주 문

OOO세무서장이 OOO 청구법인에게 한 OOO사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 일반과소신고가산세 OOO원을 제외하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO 설립된 이래 OOO 오고 있는 법인으로, OOO 주식회사(이하 “지배기업”이라 한다)와 동 기업의 최대주주인 OOO가 청구법인 발행주식의 OOO 이상을 보유하게 된 OOO부터「중소기업기본법 시행령」(2009.3.25. 대통령령 제21368호로 개정된 것) 제3조(중소기업의 범위) 제2호 다목 및 부칙 규정에 따라 관계기업(군)에 해당하게 된 법인이다.

나. 청구법인은 OOO연도 법인세 신고시 청구법인이「조세특례제한법 시행령」제2조 제1항 규정에 의한 중소기업에 해당한다고 보아 중소기업특별세액감면 OOO원 및 연구개발비세액공제 OOO원을 신청하였고, 중소기업의 접대비 기본한도를 적용하였다.

다. 감사원은 OOO 기간 중 국세청(본청)에 대한 기관운영감사를 실시하였고, 그 결과 청구법인을 포함한 다수의 관계법인에 해당하는 법인들이 지배기업의 지분비율을 합산․산정한 매출액이 중소기업 상한 기준인 OOO원을 초과함에도 처분청 등이 중소기업 관련 세액 공제․감면을 배제하지 않은 사실을 확인하여 국세청(본청)에 시정요구 통보하였다.

라. 처분청은 위 감사지적 사항에 따라 청구법인의 관계기업 조세특례 적용 적정 여부를 검토(중소기업 매출액 상한기준 초과 여부)한 결과, OOO사업연도 종료일 현재 관계기업의 매출액이 OOO을 초과한 사실을 확인한 후, 청구인에 대한 중소기업 특별세액 감면 및 연구인력개발비 세액 공제를 배제하거나 재계산하여 OOO 청구법인에게 OOO사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구법인의 경우 중소기업 졸업여부 판단을 위한 관계기업의 상시근로자 등을 산정함에 있어 주식보유 비율은「중소기업기본법 시행령」제3조의2(지배 또는 종속의 관계) 및 제7조의4(관계기업의 상시근로자수 등의 산정)에 따라 직전 사업연도 말일 현재를 기준으로 적용하여야 한다.

「조세특례제한법 시행령」제2조 제1항 제3호에 의하면 “실질적인 독립성이「중소기업기본법 시행령」제3조 제2호에 적합할 것”이라고 하고 있고,「중소기업기본법 시행령」제3조의2 제1항에서 직전사업연도 말일을 기준으로 지배종속관계(관계기업) 여부를 판단하도록 규정하고 있다.

2014.3.14. 신설된「조세특례제한법 시행규칙」제2조 제8항에서 관계기업에 속하는 기업인지의 판단은 과세연도 종료일 현재를 기준으로 한다고 하고 있으나, 시행규칙 개정 전 사업연도에 있어 관계기업 매출액 산정을 위한 주식보유비율은「중소기업기본법 시행령」관련 규정에 따라 직전사업연도 말일을 기준으로 산정하여야 한다.

이에 따라 OOO사업연도 관계기업 매출액을 OOO말 관계기업 지분율과 OOO사업연도 매출액을 적용하여 산출하면 중소기업기준OOO미만이므로 OOO사업연도를 중소기업으로 보아 당초 법인세를 신고한 것은 정당하다.

(2) 처분청은 OOO사업연도 법인세 신고에 대해 사후검증을 하여 “중소기업 독립성 요건 위배하지 않음”이라는 결과통지를 한 바 있음에도 이제 와서 중소기업의 독립성기준에 위배되므로 일반기업으로 보아 과세하겠다는 예고통지를 한 후, 이 건 부과처분 하였다.

 이는 당초 신고내용이 정당하다고 보아 과세하지 않겠다는 견해를 표명하고서도 이를 신뢰한 청구법인에게 부과처분을 한 것으로 이는 신의칙에 위배되는 부당한 처분이다.

나. 처분청 의견

(1)「조세특례제한법」에 따른 중소기업 해당여부를 판단함에 있어 같은 법 시행령 제2조 제1항 제3호에서 실질적인 독립성이「중소기업기본법 시행령」제3조 제2호 가목부터 다목까지의 규정에 적합할 것이라고 규정하고 있으며,「조세특례제한법 시행령」제2조 제4항에 “상시 사용하는 종업원수, 자기자본, 자본금, 매출액, 자산총액 및 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여 필요한 사항을 기획재정부령으로 정한다”라고 규정하면서 같은 법 시행규칙 제2조에서 해당 과세연도 종료일 현재를 기준으로 계산하도록 규정하고 있다.

2014.3.14. 신설된「조세특례제한법 시행규칙」제2조 제8항은 확인적 규정으로 개정 전에도 국세청 유권해석 등에서 관계기업의 지배․종속관계 판단시 해당 사업연도 종료일을 기준으로 적용하도록 해석해 왔고, 이러한「조세특례제한법」상 중소기업 판단 관련 규정은 조세정책적 고려 아래「중소기업기본법」상 관련 규정과 달리 정하였다고 봄이 타당하다.

청구법인의 경우 지배기업이 OOO 현재 총 발행주식의 OOO이상을 보유하고 있으면서 최다 출자자에 해당되므로 계속적으로 관계기업(군)에 해당하고,「조세특례제한법 시행령」에 따라 중소기업 여부를 판정함에 있어 과세연도 종료일을 기준으로 관계기업 매출액을 계산하면 규모 기준인 OOO을 초과하게 되므로 청구법인의 주장은 이유 없다.

(2) OOO은 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 과세관청의 공적인 견해 표명이 있어야 하고, 과세관청의 언동을 신뢰한 납세자에게 이에 반하는 처분을 하는 경우 적용되는 것이다.

 처분청이 실시한 사후검증은 신고내용에 대한 검증으로써 처분청의 검토결과 통지를 바탕으로 청구법인이 이를 신고내용에 반영하는 등 청구법인이 처분청의 언동을 신뢰하여 어떠한 행위를 한 사실이 없으므로 신의칙을 적용하기는 어렵다.

 아울러 검토결과 통지서 하단에 “위 검토결과는 귀 법인이 제출한 해명자료를 서면으로만 검토한 결과이며, 추후 세무조사 또는 새로운 내용 발견시 재검토 될 수 있습니다.”라고 안내하고 있으므로 청구법인의 주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1)「조세특례제한법 시행령」제2조 제1항 및 제4항에 따른 중소기업 해당 여부 판단시(매출액 기준 적용 관련) 매출액을 계산함에 있어 적용되는 주식보유비율을 직전 사업연도 종료일 기준으로 하여야 하는지 아니면 당해 사업연도 종료일을 기준으로 하여야 하는지

(2) 이 건 부과처분이 신의칙에 위배되는 부당한 처분인지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 시행령(2012.10.15. 대통령령 제24141호로 개정된 것)

제2조【중소기업의 범위】

①「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 하수․폐기물 처리(재활용을 포함한다)․원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운수업 중 여객운송업, 음식점업, 출판업, 영상․오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, 전기통신업, 컴퓨터 프로그래밍․시스템 통합 및 관리업, 정보서비스업, 연구개발업, 광고업, 그 밖의 과학기술서비스업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 전시 및 행사대행업, 창작 및 예술관련 서비스업, 인력공급 및 고용알선업(농업노동자 공급업을 포함한다), 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업, 법 제7조 제1항 제1호 커목에 따른 직업기술 분야 학원, 제5조 제6항에 따른 엔지니어링사업, 제5조 제8항에 따른 물류산업, 제6조 제1항에 따른 수탁생산업, 제54조 제1항에 따른 자동차정비공장을 운영하는 사업, 「해운법」에 따른 선박관리업,「의료법」에 따른 의료기관을 운영하는 사업, 「관광진흥법」에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업은 제외한다), 「노인복지법」에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업, 「노인장기요양보험법」 제32조에 따른 재가장기요양기관을 운영하는 사업, 「전시산업발전법」에 따른 전시산업, 「에너지이용 합리화법」 제25조에 따른 에너지절약전문기업이 하는 사업, 「근로자직업능력 개발법」에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업, 건물 및 산업설비 청소업, 경비 및 경호 서비스업, 시장조사 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수․자본금 또는 매출액이 업종별로「중소기업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접 소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 "「조세특례제한법 시행령」 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.

④ 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 상시 사용하는 종업원수․자기자본․자본금․매출액․자산총액 및 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

< 2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정된 것>

④ 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 상시 사용하는 종업원수・자기자본・자본금・매출액・자산총액, 발행주식의 간접소유비율의 계산과 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호 다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행규칙(2012.1.1. 기획재정부령 제251호로 개정된 것)

제2조【중소기업의 범위】

③ 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 자기자본은 과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 대차대조표(이하 이 조에서 "대차대조표"라 한다)상의 자산에서 부채를 차감한 금액으로 한다.

④ 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호에 따른 매출액은 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액으로 한다. 다만, 창업・분할・합병의 경우 그 등기일의 다음 날(창업의 경우에는 창업일)이 속하는 과세연도의 매출액을 연간 매출액으로 환산한 금액을 말한다.

⑤ 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 자산총액은 과세연도 종료일 현재 대차대조표상의 자산총액으로 한다.

⑥ 영 제2조 제1항 제1호에 따른 자본금은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1.「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제15항제3호에 따른 주권상장법인과 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업의 경우에는 대차대조표상의 자본금과 자본잉여금을 합한 금액

2. 제1호 외의 기업인 경우에는 대차대조표상의 자본금과 대차대조표상의 자산에서 부채를 차감한 금액중 큰 금액

⑦ 영 제2조 제4항에 따른 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여는「국제조세조정에 관한 법률 시행령」제2조 제2항을 준용한다.

<2014.3.14. 기획재정부령 제406호로 개정(신설)된 것>

⑧ 영 제2조 제4항에 따른 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호 다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단은 과세연도 종료일 현재를 기준으로 한다.

(3) 중소기업기본법 시행령(2014.4.14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의 것)

제2조【정의】

3.“관계기업”이란 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 “외부감사대상기업”이라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다.

(4) 중소기업기본법 시행령(2014.4.14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의 것)

제3조【중소기업의 범위】

①「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업

나. 자산총액이 5천억원 이상인 기업

다. 자기자본이 1천억원 이상인 기업

라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업

다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자 수 등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업

[별표1] 중소기업의 업종별 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모 기준(제3조 제1항 제1호 관련)

(5) 중소기업기본법 시행령(2014.4.14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의 것) 제3조의2【지배 또는 종속의 관계】

① 지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 "지배기업"이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 "종속기업"이라 한다)의 관계를 말한다. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제15항에 따른 주권상장법인으로서 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제1조의2 제2호 및 같은 법 시행령 제1조의3에 따라 연결재무제표를 작성하여야 하는 기업과 그 연결재무제표에 포함되는 국내기업은 지배기업과 종속기업의 관계로 본다.

1. 지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 종속기업의 주식 등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

가. 단독으로 또는 친족과 합산하여 지배기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 개인

나. 가목에 해당하는 개인의 친족

2. 지배기업이 그 지배기업과의 관계가 제1호에 해당하는 종속기업(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)과 합산하거나 그 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 공동으로 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

3. 자회사가 단독으로 또는 다른 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

4. 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

(6) 중소기업기본법 시행령(2014.4.14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의 것)

  제7조의4【관계기업의 상시근로자 수 등의 산정】

① 관계기업에 속하는 지배기업과 종속기업의 상시근로자수 등의 산정은 별표2에 따른다.

② 제1항에 따른 지배기업과 종속기업이 상호간 의결권 있는 주식 등을 소유하고 있는 경우에는 그 소유비율 중 많은 비율을 해당 지배기업의 소유 비율로 본다.

③ 제1항에 따른 상시근로자수 등은 관계기업에 속하게 된 사업연도의 직전 사업연도의 지배기업과 종속기업의 상시근로자 수 등에 따른다.

[별표2] 관계기업의 상시근로자수 등의 산정기준(제7조의4 제1항 관련)

1. 이 표에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

가. “형식적 지배”란 지배기업이 종속기업의 주식 등을 100분의 50 미만으로 소유하고 있는 것을 말한다.

나. “실질적 지배”란 지배기업이 종속기업의 주식 등을 100분의 50 이상으로 소유하고 있는 것을 말한다.

다. “직접 지배”란 지배기업이 자회사(지배기업의 종속기업을 말한다. 이하 이 표에서 같다) 또는 손자기업(자회사의 종속기업을 말하며, 지배기업의 종속기업으로 되는 경우를 포함한다. 이하 이 표에서 같다)의 주식 등을 직접 소유하고 있는 것을 말한다.

라. “간접 지배”란 지배기업이 손자기업의 주주인 자회사의 주식 등을 직접 소유하고 있는 것을 말한다.

2. 지배기업이 종속기업에 대하여 직접 지배하되 형식적 지배를 하는 경우에는 지배기업 또는 종속기업의 상시근로자수 등으로 보아야 할 상시근로자수 등(이하 “전체 상시근로자수 등”이라 한다)은 다음 각 목에 따라 계산한다.

가. 지배기업의 전체 상시근로자수 등은 그 지배기업의 상시근로자수 등에 지배기업의 종속기업에 대한 주식 등의 소유비율과 종속기업의 상시근로자수 등을 곱하여 산출한 상시근로자수 등을 합산한다.

나. 종속기업의 전체 상시근로자수 등은 그 종속기업의 상시근로자수 등에 지배기업의 종속기업에 대한 주식 등의 소유비율과 지배기업의 상시근로자수 등을 곱하여 산출한 상시근로자수 등을 합산한다.

3. 지배기업이 종속기업에 대하여 직접 지배하되 실질적 지배를 하는 경우에는 지배기업 또는 종속기업의 전체 상시근로자수 등은 다음 각 목에 따라 계산한다.가. 지배기업의 전체 상시근로자수 등은 그 지배기업의 상시근로자수 등에 종속기업의 상시근로자수 등을 합산한다.

나. 종속기업의 전체 상시근로자수 등은 그 종속기업의 상시근로자수 등에 지배기업의 상시근로자수 등을 합산한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 주식등변동상황명세서 및 주주명부 등에 의하면, 연도별 청구법인의 주주현황은 <표1>과 같은바, 청구법인의 지배기업인 OOO와 동 지배기업의 최대주주인 OOO가 청구법인 총발행주식의 OOO 이상을 보유하는 것으로 나타나고,「중소기업기본법 시행령」제3조(중소기업의 범위) 제2호 다목 및 부칙 규정에 따라 OOO부터 관계기업(군)에 해당하는 것으로 보여진다.

(2) 청구법인의 OOO사업연도 관계기업 매출액 산정내역서에 의하면, <표2>와 같이 매출액은 OOO사업연도 말을 기준으로 하고, 지배기업의 지분율은 직전 사업연도OOO말을 기준으로 함으로써 매출액 기준OOO)으로 중소기업 졸업요건에 해당하지 않는 것으로 판단하였다.

(3) OOO의 국세청(본청) 기관운영감사 처분요구사항 공문 등에 의하면, OOO은 OOO 국세청 본청에 대한 기관운영감사를 실시하여, 중소기업 조세특례 관련 사후관리 부적정 사항을 다음과 같이 적출하고 시정조치 요구(2016.5.26.)한 것으로 나타난다.

 (가) 청구법인 사업장을 관할하는 처분청의 경우 OOO사업연도 종료일 현재 지배기업의 청구법인에 대한 지분비율을 감안하여 합산․산정한 청구법인의 매출액은 OOO으로, OOO사업연도 종료일 현재 중소기업 매출액 상한 기준인 OOO을 초과하여 해당 사업연도에 중소기업에 해당하지 아니함에도 청구법인에 대한 중소기업 관련 세액 공제․감면 배제 결정을 하지 아니하였다.

 (나) 청구법인과 같이 관계기업의 상시 근로자 수와 매출액을 합산하여 OOO 이상이거나 OOO 이상이어서 중소기업에 해당하지 않는 법인의 경우 중소기업 관련 세액 공제․감면사례가 없도록 조치 요구하였다.

 (4) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 청구법인의 OOO사업연도 관계기업 매출액 산정 내역 및 과세처분 경위는 다음과 같다.

 (가) 처분청은 OOO 감사지적 사항을 반영하여 청구법인의 OOO사업연도 관계기업 매출액을 산정함에 있어 2014.3.14. 개정(신설)된「조세특례제한법 시행규칙」제2조 제8항 규정을 확인적 규정으로 보아 관계기업 매출액을 당해 과세연도 종료일을 기준으로 하여 <표3>과 같이 산정한 후, 동 산정금액이 매출액 기준 중소기업 졸업요건인 OOO 이상에 해당한다고 보아 일반기업에 해당한다고 판단하였다.

  (나) 이에 따라 처분청은 청구법인이 OOO사업연도에 중소기업을 졸업하였다고 보아 청구법인의 OOO사업연도 법인세 신고 사항 중 중소기업 관련 세액 공제․감면 신청 사항을 배제(연구인력개발비 세액공제는 일반기업으로 적용, 중소기업 특별세액감면은 배제, 접대비 한도액 재계산)하여 청구법인에게 OOO사업연도 법인세 OOO원을 부과처분한 것으로 나타난다.

 (5) 기획재정부에서 발간한 2013 간추린 개정세법 내용에 의하면, 2014.3.14. 기획재정부령 제406호로 개정된「조세특례제한법 시행규칙」제2조 제8항 개정(신설) 취지에 대해 중소기업 판단시 관계기업 판단시점을 과세연도 종료일로 함을 명확히 규정하기 위한 것으로 기술하고 있다.

 (6) OOO국세청장이 청구법인의 당초 법인세 신고내용(중소기업 조세특례 공제․감면 신청 사항 포함)에 대해 해명을 요구하며 송․수신한 공문 등의 주요 내용은 다음과 같다.

 (가) OOO국세청장이 OOO 청구법인에게 발송한 해명자료 안내문에 의하면, 청구법인의 OOO사업연도 법인세 신고사항 중 중소기업 조세특례 공제․감면신청 사항에 대해, 청구법인이「조세특례제한법 시행령」제2조 제1항에 의한 중소기업 독립성 요건을 위배하여 중소기업에 해당되지 않는 것으로 검토되었음을 이유로 해명자료를 요구한 것으로 나타난다.

(나) 청구법인이 OOO국세청장에게 제출한 해명자료에 의하면, “관계기업간의 상시 근로자수 등이 중소기업 졸업기준에 미달되어 중소기업 독립성 요건에 위배되지 않는다.”는 내용으로 소명한 것으로 나타난다.

 (다) OOO국세청장이 OOO 청구법인에게 송부한 해명자료 검토결과 통지서에 의하면, 청구법인의 해명자료 내용이 적정하다고 하면서, 다만 “위 검토결과는 귀 법인이 제출한 해명자료를 서면으로만 검토한 결과로, 추후 세무조사 또는 새로운 내용이 발견시 재검토 될 수 있습니다.”라는 내용을 부기한 것으로 나타난다.

 (7) 위 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

 (가) 청구법인은 2014.3.14. 신설된「조세특례제한법 시행규칙」제2조 제8항에서 관계기업에 속하는 기업인지의 판단은 과세연도 종료일 현재를 기준으로 한다고 하고 있으나, 시행규칙 개정 전 사업연도에 있어 관계기업 매출액 산정을 위한 주식보유비율은「중소기업기본법 시행령」관련 규정에 따라 직전사업연도 말일을 기준으로 산정하여야 한다고 주장한다.

 (나) 그러나, 2014.2.21.자 개정된「조세특례제한법 시행령」제2조 제4항 및 2014.3.14.자 개정된 같은 법 시행규칙 제2조 제8항의 개정(신설) 취지가「조세특례제한법」상 관계기업 적용 여부의 판단시점에 대한 명시적 사항이 없어 종전에 예규로 해석해 오던 사항을 명확하게 하 기 위해 선언적으로 규정한 것에 불과한 점,「중소기업기본법 시행령」제3조의2 제1항에서 직전 사업연도 말일을 기준으로 지배 또는 종속관계 여부를 판단하도록 하고 있다 하더라도, 조세정책적 차원에서 세법에 달리 규정하는 사항이 있다면 이를 우선적으로 적용하는 것이 조세법률주의에 부합하다고 보여지는 점 등을 고려하면, 처분청이 OOO사업연도 말일을 기준으로 하여 청구법인의 OOO업연도 관계기업 매출액을 산정하고, 이에 따라 청구법인이 중소기업 독립성 요건에 위배된다고 판단한 것은 달리 잘못이 없다고 보여진다.

 (8) 다음으로 쟁점②에 대해 살펴본다.

 (가) 청구법인은 처분청이 청구법인의 OOO사업연도 법인세 신고내용에 대해 사후검증을 하여 “중소기업 독립성 요건 위배하지 않음”이라는 공적견해 표명을 한 사실이 있음에도 이를 번복하여 과세한 것은 신의칙에 위배되는 부당한 처분이라고 주장한다.

 (나) 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하여야 하고，납세자가 과세관청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며，납세자가 그 견해 표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고，과세관청이 위 견해 표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것이다(대법원 2003.9.5. 선고 2001두403 판결 외 다수 같은 뜻임).

 (다) OOO국세청장의 해명자료 검토결과 통지서를 보면, 추후 세무조사 또는 새로운 내용 발견시 재검토 될 수 있음을 공지하고 있어 과세관청이 과세하지 않겠다는 공적인 견해표명을 하였다고 보기 어려운 점, 설령 해명자료 검토결과 통지를 과세관청의 공적 견해표명으로 본다 하더라도, 청구법인이 이를 신뢰하여 어떠한 행위를 한 사실이 없는 점에서 처분청의 이 건 법인세 부과처분을 신의칙에 위배되는 부당한 처분이라고 보기 어렵다.

 (라) 다만, 일반과소신고가산세(신고불성실가산세) 부과 부분에 대해 살펴보면, 2014.3.14.자「조세특례제한법 시행규칙」제2조 제8항이 신설되기 전에는「조세특례제한법」상 관계기업 적용 여부의 판단시점에 대한 명시적 규정이 없어 납세자의 입장에서는「중소기업기본법」이나 과세관청의 유권해석(검토의견 포함) 등에 의존할 수 밖에 없었을 것인데, 이 건과 같이 과세관청이 청구법인의 해명자료를 적정하다고 인정하여 청구법인이 중소기업에 해당하지 않는다고 검토 결과 통지까지 하였다면, 청구법인이 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고의무 등을 위반하였다고 보기 어려울 뿐만 아니라, 수정신고 의무를 다하지 않은데 대한 귀책사유가 청구법인에게 있다고 보기도 어려우므로 이 건 법인세 부과처분 세액 중 일반과소신고가산세를 제외하여 그 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.