주 문

OOO세무서장이 2013.8.7. 및 2013.8.8. 청구법인에게 한 <별지1> 기재의 부과처분은

1. 청구법인이 외화자금 조달목적으로 발행한 이중상환청구권부채권(Covered Bond)과 관련한 후순위대출금 수입이자 OOO원(2009사업연도분 OOO을 청구법인의 수입 또는 비용으로 보아 해당 사업연도의 손금에 산입(후순위대출금 수입이자와 스왑비용)하거나 익금에 산입(신탁재산 수입이자)하고,

2. 신용보증기관으로부터 수령한 대위변제금이 이자, 원금 순으로 충당된 것으로 경정함에 따라 발생하는 대위변제 후 잔여채권 증가금액에 대하여 해당 채권의 대손상각일이 속하는 각 사업연도에 손금산입하여,

3. 청구법인의 OOO상표권 가치 증가와 관련한 공동광고비 중 계열사들이 분담한 금액을 상표권 사용료에서 직접 차감하고,

4. 주식회사 OOO카드가 2011년 2월 청구법인으로부터 분할신설될 때까지 OOO 주식회사가 OOO 주식을 매각하지 아니함에 따른 미수령분배금에 대하여「법인세법」상 부당행위계산 부인규정을 적용하지 아니하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고,

5. 나머지 심판청구는 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인인 주식회사 OOO은행(이하 “청구법인①”이라 한다)과 주식회사 OOO지주(이하 “청구법인②”라 하고, 청구법인①과 합하여 “청구법인들”이라 하며, 편의상 별도의 언급이 없으면, 청구법인①을 “청구법인”이라 한다)는 금융업을 영위하고 있고, 청구법인②는 연결납세방식을 2010사업연도부터 적용하여, 청구법인② 및 연결법인(청구법인②가 100% 지분을 보유한 자회사들로서 청구법인①, OOO시스템즈의 9개 회사임)의 2010사업연도 연결과세표준을 2011.5.2.(2011.4.30.이 토요일임)까지 신고하고, 이에 대한 법인세액을 납부하였다.

나. 청구법인은 아래와 같은 거래 등을 하고 2008～2012사업연도에이를 청구법인이 선택한 방법에 따라 법인세 등을 신고하고나 신고하지 아니하였다.

 (1) 청구법인은 2009년 5월 장기 외화자금 조달 등의 목적으로 유럽의 법제화된 OOO, ‘이중상환청구권부채권’이라고도 하고, 발행기관이 보유한 주택담보대출채권, 국·공채 등 우량자산을 담보로 하여 발행하는 일종의 담보부채권으로서, 담보된 자산에 대한 우선변제권 및 발행기관의 일반자산에 대한 상환청구권에 의해 이중으로 담보되는 채권임)와 같이 해외투자자의 이중상환 청구권이 보장될 수 있는 회사채를 발행하였고, 청구법인이 보유하고 있는 주택담보대출채권 및 신용카드채권(이하 “대출채권 등” 또는 “담보자산”이라 한다)을 기초로 하여, ①청구법인 ↔ 신탁회사간 신탁계약, ②신탁회사 ↔ OOO전문유한회사(이하 “국내SPC”라 한다)간 유동화거래, ③국내SPC ↔ OOO(이하 “해외SPC”라 한다) 간 유동화거래, ④청구법인↔해외SPC간 후순위대출 등 거래를 통해 지급보증토록 함으로써 투자자의 이중상환 청구권이 보장될 수 있도록 하였고, 아래 <표1>과 같이 OOO 관련 회계처리를 하였다.

<표1> 청구법인의 OOO 관련 회계처리 내역

(단위 : 백만원)

 (2) 청구법인은 카자흐스탄 소재 OOOt(이하 “OOO”라 한다) 지분인수와 관련하여 목표지분 인수를 원활히 할 목적으로, 잔존주주에게 지분매도 제한 및 유상증자 참여를 포기하게 하고 그 대가로 풋옵션계약조항을 주주간계약서에 삽입하여 지분 최초취득일(2008.8.27.)로부터 목표지분 인수가 완료되는 날(2010.2.24.)까지 보상금액 OOO원(이하 “쟁점잔존주주보상금”이라 한다)을 산정하여 2010.3.26. 지급하였고, 최초 지분 취득시 회계상 평가액 OOO원을 기준으로 ‘지분법 주식(자산)/파생상품부채’로 회계처리하였다가, 이후 지분법 주식은 투자제거차익으로 보아 5년 균등상각하고 파생상품은 평가손익을 인식하였으며, 이를 모두 반대 세무조정하였고, 2010사업연도에 회계상 ‘파생상품부채/현금’으로 처리된 쟁점잔존주주보상금을 세무조정을 통하여 당기 손금으로 인식하였다.

 (3) 청구법인은 OOO(이하 “신용보증기관”이라 한다)이 보증한 대출채권 OOO원(이하 “쟁점대위변제금”이라 한다)을 대위변제 받으면서 전액 원금을 회수한 것으로 회계처리하였다.

 (4) 청구법인은 OOO상표(이하 “쟁점상표권”이라 한다)를 독점적으로 소유 및 관리하고 있으면서 청구법인의 해외자회사, OOO 및 계열회사가 영업상 목적으로 동 상표권을 사용토록 허용하고 이에 대한 사용대가는 받지 아니하고 있다.

 (5) 청구법인은 2010년 6월 미합중국 소재 OOO”라 한다)가 주식회사로 전환함에 따라 국내의 OOO 주식회사(이하 OOO”라 한다)가 분배받은 OOO 주식 중 처분하여 현금수령한 금액만을 수익 계상하고 나머지 회수하지 않은 분배금(이하 “쟁점분배금”이라 한다)은 자산 계상하지 아니한 반면, 쟁점분배금은 2011년 2월 청구법인으로부터 분할신설된 주식회사 OOO”라 한다)가 현금 수령하여 수익 계상하였다.

 (6) 청구법인은 미국 OOO 상표사용권 등을 사용하는 대가로 지급한 분담금(이하 “쟁점분담금”이라 한다)에 대하여 원천징수를 하지 않았고, 이와 관련된 지급명세서도 제출하지 않았다.

 (7) 청구법인은 국내 조선업체와 국외 선주사와의 선박건조계약과 관련하여 선수금환급보증(Refund Guarantee, 이하 “RG계약”이라 한다) 업무를 취급하여 왔고, 국내 조선업체는 국외 선주사와 선박건조계약을 체결하고 선주사로부터 선수금을 수령하게 되는데, 선주사는 해당 조선업체의 파산 또는 계약불이행을 대비하여 선수금을 환급받을 수 있는 보증계약의 체결을 요청하고, 이에 따라 해당 조선업체는 청구법인에게 선수금 환급보증서의 발급을 요청하면, 청구법인은 국내 조선업체로부터 소정의 수수료를 받고 국외 선주사에게 선수금 환급보증서를 발급하게 되는데, 청구법인은 국내 조선업체를 대신하여 국외 선주사에게 선박선수금 환급보증금 등을 지급하면서 위약금 성격의 지연이자 OOO원(이하 “쟁점환급액”이라 한다)에 대해 원천징수하지 않았다.

다. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2013.2.27.부터 2013.7.24.까지 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시하여,

 (1) 아래 <표2>과 같이 청구법인이 해외SPC에 행한 후순위대출의 이자수익 계상 누락액 OOO원(2009년～2012년 합계)을 익금에 가산하고, 청구법인의 익금으로 계상하였던 대출채권 등의 이자수익 중 1종 수익권자(국내SPC)에게 귀속되는 이자수익 OOO원(2009년～2012년 합계)을 차감하며, 국내SPC와 스왑은행간의 약정에 따라 발생된 스왑비용 OOO원(2009년～2012년 합계)을 청구법인 손금으로 계상하였기에 이를 부인하는 것으로,

<표2> 세무조정 내역

(단위 : 백만원)

 (2) 쟁점잔존주주보상금이 주식취득을 위한 직접 부대비용인 것으로 보아 손금불산입(유보)하는 것으로,

 (3) OOO으로부터 변제받은 대출채권의 충당은 「민법」 제479조에 따라 이자부터 충당하여야 함에도 원금과 상계처리한 OOO원에 대하여 수입이자를 회수한 것으로 보아 익금산입하고, 회수 등의 사유로 수입이자로 계상한 OOO원을 손금산입하는 것으로,

 (4) 청구법인이 국내·외 특수관계인으로부터 수취하지 않은 2008년∼2009년 귀속 상표권 사용료에 대해 당해 특수관계인별 매출액에서 광고선전비를 차감한 금액에 대해 0.2%를 적용하여 산출한 금액을 기준으로 국내 특수관계인에 대해서는 부당행위계산부인 규정을 적용하여 OOO원을 익금산입하고, 국외특수관계인에 대해서는 이전가격조정에 따라 OOO원을 익금산입하는 것으로,

 (5) 청구법인이 2010년 자산 계상 누락한 OOO로부터 수령할 쟁점분배금을 익금산입하고, 2011년 OOO가 수령한 분배금에 대해 부당행위계산부인 규정을 적용하여 이를 다시 익금산입 및 손금산입 세무조정하는 것으로,

 (6) 청구법인①이 OOO에 상표권 사용료를 지급하면서 원천징수 및 지급명세서 제출의무를 이행하지 아니하여 청구법인①에게 2009년 지급분에 대한 지급명세서제출불성실가산세 OOO원을, 연결모법인인 청구법인②에게 2010년∼2011년 지급분에 대한 지급명세서제출불성실가산세 OOO원을 각 경정하는 것으로,

 (7) 청구법인이 2009년～2012년에 국내 조선업체를 대신하여 국외 선주사에게 선박선수금환급보증금을 지급하고, 선수금을 초과하는 선수금의 수금일로부터 환급발생일까지의 이자상당액(쟁점환급액)에 대하여 청구법인이 기타소득을 지급하고 원천징수를 누락한 것으로 보아 원천징수 세액 OOO원 및 가산세 OOO원 합계 원천세 OOO원을 경정하는 것으로 하여 과세하도록 처분청에 통보하였고,

  처분청은 이에 따라 2013.8.8. 청구법인①에게, 2013.8.7. 청구법인②에게 <별지1>의 기재와 같이 각 경정․고지하였다.

라. 청구법인들은 이에 불복하여 2013.10.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 국내SPC는 청구법인으로부터 OOO 이자비용과 스왑비용을 포함한 금액을 선순위수익증권 이자수령 명목으로 수취하여 이를 이자수익으로 처리하였고, 청구법인은 동 지급액을 비용으로 처리한 것이므로 청구법인이 본 건 거래와 관련하여 수익을 인식하지 않거나 비용을 중복하여 계상한 바도 없으므로 처분청 의견은 모두 타당하지 아니하다.

  (가) 청구법인이 OOO 발행을 위한 유동화거래를 하면서 주택담보대출채권 등(담보자산)을 신탁한 것은 투자자에게 청구법인에 대한 상환청구권 외에 담보자산에 대한 우선변제권을 부여함으로써 이중의 상환청구권을 보장함과 동시에 담보자산을 청구법인의 파산절차로부터 절연시켜 담보가치를 극대화하기 위한 것으로서, 커버드본드를 통한 자금조달의 효익과 담보자산에 대한 실질적 통제권 및 제반 의무가 모두 청구법인에게 귀속되므로, 관련 손익도 모두 청구법인이 인식하는 것이 타당하다(금융감독원 질의회신 및 과세당국 유권해석 역시 마찬가지 입장임).

   1) 금융감독원의 예규(회제이-215, 2008.7.29.)에 의하면, 신탁을 통한 유동화거래의 유동화자산에 해당하는 주택담보대출채권 등은 청구법인이 직접 보유하고 있는 것으로 회계처리하고, 회사채(OOO)에 대한 담보제공사실을 주석으로 기재하는 것이 타당하다고 회신하고 있다.

   2) 과세당국의 해석사례(법인세과-733, 2010.8.3.)에 의하면, 청구법인이 주택담보대출채권 등을 신탁한 것이「자산유동화에 관한 법률」 제13조에 의한 양도에 해당되지 않는 경우에는 주택담보대출채권 등의 신탁으로 인한 처분손익을 각 사업연도소득금액 계산상 인식하지 않는다고 회신하고 있다.

  (나) 1종수익권 상당의 담보자산의 이자수익은 청구법인의 익금으로 포함되어야 하고, 신탁한 담보자산에서 국내SPC에 지급한 커버드본드 이자비용 및 스왑비용은 청구법인의 손금으로 인정되어야 하며, 후순위대출 이자수익은 해외SPC의 OOO 이자비용 대지급으로 인한 채무와 상계되어(후순위대출계약서 제8조) 수익인식 누락액이 없다.

 (2) 쟁점잔존주주보상금은 잔존주주에게 일정기간 지분매각 제한 및 유상증자시 신주를 배정받을 권리를 제약하는 것에 대한 기회손실을 보상하기 위해 지급하는 보상금으로서, OOO주식 취득의 직접적인 비용이 아닌 간접적인 비용이므로 취득원가로 볼 수 없다.

  (가) 주식 취득 여부를 결정하기 위한 자문비용, 주식 취득과 관련한 거래비용 등은 주식의 취득원가에 산입하는 것이나, 그 외 직접적인 관련성이 없는 비용은 일정부분 주식 취득과 연관성을 갖는다고 하여 이를 단순히 취득원가에 산입할 수는 없다.

  (나) 쟁점잔존주주보상금은 OOO주식 양수도계약 시점에는 지급 여부가 불확실한 상황으로 세무상으로 이와 같이 불확실한 금액을 지분 취득을 위한 회피불가능한 원가로 볼 수 없는바, 쟁점잔존주주보상금은 OOO주식을 취득하기 위한 부대비용이라기보다는 계약서상 지급요건을 충족하는 시점에 지급의무가 확정되는 보상금으로 보아야 한다.

  (다) 쟁점잔존주주보상금은 표현 그대로 청구법인이 기존 주주에 대해 주식 매각 제한을 제안하고 기존 주주가 그 제안에 따르는 경우 발생하는 기회손실을 보상해 준 보상금으로서 당연히 지출시 손금에 해당한다.

  청구법인은 최초 OOO 지분 취득시 즉각적으로 50.1% 지분을 취득하는 대신, 단계적으로 기존 주주로부터 29.9% 지분을 취득하고 나머지 20.2%는 유상증자·주식시장 공개매수·기존주주로부터 추가매입의 방식을 선택적으로 적용하고자 하였고, 이의 원활한 이행을 위해서는 기존주주의 협조가 필요하였다. 청구법인은 OOO의 경영권 확보라는 경영상의 목적을 달성하기 위해 일정기간 동안 기존 주주의 지분 매도제한 및 유상증자시 신주를 배정받을 권리를 제약할 수밖에 없는 상황이었고, 이러한 상황에서 청구법인은 이러한 내용을 담은 기존주주의 권리 제한에 관한 계약을 제시하였으며, 이를 기존 주주가 받아들인 것이다.

  (라) 청구법인이 OOO의 경영권을 확보하는데 필요한 과반수 이상의 보통주를 2008년에 즉시 매수하지 아니하고 수년에 걸쳐 지속적으로 매수한 이유는 외국인 투자에 대한 현지법령의 제한규정과 글로벌 경영 과정에서 발생할 수 있는 시행착오를 줄이기 위한 것인바, 관련 판례(대법원 92누13622, 1993.11.23.)에 비추어 판단해보면 주식 자체의 평가액인 매매대금과는 별도로 현지법령 및 매입자의 사정 때문에 잔존주주에게 보상금 성격으로 지급한 비용은 주식취득에 대한 간접비용에 해당하는 것으로,「법인세법」상의 특별한 제한 규정이 없는 한 당해연도의 비용으로 손금산입하여야 한다.

 (3) 신용보증기관의 대위변제도 청구법인과 채무자의 채무관계를 원인으로 하는 것이므로 여신거래기본약관이 적용되어야 하고, 은행 여신업무지침을 충당순서에 대한 특별약정으로 보아 원금이 우선적으로 회수되는 것으로 보아야 한다. 설령, 이자 먼저 충당된 것으로 보더라도 이에 따라 잔여원금채권증가액(세무상 유보)이 발생하고 동 잔여원금채권증가액은 해당 채권에 대한 금융감독원장의 대손승인을 받은 날이 속하는 각 사업연도의 손금으로 처리하는 것이 타당하다.

  (가) 청구법인은 담보대출의 하나로 신용보증기관이 발급한 전자신용보증서를 담보로 채무자에게 대출을 취급하고 있고, 대출과 관련된 일반적인 사항은 청구법인의 여신거래기본약관을 적용받으며, 신용보증기관이 발급한 전자신용보증서에는 신용보증조건(피보증인, 보증기한, 보증방법, 대출과목, 대출예정금액, 보증비율 등)이 기재되어 있고, 보증과 관련된 일반적인 내용은 신용보증기관의 신용보증약관의 내용을 적용받는다.

  여신거래기본약관 제13조 제1항에 의하면 채무자가 채무를 변제하거나, 은행이 상계를 하는 경우에 채무자의 채무 전액을 없애기에 부족한 때에는 비용, 이자, 원금의 순서로 충당하기로 하되, 다만 은행이 채무자에게 불리하지 않은 범위 내에서 충당순서를 달리할 수 있다고 규정하고 있고, 청구법인의 여신업무지침 제551조에서는 여신거래기본약관 제13조 제1항에 따라 고객에게 불리하지 않은 범위 내에서 대손상각된 특수채권, 법적절차에 의한 여신회수금 등에 대해서는 가지급금, 원금, 이자, 연체이자 순으로 회수하도록 정하고 있다.

  (나) 일반적으로 내국법인이 대출원금과 이자의 일부분만을 회수하는 경우 그 충당의 순서는 「법인세법 시행규칙」 제56조의 규정을 준용한다. 즉, 원금과 이자의 변제에 관한 특별한 약정이 없이 그 원리금의 일부만을 변제한 경우에는 이자를 먼저 변제한 것으로 처리하는바, 이 규정은 당사자 간에 약정이 있는 경우에는 동 약정에서 정하는 충당순서에 따르되, 당사자 간에 별도의 약정이 없는 경우에는 이자, 원금 순으로 변제한 것으로 보도록 규정한「민법」제479조의 규정에 따른 것으로 이해된다.

  (다)「법인세법 시행규칙」의 규정은 원금과 이자에 대한 변제충당순서를 일반법률 관계와 달리 세법상으로 특별하게 취급하겠다는 것이 아니라 당사자 간에 특별한 약정이 없을 경우 「민법」상의 변제충당순서를 그대로 적용하겠다는 확인적 규정에 지나지 않는다. 「법인세법」이나 법률해석상으로나 모두 전체 채무 중 일부만 상환되어 변제충당의 순서가 문제되는 경우에 있어서 당사자 간에 약정이 있는 경우에는 동 약정에 따라 충당순서가 결정되는 것이고, 별도의 약정이 없는 경우에 한하여「민법」제479조에 따라 이자, 원금의 순서로 충당이 이루어지는 것으로 처리하여야 할 것이다.

  신용보증기관의 대위변제 금액은 채무자의 채무관계를 원인으로 하는 것으로, 신용보증기관이 채무자에게 자금을 지급하고 채무자가 직접 상환하는 것과 실질이 동일하고, 채무자가 채무상환 이외의 용도로 사용할 수 없도록 청구법인에게 직접 지급하는 것에 불과한바, 신용보증기관의 대위변제금도 채무자가 직접 상환하는 경우와 동일하게 여신거래기본약관 및 내부규정을 특별한 약정으로 인정하여야 한다.

  (라) 청구법인은 채권의 대손상각 관련 업무수행에 대해 금융감독규정에 따라 정한 내부업무처리지침에 따라 대위변제 받은 채권 중 일부 채권에 대하여 미회수 잔액을 금융감독원장으로부터 대손금으로 승인받고 이를 해당 사업연도 소득금액 계산시 손금에 산입하였는바, 만일 청구법인이 쟁점대위변제금을 이자부터 충당하였다면 이자 상당액의 채권만큼 대손인정 신청을 더 많이 하였을 것이고 당연히 그 만큼 대손금으로 승인받게 되었을 것이다.

  따라서, 처분청의 처분으로 증액된 세무상 채권금액에 대하여도 금융감독원 대손상각 승인을 통한 추인을 반영하여야 하며, 당초 대위변제시 발생한 세무상 채권(유보)에 대한 손금 추인이 반영되지 않는다면 이자수익에 대하여 과세되면서 대손금 계산시 손금을 인정받지 못하여 이중으로 과세되는 불합리한 결과가 초래된다.

  (마) 은행은 금융기관채권 대손인정업무 시행세칙에 따라 정기적으로 차주의 채무상환능력과 금융거래 내용 등을 감안하여 보유자산 등의 건전성을 정상·요주의·고정·회수의문·추정손실의 5단계로 분류하고 이 중 추정손실 분류자산에 대해서는 자산금액의 100분의 100을 대손충당금으로 적립하는데, 은행이 추정손실로 분류하는 채권은 채무자별 기준으로 해당 금액 전체가 대손인정 신청대상이 될 수 있으므로 처분청이 수입이자로 익금산입한 금액에 상당하는 잔여원금채권 증가(세무상 유보)분에 대해서도 당초 원금채권을 추정손실로 분류(채무자 기준)하여 대손인정받은 사업연도의 손금에 가산되어야 한다.

  한편, 처분청의 처분으로 증액된 세무상 채권금액(세무상 유보)과 관련하여, 동 가액에 대하여 청구법인은 압류·독촉 등 적극적인 채권 추심노력을 하여야 하는데 이러한 경우 소멸시효 중단의 효과로 인하여 시효완성이 될 수 없으며, 그렇다고 소멸시효 기간 도과를 기다려 대손처리하는 경우에는 임의포기로 간주(대법원 2010.8.19. 선고 2007두21877 판결, 같은 뜻임)될 것인 점 등으로 당해 세무상 유보채권금액에 대하여 신고조정 손금산입이 불가능하다.

 (4) 처분청은「법인세법」에 근거가 없는 방식으로 쟁점상표권에 대한 시가를 산정하였고, 청구법인이 법률적으로 상표권을 소유하고 있더라도, 상표권 사용료를 수취하지 않은 것에 부당성이 없으므로 부당행위계산 부인 적용대상이 아니다. 설령,「법인세법」상 부당행위계산 부인대상이라고 할지라도 상표권가치와 직결되는 그룹공동광고비(이미지 광고 등)는 매출액 비율로 각 계열회사가 분담하여 비용처리 하고 있으므로 동 공동광고비 분담액 OOO원을 상표권 사용대가에서 직접 차감하여 한다.

  (가) 청구법인이 상표권 수수료를 받지 않은 것이「법인세법」상 부당행위계산부인 규정의 적용 대상이 된다고 하더라도, 이에 따른 부과 처분 금액의 산정은 상표권 수수료의「법인세법」상 시가를 따져 이루어져야 하며 이러한 시가는 처분청이 입증하여야 한다.

  그럼에도 불구하고, 처분청은 이 건 상표권 수수료에 대해 부당행위계산부인 규정을 적용하면서도 상표권 수수료에 대한 시가를 객관적으로 제시하지 못하였고, 단지 각 계열회사의 영업수익에 일정률을 곱한 금액을 수수료 시가로 간주하는 방식을 사용하였으나 이러한 방식은「법인세법」에서 그 근거를 찾을 수 없는 방식이다.

  (나)「법인세법」제52조 제1항은 특수관계자의 거래에 기인하여 조세의 부담이 부당히 감소된 경우에 부당행위계산부인 규정이 적용되는 것으로 규정하고 있는바, 관련 심판례 등에서는 이러한 부당행위계산부인 규정 적용 요건의 하나인 부당성 여부는 거래의 제반사정이나 경제인으로서의 합리성 등을 종합적으로 고려하여 판단할 것을 요구하고 있다.

  청구법인은 법적으로 OOO 상표권을 출원 등록한 형식적인 소유자로 되어 있기는 하나, 이는 특허 관련 법률 목적으로 OOO을 대표하여 출원을 한 것에 불과하므로 이것을 청구법인이 단독 소유한 자산으로 볼 수는 없다. 즉, 법적 소유권 등 형식에도 불구하고 현재의 상표권 가치 형성의 사실관계를 감안해 보면 실질상 무형자산을 OOO이 공동 보유하는 것으로 판단하는 것이 타당하므로 상표권 수수료를 수취하지 아니한 것을 부당한 거래로 볼 수는 없다.

  조세심판원 결정례(국심 2007서3533, 2008.7.28.)를 살펴보면, 법률적 상표권자인 개인과 그가 대표이사로 있는 법인간 통상사용권설정계약을 체결하여 법인이 상표권을 사용하게 하고도 사용료를 수취하지 않아 과세된 건에 대하여, 상표권 등록부상 법인 명의로 되어있지 아니하나 사실상 법인의 상표권으로 보아야 하므로 과세처분은 부당하다고 판단한 바 있다.

 (5) OOO는 2011년 2월말에 청구법인의 카드부분이 분할되어 신설된 법인으로 2010사업연도말 현재로는 OOO카드가 설립되지 아니한 상태이었기 때문에 원천적으로 청구법인이 설립되지 않은 법인과 특수관계가 성립될 수 없으므로 청구법인과 OOO카드 간에 특수관계가 성립됨을 전제로 하여 부당행위계산부인 규정을 적용하여 쟁점분배금을 청구법인의 익금으로 산입하여 과세한 이 건 처분은 위법․부당하다.

  OOO주식 매각대금 분배와 관련한 OOO의 중재판정(2010년 6월)은 매각대금에 대하여 OOO 10개 회원사가 분배청구권을 가지고 있음을 확인하는 것이고, 청구법인은 2010년에는 분배금을 금전지급 방법으로 수령할 권리(OOO주식 매각대금에 대한 분배청구권)만 보유하고 있어 청구법인이 수령할 가액이 확정되지 아니하였으므로 쟁점분배금은 2010사업연도의 익금에 해당하지 않는다.

  쟁점분배금은 청구법인이「여신전문금융업법」에 따른 신용카드업을 영위하면서 발생된 권리이므로, 세부적으로는 청구법인의 신용카드사업부에 귀속되는 권리이므로 2011년 2월에 청구법인의 신용카드사업부가 인적분할을 하며 설립된 OOO카드는「상법」제530조의10 및 분할계획서 ‘2.분할의 방법 제1항～9항’에 따라 청구법인의 신용카드사업부문에 관련한 자산․부채 및 권리․의무를 포괄적으로 승계하는 것이므로 OOO카드가 쟁점분배금을 수령하여 익금에 계상한 것은 당연하여 부당행위계산 부인규정을 적용할 여지가 없다.

 (6) OOO 분담금 원천징수에 대한 별도의 불복이 진행 중이고, 원천징수 대상이 아닌 것으로 결정되는 경우 지급명세서불성실가산세 역시 취소되어야 한다.

 (7) 청구법인이 지급한 쟁점환급액은 독립적 보증계약에 따라 외국선주사에 지급한 것이므로 외국선주사와 국내조선사 사이의 계약관계에 따른 위약금 등에 해당되지 않는다.

  쟁점환급액이 위약금 등에 해당되더라도 ‘본래의 계약내용이 되는 지급 자체에 대한 손해’를 초과하여 지급한 금액이 없으므로 쟁점환급액을 원천징수대상 소득으로 볼 수 없다(대법원 2004.4.9. 선고 2002두3942 판결).

나. 처분청 의견

 (1) 청구법인과 해외SPC간 후순위대출계약이 실제로 존재하고 청구법인의 경우 회사채 발행에 따른 지급이자와 후순위대출에 대한 수입이자를 각각 인식해야 하며, 국내SPC와 스왑은행간 스왑거래 계약은 청구법인과는 관련이 없는 제3자간 거래에 해당하므로 동 거래에 대한 손익을 청구법인의 손익으로 계상할 수 없다.

  (가) 청구법인은 도산위험으로부터의 절연과 이중상환청구권을 보장하기 위해 대출채권 등을 신탁하고 신탁회사와 국내SPC간 유동화거래, 국내SPC와 해외SPC간의 유동화거래, 청구법인과 해외SPC간의 후순위대출거래가 이루어진 것으로, 이러한 일련의 거래는 모두 별개의 법률행위로서 유효한 것이고, 그로 인한 조세의 내용과 범위는 그 법률관계에 맞추어 개별적으로 결정되어야 한다(서울고등법원 2010.1.26. 선고 2009누5840 판결, 같은 뜻임).

  이 건에서 청구법인이 해외SPC에 대하여 후순위대출을 하였고, 해외SPC가 그에 따른 차입금을 재무제표에 정상적으로 반영하고 있음은 다툼이 없는바, 청구법인은 후순위대출계약에서 정한 바에 따라 해외SPC로부터 수령할 이자수익은 각 사업연도에 확정되었으므로 이를 익금에 계상하여야 함에도 이를 전혀 하지 아니하였고, 스왑비용과 관련하여서는 국내SPC가 해외SPC를 상대로 유동화사채(미화 OOO 달러)를 발행하고, 수취한 대금을 원화로 바꾸는 과정에서 발생한 것으로 청구법인이 부담할 법적·회계적 근거가 없다.

  또한, 자금흐름의 실질적인 측면을 들여다보아도 국내SPC는 청구법인이 신탁한 자산에서 발생한 수익(회수된 원리금)에 대한 1종 수익권자로서 약정금액을 지급받아 이를 해외SPC에게 발행한 유동화사채 이자 및 스왑비용으로 사용하므로 스왑비용은 결국 청구법인의 신탁자산의 수익으로 충당되므로 이를 청구법인이 별도로 비용으로 인식할 필요도 없다.

  (나) 청구법인은 금융감독원 회신(회제이-00215, 2008.7.29.) 내용을 근거로 후순위 대출거래를 생략하는 것이 타당하다고 주장하나, 세법상 회계처리는 당사자간 확정된 권리·의무에 근거하여 익금 또는 손금을 각 사업연도 소득금액에 반영되어야 한다.

  (다) OOO 발행에 따른 손익의 인식(이자수익의 인식)은 실질과세원칙에도 부합한다.

  청구법인은 OOO 발행 및 이를 위한 유동화구조가 그 취지와 목적 등에 비추어 하나의 거래로 보아야 하고, 이와 같은 거래에 따른 자금조달의 효익은 모두 청구법인에 귀속되므로 관련 손익도 모두 한꺼번에 인식하여야 하는데, 청구법인이 후순위대출거래에 따라 해외SPC로부터 받아야 하는 이자수익과 OOO 이자 대지급 채무비용이 자동상계되었으므로 이를 이자수익으로 인식할 필요가 없다는 주장이나, 법리상 상계는 변제, 공탁, 면제 등과 더불어 채권의 소멸사유 중 하나로 그 거래관계의 쌍방당사자에게 각 반대되는 채권·채무의 존재를 전제로 하는 것이다(「민법」제492조).

 (2) 쟁점잔존주주보상금은 청구법인이 목표로 하는 주식 지분비율까지 취득하기 위해 필수적으로 수반되어야 하는 거래비용이므로 취득부대비용으로 보아 자산으로 인식하여야 한다.

  (가) 쟁점잔존주주보상금의 성격은 두 가지 성격을 가지고 있고, 그 중 지분매도 제한(Lock-up)은 제3자에 의한 경쟁적 인수를 제한하기 위해 설정하는 것으로 실무상 기업인수계약에 거래보호조항으로 삽입되고 있으며, 기업인수계약상 거래보호조항이라 함은 경합하는 제3의 인수자로부터 우호적 인수자와의 거래를 보호하기 위하여 인수계약에 삽입하는 일련의 규정을 말하고, 적대적 인수자로부터 우호적 기업인수 거래를 보호하는 효과를 가지기도 하지만 그 인수거래의 상대방이 당해 거래를 일방적으로 파기하여 기업인수거래가 결렬되는 것을 방지하는 효과도 있다고 하여 쟁점잔존주주보상금은 필수적으로 수반되는 거래에서 발생한 비용으로 보는 것이 합리적이다.

  (나) 청구법인이 최종적으로 취득한 OOO주식 84,000,000주 중에 유상증자를 통해 취득한 신주가 50,000,000주로서 잔존주주 보상계약을 맺지 않아 잔존주주가 유상증자 시 신주배정을 포기하지 않는 경우 청구법인의 지분인수 과정에 상당한 차질을 빚어 더 큰 비용이 발생할 수 있는바, 해당 보상비용은 OOO주식을 취득하기 위한 부대비용으로 취득가액에 산입하여야 한다. 또한, 쟁점잔존주주보상금은 회피불가능한 원가이므로 잔존주주 보상비용이 확정되는 시점에 세무상 주식의 취득원가로 익금산입 하여야 한다.

  (다) 잔존주주보상금은 지급여부가 불확실한 상황이므로 주식 취득과 관련한 직접 비용으로 취급할 수 없다는 주장하나, 대법원 판결례(2014.3.27. 선고 2011두1719) 등에 의하면 취득 부대비용 여부는 그 자산을 취득하기 위하여 필수적으로 소요된 비용인지 여부에 따라 결정되는 것이지, 일정 시점에 그 액수가 불확실하다는 사정 여부에 따라 달라지지 아니하는 것이므로 청구주장은 이유가 없다.

  (라) 쟁점잔존주주보상금이 기존주주의 기회손실을 보상한 보상금으로서 지출할 때 손금에 해당한다고 주장하나, 쟁점잔존주주보상금이 잔존주주의 기회손실을 보상하는 측면이 있다고 하더라도 청구법인이 주식을 취득하는 데 소요된 부대비용이라는 점은 달라지지 아니하고, 잔존주주의 유상증자 참여제한과 관련하여, 청구법인이 최종적으로 취득한 OOO주식 8,400만주 중 유상증자를 통하여 취득한 신주가 5,000만주인데, 청구법인이 잔존주주 보상계약을 통하여 이를 제한하지 아니하여 잔존주주가 신주배정을 포기하지 않으면 청구법인의 지분인수과정에 상당한 차질을 빚어 더 큰 비용이 발생할 수 있는바(청구법인이 과반수의 지분을 얻으려면 잔존주주가 인수한 신주를 시가로 사들여야 함), 이러한 점에서도 쟁점잔존주주보상금은 OOO주식을 취득하기 위한 부대비용인 취득가액으로 보아야 한다.

 (3) 쟁점대위변제금과 관련하여 당사자 간에 특별한 약정에 따른 대출 회수금의 변제충당순서를 정하는 것이 아니므로 이자부터 충당된 것으로 보아야 하고, 이자 먼저 충당된 것으로 봄에 따라 증가한 잔여원금채권은 금융감독원장의 대손승인을 받지 아니하고 장부에도 반영되지 아니하였으므로 이를「법인세법」제19조의2에 따른 손금으로 인정할 수 없다.

  (가) 청구법인은 보증부대출금에 대한 채권담보를 위하여 신용보증기관의 원리금 보증을 대출실행의 조건으로 하고 있으며, 대출이 실행된 뒤에 차주로부터 변제가 이루어지지 않는 경우 청구법인은 이들 보증기관으로부터 보증변제를 받아 원금 및 이자에 충당하고 있다. 신용보증기금약관 등은 채무자가 청구법인으로부터 대출시 필요서류인 신용보증서를 보증기관으로부터 발급받기 위하여 채무자와 보증기관이 체결한 약관이며 신용보증서는 채무자가 보증기관에 보증수수료를 지급하고 청구법인을 보증금수령자로 하고 최초 대출 실행시 청구법인에게 제출되는 서류이다.

  따라서, 청구법인은 약정 체결자가 아니라 보증금액의 수취인에 불과하므로「법인세법」에서 규정하는 양 당사자(채권자, 채무자)에 해당하지 아니하고, 대출 회수금의 변제충당순서를 정하는 특별한 약정을 한 것이 아니라 보증기관의 보증범위를 언급한 것에 불과하다.

  (나) 신용보증기금약관 등은 보증기관의 보증채무 이행범위(보증금액 총액)를 말하는 것으로「법인세법 시행규칙」제56조에서 규정하는 당사자 간의 특별한 약정에 따른 대출 회수금의 변제충당순서를 정하는 것이 아니므로「민법」제479조에 따라 이자부터 충당한 것으로 보아야 한다.

  (다)「법인세법 시행령」제19조의2에 따른 대손금으로 인정받으려면 금융감독원장이 대손금으로 승인하고 그 채권을 장부상에 계상하였을 때 비로소 대손금으로 인정되는 것이나, 과거에 대손승인을 받은 채권에 대해 착오든, 고의든 그 일부 금액만을 장부에 계상하여 손금인정 받은 채권이 있는 경우 누락이 발생한 채권 잔액은 금융감독원장의 승인을 받고 장부에 계상하여야 손금 인정됨에도 동일한 채권이라는 점만으로 금융감독원 승인조차 받지 않고 장부에 계상하지도 않았음에도 손금으로 인정된다는 것으로 귀결되어 이는「법인세법」과 상반되어 인정할 수 없다.

  청구법인은「법인세법 시행령」제19조의2 제3항 제2호에 따른 결산조정사항에도 해당하지 않아 결산조정이 불가능하다고 주장하나, 특정한 비용항목들은 반드시 법인의 결산서에 비용으로 계상하여야만 손금으로 인정되며, 금융감독원장으로부터 승인받은 채권은「법인세법시행령」제19조의2 제3항 제2호에 따라 장부에 손금으로 계상하면 대손금으로 인정받을 수 있으므로 결산조정이 불가능하다는 청구법인의 주장은 이유 없다.

 (4) 청구법인이 OOO 상표의 상표권을 단독으로 소유하면서 특수관계인에 대해 상표권 사용료를 수취하지 않은 것은 이들에게 상표권 사용대가 상당액을 부당하게 지원하는 것과 같으므로「법인세법」 제52조의 규정에 의한 부당행위계산부인 대상에 해당하고, 처분청이 산정한 상표권 사용료율은 건전한 사회통념 및 상관행에 부합하는 시가에 해당한다.

  (가) 청구법인은 조세심판원 결정례(국심 2007서3533, 2008.7.28.)를 제시하며, 청구법인이 OOO그룹을 대표하여 상표권 등록을 하였고 실질상 상표권은 OOO그룹이 공동으로 보유하였다고 주장하나, 상표권 등록 이후 현재까지 청구법인과 OOO그룹내 특수관계인들간 상표권 공동소유를 거증하는 어떠한 계약도 체결한 사실이 없을 뿐 아니라, 이들 특수관계인들은 상표권 가치 제고를 위한 어떠한 비용도 분담한 사실이 없으며, 국내「상표법」은 1상표 1출원주의를 채택하여 먼저 상표출원한 자를 그 상표에 관한 상표권자로 인정함에 따라 상표의 공동소유는 원칙적으로 불가하므로 권리이전 등 법적절차 이행 없이 공동소유만을 주장함은 이유가 없다.

 「상표법」에 따르면, 청구법인의 OOO그룹내 특수관계인들은 자신의 영업범위 내에서 청구법인이 보유한 OOO상표를 사용하게 되므로 청구법인으로부터 통상사용권을 부여받았다 볼 수 있고, 통상사용권은 등록하지 않아도 효력이 발생하는 채권적 권리이므로 제3자에게 통상사용권이 허여되었다면 이에 대한 대가는 당연이 수수하는 것이므로, 청구법인이 OOO상표에 대한 상표권을 특수관계인들에게 통상사용을 허여하고 이의 사용대가를 수수하는 것은 극히 정상적임에도 이를 수취하지 않은 것은 조세회피 목적 또는 의도의 유무와 상관없이 상표권 사용대가 상당액만큼 특수관계인들을 부당하게 지원하는 것은 물론 이들 행위로 인하여 청구법인의 법인소득에 조세부담을 부당히 감소시키게 될 것이므로 부당행위계산부인 대상에 해당한다.

  (나)「법인세법 시행령」제89조 제1항 및 제2항에 시가에 대한 규정이 있으나 그 시가는「법인세법」제52조 제2항에서 건전한 사회 통념 및 상거래 관행을 기준으로 시가를 산정토록 규정하고 있으므로, 대법원에서도 그 시가의 산정이 어려운 경우에는 객관적이고 합리적인 방법에 의하여 평가한 가액도 시가로 볼 수 있는 것이라 판시한 바 있는바(대법원 2005.5.12. 선고 2003두15287 판결, 같은 뜻임), 청구법인이 소유한 OOO상표에 대한 상표권은 특수관계가 없는 제3자와의 비교대상 거래가 없는 사실상 독과점적 거래이기 때문에「법인세법 시행령」제89조 제1항에서 정하는 거래가격을 정할 수 없고, 같은 조 제2항이나 제4항을 적용하여 시가를 산정하는 것 또한 불가능하므로, 그러한 경우에는 당해 용역의 내용 등 제반 조건을 고려하여 객관적이고 합리적인 방법에 의하여 산정한 사용료율을 기준으로 계산한 가액도 시가로 볼 수 있다고 할 것이다.

  국내 기업들이 수취하는 상표권 사용대가는 대부분의 경우 전년도 수입금액에서 광고선전비를 차감한 후 이들 금액에 일정 사용료율을 곱하여 계산하는 방식을 취하고 있으며, 이러한 계산 방식은 상표권 사용대가 산정시 국내 기업들 사이에서 널리 통용되는 하나의 상관행으로 굳어져 있다.

  처분청은 이러한 사정을 감안하여「법인세법 시행령」제89조에 의한 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 및 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격을 산정하는 것이 사실상 불가능한 청구법인의 상표권 사용대가에 대한 시가를 산정함에 있어 평가의 객관성과 합리성을 위해 무형자산 평가방법론 중 시장접근법을 차용하여 청구법인의 상표권을 평가하여 이를 적용하였다.

  시장접근법은 평가대상 무형자산과 유사한 무형자산의 최근 거래 가격을 기초로 해당 무형자산의 가치를 평가하는 방법으로 유사한 상표권에 대한 신뢰성 있는 거래 자료가 이용 가능한 경우에 가장 직접적이고 체계적인 접근방법이며 현실적으로 시장상황을 가장 잘 반영한 가액을 산정한다고 평가받고 있고, 시장접근법 적용을 위해 수집된 국내기업과 이들 기업과 특수관계가 없는 자 간에 거래된 상표권 사용대가는 아래 <표3>과 같이 많게는 1% 적게는 0.1%로 나타나고 있으며, 이들 자료는 상표권에 대해 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이라는 점에서 충분히 신뢰성 있는 자료에 해당한다.

<표3> 국내기업 상표권 사용료율 수취 현황

(단위 : %)

  국내 금융기관들의 경우, 특수관계인들로부터 수취하는 상표권 사용대가는 0.16∼2.0%로 확인되나, 특수관계가 없는 자 간에 거래된 상표권 사용거래는 아래 <표4>와 같이 확인할 수 없었다.

<표4> 국내 금융기관 상표권 사용료율 수취 현황

(단위 : %)

  상표권 사용대가 평가에 있어 유사한 거래가 있다고 하더라도 이 거래를 대상으로 하는 여러 특성요소들이 상표권의 가치에 영향을 미치므로 이에 대한 합리적인 조정은 분명 필요하나, 상표권의 가치에 영향을 미치는 요소들을 정확히 찾아내어 조정하기란 현실적으로 불가능하므로 처분청은 청구법인과 유사 업종을 영위하고 있으며 자산·외형이 가장 근접한 OOO금융지주의 상표권 사용료율의 최저값이자 국내기업의 다수가 채용하여 사용하고 있는 0.2%의 사용료율을 최종 시가로 산정함으로써 상표권에 영향을 미치는 잠재적 요소들의 변수를 최대한 반영하여 조정하였다.

  (다) 한편, 청구법인은 OOO금융지주의 경우 상표권사용료를 특수관계인으로부터 수취시 이에 투입된 원가인 광고비를 추가 청구하지 않으므로 동 방식을 본 건에 적용한다면 그 동안 특수관계인이 지급해오던 공동광고비는 상표권사용료에서 차감되어야 한다고 주장하나, 위에서 본 바와 같이 청구법인의 경우 OOO금융지주와는 상표권사용료 계산방식이 엄연히 다르고, OOO금융지주는 상표권소유자가 자신의 상표 가치를 제고하기 위해서 광고비를 지출한 반면, 청구법인은 상표 소유권을 보유하고 있지 않은 제3자인 OOO지주가 청구법인 소유의 상표를 사용하여 각 계열사들과 함께 공동으로 광고하면서 광고비를 지출하는 만큼 그 지급주체나 광고내용이 서로 상이하다.

  따라서, OOO지주 주관하에 각 계열사가 공동으로 참여하여 지출한 광고비는 각 계열사가 자사의 상품이나 서비스 또는 법인명 등을 광고하기 위한 일반 광고에 불과한바, 상표권 가치에 대한 투입원가는 될 수 없으므로 상표권 사용료 계산산식에 따라 상표 가치 제고부분에 상당하는 금액 차감 외에 이 건 상표권사용료에서 직접 차감될 수는 없다.

 (5) 처분청은「법인세법」제52조에 따라 부당행위계산 부인규정을 적용하여 청구법인의 OOO카드에 대한 이익분여 상당액을 익금산입한 사업연도는 2010사업연도가 아닌 2011사업연도이고 2011사업연도는 OOO카드가 청구법인이 수령해야 할 쟁점분배금을 대신하여 현금회수한 사업연도이며 동 사업연도에는 OOO카드가 청구법인과 특수관계인에 해당하므로 법 적용과 사실관계가 일치한다.

  청구법인은 2010.6.23. OOO의 중재판정결과에 따라 OOO가 보유 중인 OOO 주식 중 일부를 그 기여도비율에 따라 반환받기로 확정되어 있었으므로 이를 정상적으로 회계장부에 계상하여야 함에도 이를 누락시켰고, OOO카드가 2011년 2월 분할할 당시에도 쟁점분배금을 이관대상 자산에 포함하지 아니하였다.

  청구법인은 OOO주식의 미처분을 이유로 그 익금의 확정시기가 도래하지 않았다 주장하나, 이는 일반 상거래시 그 대가로 주식 등 현물을 수령할 경우 손익의 확정시기를 이들 현물이 처분될 때로 보아야한다는 현금주의 주장과 같은 것으로「법인세법」의 근간인 권리의무확정주의를 심히 훼손하는 것이고, 동 쟁점분배금을 청구법인에게 지급해야 할 OOO는 각 회원사에 지급해야 할 분배금을 정상적으로 계상하여 미지급비용으로 회계처리하고 이를 손금산입한 점을 감안할 때 그 분배금에 대한 금액 산출이 어렵다는 청구법인의 주장은 인정할 수 없다.

  국세청은 쟁점분배금의 손익 귀속시기에 대한 OOO의 질의에 대하여 중재판정에 따라 반환하는 주식 등은 그 지급의무가 확정되는 중재판정일에 속하는 사업연도의 손금에 산입하는 것이라고 유권해석(법규법인 2010-346, 2011.1.13.)을 한 바도 있다.

  따라서, 쟁점분배금은 청구법인 소유의 자산임에도 수령시점에 OOO카드로 하여금 현금수령하게 한 행위는 부당행위계산 부인대상이므로 동 쟁점분배금을 익금산입하여 과세한 처분은 정당하다.

 (6) 청구법인이 OOO에 지급한 분담금은 무형의 자산가치인 상표권 사용에 대한 대가를 지급한 것으로 보아야 할 것이고, 따라서 쟁점분담금을 사용료 소득으로 보아 이 건 지급명세서제출불성실가산세를 과세한 처분은 정당하다.

 (7) 쟁점환급액은 국내 조선사가 국외 선주사로부터 수령한 본래의 선수금과는 별도로 계산되어 대지급된 지연이자로서 「법인세법」 제93조 제10호 및 같은 법 시행령 제132조 제10항 등 관련 법령 및 통칙에서 국내원천소득으로 보도록 규정하고 있다.

  계약해지에 따라 투자금액에 일정 금액을 추가하여 수령한 경우 일정 금액은 위약금으로 기타소득에 해당하며 그 일정 금액이 투자원금을 마련하기 위한 이자비용이라 하더라도 본래 계약의 내용이 되는 지급자체에 대한 손해에는 해당하지 않는다(서울고법 2010누44735, 2011.6.29.).

  청구법인은 선수금 RG계약이 일반적인 보증채무가 갖는 부종성을 가지고 있지 않는다고 주장하나, RG계약 또한 지급보증계약의 일종으로 청구법인은 외국 선주사에 선수금을 대위변제하고 국내 조선사에 구상권을 행사하고 있는 등 일반적인 보증채무와의 차이점을 발견할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① OOO 발행과 관련하여 후순위대출의 이자수익을 익금산입하고 신탁된 대출채권 등으로 지급한 스왑비용을 청구법인의 비용이 아닌 것으로 보아 손금부인하여 과세한 처분의 당부

② 청구법인이 OOO 잔존주주에게 지급한 쟁점잔존주주보상금이 당기비용인지 자산의 취득원가인지 여부

③ 청구법인이 신용보증기관으로부터 보증계약에 따른 대위변제금액을 수령한 경우 이자보다 원금을 먼저 회수한 것으로 볼 수 있는지와 이자가 먼저 회수된 것으로 보더라도 세무상 유보채권에 대하여 금융감독원장으로부터 승인받은 날이 속하는 사업연도에 대손금으로 볼 수 있는지 여부

 ④ 청구법인이 OOO지주그룹의 특수관계인으로부터 상표권 사용료를 수취하지 아니하였다고 하여「법인세법」상 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 처분의 당부

 ⑤ OOO가 OOO로부터 수령한 쟁점분배금을 청구법인의 익금으로 보아「법인세법」상 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 처분의 당부

 ⑥ 청구법인이 OOO에게 상표권 사용료를 지급하면서 원천징수 및 지급명세서 제출의무를 이행하지 아니하여 지급명세서제출불성실가산세를 과세한 처분이 정당한지 여부

 ⑦ 선수금환급보증(Refund Guarantee)과 관련한 쟁점환급액이 원천징수분 기타소득에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 : <별지2> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

  (가) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면, 아래와 같은 사실이 나타난다.

   1) OOO(Covered bond)는 은행이 신용으로 발행한 채권이지만, 담보자산에서 우선적으로 변제받을 수 있는 권리가 부여된 채권을 말하고, 은행의 도산위험으로부터 담보자산에 대한 우선변제권을 법적으로 보호해 주는 채권으로 ‘이중상환청구권부채권’이라고도 한다.

   2) 청구법인은 2009년 5월 외화 자금조달 수단의 다변화와 유동성 개선 및 국제금융시장에서의 인지도 제고 등을 목적으로, 청구법인이 보유하고 있던 주택담보대출채권 및 신용카드채권을 기초로 한 OOO를 아래 <표5>와 같이 발행하였다.

<표5> OOO 발행내역

   3) 처분청이 제시한 OOO의 거래구조는 아래 <표6>과 같다.

<표6> OOO 거래구조

   4) OOO 발행과 관련한 청구법인의 회계처리 내역은 앞 <표1>과 같고, 이에 대한 처분청의 세무조정 내역은 앞 <표2>와 같다.

  (나) 청구법인이 제출한 증거서류는 다음과 같다.

   1) 청구법인과 해외SPC 간에 후순위대출계약서의 주요내용은 아래 <표7>과 같다.

<표7> 후순위대출계약서 주요내용

 주) 보증인(Guarantor) : 해외SPC,OOO 발행인(Bond Issuer) : 청구법인

   1) 청구법인(자산보유자, 신탁재산관리자, 후순위수익권자), 주식회사 OOO은행(국내수탁자, 수탁관리자, 예비신탁재산관리자, 담보대리인), 국내SPC(사채발행인, 선순위수익권자), CITICORP INTERNATIONAL LIMITED(OOO수탁자 및 담보수탁자) 및 OOO서울지점(스왑상대방들) 간의 신탁계약의 주요내용은 아래 <표8>과 같다.

<표8> 신탁계약의 주요내용

  (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, OOO 발행과 관련된 유동화구조는 투자자의 이중상환청구권 확보를 위해 설계된 것으로 그 취지 및 목적 등에 비추어 전체를 묶어 하나의 거래로 봄이 합리적이고, OOO를 통한 자금조달의 효익이 모두 청구법인에 귀속되므로 관련 손익도 모두 청구법인이 인식하는 것이 타당해 보이는 점, 청구법인은 이 건 OOO 발행과 관련한 회계처리에 대하여 금융감독원에 질의하였는바, 금융감독원(회제이-215, 2008.7.29.)은 신탁을 통한 유동화거래의 유동화자산에 해당하는 주택담보대출채권 등은 청구법인이 직접 보유하고 있는 것으로 회계처리하고 OOO에 대한 담보제공사실을 주석으로 기재하는 것이 타당하다고 회신한 점, 청구법인은 주택담보대출채권 등 신탁한 담보자산에서 발생한 이자수익 전체를 익금에 포함시켰고, 동 이자수익 등에서 OOO와 관련한 이자비용과 스왑비용을 국내SPC에 지급하여 이를 손금에 포함하였으며, 해외SPC가 청구법인을 대신하여 해외투자자에게 지급한 이자비용을 해외SPC에 대한 후순위대출 이자수익과 상계한 것을 각각 수익과 비용으로 인식하지 아니한 점은 있으나 이로 인하여 청구법인의 과세대상 소득금액이 과소계상된 것은 아닌 점 등에 비추어 처분청이 OOO 발행과 관련하여 후순위사채 수입이자를 익금산입하고 스왑비용을 손금불산입하면서 1종 수익권증서에 상응하는 신탁재산의 수입이자를 익금불산입하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

 (2) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

  (가) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면, 아래와 같은 사실이 나타난다.

   1) 청구법인은 OOO와 보통주 50.1%를 단계적으로 취득하는 내용의 주식 양수도계약 및 주주간 계약(2008년 3월)을 체결하였는바, 동 계약내용에는 청구법인은 단계적으로 OOO 잔존주주 또는 유상증자를 통하여 단계적으로 주식을 취득하기로 한 것으로 나타나고, OOO 잔존주주는 청구법인의 OOO 지배권 획득일까지 제3자에게 보유주식의 양도 및 담보 제공이 금지되고 청구법인의 결정에 따라 추가적인 유상 증자시 유상증자 불참 후 실권주가 청구법인에게 배정되도록 하여야 하며, 청구법인 지분율이 30% 도달시 카자흐스탄 법률에 따라 모든 OOO 주식에 대해 의무적으로 공개매수를 개시해야 하는데, 이 때 잔존주주들은 공개매수를 청구할 수 없는 등의 행위가 제한되는 것으로 나타난다.

   2) 청구법인은 2009년 9월 공동투자자로 유치하고 2010년 3월까지 공동투자자가 취득한 OOO 지분 10%를 제외한 나머지 지분 40.1%를 아래 <표9>와 같이 취득하였으며, 2010.3.26. 잔존주주 보상금 지급약정에 따라 쟁점잔존주주보상금(OOO원)을 지급한 것으로 나타난다.

<표9> OOO주식 취득 내역

(단위 : 주, KZT)

   3) 청구법인은 쟁점잔존주주보상금을 세무조정을 통하여 2010사업연도 당기 손금으로 인식하였으나, 처분청은 OOO 주식의 취득을 위한 부대비용으로 보아 손금불산입하였다.

  (나) 청구법인은 쟁점잔존주주보상금은 OOO 잔존주주들의 행위제한에 따른 기회손실을 보상하기 위하여 지급한 것으로 OOO 주식의 취득의 간접적인 비용으로 주식의 취득원가에 산입할 수 없다고 주장하고 있다.

  (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, OOO잔존주주에 대하여 지분매도 및 유상증여 참여를 제한하여 거래가 결렬되는 것을 방지하는 등 거래에 필수적으로 수반되는 비용으로 보이는 점, 거래에 필수적으로 수반되는 비용이라면 회피불가능한 비용으로 취득원가에 산입하는 것이 타당한 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점잔존주주보상금을 OOO 주식의 취득 부대비용으로 취득원가에 산입하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

 (3) 다음으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다.

  (가) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면, 아래와 같은 사실이 나타난다.

   1) 청구법인은 신용보증기관의 신용보증약정을 통하여 대출하고채무불이행될 경우 신용보증기관으로부터 아래 <표10>의 쟁점대위변제금을 수령하고 원금이 먼저 회수된 것으로 회계처리하고 각 사업연도 법인세 및 교육세를 신고하였다.

<표10> 연도별 대위변제 회수내역

(단위 : 억원)

   2) 처분청은 「법인세법 시행규칙」 제56조에 따라 이자가 먼저 회수된 것으로 보고, 아래 <표11>과 같이 2008～2012사업연도 대위변제금액 OOO원을 소득금액에 가산하였다.

<표11> 과세처분 내역

(단위 : 백만원)

   주1) 손금산입액은 대위변제받은 채권 중 일부 회수된 금액(청구법인의 익금산입으로 손금산입)

   주2) 2012사업연도는 이자부터 회수된 것으로 신고

  (나) 청구법인은 아래 <표12>와 같이 처분청이 쟁점대위변제금의 충당순서를 이자부터 회수된 것으로 봄에 따라 증가한 채권 OOO원 중 OOO원을 금융감독원장으로부터 대손금 승인을 받았다.

<표12> 대손금 승인 내역

·(단위 : 백만원)

  (다) 청구법인은 OOO 약정, 은행여신거래기본약관, 여신규정, 여신업무지침 등을 제시하고 있는바, 그 주요내용은 아래 <표13>․<표14>․<표15>․<표16>과 같다.

<표13> OOO 약정 주요내용

<표14> 은행여신거래기본약관 주요내용

<표15> 여신규정 주요내용

<표16> 여신업무지침

  (라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점대위변제금을 이자의 변제에 관한 특별한 약정에 따라 보증채무이행금으로 연체된 채무에 충당시 원금, 이자의 순서로 충당하였다고 주장하나, 신용보증기금 약정 제12조는 보증기관이 청구법인에게 지급하여야 할 보증채무의 이행범위에 대하여 규정하고 있을 뿐 청구법인이 보증기관으로부터 지급받은 보증채무이행금의 충당순서에 관하여 규정하고 있지 아니하고, 은행여신거래기본약관, 여신규정 및 여신관리지침의 내용이 대출계약의 당사자가 아니고 보증인에 불과한 보증기관에도 적용된다고 보기 어려우므로, 쟁점대위변제금의 충당순서에 관한 특별한 약정이 없는 것으로 보아「법인세법 시행규칙」제56조를 적용하여 원금이 먼저 회수된 것으로 보아 이 건 법인세 및 교육세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

  다만, 회계상 채권에 대한 대손은 인정하면서 해당 유보의 추인을 통한 대손을 부인한다면 같은 채무자의 동일한 채권에 대하여 세무상 대손금의 해당 여부를 구분해야 하는 모순이 발생하는바, 청구법인이 당초 원금, 이자순으로 충당된 것으로 계상한 쟁점대위변제금에 대하여 처분청이 이자, 원금 순으로 충당된 것으로 변경함에 따라 발생한 잔여 원금채권증가(세무상 순유보채권)분에 대해서도 동일한 기준을 적용하여야 할 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점대위변제금이 원금이 아닌 이자수익부터 먼저 충당된 것으로 경정함에 따라 발생한 원금채권 증가액은 이후 사업연도에 해당 채권에 대한 금융감독원장의 대손승인을 받은 날이 속하는 각 사업연도의 손금으로 보아 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

 (4) 다음으로, 쟁점④에 대하여 살펴본다.

  (가) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면, 아래와 같은 사실이 나타난다.

   1) 쟁점상표권은 청구법인의 영문 명칭인 OOO Bank의 약자인 OOO를 형상화한 것으로 그 자체가 은행(Bank)의 의미를 내포하고 있으며, 다음과 같이 구 OOO은행과 구 OOO은행의 합병 직후 통합은행의 공통 CI(Corporate Identity)로서 만들어진 것이다.

   2) 청구법인은 2002년 중 특수관계인들의 비용분담 없이 자사 단독으로 경비를 지출하여 미국 OOO사와 국내 OOO㈜ 컨소시엄에게 상표권 개발을 의뢰하였으며 그 결과 쟁점상표권을 청구법인 단독 명의로 2002.5.16. 출원·등록하였다.

   3) 청구법인과 유사 업종을 영위하고 있으며 자산·외형이 가장 근접한 OOO금융지주의 상표권 사용료율의 최저값이자 국내기업의 다수가 채용하여 사용하고 있는 0.2%의 사용료율을 적용하여 아래　＜표17>과 같이 상표권 사용료를 산정하였다.

<표17> 상표권 사용료 산정내역

(단위 : 억원)

  (나) 청구법인은 상표권이 사실상 계열사가 공동으로 소유하는 것으로 부당행위계산부인 대상에 해당하지 아니하고, 설령 부당행위계산부인 규정을 적용하더라도 계열사들이 부담한 공동광고비는 상표권 사용대가에서 차감하여야 한다고 주장하며, 아래 <표18>의 공동광고비 내역(언론사별․광고내역별․월별 등으로 구분) 등을 제시하고 있다.

<표18> 공동광고비 내역

(단위: 원)

  (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점계열회사들로부터 쟁점상표권 사용료를 수취하지 아니한 데 대해 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 처분은 부당하다고 주장하나, 청구법인은 쟁점상표권을 개발하여 단독명의로 출원·등록하여 배타적 권리를 소유하고 있는바, 특수관계에 있는 계열회사들에게 이를 사용하게 하면서도 그 사용대가를 별도로 수취하지 않는 것은 경제적 합리성이 결여된 것으로 보아야 할 것인 점, ｢법인세법｣ 제52조 제2항에서 건전한 사회통념 및 상거래 관행을 기준으로 시가를 산정토록 규정하고 있고, 그 시가의 산정이 어려운 경우에는 객관적이고 합리적인 방법에 의하여 평가한 가액도 시가로 볼 수 있는 것(대법원 2005.5.12. 선고 2003두15287 판결)으로 처분청이 쟁점상표권 사용으로 인한 직접적인 수익창출 기여분인 시가를 산정하기 어려운 점을 감안하여 국내 주요기업 및 동종업계의 통상적인 상표권사용료 산정방식을 준용하여 산정한 시가 산정방식은 합리적인 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인의 주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

  다만, OOO금융그룹에 대한 공동광고비는 쟁점상표권의 가치를 증가시키는 것으로 보이고 동 광고비용은 소유권을 보유한 청구법인이 부담하여야 할 성격의 지출로서 계열사들이 분담한 금액만큼은 쟁점상표권 사용대가에서 차감하는 것이 합리적이므로 처분청은 공동광고비 해당하는 금액을 쟁점상표권 사용료에서 직접 차감하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

 (5) 다음으로, 쟁점⑤에 대하여 살펴본다.

  (가) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면, 아래와 같은 사실이 나타난다.

   1) OOO가 주식회사로 조직구조를 변경하면서 회원사에게 OOO 주식을 배분하였고, OOO는 2008년 3월 회원사 자격으로 OOO 주식 6,196,929주를 수증 받고, OOO가 OOO로부터 수증한 주식 중 3,481,776주를 처분하여 수령한 금액에 대해 청구법인을 포함한 OOO 회원사 사이에 분쟁이 발생하여 OOO에 중재요청을 하였고, OOO은 아래 <표19>와 같이 중재판정을 하였다.

<표19> OOO 판정 주요내용

   2) 청구법인은 2010년 상사중재원 중재판결 및 2009년 청구법인외 10개 회원사 간의 합의서에 따라 2010년 6월 OOO주식 3,481,776주 매각대금에 대한 기여도분과 2010년 11월 OOO주식 1,764,850주 매각대금에 대한 기여도분 등의 금원을 수취하여 익금에 산입하였고, OOO카드는 2011년 11월 OOO주식 950,303주의 기여도분 38,806주(950,303주×49.5%×8.24962%)의 매각대금 등인 OOO원을 수취하여 익금에 산입하였다.

   3) 청구법인과 OOO카드의 인적분할에 따른 분할계획서 중에 자산과 부채의 승계와 관련한 주요 내용은 아래 <표20>과 같다.

<표20> 분할계획서 주요내용

   4) 처분청은 중재판결일이 속하는 2010사업연도에 매각되지 아니한 OOO 주식에 대해 중재판결일 현재 주가를 적용한 매각예상금액 등으로 산정한 쟁점분배금을 청구법인의 익금 등으로 보아 이 건 법인세를 과세하였다.

  (나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, OOO의 중재판정에 의하여 OOO주식의 매각대금에 대한 분배방법은 확정되었다고 볼 수 있으나 2010사업연도에는 OOO주식이 매각되지 아니하여 수령할 가액이 확정되지 아니한 것으로 볼 수 있는 점(실제 처분청은 예상분배금액을 OOO원으로 산정하였으나 2011사업연도의 실제 분배금액은 OOO원임), 처분청은 OOO카드가 쟁점분배금을 수령한 것이 부당행위계산 부인대상이라는 의견이나, 청구법인과 OOO카드의 분할계획서에는 동 분할계획서에 반영되지 못한 채권 등의 귀속은 그 원인이 되는 행위 또는 사실이 분할대상부문에 관한 것이면 신설회사(OOO)에게, 분할대상부문 이외의 부문에 관한 것이면 분할되는 회사(청구법인)에게 각각 귀속되는 것으로 한다고 규정하고 있고, 쟁점분배금은 신용카드업을 영위하면서 발생한 권리로 OOO카드에 귀속되는 것이므로「법인세법」상 부당행위계산 부인대상으로 보기도 어렵다 하겠다.

  따라서, 처분청이 쟁점분배금을 2010사업연도 익금에 산입하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

 (6) 다음으로, 쟁점⑥에 대하여 살펴본다.

  (가) 청구법인이 제출한 심리자료 등에 의하면, 아래와 같은 사실이 나타난다.

   1) 청구법인은 2008.4.1.부터 고객서비스 및 상표권 허여 계약(Client Service and Trademark License Agreement, 이하 “CSTLA"라 한다)에 따라 OOO의 상표사용권을 허여받고 아래 <표21>과 같이 이에 대한 대가를 지급하고 있다.

<표21> 상표사용권에 따른 지급수수료율

   2) 국내에서 카드를 발급받은 소비자가 국내가맹점에서 카드를 사용한 경우 OOO 전산망이 아닌 국내 전산망(VAN)을 이용하여, OOO로부터 용역 제공을 받은 사실이 없음에도 카드매출액의 0.04%를 OOO에 분담금으로 지급한다.

   3) OOO와 경쟁관계에 있는 동일한 영리법인인 OOO는 국내회원이 국내 및 해외에서 사용한 카드금액에 비례하여 지급하는 부분을 사용료소득으로 보아 원천징수절차에 따라 신고납부하고 있다.

 (나) 처분청은 청구법인이 쟁점분담금 등에 대하여 사용료소득의 제한세율(한․미 조세조약, 15%)을 적용하여 원천징수하여야 한다고 보아 원천징수분 법인세를 과세하였고, 청구법인은 이에 불복하여 심판청구를 제기하였으나 우리 원은 기각결정하였다(조심 2013서945, 2014.4.29.)

 (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 쟁점분담금은 상표권 등의 사용대가인 사용료소득으로 보이므로 청구법인은 쟁점분담금 지급에 대하여 처분청에 지급명세서를 제출할 의무가 있음에도 불구하고 이를 이행하지 아니하였는바, 처분청이 청구법인에게 이 건 지급명세서불성실가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

 (6) 마지막으로, 쟁점⑦에 대하여 살펴본다.

  (가) 청구법인이 제출한 심리자료 등에 의하면, 아래와 같은 사실이 나타난다.

   1) R/G계약과 관련한 업무처리 현황은 아래 <표22>와 같다.

<표22> 업무처리 현황

   2)청구법인은 아래 <표23>과 같이 2009년～2012년에 RG계약 등에 의하여 선수금 등을 국외법인 등에게 대지급하여 왔으며 선수금 환급보증(RG : Refundment Guarantee) 이행시 당초 선수금에 연리 7～8% 이자를 추가하여 환급하는 계약을 맺었으나 이에 대한 원천징수는 이루어지지 않았다.

<표23> 연도별 환급보증 대지급금 및 지연이자 현황

(단위 : 백만원)

 (나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점환급액이 독립적 보증계약에 따라 지급한 것으로 외국선주사와 국내조선사 사이의 계약관계에 따른 위약금에 해당하지 아니하거나 위약금에 해당하더라도 현실적인 손해를 초과하여 지급한 금액이 없으므로 원천징수대상이 아니라고 주장하나, RG계약은 본래 계약인 선박건조계약과 독립하여 성립할 수 없고, 국내조선사가 수취하였던 선수금을 초과하여 지급하는 쟁점환급액은 선박건조계약을 이행할 수 없는 경우 지급하는 위약금 또는 배상금으로서 본래의 손해를 넘어 배상받은 금전에 해당하여 「법인세법」 제93조 제10호 및 같은 법 시행령 제132조 제10항의 국내원천소득에 해당하므로 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지2> 관련법령

 (1) 법인세법 제3조(과세소득의 범위) ④외국법인의 각 사업연도의 소득은 제93조에 따른 국내원천소득(이하 “국내원천소득”이라 한다)으로 한다. 다만, 비영리외국법인의 경우에는 국내원천소득 중 수익사업에서 생기는 소득만 해당한다.

  제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

  제19조의2(대손금의 손금불산입) ① 내국법인이 보유하고 있는 채권 중 채무자의 파산 등 대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권의 금액(이하 “대손금”이라 한다)은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

② 제1항은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 채권에 대하여는 적용하지 아니한다.

1. 채무보증(「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제10조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 채무보증 등 대통령령으로 정하는 채무보증은 제외한다)으로 인하여 발생한 구상채권(求償債權)

2. 제28조 제1항 제4호 나목에 해당하는 것

③ 제1항에 따라 손금에 산입한 대손금 중 회수한 금액은 그 회수한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

④ 제1항을 적용받으려는 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 대손금 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑤ 대손금의 범위와 처리 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  제41조(자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다)은 매입가액에 부대비용을 더한 금액

2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산은 제작원가(製作原價)에 부대비용을 더한 금액

3. 제1호와 제2호 외의 자산은 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액

② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  제52조(부당행위계산의 부인) ①납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 “특수관계인”이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

②제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

③내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용이 적힌 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  제73조(원천징수) ① 다음 각 호의 금액(금융보험업을 하는 법인의 수입금액을 포함하되, 대통령령으로 정하는 금융회사 등에 지급되는 소득으로서 대통령령으로 정하는 것과 법인세가 부과되지 아니하거나 면제되는 소득 등 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)을 내국법인에 지급하는 자(이하 이 조에서 "원천징수의무자"라 한다)가 그 금액을 지급하는 경우에는 지급하는 금액에 100분의 14(「소득세법」 제16조 제1항 제11호의 비영업대금의 이익인 경우에는 100분의 25)의 세율을 적용하여 계산한 금액에 상당하는 법인세를 원천징수하여 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다.

1. 「소득세법」 제127조 제1항 제1호의 이자소득금액

  제76조(가산세) ⑦납세지 관할세무서장은 제120조ㆍ제120조의2 또는「소득세법」제164조ㆍ제164조의2에 따른 지급명세서를 제출하여야 할 내국법인이 같은 법 제164조 제1항ㆍ제164조의2 제1항에 따른 기한 내에 이를 제출하지 아니하였거나 동조의 규정에 의하여 제출된 지급명세서가 대통령령으로 정하는 불분명한 경우에 해당하는 경우에는 그 제출하지 아니한 분의 지급금액 또는 불분명한 분의 지급금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 때에도 가산세는 징수한다.

  제93조(국내원천소득) 외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

8.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리·자산 또는 정보(이하 이 호에서 "권리등"이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리등을 양도함으로써 발생하는 소득.(단서 생략)

 가. 학술 또는 예술상의 저작물(영화필름을 포함한다)의 저작권, 특허권, 상표권, 디자인, 모형, 도면, 비밀스러운 공식 또는 공정(工程), 라디오·텔레비전방송용 필름 및 테이프, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리

9. 다음 각 목의 1에 해당하는 자산·정보 또는 권리를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우의 당해 대가 및 그 자산·정보 또는 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세방지협약에서 사용지를 기준으로 하여 당해 소득의 국내원천소득 해당여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 자산·정보 또는 권리에 대한 대가는 국내지급 여부에 불구하고 이를 국내원천소득으로 보지 아니한다.

 가. 학술 또는 예술상의 저작물(영화필름을 포함한다)의 저작권·특허권·상표권·디자인·모형·도면이나 비밀의 공식 또는 공정·라디오·텔레비젼방송용 필름 및 테이프 기타 이와 유사한 자산이나 권리

 나. 산업상·상업상 또는 과학상의 지식·경험에 관한 정보 또는 노하우

10. 제1호부터 제9호까지의 규정에 따른 소득 외의 소득으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

 나. 국내에서 지급하는 위약금이나 배상금으로서 대통령령으로 정하는 소득

  제98조(외국법인에 대한 원천징수 또는 징수의 특례) ① 외국법인에 대하여 제93조 제1호·제2호 및 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 국내원천소득으로서 국내사업장과 실질적으로 관련되지 아니하거나 그 국내사업장에 귀속되지 아니하는 소득의 금액(국내사업장이 없는 외국법인에 지급하는 금액을 포함한다)을 지급하는 자(제93조 제7호에 따른 소득의 금액을 지급하는 거주자 및 비거주자는 제외한다)는 제97조에도 불구하고 그 지급을 할 때에 다음의 각 호의 구분에 따른 금액을 해당 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 원천징수하여 그 원천징수한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서 등에 납부하여야 한다. 다만, 제 93조 제5호에 따른 소득 중 조세조약에 따라 국내원천사업소득으로 과세할 수 있는 소득은 제외한다.

   제120조의2(외국법인의 국내원천소득 등에 대한 지급명세서 제출의무의 특례) ① 제93조에 따른 국내원천소득을 외국법인에 지급하는 자는 지급명세서를 납세지 관할 세무서장에게 그 지급일이 속하는 연도의 다음 연도 2월 말일(휴업하거나 폐업한 경우에는 휴업일 또는 폐업일이 속하는 달의 다음다음 달 말일)까지 제출하여야 한다. 다만, 제98조의4에 따라 비과세 또는 면제대상임이 확인되는 소득 등 대통령령으로 정하는 소득을 지급하는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항에 따른 지급명세서의 제출에 관하여는 「소득세법」 제164조를 준용한다.

 (2) 법인세법 시행령 제19조의2(대손금의 손금불산입) ① 법 제19조의2 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

12. 제61조 제2항 각 호 외의 부분 단서에 따른 금융회사 등의 채권(같은 항 제13호에 따른 여신전문금융회사인 신기술사업금융업자의 경우에는 신기술사업자에 대한 것에 한정한다) 중 다음 각 목의 채권

 가. 금융감독원장이 기획재정부장관과 협의하여 정한 대손처리기준에 따라 금융회사 등이 금융감독원장으로부터 대손금으로 승인받은 것

 나. 금융감독원장이 가목의 기준에 해당한다고 인정하여 대손처리를 요구한 채권으로 금융회사 등이 대손금으로 계상한 것

  제72조(자산의 취득가액 등) ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산 ： 매입가액에 취득세, 등록면허세, 그 밖의 부대비용을 가산한 금액(괄호 생략)

  제88조(부당행위계산의 유형 등) ①법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

6.금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우.(단서 생략)

9.그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우

  제89조(시가의 범위 등) ①법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

②법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1.「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다.

2.「상속세 및 증여세법」 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제64조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조를 준용하여 평가한 가액.(후단 생략)

④제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

1.유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액

2.건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 이 호에서 "원가"라 한다)과 원가에 당해 사업연도중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률(기업회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액

⑤제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.

  제132조(국내원천소득의 범위) ⑩ 법 제93조 제10호 나목에서 “대통령령으로 정하는 소득”이란 재산권에 관한 계약의 위약 또는 해약으로 인하여 지급받는 손해배상으로서 그 명목여하에 불구하고 본래의 계약내용이 되는 지급자체에 대한 손해를 넘어 배상받는 금전 또는 기타 물품의 가액을 말한다.

 (3)상속세 및 증여세법 시행령 제59조(무체재산권 등의 평가) ⑤특허권ㆍ실용신안권ㆍ상표권ㆍ디자인권 및 저작권 등은 그 권리에 의하여 장래에 받을 각 연도의 수입금액을 기준으로 기획재정부령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액의 합계액에 의한다. 이 경우 각연도의 수입금액이 확정되지 아니한 것은 평가기준일전 3년간의 각 연도 수입금액의 합계액을 기획재정부령이 정하는 바에 따라 평균한 금액을 각 연도의 수입금액으로 할 수 있다.

 (4)소득세법 시행령 제51조(총수입금액의 계산) ⑦법 제16조 제1항 제12호의 규정에 의한 비영업대금의 이익의 총수입금액을 계산함에 있어서 법 제70조의 규정에 의한 과세표준확정신고 또는 법 제80조의 규정에 의한 과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 전에 당해 비영업대금이 제55조 제2항 제1호 또는 제2호의 규정에 의한 채권에 해당하여 채무자 또는 제3자로부터 원금 및 이자의 전부 또는 일부를 회수할 수 없는 경우에는 회수한 금액에서 원금을 먼저 차감하여 계산한다. 이 경우 회수한 금액이 원금에 미달하는 때에는 총수입금액은 이를 없는 것으로 한다.

 (5)법인세법 시행규칙 제56조(원천징수대상 이자소득금액의 계산)법 제73조의 규정을 적용함에 있어서 차입금과 이자의 변제에 관한 특별한 약정이 없이 차입금과 그 차입금에 대한 이자에 해당하는 금액의 일부만을 변제한 경우에는 이자를 먼저 변제한 것으로 본다. 다만, 비영업대금의 이익의 경우에는 「소득세법 시행령」 제51조 제7항의 규정을 준용한다.

 (6)민법 제476조(지정변제충당) ①채무자가 동일한 채권자에 대하여 같은 종류를 목적으로 한 수개의 채무를 부담한 경우에 변제의 제공이 그 채무전부를 소멸하게 하지 못하는 때에는 변제자는 그 당시 어느 채무를 지정하여 그 변제에 충당할 수 있다.

②변제자가 전항의 지정을 하지 아니할 때에는 변제받는 자는 그 당시 어느 채무를 지정하여 변제에 충당할 수 있다. 그러나 변제자가 그 충당에 대하여 즉시 이의를 한 때게는 그러하지 아니하다.

③전2항의 변제충당은 상대방에 대한 의사표시로써 한다.

  제479조(비용, 이자, 원본에 대한 변제충당의 순서) 채무자가 1개 또는 수개의 채무의 비용 및 이자를 지급할 경우에 변제자가 그 전부를 소멸하게 하지 못한 때에는 비용, 이자, 원본의 순서로 변제에 충당하여야 한다.

 (7) 상표법 제50조(상표권의 효력) 상표권자는 지정상품에 관하여 그 등록상표를 사용할 권리를 독점한다. 다만, 그 상표권에 관하여 전용사용권을 설정한 때에는 제55조 제3항의 규정에 의하여 전용사용권자가 등록상표를 사용할 권리를 독점하는 범위안에서는 그러하지 아니하다.

  제57조(통상사용권) ① 상표권자는 그 상표권에 관하여 타인에게 통상사용권을 설정할 수 있다.

② 제1항의 규정에 의한 통상사용권의 설정을 받은 통상사용권자는 그 설정행위로 정한 범위안에서 지정상품에 관하여 등록상표를 사용할 권리를 가진다.

③ 통상사용권은 상속 기타 일반승계의 경우를 제외하고는 상표권자(전용사용권에 관한 통상사용권에 있어서는 상표권자 및 전용사용권자)의 동의를 얻지 아니하면 이를 이전할 수 없다.

④ 통상사용권은 상표권자(전용사용권에 관한 통상사용권에 있어서는 상표권자 및 전용사용권자)의 동의를 얻지 아니하면 그 통상사용권을 목적으로 하는 질권을 설정할 수 없다.

⑤ 제54조 제5항·제55조 제2항 및 제4항의 규정은 통상사용권에 관하여 이를 준용한다.

 (8) 한·미조세조약 제14조(사용료) (1)타방 체약국의 거주자에 의하여 일방 체약국내의 원천으로부터 발생되는 사용료에 대하여 동 일방 체약국이 부과하는 조세는 하기(2)항 및 (3)항에 규정된 경우를 제외하고는 그 사용료 총액의 15퍼센트를 초과해서는 아니된다.

 (4) 본 조에서 사용되는 “사용료”라 함은 다음의 것을 말한다.

  (a) 문학·예술·과학작품의 저작권 또는 영화필름·라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권, 특허, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험 기능(기술), 선박 또는 항공기(임대인이 선박 또는 항공기의 국제운수상의 운행에 종사하지 아니하는 자인 경우에 한함)의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금