주 문

OOO세무서장이 2014.11.20. 청구법인에게 한 법인세 2009사업연도분 OOO원의 부과처분은,

 1. 청구법인이 이사 유OOO에게 지급한 2009사업연도 급여 OOO원, 2010사업연도부터 2012사업연도까지의 적정 급여(적정 급여는 “주문 2.”에 따라 재조사) 및 2013사업연도 급여 OOO원을 각 사업연도 소득금액 계산시 손금에 산입하고,

 2. 청구법인의 2010～2012사업연도 외 사업연도의 임원급여 수준 및 추이 등을 고려하고, 청구법인과 업종 및 영업형태, 매출액 및 그 증가액, 영업이익율 등이 유사한 법인[(주)A는 제외]을 비교대상법인으로 선정하는 등의 방법으로 청구법인의 이사 4명(OOO)에 대한 2010～2012사업연도 적정 급여를 재조사하여 그 결과에 따라 각 사업연도 과세표준 및 세액을 경정하며,

 3. 나머지 심판청구는 이를 기각한다

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 1989.11.4.부터 경기도 OOO에서 의약품 도․소매업을 영위하는 법인으로 OOO 등에 의약품을 납품하고 있다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2014.8.13.부터 2014.10.21.까지의 기간 동안 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시하여 아래 <표>와 같이 ① 임원 유OOO(대표이사 윤OOO의 배우자)이 실제 근무하지 아니한다고 보고 2009～2013사업연도 기간 동안 유OOO에게 지급된 급여 OOO원(이하 OOO급여”라 한다)과 ② 2010～2012사업연도 기간 동안 임원 3명(대표이사 OOO)에게 지급된 급여 OOO원(이하 “쟁점임원급여”라 한다)을 정당한 지급기준 없이 지급된 것으로 보아 동종 업종 3개 업체의 임원 평균급여(2010～2012년, OOO원, 이하 “임원평균급여”라 한다)를 초과한 OOO원을 손금부인하는 등 법인세를 과세하도록 처분청에 통보하였다.

<표> 임원 급여 관련 손금부인 내역 (단위 : 원)

다. 처분청은 이에 따라 2014.11.20. 청구법인에게 법인세 합계 OOO원)을 경정․고지 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2015.2.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 유OOO은 청구법인이 설립된 1989.11.4.부터 배우자인 대표이사 윤OOO과 함께 주도적으로 법인 설립자금을 마련하였고, 거래처 확보 등 영업활동을 하였으며, 1990.5.25. 이사에 취임한 이후 현재까지 매일 출근하여 청구법인 내 자신의 전용 사무실에서 재무, 인사, 건물 및 직원 관리 등의 업무를 하고 있으므로 OOO급여를 전액 손금으로 인정하여야 한다.

  (가) 시골 출신인 청구법인의 대표이사 윤OOO은, 서울 출신인 유OOO과 1965년 결혼하였고, 유OOO의 소개로 의약품 유통업체에 취직하여 의약품 유통업에 종사하였으며, 1989년 사업 시작 당시에 OOO이 개인공동사업자로 사업자등록을 신청하였으나, 주위에서 병원 등 큰 거래처와 거래를 하려면 법인으로 사업자등록하는 것이 좋다고 권유하여 법인을 설립하여 사업자등록하였고, 부족한 창업자금을 유OOO이 개인채무를 융통하여 조달하였으며, OOO대학교 보건진료소 및 OOO 건강관리소 등의 거래처를 유OOO이 확보하였다.

  (나) 대표이사 윤OOO은 1998.11.11. 대장암(선암)이 발병하여 결장 절제술을 받고 약 6개월간 OOO에서 입원치료를 받았는데, 당시 유OOO이 청구법인의 의사결정을 하였고, 이후에도 OOO과 OOO이 사실상 2인 공동경영체제로 청구법인을 운영하고 있다.

  (다) 유OOO은 청구법인의 주요 매출처 중 주식회사 OOO, 주식회사 OOO 등 주로 도매상에 대한 매출관리를 하고 있으며, 2010년에는 전년 대비 2배 이상의 매출실적을 달성하였다.

  (라) 유OOO은 이사로서 청구법인의 주주총회 및 이사회에 참석하였고, 회의록 등에 서명날인하였다.

  (마) 유OOO이 관리하는 거래처, 청구법인 OOO 과장, 청구법인의 소유이자 청구법인이 소재한 OOO(이하 “법인건물”이라 한다) 임차인 장OOO(2012년부터 3층에서 영어학원 운영), 임차인 OOO(2층에서 학원 경영), 법인건물 경비원 OOO 등은 OOO이 실지 근무하였다는 내용의 사실확인서를 작성하였고, 사무실 사진 등에 의해 OOO이 이사로 근무한 사실이 구체적으로 확인된다.

  (바) 처분청은 법인건물 3층의 임차인들(김OOO 및 장OOO)과의 통화내용을 근거로 OOO이 출근하지 않았다고 보았으나, 임차인들은 당시 처분청과의 통화에서 OOO을 가끔 보았다거나 임차인이 사용하는 3층의 복도에 있는 시험지를 미관상 이유로 떼라는 지시를 받았다는 등의 내용도 진술하고 있는바, 이는 법인건물 6층을 사용하고 있는 청구법인의 OOO이 실제 근무하고 있기 때문에 다른 층에 있는 임차인들에게 이러한 지시를 할 수 있는 것이며, 2012년에는 영어학원을 운영하던 장OOO과 의견이 맞지 않아 심하게 다투고 장OOO이 임대차계약을 해지한 사실이 있다.

  (사) 처분청은 OOO의 전문성 및 기여도 등을 확인할 수 없다는 의견이나, OOO(1989.11.4. 입사하여 1990.5.25. 이사 취임)은 청구법인인의 이사 2명(신OOO은 1993.5.14. 입사하여 2008.4.7. 이사 취임, OOO은 1997.3.10. 입사하여 2004.12.29. 이사 취임) 보다 먼저 입사하고 먼저 이사에 취임하였으며, 종합적인 기여도에서도 두 명의 이사보다 앞서고 있다.

  (아) OOO은 1992.11.4. 청구법인의 창립 3주년 기념식에 참여하는 등 매년 청구법인의 각종 행사에 참여하고 있으며, 이는 매년 각종 행사시 촬영한 30여장의 사진을 보면 확인할 수 있다.

  (자) 청구법인의 직원들이 OOO을 ‘사모님’이라고 존칭하는 것은 대표이사의 배우자이고 나이 어린 다른 이사들과의 차별화와 예우차원이며, 경비원으로부터 건물관리에 대한 보고를 받고 지시하는 위치에 있고, 청구법인의 휴가계획서에 OOO이 누락된 것은 배우자인 대표이사와 휴가일정이 같기 때문에 기재되지 아니한 것이다.

  (차) 우리나라 대기업이나 중소기업을 막론하고 임원의 업무기여도 및 실적으로 계량적으로 평가하여 급여를 책정하는 기업은 현실적으로 없다. 처분청 의견에 따르면, 병원에 1년 이상 입원해 있는 그룹의 회장이나 교도소에 1년 이상 수감되어 있는 그룹의 회장은 급여를 받아서는 안될 것이나, 실제 위 그룹 회장들은 거액의 급여를 받고 있으며, 이러한 경비를 부인하지 않고 있는 것이 국세행정의 현실이다.

  (카) 언론보도(2015.4.9.자 OOO 인터넷 기사)에 따르면 OOO의 비상근이사인 신OOO의 2013년 급여총액은 OOO원, 2014년 급여총액은 OOO인바, 매일 출근하여 업무를 수행하고 있는 OOO의 5년간 급여 OOO원을 과도하다고 볼 수 없다.

 (2) 청구법인은 정기주주총회에서 임원의 보수한도액을 결의하고 주주총회 의사록을 작성하였으며, 이사회결의에 따라 영업성과를 기준으로 임원들에게 급여를 지급하였으므로 임원급여 전액을 손금으로 인정하여야 한다.

  (가) 청구법인은 2010.3.24. 정기주주총회시 2010년 임원의 보수한도를 OOO원, 2011.3.25. 정기주주총회시 2011년 임원의 보수한도를 OOO원, 2012.3.26. 정기주주총회시 2012년 임원의 보수한도를 OOO원으로 정하였으며, 정기주주총회 및 이사회의 결의에 따라 구체적인 지급시기와 지급율을 정하고 그 범위내에서 임원 4명에 대한 급여(2010년 OOO원)를 지급하였다.

  (나) 청구법인이 위 정기주주총회 의사록을 공증받지 아니한 것은 사실이나, 청구법인과 같은 중소기업들은 공증을 받는 절차 등에 익숙하지 아니하여 관행적으로 공증을 받지 않는 것이 실상이고, 반드시 공증을 받아야 법률행위의 효력이 발생하는 것도 아니다.

  (다) 조사청은 2013년 처분청에 대한 정기감사시 청구법인의 2011년 상여금 지급에 대한 소명을 요구하였고, 이에 청구법인은 매출확대를 위한 임원 개인별 비공식적 경비지출, 거래처 관리비용 증가 및 임원들의 노력에 대한 보상차원에서 상여금을 지급하였다고 소명한 사실이 있다.

  (라) 청구법인은 매출액이 2009년 OOO원으로 OOO원 이상 증가하였다.

 (3) 처분청이 청구법인과 비교대상으로 삼은 비교대상법인(3개) 중 2개는 정상적인 급여체계를 가지지 아니하여 비교대상 모집단 선정이 매우 불합리하므로 처분청이 적정 급여로 본 임원평균급여를 인정할 수 없다.

  (가) 처분청은 청구법인과 2010년 외형이 비슷하고 2009년 대비 2010년 OOO원 정도 외형이 증가한 3개법인(A법인, B법인, C법인)의 임원 총급여평균액을 청구법인의 임원 총급여액과 비교하였으나, 이는 아래와 같이 불합리하다.

   1) A법인을 보면, ① 임원1의 2011년 급여 OOO원, 임원2의 2011년 급여 OOO원으로 같은 임원 간에 급여가 무려 50배 이상의 차이가 있고, ② 임원2의 경우 2011년 급여 OOO원, 2012년 급여 OOO원으로 전년 대비 급여가 19배나 증가한 것으로 나타나므로, A법인의 급여체계를 정상적이라고 볼 수 없다.

   2) B법인을 보면, ① 임원1의 2011년 급여 OOO원, 임원2의 2011년 급여 OOO원으로 같은 임원 간에 급여가 무려 10배 이상의 차이가 나고, ② 임원1의 2010년 급여 OOO원, 2011년 급여 OOO원으로 전년 대비 급여가 4배 이상 증가한 것으로 나타나므로, B법인의 급여체계도 정상적이라고 볼 수 없다.

  (나) 청구법인은 임원들의 급여에 큰 차이가 없고, 2011사업연도 매출총이익이 OOO원에 달하므로 청구법인과 비교대상법인을 비교하는 것은 불합리하다.

  (다) 의약계 언론인 OOO의 105개 도매업체 2010년 영업실적 현황에 따르면, 2010년 외형 OOO원 내외의 법인 중 청구법인의 순이익이 월등하게 높은 것을 알 수 있고, 조사청이 모집단으로 선정한 3개업체가 어떤 업체인지 추정이 불가능하여 모집단 선정 자체가 매우 부적절하다.

  (라) 처분청은 청구법인과 임원의 규모, 업무 및 책임의 범위 등이 상이한 다른 법인의 임원 급여액과 비교하였는데, 이는 「법인세법」 제26조 및 같은 법 시행령 제43조에서 규정하고 있는 과세방법을 따르지 않은 임의적 과세처분으로서, 조세법률주의를 위반하고 세무공무원의 재량의 한계를 초월하였다.

나. 처분청 의견

(1) 주변인 탐문내용․사무실 상황․인장 사용현황․유OOO에 대한 문답․이사회 회의록 필적 감정․내부결재란의 인장 등에 의하면, 유OOO이 일반직원의 10배 이상에 달하는 고액의 연봉을 수령할 만한 전문성이나 기여도 및 실적을 인정할 수 없고, 매일 출근했다는 사실도 확인할 수 없으므로 유OOO에 지급된 급여를 손금으로 인정할 수 없다.

  (가) 조사청 조사관이 2014.8.13. 오전 10시경 청구법인 사무실을 방문하였는데, 당시 유OOO은 출근하지 않은 상태였으며 시간이 한참 경과한 후 모자를 쓴 간편복 차림으로 사무실에 나왔고, 유OOO 전용 사무실엔 책상과 책장이 있었으나 업무관련 서류나 컴퓨터 등은 전혀 찾아볼 수 없었으며, 책상 위에 잡지가 펼쳐져 있고 책상서랍에는 과년도 달력과 쇼핑백 등만 있어 최근까지 중요한 업무를 수행한 자리라고 보기에는 어려움이 있었다.

  (나) 직원들은 유OOO을 ‘사모님’이라 불렀고, 직원 나OOO는 “사모님은 자주 나오지 않아 무슨일을 하는지 잘 모르니 김OOO 과장에게 문의하라”고 답변하였으며, 경리과장 김OOO가 자신의 책상위에 유OOO 이사의 인장을 상시 보관하면서 지출결의서 및 전표 결재 등에 사용하고 있음을 확인하였다.

  (다) 조사청 조사관이 조사 당시인 2014.9.30. 장OOO(2004년부터 10여년간 법인건물에서 학원을 운영)과 김OOO(2010년부터 2013년까지 법인건물에서 학원을 운영)에게 유선으로 통화한바, 장OOO과 김OOO는 법인건물 관리는 1층 경비가 하였으며 임대료 인상이나 임대관련 건의사항 등은 1차로 경리인 김OOO와 협의하고 최종 결정은 윤OOO 전무와 하였으며, 유OOO은 가끔 오가는 것만 보았고 살림하는 사람으로 알고 있다고 답변하였다.

  (라) 조사기간 중인 2014.9.15. 유OOO의 근태현황․이사로서 고유업무․의약품 입찰 등에 관한 전문성 등을 확인하기 위하여 문답서를 작성하였는바, 당시 유OOO은 업무를 하루종일 매달려 하는 것이 아니며 청소상태를 점검하고 오후 법인건물 한바퀴 도는 것이 업무의 일정패턴이며, 주요 담당업무에 대한 구체적인 질문에 관리비 입금(계좌), 청소, 직원 관리에 대해서만 언급할 뿐 현금결제, 지출결의서 결재에 대해서는 현금 결제현황 및 주거래업체에 대해서도 답변하지 못하였고 최근 이사회 회의에서 결정한 내용도 알지 못하고 있었다.

  (마) 청구법인의 2009～2013년 여름휴가계획서에는 모든 직원의 휴가 일정이 표시돼 있으나 유OOO 이사의 일정은 확인되지 않았다.

  (바) 청구법인의 이사회의사록(2011.6.27.)과 조사당시의 문답서(2014.9.15.)에 기재된 유OOO 필적을 국세청 첨단탈세방지센터에 대조․분석을 의뢰하였는데, 동일인이 아닐 가능성이 있는 것으로 확인되었으며, 2011.6.27.자 이사회의사록과 그 외 이사회결의서(2011.1.30., 2011.7.15., 2011.11.20.)에 기재된 유OOO의 필체가 동일한 것으로 보아 유OOO은 이사회에 참석하지 아니하였고, 이사회의사록 등은 김OOO가 대필한 것으로 여겨진다.

  (사) 청구법인은 청구법인의 경비인 조OOO과 전 임차인 장OOO․김OOO가 작성한 사실확인서를 제출하였으나, 청구법인의 영향권에 있는 직원이 작성한 확인서와 자신의 진술이 남에게 해가 됨을 꺼려 조사청에 임의진술한 내용을 번복할 여지가 충분한 전 임차인의 사실확인서가 조사청에 이해관계 없이 임의진술한 내용보다 객관적이고 진실된다고 보기 어렵다.

  (아) 청구법인은 주요매출처 담당임원 및 거래현황과 매출처 주식회사 OOO과 주식회사 OOO 대표이사의 사실확인서를 추가로 제출하였으나, 청구법인은 최초 심판청구시 임원 업무분장도를 제출한 사실이 있는데 위 확인서를 제출한 업체의 매출관리내용은 기재되어 있지 아니하며, 유OOO 본인도 문답서 작성시 주거래처를 전혀 답변하지 못하였으므로, 추가 제출된 위 매출처 확인서가 사실과 다르게 작성되었을 가능성을 배제할 수 없다. 또한 조사청의 조사 당시 유OOO의 담당 업무를 잘 모른다고 답변했던 직원 나OOO와 해당 업체를 공동으로 담당했다는 것도 진실된 내용이라 보이진 않는다.

  (자) 청구법인의 경리과장 김OOO가 2014.8.13. 조사착수일에 조사청에 제출한 사실확인서에는 유OOO의 업무가 “10시 30분 출근, 11시 지출결의서 결재, 15시 전표결재, 18시 퇴근”이라고 기재돼 있으나, 유OOO 본인은 문답서에서 “빌딩관리, 직원관리”가 주요업무(현금결제 및 지출결의서 결재란 답변은 회계사가 함)라 하여 서로 내용이 다르다.

  (차) 청구법인은 유OOO의 직함이 관리이사이고 서울 사옥에서는 직원관리만 하다가 고양 이주 후 빌딩관리도 하고 있다고 주장하나, 청구법인의 내부서류인 ‘여름휴가계획서(2009-2012년)’와 OOO 공문(2008, 2014년)’의 인감 날인현황을 보면 관리이사․총무이사란에 신OOO 이사의 인장이 날인돼 있으므로 유OOO은 총무이사도 관리이사도 아닌 것으로 확인된다.

 (2) 청구법인이 2010년부터 2012년까지 윤OOO 외 2인의 임원에게 지급한 급여는 정관․주주총회․사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 정당하게 결정된 급여지급기준이나 성과평가방법에 의하지 아니하고 과다하거나 부당하게 지급되었다.

  (가) 청구법인의 1989년 설립 당시 정관에는 ‘임원의 보수는 주주총회의 결의로 정한다’로 규정되어 있으며, ‘1997.1.1. 시행 임원보수상여금 및 퇴직금지급규정’(이하 “1997.1.1.규정”이라 한다)에서는 임원에 대한 월보수 및 상여금 지급방법을 규정하고 있다.

  (나) 조사청은 청구법인의 회사설립서류 중 1997.1.1.규정과 이사회결의서 3매(2011.1.30.자, 2011.7.15.자, 2011.10.20.자)를 국세청 첨단탈세방지센터에 의뢰하여 감정하였는바, 1997.1.1.규정에 날인된 명판의 주소가 2005.5.16.자로 행정구역이 변경된 이후의 주소로 확인되었고, 2011.1.30.자 이사회결의서의 서명필흔이 2011.7.15. 서명필흔에서 관찰되었으며, 2011.10.20.자 서명필흔에서 2011.1.30.과 2011.7.15. 서명필흔이 관찰되는 것으로 보아 위 3개의 이사회결의서가 겹쳐진 상태에서 동시에 서명 날인된 것으로 판단된다는 감정결과가 나왔다.

  (다) 청구법인의 2010.3.24.과 2010.3.26. 정기 주주총회 의사록 중 임원보수한도에 대한 2010.3.24.자 의사록은 공증을 받지 않은 반면 임원변경안에 대해서는 공증을 받은 사실, 2011.3.11.자, 2011.3.25.자 주주총회의사록 중 임원보수한도액(OOO원)을 결정한 의사록만 공증을 받지 않은 사실, 2012.3.26.자 임원보수한도 OOO원을 결정한 주주총회 의사록도 공증받지 않은 사실이 확인된다.

  (라) 조사청이 청구법인의 ‘회사설립 서류철’을 확인한바, 2013년 11월 임시주주총회의사록과 2013년 3월 정기주주총회의사록 사이에 2010.3.24. 정기주주총회의사록 및 2011.1.30.부터 2011.11.20.까지의 이사회결의서 등이 편철되어 있는 것으로 보아 2013년 3월부터 2013년 11월 사이에 위 서류들이 작성되었을 것으로 여겨진다.

  (마) 임원보수한도액을 결정하는 주주총회의사록만 공증을 받지 않고 있는 점, 2011년 영업실적에 따른 상여금을 지급한다는 내용으로 작성된 3회의 이사회결의서가 같은 날짜에 서명된 점, 성과지급에 대한 구체적인 평가방법이나 근거서류가 없는 점, 1997.1.1. 시행으로 표기된 임원보수 상여금 및 퇴직금 지급규정이 2005년 행정구역변경 후 주소를 표기하고 있는 점, 2013년 11월과 2013년 3월 공증받은 주주총회의사록 사이에 편철되어 있어 그 시기에 작성된 것으로 여겨지는 점 등으로 미루어 2013년 9월 OOO세무서에 2011년 상여금지급에 관해 소명한 후 미비점을 알고 사후작성하여 급여지급기준 및 시기 등을 보완했을 개연성이 있다.

  (바) 즉 청구법인은 2013.11.7. 임시 주주총회에서야 구체적인 급여지급기준을 마련한 것으로 여겨진다. 따라서 이전 2010년, 2011년, 2012년 임원급여는 정당한(개별적․구체적) 지급기준이나 성과평가방법 없이 지급된 것으로 확인된다.

 (3) 청구법인이 정당한 지급기준 없이 과점주주이자 임원인 OOO남, OOO에게 지급한 급여와 전국 소재 동종업종(도매/의약품)이면서 청구법인과 유사한 규모(2010년 청구법인 외형 OOO원보다 큰)의 13업체 중 2009년 대비 2010년 외형이 OOO원 가량 증가한 3개업체 임원(상위4인)의 평균급여액을 초과하는 금액은 사회통념보다 과다하게 지급된 부당원가이다.

  (가) 청구법인은 네이버 블로그 포스트 내용을 인용하여 국내 10대 물류기업의 사내이사 1인당 연평균 급여가 OOO원이므로 청구법인의 평균 임원 급여 OOO원은 과다하지 않다고 주장하나, 국내 10대 물류기업과 청구법인(의약품 유통업)의 비교는 타당성이 없다.

  (나) 청구법인은, 처분청이 제시한 비교대상기업 중 A법인의 2011년 임원1OOO원)의 급여는 지극히 비현실적인 것으로 임원 간 급여에 큰 차이가 없는 청구법인과의 비교는 매우 불합리하다 주장하나, 비교대상법인의 임원별․연도별 차이 금액을 해소하고자 3개 업체의 평균액을 적용하였으며 비교대상법인 모두 청구법인보다 외형과 외형 증가율이 더 크므로 청구법인에 불리한 적용이 아니다.

  (다) 청구법인의 2010년 외형 OOO원 증가에 따른 2011년 상여금 지급 주장(2013년 OOO세무서에 대한 소명내용 등)을 반영하여 보다 근접한 비교요건을 갖추고자 2009년 대비 2010년 외형이 OOO원 가량 증가한 법인을 선정하였기에 불합리하다고만 할 수는 없다.

  (라) 서울행정법원 2013.6.21. 선고 2012구합43819 판결(전심 사건 조심 2011서197, 2012.9.28.)에서 “사업규모가 유사한 대부업체 중 상위 3개 업체의 대표이사의 평균액을 기준으로 손금불산입의 범위를 정하였다. 이러한 방식은 위와 같은 기준에 따라 정한 것이 아니지만, 상위 3개업체의 대표이사 평균액은 보수인정액을 많이 산정하게 되므로 원고에게 유리한 점, 상위 3개업체의 대표이사 평균액은 원고의 임원인 김○○나 구○○의 보수보다 높아 동 시행령 제43조 제3항을 적용받을 때 보다 유리한 점 등을 고려할 때, 상위 3개 업체의 대표이사 평균액은 어는 정도 통상성이나 경제적 합리성을 갖추었다 볼 수 있으므로 이를 기준으로 손금불산입하여 이루어진 법인세 부과처분 등은 적법하다 할 것이다”라고 판시하고 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 유OOO을 청구법인의 이사로 볼 수 없다고 하여 급여 전액을 손금불산입한 처분의 당부

 ② 청구법인의 임원에 대한 급여가 정당한 지급기준이나 성과평가방법 없이 과다하거나 부당하게 지급되었다고 볼 수 있는지 여부

 ③ 처분청이 산정한 임원평균급여를 시가(적정 급여)로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령

 (1) 법인세법 제19조[손금의 범위]

  ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

 제26조[과다경비 등의 손금불산입] 다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 인건비

 제52조[부당행위계산의 부인] ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

 (2) 법인세법 시행령

 제19조[손비의 범위] 법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

3. 인건비

 제43조[상여금 등의 손금불산입] ② 법인이 임원에게 지급하는 상여금중 정관․주주총회․사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 금액을 초과하여 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

③ 법인이 지배주주등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 임원 또는 사용인에게 정당한 사유없이 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 사용인에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

④ 상근이 아닌 법인의 임원에게 지급하는 보수는 법 제52조에 해당하는 경우를 제외하고 이를 손금에 산입한다.

⑦ 제3항에서 “지배주주등”이란 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상의 주식 또는 출자지분을 소유한 주주등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 주식 또는 출자지분의 합계가 해당 법인의 주주등 중 가장 많은 경우의 해당 주주등(이하 “지배주주등”이라 한다)을 말한다.

 제88조 [부당행위계산의 유형 등] ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

7. 금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율․요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우

9. 그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우

다. 사실관계 및 판단

 (1) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

  (가) 처분청이 제시한 심리자료 및 과세근거는 아래와 같다.

   1) 조사청의 청구법인에 대한 조사 당시(2014.8.13.경) OOO의 책상과 책장, OOO 경리과장 책상(유OOO의 인장이 있음) 등을 촬영한 사진을 제시하였다.

   2) 조사청 조사관이 작성한 ‘청구법인 유OOO 업무관련 확인 사항 보고서’(2014.9.30.) 주요내용은 다음과 같다.

   3) 조사청의 조사 당시 작성된 유OOO과의 문답서(2014.9.15.) 주요내용은 아래와 같다.

   4) 청구법인 경리과장 김OOO가 2014.8.13. 조사청에 작성해서 제출한 ‘유OOO 이사 업무일정’(메모 형식)은 아래과 같은 내용이다.

   5) 2009년부터 2013년까지 청구법인의 여름휴가계획서에는 대표이사 및 직원들의 휴가일정이 기재되어 있으나, 유OOO의 이름은 나타나지 아니한다.

   6) 국세청 첨단탈세방지담당관의 문서감정서(2014.10.29.) 내용은 아래와 같다.

 * 2011.6.27.자 이사회의사록은 의약품 외상거래에 따른 담보설정건임

   7) 조사청이 세무조사 당시 청구법인의 ‘회사설립 서류철’에 보관돼 있는 서류 중 임원 급여 관련 서류를 확인하여 작성일자 순으로 정리한 내용은 아래와 같은바, 편철된 순서(표지와 매듭이 있는 상단부터)는 2014.3.21. 정기주주총회 의사록, 2013.11.7. 임시주주총회의사록, 2011.1.30. 이사회결의서, 2011.7.15. 이사회결의서, 2011.11.20 이사회결의서, 임원보수상여금 및 퇴직금지급규정(1997.1.1. 시행일자만 기재돼 있고 작성일자 없음), 2010.3.24 정기주주총회의사록, 2013.3.27. 정기주주총회의사록, 2013.3.27. 이사회의사록, 이하 2012년 이전 서류로 확인되었다.

(단위 : 백만원)

   8) 청구법인의 여름휴가계획서(2009, 2010, 2011, 2013년) 5매 및 청구법인이 내부공람한 OOO 공문(2008, 2014년) 3매를 보면, 관리이사란에 신OOO식의 도장이 날인되어 있다.

  (나) 청구법인이 제출한 증거자료 등은 아래와 같다.

   1) 유OOO순이 이사로 근무하고 있다는 관련인들의 확인서를 아래와 같이 제출하였다.

    가) 장OOO(법인건물 임차인)의 사실확인서

    나) 조OOO(법인건물 경비원)의 사실확인서

    다) 김OOO(경리과장)의 사실확인서

    라) 김OOO(법인건물 임차인)의 사실확인서

2) 유OOO이 사무실에 앉아 있는 사진, 1992년부터 2015년까지 청구법인의 창립기념일, 사옥 준공 기념식, 직원 야유회 등의 사진(유OOO이 있음)을 제출하였다.

   3) 주식회사 OOO 대표이사 이OOO(2015.9.11.자, 신분증 첨부)과 주식회사 OOO 대표이사 김OOO(2015.9.11.자, 신분증 첨부)가 작성한 사실확인서에는, 유OOO 이사 및 나OOO 대리와 업무협의를 하고 있다는 내용이 기재되어 있다.

   4) ‘청구법인 임원 업무분장도’(시기는 기재되지 아니함) 중 유OOO 관련 부분은 아래와 같은 내용이다.

   5) 2010.3.24.자 정기주주총회 의사록, 2011.3.25.자 정기주주총회 의사록, 2011년 이사회결의서(2011.1.30.자, 2011.7.15.자, 2011.11.20.), 2012.3.26.자 정기주주총회 의사록에는 유OOO 이사로 기재되어 있고 도장이 날인되어 있다.

  (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 유OOO을 청구법인의 이사로 볼 수 없다고 하여 유OOO에게 지급된 급여 전부를 손금불산입하였으나, 유OOO이 청구법인 설립 초기부터 주주 및 이사로서 법인의 설립 및 운영에 관여한 것으로 나타나는 점, 청구법인 내에 유OOO의 전용 사무실이 있는 점, 유OOO이 과거 청구법인의 창립기념일 및 법인건물 준공식 뿐만 아니라 이 건 과세기간(2009사업연도～2013사업연도) 중에도 매년 직원 야유회에 참석하고 있는 것으로 나타나는 점, 법인건물 임차인들이 조사청 조사관에게 답변한 내용을 보면 유OOO이 가끔 법인건물에 출근하고 일부 법인건물을 관리하였다는 내용도 나타나는 점, 일부 서류에 유OOO이 아닌 자가 서명한 의심이 있다거나 담당업무의 중요정도 및 숙지정도 등을 이유로 등기된 이사의 자격을 부인하기는 어려운 점 등에 비추어 유OOO의 급여 전부를 손금불산입한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

      따라서, 청구법인이 유OOO에게 지급한 2009사업연도 급여 OOO원과 2013사업연도 급여 OOO원은 전액 손금에 산입하고, 2010사업연도부터 2012사업연도까지 지급한 급여는 주문과 같이 적정 급여를 재조사하여 이를 손금에 산입하는 것이 타당하다고 판단된다.

 (2) 다음으로 쟁점②․③에 대하여 살펴본다.

  (가) 처분청과 청구법인이 제출한 제출한 심리자료는 아래와 같다.

   1) 청구법인의 매출액과 급여내역은 아래와 같은바, 임원의 급여를 보면 2010년 140%, 2011년 75% 증가하였으나, 사용인의 급여는 2010년 35%, 2011년 17%만 증가한 것으로 나타난다.

(단위 : 원)

   2) 처분청이 제출한 청구법인과 전국 동종 업종의 매출액 대비 급여 비율은 아래와 같다.

(단위 : %)

   3) 처분청은 전국 소재 동종 업종(도매/의약품), 유사규모(OOO원 내외) 업체 중 2009년 대비 2010년에 OOO원 이상 외형이 증가하여 청구법인의 외형증가율과 유사한 3개 업체 임원(상위 4인)의 총급여평균액과 청구법인의 임원(OOO) 총급여액을 비교하여(정상근무하지 않는 유OOO은 비교금액에는 포함하였으나 부인액에서는 차감) 아래와 같이 그 차액을 손금 불산입하였다.

<비교대상법인의 임원별 급여내역>(단위 : 원)

<청구법인의 임원별 급여내역>(단위 : 원)

< 처분청의 손금부인액 산출내역>(단위 : 원)

   4) 청구법인은 OOO 등이 실시한 의약품 입찰에 낙찰되었다는 내용이 나타나는 OOO 등의 인터넷 기사 출력물을 제시하였고, OOO가 분석한 105개 약품도매업체의 2010년도 영업실적 현황을 제출하였다.

   5) 청구법인은 2013.9.5. 과세관청에 아래와 같이 임원상여금 증가사유에 대하여 소명한 사실이 있는 것으로 나타난다.

   6) 청구법인은 임원급여의 결정과 관련된 주주총회 및 이사회결의서를 아래와 같이 제출하였다.

    가) 2010.3.24.자 정기주주총회 의사록(공증은 안됨)

    나) 2011.3.25.자 정기주주총회 의사록(공증은 안됨)

    다) 2011.1.30.자 이사회결의서(공증은 안됨)

    라) 2011.7.15.자 이사회결의서(공증은 안됨)

    마) 2011.11.20.자 이사회결의서(공증은 안됨)

    바) 2012.3.26.자 정기주주총회 의사록(공증은 안됨)

  (나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 정관, 주주총회 및 이사회 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 따라 임원들에게 보수를 지급하였으므로 쟁점임원급여 전부를 손금에 산입하여야 한다고 주장하나, 조사청의 조사내용을 보면 임원보수규정(1997.1.1.규정)이 추후 작성된 것으로 나타나고, 2011년에 작성된 3개의 이사회결의서가 같은 날 동시에 작성된 것으로 나타나는 등 청구법인의 임원보수규정을 신뢰하기 어려운 점, 주주총회 의사록 및 이사회결의서의 내용을 보더라도 개별적․구체적인 지급기준이나 성과평가방법 등이 확인되지 아니하는 점, 2010년부터 2012년까지 청구법인과 동종 업종의 매출액 대비 급여 비율을 보면 청구법인이 높게 나타나고 있는 점 등에 비추어 청구법인의 임원 보수가 통상적인 임원의 보수보다 과다하게 지급되었다고 보이므로 쟁점임원급여 전부를 손금산입하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

  (다) 다음으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인과 업종, 매출액 및 그 증가율, 영업이익 등이 유사한 비교대상법인을 선정하고 그 임원들의 급여를 평균하여 통상적인 임원 보수라 할 수 있는 적정 급여를 산정하였다는 의견이나, C(주)의 임원 급여는 적정한 급여로 보이는 반면 (주)A의 임원 급여(OOO원 등)는 이를 통상적인 임원보수로 보기 어려운 점, 처분청은 2010년 적정한 임원급여(4인)를 OOO원으로 보았는데 청구법인의 2009년 임원급여(유OOO 포함 4인)는 OOO이고 2009년 대비 2010년의 매출액이 약 OOO원 이상 증가한 점을 감안하면 처분청이 산정한 임원평균급여를 합리적인 임원 보수라고 볼 수 없는 점, 청구법인은 중․대형 병원에 의약품을 안정적으로 매출하여 저비용 구조의 업체로 나타나는데 비교대상법인이 청구법인과 동일하거나 유사한 매출구조 및 영업형태인지 등이 제시되지 아니한 점 등에 비추어 처분청이 비교대상법인의 평균임원급여를 통상적인 임원 보수로 보고 이를 초과하는 금액을 손금불산입한 것은 잘못이 있다고 판단된다.

      다만, 쟁점②에서 살펴본 바와 같이 청구법인의 쟁점임원급여를 적정하다고 볼 수 없으므로 2010～2012사업연도 외 사업연도의 청구법인 임원 급여 수준 및 추이 등을 고려하고, 청구법인과 업종 및 영업형태, 매출액 및 그 증가액, 영업이익율 등이 유사한 법인[(주)A는 제외]을 비교대상법인으로 다시 선정하는 등의 방법으로 적정 급여를 재조사하여 그 결과에 따라 각 사업연도 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.