주 문

OOO세무서장이 2016.5.13. 청구법인에게 한 2011년부터 2015년까지 귀속 원천징수분 근로소득세 합계 OOO원의 부과처분은 청구법인의 겸직교수 및 임상교수요원이 지급받은 <별지1> 연구비를 기타소득으로 보아 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 「국립대학병원 설치법」에 따라 설립된 법인으로써 정관에 따라 본원은 부산광역시에, 분원은 경상남도 양산시에 두고 있고, 청구법인에는 OOO대학교 소속 교수로서 OOO으로부터 겸직허가를 받아 청구법인에서 근무하는 교수(이하 “겸직교수”라 한다) 및 청구법인이 직접 임용한 임상교수요원(이하 임상교수요원와 겸직교수와 통틀어 “겸직교수 등”이라 한다)이 근무하고 있다.

나. 겸직교수 등은 청구법인에서 근무하면서 제약회사나 임상시험 전문회사 등 외부기관(이하 “의뢰기관”이라 한다)이 발주한 임상시험 연구용역(이하 “쟁점용역”이라 한다)도 수행하였다.

다. 쟁점용역의 계약당사자는 의뢰기관과 청구법인이고, 겸직교수 등은 연구책임자이었으며, 쟁점용역계약에 따라 의뢰기관은 청구법인에게 용역대가를 지급하고, 청구법인은 겸직교수 등에게 연구비(이하 “쟁점연구비”라 한다)를 지급하였다.

라. 청구법인은 2011년～2015년 귀속 쟁점연구비 등 OOO원을 기타소득으로 원천징수하여 신고·납부하였다.

마. OOO지방국세청장은 2016.1.20.부터 2016.3.10.까지 청구법인에 대하여 세무조사를 실시하여 청구법인이 겸직교수 등에게 지급한 쟁점연구비 등은 기타소득이 아니라 겸직교수 등이 청구법인과 고용관계에 따라 근로를 제공하고 받은 근로소득으로 보아야 한다는 조사결과를 처분청에 통보하였고, 이에 처분청은 2016.5.13. 청구법인에게 2011～2015년 귀속 원천징수분 근로소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

바. 청구인은 이에 불복하여 2016.8.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 쟁점연구비는 겸직교수 등이 청구법인에게 근로를 제공함으로써 받은 급여가 아니므로, 「소득세법」상 근로소득에 해당하지 아니한다.

  (가) 쟁점용역 수행은 고용관계와 무관하다.

    「소득세법」제20조 제1항 제1호에서 근로소득은 근로를 제공함으로써 받는 급여라고 규정하고 있는바, 쟁점연구비가 근로소득이 되려면 지급된 돈에 근로제공과의 대가성이 인정되어야 한다(대법원 2006.10.13. 선고 2005두11203 판결, 참조).

    처분청은 청구법인과 겸직교수 등의 사이에 고용관계가 존재하므로 쟁점연구비가 근로소득에 해당한다고 주장하지만, 「소득세법」상 근로소득은 형식적인 고용관계가 성립하는지의 여부를 넘어 사용자가 지급하는 돈이 근로제공에 대한 대가일 것을 요하는 것이다.

   「소득세법 시행령」제41조 제12항이 고용관계가 성립하는 대학과 교수 사이에서 대학이 지급하는 연구비를 기타소득으로 하도록 규정하고 있는 것은 근로관계가 성립한다고 하여 반드시 그 사이에 지급된 금원을 근로소득으로 보는 것은 아님을 전제한 것이다.

    근로제공과의 대가성은 쟁점용역을 수행할 목적으로 고용되었는지의 여부와 밀접한 관련이 있다 할 것인데(국세청 법인46013-1589, 1999.4.28., 법인46013-1450, 1999.4.16. 등, 참조), 임상시험 용역을 수행하도록 할 목적으로 청구법인이 겸직교수 등을 고용한 것이 아님이 분명하므로 쟁점연구비는 근로제공과의 대가성이 인정되지 않는다. 그러므로, 쟁점용역과 같은 외부 위탁용역을 수임하지 못한다고 하여 고용관계에 기초하여 징계 등을 하여 책임을 물을 수 없는 것이다.

    관련 법령 또는 임용계약상 겸직교수 등의 업무 범위에 “연구”가 포함되어 있다는 이유로 쟁점용역을 수행할 목적으로 고용된 것이라고 본다면, 모든 대학 교수에 대하여 「소득세법 시행령」제41조 제12항이 적용되는 경우는 없게 되어 무의미한 규정이 된다.

    또한, 근로제공과의 대가성은 해당 소득이 근로조건의 내용을 이루고 있는 급여인지(수원지방법원 2014.6.19. 선고 2013구합6726 판결)를 고려하여 판단한다.

    겸직교수 등의 경우 관련 법령 및 임용계약상 정해진 급여만이 근로조건의 내용을 이루고 있는 급여이고, 쟁점연구비는 별도의 자체 연구관리비 규정에 따라 지급되는 별도의 인건비이며, 쟁점연구비는 본래의 급여와 별도로 임의적․비정기적으로 발생하고, 사용자인 청구법인은 쟁점연구비의 발생 여부나 금액을 예측하거나 통제할 수 없다.

  (나) 겸직교수 등은 쟁점용역을 독립적으로 수행한다.

    법원과 조세심판원은 근로제공의 종속성 여부에 의하여 근로소득 해당 여부를 판단하여 왔고, 근로제공의 종속성은 업무내용을 사용자가 정하는지, 사용자가 상당한 지휘·감독을 하는지, 노무제공자가 독립하여 자신의 계산으로 위험을 스스로 안고 사업을 영위하는지, 기본급이나 고정급이 정하여졌는지, 계속성이 있는지 등을 고려하여 판단한다(대법원 1994.12.9. 선고 94다22859 판결 등, 참조).

    겸직교수 등은 의뢰기관이 겸직교수 등에게 보낸 임상시험 용역 소개 및 제안 이메일을 직접 수신하여 연구용역을 청약받고, 해당 용역을 수행할지 여부를 스스로 판단하여 결정하여 승낙하는 등 쟁점 용역을 독립적으로 수주한다.

    또한, 쟁점용역은 「약사법」등에 따라 청구법인이 아니라 임상시험심사위원회나 식약처가 중요한 통제권한을 가지며, 청구법인이 지시·감독하거나 개입하지 않는다.

    또한, 비품 조달이나 개인 연구보조원 고용시 겸직교수 등이 개인 자금으로 비용을 지출하였고, 쟁점용역의 성패는 청구법인이 아니라 겸직교수 등 개인의 경력과 명성에 영향을 미치며, 쟁점용역과 관련하여서는 기본급·고정급도 보장되지 않고 쟁점 연구비 책정에 청구법인은 전혀 관여하지 않는다.

    쟁점용역 수행 여부는 전적으로 개별 용역계약에 따른 것이므로, 업무는 비정기적으로 이루어지고 계속·반복성이 없는바, 쟁점용역 수행에 관하여 종속성을 인정할 수 없으므로 쟁점연구비는 근로소득에 해당하지 아니한다.

 (2) 쟁점연구비는 인적용역을 일시적으로 제공하고 받는 대가로서 「소득세법」상 기타소득에 해당한다.

  (가) 쟁점용역은 비정기적·일시적 용역이며, 쟁점연구비는 비정기적으로 발생한다.

    「소득세법」제21조 제1항 제19호에서 인적용역을 일시적으로 제공하고 받는 대가를 기타소득으로 규정하고 있는바, 쟁점용역은 개별 용역계약에 따라 제공되는 인적용역이고, 비정기적으로 의뢰기관으로부터의 임상시험연구비 수익이 발생하며, 책임연구자에 대한 연구비 지출 또한 비정기적으로 발생하고, 용역수행이 종료되어 연구비 집행이 종료되면 더 이상 연구 관련 수입은 발생하지 않는다.

    청구법인 혹은 OOO대학교로부터 기본급 또는 고정급이 지급되고 있는 것은 고용관계 및 근로계약에 따른 것으로써 임상시험센터위탁연구비관리지침(이하 “연구비관리지침”이라 한다)에 따라 지급되는 쟁점연구비와는 전혀 다른 급여이다.

  (나) 쟁점용역은「소득세법 시행령」제41조 제12항에서 규정한 대학이 자체 연구관리비 규정에 따라 대학에서 연구비를 관리하는 경우에 교수가 제공하는 연구용역에 해당한다.

   「소득세법 시행령」제41조 제12항에서 같은 법 제21조 제1항 제19호 다목의 규정에 따른 일시적 인적 용역에 “대학이 자체 연구관리비 규정에 따라 대학에서 연구비를 관리하는 경우에 교수가 제공하는 연구용역이 포함”된다고 규정하고 있다.

    위 규정은 대학이 계약주체가 되어 임상시험 연구용역계약을 체결하고 그에 따라 대학이 직접 연구비를 관리하는 경우, 그 소속 교수가 고용관계와 무관히 인적용역을 제공하며 수령한 인건비에 대해서는 사업성과 근로성을 인정할 수 없으므로, 기타소득으로 구분하여야 한다는 것을 분명히 한 것이다.

    위 규정에 따르면 대학이 자체 연구관리비 규정에 따라 대학에서 연구비를 관리하는 경우에 교수가 제공하는 연구용역에 대한 대가는 기타소득에 해당한다.

    조세심판원은 쟁점연구비와 유사한 성격의 대학병원 연구비에 대하여 「소득세법」제21조 제1항 제19호 및 같은법 시행령 제41조 제12항에 따른 기타소득에 해당한다는 입장을 취하고 있다.

    사립대학교 부속병원(조심 2014중5091, 2015.2.26.)의 경우 뿐만 아니라, 청구법인과 같이 대학과 독립된 법인인 국립대학병원(조심 2015구5765, 2016.6.13.)의 경우에도 위 시행령에서 규정한 “대학”이 자체 연구관리비 규정에 따라 연구비를 관리하는 경우로 보아 쟁점연구비와 성격이 동일한 연구비를 기타소득으로 봄이 타당하다고 결정한 바 있다.

    또한, 쟁점용역계약은 의뢰기관과 청구법인 사이에 체결되고, 이에 따라 쟁점연구비는 근로계약과 관계 없이 청구법인의 연구비관리지침에 따라 관리되므로, 쟁점연구비는 자체 연구관리비 규정에 따라 대학에서 관리하는 연구비에 해당한다.

    한편, 국립대학인 청구법인 소속 겸직교수는 「국가공무원법」상 교육공무원으로서 「고등교육법」제14조에 따른 교수이자 교원이고, 임상교수요원의 직명과 자격은 「고등교육법」을 준용(국립대학병원 설치법 제16조 제2항)하는 등 임상교수요원 또한 교수에 준하는 지위에 있다. 따라서 겸직교수 등이 쟁점용역을 제공하고 그에 대한 대가로 수취하는 쟁점연구비는 “교수가 제공하는 연구용역에 대한 대가”에 해당함이 분명하다.

(다) 겸직교수 등은 필요경비를 지출하므로, 쟁점연구비를 기타소득으로 보아야 실질적인 과세대상 소득에 대하여 과세하는 것이 된다.

    「소득세법」에서 일시적 인적용역에 따른 기타소득에 대해 그 80%의 필요경비를 인정하는 것은 대부분의 인적용역 소득자들이 무형의 권리 또는 소득창출능력를 형성할 때까지 아무런 수입이 없는 상태에서 상당한 비용을 지출한다는 점을 고려한 것이다.

    겸직교수 등의 경우 쟁점용역을 제안받고 수행함에 앞서 다른 의사나 교수에 비해 해당 분야에서 학술적․임상적으로 두드러진 성과를 이루기 위해 오랜 기간 유․무형의 노력을 기울였다.

    여기에는 개인이 수만 시간을 들여 연구하고 진료한 것 외에도, 연구를 위해 지출한 수십년 간의 서적․참고문헌 구입비용, 학회 참석 비용, 인적 네트워크 구축비용 등이 포함된다.

    이에 더하여 쟁점용역과 관련하여서는 임상시험이라는 특수한 기술을 습득하기 위하여 국내·외에서 학습하고 훈련해야 한다. 이렇듯 쟁점연구비라는 소득을 얻기 위해서 산정하기 힘든 비용이 이미 지출되었다.

    뿐만 아니라, 쟁점용역계약 체결 전, 수행과정, 완료 후 발생하는 비용을 겸직교수 등이 쟁점연구비 내에서 직접 지출한 내역이 아래 <표1>과 같이 확인된다.

<표1> 겸직교수 등이 쟁점연구비 내에서 직접 지출한 비용

    위와 같이 쟁점용역 수행과 관련하여 겸직교수 등이 직․간접적으로 지출한 유․무형의 비용이 상당함에도 불구하고 쟁점연구비를 근로소득으로 보아 과세한다면, 공제받지 못하는 필요경비가 많아져 형평에 어긋나므로, 쟁점연구비는 기타소득으로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

 (1) 근로소득과 기타소득을 판단함에 있어 고용관계의 성립 여부는 중요한 요소이고,청구법인에서 근무하는 겸직교수는 OOO대학교 의과대학에 소속된 교수로 OOO대학교 총장의 허가를 받아 청구법인이 임명하고, 임상교수요원은 겸직교수와는 달리 OOO대학교와는 별개로 청구법인이 직접 고용하여 왔다.

   청구법인의 정관 제6조에서 병원장 승인 없이는 영리사업 및 겸직이 금지된다고 명시하고 있어 겸직교수 등은 청구법인의 승인이 없이는 청구법인 정관에서 명시하고 있는 목적사업(교육·연구·진료) 이외의 어떠한 업무도 할 수 없도록 되어 있고, 청구법인의 정관 제34조 제1항 및 제35조에서 교육·연구·진료 실적이 부진할 경우 겸직을 해제할 수도 있도록 되어 있으므로, 쟁점용역이 청구법인과의 고용관계와 무관하게 독립적으로 수행한 용역이라는 청구주장은 받아들일 수 없다.

   겸직교수 등의 쟁점용역은 청구법인과의 근로계약 기간 내, 근로시간 중 청구법인의 근로제공 장소에서 이루어진 것이고, 외부의 의뢰기관은 겸직교수 등이 환자모집 등 임상연구환경이 유리한 청구법인에 고용되어 있기 때문에 겸직교수 등을 필요로 하는 것이므로 겸직교수 등이 청구법인의 고용과 관계 없이 독립적으로 용역을 수행하기는 어렵다.

 (2)청구법인의 정관 제3조 및 제5조에서 명시하고 있듯이 청구법인에 소속된 겸직교수 등은 쟁점용역 이외에도 교육·연구·진료 등 다양한 목적을 위하여 고용되었고, 병원에서 근무하는 의사의 업무 비중은 일반적으로 진료 관련 업무가 대부분이라 할 수 있지 연구 업무가 주 업무라고는 할 수 없으므로 연구업무를 수행하는 겸직교수 등의 인원이 적은 것은 당연한 것이므로, 쟁점용역을 수행하는 겸직교수의 인원이 적다는 이유로 청구법인과의 고용관계와는 별개로 쟁점용역이 이루어졌다는 청구주장은 타당하지 않다.

 (3) 「소득세법」제20조 제1항 소정의 근로소득은 지급형태나 명칭을 불문하고 성질상 근로의 제공과 대가관계에 있는 일체의 경제적 이익을 포함할 뿐만 아니라, 직접적인 근로의 대가 외에도 근로를 전제로 그와 밀접히 관련되어 근로조건의 내용을 이루고 있는 급여도 포함되는 것(대법원 2007.10.25. 선고 2007두1934 판결, 참조)이고, 「소득세법 시행령」 제38조에서 「소득세법」 제20조에 따른 근로소득에는 연구수당, 그 밖에 이와 유사한 성질의 급여가 포함된다고 명시되어 있으므로, 청구법인이 용역계약 주체가 되어 진행하는 연구용역을 겸직교수 등이 수행하고 지급받은 쟁점연구비는 그 지급방법이나 명칭여하에 불구하고 근로소득에 해당하는 것이다.

 (4) 임상연구용역 수행에서 고용자인 병원의 역할이 중요하다. 「약사법」 등 관련 법령에서는 임상실시기관의 장과 계약을 체결하도록 강제하고 있고, 의뢰기관의 입장에서는 청구법인과 계약을 함으로써 의뢰한 연구가 안정적으로 진행될 수 있으며, 연구수행과정에 있어서도 청구법인의 인적·물적 지원을 받을 수 있는 것이고, 겸직교수 등은 실질적으로 연구를 담당하는 책임연구원이므로 메일수신 등 일차적인 접촉 및 결정을 하는 것은 당연한 것이며, 연구활동과 관련한 세부적인 결정을 책임연구원이 한다고 하여 이를 두고서 책임연구원이 병원과 별개로 독립적으로 제약회사 등에게 연구용역을 제공한 것으로 볼 수 없는 것이다.

   청구법인이 계약당사자로 제약회사 등과 연구용역 계약을 체결하고 연구용역비를 청구법인이 전액을 직접 수령하여 청구법인의 수익으로 계상하고, 연구관련 직·간접비용을 청구법인이 집행한 후 경비로 계상하였으며, 겸직교수 등에게는 실질소득인 인건비만을 지급하는 점 등으로 보아 겸직교수 등과의 고용관계를 전제로 연구용역이 이루어졌음이 명백하다.

   청구법인의 임상시험센터에서 작성한 ‘임상시험센터 잔여연구비 활용방안(증14)’ 내부기안문에 의하면, 연구자의 임상연구 종료 이후 잔여연구비는 청구법인 진료과에 필요한 장비 등 구입 및 병원발전위원회, 의학연구재단, 의과대학발전재단에 목적기부금 등으로 사용하는 등 청구법인에 귀속시킨 것으로 확인되는바, 청구법인의 주장처럼 겸직교수 등이 쟁점용역을 청구법인과의 고용관계와는 무관하게 독립적으로 행하였으며 쟁점연구비가 그에 대한 대가로 지급받은 소득이라면 잔여연구비의 귀속자는 당연히 겸직교수 등이 되어야 함에도 청구법인에게 귀속된다는 사실은 쟁점용역이 고용관계를 전제로 병원인 청구법인의 통제를 받고 있음을 방증한다.

 (5) 겸직교수 등이 근로자로서 쟁점용역을 수행한 것으로 보는 이유는 다음과 같다.

  (가) 겸직교수 등은 연구용역을 수행하는 실무자이므로 의뢰기관이 업무를 진행시 협의를 한 것이고, 그 기관장이 실무업무를 직접 진행하지는 않는 것이 일반적인 상식이므로, 실무를 겸직교수 등이 한다고 하여 병원인 청구법인이 연구용역에 관여하지 아니한 것으로 보아야 한다는 청구주장은 타당하지 않다.

  (나) 겸직교수가 쟁점용역을 수행한다고 해서 겸직교수로서의 업무를 수행하지 않는 것이 아니므로 청구법인의 복무규정 등을 적용받지 아니한다고 볼 수 없다.

  (다) 어떤 연구든 간에 계약이 체결되고, 책임자가 지정되고 나면 진행과정에서 대학병원은 연구결과가 나올 때까지 다방면의 지원을 해줄 뿐 특별히 책임자에게 지휘나 간섭, 통제를 하지는 않는데, 이를 두고 청구법인과 독립적으로 용역을 수행하였다고 주장하는 것은 이치에 맞지 않다.

  (라) 청구법인과 겸직교수 등의 근로조건 체결 내역 어디에도 청구법인의 목적사업 이외의 업무와 관련된 일을 겸직교수 등이 근무시간 내에 수행해도 된다는 조항은 없다.

  (마) 청구법인은 겸직교수 등이 개인 비용으로 문구류 등 비품을 구입하고, 개인연구 간호사를 고용하여 급여를 지급하였다고 주장하나, 세무조사시 청구법인으로부터 제출 받은 회계처리 내역서에 의하면 청구법인의 경비로 사무용품 구입비 및 연구 간호사 인건비 등을 지급한 후 비용 계상된 것이 확인되므로 겸직교수 등 개인 비용으로 해당 경비를 사용했다는 주장은 받아들일 수 없다.

  (바) 청구법인은 쟁점용역 수행결과가 적절하지 못할 경우, 책임연구자인 겸직교수 등 개인의 경력과 명성에만 차질이 발생한다고 하나, 이는 책임연구자 뿐만 아니라 임상실험 주관기관인 대학병원(청구법인)의 명성에도 크게 해를 끼치는 일이 되므로 결코 책임연구자 혼자만의 문제는 아니다.

  (사) 겸직교수의 경우 기본급이나 고정급은 원 소속기관인 OOO대학교에서 지급되고, 청구법인은 청구법인에게 제공하는 근로의 대가인 진료와 관련된 진료수당․연구수당 등을 지급하고 있다.

    임상교수요원의 경우 OOO대학교와는 별개로 청구법인의 목적사업(교육·진료·연구)을 위하여 청구법인이 자체적으로 고용 후 임용계약서를 작성하여 고용관계가 이루어지므로 기본급 또는 고정급이 청구법인에게서 지급되고 있고, 쟁점용역과 관련된 연구수당이 별도로 지급되고 있다.

 (6) 청구법인은 연구비 수입 및 지출 내역 예시 표를 제출하며 비정기적·일시적으로 의뢰기관으로부터 임상시험연구비 수익이 발생하고, 책임연구자 연구비 지출 또한 비정기적으로 발생하였다고 주장하나, 청구법인이 제출한 임상시험연구 계약체결 내역에 의하면 임상연구계약서상 연구과제 수행기간이 2011년 평균 746일, 2012년 평균 721일 등으로 통상 1년 이상 장기간에 걸쳐 수행되고 있음이 확인되고, 심의대상법인 연구비운용세칙 제7조에서도 ‘연구과제의 연구기간은 1년을 원칙으로 한다’라고 명시하고 있는 등 연구용역을 일시적으로 제공하는 것이 아니라 계속적·반복적으로 제공하고 있다.

 (7) 「소득세법 시행령」제41조 제12항은 ‘대학’이 자체 연구관리비 규정에 따라 대학에서 연구비를 관리하는 경우에 교수가 제공하는 연구용역은 기타소득에 포함된다는 규정으로, 「국립대학병원 설치법」이라는 특별법에 의해 설립된 청구법인은 ‘대학’과는 별도로 분리된 독립법인이므로 상기 법규를 적용할 수 없다.

   대학병원이 연구주체가 되어 연구계약을 체결한 후, 고용관계에 있는 교수에게 연구용역을 수행하게 하고 지급하는 연구비는 근로소득에 해당한다는 것은 과세관청의 일관된 해석(국세청 원천세과-316, 2010.4.15., 원천세과-218, 2012.4.23 외 다수)이다.

   「소득세법 시행령」제41조 제12항에 따라 기타소득으로 볼 수 있는 경우는 교수 등이 제공한 연구용역이 연구주체와의 고용관계에 따른 근로제공과 관련이 없다는 사실이 그 전제가 되어야 하는 것이고, 근로제공과 관련 없이 독립적으로 용역을 제공하고 지급받은 대가는 사업소득이 아닌 기타소득으로 보아야 한다는 규정일 뿐이다.

 (8) 쟁점연구비를 기타소득으로 인정할 경우, 이미 청구법인이 수령한 총 연구용역비 중 직접비, 간접비 등 필요경비를 병원인 청구법인이 기 손금으로 계상한 후 겸직교수 등의 실질소득인 연구수당만을 쟁점연구비로 지급하였음에도 불구하고, 그 필요경비로 80%를 의제하는 기타소득으로 인정하게 되면 결국 이중으로 비용을 인정하는 결과를 초래한다.

 (9) 청구법인이 제시한 조세심판원 선결정례(조심 2014중5091, 2015.2.26. 등)는 연구원 각자의 부담으로 연구보조원의 인건비를 지급하고 각종 간접비를 연구원 각자의 부담으로 지출한 사실이 인정되어 연구원이 수령한 연구비에서 각자의 부담으로 지출한 필요경비를 공제하는 것이 연구원들의 실질소득이라는 청구주장을 받아들인 것이고,

   이 건의 경우 직접․간접연구비를 청구법인의 경비로 계상한 후 겸직교수 등의 실질소득인 연구수당(인건비성 경비)만을 지급하였고, 잔여연구비는 청구법인에 귀속시킨 점, 정관 및 연구비운용세칙에서 고용관계를 전제로 연구용역이 이루어지고 있음이 명백히 확인되는 점 등 사실관계가 상이하므로 청구법인이 제시한 선결정례를 이 건에 원용하는 것은 타당하지 않다.

   따라서, 겸직교수 등은 청구법인과 임상연구를 포함하여 고용관계에 있는 점, 쟁점용역은 청구법인의 근로제공 장소에서 근로계약 기간 중 근로시간 내에 이루어지고 있는 점, 청구법인이 쟁점용역의 계약주체로 연구개발용역을 위탁받아 쟁점연구비를 직접 관리하는 점, 쟁점용역이 일시적이지 않고 수년간 계속적 반복적으로 수행되고 있는 점, 청구법인이 쟁점연구과제를 선정하고 관리하는 점, 잔여연구비를 청구법인이 활용하는 점, 위탁연구비 수령총액이 아닌 연구수행 관련 직․간접비를 제외한 겸직교수 등의 순수 인건비만을 쟁점연구비로 지급한 점 등에 비추어 쟁점용역은 겸직교수 등이 청구법인과의 고용관계에 따라 종속적․계속적으로 제공한 것이므로 쟁점연구비는 근로소득으로 봄이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

 쟁점연구비가 기타소득에 해당한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 소득세법

 제20조【근로소득】 ① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 근로를 제공함으로써 받는 봉급ㆍ급료ㆍ보수ㆍ세비ㆍ임금ㆍ상여ㆍ수당과 이와 유사한 성질의 급여

제21조【기타소득】 ① 기타소득은 이자소득ㆍ배당소득ㆍ사업소득ㆍ근로소득ㆍ연금소득ㆍ퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

19. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 인적용역(제15호부터 제17호까지의 규정을 적용받는 용역은 제외한다)을 일시적으로 제공하고 받는 대가

 다. 변호사, 공인회계사, 세무사, 건축사, 측량사, 변리사, 그 밖에 전문적 지식 또는 특별한 기능을 가진 자가 그 지식 또는 기능을 활용하여 보수 또는 그 밖의 대가를 받고 제공하는 용역

 라. 그 밖에 고용관계 없이 수당 또는 이와 유사한 성질의 대가를 받고 제공하는 용역

제37조【기타소득의 필요경비 계산】 ① 기타소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 다음 각 호에 따른다.

1. 제21조 제1항 제4호에 따른 승마투표권, 승자투표권, 소싸움경기투표권, 체육진흥투표권의 구매자가 받는 환급금에 대하여는 그 구매자가 구입한 적중된 투표권의 단위투표금액을 필요경비로 한다.

2. 제21조 제1항 제14호의 당첨금품등에 대하여는 그 당첨금품등의 당첨 당시에 슬롯머신등에 투입한 금액을 필요경비로 한다.

② 다음 각 호의 경우 외에는 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액을 필요경비에 산입한다.

1. 제1항이 적용되는 경우

2. 광업권의 양도대가로 받는 금품의 필요경비 계산 등 대통령령으로 정하는 경우

③ 해당 과세기간 전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 그 과세기간에 확정된 것에 대하여는 그 과세기간 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것만 그 과세기간의 필요경비로 본다.

(2) 소득세법 시행령

 제41조【기타소득의 범위 등】 ⑫ 법 제21조 제1항 제19호 다목에 따른 용역에는 대학이 자체 연구관리비 규정에 따라 대학에서 연구비를 관리하는 경우에 교수가 제공하는 연구용역이 포함된다.

 제87조【기타소득의 필요경비계산】 법 제37조 제2항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나를 말한다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기타소득에 대해서는 거주자가 받은 금액의 100분의 80에 상당하는 금액을 필요경비로 한다. 다만, 실제 소요된 필요경비가 100분의 80에 상당하는 금액을 초과하면 그 초과하는 금액도 필요경비에 산입한다.

 나. 법 제21조 제1항 제7호ㆍ제9호ㆍ제15호 및 제19호의 기타소득

(3) 고등교육법

 제14조【교직원의 구분】 ② 학교에 두는 교원은 제1항에 따른 총장이나 학장 외에 교수·부교수 및 조교수로 구분한다. 법

(4) 국립대학병원 설치법

 제16조【임상교수요원】 ② 제1항에 따른 임상교수요원의 직명(職名) 및 자격에 관하여는 「고등교육법」 제16조를 준용한다.

③ 제1항에 따른 임상교수요원을 「고등교육법」 제3조에 따른 국립학교의 교원으로 임용하는 경우 대학병원에서 임상교수요원으로 근무한 경력은 관련대학의 교원으로 근무한 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다.

  (가) 청구법인이 의뢰기관과 임상시험 연구용역 계약을 체결하고 겸직교수 등에게 지급한 쟁점연구비 등의 내역은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 쟁점연구비 등 지급내역

(단위 : 백만원)

  (나) 청구법인은 겸직교수 등에게 지급한 쟁점연구비 등에서 필요경비로 80%를 공제한 후의 금액을 겸직교수 등의 기타소득으로 신고하였고, 처분청이 쟁점연구비 등을 근로소득으로 보아 원천세(근로소득세)를 부과한 내역은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 이 건 원천세(근로소득세) 부과내역

                                             (단위 : 원)

  (다) 청구법인은 이 건 부과처분 중 청구법인 소속 59인의 겸직교수 등에게 지급한 쟁점연구비(OOO원, 간호사 등에게 지급된 부분 제외)를 기타소득으로 보아야 한다는 취지로 이 건 심판청구를 제기하였고, 이와 관련된 겸직교수 등에 대한 연구비 각 지급금액 등의 내역은 아래 <표4>와 같다.

<표4> 겸직교수 및 임상교수요원별 연구비 지급내역

                                                   (단위 : 원)

  (라) 처분청이 조사․확인한 주요 사실관계는 다음과 같다.

   1) 청구법인에서 근무하는 겸직교수는 OOO대학교 총장이 겸직교수로 발령을 낸 후, 청구법인(OOO대학교병원)이 다시 해당부서로 발령을 내는 형태로 고용관계가 이루어지고 있고, 임상교수는 OOO대학교와는 별개로 청구법인이 직접 고용하여 근무하고 있다.

   2) 처분청이 제시한 청구법인의 정관의 주요 내용을 보면, 제3조 및 제5조에서 임상연구 및 연구개발을 목적사업으로 하고 있고, 제6조에서 병원장 승인 없이는 영리사업 및 다른 직무에 종사할 수 없다고 되어 있으며, 제35조에서 청구법인(병원장)은 겸직교수의 연구 실적 등이 부진할 경우 OOO대학교총장의 허가를 얻어 겸직을 해제할 수 있고, 제40조에서 청구법인 소속 교육연구위원회에서 임상연구계획, 임상연구에 대한 경비보조신청, 임상연구자 선정․평가 및 연구비에 관한 사항을 심의하는 것으로 되어 있다.

   3) 청구법인 연구비운용세칙 제2조 및 제3조에 의하면 외부위탁연구비도 연구비운용세칙을 적용한다고 되어 있고, 제5조에서 연구개시일 현재 병원에 재직 중이고, 6개월 이상 연구 수행이 가능한 자에게만 연구비 신청 자격이 있다고 되어 있다.

   4) 처분청이 제출한 쟁점연구비 회계처리내역 및 수입․지출결의서 등에 의하면 청구법인과 제약회사간에 임상시험연구용역 계약이 체결된 후, 연구비는 청구법인 명의의 계좌로 입금되고, 청구법인은 이를 임상연구부대수익으로 계상하였으며,

    청구법인의 임상연구센터장이 각 책임연구자별 임상시험연구비 지급명세서 및 연구비 사용신청서를 작성하여 회계관리팀에 연구비 지급을 의뢰하면 청구법인은 제출된 경비정산서를 기초로 직접비 및 일정율의 간접비(병원관리료, 센터관리료, 약품 및 기기 관리료 등), 연구원 인건비 등을 청구법인의 임상연구부대비용으로 계상한 것으로 나타나고,

    총 연구비 중 직접비 및 일정율의 간접비(병원관리료, 센터관리료, 약품/기기 관리료 등), 보조연구원 인건비 등 쟁점용역에 소요된 직․간접비를 차감한 후의 금액이 겸직교수 등에게 쟁점연구비로 지급되었으며, 청구법인이 보조연구원에게도 직접 인건비를 지급하였다.

   5) 청구법인의 임상시험센터에서 작성한 잔여연구비 활용 관련 공문(임상시험센터-306, 2016.1.21., 임상시험센터-324, 2016.1.25.)에 의하면, 연구가 종료된 이후 잔여연구비는 진료과 필요장비 및 도서 구입, 병원발전위원회, 의학연구재단, 의과대학발전재단에 기부하는 방법 등으로 활용한다고 되어 있다.

   6) 청구법인과 제약회사 간에 체결한 임상시험계약서를 살펴보면, 계약 당사자는 제약회사 등 의뢰기관과 청구법인이고, 임상시험 시행 기간은 통상 1년 이상인 것으로 나타난다.

  (마) 청구법인이 제출한 증빙자료 등의 내용은 다음과 같다.

   1) 청구법인은 실질적인 연구과제 선정 권한이 청구법인이 아닌 의뢰기관과 겸직교수 등에게 있고, 임상시험용역이 청구법인의 간섭을 배제하고 「약사법」에 따라 임상시험심사위원회의 규율하에 겸직교수 등이 독립적인 지위에서 수행하고 있다고 주장하고 있으며, 그 입증자료로 의뢰기관이 겸직교수 등에게 보낸 다수의 이메일을 제출하였고, 그 일부는 아래 <표5>～<표8>과 같다.

<표5> 임상시험 용역 소개 이메일

<표6> 임상시험 용역 제안 이메일

<표7> 임상시험연구비 관련 이메일

<표8> 연구용역 종료 후 식약처 실사 관련 이메일

   2) 겸직교수 등은 문구류 등 비품을 개인 비용으로 조달하고 소유하며, 쟁점용역을 수행하기 위하여 개인 연구간호사를 고용하여 이 역시 개인자금으로 급여를 지급하였다고 주장하고 있고, 그 근거로 제출한 자료 중 일부는 아래 <표9>～<표11>과 같다.

<표9> 비품 조달 관련 이메일

<표10> 개인 연구간호사 모집 공고

<표11> 개인 연구간호사 급여 지급 내역

(단위 : 원)

   3) 청구법인은 임상시험 연구 관련 수익과 비용이 비정기적으로 발생한다고 주장하고 있고, 그 근거로 제출한 자료는 아래 <표12>와 같다.

<표12> 임상시험연구 관련 수입 및 지출 내역 예시

(단위 : 원)

   4) 청구법인은 대학이 계약주체가 되어 임상시험 연구용역계약을 체결하고 그에 따라 대학이 직접 연구비를 관리하는 경우, 그 소속 교수가 고용관계와 무관하게 인적용역을 제공하면서 수령한 인건비에 대해서는 사업성과 근로성을 인정할 수 없으므로, 기타소득으로 구분하여야 한다는 것을 분명히 하기 위하여 2010.12.30. 「소득세법 시행령」제41조 제12항(개정 당시에는 11항)이 신설되었다고 주장하고 있고,

     동 개정법령에 대한 기획재정부의 개정세법 해설서상 개정이유는 “교수의 연구용역 소득에 대한 과세기준이 불명확한 점을 보완하기 위하여 대학이 자체 연구관리비 규정에 따라 연구비를 관리하는 경우에는 교수가 제공하는 연구용역 소득은 기타소득으로 과세하도록 분명히 함”이라고 되어 있다.

   5) 청구법인은 쟁점연구비의 경우 근로계약과 관계 없이 청구법인의 “임상시험센터위탁연구비관리지침”에 따라 관리된다고 주장하고 있고, 그 근거는 아래 <표13>과 같다.

<표13> 임상시험센터위탁연구비관리지침 주요 내용

   6) 청구법인은 국립대학인 OOO대학교 소속 겸직교수는 「국가공무원법」상 교육공무원으로서 「고등교육법」 제14조에 따른 교수이자 교원이고,

     임상교수요원의 경우 직명과 자격을 「국립대학병원 설치법」제16조 제2항 및 제3항에 따라 「고등교육법」을 준용하며, 국립학교 교원으로 임용되는 경우 「국립대학병원 설치법」에 따라 대학병원 임상교수요원 근무경력을 교원근무 경력으로 간주하는 등 교수에 준하는 지위에 있다고 주장하고 있다.

   7) 청구법인은 겸직교수 등이 쟁점용역 수행과 관련하여 연구자 모임 등에 참석하기 위한 교통비와 숙박비, 식비, 기타 비용 등을 지출하여 왔고, 의뢰기관에서 필수적으로 요구하는 연구원의 교육참가등과 관련한 비용을 겸직교수 등이 개인적으로 부담하여 왔다고 주장하고 있으며, 그 근거로 제출한 자료는 아래 <표14>․<표15>와 같다.

<표14> 쟁점용역 개시 전 연구자 모임 안내 이메일

<표15> 연구원 교육 참가 요청 이메일

   8) 청구법인은 피험자에 대한 지원금(환자 진료비 지원)을 책임연구자가 개인적으로 지출한다고 주장하고 있고, 그 근거로 피험자에게 지원한 진료비의 입금증을 제출하였다.

   9) 청구법인은 쟁점용역과 관련하여 해외에서 진행되는 학술대회 참석하기 위하여 소용되는 제비용을 책임연구자 개인이 조달하여야 하고, 일반적으로 임상시험 종료 후 1∼3년 후까지 실사를 준비해야 하며 이 경우의 연구활동비는 별도로 지급이 되지 않으므로 책임연구자가 자비로 준비한다고 주장하고 있으며, 그 근거로 제출한 자료의 일부는 아래 <표16>․<표17>과 같다.

<표16> 학회 참가 문의 및 분과별 회의 참석 여부 문의 이메일

<표17> 식약처 실사 대비 미팅 관련 이메일

   10) 청구법인은 조세심판원에서 쟁점연구비와 성격이 동일한 타 대학병원의 임상시험연구비를 기타소득으로 결정(조심 2014중5091, 2015.2.26.)한 바 있고, 해당 대학병원이 「국립대학병원 설치법」에 따라 설립된 대학과 독립된 법인인 경우에도 「소득세법 시행령」제41조 제12항에 따른 기타소득에 해당하는 것으로 봄이 타당하다고 결정(조심 2015구5765, 2016.6.13)한 바 있다고 주장하면서 해당 선결정례를 제시하였다.

     청구법인은 처분청에서는 위 선결정례와 이 건이 사실관계가 다르다고 주장하지만 ① 청구법인의 통제·간섭 없이 연구원이 독립적으로 연구용역을 수행한 점, ② 연구원 각자의 부담으로 연구보조원의 인건비 등 각종 간접비를 지출한 점, ③ 연도별·월별 지급액에 차이가 많아 일정한 급여형태가 아닌 점 등 타 대학병원의 사례와 이 건의 사실관계가 동일하다고 주장하고 있다.

     나아가 용역계약, 연구과제 선정 등에 대한 대학병원 통제의 정도, 정관 등 관련 규정에 따라 직접·간접 연구비를 법인이 경비로 계상하고 겸직교수와 임상교수요원에게 연구수당을 지급하는 점 등 또한 타 대학병원 사례와 동일하거나 유사하며, 청구법인의 경우에만 특별히 구별되는 사실관계가 있다는 처분청의 의견은 억지라고 주장하고 있다.

  청구법인은「국립대학병원 설치법」,「약사법」등 동일한 법령에 의하여 규율을 받는 대학병원들이 의뢰기관과 임상시험용역계약을 체결하고, 동일하거나 대부분 유사한 연구비관리규정에 따라 겸직교수 등에게 임상시험연구비를 지급하고 있음에도 불구하고, 이를 이 건의 경우에만 기타소득이 아니라 근로소득으로 보아야 한다는 처분청의 의견을 수긍하기 어렵다는 내용 등을 기재한 항변서를 제출하였다.

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

  (가) 「소득세법」제21조 제1항 제19호 다목에서 변호사·공인회계사·세무사·건축사·측량사·변리사, 그 밖에 전문적 지식 또는 특별한 기능을 가진 자가 그 지식 또는 기능을 활용하여 보수 또는 그 밖의 대가를 받고 제공하는 용역은 기타소득으로 규정하고 있다.

  (나) 「소득세법 시행령」제41조 제12항에서 대학이 자체 연구관리비 규정에 따라 대학에서 연구비를 관리하는 경우에 교수가 제공하는 연구용역은 「소득세법」제21조 제1항 제19호 다목에 따른 기타소득의 범위에 포함된다고 규정하고 있고, 대학병원인 청구법인은 자체 연구관리비 규정인 임상시험센터위탁연구비관리지침에 따라 연구비를 관리하고 있으며, 겸직교수 등은 동 연구관리비 규정에 의하여 쟁점연구비를 지급받은 사실이 인정된다.

  (다) 임상시험 연구와 관련하여 전문적 지식을 가진 겸직교수 등은 의뢰기관이 발주하는 연구용역의 책임연구원으로서 연구용역계약서에 서명․날인을 하고, 그 계약에 따른 책임을 부담하면서 청구법인의 별다른 통제나 간섭 없이 실질적으로 연구용역을 독립적으로 수행하는 것으로 보인다.

  (라) 쟁점연구비는 그 실질적인 성격이 청구법인과의 고용관계에 의하여 제공한 근로의 대가로 지급받은 일정한 형태의 급여가 아니라 이와 별도로 외부기관에서 연구용역을 위탁받아 수행하는 경우에 비정기적․일시적으로 발생하는 전문인적용역의 대가로 봄이 타당하다고 판단된다.

  (마) 겸직교수 등은 의뢰기관에서 의뢰받은 연구용역을 수행하기 위하여 개인적으로 연구를 보조하는 간호사를 고용하고, 피험자에게 진료비를 지원하며, 관련 학회에 참석하는 등 각자의 부담으로 지출한 필요경비도 상당한 것으로 보인다.

  (바) 청구법인의 겸직교수와 임상교수요원은 모두 환자 진료를 하면서 임상시험 연구용역은 의뢰기관으로부터 위탁을 받는 경우에 수행하는 것으로 보이는바, 대학병원내에서 수행하는 업무와 역할이 유사하므로 쟁점연구비에 대한 소득의 구분을 서로 달리하는 것은 타당하지 아니하다 할 것이다.

  (사) 따라서, 겸직교수 등이 쟁점용역의 대가로 지급받은 쟁점연구비는 「소득세법」제21조 제1항 제19호 다목에서 규정한 기타소득으로 봄이 타당하므로, 처분청이 쟁점연구비를 근로소득으로 보아 청구법인에게 원천징수분 근로소득세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.