이 유

1. 처분개요

 00박씨 문헌공파 좌교종중(이하 “청구종중”이라 한다)은 2010.3.31. 「국세기본법」 제13조 제2항 및 제4항에 따라 법인으로 보는 단체로 승인받은 비영리법인으로, 1927.6.9. 소유권보존등기한 ‘경기도 평택시 일대 평택고덕지구 내에 포함되는 임야 7필지(이하 “쟁점임야”라 한다)를 2010.2.18., 2010.3.26., 2011.1.5., 2011.2.24. 한국토지주택공사에 공공용지협의취득으로 총 1,886백만원에 양도하고, 20104.29. 등 4회에 걸쳐 2010년~2011년 과세연도 양도소득과세표준 예정신고로 268백만원을 자진납부하였다. 그러나, 청구종중은 ‘쟁점임야를 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 경우 처분수입은 비영리내국법인의 수익사업에서 제외되고(법인세법 제3조 제3항 제5호 및 같은법 시행령 제2조 제2항), 소득세법을 준용하여 계산한 방법으로 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 법인세 과세표준을 신고한 것으로 보는 것이므로(법인세법 제62조의2 제8항)’, 처분청에 2015.3.27. 과다납부한 2011사업연도 법인세를 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.

 처분청은 쟁점임야가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산에 해당하지 않고, 청구종중이 법정신고기한내에 법인세과세표준 신고를 하지 않았기에 경정청구를 거부하였다. 이에 청구종중은 경정청구 거부에 대하여 2015.8.31. 이의신청을 하였고, 처분청은 2015.12.28. 재결청의 재조사지시에 따라 ‘쟁점임야는 고유목적사업에 사용(쟁점임야 중 1필지)되었고, 법인세 신고를 한 것으로 인정’하여 2011사업연도 법인세 204백만원(농특세 10백만원)을 환급결정하였다. 이후 2016.2.5. 처분청은 ‘비영리내국법인이 자산을 양도하고 자산양도소득에 대한 과세특례 규정에 따라 신고하는 경우 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정(조세특례제한법 제69조)은 적용하지 않는 것이므로, 2010.3.26. 및 2010.2.18. 수용된 쟁점임야의 과다공제된 8년자경 감면세액에 대하여 청구종중에 2010사업연도 법인세 46백만원을 고지결정하였다.

 청구종중은 이에 불복하여 2016.3.25. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

 청구종중은 법인으로 보는 단체로 승인받은 비영리법인에 해당하고, 비영리법인의 자산양도소득 세액계산(법인세법 제62조의2 제5항)은 소득세법을 준용(소득세법 제93조)하도록 되어 있고, 감면소득이 있는 경우 감면을 적용받을 수 있으므로(소득세법 제93조 제2호 및 제90조 제1항), 청구종중의 쟁점임야에 대한 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다)상의 8년자경 감면규정은 법률에서 특별히 적용 배제하는 규정이 없는 이상, 법인으로 보는 단체라 하더라도 감면을 적용받아야 하며, 동일한 자산양도에 있어 법인으로 보는 단체로 승인 받은 경우와 승인받지 않는 경우에 조세특례가 달리 적용되는 것은 평등의 원칙에 위배된다.

3. 처분청 의견

조특법상 각 조문에서는 조세특례를 적용받을 수 있는 주체를 내국인, 거주자, 내국법인 등으로 엄격히 구분하고 있고, 8년자경 감면대상은 거주자에 국한된 조세특례로 엄격해석 적용하여야 하며, 청구종중은 쟁점임야 양도소득에 대하여 비영리법인의 자산양도소득에 대한 과세특례규정(법인세법 제62조의2)에 따라 법인으로 보는 단체로서 비과세혜택을 받았음에도, 개인 거주자만이 적용되는 8년자경 감면을 추가 적용하라고 주장하나, 이를 받아들이지 않더라도 평등의 원칙에 위배되지 않는다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

  비영리법인이 법인세법 제62조의2에 따라 자산양도소득을 계산하는 경우 조특법 제69조의 자경감면을 적용받을 수 있는지 여부

나. 관련 법령

 1) 법인세법 제62조의2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】

  ① 비영리내국법인(제3조제3항제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조제3항제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.

   1. 「소득세법」 제94조제1항제3호의 규정에 해당하는 주식 또는 출자지분과 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분

   2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

   3. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호의 자산

  ② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 동법 제104조제4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다. <개정 2006.12.30>

  ③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 「소득세법」 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 "양도가액"이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 「소득세법」 제95조제2항 및 동법 제103조에 규정하는 금액을 공제하여 계산한다. <개정 2006.12.30>

  ④ 「소득세법」 제96조ㆍ동법 제97조ㆍ동법 제98조 및 동법 제100조의 규정은 제3항의 규정에 의한 양도가액ㆍ필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여 이를 준용한다. 다만, 「상속세 및 증여세법」에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연받은 비영리내국법인이 대통령령이 정하는 자산을 양도하는 경우에 있어서는 당해 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 법인의 취득가액으로 하며, 「국세기본법」 제13조제2항의 규정에 의한 법인으로 보는 단체의 경우에는 동항의 규정에 의하여 승인을 얻기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다. <개정 2006.12.30>

  ⑤ 「소득세법」 제101조 및 동법 제102조의 규정은 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여 이를 준용하고, 동법 제93조의 규정은 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여 이를 준용한다. <개정 2006.12.30>

  ⑥ 제2항의 규정에 의한 법인세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그 밖의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수한다. 이 경우 제76조제1항의 규정을 준용한다.

  ⑦ 제2항의 규정에 의하여 계산한 법인세는 「소득세법」 제105조부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 「소득세법」 제112조 및 동법 제112조의2의 규정은 이를 준용한다. <개정 2006.12.30, 2009.12.31>

  ⑧ 비영리내국법인이 제7항의 규정에 의한 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 「소득세법」 제110조제4항 단서의 규정에 해당하는 경우에는 제6항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다. <개정 2006.12.30>

  ⑨ 제1항 내지 제8항에 규정하는 자산양도소득에 대한 특례의 적용방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 2) 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

  ① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. <개정 2008.12.26>

   1. 각 사업년도의 소득

   3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

 ③ 비영리내국법인의 각 사업년도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. <개정 2006.12.30, 2008.12.26, 2009.12.31>

   4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입

   5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

   6. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 생기는 수입

 3) 법인세법 제2조 【수익사업의 범위】

  ② 법 제3조제3항제5호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. <개정 2009.2.4, 2011.6.3>

 4) 소득세법 제92조 【양도소득과세표준의 계산】

  ① 거주자의 양도소득에 대한 과세표준(이하 "양도소득과세표준"이라 한다)은 종합소득 및 퇴직소득에 대한 과세표준과 구분하여 계산한다.

  ② 양도소득과세표준은 제94조부터 제99조까지, 제99조의2, 제100조부터 제102조까지 및 제118조에 따라 계산한 양도소득금액에서 제103조에 따른 양도소득 기본공제를 한 금액으로 한다.

 5) 소득세법 제93조 【양도소득세액 계산의 순서】

   양도소득세는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 다음 각 호에 따라 계산한다.

     1. 제92조제2항에 따른 양도소득과세표준에 제104조에 따른 세율을 적용하여 양도소득 산출세액을 계산한다.

     2. 제1호에 따라 계산한 산출세액에서 제90조에 따라 감면되는 세액이 있을 때에는 이를 공제하여 양도소득 결정세액을 계산한다.

     3. 제2호에 따라 계산한 결정세액에 제115조 및 「국세기본법」 제47조의2부터 제47조의5까지의 규정에 따른 가산세를 더하여 양도소득 총결정세액을 계산한다.

 6) 소득세법 제90조 【양도소득세액의 감면】

   제95조에 따른 양도소득금액에 이 법 또는 이 법 외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있을 때에는 제92조제2항에 따른 양도소득과세표준에 제104조에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액에, 해당 감면소득금액에서 제103조제2항에 따른 양도소득 기본공제를 한 후의 금액이 양도소득 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제한다

 7) 조세특례제한법 제2조 【정의】

  ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   1. "내국인"이란 「소득세법」에 따른 거주자 및 「법인세법」에 따른 내국법인을 말한다.

 8) 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

  ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

 9) 조세특례제한법 시행령 제66조【자경농지에 대한 양도소득세액의 감면】

  ① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자”란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 “한국농어촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

 10) 소득세법 제1조의2 【정의】

  ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   1. "거주자"란 국내에 주소를 두거나 183일 이상의 거소(居所)를 둔 개인을 말한다.

다. 사실관계

 1) 청구종중은 2010.3.31. 「국세기본법」 제13조 제2항 및 제4항에 따라 법인으로 보는 단체로 승인받은 비영리법인으로 수익사업은 없으며, 쟁점임야를 한국토지공사에 수용으로 양도하고 양도소득세를 신고하였으나, 종중 고유목적에 사용된 필지는 이의신청으로 법인세 비과세 적용받았고, 8년자경 감면 적용한 필지는 거주자에 한하는 조세특례로 처분청이 감면배제하여 고지 결정하였다.

2) 쟁점임야 양도소득세 신고 및 법인세 경정현황

 3) 청구종중은 다음의 사유를 들어 이 건 처분이 부당하다고 주장한다.

  가) 청구종중은 국세기본법 제13조 2항에 의하여 법인으로 보는 단체로 승인받았으며, 법인세법 제62조의2(비영리법인의 자산양도소득에 대한 과세특례) 규정을 적용하여 법인세를 신고·납부하였다.

  나) 법인세법 제62조의2 제5항에서 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여는 소득세법 제93조를 준용하도록 하였고, 소득세법 제93조 제2호에서는 제90조에 따라 감면되는 세액이 있을 때는 이를 공제하여 양도소득 결정세액을 계산하도록 하였고, 소득세법 제90조 제1항에서는 이 법 외의 법률(조세특례제한법)에서 규정하는 감면소득금액이 있을 때에는 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제하도록 하고 있다.

  다) 따라서, 법인세법 제62조의2(비영리법인의 자산양도소득에 대한 과세특례) 규정은 비영리법인을 거주자로 보고 소득세법을 준용할 수 있도록 한 규정이고 비영리법인도 소득세법 규정에 의하여 조특법의 자경감면 규정을 적용받을 수 있다.

  라) 또한, 법인으로 보는 단체로 승인받지 않는 종중이 양도소득세 적용받는 것과 법인으로 보는 단체로 승인받은 종중이 법인세 과세특례조항을 적용하여 양도소득세를 적용받는 것이 달리 적용받는 것은 평등의 원칙에도 어긋난다.

 4) 처분청은 다음의 사유로 이 건 처분이 정당하다고 주장한다.

  가) 조특법 제69조 제1항은 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년이상 직접 경작한 토지로서 일정 요건을 충족한 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있으며, 조특법 제2조 제1항 제1호에서 내국인이라 함은 소득세법에 의한 거주자 및 법인세법에 의한 내국인을 말한다.

  나) 또한, 조특법 각 조문에서는 조세특례를 적용받을 수 있는 주체를 내국인, 거주자, 내국법인 등으로 엄격히 구분하고 있다.

  다) 청구인 주장과 같이 법인세법 제62조의2(비영리법인의 자산양도소득에 대한 과세특례) 규정이 소득세법을 준용할 수 있도록 한 규정이라면 소득세법 제1조(납세의무)의 법인격 없는 사단·재단 기타 단체 중 국세기본법 제13조의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체외의 사단·재단 기타 단체는 이를 거주자로 본다는 규정 또한 준용되어야 할 것이며, 이에 따라 청구종중이 국세기본법 제13조 제2항에 의거하여 법인으로 보는 단체로 승인받았기에 거주자와 법인으로 보는 단체를 엄격히 구분하여 적용받아야 한다.

  라) 또한, 법인으로 보는 단체로 승인받아 법인세법 제62조의2(비영리법인의 자산양도소득에 대한 과세특례)규정에 따라 경정청구 인용된바, 거주자로 보고 소득세법을 준용할 수 있도록 한 규정에 따라 조특법의 자경감면 규정을 적용받을 수 있다고 주장하는 것은 경정청구를 인용한 결정 및 청구인 주장과도 모순된다.

  마) 따라서, 조특법 제69조 제1항의 8년자경 감면규정은 소득세법상 거주자만 적용받을 수 있는 규정이고, 청구종중이 당초 2011.3월, 4월 양도소득세 2회 신고시에 조특법상 양도소득세 감면규정을 적용하여 신고한 후 불복으로, 2015.10.12. 법인세법 제62조의 2의 비영리법인의 자산양도소득에 대한 과세특례규정에 따라 법인세 경정되었으므로, 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 배제하여 법인세를 과세한 당초처분은 정당하다.

라. 판단

 수익사업을 영위하지 않는 비영리내국법인이 자산을 양도하고「법인세법」제62조의2 비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례규정에 따라 법인세를 신고하는 경우「조세특례제한법」제69조의 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정이 적용되지 않는다(법인세과-602, 2009.5.22., 법인세과-1290, 2009.11.17., 심사법인2015-0026, 2015.09.11. 같은 뜻).

 위 해석과 선 결정례에 따라 청구종중이 쟁점임야를 자경하였다고 보아 「조세특례제한법」 제69조의 자경농지 감면을 적용받을 수 있는지에 대하여 살펴본다.

 청구종중은 「국세기본법」 제13조 제2항에 의한 법인으로 보는 단체로 승인을 받은 비영리법인으로 수익사업이 없고, 「조세특례제한법」 제69조의 자경농지 감면규정은 개인 거주자인 전업농에게 적용되는 감면규정에 해당하는 상황에서, 쟁점임야가 청구종중의 고유목적사업에 3년이상 사용한 것으로 보아 「법인세법」 제3조 제3항 제5호 및 같은법 시행령 제2조 제2항에 따라 쟁점임야 양도소득을 일부 과세표준에서 제외하여 「법인세법」 제62조의2 비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례규정에 따라 2010사업연도 법인세를 경정하는 경우, 「조세특례제한법」 제69조의 자경농지 감면규정은 청구종중에게 적용할 수 없다고 보인다.

 따라서, 처분청이 청구종중의 쟁점임야에 대하여 「조세특례제한법」 제69조의 자경농지 감면규정을 배제한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

5. 결론

 이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.