주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 20××. ×. ××. 원고에 대하여 한 20××년도 ×기 부가가치세 가산세 ○○○원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 실내건축공사업 등을 목적으로 하는 회사로서 20××. ×. ×. (주)AAAA과 총 공급가액 ○○○원, 공사완료일을 20××. ××. ××.로 하는 골프장 조경공사 등 도급계약을 체결하여 공사를 진행하던 중, 20××. ××. ×. 위 도급계약을 총 공급가액 ○○○원, 공사완료일 20××. ×. ×.로 변경하는 변경계약을 체결하였으나, 20××. ×. ×.까지 총 공급가액 ○○○원의 세금계산서를 발급하여 공급가액 ○○○원(= ○○○원 - ○○○원, 이하 ‘쟁점금액1’이라 한다) 상당의 세금계산서가 초과발급된 사실을 발견하고, 20××. ×. ×. 공급가액 -○○○원의 수정세금계산서를 발급하였다.

나. 원고는 20××. ×. ×. BBBB(주)와 공급가액 5,641,000,000원, 준공예정일20××. ×. ×.로 하는 ○○개보수공사 도급계약을 체결하고, 20××. ×. ×.까지 총 공급가액 ○○○원의 세금계산서를 발급하면서 공사를 진행하던 중 20××. ×. ×. 위 도급계약의 공급가액을 ○○○원으로 변경하는 변경계약을 체결하였으며, 20××. ×. ×. 다시 위 도급계약의 공급가액을 ○○○원, 준공예정일을 20××. ×. ×.로 변경하는 변경계약을 체결하여, 20××. ×. ×. 초과발급된 ○○○원(= ○○○원 - ○○○원, 이하 ‘쟁점금액2’이라 한다))에 관하여 공급가액 - ○○○원의 수정세금계산서(이하 위 가.항의 수정세금계산서와 통칭하여 ‘이 사건 각 수정세금계산서’라 한다)를 발급하였다.

다. 피고는 원고에 대한 부가가치세 환급 현장확인을 실시하여 원고가 20××. ×. ×.(주)AAAA에게 발급한 쟁점금액1 상당의 부(-)의 금액은 20××년 제×기분으로 경정청구하여야 함에도 20××년 제×기에 확정신고하여 환급신청을 하였다는 이유로, 20××년 제×기에 환급을 배제하고 초과환급신고가산세 ○○○원과 부(-)의 세금계산서발행에 대하여 세금계산서불성실가산세 ○○○원을 부과하고, 20××. ×. ×. BBBB(주)에게 발급한 쟁점금액2 상당의 부(-)의 수정세금계산서에 대하여 세금계산서불성실가산세 ○○○원을 부과(이하 포괄하여 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

라. 원고는 이에 불복하여 20××. ×. ×. 조세심판원에 심판을 청구하였고, 조세심판원은 20××. ×. ×. 원고의 청구를 기각하였다.

2. 원고의 주장

가. 쟁점금액1에 대하여 20××년 제×기분으로 경정청구를 하였다면 환급가산금이 추가되어 원고가 받을 수 있는 환급금이 이 사건과 같이 수정세금계산서를 발행․신고한 경우보다 많아지므로 이를 초과환급신고로 볼 수 없고, 따라서 초과환급신고가산세 부과처분은 위법하다.

나. 이 사건 각 수정세금계산서는 도급공사금액을 초과하여 발급된 세금계산서를 공사금액에 맞게 수정한 것으로, 원고는 적법하게 각 수정세금계산서를 발급하여 세법상의 의무위반 상태를 해소한 것이므로, 세금계산서불성실가산세 부과처분은 위법하다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 판단

가. 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 2006. 10. 26. 선고 2005두3714 판결 등 참조).

나. 이 사건 처분의 적법 여부

1) 초과환급신고가산세 부과처분의 적법 여부

원고는 과세기간과 관계없이 실제 환급받게 되는 금액을 기준으로 초과환급신고여부를 판단하여야 한다고 주장하나, ① 구 국세기본법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제47조의3은 “납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 한 경우로서 과세표준 또는 납부세액을 신고하여야 할 금액보다 적게 신고하거나 환급세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고한 경우”를 가산세 부과 대상으로 규정하고 있고, 부가가치세와 같은 기간과세 세목의 경우 일정한 과세기간별로 납세의무가 성립하여 법정신고기한까지 해당 과세기간에 대한 과세표준을 신고하여야 하는바, 따라서 위 규정에서 ‘신고하여야 할 금액’이라 함은 일정한 과세기간을 전제로 하여 해당 과세기간에 과세표준, 납부세액 또는 환급세액으로 신고하여야 할 금액을 의미한다고 봄이 타당한 점, ② 아래 다.항에서 보는 바와 같이 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제16조 및 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제59조에서는 수정세금계산서의 발급사유 및 발급절차를 상세히 규정하고 있는바, 원고의 주장과 같이 결과적으로 이 사건에서 원고가 환급신청한 금액이 환급 가산금 등을 고려하여 원고가 실제 받을 수 있는 환급금보다 적다고 하더라도, 그러한 이유로 납세자가 임의로 시기를 선택하여 수정세금계산서를 발급함으로써 환급신청을 할 수 있다고 본다면 위와 같은 수정세금계산서 발급 관련 규정의 취지가 몰각되고, 과세행정에도 상당한 혼란이 발생할 수 있는 점, ③ 원고가 20××년 제×기분으로 경정청구를 할 경우 가산금을 포함하면 원고에게 실제 환급되는 금액이 더 많아진다고 하더라도, 가산금과는 별개의 제도로서 각 과세기간별 환급세액을 기준으로 하는 초과환급신고가산세의 부과 여부에 영향을 미친다고 볼 수 없는 점, ④ 원고가 쟁점금액1에대하여 20××년 ×기분으로 환급신고를 한 것은 법령의 부지 또는 오인에 의한 것으로서, 원고의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는 점 등을 고려하면, 쟁점금액1에 대한 피고의 초과환급신고가산세 부과처분은 적법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 세금계산서불성실가산세 부과처분의 적법 여부

가) 구 부가가치세법 제16조는 제1항 전단에서 세금계산서의 발급의무자, 발급시기, 발급방법 및 필요적 기재사항 등을 규정하고, 같은 항 후단에서는 ‘이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다’고 하여 수정세금계산서의 발급을 함께 규정하고 있고, 위 조항의 위임에 따라 같은 법 시행령 제59조에서 수정세금계산서의 발급사유 및 발급절차를 규정하고 있으며, 이 사건 처분의 근거가 된 구 부가가치세법 제22조 제2항 제2호에서는 ‘제16조에 따라 발급한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 적혀 있지 아니하거나 사실과 다른 경우’를 가산세 부과대상으로 규정하고 있다.

이와 관련하여 원고는, 위 법 제22조 제2항의 규정은 위 제16조 제1항 전단에서 규정하고 있는 세금계산서의 발급에 대해서만 적용될 뿐, 같은 항 후단의 수정세금계산서에 대해서는 가산세 부과의 근거 규정이 될 수 없다고 주장하나, 후단에 따라 발급된 수정세금계산서 역시 ‘제16조에 따라 발급한 세금계산서’에 해당하고, 위 제22조 제2항 제2호에서 전단과 후단을 구분하지 않은 채 ‘제16조에 따라 발급한 세금계산서’라고 규정하고 있는 이상 제16조 제1항 후단에 따라 발급된 수정세금계산서 역시 이에 포함된다고 봄이 상당하므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

나) 다음으로 이 사건 각 수정세금계산서가 위 법 제22조 제2항 제2호에서 규정하고 있는 ‘필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 적혀 있지 아니하거나 사실과 다른 세금계산서’에 해당하는지에 관하여 본다.

구 부가가치세법 시행령 제59조에 규정되어 있는 수정세금계산서의 발급사유 및 발급절차는 다음과 같다.

제59조(수정세금계산서발급사유 및 발급절차)

① 법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

(중략)

2. 계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우 : 계약이 해제된 때에 그 작성일은 계약해제일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여 적은 후 붉은색 글씨로 쓰거나 부의 표시를 하여 발급한다.

3. 계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 경우 : 증감사유가 발생한 날을 작성일자로 적고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 부의 표시를 하여 발급한다.

(중략)

5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우: 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 부의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급한다.(중략)

6. 필요적 기재사항 등이 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우: 재화 및 용역의 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 세금계산서를 작성하되, 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 부의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급한다.

이 사건에서 원고는 (주)AAAA 및 BBBB(주)와 각각 도급계약을 체결하고 공사를 진행하면서, 용역의 공급이나 대가의 지급과 무관하게 세금계산서를 발급하였다가, 이후 체결한 변경계약에 따라 변경된 공급가액에 맞추어 이 사건 각 수정세금계산서를 발급하였는바, 이는 ① 최초 도급계약의 일부가 해제된 경우 또는 계약변경으로 인해 공급가액에 차감되는 금액이 발생한 경우로서 위 시행령 제59조 제2호 또는 제3호에 따라 계약해제일 또는 차감 사유가 발생한 날(변경계약체결일)을 작성일자로 기재하여 발급하거나, ② 기발급한 세금계산서의 필요적 기재사항(공급가액 등)이 착오 또는 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우로서 위 시행령 제59조 제5호 또는 제6호에 따라 기존에 발급한 세금계산서의 내용대로 붉은색 글씨로 쓰거나 부의 표시를 하여 수정세금계산서를 발급하여야 함에도, 원고는 작성일자를 각 변경계약의 준공예정일인 20××. ×. ×.로 하여 이 사건 각 수정세금계산서를 발급하였으므로, 이는 위 시행령 제59조에서 정한 발급절차에 따르지 않고 발행된 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서, 이 사건 각 수정세금계산서 발행에 대하여 세금계산서불성실가산세를 부과한 피고의 처분은 적법하고, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

5. 결론

원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.