[주 문]

1. OOO장이 2012.7.2. 청구법인에게 한 2002～2010사업연도 법인세 OOO의 부과처분은

① OOO원을 생계매입대금으로 인정하여 손금산입하고, ② 주식회사 OOO 청산금 OOO원을 익금불산입하며, ③ OOO 투자금 OOO원, OOO 대여금 OOO원, OOO대여금 OOO원 중 2008년분 OOO원을 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입 대상에서 제외하고, 개인적인 주식매수자금 OOO원에 대한 인정이자에서 OOO이 청구법인에게 변제한 이자 OOO원을 익금불산입하여, 각 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

2. OOO장이 2012.7.1. 및 7.2. 청구법인에게 한 2002년～2010년 귀속 OOO원[아래 <표2> 기재]의 소득금액변동통지 처분은 OOO 형사판결에서 그 사용내역이 확인되어 OOO 및 OOO이 유죄로 판결받은 금액만을 소득금액으로 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 1985.9.27.부터 현재까지 OOO을 본점 소재지로 하여 도계 및 육가공 제품생산․판매업 등을 영위하는 법인이다.

나. OOO장(이하 “조사청”이라 한다)은 2012.1.30.～2012.5.18. 기간 동안 청구법인에 대한 통합조사를 실시한 결과, 청구법인의 전 대표이사 OOO(이하 “OOO”이라 한다) 및 부회장 OOO(이하 “OOO”이라 한다)이 ① 2002년～2007년 기간 동안 조성한 비자금에서 지출한 업무관련성이 불분명한 부외경비[생계(生鷄) 매입대금 명목] OOO원(이하 “생계매입대금”이라 한다)은 손금불산입, ② OOO 비자금 계좌에 입금된 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)의 청산금 OOO원(이하 “OOO 청산금”이라 한다)은 청구법인의 자금으로 보아 익금산입, ③ OOO 사업관련 대여금 합계 OOO원(빌라구입 계약금 OOO원, OOO 투자금 OOO원, OOO 대여금 OOO원, 개인적 주식매수자금 OOO원, OOO대여금 OOO원으로 이하 “빌라관련대금”이라 한다)은 업무무관 가지급금으로 보아 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입을 하도록 하고, OOO원은 OOO과 OOO에게 상여처분하도록 처분청에 통보하였다.

다. 처분청은 아래 <표1>와 같이 청구법인에게 2002사업연도～2010사업연도 법인세 OOO을 각 경정․고지하고, 아래 <표2>와 같이 OOO에게 2002년～2010년 귀속 OOO원, OOO에게 2002년～2009년 귀속 OOO원을 상여로 각 소득처분하여 소득금액변동통지하였다.

<표1> 청구법인에 대한 법인세 처분 내역

<표2> 소득금액변동통지 현황

라. 청구법인은 이에 불복하여 2012.12.14. 이의신청을 거쳐 2013.3.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

  처분청이 2012.7.2. 청구법인에게 한 처분은 조사청의 2012.5.30. 세무조사결과통지를 토대로 하고, 조사청의 세무조사결과 통지는 검찰의 2011.5.12. 기소내용을 토대로 하는데, OOO의 2012.1.27. 1심 판결은 OOO, OOO에 대한 검찰의 기소내용 대부분을 유죄로 인정하였으나, OOO의 2012.7.13. 2심 판결은 기소내용 중 대부분을 무죄로 인정하고, 그 판결이 확정되었다.

  따라서, 검찰의 2011.5.12. 기소내용 및 조사청의 2012.5.30. 세무조사결과에 근거한 이 건 처분 중에서 법원의 1심 및 2심 판결의 무죄에 해당하는 부분은 조사청과 검찰이 파악한 사실관계 및 법률관계에서 상이한 내용이 있는바, 다음과 같은 사유로 이 건 법인세 부과 및 소득금액변동통지는 부당하다.

  (1) OOO과 OOO이 2002～2007년 사이에 조성한 청구법인의 비자금 중 OOO원을 청구법인의 생계(生鷄) 매입대금으로 사용하였으므로 처분청이 당초 손금으로 인정한 OOO원을 제외한 OOO원도 청구법인의 업무관련 비용으로 인정하여야 한다.

  (2) 처분청은 2006.1.17. OOO이 비자금계좌에 입금한 OOO의 청산자금 OOO원을 청구법인의 자금으로 판단하였으나, 법원 2심 판결에서는 OOO의 개인자금으로 인정하였으므로 처분청이 이를 익금산입하고 OOO에게 상여처분한 것은 부당하다.

  (3) 빌라관련대금은 청구법인의 자금이므로 처분청이 이를 업무무관 가지급금으로 보아 그 인정이자 익금산입(상여처분) 및 지급이자 손금불산입한 처분은 부당하다.

  (4) 한편, 사기 기타 부정한 행위로 법인세를 포탈한 경우라 하더라도 그와 관련하여 소득 처분된 소득세에 대해서는 5년의 부과제척기간이 적용된다는 것이 대법원의 입장인바(대법원 2010.1.28. 선고 2007두20959 판결, 대법원 2010.4.29. 선고 2007두11382 판결), OOO에 대한 2002년～2010년 귀속 OOO원의 소득금액 중 2002년～2006년 귀속 OOO원에 대한 소득금액변동통지는 OOO의 종합소득세 부과제척기간이 도과한 후에 이루어진 것이다.

 또한, 형사소송에서 무죄 인정된 금원은 접대비나 직원퇴직금 등의 사유로 법인을 위하여 사용하였음을 입증하였으므로 상여 처분 대상에서 제외되어야 한다.

  (5) 2011.12.31. 「국세기본법」이 개정되면서 같은 법 제26조의2 제1항 제1호 후단 규정에 “사기 기타 부정한 행위에 의하여 법인세를 포탈한 경우에는 그에 따른 소득처분금액에 대한 소득세도 10년의 부과제척기간이 적용된다”는 내용이 추가되었고 같은 법 부칙 제2조 제1항은 위 개정내용을 “2012년 1월 1일 이후 최초로 법인세법 제67조에 따라 처분하는 금액부터 적용한다”고 규정하고 있으나, 소득세 납세의무가 경과한(부과제척기간 5년) 과세기간에 대하여 소득처분하는 경우 소급입법금지의 원칙(「국세기본법」제18조 제2항)에 위배되므로 2002년～2006년 귀속 소득에 대한 소득금액변동통지는 무효이다.

나. 처분청 의견

  (1) OOO과 OOO에 대한 횡령 및 배임 혐의에 대하여 불상의 생계매입대금으로 지급된 것으로 보아 법원으로부터 무혐의 처분을 받았으므로 이를 청구법인의 손금으로 산입하여 달라고 주장하고 있으나,

  (가) 법원 판결서에 나타나는 OOO원 중 처분청이 손금으로 인정한 OOO원의 경우 자기앞수표로 생계 중개상인 OOO에게 교부되었음이 확인되어 손금 산입하였고, 나머지 OOO원은 범죄일람표에 생계대금으로 기재되어 있을 뿐, 실제 어디로 지급되었는지 여부가 드러나지 않고 있어 실제로 청구법인의 생계매입대금 사용여부가 불분명하여 이를 손금으로 인정하지 아니하였다.

  (나) 부외경비에 대한 입증책임은 납세자에게 있으며OOO, 조사 당시 청구법인에게 실제 생계매입대금 지급내역에 대하여 거래처 등의 생계매입에 대한 소명을 요구하였으나, 손금으로 인정한 OOO원 이외에는 실제 생계매입대금으로 사용한 객관적인 증빙자료를 제시하지 못하고 있으므로 이 건 처분은 정당하다.

  (다)형사재판에 있어서는 무죄추정의 원칙에 따라 범죄행위에 대한 증거자료가 명확하지 않으면 피의자에게 유리한 판결을 할 수밖에 없으며, 법원 2심 판결에서도 “생계대금으로 지급한 것으로 보이고, 검사가 제출한 증거만으로는 불법영득의 의사로 횡령하였다고 단정하기 부족하다”고 취지로 판시하고 있으나,

   횡령금액을 청구법인의 생계 매입대금으로 지출된 객관적인 자료는 판결서에서 찾아볼 수 없고, 다만 청구법인을 위하여 사용되었을 가능성에 근거한 추정만 있을 뿐인바, 「법인세법」상 손금 인정은 추정으로는 불가능하고 객관적인 증빙자료가 있어야 하며 특히 부외경비에 대한 입증책임은 납세자에게 있으므로 비자금으로 조성된 금액이 청구법인을 위하여 지출되었다고 주장하려면 이에 대한 명확한 객관적인 증빙을 청구법인이 제시하여야 한다.

  (2) 청구법인이 법원 1심 판결에서 OOO이 청구법인 자금으로 설립한 OOO 청산자금 OOO원을 횡령한 혐의에 대하여 유죄로 인정되었으나 법원 2심 판결에서 청구법인의 자금이 아닌 OOO의 개인자금으로 인정하여 무죄 판결하였으므로 손금으로 인정하여 달라고 주장하고 있으나,

  OOO과 OOO은 검찰에서 “OOO은 청구법인이 출자하여 설립한 회사이고, OOO의 청산금은 청구법인에 반환되어야 한다”는 취지로 진술하였던 사실이 있고, OOO 청산금 OOO원을 OOO이 청구법인 비자금과 같이 관리하였던 사실 등을 종합하여 보면 OOO은 실질적으로 청구법인 자금으로 설립한 회사로서 청구법인이 OOO% 지분을 보유한 회사이므로 OOO 청산금은 청구법인의 회사자금으로 봄이 타당하므로 이를 익금에 산입하고 OOO에게 상여처분한 것은 정당하다.

  (3) 빌라관련대금을 업무무관 가지급금으로 보아 그 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입한 처분에 대하여, 청구법인은 법원 2심 판결에서 위 자금에 관한 OOO의 횡령․배임혐의를 모두 무죄로 판단하였으므로 그에 대한 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입 처분은 부당하다고 주장하나, 다음과 같은 이유로 당초 처분은 정당하다.

   (가) [빌라구입 계약금 OOO원] OOO은 고교 및 대학교 후배 OOO(이하 “OOO”이라 한다)과 2006.9.28 OOO 외 소재 고급빌라 1채를 OOO원에 매수하기로 하고 계약금 OOO원을 청구법인의 자금으로 임의 사용한 후 2006.12.28. OOO원을 상환한 것으로 업무무관 대여금으로 보아 해당기간 인정이자 계상 및 지급이자 부인은 정당하다.

   (나) [OOO 투자금 OOO원] OOO은 OOO(OOO 인수)과 2006.9.26 OOO 외 소재 고급빌라 신축사업에 OOO원을 투자하기로 하고 2006.11.13. 청구법인 자금 OOO원을 투자한 것으로 2007년경 작성된 OOO, OOO, OOO, 청구법인 사이에 작성된 투자계약서를 보면 ‘2006.11.13. OOO원의 투자자 및 사업수익을 분배받을 당사자는 OOO’이라고 명백하게 기재되어 있고, 청구법인은 기투자한 OOO원을 포함하여 총 OOO원을 투자하기로 기재되어 있다.

   따라서, 상기 OOO원은 OOO이 청구법인 자금을 개인적인 빌라사업 투자 목적으로 사용한 후 2007.12.28. 상환한 것으로 업무무관 대여금으로 보아 해당기간 인정이자 계상 및 지급이자 부인은 정당하다.

   (다) [OOO에 대한 대여금 OOO원] OOO은 2007.8.14. 청구법인의 자금 OOO원을 지인 OOO에게 개인적으로 대여하고, OOO 본인계좌로 이자 OOO원을 수령한 후 2007.12.28. 상환한 것으로 업무무관 대여금으로 보아 해당기간 인정이자 계상 및 지급이자 부인은 정당하다.

   (라) [개인적 주식매수자금 OOO원] OOO은 2007.10.19. 청구법인의 자금 OOO원을 지인이던 OOO, OOO, OOO 명의로 각 OOO원씩 유출하여 개인적인 청구법인 주식 매수대금으로 임의 사용한 후 2007.12.28. OOO원을 상환한 것으로 업무무관 대여금으로 보아 해당기간 인정이자 계상 및 지급이자 부인은 정당하다.

   (마) [OOO 대여금 OOO원] OOO은 OOO의 자녀들이 대주주로 있는 부동산개발업체(빌라사업 시행)로서 OOO에 대한 2008.9.30.부터 2008.12.31.까지 대여금 OOO원에 대하여 업무무관 대여금으로 보아 해당기간 인정이자 계상 및 지급이자 부인한 것은 정당하고, 그 외 금액은 청구법인에서 2009년 이후 관련 이자액을 장부에 반영하여 처분청에서 추가 처분한 바는 없다.

   법원의 무죄 판결은 OOO의 “불법영득의 의사가 있었다는 점이 합리적 의심의 여지없이 증명되었다고 보기는 어렵다”는 내용으로 무죄판결 받은 것으로 OOO에게 배임행위가 없다는 내용일 뿐이며, 청구법인이 특수관계에 있는 OOO 등에게 청구법인의 자금을 사외유출한 행위는 청구법인이 이들에게 업무와 관련 없이 금전을 무상으로 대여함으로써 사외유출 기간에 해당하는 이자상당액 만큼의 법인소득을 부당히 감소시킨 경우로 볼 수 있으므로 처분청에서 업무무관 자금으로 보아 그 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입한 처분은 정당하다.

  (4) 청구법인은 OOO에 대한 2002년～2006년 귀속 소득금액변동통지는 5년의 부과제척기간이 적용되어야 한다고 주장하고 있으나,

   법인세에 대하여 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급․공제받는 경우 이와 관련하여 상여처분된 금액에 대한 종합소득세의 부과제척기간도 10년을 적용한다는 것이 국세청의 일관된 입장OOO이며, 처분청이 청구법인에 대하여 ‘사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈한 경우’로 보아 2002년～2010년 귀속 법인세를 경정하였고, 이와 관련 부과제척기간 10년을 적용하여 OOO과 OOO에게 2002년～2010년 귀속 소득에 대하여 소득금액변동통지한 이 건 처분은 정당하다.

  (5) 청구법인은 상여처분된 OOO의 소득세에 대한 부과제척기간 5년을 적용하여야 하며, 「국세기본법」부칙 제2조 제1항(2011.12.31. 개정)에 따라 부과제척기간 10년을 적용하는 경우에는 소급입법금지의 원칙에 위배된다고 주장하고 있으나,

   상기와 같이 OOO과 OOO에게 국세 부과제척기간 10년을 적용함이 타당하고, 「국세기본법」부칙 제2조 제1항에 “제26조의2 제1항 제1호 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 「법인세법」제67조에 따라 처분하는 금액부터 적용한다”고 명시되어 있는 바, 국세 부과제척기간 10년을 적용하여 법인세를 경정하고 이에 따른 소득금액변동통지에 부과제척기간 10년을 적용한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

  ① 생계(生鷄) 매입대금 명목의 부외경비OOO를 업무무관경비로 보아 손금불산입(상여처분)한 처분의 당부

  ② OOO 청산자금OOO을 청구법인 자금으로 보아 익금산입(상여처분)한 처분의 당부

  ③ 빌라구입 계약금 등을 업무무관 가지급금OOO으로 보아 그 인정이자 익금산입(상여처분) 및 지급이자 손금불산입한 처분의 당부

  ④ 소득처분(상여)된 금액 중 2002년～2006년 귀속분은 부과제척기간 5년이 경과하였고, 형사소송에서 횡령 등 무죄 판결받은 금액은 상여처분에서 제외되어야 한다는 청구주장의 당부

  ⑤ 국세부과제척기간 5년이 경과한 2002년～2006년 귀속 상여처분에 대하여 2011.12.31. 법령 개정에 따라 상여로 소득처분하고 소득금액변동통지 처분이 소급입법금지 원칙에 위배된다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

  (1) 처분청과 청구법인이 제출한 자료에 의하면, 이 건 처분의 경위는 다음과 같이 나타난다.

   (가) 검찰은 2011.5.12. OOO과 OOO이 청구법인의 비자금을 조성하여 이를 임의로 사용하고, 업무에 위배된 행위를 하였다는 등의 이유로 위 두 사람을 「특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률」 위반 혐의로 법원에 기소하였고, 1심 판결은 2012.1.27. 선고, 2심 판결은 2012.7.13. 선고․확정되었다.

   (나) 조사청은 OOO과 OOO의 비자금 조성, 횡령, 배임 등에 관한 검찰의 수사내용을 토대로 2012.1.30.～2012.5.18. 기간 동안 청구법인에 대한 통합조사를 실시하여, 2012.5.30. 청구법인에게 세무조사결과를 통지하는 한편, 처분청에 그 조사결과를 통지하였다.

   (다) 이에 처분청은 2012.7.2.등 청구법인에게 위 <표1>·<표2>와 같이 2002〜2010사업연도 법인세 부과 및 OOO 및 OOO에 대하여 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

  (2) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

   (가) 청구법인은 검찰의 범죄일람표에 나타난 전체 비자금 중 생계(生鷄) 매입자금 명목으로 사용된 OOO원(세부내역은 아래 <표3> 참조)을 부외원가로 인정하여 줄 것을 주장하면서 OOO과 OOO의 횡령․배임 혐의에 대한 OOO 판결서(2012.7.13. 선고 2012노505 판결)를 아래 <표4>와 같이 제시하였다.

<표3> 범죄일람표(5) - 발췌

<표4> OOO 판결서(2012.7.13. 선고 2012노505 판결)-발췌

   (나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 일반적으로 세금부과처분 취소소송에서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다. 그러나 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실을 추단할 수 있는 사실이 밝혀진 경우에는 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙을 적용하기에 적절하지 아니하다는 등의 반대사정을 입증하지 못하는 한 당해 과세처분을 과세요건이 흠결된 위법한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 2002.11.13. 선고 2002두6392 판결, 대법원 2008.5.29. 선고 2006두13831 판결 등 참조). 한편 원래 민사소송이나 세무소송에서 형사재판에서 인정된 사실에 구속을 받는 것은 아니라고 하더라도 이미 확정된 관련 있는 형사판결에서 인정된 사실은 이를 채용할 수 없는 특별한 사정이 나타나 있지 아니하는 한 사실 인정의 유력한 자료가 되어서 이를 함부로 배척할 수 없다고 할 것이다(대법원 1985.10.8. 선고 84누411 판결 등 참조).

 이 건의 경우, 처분청은 청구법인이 부외경비로 생계매입대금을 지출한 객관적인 자료를 제시하지 못하므로 인정할 수 없다는 의견이나, OOO 형사판결서에 의하면 ‘OOO이 작성한 비자금 파일의 생계대 지급내역에 2002.12.26. OOO로부터 OOO원, 피고인 OOO으로부터 OOO원, 2003.1.10. OOO으로부터 OOO원을 생계대 명목으로 각 차입하고, 2003.7.8. 피고인 OOO으로부터 추가로 OOO원을 차입하여 합계 OOO원을 차입한 다음, 2003년 11월경까지 사이에 차입금 전액을 변제한 것으로 기재되어 있고, 이와 별도로 위와 같이 조성한 비자금을 이용하여 생계 매입대금으로 2002.12.26. OOO원을 지출한 것으로 기재되어 있는 바, 2002.4.16.경부터 2002.8.1.경까지 사이에 피고인 OOO 명의의 계좌에서 합계 OOO원이 넘는 돈이 인출되었고, 2002.8.30. 경부터 2002.9.9. 경까지 사이에 OOO이 사용하고 있던 피고인 OOO 명의의 계좌에서 OOO원이 넘는 돈이 인출되었으며, 특히 2002.12.30. OOO에서 피고인 OOO의 OOO 계좌로 OOO원이 이체된 후 2003.1.10. 피고인 OOO의 위 계좌에서 OOO원이 인출되었는데(일부 자기앞수표), 그 금액과 일자가 OOO 작성의 생계대 지급내역 기재 내용과 정확히 일치하고 있는 점, OOO의 OOO 계좌에서 인출된 수표 중 액면금 OOO원권 자기앞수표(수표번호 04307***) 1매가 실제로 생계 중계상인 OOO에게 교부되어 생계 매입대금으로 지급된 점 등을 종합하면 OOO이 운영하는 OOO, OOO과 피고인 OOO으로부터 생계 매입대금 명목으로 돈을 차용한 다음 OOO가 조성한 비자금으로 위 차용금 채무를 상환하고, 그 외에도 위 비자금에서 생계 매입대금을 지급하여 합계 OOO원을 지급한 것’이라고 인정하고 있으므로 청구법인이 조성한 비자금으로 생계매입대금을 지급한 것으로 보는 것이 타당하다 하겠다.

  따라서, 처분청이 OOO원을 생계매입대금으로 인정하지 아니하여 손금불산입하고 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

  (3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

   (가) 청구법인은 OOO 청산금OOO이 OOO에게 귀속된 사실에 대하여 조사청과 다툼이 없다.

   (나) 1심 법원(OOO 2012.1.27. 선고 2011고합453 판결)은 OOO과 OOO이 검찰에서 진술한 내용 등을 근거로 OOO은 청구법인이 설립한 회사로서 OOO 청산금을 청구법인의 자금으로 판결하였으며, 이에 조사청은 청구법인의 2006사업연도 법인세 계산시 OOO 청산금을 익금산입(상여)한 후, 소득 귀속자를 대표자 OOO으로 하여 소득금액변동통지하였다.

  (다) 청구법인은 아래 <표5>의 OOO 2심 판결서(OOO 2012.7.13. 선고 2012노505 판결)의 내용을 근거로 OOO 청산금이 OOO의 개인자금이라고 주장한다.

<표5> OOO 2심 판결서-발췌

  (라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 OOO과 OOO이 검찰에서 진술한 사실에 근거하여 OOO 청산금을 청구법인의 자금으로 보아 과세하였으나, OOO 형사 판결서에 따르면, ‘OOO은 1997.8.1. 자본금을 OOO원으로 하여 설립되었는데, 피고인 OOO은 설립 당시 발행 주식 OOO 주 중 OOO주를 인수하여 그 중 OOO주를 자신의 명의로, OOO주를 피고인 OOO 명의로, OOO주를 OOO 명의로 소유하였고, OOO의 전신인 OOO이 OOO주를 소유하였던 사실, 피고인 OOO은 1999.12.28.경 OOO이 소유하고 있던 OOO주를 피고인 OOO 명의로 인수하였고, 1999.12.29. OOO의 자본금을 OOO원에서 OOO원으로 증자한 다음(피고인 OOO OOO주, 피고인 OOO OOO주, 피고인 OOO OOO주 각 보유), 주식 변동과정을 거쳐 최종적으로 OOO 농산이 청산될 때에는 OOO 명의로 OOO주, OOO주, OOO주를 각 소유하고 있었던 사실, 피고인들은 원심법정에서, OOO은 피고인 OOO이 OOO% 지분을 가진 1인 회사이고 수사기관에서의 진술은 OOO의 설립이 약 14년 전의 일로서 OOO을 설립할 당시에는 OOO의 사업규모도 작고 사업도 원활하지 않아 수시로 피고인 OOO의 개인자금을 회사 운영자금으로 사용하고 있던 때이어서 OOO의 설립자금을 정확하게 기억하지 못하고 위축된 상황에서 착오에 의하여 이루어진 것이라고 진술한 사실, 이에 더하여 OOO의 주식이 청구법인의 재산으로 기재되거나 청구법인의 계열회사로 공시된 사실이 없었던 점, 피고인 OOO이 OOO의 주식을 취득함에 있어서 OOO의 자금을 사용하였다고 볼 아무런 객관적 증거가 제시된 바가 없는 점을 종합하여 보면 OOO은 청구법인이 아닌 피고인 OOO의 1인 회사라고 할 것이므로 OOO이 관리하는 비자금 계좌에 2006.1.17. 입금된 OOO의 청산금 OOO원은 피고인 OOO의 소유’라고 판시하고 있는바, OOO 청산금은 청구법인의 자금이 아닌 OOO의 개인 자금으로 보는 것이 타당하다 하겠다.

  따라서, 처분청이 OOO 청산금을 청구법인의 자금으로 보아 익금산입하고 OOO에게 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

  (4) 다음으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다.

   (가) 조사청은 빌라관련대금을 청구법인의 업무무관 가지급금으로 보아 아래 <표6>과 같이 인정이자를 익금산입(상여)하고, 지급이자를 손금불산입(기타사외유출) 하였다.

<표6> 빌라관련대금에 대한 인정이자 및 지급이자 내역

  (나) 청구법인은 아래 <표7>의 OOO(2심) 판결 내용을 근거로 조사청의 과세처분은 부당하다고 주장한다.

<표7> OOO 판결서 - 발췌

   (다) 이상의 사실관계 및 관련 증빙 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 빌라관련대금을 업무와 관련 없이 특수관계자에게 대여한 것으로 보아 과세하였으나, OOO 판결서에 따르면, 빌라관련대금 중 빌라계약금 OOO원은 OOO이 2006년 9월경 OOO과 사이에 OOO이 OOO 지상에 건립하는 빌라 7층 중 1세대 전용면적 74평형을 OOO원에 매수하는 내용의 빌라 매매계약을 체결하고, 청구법인의 자금 OOO원을 계약금으로 OOO에게 지급한 사실, 청구법인의 회계장부에는 위 OOO원의 지출사유가 OOO에 대한 선급금으로 기재되어 있었던 사실, OOO은 OOO에 2006.11.30. OOO원, 2006.12.17. OOO원의 개인자금을 지급하고, OOO이 청구법인에 OOO원을 반환한 사실을 인정한 점 등에 비추어 빌라계약금은 청구법인의 업무무관 가지급금으로 보는 것이 타당하다 하겠다.

  OOO사업 투자금 OOO원은 청구법인의 법인계좌를 통하여 OOO에게 금원이 송금되었고, 청구법인은 OOO에 송금한 금원을 OOO에 대한 단기대여금으로 회계처리를 하였으며, OOO은 2008년 경 기존 OOO사업 투자계약서를 금전소비대차계약서로 변경하면서 그 채권자가 OOO이 아닌 청구법인임을 명시하였고, 청구법인은 빌라사업이 계획대로 진척되지 않자 OOO 및 OOO에게 위 금전소비대차계약서 등에 기하여 금원의 반환을 요구하는 등의 권리행사를 한 점, 청구법인에서 OOO에 직원을 파견하여 금전의 집행을 관리하였던 점, OOO도 OOO 개인이 아닌 청구법인을 투자주체로 인식하고 있었던 점을 인정한 점 등에 비추어 OOO사업 투자금은 청구법인의 업무와 관련한 자금으로 보는 것이 타당하다 할 것이다.

  OOO에게 대여한 대여금 OOO원의 대여주체는 OOO이 아닌 청구법인이라고 판단하고 있는 점, 청구법인과 OOO은 특수관계에 해당하지 아니하는 점 등에 비추어 OOO에게 대여한 대여금은 청구법인이 업무와 직접 관련없이 지급한 가지급금에 해당되나 인정이자 및 지급이자 계산 대상에 해당되지 아니한다 하겠다.

  주식매수대금 OOO원은 청구법인의 대주주 및 대표이사인 OOO 명의로 청구법인으로부터 금원을 차용할 경우 공시절차를 거쳐야 하는 법령상의 제한을 피하고자 OOO과 OOO 명의로 청구법인으로부터 금전을 차용한 것으로 판시하고 있어 청구법인의 업무무관 가지급금으로 보는 것이 타당하다 하겠다. 다만, OOO이 청구법인으로부터 OOO 및 OOO 명의로 차용한 OOO원을 차용한 후 2007.12.28. OOO 명의의 차용금 OOO원을 상환하고, 2009.9.30. OOO 명의의 차용 원금 OOO원 및 이에 대한 이자 OOO원을 변제한 사실을 인정할 수 있다고 판시한바, 주식매수대금 OOO원에 대한 인정이자에서 OOO원을 익금불산입하는 것이 타당하다 하겠다.

  OOO 대여금 OOO원은 청구법인이 이사회 승인 등 내부 절차를 거친 뒤 OOO에 신축사업을 위한 운영경비 등으로 대여하고 회계장부 및 사업보고서에도 이를 반영한 사실, OOO의 주식 지분 OOO%를 가지고 있는 사실 등을 인정하고 있어 청구법인이 사업다각화를 위하여 OOO에 대여한 것으로 보이므로 청구법인의 업무와 관련된 자금의 대여로 보는 것이 타당하다 하겠다.

  따라서, 처분청은 청구법인이 대여한 OOO사업 투자금 OOO원, 개인적인 대여금 OOO원, OOO 대여금 OOO원을 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입 대상에서 제외하는 것으로 하고, 주식매수자금 OOO원의 인정이자에서 OOO원을 익금불산입하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

  (5) 다음으로, 쟁점④에 대하여 살펴본다.

   (가) 청구법인은 2002년〜2006년 귀속 소득처분(상여) 금액에 대하여 부과제척기간 5년이 경과되었고, 형사소송에서 무죄로 인정된 금원은 접대비나 직원퇴직금 등의 사유로 법인을 위하여 사용하였음이 입증되었으므로 소득처분(상여) 대상에서 제외되어야 한다고 주장한다.

   (나) 조사청이 검찰의 기소를 근거로 OOO 및 OOO이 횡령한 금액을 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 금액과 OOO 형사판결서에서 비자금 횡령 및 및 인정이자에 대하여 유죄로 판결받은 금액은 아래 <표8>·<표9>과 같다.

<표8> OOO에 대한 소득처분금액 및 형사판결시 유죄금액

<표9> OOO에 대한 소득처분금액 및 형사판결시 유죄금액

  (다) 청구법인은 OOO 형사판결서에서 기재된 청구법인의 OOO 관리 비자금 OOO원 및 OOO원에 관한 공소사실 및 판결 내용을 아래 <표10>·<표11>과 같이 제시하였다.

<표10> OOO 관리 비자금에 대한 공소 및 판결 내용

<표11>

OOO 판결, OOO 2014.10.29. 선고 OOO 판결(원고 승소)]의 판결 내용을 보면, 2002년～2006년 귀속 소득금액변동통지에 따른 종합소득세 납세의무는 부과제척기간 5년이 경과하였으며, 2007년～2010년 귀속 소득금액변동통지에 따른 종합소득세는 OOO에게 귀속되었다고 보기 어려워 OOO에게 귀속되었음을 전제로 하여 OOO의 경정청구를 거부한 처분은 위법하다고 판시하였다.

   (마) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 법인세에 대하여 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급․공제받는 경우 이와 관련하여 상여처분된 금액에 대한 종합소득세의 부과제척기간도 10년을 적용해야 한다는 의견이나,

  청구법인의 비자금을 조성하여 사용한 경우, 비자금이 사외에 유출되어 그 귀속자가 밝혀지지 아니함에 따라 청구법인의 대표자가 인정상여로 소득처분을 받을 것까지 모두 예상하여 그로 인하여 부과되는 소득세를 포탈하기 위하여 그러한 행위를 한 것으로 인정하기는 어려우므로 인정상여 처분으로 인한 소득세에 관한한 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제1호의 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈한 경우에 해당한다고 볼 수는 없어, 같은 항 제3호에서 규정한 5년의 국세부과제척기간을 적용하는 것이 타당하다 할 것인바(대법원 2010.4.29. 선고 2007 두11382 판결 참고),

  그러하다면, OOO 및 OOO에 대한 형사소송 판결서에서 2002～2006년 귀속 소득금액변동통지 금액 중 청구법인의 비자금 사용내역이 확인되어 OOO 및 OOO에 대한 횡령혐의에 대하여 무죄로 판결받은 금액은 그 귀속이 불분명한 것이어서 국세부과제척기간 5년을 적용하고, OOO 및 OOO이 개인적인 사용으로 유죄로 판결받은 금액은 국세부과제척기간 10년을 적용하여 청구법인에게 소득금액변동통지하는 것이 타당하다 하겠다.

  또한, 조사청은 2007～2010년 귀속 인정상여에 대하여 검찰이 횡령으로 공소 제기한 금액을 OOO 및 OOO에게 사외유출된 것으로 보아 상여로 소득처분하고 청구법인에게 소득금액변동통지하였는바, 법인의 비자금이 사외로 유출된 경우에는 특별한 사정이 없는 한, 그 귀속자나 대표이사 등에게 상여 등으로 소득처분하는 것이 타당하다 할 것이나, 그 자금이 당해 법인을 위하여 사용되었거나, 사외로 유출되지 아니하고 당해 법인에 남아 있는 경우 그 금액은 임원 등에 대한 상여처분 대상에서 제외할 수 있다 하겠다(조심 2010광369, 2010.3.29., 같은 뜻).

  따라서, 2007년～2010년 귀속 OOO 및 OOO에 대한 상여처분 금액 중에서 OOO의 판결서에서 횡령혐의에 대하여 무죄 판결을 받은 금액은 그 사용내역이 확인되는 것으로 나타나는바, 무죄판결받은 금액은 상여처분 대상금액에서 제외하여 소득금액변동통지하는 것이 타당하다고 판단된다.

  (6) 마지막으로 쟁점⑤에 대하여 살펴본다.

   (가) 청구법인은 2011.12.31. 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제1호 후단이 개정되었으나 소득세 납세의무가 경과한(부과제척기간 5년) 과세기간에 대하여 소득처분하는 경우 「국세기본법」 제18조의 소급입법금지의 원칙에 위배된다고 주장한다.

   (나) 처분청은 2012.7.2. 청구법인에게 2002년 제1기～2009년 제2기 부가가치세 및 2002～2010사업연도 법인세를 경정․고지하고 OOO 및 OOO에게 2002년～2010년 귀속 상여로 소득처분하고 청구법인에게 소득금액변동통지한 것으로 나타난다.

   (다) 2012.1.1. 개정되어 시행되고 있는「국세기본법」제26조의2 제1항 제1호 후단은 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 한다고 규정하고 있고, 부칙 제2조 제1항은 제26조의2 제1항 제1호 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 「법인세법」제67조에 따라 처분하는 금액부터 적용한다고 규정하고 있다.

   (라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 부과제척기간(5년)이 경과한 사업연도에 대하여 부과제척기간 10년을 적용하는 것은 소급과세금지원칙에 위배된다고 주장하나, 「국세기본법」 제26조의2 개정으로 2012.1.1. 이후의 사기 기타 부정한 행위와 관련한 소득처분에 따른 소득세와 법인세의 국세부과제척기간은 10년을 적용하도록 명문화되어 있는 점, 개정규정 부칙에서 2012.1.1. 이후 최초로 「법인세법」제67조에 따라 처분하는 금액부터 적용한다고 규정하고 있는 점, 청구법인은 2012.7.2. OOO 및 OOO의 상여로 소득처분하고 소득금액변동통지를 받은 점 등에 비추어 OOO 및 OOO에게 상여로 소득처분된 금액은 국세부과제척기간 10년이 적용된다 할 것이므로 청구주장을 받아들이기 어렵다 할 것이다.

4. 결 론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

[별지] 관련 법령

 (1) 국세기본법

  제26조2(국세부과의 제척기간)(1994.12.22 개정) ① 국세는 다음 각 호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다.

1.납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10연간

2.납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3.제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 (이하 생략)

  제26조2(국세부과의 제척기간)(2011.12.31 개정) ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」제25조에서 정하는 바에 따른다.

1.납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 한다.

1의2. (생략)

2.납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3.제1호ㆍ제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 (이하 생략)

  부칙(제11124호, 2011.12.31.)

  제1조(시행일) 이 법은 2012년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제84조의2 제1항 제1호, 제85조의5 제1항 제3호, 같은 조 제2항 및 제5항의 개정규정은 2012년 7월 1일부터 시행한다.

제2조(국세 부과의 제척기간에 관한 적용례) ① 제26조의2 제1항 제1호 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 「법인세법」 제67조에 따라 처분하는 금액부터 적용한다.

 (2)법인세법

  제15조(익금의 범위) ①익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

② 다음 각 호의 금액은 이를 익금으로 본다.

1. 제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계자인 개인으로부터 유가증권을 동 조 제2항의 규정에 의한 시가에 미달하는 가액으로 매입하는 경우 시가와 당해 매입가액의 차액에 상당하는 금액

2. 제57조 제4항의 규정에 의한 외국법인세액(세액공제된 경우에 한한다)에 상당하는 금액

3. 「조세특례제한법」 제100조의18 제1항에 따라 배분받은 소득금액

③ 제1항의 규정에 의한 수익의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  제19조(손금의 범위) ①손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외 하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 「조세특례제한법」 제100조의18 제1항에 따라 배분받은 결손금은 제1항의 손금으로 본다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  제27조(업무와 관련 없는 비용의 손금불산입) 내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 해당 사업연도 의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액

2. 제1호 외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 것

  제28조(지급이자의 손금불산입) ① 다음 각 호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 해당 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)

가. 제27조제1호에 해당하는 자산

나. 제52조제1항에 따른 특수관계자에게 해당 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금(假支給金) 등으로서 대통령령으로 정하는 것

  제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계자가 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

  제67조(소득 처분) 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

 (3)법인세법 시행령

  제11조(수익의 범위) 법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1～9. (생략)

10. 그 밖의 수익으로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액

  제19조(손비의 범위) 법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입 에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

20. 그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액

  제53조(업무무관자산등에 대한 지급이자의 손금불산입) ① 법 제28조제1항제4호나목에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제61조제2항 각호의 1에 해당하는 금융회사 등의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금액을 제외한다.

  제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

 (4) 소득세법(2010.12.27. 법률 제10408호로 개정되기 전의 것)

  제135조(근로소득 지급시기의 의제) ① 근로소득을 지급하여야 할 원천징수의무자가 1월부터 11월까지의 근로소득을 해당 과세기간의 12월 31일까지 지급하지 아니한 경우에는 그 근로소득을 12월 31일에 지급한 것으로 본다.

② 원천징수의무자가 12월분의 근로소득을 다음 연도 2월 말일까지 지급하지 아니한 경우에는 그 근로소득은 2월 말일에 지급한 것으로 본다.

③ 법인이 이익 또는 잉여금의 처분에 따라 지급하여야 할 상여를 그 처분을 결정한 날부터 3개월이 되는 날까지 지급하지 아니한 경우에는 그 3개월이 되는 날에 상여를 지급한 것으로 본다. 다만, 그 처분이 11월 1일부터 12월 31일까지의 사이에 결정된 경우에 다음 연도 2월 말일까지 그 상여를 지급하지 아니한 경우에는 그 상여를 2월 말일에 지급한 것으로 본다.

④ 「법인세법」에 따라 처분되는 상여는 대통령령으로 정하는 날에 지급하는 것으로 본다.

 (5) 소득세법 시행령(2010.12.29. 대통령령 제22560호로 개정되기 전의 것)

  제192조(소득처분에 의한 배당·상여 및 기타소득의 지급시기 의제) ① 「법인세법」에 의하여 세무서장 또는 지방국세청장이 법인소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 처분되는 배당·상여 및 기타소득은 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장 또는 지방국세청장이 그 결정일 또는 경정일부터 15일내에 기획재정부령이 정하는 소득금액변동통지서에 의하여 당해 법인에게 통지하여야 한다. 다만, 당해 법인의 소재지가 분명하지 아니하거나 그 통지서를 송달할 수 없는 경우 또는 당해 법인이 「국세징수법」 제86조제1항제1호·제2호 및 제4호의 규정에 해당하는 경우에는 당해 주주 및 당해 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 통지하여야 한다.

②제1항의 경우에 당해 배당·상여 및 기타소득은 그 통지서를 받은 날에 지급하거나 회수한 것으로 본다.

③ 「법인세법 시행령」제106조에 따라 처분되는 배당·상여 및 기타소득은 해당 법인이 법인세 과세표준 및 세액의 신고기일 또는 수정신고일에 지급한 것으로 본다.

④ 세무서장 또는 지방국세청장이 제1항에 따라 해당 법인에게 소득금액변동통지서를 통지한 경우 통지하였다는 사실(소득금액 변동내용은 포함하지 아니한다)을 해당 주주 및 해당 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 알려야 한다.