주 문

심판청구를 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 처분청은 청구법인이 종합부동산세 과세기준일(2014.6.1.) 현재 보유하고 있는 별도합산과세대상 토지 7필지 5,666.06㎡에 대하여 OOO 청구법인에게 2014년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 결정․고지하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 OOO 이의신청을 거쳐 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

  처분청은 종합부동산세 산출시 공제할 재산세액을 과세대상토지의 공시가격에서 공제액을 차감한 후 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하고 이에 재산세 공정시장가액비율을 재차 곱한 가액에 재산세율을 적용하여 산출하였으나 「종합부동산세법 시행령」 제5조의3 제1항 및 제2항에서 종합부동산세 산출시 공제할 재산세액을 위와 같이 공정시장가액비율을 두 번 적용하여 계산하도록 규정하고 있지 않고, 처분청의 계산방식을 따르면 종합부동산세 산출시 공제되어야 할 재산세액 중 공정시장가액비율 상당액에 한정하여 공제하는 결과가 되어 이중과세가 이루어지게 되며, 이는 2003.9.3. 구 재정경제부가 종합부동산세를 과세할 때 지방자치단체에서 과세한 세액은 전액 공제되므로 이중으로 과세하는 것이 아니어서 위헌소지가 없다고 공적인 견해를 표명한 것과 배치되고, 헌법재판소가 종합부동산세액을 산정함에 있어 재산세로 부과된 세액을 전액 공제하지 아니하는 것은 이중과세를 야기하는 것으로서 허용될 수 없다는 취지의 결정(헌법재판소 2006.3.30. 선고 2003헌가11 결정, 참조)을 한 바 있으며, 대법원이 종합부동산세 산출시 공제할 재산세액을 과세대상토지의 공시가격에서 과세기준금액을 차감한 후 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율 중 적은 비율을 곱한 가액에 재산세율을 적용하여 산출하여야 한다고 판결(대법원 2015.6.23 선고 2012두2986 판결, 같은 뜻임)한 점 등에 비추어 처분청의 이 건 종합부동산세 부과처분은 위법․부당하다.

나. 처분청 의견

  종합부동산세 과세표준을 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용하여 산정하므로 종합부동산세 산출시 공제할 재산세 상당액도 재산세 공정시장가액비율을 적용하여 산정한 재산세 상당액에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정함이 타당하므로 처분청이 청구법인에게 종합부동산세를 부과한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 것이 위법‧부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 종합부동산세법 제13조[과세표준] ② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

제14조[세율 및 세액] ⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(「지방세법」 제111조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

 (2) 종합부동산세법 시행령 제2조의4[공정시장가액비율] ① 법 제8조 제1항 본문 및 제13조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 80을 말한다.

② 법 제13조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 80을 말한다. 다만, 2009년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 70으로 하고, 2010년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 75로 한다.

제5조의3[토지분 종합부동산세의 재산세 공제] ② 법 제14조 제7항에 따라 토지분 별도합산세액에서 공제되는 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

 (3) 지방세법 제110조[과세표준] ① 토지ㆍ건축물ㆍ주택에 대한 재산세의 과세표준은 제4조 제1항 및 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

1. 토지 및 건축물 : 시가표준액의 100분의 50부터 100분의 90까지

(4) 지방세법 시행령 제109조[공정시장가액비율] 법 제110조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 다음 각 호의 비율을 말한다.

1. 토지 및 건축물 : 시가표준액의 100분의 70

다. 사실관계 및 판단

 (1) 처분청이 청구법인의 2014년 귀속 종합부동산세를 산출한 내역은 아래 <표>와 같다.

<표> 처분청의 종합부동산세 산출내역

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「종합부동산세법」에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로, 「지방세법」에서 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있으므로

   종합부동산세의 재산세 공제에 대한 「종합부동산세법 시행령」 제5조의3 제2항의 각 산식 중 분자에 해당하는 “별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”이라 함은 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액으로 해석함이 타당하다고 보이고,

   이는 종합부동산세가 부과되는 부분에 대한 재산세 상당액을 공제하여 이중과세 문제가 발생하지 아니하도록 하면서 그러하기 위하여 공제할 재산세 상당액이 과다하게 계산되지 않도록 한 규정으로 보이는 점 등에 비추어

   처분청이 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 청구법인에게 이 건 종합부동산세 및 농어촌특별세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다(조심 2015서2385, 2015.7.16., 외 다수 같은 뜻임).

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.