[주 문]

OOO세무서장이 2015.3.17. 청구법인에게 한 법인세 합계 OOO의 각 부과처분은 OOO원을 2010사업연도 익금불산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO가 100% 출자하여 1997.1.1. 설립된 지방공사로 OOO에서 토지개발건설업 등을 영위하고 있고, 2000.11.10. OOO을 건설한 OOO 주식회사와 유료도로관리권을 OOO원에 양도․양수하기로 계약체결하였으며, 2001.2.28. OOO와 2000.12.1.～2010.12.31. 기간 동안 통행료를 징수할 수 있도록 OOO터널 유료도로 관리운영에 관한 협약서를 체결하였다가, 2005.9.9. 요금인하(기존 OOO원에서 OOO원으로 변경)로 인해 통행료 징수기간을 2000.12.1.부터 2014.7.31.까지로 변경하는 협약서를 체결하였다.

나. 이후 OOO가 2010.10.6. OOO터널 통행료 무료화 추진으로 인해 기존 통행료 징수기간을 2014.7.31.에서 2010.12.31.로 단축하였고, 2011.1.1.부터 OOO터널 통행료를 무료화하였다.

다. 청구법인은 OOO터널 무료화로 인해 유료도로 관리권(무형자산)의 미상각잔액 OOO원(회계상 무형자산 손실처리) 중 OOO원을 아래 <표1>과 같이 손금불산입한 후 2011～2012사업연도에 손금추인하는 것으로 세무조정신고하였고, 유료도로관리권 해지일(2010.12.31.) 이후 발생한 OOO터널 관련 비용에 대해 청구법인이 부담하고 2011사업연도 법인세 신고시 손금으로 계상하였다.

라. OOO국세청장은 청구법인에 대해 세무조사한 결과, 청구법인이 OOO와 체결한 OOO터널 통행료 징수기간은 2014.7.31까지로 되어 있었으나, 무료화 조치로 인해 징수기간이 2010.12.31.로 단축되어 투자비를 회수하지 못하게 되었으므로 미회수된 투자비 OOO원(이하 “쟁점①금액”이라 한다, 회계법인 수지결산서상 자금기준 투자비 미회수액)에 대해 OOO로부터 회수받아야 함에도 회수받지 않은 것은 특수관계인 간 부당거래로 판단되어 이를 익금산입하고, OOO터널 통행료 징수권이 2011.1.1 청구법인에서 OOO로 이관되면서 이후 발생된 비용(이하 “유료도로관리비”라 한다) OOO원(이하 “쟁점②금액”이라 한다)에 대해 청구법인이 통행료 수입으로 충당 후 사후 정산하기로 약정하였으나, 이를 회수받지 않은 것은 특수관계인 간 부당거래로 판단되어 이를 익금산입하며, 청구법인의 용지 분양공급과 관련하여, 잔금완납일 기준으로 한 진행률로 수익을 인식하여 신고한데 대하여, 잔금완납일 전에 사용승낙받은 일부 분양토지에 대해 사용승낙일을 공급시기로 보아 동 기준에 의해 진행률로 수익을 인식하여 아래 <표2>와 같이 소득금액을 재계산한 자료 등을 처분청에 자료통보하였고, 처분청은 이에 따라 아래 <표3>과 같이 소득금액을 조정하여 2015.3.17. 청구법인에게 법인세 합계 OOO을 각 경정․고지하였다.

OOO 원의 자금이 부족할 것으로 예상하고 지원책을 검토하였으나, 투자금을 초과 회수한 사실을 알고 초과 회수한 OOO원을 반납하도록 지시하여 청구법인은 2011.12.26. OOO에 지급하였다.

 (3) 쟁점①금액에 대하여

  (가) 처분청은 투자비 미회수액인 쟁점①금액과 무료화 이후 청구법인이 지출한 쟁점②금액을 청구법인이 OOO에 보전을 받지 않았다 하여 부당행위계산부인하여 법인세를 과세하였다.

  (나) 쟁점협약서 제5조에서 투자비 등과 통행료징수 총액이 일치하는 시점을 판단할 때, 그 기준이 자금기준인지 아니면 회계기준인지에 대해 명기하지 아니한 것은 비록 이를 기재하지 않더라도 그 의미가 명확하기 때문이다. 감사인도 감사보고서에서 두 기준에 의한 투자비 회수 정도를 표기하면서 “정산시점에서 자금화되지 않은 자산과 지출되지 않은 부채가 있을 경우 투자비 미회수액을 판단할 때는 회계기준으로 판단하여야 할 것”이라고 의견을 밝히고 있으며, 「법인세법」도 수익과 비용을 인식할 때 회계기준을 원칙으로 하면서 권리의무확정주의를 가미하고 있지만 자금기준으로는 전혀 인식하고 있지 않는다.

  (다) 처분청은 투자금 회수 여부를 판단할 때 아래 <표4>와 같이 자금기준을 적용하는 것이 맞다고 주장하는 것은 납세자가 법인세 과세표준을 계산할 때 고정자산을 취득하면서 지급한 대금 전부를 바로 손금에 산입해야 한다는 것과 동일한 논리인데 이를 인정할 수 없다. 통행료 징수권을 부여 또는 회수할 수 있는 권한을 가지고 있는 경상남도가 협약서의 규정에 따라 아래 <표5>․<표6>과 같이 회계기준에 의해 투자비가 회수되었다는 공인회계사의 감사보고를 반영하여 OOO터널 통행료 무료화를 실시한 것은 법적으로나 절차적으로나 정당한 조치임에도 처분청이 자금기준을 적용하여 쟁점①금액을 미회수하였다 하여 과세한 이 건 처분은 부당하다.

 (4) 쟁점②금액에 대하여

  (가) 처분청은 2011.1.1.부터 OOO터널 통행료 무료화가 시행되면서 OOO터널의 관리권도 OOO로 이관되었기 때문에 그 이후에 지출된 쟁점②금액은 청구법인의 손금으로 인정할 수 없다고 과세하였다.

  (나) 그러나, 무료화가 시행되면서 기존 발급한 통행료정기권의 미사용분에 대한 반환업무는 청구법인의 업무에 해당하므로 이에 소요된 비용, 청구법인이 11년 동안 사용하던 통행료 징수부스와 주변 도로를 원상복구 차원에서 철거하고 포장한 공사비용은 청구법인의 손금에 해당하는 비용이다. 설령, 처분청의 의견대로 쟁점②금액이 청구법인을 위한 것이 아니라 OOO를 위해 지출하였다고 하는 금액과 청구법인이 OOO에 지급한 금액은 법정기부금에 해당되어 전액 손금으로 인정되어야 하는 것이다.

 (5) 청구법인은 분양토지의 진행률에 대해 총공사예정비에서 실제 투입된 공사원가의 비율만큼 완성된 것으로 보아 분양토지의 수입금액을 인식해 왔다. 전체 분양토지가 완성되지 아니한 상태에서 일부 분양토지에 대해 사용승낙을 한 것은 분양받은 업체의 건축일정과 공기단축을 배려한 조치인바, 이 경우 완성되지 않은 토지를 사용승낙하였다고 하여 100% 완성된 토지로 간주하여 진행률을 계산한 것은 비합리적이다.

나. 처분청 의견

 (1) 쟁점①금액에 대하여

  (가) 청구법인은 2010사업연도에 유료도로관리권에 대한 무형자산감액손실 OOO원을 계상하고 그 중 OOO원을 손금불산입한 사실을 토대로 이연법인세자산을 계산한 것으로 보이나, 세무조사시 유료도로관리권에 대한 무형자산감액손실은 2010사업연도에 전액 손금으로 계상될 비용이므로 감사보고서상에 계산된 이연법인세자산은 그 계산의 근거가 변경되어 사라졌다고 봄이 상당하다.

  (나) 설령 이연법인세자산이 발생한다 하더라도, 이연법인세자산으로 인한 차후의 법인세 경감효과를 투자금의 회수로 계산하는 것은 채무자가 채권자에게 채무를 변제하지 않아도 채권자가 대손처리를 통해 법인세 경감효과가 생기니 변제를 하지 않아도 된다는 논리로 일반적인 상거래 관행상 성립될 수 없는 대금지급 방식이라 판단된다.

  (다) 특수관계 없는 일반적인 거래관계라면 채권자는 채무자에게 미회수 받은 투자금에 대해 전액 현금으로 받으려고 하지, 미래에 이익이 나지 않으면 세부담 경감효과가 발생되지 않는 이연법인세자산을 본인의 투자금에서 상계 처리하는 경우는 특수관계자 외에는 있을 수 없는 거래로 판단된다.

  (라) 청구법인은 OOO와 체결한 협약서에 근거하여 투자비 등 총액과 통행료징수 총액이 일치하는 시점에 무료화를 실시한 것이므로 정당하다고 주장하나, OOO터널은 OOO 주식회사가 건설하여 1994년부터 2014년까지 20년간 사용수익 후 기부채납하는 조건으로 통행료를 징수하여 왔으며, 2000.11.10 청구법인은 OOO주식회사로부터 관리운영권을 OOO원에 양수하면서 OOO 주식회사의 모든 권한과 의무 일체를 양수하기로 하였음에도, OOO와 『OOO터널유료도로 관리운영에 관한 협약서』를 체결하면서 통행료 징수기간을 2010.12.31까지 단축하였고, “투자비 및 운영비 총액과 통행료징수 총액이 일치하는 시점에 통행료 징수기간을 단축 또는 연장할 수 있다”라는 단서규정을 두었는바, 이는 일반 상거래관행상 통상적으로는 이루어질 수 없는 지배주주와의 일방적인 거래라고 판단된다. 또한, 「지방공기업법」제3조(경영의 기본원칙) 제1항에 의하면 지방공기업은 항상 기업의 경제성과 공공복리를 함께 증대하여 운영하도록 되어 있고, 제2항에 의하면 지방자치단체는 지방공기업의 민간경제를 위축시키거나, 공정하고 자유로운 경제질서를 해치지 않도록 노력하여야 한다고 되어 있음에도 불구하고, 청구법인과 OOO가 협약한 협약서의 단서 내용은 청구법인의 이익은 배제한 채 터널 관리업무만 위임하도록 되어 있어, 이는 「지방공기업법」의 경영의 기본원칙인 기업의 경제성 증대 규정을 위반한 불공정한 협약서이며, 2005.9.9 통행료 인하로 인하여 유로도로관리협약서를 변경하면서 청구법인은 투자비, 통행료 수입, 운영비 등 수지계산을 한 후 2014.12.31.까지 통행료 징수기간을 요청하였으나, OOO가 통행료 징수기간을 2014.7.31.로 단축하여 통보한 것으로 볼 때, 협약서 변경시점에 청구법인은 통행료 징수기간을 2014.12.31.까지 하는 것이 청구법인의 입장에서 정당한 것으로 판단하였다고 보이므로, OOO와의 협약서에 근거하여 정당하게 무료화하였다는 청구주장은 받아들일 수 없다.

 (2) 쟁점②금액에 대하여

  (가) 2010.10.6.자 OOO의 ‘OOO터널 통행료 무료화 추진’ 공문 5쪽을 보면 OOO터널 무료화에 대한 제반비용은 OOO가 부담한다고 명시되어 있고, 징수한 통행료로 무료화 비용 충당 후 사후 정산하기로 약정하였다. 2011.1.1. 부터 유료도로 관리권이 청구법인에서 OOO로 이전 되었음에도 터널 관련 철거․유지․보수 관련 비용이 발생되었고, 이를 청구법인이 전액 부담하였는바, 위 약정 내용에 따라 OOO는 사후정산을 통해 청구법인에 대금을 지급하여야 함에도 이를 지급하지 않은 것은 특수관계자인 부당한 거래에 해당된다.

  (나) 위 유료도로관리비를 OOO를 위해 지출하였으므로 법정기부금에 해당된다는 청구법인의 주장에 대해서, 기부금은 특수 관계없는 자에게 사업이나 대가 관련 없이 무상으로 기증하는 금품의 가액을 기부금으로 보는 것으로, 청구법인과 OOO는 특수 관계자이고, 업무와 관련 있으며, 위 유료도로관리비에 대한 대가를 미회수한 것으로 기부금에 해당되지 않으므로 부당행위 거래로 보아 익금산입 처분함이 타당한 것으로 판단된다.

 (3) 청구법인이 제공하는 분양대상 택지 및 산업단지 등은 건설업자 등이 주택 등을 건설할 것을 전제로 하여 매도한 것이고, 건설업자 등은 지방자치단체로부터 건축승인을 받은 후 곧바로 청구법인으로부터 분양받은 토지 위에 주택 등을 건설할 수 있는 것으로, 토지 사용승낙일에는 분양용지에 대한 자신의 인도가 있었던 것으로 볼 수 있으므로 이는 「법인세법 시행령」제68조 제1항 제3호에 의해 이전등기일, 인도일, 사용수익일 중 빠른 날인 사용승낙일이 속하는 사업연도에 수입금액을 인식한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 특수관계인으로부터 쟁점①금액을 미회수하였다고 보아 부당행위계산부인하여 법인세를 과세한 처분의 당부

 ② 청구법인이 특수관계인이 부담하여야 할 비용인 쟁점②금액을 대신 부담한 것으로 보아 부당행위계산부인하여 법인세를 과세한 처분의 당부

 ③ 청구법인이 용지 분양공급과 관련하여 잔금완납일 기준으로 한 진행률로 수익을 인식하여 신고한데 대하여, 처분청은 잔금완납일 전에 사용승낙받은 일부 분양토지에 대해 사용승낙일을 공급시기로 보아 동 기준에 의해 진행률로 수익을 인식하여 법인세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

 (1) 법인세법

 제24조(기부금의 손금불산입) ① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 중 사회복지ㆍ문화ㆍ예술ㆍ교육ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 기부금(이하 "지정기부금"이라 한다) 중 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액에 100분의 10을 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 "손금산입한도액"이라 한다)을 초과하는 금액과 지정기부금 외의 기부금은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 해당 사업연도의 소득금액(제44조, 제46조 및 제46조의5에 따른 양도손익은 제외하고 제2항에 따른 기부금과 지정기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)

2. 제2항에 따라 손금에 산입되는 기부금과 제13조 제1호에 따른 결손금의 합계액

② 제1항과 제29조는 다음 각 호의 기부금(이하 "법정기부금"이라 한다)에 대하여는 적용하지 아니한다. 다만, 법정기부금을 합한 금액이 해당 사업연도의 소득금액에서 제13조 제1호의 결손금을 뺀 후의 금액에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 "법정기부금의 손금산입한도액"이라 한다)을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 국가나 지방자치단체에 무상으로 기증하는 금품의 가액. 다만, 「기부금품의 모집 및 사용에 관한 법률」의 적용을 받는 기부금품은 같은 법 제5조 제2항에 따라 접수하는 것만 해당한다.

2. 국방헌금과 국군장병 위문금품의 가액

3. 천재지변으로 생기는 이재민을 위한 구호금품의 가액

4. 다음 각 목의 기관(병원은 제외한다)에 시설비ㆍ교육비ㆍ장학금 또는 연구비로 지출하는 기부금

가.～자.(생략)

5. 다음 각 목의 병원에 시설비ㆍ교육비 또는 연구비로 지출하는 기부금

가.～파.(생략)

6. 사회복지사업, 그 밖의 사회복지활동의 지원에 필요한 재원을 모집ㆍ배분하는 것을 주된 목적으로 하는 비영리법인으로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 법인에 지출하는 기부금

7. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기관으로서 해당 법인의 설립목적, 수입금액 등이 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 기관에 지출하는 기부금

가.「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조에 따른 공공기관(같은 법 제5조 제3항 제1호에 따른 공기업은 제외한다)

나. 법률에 따라 직접 설립된 기관

③ 제2항 제6호 또는 제7호에 해당하는 법인ㆍ기관은 대통령령으로 정하는 바에 따라 기획재정부령으로 정한다.

④ 제1항과 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 지정기부금의 손금산입한도액 초과금액 및 법정기부금의 손금산입한도액 초과금액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 사업연도에 이월하여 그 초과금액을 손금에 산입한다.

 제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

 (2) 법인세법 시행령

 제35조(기부금의 범위) 법 제24조 제1항의 규정에 의한 기부금은 제36조의 규정에 의한 지정기부금과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 법인이 제87조에 따른 특수관계인 외의 자에게 당해 법인의 사업과 직접 관계없이 무상으로 지출하는 재산적 증여의 가액

2. 법인이 제87조에 따른 특수관계인 외의 자에게 정당한 사유없이 자산을 정상가액보다 낮은 가액으로 양도하거나 정상가액보다 높은 가액으로 매입함으로써 그 차액 중 실질적으로 증여한 것으로 인정되는 금액. 이 경우 정상가액은 시가에 시가의 100분의 30을 가산하거나 100분의 30을 차감한 범위안의 가액으로 한다.

 제68조(자산의 판매손익 등의 귀속사업연도) ① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

3. 상품 등외의 자산의 양도：그 대금을 청산한 날[「한국은행법」에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서 "외화대금"이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)·인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다.

 제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 제20조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외한다.

9. 그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우

다. 사실관계 및 판단

 (1) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

  (가) 처분청 심리자료에 나타나고 있는 청구법인의 사업자 기본사항은 아래 <표7>과 같고, 청구법인 발행주식 총수의 100%를 OOO가 보유하고 있다.

OOO

  (나) OOO와 OOO이 2000.11.10. 체결한 OOO터널 유료도로 관리운영권 양도․양수계약서의 주요 내용은 다음과 같다.

OOO

  (다) 청구법인과 OOO가 2001.2.28. 체결한 OOO터널 유료도로 관리운영에 관한 협약서의 주요 내용은 다음과 같다.

OOO

  (라) 2005.9.9. 변경된 협약내용은 다음과 같다.

OOO

  (마) OOO의 OOO터널 통행료 무료화 추진 공문(2010.10.6.)의 주요 내용은 다음과 같다.

OOO

  (바) OOO회계법인이 작성한 OOO터널 유료도로관리팀 수지결산서(2010.1.1.～2010.12.31.)에 대한 감사보고서 주석의 주요 내용은 다음과 같다.

OOO

  (사) OOO는 OOO터널 통행료 무료화 조치에 따라 청구법인의 자금흐름에 일시 약 OOO 원의 자금이 부족할 것으로 예상하고 지원책을 검토하였으나, 회계기준으로 투자금을 초과 회수한 사실을 알고 초과 회수한 OOO원을 반납하도록 지시하여 청구법인은 아래<표8>과 같이 동 금액을 2011.12.26. OOO에 지급하였다.

OOO

  (아) 처분청의 조사종결보고서 주요 내용은 다음과 같다.

OOO

  (자) 청구인의 대리인이 2016.7.14. 조세심판관회의에 출석하여 제시한 유료도로관리권 미상각잔액(OOO원)에 대한 법인세 변동액은 아래 <표9>와 같이 나타난다.

OOO

  (차) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 보면,

   1) 부당행위계산부인이란 납세자가 정상적인 경제인의 합리적인 거래형식에 의하지 아니함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 경감 내지 배제시키는 행위계산을 조세법적으로 부인하여 과세상 시정하는 것으로, 그 취지는 법인과 특수관계에 있는 자와의 거래가 「법인세법」제52조 및 같은 법 시행령 제87조 소정의 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되어 조세법적 측면에서 부당한 것이라고 보일 때 과세권자가 객관적으로 타당하다고 인정되는 소득이 있었던 것으로 의제하여 과세함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하고자 하는 것이라 하겠다.

   2) 또한, 어떤 행위가 「법인세법」상의 부당행위계산에 해당되는냐의 여부는 거래행의의 제반사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 것인지 여부에 의하여 판단하여야 하고, 경제적 합리성을 판단하는 기준으로 사회통념, 상관행 외에 비특수관계인 간의 거래가격, 거래당시의 특수사정 등도 고려하여야 하겠다.

   3) 이 건의 경우 청구법인과 OOO가 2001.2.28. 체결한 OOO터널 유료도로 관리운영에 관한 협약서 제5조에는 유료도로의 무상사용기간은 제4조의 규정에 의한 무상사용기간에 불구하고 청구법인이 OOO 주식회사로부터 유료도로관리권을 인수하여 관리운영을 개시하는 2000.12.1. 0시부터 시작하여 2010.12.31.까지로 하되,「유료도로법」제9조 제2항을 준수하여 투자비(유료도로관리권 실인수가액) 및 운영비 총액과 통행료징수 총액이 일치하는 시점(공인회계사의 정산감리결과)에서 단축 또는 연장할 수 있도록 협약하고 있는 점, 세법에 특별한 규정이 없는 경우를 제외하고는 당해 납세의무자가 적용하고 있는 기업회계기준 및 관행으로서 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 것은 이를 존중하는 것이 타당한 것으로 보이는 점, 기업회계상 이연자산으로 계상된 금액은 이후 사업연도에 별도의 세무조정이 없더라도 기업회계상의 상각방법에 따라 자동으로 상각 또는 환입 처리되는 점이 있고, 청구법인이 조세심판관회의에 출석하여 제시한 자료에서 나타난 것과 같이 유료도로관리권 미상각잔액(OOO원)을 2010사업연도에 전부 상각할 경우 이월결손금이 증가하여 이연법인세자산에 영향을 미칠 것으로 예상되는 점과 2011사업연도에 법인세 산출세액이 발생한 점으로 보아 조세회피를 위해 계상한 것으로 보기 어려운 점, 회계법인이 제시한 수지결산서상 회계기준으로 초과수입된 것으로 나타나고 OOO가 초과수입된 것으로 보아 이를 반납받은 것으로 나타나는 점 등에 비추어 이와 같은 사실이 경제적 합리성이 결여된 것으로 보기 어려우므로 이를 부당행위계산 부인하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

 (2) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴보면, 청구법인은 무료화가 시행되면서 기존 발급한 통행료정기권의 미사용분에 대한 반환업무는 청구법인의 업무에 해당하므로 이에 소요된 쟁점②금액은 청구법인의 손금에 해당하는 비용이고, 설령, OOO를 위해 지출하였다고 하더라도 이는 법정기부금에 해당되어 전액 손금으로 인정되어야 한다고 주장하나, OOO의 OOO터널 통행료 무료화 추진공문(2010.10.6.)에는 무료화 비용을 도비로 부담하도록 하고 있는 점, 징수한 통행료로 무료화 비용 충당 후 사후에 정산하도록 기재되어 있는 점 등으로 보아 쟁점②금액은 청구법인이 OOO로부터 정산받아야 할 금액으로 보이는 점, 쟁점②금액은 청구법인의 사업과 관련이 있다고 보여 기부금에 해당한다는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 보이므로, 쟁점②금액에 대해 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

 (3) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다.

  (가) 청구법인이 용지 분양공급과 관련하여 잔금완납일 기준으로 한 진행률로 수익을 인식하여 신고한데 대하여, 처분청은 잔금완납일 전에 사용승낙받은 일부 분양토지에 대해 사용승낙일을 공급시기로 보아 동 기준에 의해 진행률로 수익을 인식하여 아래 <표10>과 같이 소득금액을 재계산하여 이 건 법인세를 과세하였다.

OOO

  (나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 보면, 청구법인은 전체 분양토지가 완성되지 아니한 상태에서 일부 분양토지에 대해 사용승낙한 것은 분양받은 업체의 건축일정과 공기단축을 배려한 조치이므로 이를 완성된 토지로 간주하여 진행률을 재계산한 것은 비합리적이라는 의견이나, 청구법인이 제공하는 분양대상 택지 및 산업단지 등은 건설업자 등이 주택 등을 건설할 것을 전제로 하여 매도한 것이고, 건설업자 등은 지방자치단체로부터 건축승인을 받은 후 청구법인으로부터 분양받은 토지 위에 주택 등을 건설할 수 있어, 토지 사용승낙일에는 분양용지에 대한 자산의 인도가 있었던 것으로 볼 수 있으므로, 처분청이「법인세법 시행령」제68조 제1항 제3호에 따른 사용승낙일을 공급시기로 보아 동 기준에 의해 진행률로 수익을 인식하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.