1. 처분개요

가. 청구인은 OOO(이하 “사업장 토지”라 한다)에서 OOO 음식점으로 사업자등록한 후 OOO 주업종을 부동산임대업으로 변경하여 사업을 영위하는 자로 OOO 건설공사와 관련하여 OOO과 사업장 토지(547.8㎡) 중 일부(17.5㎡)에 대한 일시사용 계약을 체결하고, OOO 토지사용에 대한 보상금 OOO 및 OOO 합계 OOO(이하 “쟁점보상금”이라 한다)을 받았으나 부가가치세를 신고하지 않았다.

나. 처분청은 쟁점보상금을 부가가치세 과세대상으로 보아 청구인에게 OOO 2012년 제2기 부가가치세 OOO을 경정ㆍ고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) OOO 쟁점보상금이 부가가치세 과세대상이 아니라는 취지의 공문을 OOO에 보냈고, 이 공문을 신뢰한 OOO은 쟁점보상금 지급시 부가가치세를 포함시키지 않았으며, 청구인은 공문을 신뢰한 OOO의 견해를 존중하여 쟁점보상금이 부가가치세 과세대상이 아니라고 판단하였으므로, 이 건 처분은 신의성실의 원칙에 위반된다.

 (2) 「조세특례제한법」 제105조 제1항 제3호에서 국가 및 지방자치단체에게 직접 공급하는 도시철도건설용역에 대하여는 영세율이 적용된다고 하였고, 이때 ‘직접 공급’의 대상은 시공사뿐만 아니라 공익사업을 위해 토지를 제공하는 소유주까지 넓게 적용하여야 한다. 대법원은 ‘용역을 공급받는 자’에 해당하는지 여부를 형식적인 계약 체결 여부가 아니라 관련 법령 및 계약의 내용, 실질적인 권리의무의 귀속주체 및 비용의 부담주체가 누구인지를 고려해야 한다고 하였다(대법원 2016.5.12. 선고 2016두30187 판결). 따라서 지하철 공사를 위해 필수적인 용역을 제공하는 청구인도 「조세특례제한법」 제105조에 따른 영세율 적용대상에 해당된다.

 (3) 청구인은 2012년 12월에 쟁점보상금을 수령하였고 3년여 기간이 경과한 2015년 11월에 부가가치세 과세예고통지를 받았다. 지하철 공사의 시행사인 OOO이 OOO 공문을 신뢰하여 쟁점보상금이 영세율 적용대상이라고 확인을 해주었고, 청구인은 이를 따른 것이므로 부가가치세 납세의무를 이행하지 아니한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 것으로 보아 가산세를 감면하여야 한다.

 (4) 청구인은 쟁점보상금 OOO을 OOO에 일시금으로 수령하였지만, 이는 OOO까지의 사업장 토지 사용에 대한 대가이다. 「부가가치세법」 제9조 및 같은 법 시행령 제22조 제4호, 제49조의2 제4항에서 사업자가 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 부동산임대용역을 공급하고 그 대가를 선불로 받은 경우에는 해당 금액을 계약기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액을 부가가치세 과세표준으로 하도록 규정하고 있으므로 처분청이 쟁점보상금을 2012년 제2기 부가가치세 과세기간에 일시에 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

 (1) OOO은 쟁점보상금의 부가가치세 과세대상 여부를 판단할 지위에 있지 않고, OOO이 OOO으로부터 회신받은 내용을 첨부하여 청구인에게 안내 또는 설명한 것은 과세관청이 분명한 의견표명 없이 제시한 회신사례를 청구인이 자의적으로 판단한 것에 불과하므로 신의성실의 원칙을 적용할 수 없으며, 신고납부방식의 부가가치세 체계상 신고 등의 의무 이행의 일차적인 책임과 권한은 청구인에게 있다.

 (2) 「조세특례제한법」 제105조 제1항 제3호는 국가 및 지방자치단체에게 직접 공급하는 도시철도건설용역에 대하여 영세율을 적용하도록 한 규정이므로 시행사인 OOO으로부터 OOO 건설에 대하여 공사 수주를 받아 건설용역을 제공한 시공사에게 영세율을 적용한다는 의미이고, 건설용역의 해당 여부는 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의하는 것이므로 청구인이 OOO에게 사업장 토지의 임대용역을 제공한 것은 영세율 적용대상이 아니다.

 (3) 국세청 및 기획재정부는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따라 토지사용자로부터 지급받는 토지사용보상금을 부가가치세 과세대상으로 일관되게 해석하고 있다(부가 서면3팀-2179, 2007.8.1. 등 다수). 따라서, 청구인이 OOO 공문 및 OOO의 확인 내용을 신뢰하여 부가가치세 납세의무를 이행하지 않은 것에 정당한 사유가 있다는 주장은 타당하지 않다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 지하철 건설공사와 관련하여 토지 일시사용 계약을 체결하고 받은 쟁점보상금이 부가가치세 과세대상인지 및 영세율 적용대상인지 여부

 ② 가산세 부과처분의 당부

 ③ 쟁점보상금을 토지사용기간으로 안분하여 부가가치세를 과세하는 것이 타당하다는 주장의 당부

나. 관련 법령

 (1) 부가가치세법(2013.1.1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것)

 제1조[과세대상] ① 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 부과한다.

 1. 재화 또는 용역의 공급

 2. 재화의 수입

 ③ 제1항에서 "용역"이란 재화 외의 재산 가치가 있는 모든 역무(役務) 및 그 밖의 행위를 말한다.

 제7조[용역의 공급] ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화·시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.

 제9조[거래 시기] ② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

 ④ 제1항과 제2항에 따른 공급 시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 제13조[과세표준] ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액(價額)을 합한 금액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

 1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가

 (2) 부가가치세법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것)

 제22조[용역의 공급시기] 법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각 호에 따른다. 다만, 폐업 전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

 1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

 2. 완성도 기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

 3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

 4. 제49조의2 제1항·제2항 및 제4항의 규정에 의하여 계산하는 공급가액의 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일

 (이하 생략)

 제48조[과세표준의 계산] ① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금·요금·수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함한다.

 ⑫ 사업자가 제22조 제5호에 따라 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 용역을 제공하고 그 대가를 선불로 받는 경우에는 해당 금액을 계약기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액을 그 과세표준으로 한다. 이 경우 월수의 계산에 관하여는 해당 계약기간의 개시일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 1개월로 하고, 해당 계약기간의 종료일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 산입하지 아니한다.

 제49조의2[부동산임대용역에 대한 과세표준계산의 특례] ④ 사업자가 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 부동산임대용역을 공급하고 그 대가를 선불 또는 후불로 받는 경우에는 해당 금액을 계약기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액을 그 과세표준으로 한다. 이 경우 월수의 계산에 관하여는 제48조 제12항 후단을 준용한다.

 (3) 조세특례제한법

 제105조[부가가치세 영세율의 적용] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 영(零)의 세율을 적용한다. (후단 생략)

 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자에게 직접 공급하는 도시철도건설용역

  가. 국가 및 지방자치단체

  나. 「도시철도법」의 적용을 받는 도시철도공사(지방자치단체의 조례에 따라 도시철도를 건설할 수 있는 경우로 한정한다)

  다. 「한국철도시설공단법」에 따른 한국철도시설공단

  라. 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제7호에 따른 사업시행자

 (4) 국세기본법

 제48조[가산세 감면 등] ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인이 제출한 토지 일시사용 계약서(2건)에 따르면, 청구인은 OOO과 사업장 토지 일부에 대해 토지 일시사용 계약을 체결하였고, 토지의 사용은 도시철도 건설공사에 한하여 OOO까지 및 OOO까지로 하며 OOO이 이러한 토지사용에 대한 보상금으로 청구인에게 OOO을 일시불로 지급하는 것으로 되어 있다.

 (2) 청구인이 제출한 OOO의 공문에 따르면, OOO은 OOO에게 도시철도 건설용역의 부가가치세 영세율 적용 여부 등과 관련하여 기존 유사 해석사례OOO를 참조하도록 회신한 것으로 확인된다.

 (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여, 먼저, 쟁점① 및 쟁점②에 대하여 살피건대, 「부가가치세법」상 용역의 공급은 계약상ㆍ법률상 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 규정하고 있는바, 청구인은 OOO과 도시철도 건설공사에 필요한 사업장 토지에 대하여 일시사용 계약을 체결하여 사업장 토지에 대한 임대용역을 제공하고 그 대가로 쟁점보상금을 받은 것으로 보이는 점, 「부가가치세법 기본통칙」 13-48-1에 따르면, 용역 등을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 공급가액과 세액이 별도로 표시되어 있지 아니한 경우와 부가가치세가 포함되어 있는지 불분명한 경우에는 거래금액 또는 영수할 금액의 110분의 100에 해당하는 금액이 과세표준인 점, 국세청 및 기획재정부는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따라 토지사용자로부터 지급받는 토지사용보상금 등이 부가가치세 과세대상이라는 입장을 계속 유지하고 있는 점, 「조세특례제한법」 제105조 제1항 제3호는 국가 및 지방자치단체 등에게 직접 공급하는 도시철도건설용역에 대하여 영세율을 적용하도록 규정한 것이므로 청구인이 OOO에게 사업장 토지의 임대용역을 제공한 것은 영세율 적용대상으로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점보상금을 사업장 토지의 임대용역에 대한 대가로 보아 청구인에게 부가가치세(가산세 포함)를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

 (4) 다음으로, 쟁점③에 대하여 살피건대, 「부가가치세법」 제9조, 제13조 및 같은 법 시행령 제22조 제4호, 제49조의2 제4항에 따르면, 사업자가 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 부동산임대용역을 공급하고 그 대가를 선불로 받은 경우에는 해당 금액을 계약기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액을 부가가치세 과세표준으로 하도록 정하고 있으므로, 청구인이 쟁점보상금을 OOO에 일시금으로 수령하였지만, 이는 사업장 토지를 OOO까지 사용하는 것에 대한 대가이므로 쟁점보상금을 각 과세대상기간으로 나누어 부가가치세 과세표준을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.