1. 처분개요

가. OOO(주)(이하 “OOO”라 한다)의 주주인 청구인이 2007.3.15. 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)의 대표이사 김OOO 외 2인을 상대로 영업비밀 편취 및 배임혐의로 고소하였고, OOO(주)(이하 “청구외법인”이라 한다)가 OOO을 상대로 특허권침해금지민사소송을 제기하였으나, 청구인과 청구외법인이 2008.4.17. 고소 및 소송 사건을 취하하기로 OOO과 합의하면서 청구인을 포함한 OOO의 주주 8인의 보유 주식 84,000주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 OOO이 양수한다는 주식양도·양수계약서와 합의서를 작성하였고, 청구외법인이 2008년경 합의금 OOO원(이하 “쟁점합의금”이라 한다)을 OOO로부터 수령하였다.

나. OOO세무서장은 쟁점합의금과 관련하여 청구외법인에 대해 세무조사를 실시하여 쟁점합의금 중 전환사채로 회계처리한 OOO원을 소송에 대한 합의금으로 보았고, 차입금으로 회계처리한 OOO원을 고소사건에 대한 합의금으로 보았으며, 고소사건에 대한 합의금을 주식양도·양수계약서에 근거하여 쟁점주식의 지분율대로 안분하여 처분청에 청구인에 대한 비상장주식 양도소득세 과세자료(OOO원, 이하 “쟁점금액”이라 한다)를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 청구인이 OOO 주식 7,500주를 쟁점금액에 양도한 것으로 보아 2016.3.16. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2016.3.31. 이의신청을 거쳐 2016.6.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

 가. 청구인 주장

 (1) 2007년 2월경에 청구인은 OOO의 대표이사 김OOO과 OOO대학교수 이OOO, OOO 대표이사 남OOO등을「부정경쟁방지 및 영업비밀 보호에 관한 법률」위반 및 업무상 배임죄로 고소한 결과 2007.9.27. 서울동부지방검찰청장이 위 피고소인들을 기소중지하였는데 OOO은 코스닥 상장법인으로 기소중지 처분이 주요 경영사항으로 공시를 하여야 했기 때문에 피고소인들은 청구인 등과 합의에 이르게 된 것이고, OOO은 OOO 주주 7명과 주권을 양도․양수하는 형식을 취하였을 뿐이다.

 (2) OOO의 주주 8명 중 청구인을 제외한 나머지 7인은 유OOO과 유OOO의 특수관계자로 청구인은 합의 대표자의 위임을 거부할 수 없었던 상황이었고, 합의의 대표로 위임을 받은 유OOO은 OOO로부터 합의금을 지급받기 위한 방법으로 OOO의 자회사인 OOO의 주식을 양도․양수하는 주식양도․양수계약서를 체결하였다.

 (3) 청구인은 위임장에 합의금 수령에 대한 위임만을 해 주었을 뿐 합의방법, 합의금 처분에 대한 위임을 한 사실이 없는데 유OOO이 제출한 합의서는 청구인에게서 받은 위임장을 조작하고 위조한 인증서이다.

청구인은 유OOO에게 주식양도․양수계약서 제1항에서 청구인의 주식 7,500주를 처분할 권한을 위임해 준 사실이 없고, 증거도 없음에도 유OOO은 청구인이 주식처분 권한을 위임해 준 것으로 위임장을 조작하여 OOO과 공증한 것이다.

 따라서, OOO는 페이퍼 컴퍼니나 마찬가지인데 OOO의 입장에서 OOO원의 대가를 지불하고 OOO 주식을 매입할 명분이 없으므로 OOO에서 지급한 OOO원은 형사합의금이고, 청구인은 고소인의 당사자이면서 그 합의금을 받지 못했으며, OOO세무서장이 이를 잘못 조사하여 피해자인 청구인에게 비상장주식매매에 대한 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

 나. 처분청 의견

 소송취하 합의금은 OOO의 주주인 청구인, 황OOO이 법인을 대리하여 제기한「부정경쟁방지 및 영업비밀보호에 관한 법률」위반(사건번호 2007형제16973호)과「특정경제 가중처벌 등에 관한 법률」위반(2007형제11918호)으로 각각 고소한 사건과 2007.11.15. 청구외법인의 특허권침해금지 등 청구(2007가합100150)에 대한 일괄 대가이다.

 (1) 청구인 등 주주가 유OOO에게 위임한 서류가 존재하고, 청구외법인은 유OOO을 통해 OOO의 위임을 받아 3건의 소송을 취하하고 OOO의 주식 84,000주(지분35%)를 양도하는 형식으로 총 OOO원을 수령하여 OOO원은 전환사채로 계상하고 나머지 OOO원에 대하여는 차입금으로 계상하여 법인의 비용으로 계상하였다.

 (2) 청구외법인이 소송취하 합의금을 법인의 경영자금 조달할 목적으로 해당주주들에게 배분하지 아니하고 전환사채를 발행한 것이고, OOO가 제기한 소송의 취하 합의금은 OOO에 귀속될 금액이나 소송취하 합의 권한을 위임받은 유OOO이 청구인 외 7인의 출자지분으로 양도하는 조건으로 청구외법인이 대신 수령하였기 때문에 청구인 외 7인의 소유이므로 전환사채로 구분하지 아니하고 차입금 등으로 계상한 것이다.

3. 심리 및 판단

 가. 쟁점

  쟁점금액을 주식양도 대금으로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부

 나. 관련 법령

 (1) 소득세법

제88조【양도의 정의】① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 "양도"란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(負擔附贈與)(「상속세 및 증여세법」제47조제3항 본문에 해당하는 경우는 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자(受贈者)가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다.

제94조【양도소득의 구분】① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식 등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식 등

제96조【양도가액】① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 따른다.

 다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인의 심판청구서 및 처분청의 심리자료 등에 의하면 아래와 같은 사실들이 나타난다.

  (가) 청구인이 2007.3.15. OOO 대표이사 김OOO 외 2인을「부정경쟁방지 및 영업비밀보호에 관한 법률」위반과「특정경제 가중처벌 등에 관한 법률」위반(배임) 혐의로 고소한 사실이 확인된다.

  (나) OOO지방검찰청이 2007.9.27. 청구인에게 발송한 고소․고발사건(2007년 형제16973호) 처분결과통지 내용을 보면, 고소사건에 대해 기소중지(기타 시한부기소중지)로 처리한 내역이 확인된다.

  (다) 청구외법인과 OOO 간에 체결한 합의서(2008년 제2411호, 공증)에 의하면 청구외법인과 OOO의 상호 분쟁 관계를 청산하고 상생 협력하는 관계를 정립하고자 약정한다는 내용이며, 구체적인 내용은 다음과 같다.

 또한, 합의서에 첨부된 별지(2)의 확인서를 보면, 청구인 외 7인 각자가 보유하고 있는 OOO의 주식 수가 기재되어 있고, 주식양도에 관한 일체의 권한을 청구외법인에게 위임하고 날인한 것으로서 그 사본은 다음과 같다.

  (라) 특허심판사건 2007당3098의 심결내용을 보면, 청구인이 OOO이고 피청구인이 청구외법인이며, 2007.11.6. 심판청구를 하여 2008.3.28. 청구성립으로 심결되고 2008.5.4. 확정된 내역이 확인된다.

(마) 청구외법인이 2007.11.15. OOO을 상대로 소(2007가합100150, 특허권침해금지 등)를 제기하였고, 2008.4.18. 소를 취하하였음이 확인된다.

  (바) 청구외법인이 OOO세무서장의 2011.9.19. 법인세 해명자료 제출안내서를 수령한 후 2012.6.22. “쟁점합의금을 영업외수익으로 익금산입 유보로 처분하여 2008사업연도 법인세를 수정신고하였다”고 기재되어 있다.

  (사) OOO세무서장은 청구외법인이 쟁점합의금을 영업외수익으로 처리하였으나, 차입금 및 전환사채 항목으로 회계처리한데 대하여 주식양도·양수계약서에 근거하여 OOO 주주가 지분율만큼 채권을 보유하고 있는 것으로 보아 OOO 주주 8인에게 상여 및 배당으로 소득처분하여 2013.1.15. 청구외법인에게 소득금액변동통지를 한 것으로 나타난다.

  (아) 청구외법인은 이에 과세전적부심사청구를 하였고, 그 결과 쟁점합의금이 소송의 취하로 수령한 대금인지 또는 청구인 외 7인이 주식을 양도하고 그 양도대금을 입금하였는지가 불분명하므로 쟁점합의금의 회계처리 내용과 함께 재조사함이 타당하다고 결정한 내역이 확인된다.

  (자) 청구외법인의 과세전적부심사 재조사결정에 대한 종결보고서의 내용은 다음과 같다.

  ① 합의와 관련된 취하내역은 영업비밀 편취 및 배임혐의 특허권 침해 소송이라고 기재되어 있다.

  ② 청구외법인의 소송합의금과 쟁점주식 양도대금을 구분한 내용은 다음과 같다.

  가) “소송취하 당시 OOO는 사실상 파산, 휴면상태로 주식의 가치는 없었으나 주주인 청구인, 황OOO이 OOO를 대리하여 고소하였으므로 OOO의 주주들이 소송취하 합의금을 수령할 권리가 있고, 청구외법인도 이 건 소송취하 당시 별도의 소송을 진행하고 있었으므로 소송취하 합의금을 수령할 권리가 있었다”고 기재되어 있다.

  나) “청구외법인은 OOO 주식 84,000주를 양도하는 형식으로 수령한 OOO원 중 OOO원을 전환사채로 계상하고, 나머지 OOO원을 차입금으로 계상한데 대하여 OOO원은 청구외법인이 수령할 소송취하 합의금을 법인의 경영자금을 조달할 목적으로 이사회의 결의를 통하여 전환사채로 발행한 것이고, 청구인이 제기한 고소사건의 취하 합의금은 당초 OOO에 귀속될 금액이었는데 소송취하 합의 권한을 위임받은 유OOO이 주주 중 청구인외 7인의 출자지분을 양도하고 청구외법인이 수령한 것으로 청구외법인이 이 금액을 별도로 구분하여 차입금으로 계상하여 법인의 경영자금으로 사용한 것으로 추정된다”고 기재하였다.

  (차) OOO세무서장은 OOO 주주가 제기한 고소사건을 취하하고, 청구외법인이 대신 수령한 OOO원을 OOO 주주가 지분 35%를 포기한 결과 소송권이 없어진 대가라고 보아 OOO원을 주식의 양도로 지분율에 따라 아래 <표1>과 같이 주주별 양도가액을 계산한 내역이 기재되어 있다.

<표1> 주주별 양도가액 계산 내역

 (카) OOO세무서장은 청구외법인의 소송취하 합의금 OOO원을 법인의 ‘영업외수익’으로 익금산입하고 소송이해관계자인 OOO 주주들에게 지분비율대로 상여 및 배당으로 소득처분하는 것이 타당하다고 기재한 내역이 확인된다.

  (타) 청구인, 유OOO, 황OOO, 유OOO, 박OOO이 2011.1.12. 작성한 경위서를 보면, 2008.4.18. 작성된 합의서는 OOO이 OOO 주주에게 그 동안 입혔던 정신적 고통에 대한 배상을 목적으로 작성한 것이고, OOO이 위자료를 지급했다고 회계처리할 수 없어 쟁점주식을 매입하는 형식으로 합의금을 지급한 것이며, 2008년 4월 당시 OOO는 파산상태 및 휴면상태로 액면가는 1주당 OOO원이었지만 실제로는 전혀 가치가 없었고, OOO 주주들은 OOO의 제안에 동의하여, 합의서와 주식양도·양수계약서를 작성하였다고 기재되어 있다.

  (파) 청구외법인과 OOO이 작성한 주식양도·양수 계약서(2008년 제2412호, 공증인 신OOO 사무소)를 보면, 쟁점주식을 아래 조건으로 매매한다는 내용으로 유OOO과 OOO이 체결한 것으로 확인된다.

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구외법인이 청구한 과세전적부심사에 대한 재조사 결정으로 OOO세무서장은 OOO 주주가 제기한 고소사건 취하로 청구외법인이 대신 수령한 OOO원을 OOO 주주가 지분 35%를 포기한 결과 소송권이 없어진 대가로써 주식의 양도로 보아 지분율에 따라 과세하였으나, 청구인은 OOO의 대표이사 김OOO 외 2인을「부정경쟁방지 및 영업비밀보호에 관한 법률」위반 및 업무상 배임죄로 고소한 결과 OOO지방검찰청장이 위 피고소인 들을 기소중지를 하였는바, OOO은 코스닥 상장법인으로 기소중지 처분이 주요 경영사항으로 공시를 하여야 했기 때문에 피고소인들은 청구인 등과 합의에 이르게 된 것으로 볼 수 있고, 청구인 외 7인의 주주가 유OOO에게 위임한 서류가 존재하고, 청구외법인은 유OOO을 통해 OOO의 위임을 받아 3건의 소송을 취하하고 OOO의 주식 84,000주(지분 35%)를 양도하는 형식으로 대금을 수령한 사실이 확인되므로 쟁점금액에는 청구인이 소송을 취하하는 대가와 청구인 소유의 OOO 주식의 양도가액이 포함되었다고 볼 수 있으므로 쟁점주식의 1주당 시가를 관련 법령에 따라 재조사하여 평가하고, 그 1주당 가액으로 청구인 소유의 주식가액을 산정하여 그 가액을 주식의 양도가액으로, 나머지는 합의금으로 보아 양도소득세 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.