주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고는 원고에게 944,047,550원 및 이에 대하여 2011. 7. 22.부터 2012. 2. 29.까지는

연 3.7%의, 그 다음날부터 2013. 2. 28.까지는 연 4%의, 그 다음날부터 2014. 3. 14.까

지는 연 3.4%의, 그 다음날부터 2015. 3. 5.까지는 연 2.9%의, 그 다음날부터 2016. 3.

6.까지는 연 2.5%의, 그 다음날부터 이 사건 소장 부본 송달일까지는 연 1.8%의, 그 다

음날부터 다 갚는 날까지는 연 15%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라.

이 유

1. 기초사실

가. 원고는 조선블럭 가공 및 조립 등을 목적으로 하는 회사로, 2007. 2.경 ○○○도

지사로부터 조선시설용지조성 등을 목적으로 ○○시 ○○면 ○○리 1번지선 공유수면

96,308㎡에 관한 공유수면매립면허를 받아 2009. 6.경까지 매립을 진행하였다.

나. 원고는 2009. 10. 20. 주식회사 △△△△△△(주식회사 □□□□□□에서 2013.

1. 23. 현재의 상호로 변경되었다. 이하 상호변경에 관계없이 ‘△△△△△△’라고 한다)

에 ○○시 ○○면 ○○리 1번지선 공유수면매립지(공정율 46.83%, 이하 ‘이 사건 공유

수면매립지’라고 한다)를 현물로 출자하고, 위 현물출자의 대가로 △△△△△△로부터

보통주 1,888,095주(액면 5,000원)를 발행받는 내용의 계약을 체결하였다.

다. 원고는 2009. 11. 13. 이 사건 공유수면매립지의 현물출자에 관한 법원 인가를

받아 △△△△△△에 현물출자하였고, 2009. 11. 18. △△△△△△로부터 보통주

1,888,095주를 발행받았다(이하 ‘이 사건 신주발행’이라 한다).

라. 법인세 신고 시점인 2010. 3.경 △△△△△△의 세무대리인이 이 사건 공유수면

매립지의 현물출자도 부가가치세 과세대상이라는 의견을 제시하자, 원고는 2010. 3.

25. △△△△△△에 수정된 세금계산서를 발행하고, 같은 달 26. ○○세무서장에게 이

사건 공유수면매립지의 현물출자에 관한 부가가치세 944,047,550원 및 이에 대한 가산

세를 수정신고하였고(이하 ‘이 사건 부가가치세 신고행위’라고 한다), 2011. 7. 21. 과세

관청에 위 부가가치세 944,047,550원을 납부하였다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 본안전 항변에 대한 판단

피고는, 부가가치세 환급세액 지급청구는 민사소송이 아닌 행정소송법상 당사자소송

절차에 따라야 하므로 이 사건 소는 부적법하다고 본안전 항변을 한다.

살피건대, 이 사건 소는 부가가치세의 환급을 구하는 것이 아니라, 이 사건 부가가치

세 신고행위가 당연무효임을 전제로 하여 오납부한 부가가치세 상당액의 반환을 구하

는 것이고, 이는 민사상의 부당이득반환청구로서 민사소송절차에 따라야 하므로(대법원

1995. 4. 28. 선고 94다55019 판결 참조), 피고의 위 본안전 항변은 이유 없다.

3. 본안에 대한 판단

가. 원고의 주장

이 사건 공유수면매립지와 이에 관한 매립면허를 함께 양도하는 경우와는 달리 이

사건 공유수면매립지만을 현물출자한 행위는 부가가치세법에서 정한 ‘재화의 공급’에

해당하지 않고, 이 사건 공유수면매립지의 현물출자는 토지의 양도에 해당하여 부가가

치세가 면제되는 것이어서 원고가 부가가치세를 납부할 의무가 없었음이 외관상 명백

하고, 피고 산하 ○○세무서장도 위와 같은 사실을 쉽게 알 수 있었으므로, 이 사건 부

가가치세 신고행위는 그 하자가 중대하고 명백하여 당연무효이다. 따라서, 원고가 납부

한 부가가치세 944,047,550원은 피고가 법률상 원인 없이 취득한 부당이득에 해당하므

로, 피고는 원고에게 944,047,550원 및 이에 대한 가산금 내지 지연손해금을 반환하여

야 할 의무가 있다.

나. 판단

1) 인정사실

위 거시증거 및 갑 제6 내지 14의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 보면

다음의 사실이 인정된다.

① 원고의 현물출자로 인한 이 사건 신주발행으로 △△△△△△의 최대주주였던

주식회사 ◇◇◇(변경전 주식회사 ▽▽▽▽, 이하 ‘◇◇◇’라고 한다)의 주식지분비율이

50.77%에서 24.85%로 감소되고, 원고가 41.15%의 지분율로 △△△△△△의 최대주주

가 되자, ◇◇◇는 2010. 2. 22. 서울남부지방법원 2010가합3538호로 신주발행무효의

소를 제기하였다.

위 법원은 2010. 11. 26. 이 사건 신주발행은 상법 제418조 제2항을 위반하여

기존 주주인 ◇◇◇의 신주인수권을 침해하여 무효라는 판결을 선고하였다. 이에

△△△△△△가 항소하였으나, 서울고등법원(2011나17030)은 2011. 9. 29.

△△△△△△의 대표이사가 항소를 취하하였다는 이유로 소송종료선언을 하였고, 다시

△△△△△△가 상고하였으나 대법원(2011다86898)은 2011. 12. 22. 상고를 기각하였다.

② 원고는 이 사건 공유수면매립지를 △△△△△△에 현물출자한 이후인 2011.

6.경 ○○○○지사로부터 이 사건 공유수면매립면허권의 사업주체로서 공사기간을 12

개월 연장하는 내용의 실시계획 변경승인을 받았다.

이후 △△△△△△는 2011. 7. 14. ◎◎◎◎주식회사(이하 ‘◎◎◎’이라 한다)

에 이 사건 공유수면매립지를 양도대금 70억 원에 양도하였는데, 원고도 같은 날 ◎◎

◎◎에 이 사건 공유수면매립지에 관한 공유수면매립면허권을 양도대금 68억 원에 양

도하는 계약을 체결하였고, ◎◎◎◎은 원고에게 위 공유수면매립면허권의 양도대금

68억 원을 지급하였다.

③ 원고가 2011. 7. 21. 이 사건 부가가치세 신고행위에 따른 부가가치세

944,047,550원을 납부한 사실은 앞서 본 바와 같다.

그런데 원고가 이 사건 공유수면매립지의 현물출자에 기하여 부담하게 될 부가

가치세 상당액을 △△△△△△가 원고에게 지급하기로 약정하였음에도 △△△△△△가

이를 이행하지 않자, 원고는 2011. 8. 22. △△△△△△를 상대로 서울남부지방법원

2011차13401호로 원고가 납부한 부가가치세 상당액인 944,047,600원1)을 지급하여 줄

것을 내용으로 하는 지급명령을 신청하였다.

위 법원은 2011. 9. 8. △△△△△△는 원고에게 944,047,600원 및 이에 대한 지

연손해금을 지급하라는 지급명령을 발령하였고, 그 무렵 △△△△△△에 위 지급명령

이 송달되어 확정되었다.

④ 원고가 위 지급명령에 기하여 강제집행을 시도하자, △△△△△△는 서울남

부지방법원 2013가합107936호로 청구이의의 소를 제기하였고, 위 법원은 2015. 9. 3.

위 지급명령에 기초한 강제집행을 불허한다는 내용의 △△△△△△의 청구를 전부 인

용하는 판결을 선고하였다.

이에 대하여 원고가 항소하였으나, 서울고등법원(2015나2054538)은 2016. 3. 30.

원고가 이 사건 공유수면매립지와 이에 관한 매립면허를 함께 양도하는 경우와는 달

리, 이 사건 공유수면매립지만을 현물출자한 행위는 부가가치세법에서 정한 ‘재화의 공

1) 원고가 이 사건 부가가치세 신고행위에 따라 납부한 부가가치세는 944,047,550원인데(갑 제5호증), 원고는 지급명령신청 당시

에는 944,047,600원을 청구하였다.

급’에 해당하지 아니하여 부가가치세 부과대상이 아니므로, 이를 전제로 한

△△△△△△가 원고에게 지급하기로 한 부가가치세 상당액의 지급약정은 효력이

없다는 이유로

원고의 항소를 기각하는 판결을 선고하였고, 원고가 상고하지 않아 위 판결은 그대로

확정되었다.

2) 판단

신고납세 방식의 조세에 있어서는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과

세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 조세채무가 구체적으로 확정되고, 그 납부행위

는 신고에 의하여 확정된 구체적 조세채무의 이행으로 하는 것이며, 국가나 지방자치

단체는 그와 같이 확정된 조세채권에 기하여 납부된 세액을 보유하는 것이므로, 납세

의무자의 신고행위가 중대하고 명백한 하자로 인하여 당연무효로 되지 아니하는 한 그

것이 바로 부당이득이 된다고 할 수 없고, 여기에서 신고행위의 하자가 중대하고 명백

하여 당연무효에 해당되는지의 여부에 대하여는 신고행위의 근거가 되는 법규의 목적,

의미, 기능 및 하자 있는 신고행위에 대한 법적 구제수단 등을 목적론적으로 고찰함과

동시에 신고행위에 이르게 된 구체적 사정을 개별적으로 파악하여 합리적으로 판단하

여야 하고(대법원 1995. 12. 5. 선고 94다60363 판결, 대법원 2009. 4. 23. 선고 2006

다81257 판결 등 참조), 과세대상이 되지 아니하는 어떤 법률관계나 사실관계를 과세

대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있는 경우에 그 사실관계를 정확히

조사하여야 비로소 그것이 과세대상이 되는지가 밝혀질 수 있는 경우라면 그 하자가

외관상 명백하다고 할 수 없다(대법원 2002. 9. 4. 선고 2001두7268 판결 참조).

위 법리에 비추어 이 사건 부가가치세 신고행위가 중대하고 명백한 하자로 인하

여 당연무효인지에 관하여 보건대, 이 사건 공유수면매립지만을 현물출자한 행위는 ‘재

화의 공급’에 해당하지 아니하여 부가가치세 부과대상이 아니라는 이유로

△△△△△△ 의 원고에 대한 청구이의의 소가 인용된 사실은 앞서 본 바와 같다.

그러나 한편, 위 기초사실 및 인정사실에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는

다음과 같은 사정 즉, ① 원고의 주장에 의하더라도 원고는 △△△△△△의 세무대리

인의 의견을 듣고 자진하여 이 사건 부가가치세 신고행위를 한 후 이를 납부한 것일

뿐, 납부의무가 없다는 사실을 알면서도 불가피하게 부가가치세를 신고․납부한 것은

아니었고 그 신고․납부과정에 과세관청이 관여하거나 개입하였다는 사정은 찾아볼 수

없는 점, ② 과세관청인 ○○세무서측이 이 사건 부가가치세 신고행위에 하자가 있었

다는 사실을 알았다고 인정할 아무런 증거가 없고, 오히려 이 사건 부가가치세 신고행

위 당시 원고는 이 사건 공유수면매립지의 현물출자에 대한 반대급부로 1,888,095주에

이르는 △△△△△△의 주식을 교부받은 상태였고, 이 사건 공유수면매립지와 이에 관

한 매립면허권이 분리되어 현물출자 및 양도된 사실과 그에 따른 법적 효과는 관련 청

구인의 사건의 판결을 통하여 비로소 밝혀진 것이라는 점에 비추어 볼 때, 이 사건 부

가가치세 신고행위에는 그것이 과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이

있고, 그 하자는 거래관계를 정확히 조사하여야 밝혀질 수 있는 경우에 해당하는 것으

로 보이는 점, ③ 원고는 이 사건 공유수면매립지의 현물출자에 따른 이 사건 신주발

행이 무효라는 취지의 제1심 판결이 선고되었던 상황에서도 자진하여 부가가치세를 납

부하였던 점, ④ 원고는 이 사건 부가가치세를 신고․납부한 후 이 사건 소를 제기하

기 전까지 국세기본법 제45조의2 소정의 경정청구 등 어떠한 형태로든 피고에게 이 사

건 부가가치세 신고행위에 관하여 이의를 제기한 사실이 없는 점, ⑤ 원고는 자신에게

부가가치세 납부의무가 있음을 전제로 하여 △△△△△△를 상대로 부가가치세 상당액

을 구하는 지급명령을 신청하였는데, △△△△△△의 청구이의의 소가 인용됨으로써

△△△△△△로부터는 이미 납부한 부가가치세 상당액을 보전받을 수 없게 되자, 이

사건 부가가치세 신고행위일로부터 6년 이상, 그 납부일로부터도 5년 가까이 경과한

2016. 7. 19.에야 비로소 그 신고행위의 무효를 주장하며 납부한 부가가치세의 반환을

구하고 있는 점 등을 종합하면, 위 인정사실만으로는 이 사건 부가가치세 신고행위에

존재하는 하자가 중대하고 명백하여 당연무효라고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인

정할 증거가 없다.

따라서, 이 사건 부가가치세 신고행위가 당연무효임을 전제로 한 이 사건 부당

이득반환청구는 더 나아가 판단할 필요 없이 이유 없다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한

다.