조 제1항 제4호 나목에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제61조 제2항 각 호의 1에 해당하는 금융회사 등의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금액을 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

  (가) 처분청 과세 근거는 다음과 같다.

   1) 쟁점자산 내역은 다음 <표4>와 같다.

<표4> 쟁점자산 내역

   2) 쟁점자산별 상세는 다음과 같다.

   가) 청구법인은 OOO(주)의 주식 OOO%를 소유한 모회사로, OOO(주)에 대한 투자유가증권OOO의 내역은 다음 <표5>와 같다.

<표5> OOO(주)에 대한 투자유가증권 내역

   나) OOO(주)에 대한 매출채권OOO은 임대채권OOO과 수송대행채권OOO으로 구성되어 있는바, 임대채권은 청구법인이 사옥빌딩 4층을 OOO(주)에 임대하고 미수취한 임대보증금·임차료·관리비 등의 채권으로 그 세부내역은 다음 <표6>과 같으며, 수송대행채권은 청구법인이 OOO(주)에 대한 유동성 지원 목적으로 지입차주에게 운송료를 선지급하고 동 지급액에 매출이익률 OOO%를 가산하여 OOO(주)에게 사후 청구하는 방식의 운송대행계약을 체결한 것에서 비롯된 것으로, OOO(주)는 대리점 등을 상대로 하여 채권회수와 관련된 소송을 진행 중인 것으로 나타난다.

<표6> OOO(주)에 대한 임대채권 세부내역

   다) 그 밖에 청구법인은 쟁점바터거래계약을 통해 특수관계자인 (주)OOO에 대한 구상채권을 비롯하여 다음 <표7>과 같이 거래처에 대한 기타 채권 합계 OOO원을 양도하고 처분손실로 계상하였다.

<표7> 기타 채권 합계

   3) 청구법인과 OOO가 2011.12.26. 체결한 쟁점바터거래계약서의 주요 내용은 다음과 같다.

   4) 청구법인과 OOO의 쟁점바터거래계약 관련 회계처리 내역을 보면, 청구법인은 2011.12.26. OOO에 쟁점자산을 매각하고 자산처분손실을 계상하였고, 쟁점자산에 대한 청구법인의 최초 장부가액 OOO원의 TC를 교부받고 2013년 5월까지OOO원의 TC를 사용한 것으로 나타나며, 위 매출채권과는 별도로 OOO㈜에 대한 투자유가증권 취득금액 OOO원은 2008년 회계상 유가증권평가손실(전액감액) 처리하고 세무조정으로 손금불산입 유보 처리하여 사후관리하다가 쟁점바터거래가 있었던 2011사업연도 세무조정으로 손금산입(△유보) 처리하였으며, OOO는 2011.12.26. 쟁점자산을 청구법인의 최초 장부가액의 OOO%로 평가하여 계상하였다가 2011.12.31. 전액 제각처리한 것으로 나타난다.

   5) OOO의 쟁점자산 평가내역을 보면, 청구법인의 채권 및 주식가치 평가보고서(2011년 12월)에서 OOO(주)에 대한 투자유가증권 OOO원은 전액 자본잠식으로 OOO으로 평가하면서도 후순위채권 평가방식을 적용하여 OOO원을 평가금액으로 산출하였고, OOO(주) 매출채권 OOO원으로 평가하였으나, OOO 구상채권 등 3개 채권 OOO원에 대하여는 평가를 실시하지 아니하고 장부가액 매각대상으로 분류한 것으로 나타나며, 그 세부내역은 다음 <표8>과 같다.

<표8> OOO의 쟁점자산 평가내역

   6) 청구법인과 OOO가 2011.12.26. 체결한 자산양도별도계약서의 주요 내용은 다음과 같다.

   7) 처분청이 제시한 “채권추심금액의 지급 확인서”의 내용은 아래와 같은바, 이는 청구법인의 재경팀 PC에 보관되어 있던 것으로, 작성자의 날인은 되어 있지 않으며, 처분청은 “채권추심금액의 지급 확인서”를 통해 이면약정의 존재를 확인할 수 있다는 의견인 반면, 청구법인은 아래 문서는 청구법인이 내부적으로 검토한 문서일 뿐 양 사 간에 정식으로 날인되어 체결된 적이 없으므로, 아무런 효력 내지 가치가 없는 존재하지 않는 문서일 뿐이라고 주장하였으며, 그 밖에 처분청은 청구법인의 내부 품의서 및 OOO의 청구법인에 대한 최소회수가치(MP) 청구 공문 등을 제시하였다.

   8) OOO의 대표이사 OOO가 2013년 8월에 작성한 확인서에 의하면, OOO는 OOO와 청구법인 간에 쟁점바터거래계약을 체결하면서 “자산양도별도계약서”라는 이면 계약서를 같은 날 작성한 사실이 있는바, 쟁점바터거래는 그 자체로는 바터거래의 대상이 되지 않고 실제로는 OOO가 쟁점자산의 추심을 청구법인에게 위탁한다는 내용이 포함된 자산양도별도계약서를 작성함으로써 쟁점자산을 양수한 사실이 없으며, “자산양도별도계약서” 및 “채권추심금액의 지급확인서”라고 명시한 이면계약에 따라 추심금 중 OOO가 보장받기로 한 최소보장액(MP) OOO원을 제외한 나머지 금액은 청구법인에게 귀속되는 것이므로, OOO는 외관상으로만 위 부실자산을 인수한 것일 뿐 소유권(수익 처분에 대한 권리 등) 등 어떠한 권리도 가지고 있지 않고, 위 “채권추심금액의 지급확인서”는 쟁점바터거래계약 체결 시 있었던 최소보장금액을 제외한 추심 금액을 청구법인에 귀속하기로 하는 구두 합의에 따라 청구법인이 2012년 3월 초경 OOO에 요청한 것으로, 청구법인의 회의실에서 청구법인 측이 작성한 “채권추심금액의 지급확인서”에 OOO의 OOO 이사가 날인하여 주었다고 되어 있다.

   9) 처분청은 OOO 및 그 대표이사 OOO가 청구법인 외 20개 업체와 이면계약을 맺어 OOO원 규모의 부실자산을 외관상으로만 매각한 것처럼 꾸며 상대방의 조세탈루를 도와 준 것으로 보아 2013년 9월 「조세범처벌법」 제9조 제2항 위반으로 청구법인을 포함한 21개 업체에 대해 각 업체별로 OOO원의 벌금을 고지하는 내용으로 통고처분하였고, OOO는 이를 이행한 것으로 나타나며, 그 밖에 처분청은 OOO가 청구법인에게 매출채권 관련 회사의 정보를 요구한 메일, OOO가 작성한 회사소개자료·바터거래관련 절세 전략·바터거래 소개자료 등을 제시하였다.

  (나) 청구법인이 제시한 증빙은 다음과 같다.

   1) OOO가 2014.3.31. 작성한 확인서에 의하면, 쟁점바터거래계약 및 그와 함께 양사 간 관련 협의에 따라 체결된 자산양도별도계약은 쟁점자산 양수도거래에 따른 정상적인 바터거래로, 당시 OOO는 OOO(주)의 채권회수소송을 계속적으로 담당하고 있던 청구법인이 소송의 내용 및 진행과정을 잘 알고 있으므로 그에 채권추심을 위탁하고, OOO의 최소한의 MP 획득을 위하여 일반적으로 타사와의 거래 시 OOO가 수취하는 MP 금액보다 소송을 통한 채권회수금액이 적을 경우 청구법인에서 미달액을 일부 보장해 주는 내용의 자산양도별도계약서를 추가로 체결하였던 것인바, OOO는 쟁점바터거래계약을 통하여 쟁점자산의 정당한 권리자가 되었고, 자산양도별도계약을 통한 채권추심위탁으로 2012년 6월 및 2013년 3월 두 번에 걸쳐 OOO(주)의 채권 회수금액과 청구법인의 일부 금액 보전을 통해 수익을 실현할 수 있었으며, OOO가 청구법인과 체결한 계약은 쟁점바터거래계약 및 자산양도별도계약 2개뿐이고, 별도의 추가계약이나 이면약정은 존재하지 아니한다고 되어 있다.

   2) OOO의 쟁점자산 양도관련 세무검토보고서(2011.12.16.)에 의하면, 청구법인과 OOO는 특수관계자에 해당하지 아니하고, OOO는 전문적으로 부실자산을 인수하고 그 대가로 TC를 제공하는 것을 주업으로 하는 회사이며, 청구법인과 OOO 간에 체결한 양수도계약서에 의하면 청구법인의 매출채권 등과 현금성 자산을 OOO에 매각하고 OOO는 그 양수대가로 TC를 발행하는 것으로 되어 있고, 매출채권 등의 회수 및 경매가능성 등이 매우 불투명하여 이에 따른 제반비용 증가 등을 감안하여 볼 때 동 거래는 실질적인 양도 거래에 해당하는 것으로 사료되며, 또한 동 거래와 관련하여 다수의 국세청 및 기획재정부 예규에 의하면 현실적으로 회수불가능한 부실채권 및 투자유가증권을 특수관계자가 아닌 제3자에게 양도하는 거래로서 해당 거래로 인한 장부가액과 시가 처분가액과의 차액은 법인의 당기 손익으로 계상하는 것이라고 회신하고 있다고 되어 있다.

   3) 그 밖에 청구법인은 주장사실을 입증하기 위한 증빙으로 쟁점자산 매각의 건에 대한 청구법인의 2011.12.22.자 이사회 의사록, 쟁점바터거래계약서, 자산양도별도계약서, OOO이 작성한 채권 및 주식 가치 평가보고서 등을 제시하였다.

  (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 쟁점바터거래계약은 부실자산을 전문적으로 인수하는 업체인 OOO를 계약 상대방으로 한 것으로서, OOO는 청구법인 외에도 다수의 업체와 바터거래를 하여 왔고, OOO는 청구법인과 특수관계가 없는 점, 바터거래는 부실자산을 조기에 처리할 수 있는 방법으로서 일반적으로 통용되는 거래 형식으로, 쟁점바터거래계약은 회계법인의 자문․평가, 이사회결의 등의 절차를 거쳐 이루어졌는바, 청구법인으로서는 부실자산 보유 및 관리에 따른 경영상의 부담 및 비용지출을 최소화하기 위한 합리적인 의사결정을 한 것으로 볼 수 있는 점, 처분청은 “채권추심금액의 지급 확인서”, 청구법인의 내부 품의서 및 OOO의 최소회수가치(MP) 청구 공문 및 OOO의 대표이사 OOO가 이 건과 관련하여 「조세범처벌법」 제9조 제2항 위반으로 통고처분을 받고 이를 이행한 점 등으로 볼 때 청구법인과 OOO 간 쟁점바터거래계약 외에 이면계약인 초과회수약정이 존재하였다는 의견이나, 처분청이 제시한 “채권추심금액의 지급 확인서”는 청구법인의 재경팀 PC에 보관되어 있던 초안으로 당사자의 서명․날인 없이 그 자체로는 법적 효력이 없어 보이며, OOO의 청구법인에 대한 채권 추심위탁 자체는 가장양도에 해당하지 아니하고, 청구법인의 내부 품의서 및 OOO의 최소회수가치(MP) 청구 공문만으로는 이면약정을 통한 쟁점자산의 가장양도가 이루어졌다고 인정하기에 부족한 점 및 OOO의 대표이사 OOO가 관련 사실을 인정하고 통고처분을 이행하였음에도 당사자 간 이면약정(초과회수약정)의 내용이 담긴 유효한 처분문서가 별도로 확인되지 아니하는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점바터거래계약의 실질을 쟁점자산의 가장양도로 보아 쟁점바터거래계약 관련 투자자산 처분손실 및 잡손실을 손금불산입하고 관련 잡이익을 익금불산입하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

 (2) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

  (가) 처분청의 과세 근거는 다음과 같다.

   1) 청구법인의 선단 운용방식을 보면, 참치 선망선(17척), 참치 연승선(21척), 트롤선(2척)별로 각 하나의 선단을 이루고 있고, 각 선단별로 조업방식이 모두 동일하며, 조업지역 역시 선단별로 청구법인이 일괄하여 관리하고, 참치 선망선단의 경우 참치 대량 어획을 위한 위성부이를 선단이 공유하고 있으며, 청구법인의 피고용인인 선장이 청구법인의 지시를 받아 어획물의 매출처(내수 내지 수출)를 결정한다.

   2) 청구법인의 운반선 운용방식에 따라 과․면세 수입금액이 구분되고, 청구법인의 지시에 따라 각 선박별로 어획물의 판매처 및 판매물량이 조절되며, 개별 어획선의 어획물은 어획선이 직접 국내․외 항구로 접안하여 하역하지 아니하는 이상, 운반선에 전재하여 각 운반선이 국내․외 거래국가 항구에 하역한 시점을 기준으로 매출을 인식하고 있고,

  청구법인은 조업선들의 어획물을 운반선의 구분된 어창(어창별 구분 내지 Separation net)에 개별적으로 전재하여 수출하거나 내수 판매하며, 쟁점선박1의 경우 수출처로 운항하는 운반선에만 어획물을 전재하고 내수용으로 국내 입항하는 운반선에는 쟁점선박1을 제외한 다른 선박의 어획물만을 전재하여 설령 국내 입항 운반선의 어창이 비어 있더라도 다음 수출처로 운항하는 운반선이 오기까지 만선인 상태로 대기한다고 소명하였다.

   3) 청구법인의 각 과세기간․선단별 과·면세 매출비율 내역은 다음 <표9>와 같고, 청구법인의 과세기간별 선망선단의 과·면세 매출비율 비교 내역은 다음 <표10>과 같다.

<표9> 각 과세기간·선단별 과·면세 매출비율 내역

<표10> 과세기간별 선망선단의 과·면세 매출비율 비교 내역

  위 <표10>에 대하여 처분청은 쟁점선박1이 국내에 통관한 2011년 2월～2012년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 면세매출이 전무한 쟁점선박을 위하여 같은 선단 다른 선박의 면세매출로 평년 수준을 유지하고 있는데, 이를 타선박 기여도 정도라고 칭한다면 그 수준이 2011년 제1기까지 누적 평균기여도 OOO%인 반면 2011년 제2기～2012년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 평균 OOO%로 급격하게 증가한 사실을 확인할 수 있는바, 이는 쟁점선박의 어획물을 전량 수출함으로써 전체 면세매출에서 나머지 선박의 면세 매출액이 차지하는 비중이 급격히 증가한 것으로, 결국 회사 내부 결정에 따라 쟁점선박의 매입세액 공제를 위하여 타 선박의 기여와 협조가 있었음을 보여주는 것이라는 의견이다.

   4) 그 밖에 처분청은 청구법인의 내부 문서인 선박도입 관련 부가가치세 정리(2010.4.28.), 선박 도입시 부가가치세 관련 환급/관리 정리(2011.3.4.), 쟁점선박1의 어획분을 내수가공할 경우 부가가치세 불공제에 따른 이익률 분석(2011.9.1.) 등을 제시하였다.

  (나) 청구법인의 주장 및 제시 증빙은 다음과 같다.

   1) 청구법인의 구체적인 주장은 다음과 같다.

  청구법인의 선박은 최종제품을 완성하는 장소로서 「부가가치세법」상 사업장의 정의와 일치하고, 각 선박별 지역적․물리적인 차이가 존재하며, 각각 개별적으로 운용되는 별도의 사업장으로, 선박별 주요 현황표를 보면 선박별 제원(크기, 너비 등), 용적(어창수, TANK 크기 등), 기관(주기관 및 보조기관의 마력 등), 탑승인원 및 투자금액 등의 차이가 분명함을 확인할 수 있다.

  청구법인의 선단은 단지 어획방식의 차이에 따라 구분되는 것이고, 각 선박의 조업방식, 조업지역, 조업능력 등 선박의 운영은 해당 선박의 선장 및 선원의 개별적 의사결정 내지 판단에 따라 이루어지므로 청구법인은 각 선박별로 운용을 하고 있으며, 청구법인의 각 선박은 선장의 지휘 하에 운항 및 조업을 수행하고, 자신의 성과를 위하여 노력하여 이에 따른 성과급(결산금)을 받는 개별 사업장이다.

  각 조업선박의 매출처에 대한 의사결정은 당연히 청구법인의 영업부서에서 이루어지는 업무이고, 청구법인의 조직은 각 선박을 지원하기 위한 조직이며, 각 선박의 과·면세 공급가액은 각 선박에 따라 명확하게 구분되고, 각 선박별로 구분경리가 되어 실지 귀속이 명확하게 확인된다.

  그에 따라 청구법인은 1969년 설립 이래 계속하여 각 선박에 대한 매입세액을 각 선박별 과·면세 비율로 구분하여 부가가치세 매입세액 공제금액을 신고·납부하여 왔고, 처분청도 40년 이상 청구법인의 부가가치세 신고를 적정한 것으로 인정한 바 있다.

   2) 청구법인은 향후 쟁점선박2의 건조 완료 후 조업을 통하여 어획한 어획물을 전량 수출할 계획으로 과세사업에 사용할 예정이라고 주장하며 “신조선 진행 현황 및 향후계획서”라는 제목의 사업계획서(2014.4.28.)를 제시하였다.

   3) 그 밖에 청구법인은 주장사실을 입증하기 위한 증빙으로 청구법인의 참치 선망선의 조업지역은 각 선박별 최장 6,000km 이상 거리(운항소요시간 약 30일)에 위치한다는 내용이 담긴 조업지도, 조업선박 현황, 쟁점선박1의 어선원부 및 수입신고필증, 쟁점선박의 매입세액 내역, 쟁점선박1의 매출구분 증빙, 선원 결산금 관련 선박별 손익자료 및 과세기간별 면세비율 산정내역 등을 제시하였다.

  (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 40년 간 계속하여 각 선박별로 구분하여 부가가치세 매입세액을 공제하여 신고·납부하여 왔고 이에 대하여 처분청은 별다른 이의를 제기하지 아니하였던 점, 각 선박별로 구분경리 및 관리를 하고 있으며 각 선박별로 조업이 이루어지고 있는 점, 처분청이 주장하는 선단의 실체가 불분명하고 그와 같은 기준으로 사업장을 구분할 근거가 없는 점 등에 비추어 각 선박별로 실지귀속에 따라 과·면세사업의 비율에 따라 매입세액 공제 금액을 산정하는 것이 타당하다 할 것이고, 쟁점선박2와 관련하여서도 선박별로 예정공급가액의 비율로 매입세액을 공제하는 것이 타당하다 할 것이어서, 처분청이 청구법인에 대한 부가가치세 산정시 쟁점선박을 선단별로 구분하여 공통매입세액을 안분계산하여 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

 (3) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다.

  (가) 청구법인이 제시한 OOO·OOO·OOO에 대한 선박미수금채권·매출채권·대여금채권 등의 현황은 다음 <표11>·<표12>·<표13>·<표14>와 같다.

<표11> 선박미수금채권(각 연도말 채권 잔액) 현황

<표12> 매출채권(선박관리업무 채권, 각 연도말 잔액) 현황

<표13> OOO·OOO·OOO와의 선박관리계약에 따른 서비스별 수수료율

<표14> OOO·OOO에 대한 각 대여금(운영자금)채권 현황

  (나) 처분청의 과세 근거는 다음과 같다.

   1) OOO·OOO·OOO의 설립 현황 등은 다음 <표15>와 같다.

<표15> OOO·OOO·OOO의 설립 현황 등

   2) OOO·OOO는 청구법인의 OOO 사무소를 임차사업장 소재지로 등록하였고, 이후 같은 빌딩 내 OOO·OOO의 아버지 OOO이 운영하는 OOO가 소유한 사무실을 사업장으로 이용하였으며, 2008년 10월 OOO와 OOO 간 사무실 임대 및 관리계약(사무실 임대비용 월 OOO, 관리 용역 비용 월 OOO)을 체결한 것으로 나타나고, 청구법인의 내부문건(OOO OOO, 2012.9.10.)에 의하면 청구법인이 직접 OOO의 관리매니저 채용 계약을 체결한 것으로 나타난다.

   3) OOO·OOO·OOO는 청구법인으로부터 설립 당시부터 단기운영차입금, 외화외상매입금 등의 명목으로 금원을 지원받았고, 선박구매대금, 어망, 어구 등 각종 선용품과 선원인건비 등을 지원하거나 또는 대여하였는바, 이는 OOO·OOO·OOO의 각 계정별 과목 원장, 선박매매계약서, 선부담 경비 청구내역서 등에 나타난다.

   4) OOO에 대한 선부담 채권의 대손처리와 관련하여, 청구법인이 OOO에 제출한 채권미회수사유서(2013.2.28.)를 보면 OOO호가 2010.6.14. 침몰하여 OOO에 대한 채권 잔액 OOO에 대하여 회수불가능하다는 내용이 나타나고, 청구법인은 OOO에 OOO가 실질적으로 파산하였음을 이유로 하여 회수대상채권 제외 신고(2012년 1월)를 한 것으로 나타난다.

   5) 그 밖에 처분청은 OOO의 침몰 이후 경비 지원 및 OOO의 채무상환계획 등 청구법인의 내부 문서, 선원송출계약서, 선박유지계약서 등을 제시하였다.

  (다) 청구법인의 제시 증빙은 다음과 같다.

   1) Vessel Purchase and Sale Agreement(선박매매계약서)에 의하면, 청구법인은 2008.4.4. OOO․OOO와 각 선박매매계약을 체결하여 청구법인이 보유하고 있던 선박을 미화 OOO에 각 매각하였고 매매가격은 10년 분할상환으로 정한 것으로 나타나며, 이후 추가 약정에 따라 선박매각금액을 OOO로 변경하였고 지급기한도 5년 분할상환으로 변경한 것으로 나타나며,

  청구법인은 OOO와 2011.10.24., 2011.10.28. 각 Loan Agreement(대부계약)를 체결하여 OOO에 미화 OOO을 대여하였고, OOO는 위 대여자금으로 선박을 취득한 뒤 2011.10.28. OOO와 Vessel Purchase and Sale Agreement(선박매매계약)를 체결하여 OOO에 해당 선박을 미화 OOO에 매각하였으며, 매매가격은 5년 분할상환하기로 한 것으로 나타난다.

   2) Tuna Supply Agreement(참치공급계약서)에 의하면, 청구법인은 2008.5.21. OOO·OOO와 어획물 전량을 구입하고, 구입가격은 시세에서 톤당 OOO을 차감한 금액으로 지불하는 내용의 계약을 체결하였으며, 2011.10.24. OOO와 어획물 전량을 구입하고, 구입가격은 거래가 이루어지는 당시의 공정 시세를 기준으로 합의에 따라 결정하기로 하는 내용의 계약을 체결한 것으로 나타난다.

   3) Ship's Maintenance, Supply and Insurance Service Agreement(선박의 유지 및 보급, 보험제공 용역에 관한 협정)에 의하면, 청구법인은 OOO·OOO와 2008.5.21., OOO와 2011.10.24. 각 선박의 유지(수리) 및 보급, 보험제공 용역에 관한 계약을 체결하여, OOO·OOO·OOO 소유의 선박 운영에 필요한 선박수리, 부품조달, 유류수급, 보험가입 등의 용역을 업무대리인의 지위로서 제공하기로 하고, 선박유지수수료 및 청구법인이 공급하는 유류가액, 소모품, 수리비용에 대하여 각 일정율의 용역제공수수료를 수취하기로 하였으며, 청구법인과 OOO·OOO 간에 체결된 위 협정 제3항에 의하면, 청구법인은 소유주를 대신하여 용역비용을 선지불할 수 있고, 이에 대한 금액을 이자를 포함하여 청구할 수 있다고 되어 있으며, OOO·OOO에 대한 2008·2009사업연도 각 대여금채권과 관련하여 위 협정 제4항에 OOO·OOO의 회사 운영 비용은 청구법인이 선지불할 수 있고, 1년에 30만 달러를 초과할 수 없으며, 그 이율은 연리 OOO%를 넘을 수 없다고 되어 있다.

  (라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「법인세법」 제28조의 업무무관 가지급금에 대한 지급이자 손금불산입 규정은 법인의 자금이 업무무관 부동산, 타법인 주식취득, 특수관계자에 대한 업무무관 자금대여에 사용되지 못하게 하여 그 자금을 기업의 고유 운영자금으로 운용되도록 하는데 그 규정 취지가 있고(조심 2013부3868, 2013.12.31., 같은 뜻임), 업무무관 가지급금 해당 여부는 법인의 업무와의 관련성 유무가 판단기준이 된다 할 것인바, 청구법인은 OOO·OOO·OOO에 각 선박을 매각한 뒤 이들과 각 어획물 독점 공급계약 및 선박관리 등 계약을 체결하여 그 대금을 어획물 구매에 따라 지급할 대금과 상계하기로 하였는바, 이를 비정상적인 계약이라고 단정하기 어렵고, 대여금채권에 대해서는 약정이자를 포함하여 금원을 회수하여 온 것으로 나타나는 점, OOO·OOO·OOO의 설립․운영과정, 청구법인이 OOO·OOO·OOO와 체결한 계약이 어획물 독점 공급계약 및 선박관리계약인 점 등을 고려하여 보면, 청구법인이 업무와 무관하게 금원을 대여한 것이라기보다는 오히려 청구법인이 조업 제한 등의 상황에서 매출을 확대하기 위한 수단으로 해외에 법인을 설립하여 운영하면서 안정적으로 어획물을 확보하고 선박관리업무 수행을 통하여 수익을 창출한 것으로 볼 수 있어 OOO·OOO·OOO에 대한 선박미수금채권․매출채권․대여금채권 등은 청구법인의 업무와 관련성이 있다고 보인다.

  따라서 처분청이 청구법인의 OOO·OOO·OOO에 대한 선박미수금채권․매출채권․대여금채권 등을 업무무관 가지급금으로 보아 관련 지급이자 및 대손충당금을 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.