[주 문] OOO세무서장이 2016.4.6. 청구인에게 한 2014년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 청구인이 2014.7.11. 양도한 OOO 대지 574.9530㎡의 취득에 따라 납부한 취득세 및 등록세 합계 OOO원을 필요경비로 공제하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다. |
[이 유] |
1. 처분개요 가. 청구인은 OOO 대지 2909.5㎡(이하 “전체토지”라 한다) 중 청구인 지분 19.76%(574.9530㎡, 이하 “쟁점지분”이라 한다)를 동업자인 이OOO로부터 2009.9.29. 법원 판결에 의해 취득(등기원인 : 동업계약해지로 인한 재산분배)하고, 2014.7.11. 주식회사OOO에 OOO원으로 양도한 후 취득 당시 실지거래가액이 불분명하다는 이유로 환산가액을 취득가액으로 적용하여 양도차익이 없는 것으로 2014.9.29. 양도소득세를 신고하였다. 나. OOO국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 「동업계약관계존재확인의 소」 판결문(청구인이 양도소득세 신고 당시 제출한 것으로, 이하 “법원 판결문”이라 한다)상 청구인은 이OOO와 함께 전체토지를 취득하는 과정에서 분양대금 명목으로 한국토지주택공사에OOO원을 지급하는 등 사업에 기여한 부분이 인정되어 청구인이 전체토지 중 6,088,308,310분의 1,203,123,460 지분에 해당하는 쟁점지분을 취득한 것으로 나타나므로 쟁점지분의 취득가액을 불분명한 것으로 볼 수 없다고 판단하여, 처분청은 당초 청구인의 신고내용을 부인하고 OOO원을 취득가액으로 보아 2016.4.6. 청구인에게 2014년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2016.7.4. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 청구인이 양도한 쟁점지분은 전제토지의 19.76%에 해당하는 토지로서, 처분청이 쟁점지분의 취득가액으로 판단한 OOO원은 다음과 같은 이유로 쟁점지분에 대응되는 직접적인 취득가액으로 볼 수 없으므로 쟁점지분은 그 취득가액이 확인되지 않은 것으로 보아야 하고, 그 외 쟁점지분에 대한 매매사례가액이나 감정가액이 존재하지 아니하므로 「소득세법」 제97조 제1항 제1호 나목의 규정에 따라 양도소득세 산정 시 쟁점지분의 환산가액을 취득가액으로 하여야 한다. (가) 쟁점지분의 취득시기와 관련하여, 청구인은 한국토지주택공사로부터 매매계약에 의해 쟁점지분을 취득한 것이 아니라 청구인 또는 이OOO의 개인재산과 구별되는 “별개의 조합재산”을 법원의 판결에 의해 분배․취득한 것으로 대금을 청산한 날이 없으므로(즉, 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에 해당함) 관련 법령에 따라 그 취득시기는 등기접수일인 2009.9.29. 또는 대법원 판결선고일인 2008.6.26.로 보아야 하고, 쟁점지분에 대한 취득 당시 실거래가액도 불분명하다. 관련 판례 및 예규 등에서도 조합재산 자체의 취득․양도와 조합원 개인 재산의 취득․양도를 구별하여 판단(국심 87서871, 1987.8.12., 대법원 1992.3.27. 선고 91누7477 판결 등, 같은 뜻임)하고 있음에도 불구하고 처분청은 이 건 조합이 전체토지의 취득을 사실상 완료한 2005.12.23. 또는 청구인이 잔금 OOO원을 공탁한 2006.7.31.을 쟁점지분의 취득시기로 판단한 것으로 보이는바, 이는 전체토지와 쟁점지분의 취득시기가 일치한다는 전제로 쟁점지분의 취득가액을 선정한 오류를 범한 것으로 보인다. (나) 처분청은 청구인과 이OOO가 함께 취득한 전체토지의 실지거래가액이 매매가액 등으로 확인되므로 쟁점지분의 취득가액도 실지거래가액이 확인된다는 것을 전제로 취득가액을 계산하였다. 그러나, 법원 판결문의 내용(“이러한 제반 사정을 참작하면, 이 사건 동업계약 당시 원고의 출자가액은 피고가 출연하기로 한 가액에 상응하는 OOO원으로 평가함이 상당하다 할 것이다. 또한, 원고가 이 사건 매매계약에 따라 토지공사를 피공탁자로 하여 공탁한 이 사건 토지의 잔금 OOO원도 원고의 출자가액에 포함된다”)에서도 확인되는 바와 같이 위 판결은 잔여재산 분배를 목적으로 청구인과 이OOO의 분배비율을 산정하기 위해 각자의 출자가액을 계산해 내는 과정에서 동업계약 조건과 기여도 등을 산출해 낸 것에 불과하고, 쟁점지분의 취득과 관련하여 객관적으로 확인되는 금액은 잔금 OOO원이며 OOO원은 법원의 합리적 평가에 의해 청구인의 지분 해당분으로 판단된 것에 불과하다. 종합하면 위 판결은 「소득세법」 제97조 제1항 제1호 가목 규정의 “당해 자산 취득에 든 실지거래가액”, 즉 쟁점지분의 실지거래가액을 도출한 것이 아니므로 전체토지의 취득가액 중 청구인의 소유지분에 해당되는 금액을 안분 계산한 가액을 취득가액으로 결정한 처분청의 판단은 위법하다. (2) 예비적 청구로서, 청구인은 2009.9.29. 쟁점지분에 대한 취·등록세를 신고·납부하면서 법원의 판결문에 의해 인정받은 출자가액 OOO원을 과세표준으로 하였으나, 관할구청은 ‘판결문상 출자가액은 원고와 피고사이의 부동산 거래에 따른 취득가액을 확인한 것은 아니므로’ 이를 취득세 과세표준으로 인정할 수 없다고 보아, 쟁점지분 취득 당시 시가표준액 OOO원을 적용하여 취·등록세 등 합계 OOO원을 고지하였는바, 청구인이 기 납부한 취·등록세 등 합계 OOO원은 양도소득세 산정 시 필요경비로 공제하여야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 법원 판결문 등에 나타나듯이 청구인은 “쟁점지분의 권리를 취득할 당시 지급한 OOO원 및 그 외 오피스텔 사업 등에 기여한 노력”에 대하여 이OOO가 한국토지주택공사에 1․2차 토지 중도금까지 지급한 OOO원과 동일한 기여도를 인정받아, 법원의 판결에 의해 OOO이 청구인의 출자가액으로 확정되었는바, 청구인의 쟁점지분에 대한 실제 취득가액은 법원에서 확정한 위 출자가액으로 봄이 타당하다. (2) 청구인은 법원에서 인정받은 금액 외에도 쟁점지분을 취득하기 위해 지출한 상당한 금액이 있고 동 금액은 전체토지를 취득하기 위해 지출한 것으로 청구인 지분상당인 쟁점지분에 대응되는 직접적인 취득가액으로 볼 수 없다고 주장하나, 법원은 청구인의 기여도에 해당되는 금액 합계 OOO원을 인정하여 청구인의 출자가액을 OOO원으로 확정하였고 청구인이 주장하는 그 외 경비는 쟁점지분 취득과는 무관한 비용으로 확인된다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 판결에 의해 일부지분으로 산정된 금액을 양도토지의 취득가액(실지거래가액)으로 보아 양도소득세를 부과한 처분의 당부 ② 취․등록세를 필요경비로 공제하여야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제96조(양도가액) ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 따른다. 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다. 1. 취득가액 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가 나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액 2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것 3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. (2) 소득세법 시행령 제89조(자산의 취득가액 등) ① 법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 따른다. 1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액 제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다. 1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일 2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일 3. 기획재정부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인은 이 건 양도소득세 세액 계산 시 쟁점지분의 실지거래가액이 불분명하므로 기준시가 비율을 적용한 OOO원이 그 취득가액에 해당하여 양도소득이 없다(OOO원)고 주장하고, 처분청은 쟁점지분의 취득가액(실지거래가액)은 법원 결정 출자가액인 OOO원이므로 양도소득은 OOO원이라는 의견이다. (2) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구인의 쟁점지분 취득 과정은 다음과 같다. 1) 1997.5.8. 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)가 한국토지주택공사로부터 전체토지를 취득(취득가액 : OOO원)하기로 하는 계약을 체결하고 계약금OOO원을 지급하였다. 2) 1999.1.29. OOO는 OOO시장으로부터 전체토지에 대한 오피스텔 및 근린생활시설 건축허가를 받았다. 3) 1999.2.10. 청구인은 OOO를 OOO원에 인수하였다. 4) 2000.6.1. OOO의 토지 분양대금 미납으로 OOO와 한국토지주택공사간 매매계약이 해제되었고, 2000.6.17. 건축허가가 취소되었다. 5) 2001.7.19. 탁OOO과 OOO 주식회사(이하 “탁OOO 등”이라 한다)는 청구인의 권유로 한국토지주택공사와 전체토지를 매매하는 계약(가액 : OOO원)을 체결하고 계약금으로 OOO원을 지급하였다. 6) 2002.5.16. 청구인은 탁OOO 등으로부터 위 매매계약의 매수인 지위를 OOO원에 양수하는 계약을 체결하고, 계약금 OOO원을 지급하였다. 7) 2002.9.16. 청구인은 이OOO와 전체토지 소유권을 공동소유하고, 오피스텔 신축공사 시행권을 5 : 5 지분으로 분배하며, 이OOO가 토지 대금 중 OOO원을 납부하는 내용의 동업계약을 체결하였다. 8) 2002.9.17. 이OOO는 한국토지주택공사에게 전체토지에 대한 매매대금 중 1․2차 중도금 OOO원을 지급하였고, 이후 2005.12.23.까지 합계 OOO원을 지급하였다. 9) 2002.9.24. 이OOO는 한국토지주택공사 및 탁OOO 등과 “이OOO가 토지 잔금을 지급하면 탁OOO 등으로부터 토지 소유권을 승계”하는 내용의 계약을 체결하였다. 10) 2003.5.22. 청구인은 이OOO를 상대로 동업계약관계 존재 확인 소송을 제기하여, 2004.7.8. OOO법원 및 2006.8.29. OOO법원에서 청구인 출자 지분을 19.76% 인정받았고, 이는 2008.6.26. 대법원에서 확정되었는바, 고등법원 및 대법원의 판결문 주요 내용은 다음 <표1> 및 <표2>과 같다. OOO 11) 2006.7.31. 청구인은 전체토지 매매잔금 OOO원을 공탁하였다. 12) 2009.9.29. 전체토지가 이OOO에게 소유권이전 등기되고, 이 중 쟁점지분이 동업계약해지로 인한 재산분배를 원인으로 청구인에게 소유권이전 등기되었다. 13) 2014.7.11. 청구인은 쟁점지분을 주식회사 OOO에게 OOO원에 양도하였다. (나) 전체토지의 연도별 개별공시지가는 다음 <표3>과 같다. OOO (다) 조사청의 처분청에 대한 시정사항(감사기간 : 2015.10.5.～2015.10.23.)의 주요 내용은 다음과 같다. OOO (라) 청구인은 2009.9.29. 쟁점지분에 대해 과세표준액을 OOO원으로 취득세․등록세 등 합계 OOO원을 신고․납부하였으나, OOO은 2014년 2월 청구인이 신고한 과세표준이 시가표준액인 OOO원 보다 낮으므로 과소신고분 OOO에 대해 취득세․등록세 등 합계 OOO원(가산세 제외 시 OOO원)을 추가로 부과․고지하여 청구인은 2014.7.11. 가산금 및 중가산금을 포함하여 이를 납부하였다. 이와 관련하여 2014.1.8.경 청구인에게 송달된 지방세 과세예고 공문의 붙임문서인 “취득세, 등록세 산정 내역(관련사항)”에는 다음의 내용이 기재되어 있다. OOO (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 1) 소득세의 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 밝혀진 실액에 의하여 결정하는 것이 원칙이고 추계 결정 방법은 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 때에 한하여 예외적으로 허용되는 것이다. 이 건의 경우 법원이 청구인과 이OOO의 구체적인 기여도에 의하여 출자지분을 합리적으로 확정하였는바 전체 토지의 물적 분할인 쟁점지분의 취득가액도 이에 따라 결정된 것으로 볼 수 있고, 청구인은 현금납부 및 오피스텔 사업 기여 등 전체토지의 취득에 기여한 부분을 출자가액 OOO원으로 인정받아 이에 근거한 비율만큼을 쟁점지분으로 취득하였다. 2) 청구인은 쟁점지분의 양수를 위해 실제로는 OOO원을 투입(OOO 인수대금 등 간접적 비용지출은 제외)하였음에도 법원에 의해 OOO원의 출자지분을 인정받아 약OOO원의 소득(부과제척기간 경과)을 얻었는바, 이러한 소득은 동업관계 탈퇴에 따른 현물(쟁점지분)의 획득으로 구체화되었으므로 OOO원을 쟁점지분의 취득금액으로 볼 수 있다. 3) 청구인은 처분청이 쟁점지분에 대한 대금 청산일이 없음에도 불구하고 쟁점지분의 취득일을 2005.12.23. 또는 2006.7.31.로 오해하고 있다고 주장하나, 처분청은 쟁점지분 취득일을 등기접수일인 2009.9.29.로 보았고, 등기원인(“동업계약해지로 인한 재산분배”)이 된 판결에 근거하여 실지거래가액(취득가액)을 판단하였다. 4) 이를 종합하면, 쟁점지분 취득 시 실지거래가액(취득가액)을 OOO원으로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다. (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인이 납부한 취득세, 등록세 기타 부대비용은 「소득세법 시행령」 제89조 제1항 제1호에 따라 취득가액에 포함되는 것으로서, 청구인이 쟁점지분의 취득과 관련하여 2009.9.29. 및 2014.7.11. 취득세 및 등록세 등(가산세 및 가산금 제외) 합계 OOO원을 납부하였음이 확인되는바, 이를 양도소득세의 필요경비에 포함하는 것이 타당하다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. |