주 문

OOO세무서장이 OOO에 청구법인에게 한 2014년 제2기 부가가치세(전자세금계산서 지연발급가산세)의 부과처분은 이를 취소한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO에서 전기, 가스증기업 및 제조업을 영위하는 사업자로서, OOO 처분청에 총공급가액 OOO으로 하여 2014년 제2기 확정분 부가가치세를 신고하였다.

나. 처분청은 청구법인에 대한 2014년 제2기 전자세금계산서 가산세 과소신고자료를 처리하면서, 청구법인이 OOO 작성연월일이 OOO로 기재된 공급가액 OOO의 전자세금계산서(이하 “쟁점전자세금계산서”라 한다) 1매를 발급한 사실을 확인하여, OOO 청구법인에게 2014년 제2기 부가가치세(전자세금계산서 지연발급가산세) OOO을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

  청구법인은 정상적인 세금계산서 발급시기 이내에 전자세금계산서 발급을 시작하여 청구법인의 ERP시스템에서는 발급기한 내에 전자세금계산서 발급이 완료되었으나, 쟁점전자세금계산서는 공인인증서의 오류로 인하여 하루 뒤인 OOO 쟁점세금계산서가 전송되었는바, 처분청은 이로인해 과세자료의 확보 등 과세행정에 수행하는데 문제가 없었으므로 쟁점세금계산서의 지연발급에 대해 부가가치세(전자세금계산서 지연발급가산세)를 부과한 이 건 처분은 부당하다.(조심2013구3317, 2014.2.4., 같은 뜻임)

나. 처분청 의견

  청구법인은 쟁점전자세금계산서를 ASP사업자를 통하여 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 달의 다음달 11일에 발급 및 전송한 사실이 확인되고, 공급시기가 속하는 달의 다음달 10일까지 발급되지 않은 쟁점전자세금계산서는 전자세금계산서 지연발급가산세 적용대상이므로, 청구법인에게 부가가치세(전자세금계산서 지연발급가산세)를 부과한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

세금계산서 발급기한을 1일 경과하여 발급된 쟁점전자세금계산서에 대해 부가가치세(전자세금계산서 지연발급가산세)를 과세한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

 (1) 국세기본법

제48조[가산세 감면 등] ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

② 정부는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이 법 또는 세법에 따른 해당 가산세액에서 다음 각 호에서 정하는 금액을 감면한다.

1. 법정신고기한이 지난 후 제45조에 따라 수정신고한 경우(제47조의3에 따른 가산세만 해당하며, 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 과세표준수정신고서를 제출한 경우는 제외한다)에는 다음 각 목의 구분에 따른 금액

 가. 법정신고기한이 지난 후 6개월 이내에 수정신고한 경우 : 해당 가산세액의 100분의 50에 상당하는 금액

 나. 법정신고기한이 지난 후 6개월 초과 1년 이내에 수정신고한 경우 : 해당 가산세액의 100분의 20에 상당하는 금액

 다. 법정신고기한이 지난 후 1년 초과 2년 이내에 수정신고한 경우 : 해당 가산세액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 법정신고기한이 지난 후 제45조의3에 따라 기한 후 신고를 한 경우(제47조의2에 따른 가산세만 해당하며, 과세표준과 세액을 결정할 것을 미리 알고 기한후과세표준신고서를 제출한 경우는 제외한다)에는 다음 각 목의 구분에 따른 금액

 가. 법정신고기한이 지난 후 1개월 이내에 기한 후 신고를 한 경우 : 해당 가산세액의 100분의 50에 상당하는 금액

 나. 법정신고기한이 지난 후 1개월 초과 6개월 이내에 기한 후 신고를 한 경우 : 해당 가산세액의 100분의 20에 상당하는 금액

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세액의 100분의 50에 상당하는 금액

 가. 제81조의15에 따른 과세전적부심사 결정·통지기간에 그 결과를 통지하지 아니한 경우(결정·통지가 지연됨으로써 해당 기간에 부과되는 제47조의4에 따른 가산세만 해당한다)

 나. 세법에 따른 제출, 신고, 가입, 등록, 개설(이하 이 목에서 “제출등”이라 한다)의 기한이 지난 후 1개월 이내에 해당 세법에 따른 제출 등의 의무를 이행하는 경우(제출 등의 의무위반에 대하여 세법에 따라 부과되는 가산세만 해당한다)

③ 제1항이나 제2항에 따른 가산세 감면 등을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면 등을 신청할 수 있다.

 (2) 부가가치세법

제32조[세금계산서 등] ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

② 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에 따라 세금계산서를 발급하려면 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서(이하 “전자세금계산서”라 한다)를 발급하여야 한다.

③ 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하였을 때에는 대통령령으로 정하는 기한까지 대통령령으로 정하는 전자세금계산서 발급명세를 국세청장에게 전송하여야 한다.

⑧ 세금계산서, 전자세금계산서, 수정세금계산서 및 수정전자세금계산서의 작성과 발급에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제34조[세금계산서 발급시기] ① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다.

③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일(그 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일을 말한다)까지 세금계산서를 발급할 수 있다.

1. 거래처별로 1역월(1曆月)의 공급가액을 합하여 해당 달의 말일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

2. 거래처별로 1역월 이내에서 사업자가 임의로 정한 기간의 공급가액을 합하여 그 기간의 종료일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

3. 관계 증명서류 등에 따라 실제거래사실이 확인되는 경우로서 해당 거래일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

제60조[가산세] ② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 이 경우 제1호 또는 제2호가 적용되는 부분은 제3호부터 제5호까지를 적용하지 아니하고, 제5호가 적용되는 부분은 제3호 및 제4호를 적용하지 아니한다.

 1. 세금계산서를 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간 내에 발급하는 경우 그 공급가액에 1퍼센트를 곱한 금액

 (3) 부가가치세법 시행령

제68조[전자세금계산서의 발급 등] ④ 법 제32조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 전자적 방법”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 같은 조 제1항 각 호의 기재사항을 계산서 작성자의 신원 및 계산서의 변경 여부 등을 확인할 수 있는 공인인증시스템을 거쳐 정보통신망으로 발급하는 것을 말한다.

1. 「조세특례제한법」 제5조의2 제1호에 따른 전사적(全社的) 기업자원 관리설비로서 「전자문서 및 전자거래 기본법」 제18조, 제23조 및 제24조에 따른 표준인증을 받은 설비를 이용하는 방법

2. 「전자문서 및 전자거래 기본법」 제18조, 제23조 및 제24조에 따른 표준인증을 받은 실거래 사업자를 대신하여 전자세금계산서 발급업무를 대행하는 사업자의 전자세금계산서 발급 시스템을 이용하는 방법

3. 국세청장이 구축한 전자세금계산서 발급 시스템을 이용하는 방법

4. 전자세금계산서 발급이 가능한 현금영수증 발급장치 및 그 밖에 국세청장이 지정하는 전자세금계산서 발급 시스템을 이용하는 방법

다. 사실관계 및 판단

 (1) 이 건 부가가치세 과세처분 경위는 다음과 같다.

  (가) 청구법인은 OOO에서 전기, 가스증기업 및 제조업을 영위하는 사업자로서, OOO 처분청에 총공급가액 OOO으로 하여 2014년 제2기 확정분 부가가치세를 신고하였다.

  (나) 처분청은 청구법인에 대한 2014년 제2기 전자세금계산서 가산세 과소신고자료를 처리하면서, 청구법인이 OOO 쟁점전자세금계산서 1매를 발급한 사실을 확인하여 OOO 청구법인에게 2014년 제2기 부가가치세(전자세금계산서 지연발급가산세) OOO을 과세예고통지하였다.

  (다) 청구법인은 이에 불복하여 OOO 처분청에 과세전적부심사청구하였으나, 처분청은 쟁점전자세금계산서가 전자세금계산서 지연발급가산세 적용대상으로 보아 이를 ‘불채택’하였고, OOO 청구법인에게 2014년 제2기 부가가치세(전자세금계산서 지연발급가산세) OOO을 경정·고지하였다.

 (2) 처분청의 심리자료인 과세전적부심사결정서에 의하면 다음의 사실이 나타난다.

  (가) 쟁점전자세금계산서 발급목록조회내역에 의하면, 쟁점전자세금계산서의 작성일자, 발급일자, 전송일자, 공급가액, 부가가치세 등의 내역은 다음 <표1>과 같다.

  <표1> 쟁점전자세금계산서 발급목록조회내역

 (3) 청구법인이 제출한 청구이유서 및 증빙 등의 주요 내용은 다음과 같다.

  (가) 청구법인이 제출한 전산자료 화면 등에 의하면, 청구법인은 쟁점전자세금계산서 발급시기OOO에 세금계산서 발급작업을 시작하여 청구법인의 ERP시스템에서는 위 발급시기에 세금계산서가 발급되는 등 OOO 쟁점전자세금계산서를 발급하려 노력하였으나, 공인인증서의 오류가 발생하여 불가피하게 쟁점전자세금계산서의 발급기한OOO에 발급하지 못하고 OOO 20시 13분 41초에 발급 및 전송한 것으로 나타난다.

 (4) 청구법인OOO은 OOO에 개최된 조세심판관회의에 출석하여, 청구법인이 공인인증서 오류발생으로 쟁점전자세금계산서를 그 발급기한OOO을 1일 경과하여 OOO에 발급하였으나, 이는 본사에서 공인인증서의 운영․관리하여 공인인증서 오류문제 해결을 위해 시간이 소요되었고, 쟁점전자세금계산서를 비롯한 청구법인의 전자세금계산서가 모두 동일한 과세기간 내에 발급되었으며, 쟁점전자세금계산서를 제외한 다른 전자세금계산서는 발급기한까지 모두 발급되는 등 처분청의 과세행정에 불편을 초래한바 없었으므로, 이에 대해 청구법인에게 부가가치세(전자세금계산서 지연발급가산세)를 부과하는 것은 부당하다는 취지로 진술하였다.

  (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 공급시기가 속하는 달의 다음달 10일까지 쟁점전자세금계산서를 발급하지 않았으므로 청구법인에게 부가가치세(전자세금계산서 지연발급가산세)를 과세하였으나,

  청구법인은 OOO 쟁점전자세금계산서를 발급하고자 노력하였으나 갑작스럽게 발생한 공인인증서의 오류로 인해 쟁점전자세금계산서를 발급하지 못한 것으로 나타나는 점, 본사가 공인인증서를 관리·운영함에 따라 공인인증서 오류를 해결하기 위해서는 본사와의 교신 등으로 오류문제 해결을 위해서는 추가적인 시간이 발생한 것으로 보이는 점, 쟁점전자세금계산서는 발급기한의 익일인 OOO에 정상적으로 발급되었고, 쟁점전자세금계산서를 제외하고는 다른 전자세금계산서는 모두 발급기한인 OOO까지 발급된 것으로 보이는 점, 쟁점전자세금계산서의 지연발급은 지연발급경위, 지연정도 및 범위, 이로 인한 조세부과업무의 지장여부 등을 고려시 일률적으로 그 공급가액의 100분의 1을 부과하는 것은 납세자의 의무해태 정도 및 그 의무를 강제한 목적에 비하여 과도한 제재로 보이는 점(조심-2013-구-3317(2014.2.4), 같은 뜻임) 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 부가가치세(전자세금계산서 지연발급가산세)를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장은 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.