OOO이 2016.7.11. 청구인에게 한 2015년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 2016.5.20.～2016.5.30.(11일)에 해당하는 납부불성실가산세의 100분의 50을 감면하여 그 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO(이하 “쟁점부동산”이라 한다)가 OOO에 편입되어 2015.9.9. 토지수용에 따른 수용보상금 OOO을 수취하고 소유권을 이전하였다.

나. 청구인은 쟁점부동산의 수용은 양도소득세 과세 대상이 되는 양도가 아니므로 양도차익 및 양도소득금액이 없다고 2015.11.27. 양도소득세 예정신고하였으나, 처분청은 청구인에 대해 세무조사를 실시하여 양도가액을 OOO으로 하여 2016.7.11. 청구인에게 2015년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2016.9.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 법률상 양도라 함은 물권의 주체가 법률행위에 의하여 그 물건을 타인에게 이전하는 것으로서 법률효과는 의사표시를 불가결의 요소로 하는 것인데, 공용수용은 강제적으로 취득하는 점에서 법률규정에 의한 물권변동이므로(「민법」 제187조) 법률행위에 의한 권리의 이전과 구별된다.

  또한, 공법상 손실보상이란 적법한 행정작용에 의한 특별한 희생에 대한 전보(塡補)이므로 그 보상금은 전보금(塡補金)으로서 수용된 토지․물건의 변형물에 불과(즉 양도대금에 해당하지 않음)하여, 쟁점부동산의 수용은 등기부등본상 등기목적란에 “소유권이전”으로 기재되었음에도 불구하고 소유권보존 등기(원시취득)에 해당하므로 전주(前主)의 권리는 이전되는 것이 아니라 “소멸”하는 것이므로, 이는 양도소득세 부과대상인 양도에 해당하지 않는다.

 (2) 「소득세법」 제88조 제2항은 “「도시개발법」이나 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 보류지로 충당되는 경우”(제1호)를 “양도”의 범위에서 제외하고 있고, 같은 법 시행령 제152조 제2항은 “법 제88조 제2항 제1호에서 ‘보류지(保留地)’란 제1항에 따른 사업시행자가 해당 법률에 따라 일정한 토지를 환지로 정하지 아니하고 다음 각 호의 토지로 사용하기 위하여 보류한 토지를 말한다”라고 규정하면서, 제1호에 “해당 법률에 따른 공공용지”를, 제2호에 “해당 법률에 따라 사업구역 내의 토지소유자 또는 관계인에게 그 구역 내의 토지로 사업비용을 부담하게 하는 경우의 해당 토지인 체비지”를 각각 규정하고 있다.

   이는 자산이 유상으로 사실상 이전되었다고 하더라도 「도시개발법」이나 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 보류지로 충당되는 경우에는 양도로 보지 않는다는 의미이다.

   쟁점부동산 수용의 원인이 된 OOO은 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제4조 제5호가 규정하고 있는 “공익사업”에 해당하고, 사업시행구역 내 토지 전부는 공익을 목적으로 하는 사업의 토지로서 “공공용지”에 해당된다.

   그러므로, 설령 쟁점부동산이 유상으로 사실상 이전되었다고 보더라도, 쟁점부동산의 이전은 「소득세법」 제88조 제2항에서 규정한 “보류지로 충당”에 해당하는 경우로서 “양도”에 해당하지 않는 것이 명백하므로 그 보상금 역시 양도소득에 해당하지 않는다.

 (3) 법률이 전부 개정된 경우 개정전 법률의 부칙은 전부 개정된 법률에서 종전 법률 부칙의 경과규정을 계속 적용한다는 별도 규정을 두거나, 그러한 규정을 두지 않았다고 하더라도 종전 경과 규정의 입법 경위 및 취지, 전부 개정된 법령의 입법취지 및 전반적 체계, 종전 경과규정이 실효된다고 볼 경우 법률상 공백상태가 발생하는지, 그 밖의 제반 사정 등을 종합적으로 고려하여 종전 경과규정이 실효되지 않고 계속 적용된다고 보아야 할 만한 특별한 사정이 있는 경우에 한하여 그 효력이 존속하는 것(대법원 2012.3.29. 선고 2011두27919 판결, 같은 뜻임)이다.

  구 「조세감면규제법」(1993.12.31. 법률 제4666호로 전부 개정된 것) 부칙 제16조 제3항은 “1992.12.31. 이전에 토지수용법 기타 법률에 의하여 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지 등의 양도로 인하여 발생한 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제”하도록 규정하고 있었고, 동 부칙 조항은 위 개정 이전까지는 “～까지 양도한 경우 양도소득세를 면제한다”는 시한부(조건부) 면제형태를 취해오다가 위 개정에서 면제 제외대상 및 그 기한을 규정하지 않음으로써 무기한(무조건) 면제형태로 변경되었다.

  그러므로, 위 부칙 조항의 효력을 상실시키거나 또는 시한부 면제형태를 취하는 규정 등이 새로 생길 때까지의 기간 안에서 이루어지는 모든 강제수용토지에 대하여는 동 부칙 조항에 위반하여 양도소득세 면제에 차별을 가할 수도 없는 것이므로 1992.12.31. 이전에 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지 등을 2016.2.3. 양도하더라도 양도소득세를 면제해야 한다.

  또한, 구 「조세감면규제법」은 1999.1.1. 「조세특례제한법」으로 전부 개정되었는바, 「조세특례제한법」 부칙 제9조 제2항은 “이 법 시행일전에 종전의 규정에 의하여 감면하였거나 감면하여야 할 국세 및 지방세에 관하여는 종전의 규정에 의한다”고 규정함으로써 「조세감면규제법」 부칙 규정에 의하여 면제하였거나 면제해야 할 양도소득세는 여전히 종전 규정에 따라 면제하도록 하였고, 「조세특례제한법」은 현재까지도 위 부칙 조항의 효력을 상실시키는 규정을 두지 않았는바[오히려 앞서 본 바와 같이 2014.12.23. 「소득세법」 제88조 제2항을, 2015.2.3. 같은 법 시행령 제152조 제2항을 각 개정하여 「소득세법」 자체 규정에서 강제수용토지(공공용지)에 대하여는 “양도”로 보지 않도록 규정하였다], 이는 강제수용토지에 대하여는 양도로 볼 수 없는 법리로 인하여 양도소득세를 원칙적으로 면제하려는 것이 그 입법취지로 보인다.

 (4) 그 외 이 건 양도소득세 부과처분은 장기보유 및 기본공제, 「조세특례제한법」상 15%에 해당하는 금액을 감면하지 않았고, 수용재결서 기재사항(“토지는 수용하고, 건물등 지장물은 이전하게 한다”)과 같이 건물 등 지장물에 대한 보상금은 이전비용에 해당하는 사실이 명백함에도 이를 양도소득에 포함하였으며, 과세전적부심사청구 기간에 대해서도 가산금을 부과한 위법이 있다.

나. 처분청 의견

 (1) 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 기한 수용은 양도소득세의 과세대상인 자산의 양도에 해당하며, 수용에 의하여 자산이 양도된 다음에는 수용 자체에 흠이 있다는 등 특별한 사정이 없는 한, 수용의 효력을 소급적으로 소멸시켜 당초부터 그 수용이 없었던 것으로 하거나, 구 「소득세법」 제88조 제2항 소정의 양도로 보지 아니하는 ‘환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 보류지로 충당되는 경우’로 법률관계를 변경할 수는 없다(대법원 2002.8.23. 선고 2000두5531 판결, 같은 뜻임).

  쟁점부동산은 관련 법령에 따라 OOO로 수용되어 청구인은 2015.9.9. 수용 총보상액 OOO을 전액 현금으로 수령하였고, 수용 자체에 흠이 있다는 등 특별한 사정이 없으므로 쟁점부동산의 수용은 양도소득세 과세대상인 “자산의 양도”에 해당한다.

 (2) 개정 법률이 전문 개정인 경우에는 기존 법률을 폐지하고 새로운 법률을 제정하는 것과 마찬가지이어서 종전의 본칙은 물론 부칙 규정도 모두 소멸하는 것으로 보아야 할 것이므로 특별한 사정이 없는 한 종전의 법률 부칙의 경과규정도 모두 실효된다고 보아야 하는 것이다(대법원 2002.7.26. 선고 2001두11168 판결, 같은 뜻임).

   구 「조세감면규제법」(1994.1.1. 법률 제4666호로 개정된 것)은 「조세특례제한법」으로 전문개정되면서 그 부칙 제2조(일반적 적용례)제2항은 “이 법 중 양도소득세와 특별부가세에 관한 개정 규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다”고 규정하고, 제9조(일반적 경과조치) 제2항은 “이 법 시행일전에 종전의 규정에 의하여 감면하였거나 감면하여야 할 국세 및 지방세에 관하여는 종전의 규정에 의한다”고 규정하였다.

  조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우 위 「조세특례제한법」 부칙 제9조 제2항과 같은 경과규정을 근거로 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한, 설사 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없는 것(대법원 2004.12.09. 선고 2003두13076 판결, 같은 뜻임)이다.

  그러므로, 쟁점부동산에 대한 사업인정고시일이 OOO로 확인되고, 청구인은 2015.9.9. 수용보상금 전액을 현금으로 수령하였으며, 2015.9.23. 사업시행자인 OOO 주식회사로 쟁점부동산의 소유권이전 등기가 경료되었음이 확인되는 이상, 구 「조세특례제한법」 제77조(2015.7.24. 법률 제13448호로 개정된 것) 규정을 적용하여 쟁점부동산에 대해 세액의 100분의 15를 감면하여 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 정당하다.

 (3) 그 외 청구주장과 관련하여, 이 건 양도소득세 부과처분 당시 쟁점부동산에 대한 장기보유․기본공제와 「조세특례제한법」 제77조에 따른 감면이 이루어졌고, 건물에 대한 보상금은 쟁점부동산의 수용에 따른 전체 보상금에 포함되므로 당연히 양도소득을 구성하는 것이며, 청구인의 경우 가산금 또는 가산세의 감면 사유는 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 강제수용된 쟁점부동산은 「소득세법」 제88조 규정에 따른 양도소득세 과세대상이 아니라는 청구주장의 당부

 ② 강제수용에 대한 양도소득세 면제와 관련하여 구 「조세감면규제법」 부칙 규정이 실효되지 않았으므로 쟁점부동산에 대한 양도소득세가 전액 면제되어야 한다는 청구주장의 당부

 ③ 그 외 이 건 양도소득세의 과세표준 및 공제, 가산금(세) 등이 부당하게 산정되었다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

 (1) 소득세법 제88조(양도의 정의) ① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 “양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(負擔附贈與)(「상속세 및 증여세법」 제47조 제3항 본문에 해당하는 경우는 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자(受贈者)가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따른 양도로 보지 아니한다.

1. 「도시개발법」이나 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 보류지(保留地)로 충당되는 경우

2. 토지의 경계를 변경하기 위하여 「측량·수로조사 및 지적에 관한 법률」에 따른 토지의 분할 등 대통령령으로 정하는 방법과 절차로 하는 토지 교환의 경우

 (2) 소득세법 시행령 제152조(환지등의 정의) ① 법 제88조 제2항 제1호에서 “환지처분”이란 「도시개발법」에 의한 도시개발사업, 「농어촌정비법」에 의한 농업생산기반 정비사업 그 밖의 법률에 따라 사업시행자가 사업완료 후에 사업구역내의 토지소유자 또는 관계인에게 종전의 토지 또는 건축물 대신에 그 구역내의 다른 토지 또는 사업시행자에게 처분할 권한이 있는 건축물의 일부와 그 건축물이 있는 토지의 공유지분으로 바꾸어주는 것(사업시행에 따라 분할ㆍ합병 또는 교환하는 것을 포함한다)을 말한다.

② 법 제88조 제2항 제1호에서 “보류지(保留地)”란 제1항에 따른 사업시행자가 해당 법률에 따라 일정한 토지를 환지로 정하지 아니하고 다음 각 호의 토지로 사용하기 위하여 보류한 토지를 말한다.

1. 해당 법률에 따른 공공용지

2. 해당 법률에 따라 사업구역 내의 토지소유자 또는 관계인에게 그 구역 내의 토지로 사업비용을 부담하게 하는 경우의 해당 토지인 체비지

 (3) 조세감면규제법(1989.6.16. 법률 제4128호로 일부 개정된 것) 제57조(공공사업용 토지등에 대한 양도소득세 등 면제) ① 다음 각 호의 1에 해당하는 공공사업용 토지등의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다.

1. 공공용지취득및손실보상에관한특례법이 적용되는 공공사업용 토지등을 국가․지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다)에 양도하는 경우

2. 토지수용법 기타 법률에 의한 수용의 경우

 (4) 조세감면규제법(1990.12.31. 법률 제4285호로 일부 개정된 것) 제57조(공공사업용 토지등에 대한 양도소득세 등 감면) ① 다음 각 호의 1에 해당하는 토지 또는 건물(이하 "토지등"이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제2호에 해당하거나 대통령령이 정하는 대규모의 택지개발사업 또는 댐건설사업등(이하 "대규모개발사업"이라 한다)에 필요한 토지등으로서 당해 토지등이 속한 지구에 대한 사업인정고시일(대규모개발사업의 경우에는 양도일)부터 소급하여 5년이전에 취득한 것의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 70에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공공용지의취득및손실보상에관한특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

2. 토지수용법 기타 법률에 의한 수용으로 인하여 발생하는 소득

부칙 제14조 (양도소득세등의 면제에 관한 적용례) 제57조 제1항 제2호에 해당하거나 대규모개발사업에 필요한 토지등을 1991년 12월 31일 이전에 양도하는 경우에는 제57조 제1항 및 제60조 제1항의 개정규정과 제66조의3의 개정 규정에 불구하고 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다.

 (5) 조세감면규제법(1993.12.31. 법률 제4666호로 전부 개정된 것) 제63조(공공사업용 토지등에 대한 양도소득세 등의 감면) ① 다음 각 호의 1에 해당하는 토지 또는 건물(이하 "토지등"이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30(토지등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 45)에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 5년이전에 취득한 것의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50(토지등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 75)에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공공용지의취득및손실보상에관한특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

2. 도시재개발법에 의한 도시재개발구역(공공시설을 수반하지 아니하는 도시재개발구역을 제외한다)안의 토지등을 동법 제10조 또는 동법 제11조의 규정에 의하여 지정된 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

3. 토지수용법 기타 법률에 의한 수용으로 인하여 발생하는 소득

부칙 제16조 (양도소득세등에 관한 경과조치) ③ 1992년 12월 31일 이전에 토지수용법 기타 법률에 의하여 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지등의 양도로 인하여 발생한 소득에 대하여는 제63조 및 제78조의 개정규정에 불구하고 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다.

 (6) 조세특례제한법(1998.12.28. 법률 제5584호로 전부 개정된 것) 제77조(공공사업용 토지등에 대한 양도소득세등의 감면) ① 다음 각 호의 1에 해당하는 소득으로서 당해 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2000년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 25(토지등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 35)에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공공용지의취득및손실보상에관한특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

2. 도시재개발법에 의한 재개발구역(공공시설을 수반하지 아니하는 재개발구역을 제외한다)안의 토지등을 동법에 의한 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

3. 토지수용법 기타 법률에 의한 토지등의 수용으로 인하여 발생하는 소득

부칙 제2조 (일반적 적용례) ② 이 법 중 양도소득세와 특별부가세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

부칙 제9조 (일반적 경과조치) ② 이 법 시행일전에 종전의 규정에 의하여 감면하였거나 감면하여야 할 국세 및 지방세에 관하여는 종전의 규정에 의한다.

 (7) 조세특례제한법(2015.7.24. 법률 제13448호로 개정된 것) 제77조(공공사업용 토지 등에 대한 양도소득세감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2015년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 15[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 20으로 하되, 「공공주택건설 등에 관한 특별법」 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)]에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

2. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역은 제외한다)의 토지등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

3. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따른 토지등의 수용으로 인하여 발생하는 소득

 (8) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제75조(건축물등 물건에 대한 보상) ① 건축물·입목·공작물과 그 밖에 토지에 정착한 물건(이하 "건축물등"이라 한다)에 대하여는 이전에 필요한 비용(이하 "이전비"라 한다)으로 보상하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 물건의 가격으로 보상하여야 한다.

1. 건축물등을 이전하기 어렵거나 그 이전으로 인하여 건축물등을 종래의 목적대로 사용할 수 없게 된 경우

2. 건축물등의 이전비가 그 물건의 가격을 넘는 경우

3. 사업시행자가 공익사업에 직접 사용할 목적으로 취득하는 경우

 (9) 국세기본법 제48조(가산세 감면 등) ② 정부는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이 법 또는 세법에 따른 해당 가산세액에서 다음 각 호에서 정하는 금액을 감면한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세액의 100분의 50에 상당하는 금액

가. 제81조의15에 따른 과세전적부심사 결정·통지기간에 그 결과를 통지하지 아니한 경우(결정·통지가 지연됨으로써 해당 기간에 부과되는 제47조의4에 따른 가산세만 해당한다)

제63조(청구서의 보정) ① 국세청장은 심사청구의 내용이나 절차가 이 법 또는 세법에 적합하지 아니하나 보정(補正)할 수 있다고 인정되면 20일 이내의 기간을 정하여 보정할 것을 요구할 수 있다. 다만, 보정할 사항이 경미한 경우에는 직권으로 보정할 수 있다.

③ 제1항의 보정기간은 제61조에 규정된 심사청구기간에 산입하지 아니한다.

제81조의15(과세전적부심사) ③ 과세전적부심사 청구를 받은 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장은 각각 국세심사위원회의 심사를 거쳐 결정을 하고 그 결과를 청구를 받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 통지하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다.

  (가) 청구인의 2015.11.27.자 양도소득세 신고내역은 다음 <표1>과 같다.

  (나) OOO 재결서에 따르면, 청구인을 포함한 OOO명의 토지 등에 대하여 공익사업법에 따라 OOO 주식회사가 시행하는 OOO과 관련하여 “사업시행자는 위 사업을 위하여 별지 목록 기재 토지를 수용하고, 별지 목록 기재 물건을 이전하게 하며, 손실보상금은 OOO원으로 한다.”고 결정(주문)하였다.

  (다) 위 재결에 따라 수용보상금과 이전비용보상금이 다음 내용과 같이 확정되었고, 청구인은 2015.9.9. 보상금 OOO원을 수령하였다.

  (라) 처분청 조사복명서의 주요내용은 다음과 같다.

    1) 청구인은 쟁점부동산 양도(수용) 후 양도가액을 OOO원으로 신고하였으나 양도가액 OOO원을 신고누락하고 신고서상 취득가액, 필요경비 등을 임의로 기재하여 조사대상으로 선정되었다.

    2) 양도가액은 수용가액 OOO원으로 확정하고, 취득가액은 오래전 구입 및 신축하여 관련 매매계약서 및 공사계약서 등은 없지만 사업자로서 장부(복식부기의무자)를 비치․기장하고 있으므로 토지․건물의 취득가액을 다음과 같이 장부가액으로 결정한다.

    3) 이에 따라, 양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원, 필요경비 OOO원 및 양도소득금액 OOO원으로 하여, 양도소득세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 경정․고지한다.

  (마) 구 「조세감면규정법」이 1993.12.31. 법률 제4666호로 전문개정되기 전까지 양도소득세 등의 감면에 관한 특례에 대해 규정한 같은 법 부칙 제19조 제2항은 “...(중략)... 토지등을 1992.12.31.까지 양도하는 경우에는 개정규정에 불구하고 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다”는 내용으로 규정하고 있었다.

  (바) 그 외 다음과 같은 사항이 확인된다.

    1) 청구인에 대한 양도소득세 결정결의서상 이 건 양도소득세 경정 시 장기보유특별공제 OOO원, 양도소득 기본공제 OOO원, 감면세액 OOO이 각 공제 및 감면된 것으로 나타난다.

    2) 쟁점부동산의 건물은 등기부등본상 2015.9.23. 사업시행자인 OOO 주식회사에게 소유권이 이전(원인 : 수용)되었고, 같은날 OOO 주식회사에 신탁된 것으로 나타난다.

    3) 국세청 차세대 시스템상 이 건 과세전적부심사청구는 2016.3.30. 이루어졌고, 2016.4.25.～2016.5.14.의 보정기간(20일)이 있었으며, 과세전적부심사 결정문 통지일은 2016.5.30.로 나타난다.

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

  (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

    1) 「소득세법」상 “양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로서, 법령상 특별한 규정이 없는 이상 공공사업의 시행자 등에 의한 수용은 양도에 해당한다.

    2) 청구인은 2015.9.9. 수용보상금을 현금으로 수령하였고, 이에 따라 쟁점부동산의 소유권이 양수인에게 이전되었음이 쟁점부동산의 등기부등본상 확인된다.

    3) 청구인은 쟁점부동산이 공공용지이므로 「소득세법」 제88조 제2항 제1호의 보류지에 해당하고, 이에 따라 “양도”에 해당하지 않는다고 주장하나, 쟁점부동산은 법률상 환지처분에 의해 보류지로 충당된 사실이 없어 위 조항의 적용대상에 해당하지 않는다.

    4) 따라서, 쟁점부동산의 수용은 「소득세법」상 양도소득세 과세 대상이 되는 양도에 해당된다고 판단된다.

  (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

    1) 양도자산이 과세요건 및 면세요건에 해당되는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단하는 것인바, 관련 법령과 쟁점부동산의 등기부등본 및 청구인의 보상금 수령 내역상 청구인의 쟁점부동산 양도시기는 2015.9.9.로 보아야 하고, 이에 대한 양도소득세의 부과처분과 관련하여 당시의 법령이 적용되어야 한다.

    2) 개정 법률이 전문 개정인 경우에는 기존 법률을 폐지하고 새로운 법률을 제정하는 것과 마찬가지이어서 종전의 본칙은 물론 부칙 규정도 모두 소멸하는 것으로 보아야 할 것이므로 특별한 사정이 없는 한 종전의 법률 부칙의 경과규정도 모두 실효된다고 보아야 한다(대법원 2002.7.26. 선고 2001두11168 판결, 같은 뜻임).

    3) 즉, 개정법 부칙에서 종전의 규정을 소급적으로 적용한다는 명백한 규정을 두지 아니한 이상, 관련 경과규정인 부칙의 해석에 있어 그 범위를 함부로 확장해석해서는 안될 것이다.

    4) 따라서, 쟁점부동산의 양도행위에 대해 구 「조세특례제한법」 제77조(2015.7.24. 법률 제13448호로 개정된 것) 규정을 적용한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

  (다) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다.

  1) 청구인은 이 건 양도소득세 부과처분 시 장기보유 및 기본공제, 그 외 15%의 감면이 적용되지 않았다고 주장하나, 청구인에 대한 양도소득세 결정결의서상 이 건 양도소득세 경정 시 장기보유특별공제, 양도소득 기본공제가 적용되었고 쟁점부동산의 양도는 관련법상 적절히 감면조치된 것으로 나타나는바, 이 부분에 대한 청구주장은 이유 없다.

    2) 쟁점부동산의 건물은 쟁점부동산의 수용 시 사업시행자인 OOO 주식회사에게 소유권이 이전(원인 : 수용)되었고, 같은 날 OOO 주식회사에 신탁되었음이 등기부등본상 확인된다.

     그러므로, 쟁점부동산의 건물은 쟁점부동산의 수용에 따라 함께 수용된 것이고, 이에 대한 보상액이 청구인이 수령한 전체 보상금의 일부를 구성하고 있는바, 해당 금액은 양도소득의 일부에 해당하며, 이에 따라 건물의 장부가액이 취득가액으로 인정된 것으로 나타나는바, 이 부분에 대한 청구주장도 이유 없다.

    3) 청구인은 과세전적부심사청구에 대한 가산금이 부과되었다고 주장하나, 가산금이란 부과처분 이후 납부지연 시 법에 따라 자동적으로 가산되는 것으로서, 이 건 부과처분은 2016.7.11.에 이루어져 과세전적부심사 당시의 기간은 이에 포함될 수 없어 이 부분에 대한 청구주장은 이유 없다.

     다만, 청구주장을 가산세의 감면에 대한 것으로 받아들이면, 이 건 과세전적부심사청구는 2016.3.30. 이루어졌고, 2016.4.25.～2016.5.14.의 보정기간(20일)이 있었는바, 「국세기본법」의 규정에 따라 과세전적부심사의 결정․통지는 청구를 받은 날부터 30일 이내에 이루어져야 함에도 불구하고, 처분청은 통지 기한일인 2015.5.19.에서 11일이 경과한 2016.5.30.에 동 결정문을 청구인에게 통지한 것으로 나타나므로, 이에 해당하는 기간의 납부불성실가산세는 그 100분의 50에 상당하는 금액을 감면해야 한다고 판단된다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.